상가·토지 상속을 기준시가로 신고했는데, 국세청이 뒤늦게 받은 감정가로 상속세가 올랐다면 (조심 2025서4053)

상가건물, 사무실, 나대지처럼 거래가 자주 일어나지 않는 부동산을 상속받은 분들이 가장 많이 겪는 문제가 있습니다. 아파트는 같은 단지의 매매사례가 있어 시가가 비교적 명확하지만, 이런 비주거용 부동산은 유사매매사례를 찾기 어려워 대부분 개별공시지가와 건물 기준시가를 더한 보충적 평가액으로 상속세를 신고합니다. 그런데 신고를 마치고 몇 달이 지난 뒤 세무조사가 시작되면서, 과세관청이 직접 감정평가법인에 의뢰해 받은 감정가액을 시가로 보아 상속세를 크게 늘려 고지하는 일이 벌어집니다.

이 사건은 바로 그 상황입니다. 다만 한 가지 차이가 있었습니다. 상속인들은 상속세를 신고하기 전에 이미 감정평가법인 두 곳에 의뢰해 감정평가서를 받아 두었습니다. 조사청은 그 뒤 평가기간이 지난 시점에 다시 두 곳의 감정을 받아, 네 개의 감정가액을 모두 평균한 금액을 시가로 보아 과세했습니다. 조세심판원은 이 계산 방식 자체가 잘못되었다고 보았습니다. 결론을 가른 것은 소급감정이 위법한지 여부가 아니라, 시행령 조항의 본문과 단서 가운데 무엇이 먼저 적용되는가라는 아주 실무적인 순서 문제였습니다.

기준시가로 신고한 상가, 왜 조사에서 감정가액으로 바뀌는가

상증세법 제60조는 상속재산을 상속개시일 현재의 시가로 평가하도록 하고, 시가를 산정하기 어려운 경우에만 제61조 이하의 보충적 평가방법을 쓰도록 정하고 있습니다. 여기서 말하는 시가에는 매매가액뿐 아니라 감정가액, 수용가액, 경매·공매가액이 포함되고, 같은 법 시행령 제49조 제1항 본문은 평가기준일 전후 6개월(상속의 경우) 이내에 이런 매매등이 있는 경우 그 가액을 시가로 인정한다고 규정합니다.

문제는 단서입니다. 2019년 개정으로 평가기간이 지난 뒤부터 상속세 법정결정기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도, 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되고 평가심의위원회의 심의를 거치면 그 가액을 시가에 포함시킬 수 있게 되었습니다. 법정결정기한은 상속세 신고기한부터 9개월입니다. 상속개시일이 속한 달의 말일부터 6개월이 신고기한이므로, 실제로는 상속개시 후 약 1년 3개월 무렵까지 과세관청이 감정을 받아 시가로 주장할 수 있는 창이 열려 있는 셈입니다. 국세청이 이 창을 활용해 비주거용 부동산 감정평가 사업을 운영하고 있고, 그 선정 기준은 상속세 및 증여세 사무처리규정 제72조에 공개되어 있습니다. 5개 이상 감정평가법인에 의뢰해 산정한 추정시가와 납세자의 보충적 평가액의 차이가 10억원 이상이거나 그 비율이 10% 이상이면 감정평가 대상으로 선정할 수 있다는 내용입니다.

사건은 이렇게 진행됐습니다

피상속인은 2023년 12월 25일 사망했습니다. 상속재산에는 경기도 광명시 소재 토지와 그 위의 건물(이하 쟁점부동산)이 포함되어 있었습니다. 상속인들은 2024년 6월 24일 상속세를 신고하면서 쟁점부동산을 상증세법 제60조 제3항과 제61조에 따른 보충적 평가방법으로 평가해 다른 상속재산과 합산 신고했습니다.

중요한 사실은 그 이전 단계입니다. 상속인들은 신고 전에 감정평가법인 두 곳에 감정을 의뢰했고, 두 곳은 평가기준일 전날인 2023년 12월 24일을 가격산정기준일로, 2024년 4월 19일을 조사기간으로, 2024년 4월 29일을 감정평가서 작성일로 하여 감정평가를 완료했습니다. 가격산정기준일과 작성일이 모두 상속개시일 전후 6개월 안에 들어 있으므로, 이 두 건은 시행령 제49조 제1항 본문의 요건을 갖춘 감정가액이었습니다.

그 뒤 서울지방국세청장은 2024년 10월 28일부터 2025년 1월 25일까지 상속세 조사를 실시했습니다. 조사청은 조사기간 중 감정평가법인 두 곳에 다시 감정을 의뢰했고, 이 두 곳은 상속개시일인 2023년 12월 25일을 감정평가기준일로, 2024년 10월 28일을 조사기간으로, 2024년 10월 29일을 작성일로 하여 감정평가서를 작성했습니다. 작성일이 평가기간을 벗어났으므로 이 두 건은 단서에 따른 심의를 거쳐야 하는 가액이었습니다.

조사청과 상속인들은 각자의 감정가액 두 건씩을 조사청 재산평가심의위원회에 심의 의뢰했고, 2024년 12월 17일 네 건 모두 시행령 제49조 제1항 제2호에 따른 감정가액에 포함시킬 수 있다는 결정을 받았습니다. 조사청은 이 네 건의 평균액을 쟁점부동산의 시가로 보아 당초 신고분과의 차액만큼 과세가액을 늘리라는 과세자료를 통보했고, 처분청은 2025년 7월 1일 상속세를 결정·고지했습니다. 상속인들은 2025년 9월 16일 심판청구를 제기했습니다.

참고로 네 건의 감정평가서는 모두 토지는 공시지가기준법, 건물은 원가법을 적용했고, 비교표준지도 동일했습니다. 비교표준지는 쟁점부동산에서 20미터 정도 떨어진 상업용 토지였고, 개별요인 보정치는 1.009에서 1.02, 그 밖의 요인 보정치는 1.89에서 2.05 범위였습니다. 즉 평가방법이나 기준 자체가 달랐던 사건이 아니라, 어느 감정가액을 시가로 채택할 것인가만 문제가 된 사건이었습니다.

청구인들의 주장, 거래가 없는 소급감정은 시가가 아니다

상속인들은 쟁점부동산의 시가를 당초 신고한 보충적 평가액으로 보아야 한다고 주장했습니다. 핵심 논거는 네 가지였습니다.

첫째, 시행령 단서는 “매매등이 있는 경우”를 요건으로 하는데, 감정평가서만 받아 놓고 그 가액대로 거래가 성립되지 않았다면 매매등이 있었다고 볼 수 없다는 주장입니다. 상속인들은 법원경매 사례와 온비드 공매 현황 출력물을 제출하면서, 경매 낙찰가액이나 유찰 후 최저입찰가액이 감정가액의 41%에서 65% 수준, 공매의 경우 52%에서 78% 수준에 불과했다는 점을 들었습니다. 감정가액이 실제 거래로 이어지지 않는다는 사실 자체가 감정가액을 곧 시가로 보는 해석의 한계라는 논리였습니다.

둘째, 단서를 적용하려면 평가기준일과 감정평가서 작성일 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없어야 하고 이를 과세관청이 입증해야 하는데, 그 입증이 없었다는 주장입니다. 오히려 한국부동산원 통계상 평가기준일과 조사청 감정평가서 작성일 사이 해당 지역 지가변동률이 2.13%였고, 쟁점부동산 토지의 개별공시지가는 2022년 대비 2023년에 6.4% 하락했으며, 인근 재개발·도시주거환경정비사업의 영향이 있었다는 점을 들어 가격변동의 특별한 사정이 있었다고 다투었습니다. 이 부분에서 상속인들은 서울고등법원 2023.6.16. 선고 2023누41903 판결을 인용했습니다.

셋째, 소급감정은 납세자의 재산권 보호를 위해 허용되는 것이고 과세관청이 세금 추징 목적으로 활용하는 것은 부당하다는 주장입니다. 상속인들은 공신력 있는 감정기관의 감정가액을 시가로 인정한 대법원 1999.1.27. 선고 98두18275 판결 등이 납세자의 재산권 보호 맥락에서 나온 것이라고 보았고, 과세관청이 결정기한 중에 감정가액을 만들어 내는 것은 신고 당시 예측할 수 없는 사정이므로 조세법률주의와 국세기본법 제18조에 어긋난다고 주장했습니다.

넷째, 국세청 훈령인 사무처리규정 제72조에 따라 추정시가를 산정해 감정 대상을 선정하는 방식 자체가 법률의 위임범위를 벗어났다는 주장이었습니다.

과세관청의 반박, 정부부과 세목이므로 감정 의뢰는 정당한 권한

처분청은 쟁점감정가액, 즉 네 건의 평균액을 시가로 보아야 한다고 했습니다. 근거는 이렇습니다. 상증세법 제60조 제2항이 시가의 의미와 범위를 정하고 대통령령에 위임했고, 시행령 제49조 제1항 단서가 평가기간 밖의 가액도 가격변동의 특별한 사정이 없고 평가심의위원회 심의를 거치면 시가로 인정할 수 있도록 명확히 규정하고 있으므로, 조사청이 법정결정기한 내에 감정을 받아 심의를 거친 것은 법령이 정한 절차를 그대로 따른 것이라는 논리입니다. 또한 상속세는 정부부과 세목이어서 과세관청이 정당한 과세표준과 세액을 조사·결정하기 위해 감정을 의뢰하는 것은 정당한 권한에 속한다고 주장했습니다. 이 부분에서는 수원지방법원 2023.12.20. 선고 2023구합61111 판결을 인용했습니다.

가격변동의 특별한 사정에 대해서는, 그 사정이 인정되려면 부동산의 현황과 이용상황의 동일성이 유지되지 않을 정도로 가격에 영향을 미치는 주위 환경 변화가 있어야 한다고 보았습니다(조심 2012서1970 참조). 구체적으로 변동요인이 통상적이지 않고, 변동폭이 경미하지 않고 중대하며, 그 요인이 대상 부동산 가격에 직접 영향을 미쳐야 한다는 세 가지 기준을 제시했습니다. 이 사건에서는 등기부등본, 건축물대장, 토지대장과 실제 현황을 확인한 결과 토지 형질변경이나 건물 증·개축 같은 변경이 없었고, 상속인들이 든 공시지가와 지가 변동폭도 3.5%와 2.14% 수준으로 미미하다고 반박했습니다. 소급감정의 객관성에 대해서는 복수 감정기관 의뢰와 평가심의위원회 심의라는 담보 장치가 있고 납세자가 불복절차에서 다툴 수 있으므로, 과세 목적이라는 이유만으로 객관성을 상실했다고 볼 수 없다고 했습니다.

심판원 판단, 본문이 원칙이고 단서는 예외다

조세심판원은 소급감정 제도 자체의 위법성을 정면으로 판단하지 않았습니다. 대신 시행령 제49조 제1항의 구조를 읽었습니다. 본문은 평가기간 내에 매매·감정 등이 있는 경우 그 가액을 시가로 인정한다고 정하고, 단서는 평가기간에 해당하지 않는 기간의 가액도 일정 조건을 갖추면 각 호의 가액에 “포함시킬 수 있다”고 정합니다. 심판원은 이 체계상 상속세가 부과되는 자산의 시가는 원칙적으로 본문에 따라 평가기간 내의 감정 등의 가액이 적용되고, 단서에 따른 가액은 평가기간 내에 해당 감정 등이 없는 경우에 비로소 시가에 포함될 수 있다고 해석하는 것이 타당하다고 보았습니다.

이 해석을 이 사건에 적용하면 결론은 명확합니다. 네 건의 감정가액 가운데 상속인들이 제시한 두 건은 평가기간 내에 감정평가서가 작성되었고, 조사청이 제시한 두 건은 평가기간 밖에 작성되었습니다. 평가기간 내 감정가액이 이미 존재하므로 본문이 적용되어야 하고, 단서에 따른 조사청 감정가액을 여기에 섞어 평균할 근거가 없다는 것입니다. 심판원은 여기에 한 가지를 더 확인했습니다. 상속인들이 제시한 감정가액을 부적정한 것으로 볼 만한 정황이 없다는 점입니다. 조사청 감정 두 건의 평균액과의 차이 정도, 시가불인정 감정기관에 해당하는지 여부 등을 살펴보았으나 문제가 없었다고 판단했습니다. 결과적으로 쟁점부동산의 시가는 상속인들이 제시한 두 건의 평균액으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각되었습니다.

왜 ‘부적정 정황이 없다’는 문장이 중요한가

이 결정에서 실무자가 가장 주의 깊게 읽어야 하는 부분이 바로 이 문장입니다. 평가기간 내 감정가액이 있다고 해서 언제나 그 가액이 자동으로 시가가 되는 것은 아닙니다. 시행령 제49조 제1항 제2호는 감정가액이 기준금액(보충적 평가액과 유사재산 시가의 90% 중 적은 금액)에 미달하면 세무서장이 다른 감정기관에 의뢰해 감정한 가액을 적용할 수 있도록 하고 있고, 기준금액 이상이라도 평가심의위원회 심의를 거쳐 감정 목적 등을 고려해 부적정하다고 인정되면 배제할 수 있게 되어 있습니다. 또한 상증세법 제60조 제5항과 시행령 제49조 제7항은 납세자가 제시한 감정가액이 세무서장이 의뢰한 재감정가액의 80%에 미달하면 해당 감정기관을 시가불인정 감정기관으로 지정할 수 있도록 하고 있습니다.

즉 납세자가 미리 받은 감정가액이 지나치게 낮으면 본문 우선 원칙의 보호를 받지 못하고, 오히려 세무서장이 의뢰한 더 높은 감정가액이 적용되는 결과로 이어질 수 있습니다. 이 사건에서 상속인들의 감정가액이 살아남은 이유는 단순히 시점이 빨랐기 때문만이 아니라, 조사청 감정가액과 비교해도 현저히 낮지 않아 부적정하다고 볼 정황이 없었기 때문입니다. 실제로 네 건의 감정평가서가 동일한 비교표준지와 동일한 평가방법을 사용했다는 사실관계도 이 판단을 뒷받침했을 것으로 읽힙니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 결정에서 가져갈 다섯 가지

포인트 ①. 감정평가의 승부는 ‘시점’에서 갈립니다.
이 사건에서 상속인들이 얻은 결과는 논리 싸움의 승리가 아니라 시점 관리의 결과입니다. 상속개시일 전후 6개월 안에 가격산정기준일과 감정평가서 작성일을 모두 넣어 두었기 때문에 본문이 적용되었습니다. 반대로 상속인이 아무 감정도 받지 않은 상태에서 조사청 감정만 존재했다면, 단서에 따른 그 가액이 그대로 시가가 되었을 가능성이 큽니다. 비주거용 부동산이 상속재산에 포함되어 있다면 신고기한이 아니라 평가기간을 기준으로 감정 일정을 역산해야 합니다.

포인트 ②. 감정평가서에서 확인할 항목은 세 개입니다.
가격산정기준일, 조사기간, 작성일입니다. 실무에서 가장 흔한 사고가 상속개시일을 가격산정기준일로 잡아 두고 감정평가서 작성이 늦어져 작성일이 6개월을 넘기는 경우입니다. 시행령 제49조 제2항 제2호는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일 둘 다를 기준으로 평가기간 해당 여부를 판단하도록 하고 있습니다. 감정평가법인과 계약할 때 작성일 데드라인을 문서로 못 박아 두는 것이 안전합니다.

포인트 ③. 너무 낮은 감정가액은 방패가 되지 못합니다.
세금을 줄이려고 지나치게 보수적인 감정을 받으면, 기준금액 미달로 세무서장이 다른 감정기관에 재감정을 의뢰할 수 있고 시가불인정 감정기관 지정 문제까지 번질 수 있습니다. 이 사건에서 심판원이 ‘부적정한 것으로 볼 정황이 없다’고 짚은 것은, 반대로 그런 정황이 있으면 결론이 달라질 수 있다는 뜻입니다. 목표는 최저가가 아니라 방어 가능한 가액입니다.

포인트 ④. 내가 감정 대상이 될지 미리 계산해 볼 수 있습니다.
사무처리규정 제72조 제2항은 선정 기준을 공개하고 있습니다. 추정시가와 보충적 평가액의 차이가 10억원 이상이거나 그 비율이 10% 이상이면 대상으로 선정할 수 있다는 내용입니다. 상가나 토지의 시세와 기준시가 차이가 큰 편이라면 감정평가 대상이 될 가능성을 전제로 신고 전략을 세워야 합니다. 또한 같은 조 제3항은 감정평가 실시 시 협조 안내문을 납세자에게 안내하고 감정평가표를 송부하도록 정하고 있으니, 조사 과정에서 감정평가서 사본을 요청해 내용을 검토할 권리도 챙기시기 바랍니다.

포인트 ⑤. 소급감정 자체가 위법하다는 주장은 아직 잘 통하지 않습니다.
상속인들은 조세법률주의, 재산권 보장, 유추해석 금지까지 폭넓게 주장했지만 심판원은 그 부분에 힘을 실어 주지 않았습니다. 실제로 감액을 만들어 낸 것은 제도의 위헌·위법 주장이 아니라 조항의 적용 순서에 관한 기술적인 논증이었습니다. 불복을 준비할 때는 큰 담론보다 감정평가서의 날짜, 비교표준지, 보정치, 심의 대상 범위 같은 구체적 사실에서 다툴 지점을 찾는 편이 실효적입니다. 향후 양도 시 취득가액과의 연결까지 고려하면, 상속 단계의 평가액 결정은 상속세만의 문제가 아니라는 점도 함께 따져 보아야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 상속세 신고 전에 감정평가를 받으면 오히려 세금이 늘어나는 것은 아닌가요?

감정가액은 통상 기준시가보다 높으므로 단순 비교하면 신고세액은 늘어날 수 있습니다. 다만 감정을 받지 않고 기준시가로 신고했다가 조사에서 과세관청 감정가액이 적용되면 더 높은 가액에 가산세까지 붙을 수 있습니다. 또 상속 시 평가액은 이후 양도할 때 취득가액이 되므로 전체 세부담을 함께 계산해 보아야 합니다. 어느 쪽이 유리한지는 재산 구성, 공제 규모, 향후 처분 계획에 따라 달라지므로 개별 검토가 필요합니다.

Q. 감정평가는 반드시 두 곳에서 받아야 하나요?

상증세법 제60조 제5항은 감정가격을 결정할 때 둘 이상의 감정기관에 의뢰하도록 하고, 대통령령으로 정하는 금액 이하의 부동산은 하나 이상으로 완화하고 있습니다. 이 사건에서도 상속인들과 조사청 모두 각각 두 곳에 의뢰했습니다. 기준 금액과 요건은 시점에 따라 개정될 수 있으니 신고 시점의 규정을 확인해야 합니다.

Q. 과세관청이 평가기간이 지난 뒤에 감정을 받아 왔습니다. 무조건 무효인가요?

그렇지 않습니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기간이 지난 뒤부터 법정결정기한까지의 감정가액도 가격변동의 특별한 사정이 없고 평가심의위원회 심의를 거치면 시가에 포함할 수 있도록 하고 있습니다. 이 사건에서 배제된 이유는 단서 자체가 무효라서가 아니라, 평가기간 내에 인정 가능한 감정가액이 이미 있었기 때문입니다. 평가기간 내 가액이 전혀 없다면 결과는 달라졌을 것입니다.

Q. 공시지가가 떨어졌거나 지가가 올랐다면 ‘가격변동의 특별한 사정’으로 인정될까요?

이 사건에서는 인정되지 않았습니다. 처분청은 부동산의 현황과 이용상황의 동일성이 유지되지 않을 정도의 변화, 즉 통상적이지 않고 변동폭이 중대하며 대상 부동산 가격에 직접 영향을 주는 요인이어야 한다고 보았고, 심판원도 이 주장을 배척하지 않았습니다. 통계상 몇 퍼센트 수준의 지가 변동만으로는 인정되기 어렵다고 이해하는 것이 안전합니다. 토지 형질변경, 건물 증·개축, 용도지역 변경처럼 물리적·법적 상태가 바뀐 사정이 있다면 그 자료를 확보해 다투는 편이 낫습니다.

Q. 이미 조사청 감정가액으로 고지서를 받았습니다. 지금이라도 감정을 받으면 되나요?

고지 후에 새로 받는 감정평가서는 가격산정기준일을 소급해도 작성일이 평가기간을 벗어나므로 본문 요건을 갖추기 어렵습니다. 이 사건 결론의 핵심이 시점이었다는 점을 생각하면, 사후 감정만으로 같은 결과를 기대하기는 어렵습니다. 다만 과세관청 감정평가서의 비교표준지 선정, 개별요인과 그 밖의 요인 보정치, 심의 절차의 적정성 등에서 다툴 여지가 있는지는 별도로 검토할 수 있습니다. 불복 기한이 있으므로 고지서를 받은 즉시 상담을 받는 것이 좋습니다.

자가진단 체크리스트

• 상속재산에 상가, 사무실, 공장, 나대지 같은 비주거용 부동산이 포함되어 있습니까.
• 해당 부동산의 실제 시세와 기준시가(보충적 평가액) 차이가 큰 편입니까.
• 상속개시일 전후 6개월 이내에 가격산정기준일과 작성일이 모두 들어가는 감정평가서를 확보했습니까.
• 감정평가를 두 곳 이상에서 받았고, 두 감정가액의 차이가 지나치게 크지 않습니까.
• 받아 둔 감정가액이 유사 부동산 시세에 비해 현저히 낮아 재감정 위험이 있지는 않습니까.
• 세무조사 통지나 감정평가 실시 협조 안내문을 받았고, 감정평가표 또는 감정평가서 사본을 확보했습니까.
• 상속개시 후 약 1년 3개월(신고기한 + 9개월)까지 과세관청이 감정을 받을 수 있다는 점을 감안해 자금 계획을 세웠습니까.
• 이 부동산을 향후 처분할 계획이 있고, 상속 평가액이 양도 시 취득가액이 된다는 점을 반영해 검토했습니까.

정리

이 결정의 메시지는 간결합니다. 시행령 제49조 제1항은 본문이 원칙이고 단서는 평가기간 내 가액이 없을 때 작동하는 예외라는 것입니다. 따라서 평가기간 안에 적정한 감정가액을 확보해 두면 과세관청이 뒤늦게 받은 감정가액이 시가 계산에 끼어들 여지가 줄어듭니다. 반대로 아무 준비 없이 기준시가로만 신고하면, 조사 단계에서 형성된 감정가액이 그대로 과세 기준이 될 수 있습니다.

다만 이 사건에서도 소급감정 제도 자체나 국세청의 감정평가 대상 선정 방식에 대한 청구인 주장은 받아들여지지 않았고, 상속인이 제시한 감정가액이 부적정하다고 볼 정황이 없었다는 점이 함께 전제되었습니다. 결국 실무의 답은 ‘최대한 낮게’가 아니라 ‘정해진 기간 안에, 방어 가능한 수준으로’입니다. 비주거용 부동산이 포함된 상속을 앞두고 있다면 신고 준비 초기 단계에서 평가 전략부터 잡아 두시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2025서4053 (2026.4.8. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상증세법」 제60조, 「같은 법 시행령」 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)