30년 보유한 재건축 아파트, 실제로 안 살았다면 장기보유공제는 30%뿐입니다 (조심 2026서1126)

오래 보유한 집 한 채를 팔 때 많은 분들이 가장 크게 기대하는 것이 1세대 1주택 장기보유특별공제입니다. 흔히 "10년 넘게 갖고 있었으니 80%는 빼주겠지"라고 생각합니다. 그런데 실제 신고를 마치고 몇 달 뒤 세무조사 통지를 받고, 공제율이 30%로 줄면서 세액이 크게 늘어나는 경우가 적지 않습니다. 이유는 대부분 하나로 모입니다. 그 집에 실제로 살지 않았다는 것입니다.

이번에 소개하는 조세심판원 결정은 그 전형을 보여줍니다. 1994년에 취득해 30년을 보유한 주택, 재건축 관리처분계획 인가를 거쳐 조합원입주권 상태로 양도, 그리고 그 사이 배우자가 해외에서 근무하느라 그 집에 들어가 살 수 없었던 사정. 납세자 입장에서는 억울할 만한 사정이 갖춰져 있었지만 결과는 기각이었습니다. 이 글에서는 무엇이 결론을 갈랐는지, 그리고 지금 집을 팔려는 분들이 신고 전에 무엇을 확인해야 하는지를 정리합니다.

1994년에 산 집이 2024년에 입주권으로 팔리기까지

청구인은 1994년 8월 매매를 원인으로 쟁점주택을 취득했습니다. 청구인 본인의 설명에 따르면 취득 당시 그 집에는 이미 임차인이 살고 있었습니다. 즉 매수 직후부터 곧바로 입주할 수 있는 상황이 아니었습니다. 그리고 1996년 7월, 청구인의 배우자가 국내 반도체 관련 회사의 연구소 및 생산공정 엔지니어로 일하다가 일본 소재 회사의 영업팀으로 근무처를 옮기게 되면서 가족의 생활 근거지가 국외로 이동했습니다. 배우자는 그때부터 현재까지 일본 소재 회사에서 계속 근무하고 있는 것으로 확인되었습니다.

세월이 흘러 그 집이 속한 지역에서 주택재건축정비사업이 추진되었고, 2017년 5월 2일 관할 구청장으로부터 관리처분계획 인가가 났습니다. 등기부에는 2017년 7월 12일 신탁을 원인으로 소유권이 이전된 사실이 남아 있습니다. 재건축 사업이 진행되는 동안 청구인은 조합원 지위, 즉 조합원입주권을 보유하게 되었고, 2024년 12월 10일 이 조합원입주권을 양도했습니다. 30년 가까이 붙들고 있던 자산이 마침내 현금화된 순간입니다.

청구인은 2024년 귀속 양도소득세를 신고하면서 소득세법 제95조 제2항의 표2를 적용했습니다. 보유기간별 공제율 40%에 거주기간별 공제율 40%를 더해 합계 80%의 장기보유특별공제를 반영한 것입니다. 그러나 과세관청은 2025년 5월 22일부터 6월 10일까지 양도소득세 세무조사를 실시했고, 청구인이 그 주택에 거주한 사실이 없다는 점을 확인했습니다. 그 결과 표2를 배제하고 표1의 일반 보유기간별 공제율 30%를 적용해 2025년 6월 17일 양도소득세를 경정 고지했습니다. 청구인은 2025년 9월 15일 이의신청을 거쳐 2026년 1월 19일 심판청구를 제기했습니다.

청구인의 주장, 부득이한 사유로 못 산 것도 거주로 봐야 한다

청구인의 주장은 상식적인 감각에 가깝습니다. 요지는 이렇습니다. 첫째, 취득 당시 그 집에는 임차인이 살고 있어 곧바로 입주할 수 없었다. 둘째, 그 후 배우자가 근무처를 국외로 옮기면서 가족 전체가 그 주택에 거주하는 것이 물리적으로 불가능해졌다. 셋째, 이는 자발적인 선택이 아니라 근무지 이전이라는 부득이한 사유였다. 따라서 거주하지 못한 기간을 거주한 것으로 보아 표2에 따른 80% 공제율을 적용해야 한다는 것입니다.

청구인은 이를 뒷받침하기 위해 배우자의 해외근무증명서와 이력서를 제출했습니다. 실제로 그 자료를 통해 배우자가 1996년 7월부터 현재까지 일본 소재 회사에서 근무하고 있다는 사실 자체는 확인되었습니다. 사정을 만들어낸 것이 아니라 실제로 존재하는 사정이었다는 뜻입니다. 이 점은 중요합니다. 이 사건은 사실이 인정되지 않아 진 사건이 아니라, 사실이 인정되었는데도 법 규정에 그 사정을 받아줄 통로가 없어서 진 사건이기 때문입니다.

청구인의 논리 구조를 보면 1세대 1주택 비과세 판정에서 익숙한 개념을 그대로 가져온 것을 알 수 있습니다. 소득세법 시행령 제154조 제1항은 일정한 경우 보유기간과 거주기간 제한을 받지 않도록 하고 있고, 시행규칙 제71조 제3항은 취학, 직장의 변경이나 전근 등 근무상의 형편, 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병, 학교폭력으로 인한 전학을 부득이한 사유로 열거하고 있습니다. 청구인은 이 규정의 취지가 장기보유특별공제에도 당연히 미친다고 본 것입니다.

과세관청의 반박, 거주기간은 문언 그대로 실제 거주한 기간이다

과세관청의 의견은 두 갈래였습니다. 첫 번째는 법 해석 문제입니다. 소득세법 제95조 제2항과 같은 법 시행령 제159조의4에 따르면 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율은 보유기간과 거주기간을 각각 고려해 적용되는데, 여기서 거주기간이란 문언 그대로 실제로 그 주택에 거주한 기간을 의미한다는 것입니다. 2021년 이후 양도분부터는 보유기간 요건과 거주기간 요건을 합산해 계산하도록 개정되었기 때문에, 단순히 오래 보유했다는 사실만으로는 80%가 나오지 않습니다. 부득이한 사유가 있었는지 여부와 무관하게 거주기간은 실제 거주한 기간이라는 것이 과세관청의 입장이었습니다.

두 번째는 사실인정과 입증책임 문제입니다. 청구인과 가족은 보유기간 동안 그 주택을 주소지로 하여 주민등록이 되어 있지 않았습니다. 주민등록초본상 전입 이력 자체가 확인되지 않았습니다. 공부상 기재와 달리 실제로는 거주했다는 주장을 하려면 그 입증책임은 납세자에게 있는데, 청구인은 실제 거주를 뒷받침할 만한 증빙을 전혀 제출하지 못했습니다. 여기에 더해 청구인의 2010년 이후 출입국 내역에 따른 연도별 국내외 체류일수까지 확인 자료로 검토되었습니다. 배우자의 해외 근무만 문제된 것이 아니라 청구인 본인의 국내 체류 실태까지 함께 살펴본 것입니다.

심판원의 판단, 감면요건은 확장해석하지 않는다

심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다. 판단의 출발점은 조세법률주의에서 파생되는 엄격해석의 원칙이었습니다. 심판원은 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결을 인용하면서, 엄격해석 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세 및 조세감면요건에도 적용되며, 납세자에게 유리하다는 이유만으로 합리적 근거 없이 감면요건을 확장하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반해 허용되지 않는다고 밝혔습니다.

이어서 심판원은 두 규정을 나란히 놓고 비교했습니다. 소득세법 시행령 제154조는 1세대 1주택 비과세를 규정하면서, 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택의 경우 보유기간 2년 이상과 보유기간 중 거주기간 2년 이상을 요건으로 하되, 예외적으로 1년 이상 거주한 주택을 취학이나 근무상 형편 등 부득이한 사유로 양도하는 경우에는 거주기간을 충족하지 못해도 비과세를 적용할 수 있도록 정하고 있습니다. 즉 비과세 조항에는 부득이한 사유에 관한 예외 통로가 명문으로 마련되어 있습니다.

반면 장기보유특별공제의 근거인 시행령 제159조의4는 "1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것"이라고만 규정하고 있을 뿐, 이에 대한 예외를 전혀 두고 있지 않습니다. 심판원은 바로 이 점을 결정적으로 봤습니다. 표2에 따른 장기보유특별공제율 적용은 해당 주택에서의 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택일 것을 전제로 하는데, 청구인 세대는 보유기간 동안 그 주택에 거주한 사실 자체가 없으므로 표2를 적용할 수 없다는 것입니다. 부득이한 사유 규정을 장기보유특별공제로 끌어오는 것은 명문 근거 없는 확장해석에 해당한다는 취지입니다.

2020년 개정이 만든 분수령, 왜 예전 사례를 믿으면 안 되는가

결정문에는 개정 연혁이 함께 정리되어 있습니다. 소득세법 제95조는 2020년 8월 18일 법률 제17477호로 개정되었고, 그 취지는 보유 주택에 실제로 거주하는 실수요자 중심으로 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제를 전환하는 것이었습니다. 개정 전에는 1세대 1주택자의 경우 양도차익에 보유기간별 공제율만 곱했고, 보유기간 10년 이상이면 공제율이 80%였습니다. 즉 거주하지 않아도 오래 보유하기만 하면 최고 공제율에 닿을 수 있었습니다.

개정 후에는 구조가 달라졌습니다. 공제액이 "양도차익 × (보유기간별 공제율 + 거주기간별 공제율)"로 바뀌면서, 보유기간 10년 이상이면 40%, 거주기간 10년 이상이면 40%, 합쳐서 최대 80%가 되는 방식으로 재편되었습니다. 이 개정은 2021년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용됩니다. 이 사건의 양도일은 2024년 12월이므로 개정 규정이 그대로 적용됩니다.

이 대목이 실무에서 가장 자주 사고가 나는 지점입니다. 오래 보유한 부모 세대나 지인이 과거에 "10년 넘으면 80%"라는 경험을 갖고 있고, 그 기억이 그대로 전달되면서 신고 단계에서 잘못된 공제율이 적용됩니다. 특히 거주는 하지 않고 임대만 놓아온 장기 보유 주택, 해외 체류가 길었던 세대, 재건축 사업 진행으로 물리적으로 거주가 어려웠던 주택에서 이런 착오가 반복됩니다.

조합원입주권으로 팔 때 추가로 걸리는 두 가지

이 사건은 일반 주택 양도가 아니라 조합원입주권 양도였다는 점에서 한 겹의 논점이 더 있습니다. 소득세법 제95조 제2항은 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 대상이 되는 양도차익을 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다고 규정하고 있습니다. 관리처분계획 인가 이후에 붙은 프리미엄 부분은 애초에 장기보유특별공제의 대상이 아니라는 뜻입니다. 이 사건에서 관리처분계획 인가일은 2017년 5월 2일, 양도일은 2024년 12월 10일이므로 그 사이의 가치 상승분은 공제 대상 밖에 놓입니다.

또 하나는 고가주택 안분입니다. 소득세법 제95조 제3항과 시행령 제160조에 따라, 비과세 대상에서 제외되는 고가주택이나 조합원입주권의 양도차익과 장기보유특별공제액은 양도가액에서 12억원을 뺀 금액이 양도가액에서 차지하는 비율로 안분해 계산합니다. 즉 공제율 자체가 30%냐 80%냐 하는 문제와, 그 공제가 적용되는 과세 대상 양도차익의 크기 문제가 따로 존재합니다. 실무에서는 이 두 단계를 한꺼번에 뭉뚱그려 계산하다가 세액 차이가 크게 벌어지는 경우가 많습니다.

항목별 판단 결과

표를 놓고 보면 청구인이 제출한 자료와 다투어진 쟁점이 서로 어긋나 있었다는 점이 드러납니다. 청구인이 증명한 것은 거주하지 못한 이유였고, 규정이 요구한 것은 거주한 사실이었습니다. 이 간극을 메우려면 법령에 예외 통로가 있어야 하는데 장기보유특별공제 조항에는 그 통로가 없었습니다.

실무 포인트, 이 결정에서 반드시 가져가야 할 것

포인트 ①. 비과세 요건과 장기보유특별공제 요건은 별개의 문턱입니다. 많은 분들이 "1세대 1주택이면 다 된다"고 생각하지만, 실제로는 비과세 판정, 12억원 초과분에 대한 과세 여부, 장기보유특별공제율 결정이 각각 독립적으로 이루어집니다. 비과세에서 인정되는 부득이한 사유가 장기보유특별공제에서도 인정된다는 보장은 없습니다. 이 결정은 그 차이를 정면으로 확인했습니다.

포인트 ②. 거주 2년은 공제율의 문턱이자 시작점입니다. 시행령 제159조의4는 표2를 적용받으려면 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것을 요구합니다. 거주기간이 1년 11개월이면 거주기간별 공제율이 조금 줄어드는 것이 아니라 표2 자체가 적용되지 않습니다. 매도 시기를 잡을 때 거주 2년이라는 선을 넘겼는지부터 확인해야 하는 이유입니다.

포인트 ③. 주민등록은 최소한의 출발선입니다. 주민등록이 되어 있다고 해서 곧바로 거주가 인정되는 것은 아니지만, 반대로 전입 이력조차 없으면 실제 거주를 주장하기가 대단히 어려워집니다. 이 사건에서도 전입 이력이 없다는 점이 판단의 기초 사실로 쓰였습니다. 거주 사실을 다투려면 관리비와 공과금 납부 내역, 카드 사용지, 통신 요금 청구지, 자녀 학교나 어린이집 기록, 우편물 수령 내역 같은 자료를 층층이 쌓아야 합니다.

포인트 ④. 해외 체류가 길면 출입국 내역이 함께 검토됩니다. 이 사건에서 과세관청은 청구인의 2010년 이후 출입국 내역에 따른 연도별 국내외 체류일수를 확인했습니다. 해외 근무나 장기 체류 이력이 있는 세대는 거주 관련 주장을 하기 전에 본인의 체류일수부터 스스로 점검해 보아야 합니다. 자료가 이미 확인 가능한 상태에서 주장을 세우면 신뢰만 잃습니다.

포인트 ⑤. 재건축 주택은 거주 이력을 미리 정리해 두어야 합니다. 관리처분계획 인가가 나면 이주와 철거가 진행되어 그 이후에는 거주 자체가 불가능합니다. 따라서 거주기간을 채울 수 있는 시간은 사실상 인가 전으로 한정됩니다. 재건축 예정 주택을 오래 보유해 온 분이라면, 인가 전에 거주 이력을 어떻게 확보할 것인지가 세액에 직접 영향을 줍니다. 다만 인가 전후 기간의 거주기간 산정 방식은 개별 사실관계에 따라 다툼이 생길 수 있으므로 반드시 사전 검토가 필요합니다.

포인트 ⑥. 신고 전 검토가 조사 후 다툼보다 훨씬 저렴합니다. 이 사건의 흐름을 보면 2024년 12월 양도, 2025년 신고, 2025년 5월 세무조사, 6월 경정 고지, 9월 이의신청, 2026년 1월 심판청구, 4월 기각으로 이어집니다. 약 1년 반 동안 시간과 비용이 들었고 결과는 바뀌지 않았습니다. 공제율을 스스로 유리하게 적용해 신고하는 것보다, 신고 전에 요건 충족 여부를 확인하고 대안을 설계하는 것이 언제나 낫습니다.

포인트 ⑦. 공제율이 30%로 떨어질 때의 충격은 생각보다 큽니다. 장기 보유 자산은 양도차익 자체가 큰 경우가 많아, 공제율 50%포인트 차이가 과세표준을 크게 벌리고 누진세율 구간까지 밀어 올립니다. 여기에 지방소득세와 가산세까지 더해지면 체감 부담은 더 커집니다. 예상 세액을 산출할 때는 표1이 적용되는 최악의 시나리오를 함께 계산해 두는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

Q. 배우자의 해외 근무 때문에 못 살았는데 왜 인정되지 않나요?

근무상 형편이라는 사유가 인정되는 조문과, 장기보유특별공제 표2의 거주요건을 정한 조문이 다르기 때문입니다. 부득이한 사유에 관한 예외는 1세대 1주택 비과세를 정한 소득세법 시행령 제154조 쪽에 규정되어 있고, 장기보유특별공제의 근거인 제159조의4에는 그런 예외가 없습니다. 심판원은 감면요건을 납세자에게 유리하게 확장해석할 수 없다는 대법원 2005다19163 판결의 법리를 들어 청구를 기각했습니다.

Q. 그러면 비과세는 되는데 장기보유특별공제는 안 되는 경우가 실제로 있나요?

있습니다. 두 제도는 요건이 서로 다르므로 한쪽만 충족되는 상황이 생길 수 있습니다. 특히 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택은 초과분에 대해 과세가 이루어지는데, 이때 적용되는 공제율이 표1인지 표2인지에 따라 세액 차이가 큽니다. 비과세 여부만 확인하고 안심했다가 공제율에서 놀라는 사례가 실무에서 반복됩니다.

Q. 주민등록만 그 집으로 옮겨 두면 거주로 인정받을 수 있나요?

주민등록은 거주 여부를 판단하는 자료 중 하나일 뿐이고, 그것만으로 거주가 확정되지는 않습니다. 반대로 전입 이력이 아예 없으면 실제 거주를 주장하기가 매우 어려워집니다. 이 사건에서도 전입 이력 부존재가 판단의 기초가 되었고, 공부상 기재와 다른 실제 거주를 주장하려면 그 입증책임은 납세자에게 있다는 점이 지적되었습니다.

Q. 2021년 이전에 팔았다면 결과가 달랐을까요?

제도 구조 자체가 달랐습니다. 개정 전에는 1세대 1주택자의 장기보유특별공제가 보유기간별 공제율만으로 계산되어 10년 이상이면 80%였습니다. 2020년 8월 18일 개정으로 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산하는 방식으로 바뀌었고, 이는 2021년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다. 다만 개별 사안의 결론은 양도 시점과 다른 요건들까지 함께 따져야 하므로 단정할 수 없습니다.

Q. 조합원입주권으로 팔 때 장기보유특별공제는 어디까지 적용되나요?

소득세법 제95조 제2항은 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 대상 양도차익을 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있습니다. 인가 이후에 형성된 가치 상승분은 공제 대상이 아닙니다. 또 조합원으로부터 취득한 입주권은 대상에서 제외됩니다. 재건축 자산은 이 구분만으로도 세액이 크게 달라지므로 계약 전 확인이 필요합니다.

자가진단 체크리스트

• 양도하려는 주택에 세대원이 실제로 2년 이상 거주한 이력이 있는가
• 그 주택을 주소지로 한 주민등록 전입 이력이 남아 있는가
• 거주 사실을 뒷받침할 관리비, 공과금, 통신비, 카드 사용 내역 등 자료가 보관되어 있는가
• 과거 해외 근무나 장기 체류가 있었다면 연도별 출입국 및 국내 체류일수를 파악하고 있는가
• 양도가액이 12억원을 넘어 고가주택 안분 계산 대상이 되는가
• 재건축 또는 재개발 자산이라면 관리처분계획 인가일과 그 전후의 양도차익 구분을 확인했는가
• 비과세 요건과 장기보유특별공제 요건을 따로 검토했는가
• 표1이 적용되는 경우의 세액을 미리 계산해 자금 계획에 반영했는가
• 신고 후 세무조사가 이루어질 경우 제출할 자료 목록을 정리해 두었는가

이 중 앞의 세 항목에서 하나라도 확신이 없다면, 표2를 전제로 세액을 추정하는 것은 위험합니다. 특히 오래 보유했지만 한 번도 살아본 적 없는 주택이라면 처음부터 표1을 기준으로 계획을 세우고, 다른 절세 여지가 있는지를 별도로 검토하는 편이 안전합니다.

정리

이 결정의 메시지는 명확합니다. 장기보유특별공제 표2는 오래 보유한 사람에게 주는 혜택이 아니라, 오래 보유하면서 실제로 거주한 사람에게 주는 혜택이라는 것입니다. 2020년 개정의 취지가 실수요자 중심 전환이었던 만큼, 거주하지 않은 기간을 거주로 의제해 달라는 요구는 명문 근거 없이는 받아들여지기 어렵습니다. 사정이 아무리 딱해도 조문에 예외가 없으면 심판원이 만들어줄 수는 없다는 것이 이 사건의 결론입니다.

동시에 이 사건은 다툴 시점을 놓치면 되돌리기 어렵다는 점도 보여줍니다. 신고 단계에서 요건을 점검했다면, 최소한 세액을 예측하고 매도 시기나 방식에 관해 다른 선택지를 검토할 여지가 있었을 것입니다. 오래 보유한 주택, 재건축이 진행 중인 자산, 해외 체류 이력이 있는 세대라면 매도 계약서에 도장을 찍기 전에 거주 요건과 공제율 구조를 먼저 확인하시기 바랍니다.

위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세, 증여세, 양도소득세 사안을 다루고 있습니다. 장기보유특별공제 적용 여부, 재건축 자산의 양도차익 구분, 세무조사 대응이 걱정된다면 신고 전에 사실관계와 증빙을 함께 정리해 보시길 권합니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026서1126 (2026.4.28. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조, 제95조, 소득세법 시행령 제154조, 제159조의4, 제160조, 소득세법 시행규칙 제71조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)