농지를 필지 쪼개 두 해에 나눠 팔았는데 자경감면 한도가 한 번만 인정됐습니다 (조심 2025중3605)

농지를 오래 보유하다 처분하는 분들에게 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 세금의 크기를 통째로 바꾸는 제도입니다. 요건만 갖추면 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하기 때문입니다. 그런데 이 감면에는 천장이 있습니다. 조세특례제한법 제133조는 한 과세기간에 감면받을 수 있는 세액을 1억원으로, 직전 4개 과세기간을 포함한 5개 과세기간 합계로는 2억원으로 묶어두고 있습니다. 땅값이 크게 오른 수도권 외곽에서 넓은 농지를 한꺼번에 팔면, 감면 요건을 다 갖추고도 한도를 넘긴 부분에 대해서는 그대로 세금이 남습니다.

그래서 실무에서 가장 흔히 나오는 아이디어가 "필지를 나눠서 올해 일부, 내년에 일부 팔자"입니다. 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이므로, 잔금일만 해를 넘기면 과세기간이 달라지고 한도도 새로 열리는 것처럼 보입니다. 이 사건의 청구인도 같은 길을 걸었습니다. 그리고 세무조사에서 그 구조가 통째로 부인됐습니다. 여기에 더해 1992년에 취득한 토지의 취득가액을 나중에 다시 쓴 계약서로 입증하려다 환산취득가액으로 밀린 쟁점까지 겹치면서, 심판청구는 두 쟁점 모두 기각으로 끝났습니다.

사건은 이렇게 흘러갔습니다

청구인은 1992년 5월 경기 남양주 소재 전(田) 두 필지를 취득해 오랫동안 보유했습니다. 이 토지가 이 사건의 분할 전 토지입니다. 2020년 6월 청구인은 이 토지 전체에 대해 매매계약을 체결했습니다. 그런데 잔금청산일 직전인 2020년 11월 5일, 분할 전 토지를 5필지로 분할했습니다. 그 다음 날인 11월 6일에는 당초 매매계약을 해지하고, 분할된 일부 필지에 대해 매매계약서를 다시 작성했습니다.

2020년 11월 17일 청구인은 분할된 토지 중 두 필지(쟁점토지①)를 매수인 4인에게 양도했고, 2021년 1월 8년 자경감면을 적용해 2020년 귀속 양도소득세를 신고·납부했습니다. 이후 2021년 2월 15일 남은 토지를 다시 분할했고, 2021년 3월 15일 세 필지(쟁점토지②)를 매수인 6인에게 양도한 뒤 같은 달 말 2021년 귀속분에 대해서도 8년 자경감면을 적용해 신고했습니다. 결과적으로 청구인은 두 과세기간에 걸쳐 각각 감면을 적용받았습니다.

2024년 10월 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시했습니다. 조사 결과는 두 갈래였습니다. 첫째, 청구인이 취득가액 증빙으로 낸 1992년자 매매계약서와 필요경비 증빙으로 낸 부동산 컨설팅 용역계약서가 모두 사후에 작성된 것으로 판단해 취득가액을 환산취득가액으로 바꿨습니다. 둘째, 쟁점토지①과 ②의 양도는 실질이 하나의 거래인데 과세기간을 갈라 감면 한도를 회피한 것으로 보아 2021년 귀속 감면을 부인했습니다. 처분청은 2024년 12월 17일 2020년 귀속분과 2021년 귀속분 양도소득세를 각각 경정·고지했고, 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 8월 심판청구를 제기했습니다.

다툰 쟁점은 두 가지였습니다

쟁점①은 취득가액입니다. 청구인이 제출한 취득 당시 매매계약서상 거래가액을 실지취득가액으로 인정할 수 있는지, 아니면 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산취득가액을 적용해야 하는지입니다. 소득세법 제97조는 취득가액을 실지거래가액으로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액·감정가액·환산취득가액을 순차 적용하도록 하고 있습니다. 그리고 같은 법 제114조 제7항과 시행령 제176조의2 제1항 제1호는 매매계약서·영수증 등 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우 추계할 수 있다고 규정합니다.

쟁점②는 감면 한도입니다. 과세기간을 달리해 두 번 양도한 거래를 국세기본법 제14조 제3항의 실질과세 원칙에 따라 연속된 하나의 거래로 보아 감면 한도를 한 과세기간분으로 적용할 수 있는지입니다. 국세기본법 제14조 제3항은 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되면 경제적 실질에 따라 연속된 하나의 거래로 보아 세법을 적용하도록 하고 있습니다.

청구인은 이렇게 주장했습니다

취득가액에 대해 청구인은 다음과 같이 설명했습니다. 분할 전 토지를 살 때 청구인의 부친과 매도인 사이에 채권·채무 관계가 있어 이를 정산하는 과정에서 매매계약을 체결했고, 매도인이 병약해 그 자녀가 대리해 계약서를 작성했다는 것입니다. 취득 당시 작성한 계약서를 분실해 매도인 측과 계약서를 다시 작성한 사실은 인정하면서도, 이는 조세회피 목적이 아니라 사실 그대로 복원한 것이라고 했습니다.

또 하나의 핵심 주장은 두충나무였습니다. 토지에 두충나무가 심어져 있었는데 나무의 가액과 토지의 가액이 비슷해서 두 가액을 대등하게 반영해 매매대금을 정했다는 것입니다. 청구인은 매도인의 며느리로부터 받은 확인서와 공증서, 인근 약재상의 확인서를 제출했습니다. 약재상 확인서에는 1990년대 초 5년생에서 6년생 두충나무의 가액과 평당 통상 식재 그루 수에 관한 내용이 담겨 있었습니다.

감면 한도에 대해서는, 부동산중개인 소개로 일면식도 없는 매수인들에게 먼저 쟁점토지①을 팔았고, 그 뒤 매수인들이 인접한 맹지를 취득했는데 진입도로가 필요하고 건축허가 문제가 있어 나중에 쟁점토지②를 추가로 사갔다는 것이 청구인의 설명이었습니다. 매수인 구성도 일부 달랐고, 매수인들끼리 특수관계라는 사실은 전혀 몰랐으므로 조세회피 의도가 없었다고 주장했습니다.

과세관청은 이렇게 반박했습니다

취득가액에 대한 처분청 논리는 단순하고 강했습니다. 청구인이 제출한 1992년자 매매계약서는 2006년 이후에 쓰이던 계약서 양식이었습니다. 즉 계약일보다 훨씬 뒤에 만들어진 서식으로 1992년 날짜를 적어 소급 작성했다는 뜻이고, 이 점에 대해서는 청구인과 처분청 사이에 이견조차 없었습니다. 필요경비로 신고한 부동산 컨설팅 용역계약서 역시 2002년 작성이라고 했으나 문서감정 결과 2010년 이후 작성된 것으로 나타나 부인됐습니다.

결정적인 것은 확인서의 내용이 뒤집힌 대목입니다. 청구인은 매도인의 며느리에게서 "남편이 계약을 주관했고 평당 얼마로 계약했음을 확인한다"는 확인서를 받아 제출했지만, 처분청이 조사 과정에서 같은 사람에게 직접 확인한 결과 토지 가격에 나무 가격이 포함된 것으로는 알지만 정확한 거래가격은 알지 못한다는 취지의 진술이 나왔습니다. 게다가 대금 지급을 뒷받침할 금융증빙이 전혀 없었습니다.

감면 한도에 대해서는 정황을 촘촘하게 나열했습니다. 2020년 6월 전체 토지에 대한 매매계약이 있었는데 잔금청산일 직전에 별다른 사유 없이 5필지로 분할됐고, 그 다음 날 당초 계약이 해지된 뒤 재계약이 이뤄졌습니다. 쟁점토지①의 계약금이 통상적인 수준을 크게 넘었고, 이후에도 분할된 필지들에 대해 계약 해제와 재계약이 반복됐습니다. 두 차례 양도의 간격은 약 4개월에 불과했습니다.

매수인 관계도 문제였습니다. 2020년에 산 사람들과 2021년에 산 사람들 중 일부는 부모와 자녀 관계였고, 이들은 부동산 개발·임대업을 함께 하는 공동사업자로 확인됐습니다. 더 나아가 2020년에 판 필지와 2021년에 판 필지에 신축된 건물들의 건축허가일자가 2021년 4월 20일로 같고, 사용승인일자도 2021년 11월 15일로 동일했습니다. 애초부터 하나의 개발 계획이었다는 점을 보여주는 객관적 자료였습니다.

심판원은 취득가액 쟁점을 이렇게 판단했습니다

심판원은 처분청 손을 들었습니다. 판단의 뼈대는 두 가지입니다. 첫째, 제출된 매매계약서가 2006년 이후 생산된 서식이므로 1992년 5월 12일을 작성일자로 하여 소급 작성된 것으로 보인다는 점입니다. 둘째, 그 계약서 외에 대금지급내역 등 실지취득가액을 입증할 객관적 증빙이 없다는 점입니다. 따라서 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보아 환산취득가액을 적용한 처분은 잘못이 없다고 결론지었습니다.

여기서 눈여겨볼 것은 심판원이 "계약서가 거짓이다"라고 단정하지 않았다는 점입니다. 소득세법 제114조 제7항과 시행령 제176조의2가 요구하는 것은 위조 여부의 확정이 아니라 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 있는지입니다. 계약서의 형식적 신빙성이 흔들리고 이를 보완할 금융증빙이 없으면, 그 계약서에 적힌 금액이 실제와 같더라도 세법상으로는 확인 불가능한 것으로 처리됩니다. 확인서와 공증서는 그 자체로는 대금이 오갔다는 사실을 증명하지 못했고, 작성자 본인이 조사에서 다른 취지로 진술하면서 증거로서의 힘을 잃었습니다.

심판원은 감면 한도 쟁점을 이렇게 판단했습니다

심판원은 국세기본법 제14조 제3항을 근거로 삼았습니다. 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되면 경제적 실질에 따라 연속된 하나의 거래로 본다는 조항입니다. 심판원이 든 근거는 다음과 같습니다. 1992년에 취득해 30년 가까이 보유한 토지를 양도일 직전에 두 차례 분할했다는 점, 필지별 양수인이 동일하거나 서로 특수관계에 있다는 점, 두 차례 양도의 시기 간격이 약 4개월에 불과하다는 점입니다.

청구인이 내세운 "매수인들의 도로용지 필요와 건축허가 사정"에 대해서는, 이를 입증할 객관적 증빙자료가 제출되지 않았다고 지적했습니다. 그러면서 공장형 임대건물을 신축해 임대하려는 매수인들에게 굳이 토지를 쪼개어 나눠 팔아야만 할 합리적인 이유를 찾기 어렵고, 남는 설명은 청구인의 양도소득세를 줄이는 것뿐이라고 봤습니다. 결국 청구주장을 받아들이기 어렵다며 심판청구를 기각했습니다.

이 판단에서 중요한 것은 분할과 분산 양도 자체가 금지된 것이 아니라는 점입니다. 문제는 그렇게 해야 할 사업상·거래상 이유를 청구인이 증거로 제시하지 못했다는 데 있습니다. 세법상 혜택의 한도를 넘기지 않기 위한 목적 외에 다른 설명이 남지 않으면, 형식적으로 나뉜 두 개의 계약도 하나로 묶여 판단됩니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 것들

포인트 ①. 오래된 토지의 취득가액은 계약서가 아니라 돈의 흔적으로 증명됩니다. 1990년대에 산 땅은 계약서가 남아 있지 않은 경우가 대부분입니다. 이때 뒤늦게 계약서를 다시 쓰는 것은 최악의 선택입니다. 이 사건처럼 서식 연도만으로도 소급 작성 사실이 드러나고, 그 순간 나머지 주장 전체의 신빙성이 함께 무너집니다. 대신 찾아야 할 것은 예금거래내역이나 무통장입금증, 취득 당시 근저당 설정 내역과 채권최고액, 취득세·등록세 신고 및 납부 자료, 시군구에 남아 있는 검인계약서 사본, 상속·증여로 이어진 경우 그 당시 평가 자료입니다. 하나만으로는 부족해도 여러 개가 서로 맞물리면 실지거래가액을 인정받을 여지가 생깁니다.

포인트 ②. 확인서는 상대방이 조사에서 같은 말을 해야 증거가 됩니다. 이 사건에서 청구인은 공증까지 받은 확인서를 냈지만, 같은 사람이 조사에서 "정확한 가격은 모른다"고 진술하면서 무력화됐습니다. 확인서를 받을 때는 작성자가 왜 그 사실을 알 수 있는 위치에 있는지, 어떤 자료를 근거로 기억하는지를 함께 적고, 가능하면 통장 사본이나 당시 문서 같은 객관적 자료를 첨부해야 합니다. 기억에만 의존한 확인서는 반대 진술 한 번에 뒤집힙니다.

포인트 ③. 환산취득가액은 구제책이 아니라 불이익인 경우가 많습니다. 환산취득가액은 양도가액에 취득 당시와 양도 당시 기준시가의 비율을 곱해 계산합니다. 개발이 진행되어 공시지가가 크게 오른 지역의 오래된 농지라면, 환산된 취득가액이 실제 매입가보다 낮게 나오면서 양도차익이 커지는 경우가 흔합니다. 여기에 필요경비 개산공제는 취득 당시 개별공시지가의 3퍼센트에 그칩니다. 실제 지출한 비용을 계약서로 뒷받침하지 못하면 그 차액은 그대로 세금으로 돌아옵니다.

포인트 ④. 잔금일을 해 넘겨 조정하는 것만으로는 한도가 새로 열리지 않습니다. 양도시기는 원칙적으로 대금청산일이지만, 국세기본법 제14조 제3항은 형식이 아니라 경제적 실질을 봅니다. 이 사건에서 결론을 가른 지표는 명확합니다. 양도 직전에 이루어진 필지 분할, 동일하거나 특수관계인 매수인, 약 4개월에 불과한 시차, 통상 수준을 넘는 계약금, 반복된 계약 해제와 재계약, 그리고 두 필지 건물의 동일한 건축허가일과 사용승인일입니다. 이 중 여러 개가 겹치면 하나의 거래로 재구성될 위험이 매우 높습니다.

포인트 ⑤. 분산 양도를 하려면 "세금 말고 다른 이유"를 문서로 남겨야 합니다. 청구인의 설명(매수인의 맹지 진입도로 필요, 건축허가 사정)은 그 자체로는 충분히 있을 법한 이야기였습니다. 문제는 이를 뒷받침할 자료가 없었다는 점입니다. 매수인이 뒤늦게 인접 토지를 취득한 등기 시점, 진입도로 확보를 위한 협의 문서, 인허가 반려나 보완 요구 공문, 최초 계약 시점에는 후속 필지를 매수할 의사가 없었음을 보여주는 이메일이나 문자 기록 같은 것들이 필요했습니다. 사후에 설명하는 것과 당시 기록으로 남기는 것은 전혀 다릅니다.

포인트 ⑥. 감면 한도는 5개 과세기간 합계도 함께 봅니다. 조세특례제한법 제133조는 과세기간별 1억원 기준과 5개 과세기간 합계 2억원 기준 중 큰 금액을 감면하지 않도록 정하고 있습니다. 즉 해를 넘겨 나눠 판다고 해도 5년 안에 몰아서 팔면 두 번째 천장에 부딪힙니다. 매도 계획을 세울 때는 한 해가 아니라 5년 단위로 감면 사용 이력을 확인해야 합니다. 이미 다른 농지나 수용 보상으로 감면을 받은 적이 있다면 그것부터 합산해야 합니다.

포인트 ⑦. 세무조사는 계약서보다 건축물대장과 등기를 먼저 봅니다. 이 사건에서 처분청이 결정적으로 활용한 자료는 청구인이 낸 서류가 아니라, 매수인 측의 건축허가일과 사용승인일, 매수인들의 사업자 등록 및 공동사업 이력, 실거래가 신고자료, 지적도 변경이력, 위성사진이었습니다. 납세자가 제출하지 않아도 과세관청이 확보할 수 있는 자료입니다. 거래 구조를 짤 때는 "내가 낼 서류"가 아니라 "상대방 쪽에 남는 기록"까지 함께 생각해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 농지를 나눠서 여러 해에 걸쳐 파는 것 자체가 불법인가요?

아닙니다. 필지 분할도, 시기를 나눈 매도도 그 자체로는 적법한 처분 방식입니다. 문제가 되는 것은 매수인이 사실상 같은 사람이거나 서로 특수관계이고, 시차도 짧으며, 나눠 팔아야 할 사업상 이유가 확인되지 않는 경우입니다. 이런 사정이 겹치면 국세기본법 제14조 제3항에 따라 하나의 거래로 보아 감면 한도가 한 번만 적용될 수 있습니다. 매수인이 전혀 다르고 거래 경위도 독립적이라면 결론은 달라질 수 있습니다.

Q. 30년 전에 산 땅이라 계약서가 없습니다. 어떻게 해야 하나요?

없는 계약서를 새로 만드는 것은 절대 피해야 합니다. 대신 금융거래 흔적, 취득세 관련 자료, 등기부상 근저당 설정 내역, 시군구 보관 검인계약서, 당시 대출 서류 등을 최대한 모아 실지거래가액 입증을 시도하고, 그것이 어려우면 환산취득가액 적용을 전제로 세액을 미리 계산해 매도 시기와 방식을 검토하는 편이 안전합니다. 실지거래가액과 환산가액 중 어느 쪽이 유리한지는 사안마다 다르므로 사전 시뮬레이션이 필요합니다.

Q. 매도인 가족에게 확인서를 받아두면 취득가액이 인정되나요?

확인서만으로 인정되기는 어렵습니다. 이 사건에서 보듯 확인서 작성자가 조사에서 다른 취지로 진술하면 증거력이 사라집니다. 확인서는 금융증빙 등 객관적 자료를 보충하는 역할일 때 힘을 발휘합니다. 돈이 오간 기록이 전혀 없는 상태에서 확인서만 여러 장 제출하는 것은 오히려 소급 작성 의심을 키울 수 있습니다.

Q. 환산취득가액이 적용되면 필요경비는 전혀 인정 안 되나요?

환산취득가액을 쓰는 경우 취득가액과 별도로 필요경비 개산공제가 적용되며, 토지는 취득 당시 개별공시지가의 3퍼센트입니다. 다만 소득세법 제97조 제2항 단서는 환산취득가액과 개산공제의 합계액보다 실제 자본적지출액과 양도비 합계액이 큰 경우 후자를 필요경비로 할 수 있도록 하고 있습니다. 어느 쪽이 유리한지는 지출 증빙이 얼마나 갖춰져 있는지에 따라 갈립니다.

Q. 조사가 이미 시작됐는데 지금이라도 자료를 보완할 수 있나요?

가능합니다. 다만 이 시점에 새로 만든 문서는 위험합니다. 이 사건에서도 문서감정으로 작성 시기가 드러났습니다. 지금 해야 할 일은 새 문서를 만드는 것이 아니라, 이미 존재하는 기록(은행 거래내역, 관공서 보관 서류, 상대방 측 인허가 이력)을 찾아내 시간 순서대로 정리하는 것입니다. 조사 단계에서 제출한 진술과 자료는 이후 이의신청과 심판청구에서 그대로 근거가 되므로, 초기 대응이 결과를 크게 좌우합니다.

자가진단 체크리스트

• 보유 농지의 취득 당시 대금 지급 흔적(통장, 입금증, 대출 서류)을 실제로 찾을 수 있는가
• 취득가액을 실지거래가액으로 신고할 때와 환산취득가액을 적용할 때의 세액 차이를 계산해 봤는가
• 지금 제출하려는 계약서나 영수증 중 사후에 작성한 문서가 섞여 있지는 않은가
• 최근 5개 과세기간 동안 자경감면·수용감면 등으로 이미 감면받은 세액이 있는가
• 매도 예정 금액 기준으로 감면 한도(과세기간 1억원, 5개 과세기간 2억원)를 넘기는가
• 필지를 분할해 나눠 판다면, 세금 외에 그렇게 해야 할 거래상 이유를 설명할 수 있는가
• 1차 매수인과 2차 매수인이 가족·동업자 등 특수관계에 해당하지는 않는가
• 두 차례 양도의 시차가 몇 개월인가, 잔금일만 해를 넘긴 구조는 아닌가
• 매수인 측 건축허가일·사용승인일이 같은 날로 잡히지는 않는가
• 8년 자경 요건 자체(거주, 직접 경작, 사업소득 규모 등)를 증빙으로 소명할 수 있는가

정리하며

이 사건의 청구인은 두 가지를 놓쳤습니다. 하나는 30년 전 취득가액을 돈의 흔적이 아니라 나중에 다시 쓴 종이로 증명하려 한 것이고, 다른 하나는 감면 한도를 피하기 위한 거래 구조를 만들면서 그 구조가 필요했던 이유를 기록으로 남기지 않은 것입니다. 두 가지 모두 매도 전에 준비할 수 있었던 영역입니다. 조사가 시작된 뒤에 만들어진 서류는 오히려 불리하게 작용했습니다.

농지 양도는 감면 한도 하나만 잘못 계산해도 세액이 크게 달라집니다. 필지 분할, 매도 시기 배분, 공동소유 여부, 취득가액 입증 방법은 계약서에 도장을 찍기 전에 함께 검토해야 하는 문제입니다. 이미 계약이 진행 중이거나 조사 통지를 받은 상황이라면, 남아 있는 자료를 정확히 파악하고 무엇을 소명할 수 있는지부터 정리하는 것이 우선입니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 전문가와 상의하시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2025중3605 (2026-04-29 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제14조, 소득세법 제97조·제98조·제114조, 소득세법 시행령 제162조·제163조·제176조의2, 조세특례제한법 제69조·제133조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)