상속주택 있는 상태에서 재건축 입주권을 먼저 팔았는데 비과세가 안 된다고 합니다 (조심 2025인3294)

재건축이나 재개발 구역에 집을 가지고 계신 분들이 세금 문제에서 가장 크게 넘어지는 지점이 있습니다. 바로 관리처분계획인가일입니다. 겉으로 보면 아무것도 달라지지 않습니다. 이주가 시작되지 않았으면 그 집에 그대로 살고 있거나 세를 주고 있고, 관리비도 계속 나오고, 우편물도 그 주소로 옵니다. 그런데 세법상으로는 그 시점에 내가 가진 자산의 종류가 '주택'에서 '조합원입주권'으로 바뀝니다. 등기부에 적힌 것과 무관하게, 실제로 사람이 살고 있는지와도 무관하게 바뀝니다.

문제는 1세대 1주택 비과세와 그 특례 규정 대부분이 '주택'을 양도하는 경우를 전제로 만들어져 있다는 점입니다. 그래서 상속, 혼인, 동거봉양, 일시적 2주택 같은 사정으로 집이 두 채가 되었더라도 특례를 받을 수 있었던 사람이, 관리처분계획인가가 나버린 뒤에 처분하면 특례 자체를 못 쓰게 되는 일이 생깁니다. 이번에 소개하는 조세심판원 결정례가 정확히 그 상황입니다. 납세자에게는 대단히 억울한 사안이었고 주장도 매우 정교했지만, 결과는 기각이었습니다. 왜 그런 결론이 나왔는지, 그리고 무엇을 미리 했어야 했는지를 하나씩 짚어보겠습니다.

사건 경과, 15년 넘게 보유한 집이 3개월 만에 입주권이 되었다

사실관계는 비교적 단순합니다. 청구인은 2003년 11월에 아버지로부터 주택 한 채를 증여받아 소유하고 있었습니다(이하 쟁점주택). 그 뒤 2018년 2월 10일에 아버지가 사망하면서 아버지가 살던 주택을 상속받았습니다(이하 상속주택). 상속개시 당시 청구인은 아버지와 별도 세대를 구성하고 있었고, 상속주택은 아버지가 계속 거주해 온 집이었습니다. 이 시점에서 청구인은 일반주택 1채 + 상속주택 1채를 보유한 1세대 2주택자가 되었습니다.

여기까지만 보면 세법이 배려해 주는 전형적인 상황입니다. 상속은 본인의 의사와 무관하게 주택을 취득하게 되는 사정이므로, 소득세법 시행령 제155조 제2항은 상속주택과 일반주택을 각각 1채씩 가진 1세대가 일반주택을 먼저 양도하면 1주택만 가진 것으로 보아 비과세 판정을 하도록 정하고 있습니다. 청구인도 당연히 이 특례를 염두에 두고 있었을 것입니다.

그런데 상속개시일로부터 불과 3개월 뒤인 2018년 5월 15일, 두 주택이 속한 단지의 주택재건축사업에 대해 관리처분계획인가가 났습니다. 두 주택이 모두 각각 조합원입주권으로 전환되었습니다. 청구인이 무언가를 새로 사거나 팔아서가 아니라, 조합의 사업 일정 때문에 벌어진 일입니다. 이후 청구인은 2023년 7월 19일에 증여받았던 쪽의 입주권(쟁점조합원입주권)을 타인에게 양도하고, 2023년 9월 19일에 1세대 1주택 비과세를 적용해 양도소득세를 신고했습니다.

같은 해 11월경 처분청으로부터 안내문이 왔습니다. 상속받은 쪽 입주권을 보유한 상태에서 쟁점입주권을 양도했으므로 비과세가 적용되지 않는다는 내용이었습니다. 청구인은 2023년 11월 10일에 일단 수정신고를 하고 세금을 납부했습니다. 그러나 납득하기 어려웠고, 2024년 2월 5일 경정청구를 제기했습니다. 처분청은 2024년 12월 27일 이를 거부했고, 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 7월 28일 심판청구를 냈습니다. 결정은 2026년 5월 13일, 기각이었습니다.

청구인의 주장, 내 잘못이 아니라 조합의 일정 때문이다

청구인의 주장은 크게 세 갈래였습니다. 첫째는 실질 논리입니다. 상속개시일을 기준으로 보면 쟁점주택과 상속주택 모두 '주택'이었고, 시행령 제155조 제2항이 요구하는 요건을 충족한 상태였습니다. 쟁점주택은 상속개시 전에 취득한 주택이고, 상속개시일로부터 2년 이내에 피상속인에게서 증여받은 주택도 아닙니다. 그리고 상속주택보다 먼저 양도했습니다. 요건은 다 갖췄는데, 상속개시 3개월 뒤에 관리처분계획인가라는 자기 의사와 무관한 사건이 끼어들어 비과세 대상에서 과세 대상으로 뒤집혔다는 것입니다. 게다가 관리처분계획인가 이후에도 5년이 넘도록 이주와 철거가 진행되지 않아 양도일 당시에도 두 집은 사실상 주거용으로 쓰이고 있었습니다. 청구인은 이주계획안내문, 관리비명세서, 월세계약서, 주민등록표초본 등을 증빙으로 제출했습니다.

둘째는 유권해석 논리입니다. 청구인은 기획재정부와 국세청이 그동안 '기존 주택이 입주권으로 전환된 경우'와 '입주권을 새로 취득한 경우'를 구분해 왔다는 점을 들었습니다. 혼인으로 일시적 2주택이 된 뒤 그중 한 채가 입주권으로 전환되어 5년 내에 양도한 경우 주택 양도로 보아 비과세가 가능하다는 해석, 상속주택이 입주권으로 전환된 뒤 일반주택을 양도한 경우 상속주택 특례를 적용할 수 있다는 해석 등을 제시했습니다. 투기 목적으로 입주권을 신규 취득한 것이 아니라 오래 보유한 집이 전환된 것에 불과하다면 주택으로 보아야 한다는 취지였습니다.

셋째는 헌법 논리입니다. 입주권을 주택 수에 포함시켜 관리하는 제도의 취지는 다주택자의 재개발·재건축 투기 수요 억제인데, 청구인은 15년 이상 보유한 집을 상속이라는 부득이한 사정으로 2주택이 된 상태에서 처분한 것이므로 투기와 무관하다는 것입니다. 또한 입주권으로 보면 소득세법 제95조 제2항에 따라 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용되어 이미 상당한 불이익을 받는데, 여기에 비과세 특례까지 배제하는 것은 과잉금지원칙 위반이라고 주장했습니다.

과세관청의 반박, 특례는 확장해석하지 않는다

처분청의 논리는 조문 구조와 개정 연혁 두 축으로 구성되었습니다. 먼저 엄격해석 원칙입니다. 조세법률주의와 조세공평 이념에서 나온 엄격해석 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세·감면 요건에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다는 이유로 합리적 근거 없이 확장하거나 유추해석할 수 없다는 것입니다(대법원 2007.7.12. 선고 2005두15021 판결 참조).

다음은 조문 문언입니다. 소득세법 제88조는 제7호에서 '주택'을, 제9호에서 '조합원입주권'을 각각 정의하며 서로 다른 자산으로 구분합니다. 그리고 시행령 제155조 제2항이 정하는 '일반주택'의 범위는 괄호 안에 명확히 한정되어 있습니다. 상속개시 당시 보유한 주택, 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권으로 사업시행이 완료된 후 취득한 신축주택입니다. 즉 상속개시 당시 이미 입주권이었던 것이 준공되어 신축주택이 된 경우는 포함하지만, 상속개시 당시 주택이었다가 이후 입주권으로 전환되어 입주권 상태로 양도된 경우는 문언에 들어 있지 않습니다.

개정 연혁도 이 해석을 뒷받침합니다. 처분청이 정리한 연혁에 따르면 2003년부터 '일반주택'이라는 용어가 도입되어 일반주택을 먼저 양도할 때만 비과세 판정을 하도록 바뀌었고, 2013년부터는 일반주택을 상속개시 당시 보유하고 있어야 한다는 요건이 추가되었으며, 2014년부터는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권으로 취득한 신축주택도 일반주택에 포함하도록 개정되었습니다. 입법자가 입주권과 신축주택을 어디까지 일반주택으로 볼지 여러 차례에 걸쳐 구체적으로 손질해 왔다는 뜻입니다. 그렇게 세밀하게 범위를 정해 온 조문에 문언에 없는 경우를 끼워 넣기는 어렵다는 논리입니다.

청구인이 제시한 유권해석들에 대해서는, 하나같이 양도한 자산이 주택인 사안이거나 상속이 아닌 혼인·일시적 2주택 사안이라며 이 사건과 사실관계가 다르다고 반박했습니다. 상속주택이 입주권으로 전환된 뒤 일반주택을 양도한 사안은 '주택을 양도한 경우'이고, 혼인 관련 해석은 시행령 제155조 제5항에 관한 것이며, 신규주택이 입주권으로 전환된 뒤 종전주택을 양도한 사안도 입주권을 양도한 경우가 아니라는 것입니다. 이 사건은 전환된 입주권 2개를 보유한 상태에서 그중 하나를 양도한 경우라는 점에서 인용된 해석 어느 것과도 구조가 같지 않다는 지적이었습니다.

심판원의 판단, 154조 제1항은 주택에 관한 규정이다

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 핵심 논리는 조문의 위임 구조입니다.

첫째, 소득세법 제89조 제1항은 1세대 1주택 비과세(제3호)와 1세대 1조합원입주권 비과세(제4호)를 별도의 호로 나누어 규정하고 있습니다. 주택과 입주권은 애초에 서로 다른 트랙에서 비과세가 다루어집니다.

둘째, 시행령 제154조 제1항은 제89조 제1항 제3호 가목의 위임을 받아 만들어진 규정입니다. 따라서 1세대 1주택에 관한 비과세 요건 규정일 뿐, 입주권 비과세에 관한 규정이 아닙니다. 심판원은 이 부분에서 조세심판관합동회의 결정(조심 2019서465, 2019.10.11.)을 같은 뜻으로 인용했습니다.

셋째, 시행령 제155조 제2항은 조문 제목 자체가 '1세대 1주택의 특례'이고, 그 효과도 제154조 제1항을 적용하도록 하는 것에 그칩니다. 게다가 그 조항이 정한 일반주택의 범위에는 상속개시 당시 보유한 주택이 조합원입주권으로 전환된 경우가 포함되어 있지 않고, 쟁점입주권은 사업시행이 완료된 뒤 취득한 신축주택에도 해당하지 않습니다. 결국 입주권 양도에 이 규정을 적용할 근거가 없다는 결론입니다.

넷째, 양도 당시까지 사실상 주택으로 사용되고 있었다는 주장에 대해서는, 소득세법 제88조가 관리처분계획인가로 취득한 입주자로 선정된 지위를 조합원입주권으로 정의하여 주택과 구분되는 별개의 자산으로 규정하고 있으므로, 사실상의 기능에 따라 적용을 달리하기는 어렵다고 보았습니다. 사람이 살고 있느냐가 아니라 법이 그 자산을 무엇으로 정의하느냐가 기준이라는 뜻입니다.

심판원이 인용한 법리는 조세법규는 특별한 사정이 없으면 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장·유추해석할 수 없으며, 특히 특혜성이 명백한 감면 요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다는 것입니다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 참조). 납세자가 얼마나 억울한 사정에 놓였는지와 별개로, 조문에 없는 경우를 심판원이 만들어 줄 수는 없다는 태도입니다.

항목별 판단 결과

보시는 것처럼 청구인이 제기한 모든 논점이 받아들여지지 않았습니다. 사실관계가 부실했기 때문이 아니라, 조문 구조 자체가 애초에 입주권 양도를 상속주택 특례의 사정거리 밖에 두고 있었기 때문입니다.

주택 상태로 파는 것과 입주권 상태로 파는 것의 차이

같은 부동산이라도 어느 시점에 넘기느냐에 따라 세법상 취급이 이렇게 달라집니다. 청구인이 심판청구에서 강조했던 부분이기도 합니다.

실제 거주 여부, 철거 여부, 이주 여부는 이 표에 등장하지 않습니다. 심판원이 명확히 밝힌 대로 자산의 성격은 관리처분계획인가라는 법적 사건으로 결정되고, 사실상의 사용 상태로 되돌려지지 않습니다.

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 것과 지금 해야 할 일

포인트 ①. 결론을 가른 것은 사정이 아니라 '양도한 자산의 종류'였습니다. 청구인이 제시한 유권해석들을 다시 보면 공통점이 있습니다. 전부 주택을 양도한 사안입니다. 상속주택이 입주권으로 바뀐 상태에서 일반주택을 팔았거나, 신규주택이 입주권으로 바뀐 상태에서 종전주택을 팔았거나 하는 식입니다. 이 사건은 반대로 입주권을 팔았습니다. 두 채가 모두 입주권으로 전환되어 팔 수 있는 것이 입주권밖에 없었던 것이 결정적이었습니다. 유권해석을 찾을 때는 '내가 처한 사정'이 같은지가 아니라 '내가 넘기는 자산이 무엇인지'가 같은지를 먼저 확인해야 합니다.

포인트 ②. 같은 단지에 두 채가 있으면 특례 설계가 통째로 무너질 수 있습니다. 이 사건에서 가장 불운했던 부분은 증여받은 집과 상속받은 집이 같은 재건축 사업 구역에 있었다는 점입니다. 관리처분계획인가 한 번으로 두 채가 동시에 입주권이 되었고, '일반주택을 먼저 양도한다'는 특례의 전제조건 자체가 사라졌습니다. 부모님과 같은 단지, 같은 구역에 집을 두고 있다면 상속이 발생하기 전에 미리 시나리오를 점검해 두는 것이 좋습니다.

포인트 ③. 관리처분계획인가 예정일은 세무 일정표에 올려야 하는 날짜입니다. 조합의 정기총회 일정, 관리처분계획 수립 진행 상황은 조합원이면 알 수 있습니다. 상속이 발생한 뒤 특례를 활용해 정리할 계획이라면, 인가일 전에 계약과 잔금까지 마칠 수 있는지가 핵심 변수입니다. 이 사건은 상속개시 3개월 뒤에 인가가 났습니다. 상속 절차와 협의분할에 몇 달을 쓰는 사이에 창이 닫힌 셈입니다.

포인트 ④. 준공 후 신축주택 상태로 양도하는 경우와는 법문상 취급이 다릅니다. 심판원은 쟁점입주권이 '사업시행 완료 이후 취득한 신축주택'에도 해당하지 않는다는 점을 판단 근거의 하나로 들었습니다. 시행령 제155조 제2항의 일반주택 범위에는 상속개시 당시 보유한 입주권이나 분양권으로 준공 후 취득한 신축주택이 들어 있습니다. 즉 입주권 상태에서 파는 것과 준공 후 주택 상태에서 파는 것은 같지 않을 수 있습니다. 다만 어느 경우에 어떻게 적용되는지는 상속개시 당시 그 자산이 주택이었는지 입주권이었는지, 이후 어떤 순서로 처분하는지에 따라 달라지므로, 처분 전에 반드시 개별 확인이 필요합니다. 급하게 입주권을 넘기기보다 준공 시점까지 기다리는 선택지를 함께 계산해 보는 것이 좋습니다.

포인트 ⑤. 양도 순서를 바꿀 수 있었는지 점검해야 합니다. 이 사건에서 청구인은 증여받은 쪽 입주권을 먼저 팔았습니다. 상속받은 쪽을 먼저 정리했을 때의 세부담, 두 자산의 취득가액과 인가 전 양도차익의 차이, 각 자산의 보유기간 등을 비교했더라면 다른 선택이 가능했을 수 있습니다. 양도소득세는 '무엇을 파는가'뿐 아니라 '어느 것을 먼저 파는가'에 따라 결과가 크게 달라집니다.

포인트 ⑥. 비과세로 신고했다가 안내문을 받은 뒤의 대응 순서를 알아두십시오. 청구인은 안내문을 받고 수정신고와 납부를 한 뒤 경정청구를 냈고, 거부되자 이의신청과 심판청구로 이어갔습니다. 이 경로 자체는 정석입니다. 다만 결론이 나온 시점은 양도로부터 약 3년 뒤였고, 그 사이 세금은 이미 납부된 상태였습니다. 불복은 최후의 수단이지 절세 수단이 아닙니다. 조문 문언이 명백히 다른 경우에는 심판원이 결론을 뒤집어 주기 어렵다는 점을 감안해, 처분 전 검토에 시간과 비용을 쓰는 것이 훨씬 효율적입니다.

포인트 ⑦. '투기 목적이 없었다'는 사정만으로는 조문을 넘지 못합니다. 청구인은 15년 이상 보유, 신규 취득 없음, 실제 거주 등 실질을 뒷받침하는 자료를 충실히 냈습니다. 그럼에도 결과는 기각이었습니다. 비과세와 감면은 특혜 규정이므로 엄격하게 해석한다는 원칙이 확고하게 적용되기 때문입니다. 억울함을 입증하는 데 힘을 쏟기보다, 처분 시점을 조정해 조문 안으로 들어가는 것이 실효성 있는 전략입니다.

자주 묻는 질문

Q. 관리처분계획인가가 났지만 아직 이사도 안 하고 그 집에 살고 있습니다. 팔면 주택 양도인가요?

이 결정례에서 심판원은 실제 주거용으로 사용되고 있었다는 사정만으로 자산의 성격이 주택으로 유지되지는 않는다고 보았습니다. 소득세법 제88조가 관리처분계획인가로 취득한 입주자 지위를 조합원입주권으로 정의하고 주택과 별개 자산으로 규정하고 있기 때문입니다. 다만 인가일 전에 기존주택이 철거되는 경우 등 시점 판단이 문제되는 사안도 있으므로, 실제 처분 전에 인가일과 등기·계약 일정을 함께 확인하시는 것이 좋습니다.

Q. 상속주택 특례는 언제 쓸 수 있는 건가요?

시행령 제155조 제2항은 상속받은 주택과 일반주택을 각각 1개씩 소유한 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 제154조 제1항을 적용하도록 하고 있습니다. 여기서 일반주택은 상속개시 당시 보유한 주택, 또는 상속개시 당시 보유한 입주권·분양권으로 사업시행 완료 후 취득한 신축주택으로 한정되며, 상속개시일부터 소급해 2년 이내에 피상속인에게서 증여받은 주택 등은 제외됩니다. 요건이 세밀하므로 조문 문언과 자신의 취득 경위를 하나씩 대조해 보아야 합니다.

Q. 입주권도 비과세가 되는 경우가 있다고 들었습니다.

소득세법 제89조 제1항 제4호가 조합원입주권 양도에 대한 비과세를 별도로 정하고 있습니다. 관리처분계획인가일 등 현재 1세대 1주택 요건을 갖춘 기존주택을 소유했던 세대가 입주권 1개만 보유하고, 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없거나, 1주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도하는 경우 등의 요건을 충족해야 합니다. 이 사건은 입주권을 2개 보유한 상태였다는 점이 문제였습니다. 자신이 이 트랙에 해당하는지는 보유 자산 구성 전체를 놓고 판단해야 합니다.

Q. 국세청 유권해석을 찾아서 근거로 냈는데도 안 통하는 이유가 뭔가요?

유권해석은 질의된 사실관계를 전제로 한 회신입니다. 이 사건에서 처분청과 심판원은 청구인이 제시한 해석들이 모두 주택을 양도한 사안이거나 상속이 아닌 다른 특례 조항에 관한 것이라며 배척했습니다. 해석을 인용할 때는 결론 문장만 보지 말고 질의 요지에 나오는 양도 자산의 종류, 보유 자산의 구성, 처분 순서가 내 상황과 일치하는지를 반드시 대조해야 합니다.

Q. 이미 수정신고까지 했는데 되돌릴 방법이 있을까요?

일반적으로는 경정청구, 이의신청 또는 심사청구, 심판청구, 행정소송의 순서로 다툴 수 있습니다. 다만 이 결정례처럼 조문 문언 자체가 다른 경우에는 불복으로 결론을 뒤집기가 쉽지 않습니다. 반대로 사실관계 확인이나 요건 충족 여부에 다툼의 여지가 있는 사안이라면 충분히 검토할 가치가 있습니다. 청구 기간이 정해져 있으므로 안내문이나 고지서를 받으면 먼저 기한을 확인하고 전문가와 상의하시기 바랍니다.

자가진단 체크리스트

• 내가 가진 부동산이 속한 정비사업의 관리처분계획인가일을 정확히 알고 있는가.
• 부모님 소유 주택과 내 주택이 같은 정비구역 또는 같은 단지에 있지 않은가.
• 상속이 발생할 경우 내가 먼저 처분할 자산이 주택인지 입주권인지 확인했는가.
• 상속개시 당시 그 자산이 주택이었는지, 이미 입주권이었는지 구분해 정리해 두었는가.
• 상속개시일부터 소급해 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 자산이 섞여 있지 않은가.
• 입주권 상태로 양도할 때와 준공 후 신축주택으로 양도할 때의 세부담을 비교해 보았는가.
• 장기보유특별공제가 인가 전 양도차익에만 적용되는 점을 반영해 세액을 계산해 보았는가.
• 비과세로 신고할 근거로 삼은 유권해석의 양도 자산 종류가 내 사안과 같은가.
• 매매계약 체결 전에 세무 검토를 받았는가, 아니면 잔금 후에 알아보려 하고 있는가.

이 중 두 개 이상에서 답이 막힌다면 계약서에 서명하기 전에 확인이 필요한 상태입니다. 특히 재건축·재개발 구역의 주택은 조합 일정에 따라 세법상 성격이 바뀌므로, 매도 결심 시점과 실제 잔금 시점 사이에 상황이 달라질 수 있습니다.

정리

이 사건의 청구인은 어떤 잘못도 하지 않았습니다. 20년 가까이 보유한 집이 있었고, 아버지가 돌아가셔서 집 한 채를 더 갖게 되었고, 새로 산 것도 없었고, 상속받은 집보다 원래 집을 먼저 팔았습니다. 그런데 상속 3개월 뒤에 조합의 관리처분계획인가가 나면서 두 집이 모두 입주권으로 바뀌었고, 그 결과 상속주택 특례가 전제하는 '일반주택을 양도하는 경우'라는 틀에서 벗어나 버렸습니다. 심판원은 조문 문언을 넘어서는 해석은 할 수 없다며 청구를 기각했습니다.

여기서 얻어야 할 교훈은 분명합니다. 정비사업 구역의 부동산은 내가 아무 행동을 하지 않아도 세법상 성격이 바뀔 수 있는 자산이라는 점입니다. 그리고 그 변화는 비과세 특례의 적용 가능성 자체를 좌우합니다. 상속이 예상되는 상황이거나 이미 상속이 개시되었다면, 조합 일정과 처분 순서, 처분 시점을 함께 놓고 계산해야 합니다. 사후에 억울함을 호소하는 것보다 사전에 창이 열려 있는 시점을 찾는 것이 비교할 수 없이 유리합니다. 재건축·재개발 구역 주택의 상속과 양도가 겹쳐 있다면, 매매계약 전에 한 번 점검받아 보시기를 권합니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2025인3294 (2026.5.13. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「소득세법」 제89조, 「같은 법 시행령」 제155조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)