양도세는 통과했는데 상속공제는 부인됐습니다, 재건축 대체주택과 동거주택 상속공제 (조심 2024서5791)

재건축으로 살던 집이 헐리자 잠시 다른 집을 사서 옮겨 살았습니다. 새 아파트가 완성된 뒤 그 집은 팔았고, 양도소득세는 문제가 없었습니다. 그런데 몇 해 뒤 아버지가 돌아가시고 그 아파트를 물려받는 과정에서, 최대 6억원까지 빼주는 동거주택 상속공제가 통째로 부인됐습니다. 조세심판원 조심 2024서5791 결정(2025.03.27. 의결)은 이 다툼을 기각으로 마무리했습니다. 양도소득세에서 1세대 1주택으로 인정받았다고 해서 상속세에서도 1세대 1주택이 되는 것은 아니라는 이야기입니다.

사건의 흐름: 대체주택 하나가 10년을 흔들었다

청구인은 2023년 8월 부친의 사망으로 상속이 개시되자 서울 강남구의 아파트 지분 100분의 40을 상속받았습니다. 이 아파트에서 부친과 오래 함께 살았기 때문에, 상속세를 신고하면서 「상속세 및 증여세법」 제23조의2의 동거주택 상속공제를 적용했습니다.

문제는 부친의 과거 주택 보유 이력이었습니다. 부친이 살던 집이 재건축사업에 들어가 헐리자, 부친은 사업 기간 동안 거주할 목적으로 경기 김포시의 주택을 대체주택으로 취득했습니다. 재건축이 끝나 강남 아파트가 완성된 뒤에는 김포 주택을 3년 안에 팔았습니다. 양도소득세에서는 「소득세법 시행령」 제156조의2 제5항의 재건축 대체주택 특례가 적용되어 1세대 1주택으로 취급되는 처분이었습니다.

그런데 상속이 개시된 시점에서 10년을 거슬러 올라가 보니, 부친은 2019년 1월부터 2021년 6월까지 김포 주택 1채와 조합원입주권 1개를 함께 가지고 있었고, 2021년 6월부터 그해 12월까지는 강남 아파트와 김포 주택 2채를 동시에 보유한 기간이 있었습니다. 처분청은 이 기간 때문에 동거주택 상속공제의 요건이 깨졌다고 보아, 2024년 10월 공제를 배제하고 상속세를 다시 고지했습니다.

청구인은 곧바로 불복했습니다. 양도소득세에서 1세대 1주택으로 인정된 기간을 상속세에서만 2주택으로 세는 것은 앞뒤가 맞지 않는다는 취지였습니다.

동거주택 상속공제는 어떤 제도인가

동거주택 상속공제는 부모와 오래 한집에서 살며 봉양한 자녀가 그 집을 물려받을 때, 상속주택 가액의 100분의 100을 상속세 과세가액에서 빼주는 제도입니다. 다만 공제할 금액은 6억원을 한도로 합니다. 상속재산 대부분이 집 한 채인 가정에서는 세액을 가르는 결정적인 항목이 됩니다.

법이 요구하는 요건은 세 가지입니다.

• 피상속인과 상속인이 상속개시일부터 소급해 10년 이상 계속해서 하나의 주택에서 동거했을 것. 상속인이 미성년자인 기간은 이 10년에서 빼고 셉니다.
• 같은 10년 동안 계속해서 하나의 세대를 구성하면서 시행령이 정하는 1세대 1주택에 해당할 것.
• 상속개시일 현재 상속인이 무주택자이거나, 피상속인과 공동으로 1세대 1주택을 보유한 자로서 피상속인과 동거한 상속인이 상속받은 주택일 것.

이 사건에서 다툰 것은 두 번째 요건입니다. 10년 가운데 무주택인 기간이 있으면 그 기간은 1세대 1주택 기간에 포함됩니다. 반대로 2주택이었던 기간은 법이 따로 열어준 예외에 해당하지 않는 한 요건을 깨뜨립니다. 여기서 예외의 범위를 어디까지 볼 것인지가 쟁점이 됐습니다.

쟁점: 양도세의 1세대 1주택을 상속공제에 그대로 가져올 수 있는가

상증세법 시행령 제20조의2 제1항은 동거주택 상속공제 대상인 1세대 1주택을 「소득세법」 제88조 제6호의 1세대가 1주택을 소유한 경우로 정의합니다. 그리고 2주택 이상이어도 1주택으로 보는 경우를 여덟 가지로 나열합니다.

• 피상속인이 다른 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 된 경우. 취득일부터 2년 안에 종전 주택을 팔고 이사한 경우만 해당합니다.
• 상속인이 상속개시일 이전에 1주택 보유자와 혼인한 경우. 혼인일부터 5년 안에 배우자 주택을 판 경우만 해당합니다.
• 피상속인이 국가등록문화재에 해당하는 주택을 보유한 경우.
• 피상속인이 이농주택을 보유한 경우.
• 피상속인이 귀농주택을 보유한 경우.
• 60세 이상 직계존속을 동거봉양하려고 세대를 합쳐 일시적으로 2주택이 된 경우. 합가일부터 5년 안에 피상속인 외의 자가 보유한 주택을 판 경우만 해당합니다.
• 피상속인이 상속개시일 이전에 1주택 보유자와 혼인해 일시적으로 2주택이 된 경우. 혼인일부터 5년 안에 배우자 주택을 판 경우만 해당합니다.
• 피상속인 또는 상속인이 피상속인 사망 전에 개시된 다른 상속으로 공동소유 주택을 보유하게 된 경우. 다만 그중 가장 큰 상속지분을 가진 경우는 제외합니다.

목록을 훑어보면 재건축이나 재개발 때문에 잠시 다른 집을 사서 사는 상황, 즉 대체주택은 어디에도 없습니다. 청구인은 이 목록이 예시일 뿐이라고 주장했고, 처분청은 한정적인 열거라고 맞섰습니다.

청구인 주장과 처분청 의견

청구인 측 논리는 나름의 근거가 있었습니다. 2010년 세제개편에서 동거주택 요건을 합리화하면서 부득이하게 2주택이 된 경우를 요건 충족으로 끌어안았고, 그 뒤로도 예외 사유가 계속 추가돼 왔다는 점을 들었습니다. 흐름만 보면 목록이 열려 있는 것처럼 읽히기도 합니다.

심판원의 판단: 열거는 열거다

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 뼈대는 두 가지였습니다.

첫째, 김포 주택은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호와 같은 법 시행령 제154조, 제156조의2에 따라 양도소득세에서만 1세대 1주택으로 간주되는 일시적 2주택 특례가 적용된 주택일 뿐, 상증세법 시행령이 동거주택 상속공제 대상으로 열거한 여덟 가지 어디에도 들어가지 않는다고 보았습니다. 열거된 여덟 가지에 재건축 대체주택은 들어 있지 않습니다.

둘째, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이든 비과세요건이든 감면요건이든 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 납세자에게 유리하다는 이유만으로 합리적 근거 없이 확장하거나 유추해석할 수 없다고 밝혔습니다. 특혜 규정으로 볼 수 있는 감면요건은 더욱 엄격하게 해석해야 합니다. 이것이 오히려 조세공평의 원칙에 맞는다는 것입니다.

결론적으로 양도소득세의 특례 조항을 상속공제의 1세대 1주택 범위까지 확대하기는 무리라고 판단했고, 공제를 배제한 처분에 잘못이 없다고 정리했습니다.

납득이 어려울 수 있는 결론입니다. 다만 상속공제는 세액을 통째로 덜어내는 강한 혜택이고, 그 문턱을 해석으로 낮추기 시작하면 같은 상황에 놓인 다른 납세자와의 형평이 흔들린다는 논리가 뒤에 있습니다.

같은 단어, 다른 범위

이 결정이 남긴 가장 실용적인 메시지는 용어에 대한 것입니다. 1세대 1주택이라는 같은 표현이 세법마다 다른 크기로 쓰입니다. 양도소득세의 1세대 1주택과 상속공제의 1세대 1주택은 범위가 다릅니다.

양도소득세 쪽은 대체주택, 상속주택, 동거봉양 합가, 혼인 합가, 조합원입주권 등 예외 조항이 두텁게 쌓여 있습니다. 반면 동거주택 상속공제 쪽은 시행령에 여덟 가지만 적혀 있고, 각각에 기간 제한까지 붙어 있습니다. 양도세 상담에서 문제없다는 답을 들었다고 해서 상속세에서도 같은 답이 나오지는 않습니다.

특히 재건축이나 재개발은 본인이 시기를 고르기 어려운 일입니다. 사업시행인가가 나고 이주가 시작되면 어디선가는 살아야 하니 대체주택을 삽니다. 그 선택이 몇 해 뒤 상속세 계산에서 6억원 한도의 공제를 가른다는 점을 미리 아는 사람은 많지 않습니다.

미리 점검하면 달라질 수 있는 지점

결정문은 기각으로 끝났지만, 사전에 손을 쓸 수 있었던 구간이 있습니다.

• 10년 이력 확인: 상속을 앞둔 시점이 아니라 주택을 하나 더 취득하기 전에 확인해야 의미가 있습니다. 등기부와 주민등록초본을 나란히 놓고 소급 10년의 세대 구성과 주택 수를 그려보는 작업입니다.
• 보유 기간의 겹침: 이 사건에서 2주택 기간은 6개월 남짓이었습니다. 짧다고 해서 없는 것으로 보지 않습니다.
• 조합원입주권의 취급: 입주권은 주택이 아니지만, 완성 시점과 종전 주택 처분 시점이 어긋나면 결과적으로 2주택 기간이 만들어집니다.
• 열거 조항과의 대조: 시행령 여덟 가지 중 하나에 억지로 맞추려 하기보다, 어느 항목에도 해당하지 않는다는 사실을 일찍 확인하는 편이 낫습니다. 그래야 다른 공제 항목으로 계획을 옮길 시간이 생깁니다.
• 다른 공제와의 조합: 동거주택 상속공제가 막히면 배우자 상속공제, 금융재산 상속공제, 일괄공제 등의 조합을 다시 계산해야 합니다.

재건축 대체주택을 사기 전에 상속공제 요건까지 함께 확인해야 합니다. 순서가 뒤바뀌면 되돌릴 수 있는 선택지가 거의 남지 않습니다.

비슷한 상황이라면 이렇게 확인해 보세요

아래 항목 가운데 하나라도 걸린다면, 동거주택 상속공제를 당연한 것으로 전제하지 않는 편이 안전합니다.

• 부모님이 지난 10년 사이 재건축이나 재개발로 이주해 다른 집을 취득한 적이 있다.
• 부모님 명의로 조합원입주권이나 분양권을 보유한 기간이 있다.
• 새 집을 먼저 사고 종전 집을 나중에 판 기간이 있다.
• 귀농이나 이농으로 지방에 집을 하나 더 두었던 시기가 있다.
• 동거봉양이나 혼인으로 세대를 합치면서 잠시 2주택이 됐던 시기가 있다.
• 10년 사이 세대 분리와 합가가 반복돼 주민등록상 세대 구성이 자주 바뀌었다.

10년 치 주택 이력을 등기부와 주민등록으로 먼저 맞춰보시기 바랍니다. 기억에 의존해 정리하면 짧은 중복 기간이 빠지고, 그 기간이 결정적인 경우가 많습니다.

자주 묻는 질문

양도소득세 신고에서 대체주택 특례를 인정받았습니다. 상속공제도 자동으로 되나요?

아닙니다. 이 결정은 그 연결을 명시적으로 부정했습니다. 양도소득세의 특례는 그 세목 안에서 효력을 가질 뿐이고, 동거주택 상속공제의 1세대 1주택 판정은 상증세법 시행령이 열거한 여덟 가지 예외를 기준으로 따로 이루어집니다.

2주택이었던 기간이 아주 짧아도 문제가 되나요?

기간의 길이만으로 예외가 인정되지는 않습니다. 시행령의 예외는 사유별로 나뉘어 있고, 각 항목마다 2년이나 5년 같은 처분 기한이 붙어 있습니다. 사유가 목록에 없으면 기간이 짧아도 요건 충족으로 보기 어렵습니다.

무주택이었던 기간은 어떻게 되나요?

법은 소급 10년 중 무주택인 기간이 있으면 그 기간을 1세대 1주택에 해당하는 기간에 포함한다고 정하고 있습니다. 집이 없던 시기가 요건을 깨는 것은 아닙니다. 문제가 되는 것은 주택 수가 늘어난 기간입니다.

공제 한도는 얼마인가요?

상속주택 가액의 100분의 100을 상속세 과세가액에서 공제하되, 공제할 금액은 6억원을 한도로 합니다. 주택에 담보된 피상속인의 채무액은 주택 가액에서 뺀 뒤 계산합니다. 구체적인 금액은 평가액과 채무 내역에 따라 달라집니다.

이미 공제가 부인돼 고지서를 받았다면 방법이 없나요?

사실관계가 이 결정과 다르다면 다툴 여지는 남아 있습니다. 세대 구성이나 동거 사실, 주택 수 산정에 사실오인이 있는 경우가 실제로 있습니다. 다만 대체주택 특례를 근거로 한 주장만으로는 이 결정과 같은 결론이 나올 가능성이 큽니다. 고지서를 받았다면 불복 기한부터 먼저 확인하시기 바랍니다.

조합원입주권이 끼어들면 계산이 더 복잡해집니다

이 사건의 사실관계에서 눈여겨볼 대목은 부친이 2019년 1월부터 2021년 6월까지 주택 1채와 조합원입주권 1개를 함께 보유했다는 점입니다. 입주권은 주택이 아니지만, 재건축이 끝나 새 주택이 완성되는 순간 주택 수에 잡히기 시작합니다. 종전 대체주택을 아직 팔지 않은 상태에서 새 주택이 준공되면 그 사이에 2주택 기간이 생깁니다.

양도소득세에서는 이 구간을 위해 별도의 특례가 마련돼 있습니다. 대체주택을 새 주택 완성 전이나 완성 후 3년 안에 팔고, 새 주택으로 세대 전원이 이사해 1년 이상 살면 1세대 1주택으로 보아 비과세를 적용합니다. 부친은 그 요건을 지켰고 실제로 양도소득세 문제는 생기지 않았습니다.

그러나 상속공제의 계산은 처분 시점이 아니라 보유 기간을 봅니다. 새 주택이 완성된 날부터 대체주택을 판 날까지의 기간이 그대로 2주택 기간으로 남습니다. 이 사건에서는 그 기간이 6개월 남짓이었는데, 그 6개월이 10년 요건을 끊었습니다. 양도세의 유예 기간과 상속공제의 계산 기간이 서로 다른 자를 쓰고 있는 셈입니다.

동거 요건은 별개로 입증해야 합니다

이 사건은 두 번째 요건인 1세대 1주택에서 갈렸기 때문에 첫 번째 요건인 10년 동거 여부는 본격적으로 다루어지지 않았습니다. 다만 실무에서는 동거 사실 자체를 두고 다투는 경우도 적지 않습니다. 주민등록상 주소가 같아도 실제 거주가 확인되지 않으면 부인될 수 있고, 반대로 주소가 잠시 달라도 취학이나 근무, 요양 같은 사유가 인정되면 계속 동거로 볼 여지가 있습니다.

그래서 자료는 미리 모아두는 편이 낫습니다. 주민등록초본의 전입 이력, 건강보험 피부양자 등재 내역, 요양이나 입원 기록, 공과금과 통신 요금의 청구지 등이 실제로 활용됩니다. 상속이 개시된 뒤에 10년 전 자료를 찾기 시작하면 이미 폐기된 것이 많습니다.

상속인이 미성년자였던 기간은 10년 계산에서 제외한다는 점도 함께 기억해 둘 부분입니다. 자녀가 어릴 때부터 함께 살았다는 사실만으로는 기간이 채워지지 않습니다.

정리

조심 2024서5791 결정은 재건축 대체주택을 거쳐 간 이력이 동거주택 상속공제를 막을 수 있다는 점을 분명히 했습니다. 양도소득세에서 아무 문제가 없었던 처분이 상속세에서는 다른 평가를 받는다는 구조가 핵심입니다. 상증세법 시행령의 여덟 가지 예외는 열려 있는 목록이 아니라 닫힌 목록으로 읽히고 있습니다.

부모님과 오래 함께 살아온 집을 물려받을 계획이라면, 상속이 개시된 뒤가 아니라 주택을 하나 더 취득하기 전에 10년 이력을 확인하는 것이 현실적인 순서입니다. 개별 사안은 세대 구성, 보유 기간, 처분 시점에 따라 결론이 달라질 수 있습니다.

본 글은 조세심판원 결정례(조심 2024서5791, 2025.03.27. 의결)를 바탕으로 작성한 세무 광고입니다. 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개별 사안에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 사실관계와 관련 법령의 개정에 따라 결론은 달라질 수 있으므로, 실제 신고나 불복 전에는 세무대리인의 검토를 받으시기 바랍니다. 결정문 원문은 국세법령정보시스템과 조세심판원 홈페이지에서 확인할 수 있습니다.