임차인 있는 집을 사서 2년 안에 들어가면 된다고 믿었는데, 일시적 2주택 비과세가 부인됐습니다 (조심 2026서0567)

비과세로 신고했는데 3년 뒤에 양도소득세 고지서가 오는 이유

집을 갈아타는 과정에서 잠시 2주택이 되는 일은 아주 흔합니다. 새 집을 먼저 사고 살던 집을 파는 순서라면 짧게라도 2주택 기간이 생깁니다. 세법은 이런 경우를 일시적 2주택으로 보아 종전주택 양도에 1세대1주택 비과세를 적용해 주는데, 문제는 이 특례의 조건이 시기별로 계속 바뀌어 왔다는 점입니다. 특히 2020년 2월부터 2022년 5월까지의 약 2년 남짓한 기간에는, 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있으면 신규주택으로 세대 전원이 이사하고 전입신고까지 마쳐야 한다는 요건이 추가되어 있었습니다.

이 요건은 예고 없이 사라진 조항이기도 합니다. 2022년 5월 31일 개정으로 전입요건이 삭제되었고, 부칙은 2022년 5월 10일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 개정 규정을 적용한다고 정했습니다. 즉 같은 사실관계라도 종전주택을 며칠 늦게 팔았는지에 따라 결론이 달라지는 구간이 존재했습니다. 이번에 소개하는 조세심판원 결정은 그 구간에 걸린 부부의 사례입니다. 종전주택을 판 시점이 2022년 4월 중순이었고, 개정 규정이 적용되는 기준일까지는 한 달이 채 남지 않았습니다.

더 눈여겨볼 부분은 과세 시점입니다. 부부는 2022년 5월에 비과세로 신고를 마쳤지만, 실제 경정 고지는 2025년 4월에 이루어졌습니다. 비과세 신고서를 접수했다고 해서 그것으로 확정되는 것이 아니라는 뜻입니다. 몇 년이 지난 뒤 주민등록 전입 이력과 임대차 자료가 대조되면서 요건 미충족이 드러나면, 그때 본세와 함께 가산세까지 붙어 돌아옵니다.

사건 경과, 임차인이 있는 집을 사면서 시작된 문제

사실관계는 시간 순서로 보면 단순합니다. 부부는 2013년 10월 30일 경기 남양주에 있는 주택(이하 종전주택)을 각 2분의 1 지분씩 취득해 보유했습니다. 그 후 2021년 5월 28일 배우자 한 사람 명의로 서울 송파구에 있는 소형주택(이하 신규주택)을 취득했습니다. 이때 신규주택에는 이미 임차인이 살고 있었고, 부부는 전 소유자와 임차인 사이에 체결되어 있던 임대차계약(계약기간 2020년 6월 28일부터 2022년 6월 27일까지)을 승계했습니다.

부부는 2022년 4월 15일 종전주택을 양도하고, 2022년 5월 6일 일시적 1세대 2주택에 해당한다고 보아 양도소득세 비과세로 신고했습니다. 종전주택 양도기한 자체는 문제가 없었습니다. 신규주택 취득일부터 1년 이내에 종전주택을 팔았기 때문입니다. 걸린 것은 다른 요건, 즉 신규주택으로의 이사와 전입신고였습니다.

부부의 주민등록 이동 내역을 보면, 2022년 1월 21일부터 2022년 9월 22일까지는 미혼 자녀가 소유한 서울 송파구의 다른 주택에 주소를 두었고, 신규주택으로 전입신고를 한 날은 2022년 9월 23일이었습니다. 그리고 같은 날 부부 중 한 사람은 신규주택의 임차인과 현관 쪽 방 한 개를 대상으로 하는 전대차계약을 체결했다고 주장했습니다. 한편 승계한 임대차계약은 계약기간이 끝난 뒤에도 한 차례 갱신되어, 심판청구일 기준까지 기존 임차인의 전입 기록이 유지되고 퇴거 이력도 없는 상태였습니다.

처분청은 신규주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 이사하고 전입신고를 마치지 않았다는 이유로 1세대1주택 비과세를 부인하고, 2025년 4월 부부 각자에게 종전주택 2분의 1 지분의 양도차익에 대한 2022년 귀속 양도소득세를 경정 고지했습니다. 부부는 2025년 8월 이의신청을 거쳐 2025년 11월 심판청구를 제기했고, 2026년 5월에는 대리인이 심판관회의에 출석해 생활 실태를 진술하기도 했습니다.

청구인들 주장, 승계 임대차가 있으니 2년까지 여유가 있다고 믿었다

부부의 주장은 크게 다섯 갈래였습니다. 첫째는 법령 해석입니다. 당시 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서는 신규주택 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있고 그 임대차기간이 끝나는 날이 취득일부터 1년 후인 경우, 이사와 전입신고 기한을 임대차계약 종료일까지로 하되 취득일부터 최대 2년을 한도로 한다고 규정합니다. 부부는 이 문장을 승계 임대차가 있으면 2년 안에만 전입하면 된다는 뜻으로 읽었습니다. 신규주택 취득일이 2021년 5월 28일이니 2023년 5월까지 여유가 있다고 본 것입니다.

둘째는 지연 사유입니다. 신규주택의 임차인과 함께 생활하는 문제에 대한 합의가 진행되지 않아, 그 기간 동안 미혼 자녀 소유 주택에 일시적으로 주소를 두었을 뿐이라는 설명이었습니다. 셋째는 입법 취지입니다. 2020년 2월 개정으로 전입요건이 들어온 이유는 주택가격 급등기에 투기 목적 취득을 억제하려는 것이었고, 그 조항은 2022년 5월 31일 삭제되어 짧게만 적용된 규정인데, 신규주택 취득에 따른 일시적 2주택 비과세는 수십 년간 인정되어 온 제도라는 것입니다.

넷째는 투기 목적이 없다는 점입니다. 신규주택은 전용면적 28.79제곱미터의 소형 도시형생활주택이고, 취득가액 중 상당 부분이 승계한 전세보증금이어서 실제로 지급한 금액은 크지 않았다는 점, 1950년대와 1960년대에 태어난 부부가 노년기에 거주할 목적으로 취득한 집이라는 점을 들었습니다. 다섯째는 국세기본법 제18조 제1항입니다. 세법을 적용할 때에는 과세의 형평과 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 해야 하므로, 투기 목적 없이 취득한 소형주택에 투기 억제용 조항을 그대로 적용하는 것은 부당하다는 주장이었습니다.

과세관청의 반박, 2년은 한도이지 주어지는 기간이 아니다

처분청의 반박은 조문 구조에서 출발합니다. 제155조 제1항 제2호는 각 목을 통해 1세대1주택 비과세의 적용 범위를 한정하는 규정이고, 단서는 두 가지를 동시에 정하고 있다는 것입니다. 하나는 기한을 전 소유자와 임차인 사이의 임대차계약 종료일까지로 연장한다는 것, 다른 하나는 그 연장에 취득일부터 최대 2년이라는 상한을 둔다는 것입니다. 그리고 단서는 신규주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다고 명시하고 있습니다.

따라서 처분청은, 잔여 임대차기간이 1년 이상 남은 경우에도 2년이라는 상한이 적용된다는 의미일 뿐, 갱신된 임대차기간까지 인정해서 2년 안에만 전입하면 된다는 뜻은 아니다라고 보았습니다. 이 사건에서 승계 임대차계약 종료일은 2022년 6월 27일이므로, 원칙적 기한인 2022년 5월 28일이 아니라 2022년 6월 27일까지 이사와 전입신고를 마쳐야 했는데, 실제 전입신고는 2022년 9월 23일이었으니 요건 미충족이라는 결론입니다.

사실관계에 관해서도 처분청은 구체적인 근거를 들었습니다. 신규주택에는 청구일 기준 현재까지 기존 임차인의 전입이 유지되어 있고 중간에 퇴거 이력이 없어 취득 이후 임대차가 갱신된 것으로 보이며, 부부 중 한 사람이 2024년 12월 처분청에 기존 임차인과 계약을 갱신했다는 내용의 확인서를 제출한 사실도 있다는 점입니다. 또 과세전적부심 단계에서 주장한 전대차 관계에 대해서는 전대료를 지급한 금융거래 내역이 없고 임차인의 전출 사실도 확인되지 않아 통상적인 거래로 보기 어렵다고 했습니다.

마지막으로 처분청은 엄격해석의 원칙을 들었습니다. 조세법률주의와 조세공평의 이념에서 나온 엄격해석 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세와 감면요건에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다는 이유로 비과세요건을 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해석할 수 없다는 대법원 2007년 7월 12일 선고 2005두15021 판결을 인용했습니다. 납세자에게 유리한지, 투기 목적이 있는지, 세금을 낼 능력이 있는지에 따라 과세 여부가 달라질 수는 없다는 취지입니다.

심판원의 판단, 네 가지 근거로 기각

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 출발점은 처분청과 같은 엄격해석 원칙이었습니다. 비과세와 감면요건도 문언대로 해석해야 하고 납세자에게 유리하다는 이유로 확장해석할 수 없다는 대법원 2005두15021 판결을 그대로 인용했습니다. 그 위에서 네 가지 근거를 들었습니다.

근거 ①. 기한의 기산점입니다. 양도 당시 적용된 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서의 문언은 기한을 전 소유자와 임차인 간의 임대차계약 종료일까지로 한다고 되어 있으므로, 이 사건 전입신고 기한은 2022년 6월 27일이고, 그보다 약 3개월이 지난 2022년 9월 23일에 전입신고를 했으니 특례를 적용할 수 없다는 것입니다. 취득 후 갱신한 계약은 애초에 기간 계산에 넣을 수 없습니다.

근거 ②. 부득이한 사유에 해당하지 않는다는 점입니다. 같은 호 가목과 소득세법 시행규칙 제71조 제3항, 제72조 제7항은 취학, 근무상의 형편, 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병, 학교폭력으로 인한 전학 같은 사유로 다른 시나 군으로 주거를 이전하는 경우에만 세대원 일부가 이사하지 못한 것을 인정합니다. 임차인과의 합의 불발은 여기에 들어가지 않고, 그 밖에 사회통념상 일시적 2주택을 유지할 수밖에 없었다고 볼 정황도 보이지 않는다고 했습니다.

근거 ③. 임대차 갱신 행위 자체가 주장과 모순된다는 점입니다. 부부는 기존 임대차를 갱신하지 않고 종료시켜 집을 명도받은 뒤 입주할 수 있었는데, 오히려 임차인의 계약을 연장해 주었고 자기 소유 주택에 전대차계약을 맺어 임차인에게 월세를 지급했다고 주장합니다. 심판원은 이를 통상적인 거래행태로 보기 어렵고, 실거주 목적으로 취득했다는 주장과도 상충한다고 보았습니다.

근거 ④. 물리적으로 동거가 가능한 구조인지입니다. 부부와 임차인 사이에 혈연 등 특별한 관계가 주장된 바 없는데, 전용면적 28.79제곱미터에 현관 하나, 화장실 하나뿐인 구조(침실 2개, 거실과 주방 공간)에서 부부와 임차인이 함께 거주했다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 대리인이 심판관회의에서 진술한 생활 실태, 즉 한 사람은 지방 공사장 근처 숙소에 주로 상주하며 주말에만 신규주택에서 지냈고 다른 한 사람은 신규주택과 자녀 소유 주택을 오갔다는 내용도, 세대 전원이 신규주택으로 이사했다는 결론으로 이어지지는 않았습니다.

항목별 판단 결과

양도일 며칠 차이가 결론을 바꿀 수 있었던 구간

이 사건에서 가장 뼈아픈 부분은 개정 부칙입니다. 2022년 5월 31일 개정된 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호는 조정대상지역 안에서 종전주택과 신규주택을 보유하게 된 경우에 대해 신규주택 취득일부터 2년 이내에 종전주택을 양도하는 것만을 요건으로 정했습니다. 전입요건이 조문에서 사라진 것입니다. 그리고 부칙 제3조는 이 개정 규정을 2022년 5월 10일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용하고, 그 전에 양도한 경우에는 종전 규정에 따른다고 했습니다.

이 사건 부부의 종전주택 양도일은 2022년 4월 15일입니다. 기준일까지 약 25일이 남은 시점이었습니다. 즉 잔금일이 조금만 뒤였다면 전입요건 자체를 따질 필요가 없었을 가능성이 있습니다. 물론 양도 시기를 미루면 보유기간과 거주기간, 다주택 중과 여부 등 다른 요건도 다시 검토해야 하므로 단순히 늦추는 것이 유리하다고 말할 수는 없습니다. 다만 이 사례는 비과세 요건이 개정되는 시기에는 잔금일을 며칠 조정하는 것만으로도 세 부담이 완전히 달라질 수 있다는 점을 보여줍니다.

실무적으로는 매매계약서에 잔금일을 확정하기 전에, 그 시점에 적용되는 시행령 조문과 부칙을 함께 확인하는 절차가 필요합니다. 개정안이 입법예고 단계에 있거나 발표만 된 상태여도, 부칙의 적용 시기가 어떻게 정해지는지에 따라 잔금일 조정의 실익이 생깁니다. 이미 계약이 체결되어 있다면 매수인과의 합의가 필요하므로, 계약 단계에서 미리 검토하는 것이 사실상 유일한 기회입니다.

실무 포인트, 이 사건이 남긴 여섯 가지

포인트 ①. 전입기한은 취득일이 아니라 전 소유자 계약의 종료일에서 나옵니다. 승계 임대차가 있는 경우 기한이 연장되는 것은 맞지만, 연장의 종점은 어디까지나 전 소유자와 임차인이 맺은 계약의 종료일이고, 취득일부터 2년이라는 것은 그 연장의 상한선입니다. 잔여 임대차기간이 1년 3개월이면 기한은 1년 3개월 뒤이지 2년 뒤가 아닙니다. 조문에서 숫자만 뽑아 읽으면 이런 오해가 생깁니다.

포인트 ②. 취득 후 갱신한 임대차계약은 기간 계산에 들어가지 않습니다. 조문에 명시된 문장입니다. 임차인이 계속 살고 있다는 사실만으로 기한이 밀리지 않습니다. 오히려 갱신 사실이 확인되면, 그 자체가 실거주 의사를 부정하는 정황으로 쓰일 수 있습니다. 이 사건에서도 임차인의 전입 유지, 퇴거 이력 없음, 본인이 제출한 갱신 확인서가 그대로 판단 근거가 되었습니다.

포인트 ③. 임차인이 있는 집을 사면서 실거주 요건이 걸려 있다면, 명도 일정을 계약서에 넣어야 합니다. 매수 단계에서 임차인의 잔여 계약기간과 퇴거 의사를 확인하고, 필요하면 명도 조건이나 임차인 퇴거 합의서, 이사 일정에 관한 특약을 남겨야 합니다. 취득한 뒤에 임차인과 협의를 시작해서는 기한을 지키기 어렵고, 협의가 안 되었다는 사정은 법정 부득이한 사유로 인정되지 않습니다.

포인트 ④. 서류만으로 실거주를 만들려는 시도는 대개 실패합니다. 이 사건에서 부부는 임차인과 방 한 개에 대한 전대차계약서를 만들었지만, 전대료를 실제로 지급한 금융거래 내역이 없었습니다. 심판원은 계약서의 존재가 아니라 돈이 실제로 움직였는지, 임차인이 전출했는지, 구조상 동거가 가능한지를 보았습니다. 실거주를 다투는 사안에서 결정적인 증빙은 언제나 계좌 이체 내역, 관리비와 공과금 납부 내역, 통신 및 카드 사용 지역 같은 흔적입니다.

포인트 ⑤. 부득이한 사유는 목록이 정해져 있고 지역 요건까지 붙습니다. 취학(초등학교와 중학교 제외), 직장 변경이나 전근 등 근무상 형편, 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병, 학교폭력으로 인한 전학이며, 그 사유로 다른 시나 군으로 주거를 이전하는 경우여야 합니다. 여기에 해당하는 사정이 실제로 있다면, 재직증명서나 인사명령, 진단서 등을 사유 발생 당시에 확보해 두는 것이 좋습니다. 몇 년 뒤에 소급해서 만들면 신빙성이 떨어집니다.

포인트 ⑥. 투기 목적이 없었다는 사정은 요건 미충족을 덮지 못합니다. 소형주택이라는 점, 실제 지출한 자기 자금이 크지 않았다는 점, 고령의 부부가 거주 목적으로 취득했다는 점은 모두 사실로 인정되었습니다. 그럼에도 결론은 기각이었습니다. 비과세와 감면요건은 문언대로 엄격하게 해석되며, 납세자에게 유리하다는 이유로 확장되지 않는다는 것이 대법원 2005두15021 판결의 취지입니다. 국세기본법 제18조 제1항의 합목적성 조항도 명문 요건을 넘어서는 근거가 되지는 못했습니다.

자주 묻는 질문

Q. 임차인이 있는 집을 사면 전입기한이 무조건 2년으로 늘어나나요?

아닙니다. 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있고 그 계약 종료일이 취득일부터 1년 후인 경우에 한해, 기한이 그 계약 종료일까지 연장되며 취득일부터 최대 2년이 상한입니다. 계약 종료일이 취득일부터 1년 3개월 뒤라면 기한도 1년 3개월 뒤입니다. 2년이라는 숫자는 자동으로 주어지는 유예기간이 아닙니다.

Q. 임차인이 나가지 않겠다고 버티면 어떻게 해야 하나요?

세법상 기한은 임차인의 의사와 무관하게 흘러갑니다. 임차인과의 협의 불발은 법령이 정한 부득이한 사유 목록에 없습니다. 따라서 실거주 요건이 걸린 취득이라면 계약 전에 명도 가능성을 확인하고, 안 되면 다른 요건 경로를 검토하는 것이 순서입니다. 이미 기한을 넘긴 상황이라면 요건 충족을 다투기보다, 양도 시점 조정이나 다른 특례 적용 여부를 함께 살펴보는 편이 현실적입니다.

Q. 세대원 중 한 명만 늦게 전입해도 문제가 되나요?

원칙은 세대 전원의 이사와 전입신고입니다. 다만 취학, 근무상의 형편, 1년 이상의 질병 치료나 요양 등 법정 사유로 세대 구성원 중 일부가 이사하지 못한 경우는 예외로 인정될 수 있고, 그 사유로 다른 시나 군으로 주거를 이전한 경우여야 합니다. 예외에 기대려면 사유를 뒷받침하는 객관적 서류가 필요합니다.

Q. 비과세로 신고하고 몇 년이 지났는데 지금도 세금이 나올 수 있나요?

가능합니다. 이 사건도 2022년에 양도하고 비과세 신고를 했는데, 2025년에 경정 고지가 이루어졌습니다. 신고서 접수는 확정이 아니고, 전입 이력과 임대차 자료가 대조되면서 요건 미충족이 확인되면 본세와 가산세가 함께 부과됩니다. 요건이 아슬아슬한 사안이라면 신고 시점에 근거 자료를 정리해 보관해 두는 것이 좋습니다.

Q. 이의신청에서 기각되면 심판청구는 의미가 없나요?

그렇지 않습니다. 사실관계나 증빙 보완으로 결론이 바뀌는 사례도 있습니다. 다만 이 사건처럼 기한을 넘긴 사실 자체에 다툼이 없는 경우에는 법령 해석만으로 뒤집기가 매우 어렵습니다. 불복 여부를 결정할 때는 쟁점이 사실 인정 문제인지, 조문 문언의 해석 문제인지를 먼저 구분해 보시는 것이 좋습니다.

자가진단 체크리스트

• 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있는 상태에서 신규주택을 취득했는지 확인했습니까.
• 종전주택 양도일이 어느 시점인지, 그 시점에 적용되는 시행령 조문과 부칙을 확인했습니까.
• 신규주택에 임차인이 있었다면, 전 소유자와 임차인 사이의 계약 종료일을 정확히 알고 있습니까.
• 그 종료일과 취득일부터 2년이 되는 날 중 어느 날이 더 이른지 계산해 보았습니까.
• 세대 전원의 전입신고일이 그 기한 이내인지 주민등록초본으로 확인했습니까.
• 취득 이후 임대차계약을 갱신했다면, 그 사실이 실거주 주장과 충돌하지 않는지 검토했습니까.
• 실제로 거주했다면 이체 내역, 관리비와 공과금, 통신 기록 등 생활 흔적을 남겨 두었습니까.
• 전입 지연 사유가 취학, 근무, 1년 이상의 요양, 학교폭력 전학 중 하나에 해당하는지, 관련 서류가 있는지 점검했습니까.

정리

이 결정은 결과만 보면 단순한 기각 사례입니다. 그러나 내용을 보면 일시적 2주택 특례에서 사람들이 가장 많이 오해하는 지점이 그대로 드러납니다. 승계 임대차가 있으면 2년까지 시간이 있다는 읽기가 그것입니다. 조문의 문언은 기한을 전 소유자와 임차인 간 계약 종료일까지로 연장하고 2년을 상한으로 두었을 뿐이며, 취득 후 갱신한 계약은 인정하지 않는다고 못 박아 두었습니다. 약 3개월의 지연이 비과세 전체를 잃게 만들었습니다.

또 하나 기억할 것은 사정과 요건은 다르다는 점입니다. 소형주택이고 노년기 거주 목적이었고 투기 의도가 없었다는 사정은 인정되었지만, 요건 충족 여부를 바꾸지는 못했습니다. 반대로 말하면, 요건을 지킬 수만 있으면 사정을 설명할 필요도 없습니다. 실거주 요건이 붙은 시기의 주택 갈아타기라면 계약 전 단계에서 명도 일정과 전입 일정을 역산해 두는 것이 가장 확실한 대비입니다.

이미 기한이 지난 상황이라면, 다투기보다 남은 선택지를 정리하는 편이 실익이 있습니다. 부득이한 사유에 해당할 여지가 있는지, 양도 시점의 적용 법령이 무엇이었는지, 다른 특례나 감면이 있는지를 함께 검토해야 합니다. 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있는 영역이므로, 고지서를 받았거나 곧 양도를 앞두고 있다면 자료를 갖추어 전문가와 함께 점검해 보시기를 권합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서0567 (2026.08.04. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조, 제155조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 부칙(2022.5.31. 대통령령 제32654호) 제3조, 소득세법 시행규칙 제71조 제3항 및 제72조 제7항, 주민등록법 제16조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)