농지를 두 해에 나눠 팔았더니 세무서가 "하나의 거래"라며 과세, 심판원이 취소한 사례 (조심 2026전1426)

연말·연초에 걸쳐 땅을 팔면 왜 세무조사가 따라오나

농지를 오래 보유하고 직접 경작해 온 분들이 땅을 팔 때 가장 먼저 확인하는 것이 자경농지 감면입니다. 8년 이상 직접 경작한 농지를 양도하면 양도소득세를 감면받을 수 있는데, 이 감면에는 종합한도가 있습니다. 한 과세기간(1년)에 받을 수 있는 감면액에 한도가 정해져 있기 때문에, 땅값이 큰 경우 한 해에 전부 팔면 한도를 넘는 부분은 감면을 받지 못하고 그대로 세금이 됩니다.

그래서 현장에서는 매매 잔금일을 12월 말과 다음 해 초로 나누어 정하는 일이 흔합니다. 양도소득세에서 양도시기는 원칙적으로 잔금청산일이므로, 잔금일이 해를 넘어가면 과세연도가 나뉘고 감면 한도도 두 번 적용됩니다. 문제는 과세관청이 이런 거래를 두고 "실질은 하나의 거래인데 감면 한도를 두 번 받으려고 인위적으로 쪼갠 것"이라며 두 건을 한 해로 묶어 다시 과세하는 사례가 전국적으로 늘었다는 점입니다. 이번 결정례는 바로 그 다툼에서 납세자가 처분 전부를 취소받은 사안입니다.

중요한 것은 "해를 나눠 팔면 무조건 부인된다"거나 "무조건 인정된다"가 아닙니다. 심판원은 사안마다 사실관계를 보고 갈랐습니다. 이 글은 이 사건에서 무엇이 결론을 갈랐는지, 그리고 지금 땅을 나눠 팔 계획이 있는 사람이 미리 무엇을 남겨두어야 하는지에 초점을 맞춥니다.

사건은 이렇게 흘러갔다

청구인은 1989년 상속으로 취득한 지목 '전'인 두 필지(이하 첫 번째 토지)와, 1990년 매매로 취득한 지목 '잡종지'인 한 필지(이하 두 번째 토지)를 소유하고 있었습니다. 세 필지는 실제로는 경계 없이 하나의 농지처럼 함께 경작되어 왔지만, 등기부상으로는 취득 원인도, 취득 시점도, 지목도 모두 다른 별개의 토지였습니다.

청구인은 고령으로 직접 농사를 짓기 어려워졌고 토지를 담보로 한 대출 이자 부담도 있어 땅을 매물로 내놓았습니다. 공인중개사의 중개로 매수 희망자가 나타났고, 2023년 10월 16일 첫 번째 토지와 두 번째 토지에 대한 매매계약서가 같은 날 각각 별도로 작성되었습니다. 첫 번째 토지는 개인(매수인과 그 배우자)이, 두 번째 토지는 그 개인이 대표이사로 있는 법인이 매수했습니다. 농지는 법인이 취득할 수 없기 때문에 지목이 '전'인 토지는 개인 명의로, 잡종지는 법인 명의로 계약이 이루어진 것입니다.

잔금과 소유권이전은 시기가 달랐습니다. 첫 번째 토지는 2023년 12월 20일에, 두 번째 토지는 2024년 2월 21일에 각각 잔금이 지급되고 등기가 완료되었습니다. 청구인은 첫 번째 토지에 대해 2024년 1월 자경농지 감면을 적용해 2023년 귀속 양도소득세를 예정신고·납부했고, 두 번째 토지에 대해서도 2024년 4월 감면을 적용해 2024년 귀속 양도소득세를 예정신고·납부했습니다.

그런데 2025년 9월 처분청이 양도소득세 조사에 착수했습니다. 처분청은 세 필지의 양도를 2024년에 이루어진 하나의 거래로 보아, 이미 낸 2023년 귀속 세액은 환급하고 감면세액을 한 해분으로 재계산한 뒤 2025년 12월 1일 2024년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 이에 불복해 2026년 2월 심판청구를 제기했습니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인의 주장은 크게 세 갈래였습니다. 첫째, 두 토지는 애초에 별개의 토지라는 것입니다. 하나는 상속으로, 하나는 매매로 취득했고 지목도 '전'과 '잡종지'로 다르며, 양도 시점에 급히 분필하거나 지분을 나눈 것이 아니라 수십 년간 구분등기된 상태로 존재해 온 개별 필지라는 점을 강조했습니다. 향후 사용 가능한 용도가 다르므로 평당 단가도 서로 다르게 책정되었다고 설명했습니다.

둘째, 잔금 시기를 달리한 나름의 사정이 있다는 것입니다. 두 번째 토지는 인접한 도로 부지(청구인의 사촌 소유)를 통해서만 진입이 가능해, 그 부지를 확보하지 못하면 사실상 맹지가 되어 건축이 어려운 상황이었습니다. 매수 법인은 그 도로 부지도 함께 매입하거나, 최소한 토지사용승낙서를 받는 조건을 매매계약에 넣고자 했고, 그 협의에 시간이 필요해 잔금 시기를 늦출 수밖에 없었다고 했습니다. 또한 개인과 법인은 대출 심사와 자금 조달 여건이 다르다는 점도 들었습니다. 청구인은 매수인들과 도로 부지 소유자의 확인서까지 제출했습니다.

셋째, 조세회피 목적의 입증책임은 과세관청에 있다는 것입니다. 나아가 2023년 12월 31일 신설된 조세특례제한법 제133조 제2항(양도일로부터 소급 1년 이내에 분할한 토지의 일부를 양도하고 2년 이내에 나머지를 동일인이나 그 배우자에게 양도하면 1개 과세기간에 모두 양도한 것으로 본다는 규정)이 있는데, 그 부칙상 시행 전 양도에는 적용되지 않으므로 이를 근거로 과세할 수 없다고 주장했습니다.

처분청의 반박도 만만치 않았다

처분청의 논리도 나름의 근거가 있었습니다. 우선 지적도와 위성사진을 근거로, 청구인이 취득 이후 필지 구분 없이 하나의 농지처럼 사용해 왔다는 점을 들었습니다. 물리적으로 한 덩어리의 땅이었다는 것입니다.

둘째, 첫 번째 토지는 도로에 접하지 않은 토지여서 두 번째 토지 없이는 제3자에게 따로 팔기가 사실상 불가능하므로, 두 거래는 불가분의 관계에 있다고 보았습니다. 셋째, 조사 착수 시점에 청구인 스스로 "원래는 법인이 물류창고를 지으려고 전부 매입하려 했는데 농지는 법인이 살 수 없어 대표자 부부 명의로 계약했다"고 진술했는데, 과세전적부심사 단계에서 "첫 번째 토지는 주말농장용, 두 번째 토지는 공장·사무소용"으로 주장이 바뀌었다는 점을 지적했습니다.

넷째, 자금 사정 주장에 대해서도 반박했습니다. 매수 법인은 재무제표상 대출성 부채가 없고 현금성 자산도 넉넉해 2023년에 취득할 여력이 충분했던 반면, 오히려 개인 부부는 대출까지 일으켜 2023년에 먼저 샀다는 것입니다. 자금이 부족한 쪽이 먼저 사고 여유 있는 쪽이 뒤에 산 것은 앞뒤가 맞지 않는다는 지적이었습니다. 다섯째, 매수 법인은 대표자 일가족이 지분 100%를 가진 가족기업이어서 개인과 법인이 형식만 다를 뿐 의사결정 주체가 사실상 같다고 보았습니다. 여섯째, 도로 부지가 정말 중요했다면 도로와 접하지 않은 첫 번째 토지 거래에도 영향을 미쳐야 하는데 두 번째 토지 잔금만 미룬 것은 납득하기 어렵다고 했습니다.

심판원은 왜 처분을 취소했나

조세심판원은 처분청의 정황 논거를 하나하나 부정하기보다, 과세의 출발점인 법리에서 결론을 냈습니다. 심판원이 인용한 대법원 판례는 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결입니다. 이 판결의 취지는, 납세의무자는 같은 경제적 목적을 이루기 위해 여러 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청은 특별한 사정이 없는 한 당사자가 선택한 법률관계를 존중해야 하며, 실질과세 원칙을 들어 그 거래 형식을 부인하려면 조세법률주의상 법률에 개별적·구체적인 부인 규정이 있어야 한다는 것입니다.

심판원은 여기에 선례(조심 2023중291, 2023.4.13.)를 더해, 결과적으로 세부담이 낮아졌다는 사정만으로 과세관청이 조세회피 목적을 구체적으로 입증하지 않은 채 사적자치에 따라 적법하게 채택한 계약 형식을 부인하고 기간과세 원칙에 반하는 과세를 하는 것은 실질과세 원칙에 오히려 어긋난다고 보았습니다.

그 위에 이 사건의 사실관계 세 가지를 짚었습니다. 첫째, 두 토지는 양도 시점에 임박해 분필하거나 공유지분을 나눈 것이 아니라 2008년경부터 이미 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금 시기만 달리 정한 것이라는 점입니다. 둘째, 매수인 측 확인 결과 개인의 첫 번째 토지 매입 목적과 법인의 두 번째 토지 매입 목적이 서로 달랐고, 자금 사정 등으로 나누어 매매한 것이므로 세법상 혜택을 부당하게 받으려고 가장된 둘 이상의 행위를 한 것으로 보기 어렵다는 점입니다. 셋째, 매매계약서가 별도로 작성되었고 잔금·등기일이 서로 다르며 매수인도 개인과 법인으로 다르므로, 실질적으로 하나의 계약에 의한 거래라고 단정하기 어렵다는 점입니다. 결론은 처분 취소였습니다.

신설된 감면 한도 규정과 적용시기 논란

이 사건에서 또 하나 눈여겨볼 것이 2023년 말 신설된 조세특례제한법 제133조 제2항입니다. 이 규정은 양도일로부터 소급 1년 이내에 토지를 분할해 일부를 양도하거나 지분을 양도한 뒤, 그 양도일로부터 2년 이내에 나머지를 동일인이나 그 배우자에게 양도하면 1개 과세기간에 모두 양도한 것으로 보아 감면 종합한도를 적용한다는 내용입니다. 감면 한도를 회피하기 위한 인위적 분할양도를 막기 위해 만들어진 조문입니다.

청구인은 이 규정이 신설되었다는 사실 자체가 그 이전에는 명문 근거 없이 거래를 묶을 수 없었다는 뜻이라고 주장했습니다. 부칙에서 시행 전 양도에는 적용되지 않는다고 정하고 있으므로, 예시적 규정으로 볼 수 없다는 논리였습니다. 반면 처분청은 이 규정이 감면 한도 산정에 관한 것일 뿐 과세시기를 정한 것이 아니므로, 이를 과세시기와 결부시키는 것은 확대해석이라고 반박했습니다.

심판원은 결론에서 이 쟁점을 정면으로 판시하기보다, 대법원 판례가 요구하는 "개별적·구체적 부인 규정"과 조세회피 목적의 구체적 입증이라는 틀로 처분을 취소했습니다. 다만 실무적으로는 신설 규정의 요건에 해당하는 분할양도라면 앞으로는 정면으로 한 과세기간으로 묶인다는 점을 반드시 기억해야 합니다. 이 사건이 취소된 것은 애초에 분필이나 지분 분할이 없었고 오래전부터 별개 필지였다는 사정이 컸다는 점을 놓치면 안 됩니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 것들

포인트 ①. 언제부터 필지가 나뉘어 있었는지가 가장 크다.
이 사건에서 심판원이 가장 먼저 짚은 것은 "양도 시점에 임박해 분필하거나 지분을 나눈 것이 아니다"라는 점이었습니다. 반대로 말하면, 팔기 직전에 한 필지를 둘로 쪼개거나 지분 일부만 먼저 넘기는 방식은 위험합니다. 신설된 조특법 규정도 정확히 그 유형을 겨냥하고 있습니다. 오래전부터 등기부상 별개였던 필지를 각각 파는 것과, 매도를 위해 새로 쪼개는 것은 전혀 다른 사안으로 취급됩니다.

포인트 ②. 계약서를 형식적으로만 나누면 소용없다.
심판원은 계약서가 별도로 작성되었고, 잔금과 등기일이 다르며, 매수인이 개인과 법인으로 다르다는 세 가지를 함께 들었습니다. 계약서만 두 장으로 만들어 놓고 대금 지급이 한 번에 이루어졌거나, 잔금일만 서류상 늦춰 두고 실제 자금은 먼저 다 받았다면 결론은 반대로 갔을 가능성이 큽니다. 대금 흐름과 등기 시점이 계약서와 일치해야 합니다.

포인트 ③. 잔금일을 나눈 이유는 매도인이 아니라 매수인 쪽에서 나온다.
이 사건에서 결정적 역할을 한 자료 중 하나가 매수인들과 인접 도로 부지 소유자의 확인서였습니다. 매수 목적이 서로 달랐다는 사실을 매수인 측이 직접 확인해 준 것입니다. 매도인 혼자 "세금 때문이 아니다"라고 말하는 것보다, 매수인의 자금 계획, 용도 계획, 인허가 여건 같은 객관적 사정이 훨씬 무게가 있습니다. 계약 단계에서 이런 사정을 특약사항에 남겨 두는 것이 유리합니다.

포인트 ④. 조사 초기 진술을 뒤집으면 신뢰를 잃는다.
처분청이 집요하게 파고든 부분이 진술 번복이었습니다. 조사 착수 때는 "법인이 물류창고를 지으려 했다"고 했다가, 나중에 "주말농장과 공장·사무소"로 설명이 바뀐 것입니다. 이번에는 다른 사정들이 강해 처분이 취소되었지만, 초기 문답서에 남긴 한마디가 이후 모든 단계에서 발목을 잡을 수 있습니다. 조사 통지를 받은 시점에 답변 내용을 정리하고 대응하는 것이 그래서 중요합니다.

포인트 ⑤. 사전 상담 부재가 조사 대상 선정의 빌미가 된다.
문답서에는 청구인이 양도 전에 세무 상담을 받지 않았고, 중개인이 소개한 세무사에게 신고만 맡겼다는 내용이 담겨 있습니다. 감면 한도가 걸린 규모의 농지를 두 해에 걸쳐 파는 거래는 처음부터 조사 가능성을 전제로 설계해야 합니다. 계약서 문안, 중도금·잔금 일정, 근저당 말소 시점, 매수인 확인 자료까지 미리 갖춰 두면 다툼 자체를 줄일 수 있습니다.

포인트 ⑥. 입증책임의 위치를 기억하라.
대법원 판례의 핵심은 과세관청이 거래 형식을 부인하려면 개별적·구체적 부인 규정이 있어야 하고, 조세회피 목적을 구체적으로 입증해야 한다는 것입니다. "결과적으로 세금이 줄었다"는 사정만으로는 부족합니다. 다만 신설 규정처럼 명문 요건이 생긴 영역에서는 이 방패가 통하지 않으므로, 요건에 걸리는지 여부를 먼저 확인해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 농지를 12월과 다음 해 1월로 나눠 팔면 감면 한도를 두 번 받을 수 있나요?

양도시기는 원칙적으로 잔금청산일 기준이므로 과세연도가 나뉘면 한도도 각각 적용되는 것이 원칙입니다. 다만 신설된 조세특례제한법 규정의 요건(양도일 소급 1년 내 분할 후 2년 내 동일인이나 배우자에게 나머지 양도 등)에 해당하면 1개 과세기간으로 묶입니다. 요건에 해당하지 않더라도 실질과세를 이유로 다툼이 생길 수 있으므로 사전 검토가 필요합니다.

Q. 매수인이 같은 사람이면 무조건 하나의 거래로 보나요?

동일인 여부는 중요한 정황이지만 그 하나만으로 결론이 나지는 않습니다. 이 사건에서는 매수인이 개인과 법인으로 달랐고, 매입 목적도 서로 달랐다는 점이 인정되었습니다. 반대로 필지를 팔기 직전에 쪼개 같은 사람에게 연이어 넘긴 사안이라면 하나의 거래로 볼 여지가 커집니다.

Q. 오래전부터 한 덩어리로 농사를 지어온 땅인데, 그것만으로 하나의 토지로 보나요?

처분청은 경계 없이 하나의 농지처럼 사용해 왔다는 점을 근거로 삼았지만, 심판원은 등기부상 오래전부터 분리된 개별 필지라는 점을 더 중시했습니다. 실제 이용 형태보다 필지의 법적 구분과 계약·대금·등기의 실제 흐름이 판단의 축이 되었습니다.

Q. 계약서를 두 장으로 쓰면 안전한가요?

계약서만 나누는 것으로는 부족합니다. 대금 수령 내역, 잔금일, 소유권이전등기일, 근저당 말소 시점 등이 계약서 내용과 일관되어야 합니다. 이 사건에서도 처분청은 근저당권을 일괄 말소한 사실을 하나의 거래라는 근거로 삼았고, 청구인은 중도금으로 이자 부담을 줄이려 조기에 정리한 것이라고 설명해야 했습니다.

Q. 세무조사 통지를 받았습니다. 지금 무엇부터 준비해야 하나요?

계약 경위를 뒷받침할 자료를 시간 순서로 모으는 것이 먼저입니다. 매매계약서 원본, 대금 입금 내역, 중개 관련 자료, 매수인의 자금 조달이나 용도 계획을 확인할 수 있는 자료, 인허가나 진입로 관련 사정 자료 등이 해당합니다. 문답서 답변은 한 번 남으면 되돌리기 어려우므로, 답변 전에 전문가와 내용을 정리하는 것이 안전합니다.

자가진단 체크리스트

• 양도한 필지들이 팔기 직전에 분필된 것은 아닌지 등기부로 확인했다.
• 지분 일부를 먼저 넘기고 나머지를 나중에 넘기는 구조가 아닌지 점검했다.
• 두 계약의 매수인이 동일인이거나 그 배우자인지 확인했다.
• 양도일로부터 2년 이내에 나머지를 넘기는 일정인지 신설 규정 요건을 대조해 보았다.
• 계약서, 대금 입금일, 잔금일, 등기일이 서로 어긋나지 않는다.
• 잔금 시기를 달리 정한 이유를 설명할 객관적 자료(매수인 자금 계획, 인허가 사정 등)가 있다.
• 매수인 측 확인서나 특약사항 등 제3자가 뒷받침해 주는 자료를 확보했다.
• 조사 문답서에서 밝힌 내용과 이후 주장이 서로 모순되지 않는다.
• 양도 전에 감면 한도와 과세연도 분리 가능성을 미리 검토한 기록이 있다.
• 지목·취득원인·취득시기가 다른 필지라면 그 차이를 설명할 자료를 정리해 두었다.

정리

이 사건의 결론은 "두 해에 나눠 팔아도 된다"가 아니라, "원래 별개였던 필지를 별개의 계약으로, 다른 매수인에게, 다른 시점에 실제로 넘겼다면 그 형식은 존중된다"는 쪽에 가깝습니다. 심판원이 인용한 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결의 취지대로, 과세관청이 납세자가 선택한 계약 형식을 부인하려면 명문의 부인 규정과 조세회피 목적의 구체적 입증이 필요합니다. 세금이 줄었다는 결과만으로 기간과세 원칙을 뒤집을 수는 없다는 것입니다.

다만 2023년 말 신설된 감면 한도 관련 규정으로 인해, 앞으로 분할 후 단기간 내 동일인 양도 유형은 명문 규정에 따라 한 과세기간으로 묶입니다. 즉 이 결정례에 기대어 안심할 수 있는 범위는 생각보다 좁습니다. 농지나 대토 감면이 걸린 거래는 계약서를 쓰기 전 단계에서 필지 상태, 매수인 구성, 잔금 일정, 그리고 그 일정을 설명할 자료까지 함께 설계해 두는 것이 가장 확실한 방어입니다.

이미 조사 통지를 받았거나 과세예고를 받은 상태라면, 초기 진술과 제출 자료가 이후 불복 단계 전체의 승패를 좌우합니다. 사실관계와 증빙에 따라 결론이 크게 달라지는 영역이므로, 계약 단계부터 또는 조사 초기에 전문가와 함께 대응 방향을 정하시길 권합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026전1426 (2026.6.18. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「소득세법」 제133조 제1항(결정문 표기) · 결정문 본문에 인용된 「조세특례제한법」 제69조, 제133조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)