등기부에는 1층이 주택인데 1세대 1주택 비과세가 거부됐습니다, 겸용주택 실제 용도 판단 (조심 2026광2121)

공부상 '주택'이라고 적혀 있는데 왜 비과세가 안 되는가

오래된 상가주택이나 점포겸용 건물을 팔고 난 뒤에 뒤늦게 "등기부에 1층이 주택으로 되어 있으니 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있었던 것 아닌가"라고 생각해 경정청구를 하는 분이 많습니다. 실제로 소득세법 시행령 제154조 제3항은 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있을 때 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 크면 그 전부를 주택으로 본다고 정하고 있습니다. 공부상 면적만 비교해 보면 비과세가 되는 것처럼 보이는 구조입니다.

그런데 실무에서 승패를 가르는 지점은 면적 비교가 아니라 그 앞 단계, 즉 "그 부분이 애초에 주택인가"입니다. 소득세법 제88조 제7호는 주택을 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 세대의 구성원이 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조를 갖추어 사실상 주거용으로 사용하는 건물이라고 정의하고, 용도가 분명하지 아니한 경우에만 공부상의 용도를 따르도록 하고 있습니다. 즉 공부는 최종 기준이 아니라 예비적 기준입니다.

이번에 소개하는 조세심판원 2026광2121 결정은 바로 이 다툼입니다. 등기부와 건축물대장에는 1층이 주택, 지하층이 근린생활시설로 등재되어 있었고 주택 면적이 더 넓었지만, 심판원은 양도일 현재 건물 전체가 사업용으로 쓰였다고 보아 청구를 기각했습니다. 결론을 가른 자료가 무엇이었는지 하나씩 살펴보면, 겸용주택을 보유한 분들이 지금 무엇을 점검해야 하는지가 드러납니다.

사건 경과, 22년 보유한 건물을 일반건물로 신고했다가 5년 뒤 뒤집으려 한 사례

청구인은 1997년 3월 18일에 토지와 그 위의 건물을 취득했습니다. 건물은 목조 기와지붕 구조로, 등기사항전부증명서와 건축물대장상 1층은 주택, 지하층은 근린생활시설로 각각 등재되어 있었습니다. 취득 후 약 두 달이 지난 1997년 5월 21일에 청구인은 이 건물을 주소지로 하여 전입신고를 했습니다. 여기까지는 실제로 거주한 흔적이 있는 셈입니다.

변화는 2002년에 일어났습니다. 청구인은 2002년 1월 10일에 이 건물을 사업장 소재지로 하여 개인사업체를 개업했고, 그로부터 6일 뒤인 2002년 1월 16일에 다른 곳으로 전출했습니다. 그 이후 이 건물을 주소지로 한 전입신고 내역은 확인되지 않았습니다. 사업체는 2019년 10월 29일에 폐업했습니다. 개업부터 폐업까지 약 18년 동안 청구인의 주민등록상 주소는 이 건물이 아니었습니다.

청구인은 폐업 직후인 2019년 11월 11일에 이 부동산을 양도했고, 2020년 1월 28일에 스스로 이 부동산을 일반건물로 보아 2019년 귀속 양도소득세를 신고·납부했습니다. 그런데 약 5년이 지난 2025년 5월 26일, 공부상 주택 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 크다는 이유로 건물 전체를 주택으로 보아 1세대 1주택 비과세를 적용해 달라며 기납부 세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기했습니다.

처분청은 검토 결과 양도일 현재 이 부동산을 주택으로 사용하지 않았다고 보아 2025년 9월 4일 경정청구를 거부했습니다. 청구인은 2025년 10월 27일 이의신청을 거쳐 2026년 3월 17일 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2026년 6월 30일 기각 결정을 내렸습니다.

청구인의 주장, 용도가 불분명하면 공부를 따라야 한다

청구인의 논리는 법령의 문언을 그대로 밟아가는 것이었습니다. 소득세법 제88조 제7호 후단은 "그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다"고 규정하고 있습니다. 청구인은 이 건물의 주택 부분과 주택 외 부분의 실제 용도가 불분명하므로 공부상의 용도를 기준으로 판단해야 하고, 등기부상 1층 주택 면적이 지하실 면적보다 넓으므로 시행령 제154조 제3항 본문에 따라 건물 전부를 주택으로 보아야 한다고 주장했습니다. 지하실은 일부 사무실로 사용했을 뿐이라는 설명도 덧붙였습니다.

또한 청구인은 처분청이 1세대 1주택에 관한 사실관계를 제대로 규명하지 않고 일방적이고 자의적인 판단으로 경정청구를 거부했다고 다투었습니다. 즉 실질 용도를 부인하려면 과세관청이 충분한 확인을 거쳐야 하는데 그 과정이 부실했다는 절차적 문제 제기입니다. 겸용주택 사건에서 자주 등장하는 주장 구조입니다.

처분청의 반박, 다섯 가지 객관 자료로 실제 용도를 밝혔다

처분청은 실제 용도가 불분명한 것이 아니라 사업용으로 사용된 사실이 오히려 분명하다는 입장이었습니다. 근거는 다음과 같습니다.

첫째, 사업자등록 내역입니다. 국세청 국세통합시스템에 등록된 사업자등록 기본사항에 따르면, 청구인이 2002년에 이 건물에 개업하여 2019년 폐업할 때까지 신고한 사업장 면적은 지하층만이 아니라 1층과 지하층을 합산한 면적으로 나타났고, 그 면적은 건물 전체 면적과 유사했습니다. 납세자 본인이 사업 목적으로 신고한 면적이 곧 1층까지 사업장으로 썼다는 자기 진술이 된 셈입니다.

둘째, 재산세 부과 내역입니다. 지방자치단체 회신 자료에 따르면 이 부동산은 취득 시부터 양도 시까지 주택이 아닌 (일반)건축물로 재산세가 부과되었습니다. 셋째, 전기사용 계약입니다. 한국전력공사 회신 자료에 따르면 이 부동산에는 '가정용'이 아니라 '일반용' 전력이 사용되었습니다. 넷째, 주민등록 내역입니다. 1997년 전입 후 2002년 전출한 뒤 다시 전입한 기록이 없어, 처분청은 청구인이 건물 전체를 사업장으로 쓰기 위해 전출한 것으로 보았습니다.

다섯째, 매매계약서의 특약사항입니다. 계약서에는 '1층 전 임차인이 사용하던 집기비품은 임대인이 모두 반출한다'는 내용과 '건물분 부가세 별도임'이라는 내용이 각각 기재되어 있었습니다. 처분청은 1층에 임차인이 집기비품을 두고 사용했다는 점, 그리고 일반적인 주택 거래에는 쓰이지 않는 부가가치세 별도 문구가 들어갔다는 점을 들어 1층도 주거용이 아니었다고 판단했습니다. 아울러 청구인이 당초 스스로 일반건물로 신고했다가 경정청구 기한이 임박한 시점에 정반대 내용으로 청구했다는 점도 지적했습니다.

심판원의 판단과 인용된 대법원 법리

심판원은 먼저 판단 기준을 확인했습니다. 건물이 주택에 해당하는지는 건물 공부상의 용도구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 따라 판단하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물이라면 주택으로 보아야 한다는 법리입니다(대법원 2006.10.26. 선고 2005두4304 판결 등 참조).

이 법리는 원래 납세자에게 유리하게 작동하는 경우가 많습니다. 잠깐 사무실로 빌려주었을 뿐 구조와 시설이 주택 그대로라면 주택으로 인정될 여지를 열어 두기 때문입니다. 그러나 이번 사건에서는 주거기능이 유지·관리되고 있었다는 정황이 보이지 않았습니다. 심판원은 사업장 면적이 건물 전체 면적과 유사하게 신고되어 있었다는 점, 개업일로부터 6일 뒤에 전출하고 이후 전입 기록이 없다는 점, 매매계약서 특약에 1층 임차인의 집기비품 반출과 건물분 부가세 별도가 기재되어 있다는 점, 취득 시부터 양도 시까지 (일반)건축물로 재산세가 부과되고 '가정용'이 아닌 '일반용' 전력이 사용된 점을 종합했습니다.

그 결과 심판원은 이 부동산의 주택 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 크다고 보기 어렵다고 판단하고, 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없다고 결정했습니다. 다시 말해 공부상 1층이 주택으로 등재되어 있다는 사실만으로는 면적 비교의 출발점조차 확보되지 않는다는 취지입니다. 주택으로 인정받지 못한 면적은 애초에 주택 연면적에 넣을 수 없기 때문입니다.

항목별 판단 결과 정리

표를 보면 인용된 항목이 하나도 없습니다. 겸용주택 사건에서 이런 결과가 나오는 이유는 판단 자료가 서로를 보강하는 방식으로 쌓였기 때문입니다. 재산세 구분 하나만 있으면 지방세와 국세의 판단 기준이 다르다고 다툴 수 있고, 전기 계약종별 하나만 있으면 계약 승계 과정의 사정을 설명할 수 있습니다. 그런데 사업자등록 면적, 전출 시점, 계약서 특약까지 같은 방향을 가리키면 반박이 사실상 불가능해집니다.

결론을 가른 결정적 한 가지, 사업자등록상 사업장 면적

이 사건에서 가장 무겁게 작용한 것은 사업자등록에 신고된 사업장 면적입니다. 청구인은 지하층 일부만 사무실로 썼다고 주장했지만, 국세통합시스템에는 건물 전체 면적과 유사한 면적이 사업장으로 등록되어 있었습니다. 사업자등록 신청서의 면적은 납세자 본인이 작성해 제출한 것이므로, 나중에 "실제로는 그만큼 안 썼다"고 말하려면 그 주장을 뒷받침할 별도의 증거가 필요합니다.

여기에 전출 시점이 결정적으로 겹쳤습니다. 개업일로부터 단 6일 뒤 전출했다는 사실은, 사업 개시와 주거 이탈이 하나의 계획이었다는 인상을 강하게 남깁니다. 만약 청구인이 개업 후에도 1층에 계속 주민등록을 두고 거주했다면, 사업장 면적 신고가 다소 과다했다는 설명이 받아들여질 여지가 있었을 것입니다. 사실관계의 조각들이 시간 순서로 어떻게 배열되는지가 판단을 좌우한다는 점을 잘 보여 줍니다.

또한 매매계약서의 '건물분 부가세 별도' 문구는 계약 당사자들이 이 건물을 주택이 아닌 사업용 건물로 인식하고 거래했다는 흔적입니다. 주택의 공급은 부가가치세와 무관하므로 일반 주택 매매계약서에 이런 문구가 들어갈 이유가 없습니다. 계약서 한 줄이 몇 년 뒤 양도소득세 판단의 증거가 된다는 점을 반드시 기억해야 합니다.

실무 포인트, 상가주택을 팔기 전과 팔고 난 뒤에 해야 할 일

기준 ①. 공부는 마지막 보험이지 첫 번째 무기가 아니다.
등기부와 건축물대장의 용도구분은 실제 용도가 불분명할 때 비로소 작동하는 보조 기준입니다. 공부에 주택으로 적혀 있다는 사실만 들고 경정청구를 하면 이 사건처럼 기각될 가능성이 큽니다. 공부를 근거로 삼으려면 먼저 실제 용도를 판정할 자료가 양쪽 모두 부족하다는 상태를 만들어야 하는데, 과세관청이 사업자등록·재산세·전기·주민등록 자료를 확보하고 있는 상황에서는 그 상태가 성립하기 어렵습니다.

기준 ②. 겸용주택은 양도일 현재를 기준으로 본다.
과거에 주거용으로 썼는지가 아니라 양도 시점에 주거기능이 유지·관리되고 있었는지가 핵심입니다. 만약 실제로 주거용으로 사용하고 있다면 양도 전에 그 상태를 증명할 자료를 모아 두어야 합니다. 세대원의 전입신고, 주택용 전기·도시가스·수도 사용 내역, 별도의 출입문과 화장실, 취사시설이 갖추어진 내부 사진, 임대차계약서상 용도 기재, 관리비 납부 내역 등이 그것입니다. 소득세법 시행령 제152조의4는 세대별로 구분된 각각의 공간마다 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 설치되어 있는 구조를 요구하므로, 취사시설 유무는 특히 중요합니다.

기준 ③. 사업자등록 면적을 방치하지 마라.
많은 분들이 사업자등록 신청서의 사업장 면적을 대충 적거나, 사업 규모가 줄어든 뒤에도 그대로 둡니다. 이 숫자는 양도 단계에서 납세자 본인의 진술로 취급됩니다. 실제 사용 면적이 건물 일부에 한정된다면 사업자등록 정정신고로 면적을 실제와 맞추고, 주택 부분은 사업장 면적에서 제외해 두는 것이 안전합니다.

기준 ④. 재산세 과세 구분과 전기 계약종별을 미리 확인하라.
재산세가 주택으로 부과되는지 일반건축물로 부과되는지는 매년 고지서에서 확인할 수 있습니다. 실제로 주거용으로 쓰고 있는데 일반건축물로만 과세되고 있다면, 지방자치단체에 현황을 알려 과세 구분을 실제와 맞추는 절차를 검토할 수 있습니다. 전기 계약종별 역시 주거용 사용 부분은 주택용으로 전환해 두는 것이 실질을 뒷받침합니다. 몇 년치 자료가 쌓여야 힘이 생기므로 양도 직전에 급하게 바꾸는 것은 효과가 제한적입니다.

기준 ⑤. 매매계약서 문구가 세금을 바꾼다.
이 사건에서 '건물분 부가세 별도'와 '1층 전 임차인 집기비품 반출' 문구가 불리하게 작용했습니다. 계약 단계에서 세무 검토 없이 중개 관행대로 특약을 넣으면, 몇 년 뒤 되돌릴 수 없는 증거가 됩니다. 주거용으로 사용하는 부분이 있다면 계약서에 그 용도와 인도 상태를 정확히 반영하고, 부가가치세 관련 문구도 실제 과세 대상 범위에 맞게 정리해야 합니다.

기준 ⑥. 최초 신고를 뒤집는 경정청구는 입증 부담이 크다.
법정신고기한 경과 후 5년 이내라면 경정청구를 할 수 있지만, 기간이 남아 있다는 것과 인정된다는 것은 전혀 다른 문제입니다. 특히 본인이 일반건물로 신고했다가 정반대 내용으로 청구하면, 왜 처음에는 그렇게 신고했는지에 대한 합리적 설명과 새로운 증거가 필요합니다. 이 사건에서는 그 설명이 제출되지 않았습니다.

기준 ⑦. 양도 시점의 법령을 반드시 확인하라.
겸용주택의 주택 면적 비교 규정은 시기에 따라 적용 범위가 달라졌습니다. 고가 겸용주택에 대해서는 이후 개정으로 주택 부분만 주택으로 보도록 바뀐 부분이 있으므로, 양도 연도의 시행령과 부칙을 확인하지 않고 과거 사례를 그대로 적용하면 위험합니다. 이 사건은 2019년 양도분이라는 점도 함께 기억할 필요가 있습니다.

자주 묻는 질문

Q. 등기부에 주택으로 되어 있으면 주택으로 인정받는 것이 원칙 아닌가요?

원칙이 반대입니다. 소득세법 제88조 제7호는 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 주택으로 정의하고, 용도가 분명하지 아니한 경우에만 공부상 용도를 따르도록 합니다. 이번 결정도 공부상 1층이 주택으로 등재되어 있었지만 실제 사용 자료가 사업용을 가리키자 주택으로 인정하지 않았습니다.

Q. 주택 면적이 상가 면적보다 크면 전부 주택으로 본다는 규정은 그럼 언제 쓰나요?

주택과 주택 외 부분이 각각 그 용도로 실제 사용되고 있다는 점이 먼저 인정된 뒤에 면적을 비교할 때 쓰입니다. 주택으로 인정되지 않은 면적은 주택 연면적에 넣을 수 없으므로, 실제 사용 사실 확인이 순서상 앞섭니다. 다만 양도 시기에 따라 고가 겸용주택은 이 규정의 적용이 달라질 수 있으니 개별 확인이 필요합니다.

Q. 사업자등록 면적을 실제보다 넓게 신고해 둔 상태라면 어떻게 해야 하나요?

지금이라도 실제 사용 면적에 맞게 정정하는 것을 검토해야 합니다. 다만 정정만으로 과거 기간이 모두 해소되지는 않으므로, 주거용으로 사용한 부분에 대한 별도 증빙을 함께 갖추는 것이 중요합니다. 임대차계약서, 세대원 전입 내역, 주택용 공과금 내역이 대표적입니다. 구체적인 방법은 사업 종류와 사용 형태에 따라 달라지므로 사전 검토가 필요합니다.

Q. 이미 일반건물로 신고해 세금을 냈는데 되돌릴 수 있나요?

법정신고기한이 지난 후 5년 이내라면 경정청구 자체는 가능합니다. 그러나 이 사건처럼 본인 신고와 정반대 주장을 하려면 새로운 사실과 증거가 필요합니다. 공부상 용도만 근거로 삼는 청구는 받아들여지기 어렵다는 점을 이번 결정이 보여 줍니다. 청구 전에 확보 가능한 자료를 먼저 점검하고 승산을 판단하는 것이 순서입니다.

Q. 지금 상가주택을 보유하고 있는데 앞으로 팔 계획입니다. 무엇부터 볼까요?

첫째로 건축물대장상 용도와 실제 사용 상태가 일치하는지, 둘째로 세대원의 주민등록이 그 주소에 있는지, 셋째로 재산세와 전기·가스 계약이 주거용 실질을 뒷받침하는지, 넷째로 사업자등록 면적에 주거 부분이 포함되어 있지 않은지를 확인하십시오. 이 네 가지가 어긋나 있으면 양도 몇 년 전부터 정리해 나가는 것이 안전합니다.

자가진단 체크리스트

• 등기부·건축물대장상 주택으로 표시된 부분을 실제로 주거용으로 쓰고 있는지 확인했다.
• 주거용 공간에 별도의 출입문, 화장실, 취사시설이 갖추어져 있다.
• 본인 또는 세대원의 주민등록이 해당 주소에 유지되고 있다.
• 사업자등록상 사업장 면적에 주거 부분이 포함되어 있지 않다.
• 재산세가 주거 부분에 대해 주택으로 과세되고 있는지 고지서로 확인했다.
• 전기·도시가스·수도 계약이 주거 부분에 대해 주택용으로 되어 있다.
• 임대 중인 부분과 자가 사용 부분이 임대차계약서로 구분되어 있다.
• 매매계약서에 부가가치세나 집기비품 관련 문구를 넣기 전에 세무 검토를 거쳤다.
• 양도 연도에 적용되는 겸용주택 관련 시행령과 부칙을 확인했다.

세 개 이상 해당하지 않는다면 1세대 1주택 비과세를 전제로 한 계획은 위험합니다. 특히 사업장으로 등록해 두고 오래 사용한 건물이라면, 양도 전에 실질을 정리할 시간이 필요합니다.

정리

이번 결정의 메시지는 간단합니다. 겸용주택 비과세는 서류상의 면적 싸움이 아니라 생활의 흔적 싸움입니다. 사업자등록 면적, 전입과 전출의 날짜, 재산세 과세 구분, 전기 계약종별, 매매계약서 특약 문구처럼 평소에는 사소해 보이는 기록들이 몇 년 뒤 수천만 원 단위의 세금 차이를 만듭니다. 그리고 이 기록들은 양도 후에 만들 수 없습니다.

반대로 실제로 주거용으로 사용하고 있다면 인용된 대법원 법리는 납세자에게 유리하게 작동할 수 있습니다. 일시적으로 다른 용도로 쓰였더라도 구조와 시설이 주거용으로 유지·관리되고 있어 언제든 주택으로 쓸 수 있는 상태라면 주택으로 볼 수 있다는 것이 그 취지입니다. 결국 문제는 그 상태를 증명할 자료를 갖고 있는지입니다.

상가주택, 점포겸용 건물, 지하 사무실이 딸린 단독주택을 보유하고 계시다면 양도 계획을 세우는 단계에서 실질과 서류의 간격을 먼저 좁히시기 바랍니다. 이미 양도하고 신고까지 마친 상태라도 경정청구 가능 기간이 남아 있다면, 승산을 냉정하게 진단해 보는 것이 무리한 청구로 시간과 비용을 잃지 않는 방법입니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026광2121 (2026.6.30. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제88조 제7호, 소득세법 시행령 제152조의4, 제154조 제3항, 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)