상속세 신고를 마친 뒤 나온 새 유권해석으로 추징당했다면 (조심 2026중1503)

신고는 기준대로 했는데, 나중에 기준이 바뀌었다면

상속세와 증여세는 세법 조문만으로 계산이 끝나지 않는 경우가 많습니다. 법에 명확한 규정이 없는 영역에서는 국세청과 기획재정부가 내놓는 유권해석이 사실상 계산 기준 역할을 합니다. 세무대리인도, 납세자도 그 해석을 보고 신고서를 만듭니다. 문제는 이 해석이 어느 날 바뀔 수 있다는 점입니다. 그것도 이미 상속이 개시되고, 신고와 납부까지 끝난 뒤에 말입니다.

그런 일이 벌어지면 납세자는 억울할 수밖에 없습니다. 당시 공개되어 있던 모든 자료를 따라 계산했는데, 몇 년 뒤 세무조사에서 "지금 기준으로는 틀렸다"는 말을 듣고 세금을 다시 내야 한다면 애초에 신고를 어떻게 하라는 것이냐는 반문이 나옵니다. 국세기본법 제18조 제3항이 존재하는 이유가 바로 이것입니다. 이 조문은 "세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다"고 정하고 있습니다.

다만 실무에서 이 조문으로 과세처분이 통째로 취소되는 경우는 흔치 않습니다. "일반적으로 받아들여진 관행"의 문턱이 상당히 높기 때문입니다. 오늘 소개하는 조심 2026중1503 결정은 그 높은 문턱을 넘어선 드문 사례입니다. 왜 이 사건에서는 납세자가 이겼는지, 어떤 자료가 결정적이었는지를 따라가 보면 유사한 상황에서 무엇을 준비해야 하는지가 보입니다.

사건 경과, 시간 순서로 정리하면

청구인은 2024년 1월 18일 사망한 피상속인의 자녀입니다. 동시에 한 법인의 대표이사이면서 지분 100%를 보유한 주주였습니다. 상증세법 제45조의5에서 말하는 특정법인, 즉 지배주주등의 주식보유비율이 30% 이상인 법인의 지배주주에 해당하는 위치였습니다.

피상속인은 상속개시일 전 5년 이내인 2022년 4월부터 2024년 1월까지 모두 세 차례에 걸쳐 이 법인에 서울 소재 토지 지분과 그 지상 건물을 증여했습니다. 법인은 이를 무상으로 받은 자산으로 보아 법인세법 제15조와 같은 법 시행령 제11조 제5호에 따라 자산수증이익으로 익금에 산입하고 법인세를 신고·납부했습니다. 한편 청구인은 상증세법 제45조의5에 따른 지배주주등의 증여의제이익이 발생한 부분에 대해 별도로 증여세를 신고·납부했습니다. 즉 같은 재산 이전을 두고 법인 단계에서는 법인세가, 개인 주주 단계에서는 증여세가 각각 부과된 구조입니다.

그 뒤 피상속인이 사망하면서 상속이 개시되었습니다. 청구인은 2024년 7월 상속세를 신고하면서, 법인에 증여된 부동산 전체 가액을 상증세법 제13조 제1항 제2호의 상속개시일 전 5년 이내 상속인이 아닌 자에 대한 증여재산으로 보아 상속세 과세가액에 합산했습니다. 그리고 그 증여재산 전체에 대한 증여 당시 증여세 산출세액 상당액을 상증세법 제28조에 따른 증여세액공제로 반영했습니다. 이 계산법은 국세청이 1997년부터 2013년까지 여러 차례 내놓은 유권해석에 그대로 부합하는 방식이었습니다.

상황이 달라진 것은 상속개시 이후입니다. 기획재정부는 2025년 6월 9일, 종전과 다른 취지의 유권해석을 내놓았습니다. 특정법인에 재산을 무상 제공해 지배주주등에게 증여세가 과세된 경우, 상속세 과세가액에 가산하는 금액과 상속세 산출세액에서 공제하는 금액을 각각 지배주주등의 증여의제이익 부분과 법인의 자산수증이익에서 증여의제이익을 뺀 부분으로 나누어 계산하라는 내용이었습니다. 이 방식으로 계산하면 증여세액공제액이 줄어들고, 결과적으로 납부할 상속세가 늘어납니다.

지방국세청은 2025년 8월부터 10월까지 상속세 세무조사를 실시했고, 새로 나온 이 해석을 그대로 적용해 청구인이 증여세액공제를 과다하게 받았다고 보았습니다. 세무서장은 2025년 11월 27일 상속세를 결정·고지했고, 청구인은 2026년 1월 심판청구를 제기했습니다. 조세심판원은 2026년 8월 18일 부과처분을 취소하는 결정을 내렸습니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인의 주장은 한 줄로 요약됩니다. 오랜 기간 반복되어 국세행정의 관행이 된 종전 해석대로 신고했는데, 신고는 물론 법정결정기한까지 지난 시점에 나온 새 해석을 소급 적용해 과세하는 것은 국세기본법 제18조 제3항 위반이라는 것입니다.

청구인은 먼저 법령의 공백을 지적했습니다. 상증세법에는 특정법인에 증여한 재산과 관련해 그 지배주주등에게 증여세가 과세된 상태에서 증여자가 5년 이내에 사망한 경우, 사전증여재산가액을 어떻게 가산하고 증여세액공제를 어떻게 계산할지에 관한 구체적 규정이 없습니다. 규정이 없는 자리를 메워 온 것이 국세청의 유권해석이었습니다.

실제로 청구인이 제시한 종전 해석은 한두 건이 아닙니다. 재삼 46014-2456(1997.10.16.), 재삼 46014-191(1999.1.26.), 서일 46014-10775(2002.6.7.), 서면인터넷방문4팀-378(2005.3.14.), 서면인터넷방문4팀-662(2005.4.29.), 재산세과-525(2011.11.7.), 재산세과-224(2012.6.11.), 상속증여세과-544(2013.9.3.)까지 약 16년에 걸쳐 같은 취지의 답변이 이어졌습니다. 특히 2002년 해석은 특정법인에 재산을 증여한 뒤 5년 이내에 사망하면 그 가액을 상속재산에 가산하고 증여세 산출세액 상당액을 공제한다는 점을 명시했고, 2013년 해석도 상속인이 아닌 영리법인에 증여한 재산을 가산할 때 증여 당시 그 증여재산에 대한 증여세 산출세액 상당액을 공제한다고 정리했습니다.

청구인은 이런 반복된 답변이 특정 납세자만을 상대로 한 것이 아니라 불특정 다수에게 공개되어 정당한 것으로 받아들여진 공적 견해표명이라고 주장했습니다. 피상속인이 생전에 법인에 부동산을 증여한 것도, 상속인이 신고 단계에서 그 계산법을 따른 것도 모두 이 해석에 대한 신뢰에 기초한 행위였다는 것입니다. 그런데 이미 납세의무가 성립하고 신고·납부까지 끝난 세금에 대해 뒤늦게 나온 해석을 들이대는 것은 법적 안정성과 예측가능성을 정면으로 훼손한다고 보았습니다. 근거로는 잘못된 해석이나 관행이라도 불특정한 일반 납세자에게 이의 없이 받아들여져 신뢰가 무리가 아닐 정도에 이르렀다면 보호된다고 본 대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결을 들었습니다.

과세관청은 어떤 논리로 맞섰나

처분청의 반박은 크게 두 갈래였습니다.

첫째는 실체법 논리입니다. 피상속인이 법인에 부동산을 증여한 행위와, 그 법인과의 거래를 통해 지배주주인 청구인에게 이익을 증여한 것으로 의제되는 행위는 과세근거 규정도 다르고 수증자도 다른 별개의 증여행위라는 것입니다. 상증세법 제28조 제1항은 상속재산에 가산한 증여재산 각각에 대한 증여세 산출세액을 공제하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항의 공제한도도 증여재산별로 계산하게 되어 있으므로, 새 유권해석처럼 두 부분으로 쪼개어 계산하는 것이 조문에 맞는다는 주장이었습니다.

둘째는 절차법 논리입니다. 처분청은 대법원 1995.7.28. 선고 94누3629 판결을 인용하면서, 소급과세금지 원칙은 단순히 종전 해석이 변경되었다는 사정만으로 적용되는 것이 아니라, 납세자가 그 해석이나 관행을 신뢰한 나머지 어떤 행위나 계산을 하였고, 그 결과 경제적 불이익이 발생한 경우에 한하여 적용된다고 했습니다. 그러면서 이 사건에서는 그 요건이 충족되지 않았다고 보았습니다. 종전 해석이 없었다면 법인이 부동산을 취득하지 않았을 것이라거나, 원래는 과세되지 않았을 것이 새 해석 때문에 과세되었다는 사정이 확인되지 않는다는 취지입니다.

처분청은 또 조심 2023서9999 결정과 서울행정법원 2025.8.29. 선고 2024구합85137 판결을 근거로 들었습니다. 신고기한 이후 공시된 세법 해석에 따라 과세된 사안에서 가산세를 면할 정당한 사유는 인정하되 본세 부과는 적법하다고 본 선례, 그리고 국세청 유권해석은 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명이 아니라고 본 판단입니다. 마지막으로 처분청은 청구인이 법정결정기한 이후에 세무조사를 받기를 희망해 절차가 지연된 결과 새 해석이 적용된 것이므로 처분에 잘못이 없다는 점까지 덧붙였습니다. 실제로 상속세 결정지연 통지서를 증빙으로 제출했습니다.

심판원의 판단과 그 법리

조세심판원은 청구인의 손을 들었습니다. 판단의 뼈대는 네 단계로 정리할 수 있습니다.

기준 ①. 보호되는 관행의 의미를 확인했습니다. 국세기본법 제18조 제3항이 말하는 "일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행"이란, 설령 잘못된 해석이나 관행이더라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져, 납세자가 그것을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다고 보았습니다. 여기서 인용된 판례가 청구인이 들었던 대법원 2010.4.15. 선고 2007두19294 판결입니다. 처분청과 청구인이 각각 다른 판례를 들었지만, 심판원은 관행의 성립 여부를 정면으로 다룬 이 판례를 기준으로 삼았습니다.

기준 ②. 실제로 그런 관행이 있었는지를 사실 차원에서 확인했습니다. 과세당국이 1997년부터 2013년까지 같은 취지의 유권해석을 계속 반복해 생산했고, 특히 특정법인의 최대주주등에게 증여의제로 과세된 가액을 다시 상속세 과세가액에 별도로 가산하지 않는다는 취지의 해석까지 있었다는 점을 짚었습니다. 그리고 기획재정부의 새 해석이 나오기 전까지는 납세자가 청구인처럼 법인에 증여한 재산가액 전부를 합산하고 그 전체에 대한 증여세 산출세액 상당액을 공제하는 방식으로 신고한 경우 과세관청이 이를 그대로 인정해 왔다는 사실을 인정했습니다.

기준 ③. 종전 계산방식이 명백히 위법했는지를 따졌습니다. 여기가 중요한 지점입니다. 심판원은 그동안의 증여세액공제 산정방식이 상증세법령에 반하는 위법한 것이라고 보기는 어렵다고 판단했습니다. 종전 해석이 법령에 정면으로 위배되는 명백한 오류였다면 신뢰보호의 강도가 달라질 수 있는데, 이 사건에서는 그렇지 않았다는 것입니다.

기준 ④. 적용 시점을 문제 삼았습니다. 새 해석은 이 사건의 증여세와 상속세 납세의무 성립일 이후인 2025년 6월 9일에 나왔고, 별도의 적용례도 명시되어 있지 않았습니다. 게다가 과세당국 스스로 "새로운 세법 해석이 종전 해석과 다른 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다"는 입장(징세-1104, 2014.8.27.)을 밝혀 왔습니다. 심판원은 과세관청 자신의 기준에 비추어 보더라도 이미 납세의무가 성립한 사건에 불리한 새 해석을 적용하는 것은 불합리하다고 보았습니다.

처분청이 마지막 카드로 내민 "납세자가 결정지연을 신청해서 늦어진 것"이라는 주장도 받아들여지지 않았습니다. 심판원은 결정지연 신청 여부가 소급 적용의 정당성에 영향을 준다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 납세의무 성립 시점이 기준인데, 행정 절차가 언제 진행되었는지에 따라 적용 해석이 달라지는 것은 논리적으로 맞지 않기 때문입니다. 결론적으로 부과처분은 전부 취소되었습니다.

항목별 판단 결과

표에서 보이듯 처분청이 내세운 다섯 가지 논거가 모두 받아들여지지 않았습니다. 특히 실체법 논리(증여행위가 별개라는 주장) 자체를 심판원이 틀렸다고 선언한 것은 아니라는 점에 주의해야 합니다. 심판원은 새 해석의 내용이 옳은지를 판단한 것이 아니라, 그 해석을 이미 성립한 납세의무에 적용할 수 있는지를 판단했습니다. 앞으로 성립하는 납세의무에는 새 해석이 그대로 적용될 가능성이 높습니다.

실무 포인트, 이 사건이 알려주는 것

포인트 ①. 신고 당시 근거로 삼은 해석을 기록으로 남겨야 합니다.
이 사건에서 청구인이 이길 수 있었던 결정적 이유는 종전 해석을 날짜와 문서번호까지 특정해 목록으로 제시했기 때문입니다. 1997년부터 2013년까지 8건의 해석 번호를 나열하자 "한두 건의 우연한 답변"이 아니라 "장기간 반복된 행정관행"이라는 사실이 눈에 보이게 되었습니다. 상속세나 증여세 신고서를 만들 때 규정이 불분명한 항목이 있다면, 어떤 유권해석이나 예규에 근거해 그렇게 계산했는지를 신고서철에 함께 보관해 두시기 바랍니다. 몇 년 뒤 세무조사에서 이 메모 한 장이 방어의 출발점이 됩니다.

포인트 ②. 본세 취소와 가산세 면제는 전혀 다른 결과입니다.
처분청이 인용한 조심 2023서9999 결정은 신고기한 이후 나온 해석으로 과세된 사안에서 가산세를 면할 정당한 사유는 인정하되 본세는 적법하다고 보았습니다. 반면 이 사건에서는 본세 자체가 취소되었습니다. 무엇이 차이를 만들었을까요. 장기간 반복된 공적 견해표명이 존재했는지, 그리고 종전 계산방식이 법령에 반하는 명백한 오류가 아니었는지입니다. 새 해석으로 추징을 당한 상황이라면 우선 이 두 가지를 점검해야 합니다. 반복된 해석이 없다면 현실적인 목표는 가산세 감면 쪽이 될 가능성이 큽니다.

포인트 ③. 기준 시점은 납세의무 성립일입니다.
상속세의 납세의무는 상속이 개시되는 때, 증여세는 증여로 재산을 취득하는 때 성립합니다(국세기본법 제21조). 세무조사를 언제 받았는지, 결정이 언제 났는지가 아니라 사망일 또는 증여일이 기준입니다. 과세관청 스스로도 징세-1104(2014.8.27.)를 통해 새 해석은 그 해석이 있는 날 이후 성립분부터 적용한다는 입장을 밝혀 왔습니다. 추징 통지서를 받았다면 처분 근거가 된 해석의 생산일과 상속개시일 또는 증여일의 선후를 먼저 확인하십시오. 순서만 확인해도 다툴 여지가 있는지 가늠할 수 있습니다.

포인트 ④. 조사 일정 조정 요청이 불이익 사유가 될 수는 없습니다.
이 사건에서 처분청은 "납세자가 조사를 늦춰 달라고 해서 새 해석이 적용된 것"이라고 주장하며 결정지연 통지서까지 제출했습니다. 심판원은 이를 받아들이지 않았습니다. 실무에서 상속인이 재산 정리나 자료 준비를 이유로 조사 일정 조정을 요청하는 일은 드물지 않은데, 그 요청이 나중에 불리하게 쓰이지 않을까 걱정하는 분들이 있습니다. 이 결정은 그런 절차상 사정이 세법 적용의 기준 시점을 바꾸지 못한다는 점을 확인해 주었습니다.

포인트 ⑤. 사전증여는 5년과 10년의 두 기준선을 함께 봐야 합니다.
상증세법 제13조 제1항은 상속인에 대한 증여는 상속개시일 전 10년 이내, 상속인이 아닌 자에 대한 증여는 5년 이내의 것을 상속세 과세가액에 가산하도록 정하고 있습니다. 이 사건처럼 법인이나 사위, 며느리, 손자녀 등 상속인이 아닌 쪽에 재산을 넘긴 경우에는 5년이 기준선입니다. 재산 이전을 계획하고 있다면 누가 받는지에 따라 합산 기간이 달라진다는 점을 반드시 함께 검토해야 합니다.

포인트 ⑥. 증여세액공제에는 한도가 있습니다.
상증세법 제28조 제2항은 공제할 증여세액의 한도를 정하고 있습니다. 상속세 산출세액에 전체 과세표준 중 가산한 증여재산 과세표준이 차지하는 비율을 곱한 금액이 상한입니다. 사전증여 당시 세금을 많이 냈다고 해서 그 전액이 항상 상속세에서 빠지는 것은 아닙니다. 사전증여 계획을 세울 때 흔히 놓치는 부분이니, 증여 단계에서 상속 단계까지 함께 시뮬레이션해 보는 것이 안전합니다.

포인트 ⑦. 세법 해석 변경 뉴스는 남의 일이 아닙니다.
기획재정부나 국세청의 해석 변경은 뉴스로 크게 다뤄지지 않는 경우가 많지만, 이미 재산 이전을 마친 가정에는 직접적인 영향을 줍니다. 생전에 증여를 여러 차례 했거나, 사망 전 5년에서 10년 사이에 재산 이동이 있었던 가정이라면 상속세 신고 전에 관련 해석이 최근에 바뀐 것은 없는지 한 번 확인해 볼 필요가 있습니다.

자주 묻는 질문

Q. 신고할 때 국세청 예규대로 했는데 나중에 추징당하면 무조건 취소되나요

그렇지 않습니다. 이 결정에서도 심판원은 해당 해석이 1997년부터 2013년까지 반복 생산되었고 실제로 납세자들의 신고가 그대로 인정되어 왔다는 사실을 확인한 뒤에 결론을 내렸습니다. 단발성 답변 한 건만 있거나, 종전 해석이 법령에 명백히 반하는 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다. 반복성과 일반성이 핵심입니다.

Q. 홈택스에서 본 상담 답변도 근거가 되나요

일반적인 인터넷 상담 답변은 질의자의 사실관계를 전제로 한 개별 회신이어서, 불특정 다수에게 받아들여진 관행이라고 주장하기에는 약합니다. 이 사건에서 힘을 발휘한 것은 문서번호와 생산일자가 있는 공식 유권해석들이 여러 건 누적되어 있었다는 점입니다. 다만 본인의 구체적 사실관계로 받은 회신이라면 가산세 감면의 정당한 사유로는 의미가 있을 수 있습니다.

Q. 상속세 법정결정기한이 지나면 더 이상 과세할 수 없나요

아닙니다. 상증세법 제76조 제3항과 시행령 제78조는 상속세의 법정결정기한을 신고기한부터 9개월로 정하고 있지만, 이 기한이 지났다고 해서 과세권이 사라지는 것은 아닙니다. 부득이한 사유가 있으면 그 사유를 알리고 그 이후에 결정할 수 있습니다. 이 사건에서도 법정결정기한 경과 자체가 취소 사유가 된 것은 아니고, 새 해석의 소급 적용이 문제였습니다.

Q. 부모님이 자녀가 운영하는 회사에 부동산을 주면 세금이 어떻게 되나요

일반적으로 세 겹의 과세를 검토하게 됩니다. 법인 단계에서는 무상으로 받은 자산이 익금에 산입되어 법인세 문제가 생기고, 지배주주인 자녀에게는 상증세법 제45조의5에 따른 증여의제이익 과세 여부가 검토됩니다. 여기에 증여자가 5년 이내에 사망하면 상속세 과세가액 합산까지 이어집니다. 구조가 복잡하므로 개인 간 증여와 단순 비교하지 말고 사전에 전체 세부담을 계산해 보시는 편이 좋습니다.

Q. 이미 추징 고지서를 받았는데 지금 할 수 있는 일이 있을까요

불복 기간을 먼저 확인하셔야 합니다. 이 사건의 청구인도 고지 후 약 두 달 만에 심판청구를 제기했습니다. 기간을 넘기면 내용을 다툴 기회 자체가 사라집니다. 동시에 처분 근거가 된 해석의 생산일, 상속개시일 또는 증여일, 신고일의 순서를 정리하고, 신고 당시 근거로 삼았던 자료를 모아 두시면 상담이 훨씬 빨라집니다.

자가진단 체크리스트

• 상속세나 증여세 추징 통지서의 처분 근거에 유권해석 번호가 적혀 있는가
• 그 해석의 생산일이 상속개시일 또는 증여일보다 뒤인가
• 신고 당시 근거로 삼았던 예규나 해석을 지금 다시 찾아 제시할 수 있는가
• 같은 취지의 종전 해석이 여러 건 반복되어 있는가, 아니면 한 건뿐인가
• 사망 전 5년 이내에 상속인이 아닌 사람이나 법인에 넘긴 재산이 있는가
• 사전증여 당시 낸 증여세가 상속세에서 전액 공제되는지 한도를 확인했는가
• 불복 청구 기간이 아직 남아 있는가
• 세무조사 일정 조정을 요청한 사실이 있다면 그 경위 자료를 보관하고 있는가

세 개 이상 해당한다면 혼자 판단하지 마시고 자료를 정리해 검토를 받아보시는 편이 좋습니다. 특히 두 번째와 네 번째 항목은 결과를 크게 가르는 지점입니다.

정리

이 사건의 본질은 계산식 다툼이 아니라 시간의 문제였습니다. 새 해석의 내용이 맞느냐 틀리냐가 아니라, 이미 상속이 개시되고 신고까지 마친 사건에 뒤늦게 나온 해석을 적용할 수 있느냐가 쟁점이었습니다. 조세심판원은 국세기본법 제18조 제3항의 취지대로, 오랫동안 반복되어 납세자들이 믿고 따라 온 계산방식을 신뢰한 것은 무리가 아니라고 보아 부과처분을 취소했습니다.

다만 이 결정을 "예규대로 했으면 언제나 안전하다"는 뜻으로 읽어서는 곤란합니다. 관행으로 인정받으려면 상당한 기간에 걸친 반복성과, 종전 방식이 명백히 위법하지 않았다는 점이 함께 갖춰져야 합니다. 그리고 앞으로 성립하는 납세의무에는 새 해석이 그대로 적용될 가능성이 높습니다. 지금 재산 이전을 계획하고 계시다면 과거의 해석이 아니라 현재 유효한 기준으로 계산해 보셔야 합니다.

상속세와 증여세는 신고 시점의 판단이 몇 년 뒤 조사에서 그대로 검증되는 세목입니다. 근거를 남겨 두는 습관, 그리고 재산 이전 전에 전체 구조를 한 번 계산해 보는 절차가 결국 가장 확실한 대비가 됩니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세와 증여세, 양도소득세 신고와 불복 사건을 다루고 있습니다. 유사한 상황이라면 자료를 정리해 상담을 받아보시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026중1503 (2026.8.18. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「국세기본법」 제18조, 「상속세 및 증여세법」 제13조, 제28조, 제45조의5

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)