해외 근무로 출국해 집을 팔았는데, 입주권 하나 때문에 1세대1주택 비과세가 막혔습니다 (조심 2026중0060)

해외 발령을 받고 집을 팔았는데, 비과세가 안 된다는 통지를 받았습니다

공무원이나 주재원으로 해외에 나가게 되면 국내 주택을 어떻게 정리할지가 큰 고민이 됩니다. 몇 년을 비워 둘 수도 없고, 전세를 놓자니 관리가 어렵고, 팔자니 거주기간을 채우지 못한 상태인 경우가 많기 때문입니다. 소득세법 시행령은 이런 사정을 고려해 1년 이상 계속하여 국외거주가 필요한 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우에는 보유기간과 거주기간 요건을 따지지 않고 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있도록 예외를 두고 있습니다. 많은 분들이 이 규정을 믿고 출국 후에 집을 정리합니다.

그런데 이 예외 조항에는 짧지만 결정적인 단서가 붙어 있습니다. "출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우로서 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다"는 문장입니다. 오늘 소개하는 사건은 바로 이 단서의 '1주택'을 어떻게 읽을 것인지가 문제가 된 사안입니다. 청구인은 해외 대사관으로 발령받아 세대전원이 출국했고, 출국일부터 1년도 지나지 않아 집을 팔았습니다. 겉으로 보면 요건을 다 갖춘 것처럼 보이지만, 출국할 때 청구인 세대가 주택 1채 외에 조합원입주권 1개를 함께 가지고 있었다는 사실 하나 때문에 비과세가 인정되지 않았습니다.

재개발·재건축이 활발한 지역에서는 입주권을 한두 개 보유하고 있는 가정이 드물지 않습니다. 입주권은 아직 집이 아니고, 등기도 나지 않았으며, 들어가 살 수도 없습니다. 그래서 "이건 주택이 아니니까 1주택이 맞다"고 생각하기 쉽습니다. 이 사건은 그 직관이 세법 문언 앞에서 어떻게 무너지는지를 보여 줍니다.

사건 경과, 입주권 두 개와 해외 발령이 겹친 8년

시간 순서대로 정리하면 다음과 같습니다. 청구인은 2016년 5월, 모친으로부터 재개발정비사업 구역에 있던 주택과 그 부수토지에 관한 조합원입주권(이하 첫 번째 입주권)을 넘겨받았습니다. 다만 순수한 증여가 아니라, 근저당 채권최고액 기준의 채무를 함께 인수하는 조건의 부담부증여였습니다. 해당 재개발사업은 2015년 3월 관리처분계획인가가 이루어진 상태였고, 기존 건물은 2017년 8월에 철거되었습니다.

그 후 정비사업이 완료되어 청구인은 2020년 2월 21일(사용승인일) 신축 아파트를 취득했습니다. 이 아파트가 이번에 문제가 된 쟁점주택입니다. 중요한 점은 이 주택을 취득할 당시 해당 지역이 조정대상지역이었다는 것입니다. 조정대상지역에서 취득한 주택은 1세대 1주택 비과세를 받으려면 보유기간 2년만으로는 부족하고, 그 보유기간 중 거주기간 2년을 채워야 합니다.

청구인 세대는 2020년 4월 1일 쟁점주택에 전입했다가 같은 해 8월 12일 다른 지역 주택으로 전입해 나갔습니다. 결국 쟁점주택에 실제로 주민등록을 둔 기간은 넉 달 남짓이었고, 그 뒤로는 다시 전입한 이력이 없었습니다. 2년 거주 요건은 채워지지 않은 상태였습니다.

2022년 2월 22일, 청구인은 배우자와 각 2분의 1 지분으로 또 다른 재건축정비사업의 조합원입주권(이하 두 번째 입주권)을 매매로 취득했습니다. 이 사업은 2018년 9월 관리처분계획인가가 난 상태였습니다. 그리고 2023년 7월 12일자로 청구인은 해외 주재 대한민국대사관으로 인사발령을 받았고, 2023년 8월 22일 세대전원이 출국했습니다. 이후 귀국하지 않은 상태에서 2024년 8월 5일 쟁점주택을 양도했습니다. 출국일부터 약 1년 만의 양도였습니다.

세금 처리 과정도 눈여겨볼 만합니다. 청구인은 2024년 9월 26일 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용해 예정신고·납부했다가, 두 달 뒤인 11월 25일 비과세 적용을 배제한 수정신고를 하고 세액을 추가로 납부했습니다. 그리고 2025년 4월 3일, 다시 비과세가 맞다며 수정신고분에 대한 경정청구를 제기했습니다. 처분청은 2025년 5월 27일 이를 거부했고, 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 11월 7일 심판청구를 제기했습니다. 조세심판원은 2026년 4월 2일 기각 결정을 내렸습니다.

청구인 주장, 일시적 1주택 1입주권도 결국 1세대 1주택으로 봐야 한다

청구인의 주위적 주장은 이렇습니다. 소득세법 시행령 제156조의2 제3항은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득해 일시적으로 1주택과 1입주권을 소유하게 된 경우, 종전주택 취득일부터 1년이 지난 뒤 입주권을 취득하고 그 입주권 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하면 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다고 규정합니다. 청구인은 쟁점주택을 2020년 2월에 취득했고 두 번째 입주권은 2022년 2월에 취득했으니 1년 요건을 넘겼고, 입주권 취득일부터 3년 이내인 2024년 8월에 주택을 팔았으니 3년 요건도 충족했다는 것입니다.

그렇다면 자기 세대는 법적으로 '1세대 1주택'으로 취급되는 것이고, 그 상태에서 근무상 형편으로 세대전원이 출국해 2년 이내에 양도했으므로 제154조 제1항 제2호 다목에 따라 보유기간과 거주기간의 제한을 받지 않아야 한다는 논리입니다. 청구인은 이 규정의 취지가 국내에 계속 살았더라면 거주요건을 충분히 채울 수 있었을 사람이 부득이한 국외거주 사유로 이를 못 채우게 된 경우를 구제하려는 데 있다고 강조했습니다.

또한 다목 단서의 '1주택을 보유하고 있는 경우'는 다주택자가 아닐 것을 요구하는 취지일 뿐, 조합원입주권을 주택과 똑같이 보아 주택 수에 넣으려는 규정은 아니라고 주장했습니다. 만약 과세관청 해석대로라면 주택과 입주권을 함께 보유한 경우를 구제하는 제156조의2 제3항이나 소득세법 제89조 제2항 단서는 사실상 형해화된다는 지적도 덧붙였습니다.

예비적으로는 다른 길도 제시했습니다. 시행령 제154조 제1항 제5호는 조정대상지역 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되고, 계약금 지급일 현재 그 세대가 주택을 보유하지 않은 경우 거주기간 제한을 받지 않는다고 정합니다. 청구인은 2016년 모친으로부터 첫 번째 입주권을 부담부증여받을 당시 해당 지역이 조정대상지역이 아니었고 세대가 무주택이었으므로 이 규정이 적용되어야 한다고 했습니다. 부담부증여는 인수한 채무 범위에서 무상성이 후퇴하고 그 부분은 양도로 간주되어 증여자가 양도소득세를 부담하므로, 실질이 매매계약과 크게 다르지 않다는 것이 근거였습니다.

과세관청의 반박, 두 규정은 목적이 다르다

처분청의 논리는 간명했습니다. 첫째, 쟁점주택은 취득 당시 조정대상지역에 있었으므로 2년 거주요건이 반드시 충족되어야 하는데 청구인은 실제 거주 이력이 사실상 없었습니다. 둘째, 시행령 제154조 제1항 제2호 다목은 문언상 출국일 현재 1주택을 보유한 경우에만 적용되는 특례인데, 청구인 세대는 출국일 현재 주택 1채와 조합원입주권 1개를 보유하고 있었으므로 그 요건에 해당하지 않는다는 것입니다.

예비적 주장에 대해서도, 제154조 제1항 제5호는 매매계약 체결과 계약금 지급을 명시적 요건으로 하는 규정인데 청구인은 부담부증여를 원인으로 입주권을 취득했을 뿐 매매계약을 체결한 사실이 없으므로 적용 대상이 아니라고 보았습니다. 처분청은 이런 이유로 경정청구를 거부했습니다.

심판원 판단 ①, 두 특례는 자동으로 결합되지 않는다

조세심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단의 핵심은 제156조의2 제3항이 무엇을 해 주는 조항인가에 있습니다. 심판원은 이 조항이 문언상 "특정 요건이 충족되었을 때 조합원입주권을 보유한 상태에서 그보다 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우, 그 종전주택을 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용하도록 한 것"일 뿐이라고 보았습니다. 다시 말해 양도 시점에서 주택 수 계산의 장벽을 풀어 주는 데 그치는 것이지, 출국일 당시에 주택과 입주권을 함께 보유한 경우까지 그 주택을 1주택으로 간주해 제154조 제1항 제2호 다목 단서를 적용하도록 한 조항으로 해석하기는 어렵다는 것입니다.

심판원은 두 규정의 입법 연혁과 취지도 비교했습니다. 제156조의2는 2005년 12월 31일 신설되었고, 그 취지는 1세대가 일시적으로 1주택과 1입주권 또는 2주택을 소유하더라도 실수요 목적이라면 주택 양도 시 비과세를 허용해 1세대 1주택자의 주거생활 안정을 지원하는 데 있었습니다. 반면 제154조 제1항 제2호 다목 단서에 '출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우'라는 요건이 들어간 것은 그보다 뒤인 2008년 2월 22일 개정 때였고, 그 취지는 해외이주 등의 사유가 발생하는 시점에 1세대 1주택자인 사람에 한하여 보유·거주기간 특례가 인정된다는 점을 명확히 하는 것, 즉 특례의 인정 범위를 제한하는 데 있었습니다.

결국 뒤에 만들어진 제한 규정이 앞선 특례 규정을 흡수하도록 읽을 수는 없다는 것이 심판원의 결론입니다. 심판원은 "1주택과 1조합원입주권을 보유한 사람이 주택을 양도하면서 제156조의2 제3항 요건을 충족했다는 사정만으로는, 출국일 현재 1주택과 1조합원입주권을 보유한 이상 보유·거주기간 요건 적용의 예외가 되는 '출국일 현재 1주택을 보유하고 있는 경우'에 해당한다고 보기 어렵다"고 판시했습니다.

여기서 놓치기 쉬운 지점이 하나 더 있습니다. 설령 제156조의2 제3항이 적용되어 1세대 1주택으로 본다고 하더라도, 그 효과는 "제154조 제1항을 적용한다"는 데까지입니다. 제154조 제1항 본문은 조정대상지역에서 취득한 주택이라면 보유 2년에 더해 거주 2년을 요구합니다. 즉 주택 수 문제가 해결되어도 거주요건은 별도로 남아 있는 것이고, 청구인은 그 거주요건을 채우지 못한 상태였습니다. 출국 특례에 매달릴 수밖에 없었던 이유가 여기에 있습니다.

심판원 판단 ②, 부담부증여는 매매계약이 아니다

예비적 주장에 대한 판단도 분명했습니다. 심판원은 제154조 제1항 제5호가 "조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우"에 적용되는 규정인데, 청구인은 모친으로부터 부담부증여로 입주권을 취득했을 뿐 매매계약을 체결한 사실이 없다는 점을 먼저 짚었습니다.

나아가 이 조항은 2017년 8월 2일 주택시장 안정화 방안의 일환으로 신설된 것으로, 그 취지가 실수요 중심의 주택 구입 유도와 투기 수요 억제에 있으므로 조정대상지역 공고일 이전에 증여받은 경우까지 확장 적용하기는 어렵다고 보았습니다. 이 규정은 원래 규제 시행 전에 이미 계약을 맺고 계약금까지 치른 매수인의 신뢰를 보호하기 위한 경과조치 성격이기 때문입니다.

부담부증여의 성질에 대해서도 판단했습니다. 심판원은 부담부증여를 받았다 하더라도 인수한 채무액 상당 부분을 제외한 나머지는 여전히 증여에 해당하며, 그러한 실질에도 불구하고 부담부증여 행위를 매매계약 체결과 같다고 볼 특별한 사정은 없다고 보았습니다. 채무인수 부분이 증여자에게 양도소득세 과세 대상이 된다는 사실은, 그 계약 자체를 매매계약으로 바꾸어 주지 않는다는 것입니다.

항목별 판단 결과

두 가지 쟁점 모두 청구인의 주장이 받아들여지지 않아 심판청구는 기각되었습니다. 정리하면 다음과 같습니다.

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 다섯 가지

포인트 ①. 특례끼리는 자동으로 이어지지 않습니다. 세법의 비과세 특례는 각각 적용 시점과 적용 대상이 따로 정해져 있습니다. 이 사건에서 일시적 1주택 1입주권 특례는 '양도하는 시점'의 주택 수를 정리해 주는 규정이고, 출국 특례의 1주택 요건은 '출국하는 시점'의 보유 상태를 묻는 규정입니다. 판정 기준일이 다른 두 규정을 하나로 묶어 읽으려면 명문의 근거가 있어야 합니다. 실무에서 여러 특례를 겹쳐 적용하려 할 때는 항상 "이 특례가 어느 시점의 무엇을 바꿔 주는가"를 먼저 확인해야 합니다.

포인트 ②. 출국 특례는 출국일 기준으로 사진을 찍습니다. 근무상 형편에 의한 출국 특례를 쓰려면 출국일 현재 세대가 1주택만 보유하고 있어야 하고, 출국일부터 2년 이내에 양도해야 합니다. 출국한 뒤에 입주권을 처분한다고 해서 출국일 당시의 보유 상태가 바뀌지는 않습니다. 해외 발령이 예정되어 있다면, 발령 통지를 받은 순간부터 출국 전에 보유 자산의 구성을 어떻게 정리할 것인지 검토하는 것이 순서입니다. 출국한 뒤에 뒤늦게 상담을 오시면 선택지가 거의 남지 않습니다.

포인트 ③. 배우자와 절반씩 가진 입주권도 세대 기준으로는 보유입니다. 이 사건의 두 번째 입주권은 청구인과 배우자가 각 2분의 1 지분으로 가진 것이었습니다. 1세대 1주택 판정은 개인이 아니라 세대를 단위로 하므로, 지분이 절반이든 전부든 세대가 보유한 입주권 1개로 계산됩니다. 명의를 나눠 두면 주택 수가 줄어든다는 오해가 여전히 많습니다.

포인트 ④. 조정대상지역에서 취득한 주택의 거주 2년은 생각보다 빡빡합니다. 이 사건에서 청구인 세대는 신축 아파트에 전입했다가 넉 달 남짓 만에 다른 주택으로 옮겼습니다. 조정대상지역 지정은 이후 해제될 수 있지만, 거주요건 적용 여부는 취득 당시의 지정 여부로 판단하기 때문에 나중에 해제되었다고 해서 요건이 사라지지 않습니다. 전입 이력이 짧게 끊긴 경우에는 그 자체가 과세 쟁점이 되므로, 처분 전에 거주기간부터 계산해 보아야 합니다.

포인트 ⑤. '매매계약'을 요건으로 쓴 조문에는 증여가 들어가지 않습니다. 부담부증여는 채무인수 부분이 양도로 과세되기 때문에 매매와 비슷하게 느껴지지만, 계약의 성격 자체는 증여입니다. 세법이 조문에서 굳이 '매매계약 체결과 계약금 지급'이라고 적어 둔 경우, 그 문언은 신뢰보호의 범위를 한정하기 위한 것이어서 유추 적용이 잘 인정되지 않습니다. 상속이나 증여로 취득한 자산에 매매계약 전제 특례를 적용해 달라는 주장은 대체로 받아들여지기 어렵다고 보는 편이 안전합니다.

덧붙이자면 절차적인 면도 눈여겨볼 만합니다. 청구인은 비과세를 적용해 예정신고했다가 스스로 수정신고로 세금을 더 낸 뒤, 다시 경정청구로 돌려받으려 했습니다. 이 경로 자체는 가능하지만, 한 번 납부한 세금을 돌려받는 절차에서는 납세자가 요건 충족을 적극적으로 입증해야 하는 부담이 생깁니다. 애매한 상황에서 급하게 신고 방향을 바꾸기보다, 신고 전에 쟁점을 정리하고 판단 근거를 문서로 남겨 두는 편이 훨씬 유리합니다.

자주 묻는 질문

Q. 조합원입주권은 집이 아닌데 왜 주택 수에 들어가나요?

입주권은 그 자체로 주택은 아니지만, 소득세법은 1세대 1주택 비과세를 판정할 때 입주권과 분양권을 보유한 경우를 별도로 규율하고 있습니다. 소득세법 제89조 제2항은 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 함께 보유하다가 그 주택을 양도하면 원칙적으로 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않는다고 정하고, 예외적으로 시행령이 정한 특례에 해당할 때만 비과세를 허용합니다. 이 사건처럼 특례의 요건이 '1주택 보유'로 좁게 적혀 있으면, 입주권이 있는 상태는 그 요건을 벗어난 것으로 읽힐 수 있습니다.

Q. 출국하기 전에 입주권을 팔았다면 결과가 달라졌을까요?

단정할 수는 없지만, 적어도 '출국일 현재 1주택 보유'라는 문언상 요건에 대한 다툼은 줄어들었을 가능성이 있습니다. 다만 입주권 양도에 따른 별도의 양도소득세 부담, 양도 시점과 가격, 세대원 전원의 출국 여부 등 다른 변수들이 함께 얽히므로 실제 유불리는 개별적으로 계산해 보아야 합니다. 중요한 것은 이런 검토를 출국 전에 해야 선택지가 남는다는 점입니다.

Q. 해외 근무 중인데 2년 안에 못 팔면 어떻게 되나요?

근무상 형편에 의한 출국 특례는 출국일부터 2년 이내 양도를 요건으로 합니다. 이 기간을 넘기면 해당 특례는 적용되지 않고, 원칙으로 돌아가 보유기간과 거주기간 요건을 따져야 합니다. 매수인을 구하기 어려운 시장 상황이라면 특례 기한과 매도 일정을 함께 관리할 필요가 있습니다.

Q. 부담부증여로 받은 재산은 양도로 보는 부분이 있다고 들었는데, 그럼 매매와 같은 것 아닌가요?

부담부증여에서 수증자가 인수한 채무액에 해당하는 부분은 증여자에게 양도로 보아 과세합니다. 그러나 이는 과세 방법에 관한 것이고, 계약의 성격이 매매로 바뀌는 것은 아닙니다. 이 사건에서도 심판원은 채무인수액 외의 나머지 부분은 여전히 증여이며 부담부증여를 매매계약 체결과 같다고 볼 특별한 사정이 없다고 보았습니다.

Q. 취득할 때는 조정대상지역이었는데 지금은 해제되었습니다. 거주요건이 사라지나요?

거주요건 적용 여부는 취득 당시 그 주택이 조정대상지역에 있었는지로 판단하는 것이 원칙입니다. 이후 지정이 해제되었다고 해서 이미 걸린 거주요건이 자동으로 없어진다고 보기는 어렵습니다. 취득일과 지정·해제 시점을 시간표로 정리해 두면 판단이 훨씬 명확해집니다.

자가진단 체크리스트

해외 근무나 유학으로 출국을 앞두고 국내 주택 처분을 고민하고 계시다면, 아래 항목을 먼저 점검해 보시기 바랍니다. 하나라도 걸리는 항목이 있다면 출국 전에 전문가와 확인하는 것이 좋습니다.

• 출국일 현재 우리 세대가 보유한 주택, 조합원입주권, 분양권을 모두 적어 보았는가
• 배우자나 세대원 명의로 된 지분 보유분까지 빠짐없이 포함했는가
• 양도할 주택을 취득한 당시 그 지역이 조정대상지역이었는지 확인했는가
• 해당 주택의 실제 거주기간이 주민등록상 몇 개월인지 계산해 보았는가
• 세대 전원이 출국하는지, 일부가 국내에 남는지 정리했는가
• 출국일부터 2년 이내에 양도가 가능한 일정인지 검토했는가
• 인사발령통지서, 재직증명서, 출입국사실증명 등 출국 사유 증빙을 확보해 두었는가
• 상속이나 증여로 취득한 자산에 매매계약을 전제로 한 특례를 적용하려 하고 있지는 않은가
• 신고 방향을 바꾸기 전에 근거 조문과 판단 이유를 문서로 남겼는가

정리

이 사건의 청구인은 국가를 대표해 해외에 파견된 공무원이었고, 발령과 출국, 양도 시점 어느 하나 인위적으로 만든 것이 없었습니다. 그럼에도 비과세가 인정되지 않은 이유는 단 하나, 출국하던 날 세대가 주택 1채와 입주권 1개를 함께 가지고 있었다는 사실 때문이었습니다. 세법의 특례 규정은 취지가 아무리 선해도 문언에 적힌 요건을 넘어서까지 확장되지 않는다는 점을 보여 주는 사례입니다.

실무에서 가장 아쉬운 순간은 이미 양도가 끝난 뒤에 상담을 받으러 오시는 경우입니다. 출국 전이라면 보유 자산의 구성을 조정할 여지가 있고, 양도 전이라면 거주요건을 채우는 선택도 남아 있습니다. 그러나 처분이 끝나고 나면 남는 것은 이미 정해진 사실관계뿐입니다. 특히 재개발·재건축 구역의 입주권을 보유하고 계신 분이라면, 그 입주권이 어떤 국면에서 주택 수로 잡히고 어떤 국면에서는 잡히지 않는지를 미리 확인해 두실 것을 권합니다.

해외 발령, 입주권 보유, 조정대상지역 취득이라는 세 가지 요소가 겹치면 판단이 까다로워집니다. 개별 사안은 취득 시기, 지역 지정 연혁, 세대원 구성, 거주 이력에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 처분 계획을 세우는 단계에서 미리 검토받아 보시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026중0060 (2026.4.2. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제88조, 제89조, 제95조 / 소득세법 시행령 제154조 제1항(제2호 다목, 제5호), 제156조의2 제3항 / 소득세법 시행규칙 제75조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)