임대하던 건물이 수용됐는데 취득가액에서 감가상각비를 또 빼라고 합니다 (조심 2026중0568)

임대하던 건물이 수용되자, 세무서에서 취득가액이 과다하다는 연락이 왔습니다

도로가 나거나 택지가 개발되면 그 자리에 있던 상가와 건물은 공익사업 시행자에게 넘어갑니다. 파는 사람이 값을 정하는 것이 아니라 감정평가로 보상금이 정해지고, 협의가 되면 그 금액으로 소유권이 이전됩니다. 본인 의사와 무관하게 재산을 넘기는 것이니 세금이라도 좀 덜 나오지 않을까 기대하지만, 실제로는 예상보다 많은 양도소득세가 나와 당황하는 분이 많습니다.

특히 그 건물을 임대사업에 쓰고 있었다면 계산이 한 번 더 복잡해집니다. 임대소득을 신고하면서 매년 감가상각비를 필요경비로 넣어왔다면, 양도소득세를 계산할 때는 그 누적액만큼 취득가액이 줄어들기 때문입니다. 취득가액이 줄면 양도차익이 커지고, 세금도 커집니다. 이 사건의 청구인도 그 지점에서 세무서의 수정신고 안내를 받았고, 추가로 세금을 낸 뒤 이건 이중으로 빼는 것 아니냐는 문제를 제기했습니다.

수용 보상금은 감정평가사가 건물의 노후 정도를 반영해서, 즉 감가를 반영해서 산정합니다. 낡은 건물은 새 건물보다 보상금이 적게 나옵니다. 그런데 세법은 여기에 더해 취득가액에서도 감가상각누계액을 빼라고 합니다. 납세자 입장에서는 보상금 자체가 이미 깎였는데, 취득원가도 깎느냐는 생각이 드는 것이 자연스럽습니다. 조세심판원은 이 문제를 어떻게 정리했을까요.

사건 경과, 신고에서 심판청구까지

청구인은 2012년 1월 1일 해당 건물을 사업장 소재지로 하여 부동산임대업으로 사업자등록을 했습니다. 이후 10년이 넘는 기간 동안 그 건물에서 임대업을 영위했고, 종합소득세를 신고하면서 건물에 대한 감가상각비를 계속해서 필요경비로 계상했습니다. 이 부분은 나중에 결정의 핵심 근거가 됩니다.

2024년 5월 21일 청구인은 폐업신고를 했습니다. 그리고 보름 뒤인 2024년 6월 5일, 경기도 소재 총 1,123.15㎡ 규모의 건물이 공익사업 시행으로 사업시행자에게 양도되었고 청구인은 수용보상금을 받았습니다. 청구인은 2024년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했는데, 이때 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용했습니다.

처분청은 신고 내용을 검토한 뒤 문제를 발견했습니다. 청구인이 취득가액을 계산하면서 감가상각누계액을 차감하지 않았다는 것입니다. 처분청은 곧바로 과세하지 않고 청구인에게 수정신고를 안내했고, 청구인은 안내에 따라 취득가액에서 감가상각누계액을 차감하는 방식으로 수정신고를 하면서 세액을 추가로 납부했습니다.

그런데 청구인은 이 계산이 납득되지 않았습니다. 2025년 7월 10일, 수용보상금 산정 시 감정평가 단계에서 이미 감가상각이 반영되었으므로 취득가액에서 감가상각누계액을 다시 빼는 것은 이중차감이라며 과다납부한 세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기했습니다. 처분청은 2025년 9월 9일 소득세법 제97조 제3항을 근거로 경정청구를 거부했고, 청구인은 2025년 12월 1일 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다. 심판원은 2026년 4월 16일 청구를 기각했습니다.

청구인의 주장, 감정평가에서 이미 뺐는데 또 뺀다

청구인의 논리는 단순하고 직관적입니다. 소득세법이 취득가액에서 감가상각비를 차감하도록 정한 것은 일반적인 매매 거래를 전제로 한 규정이라는 것입니다. 당사자끼리 값을 정해 파는 매매에서는 건물의 노후가 매매가격에 반영되었는지 알 수 없으니, 세법이 취득가액 쪽에서 조정하는 것이 이해된다는 취지입니다.

그러나 수용은 다르다는 것이 청구인의 주장이었습니다. 수용보상금은 감정평가법인이 물리적 감가, 기능적 감가 등을 반영해 산정하기 때문에, 보상금 자체에 이미 감가가 녹아 있다는 것입니다. 청구인은 실제로 사업시행자가 두 곳의 감정평가법인에 의뢰해 산정한 감정평가액 산출 내역을 심판원에 제출하면서, 그 자료에 감가상각 항목이 반영되어 있음을 강조했습니다.

즉 양도가액 쪽에서 한 번 깎이고, 취득가액 쪽에서 또 깎이니 결과적으로 감가가 두 번 반영되어 양도차익이 부당하게 커진다는 것이 청구인의 핵심 주장이었습니다. 실제로 수용 사건에서 이런 문제 제기는 드물지 않습니다. 보상금이 시세보다 낮게 느껴지는데 세금은 그대로 나오니 억울함이 겹치기 때문입니다.

과세관청의 반박, 감정평가는 양도가액의 문제이고 취득가액과는 별개다

처분청의 반박은 두 갈래였습니다. 첫째, 취득가액에서 감가상각비를 차감하는 것은 세법상 당연한 구조라는 점입니다. 소득세법은 감가상각 대상 자산에 대해 감가상각비 상당액을 사업소득의 필요경비로 인정하는 동시에, 그 금액을 자산의 취득가액에서 차감하도록 규정하고 있습니다. 이는 자산의 사용과 노후에 따른 가치 감소분을 사업 기간 동안 비용으로 분산시키고, 처분 시점에는 감가상각을 마친 잔존가액을 기준으로 양도차익을 계산하게 함으로써 같은 비용이 두 번 공제되는 것을 막기 위한 제도라는 설명입니다.

둘째, 감정평가에서 감가상각을 반영하는 것은 양도가액을 얼마로 볼 것인가의 문제일 뿐, 세법상 취득가액을 얼마로 볼 것인가와는 층위가 다르다는 점입니다. 감정평가상의 감가는 건물이 지금 얼마짜리인지를 정하는 작업이고, 세법상의 감가상각 차감은 이미 사업소득에서 비용으로 빼먹은 금액을 양도소득 계산에서 다시 빼주지 않겠다는 조정입니다. 목적도 근거도 다르므로 이중차감이 아니라는 것입니다.

처분청은 형평 문제도 지적했습니다. 보유 기간에 감가상각비를 필요경비로 공제받아 종합소득세를 줄여왔으면서, 처분 시점에도 당초 취득가액을 그대로 유지한다면 양도차익이 과소하게 산정됩니다. 그렇게 되면 같은 건물을 사업용으로 쓰지 않아 감가상각 혜택을 전혀 받지 못한 납세자와 비교해 오히려 조세형평에 어긋나는 결과가 된다는 것입니다.

심판원의 판단, 사업소득에서 이미 뺀 비용은 취득가액에서 다시 인정할 수 없다

심판원은 먼저 법 규정을 확인했습니다. 소득세법 제97조 제3항은 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있습니다. 문언 자체가 명확하고, 예외로 수용을 따로 빼놓지도 않았습니다.

다음으로 사실관계를 확인했습니다. 국세통합시스템상 청구인은 해당 건물을 사업장으로 하여 부동산임대업 사업자등록을 했고, 종합소득세 신고서상 사업소득금액을 산정하면서 건물에 대한 감가상각비를 계속적으로 필요경비로 계상한 것으로 나타났습니다. 즉 실제로 비용 처리를 해서 종합소득세를 줄여온 사실이 신고서로 확인된 것입니다.

심판원은 이런 상황에서 환산취득가액에서 감가상각누계액을 차감하지 않으면 양도소득금액이 과소하게 계산되어 이중의 혜택을 받는 결과에 이른다고 보았습니다. 사업소득 단계에서 한 번 빼고, 양도소득 단계에서 또 온전한 취득원가를 인정받는 셈이 되기 때문입니다.

감정평가 부분에 대해서도 판단을 내놨습니다. 심판원은 양도 당시 시가 산정을 위해 감정평가를 하면서 감가상각을 반영했다는 사실이 취득가액에 영향을 줄 수 없다고 했습니다. 감정평가에서의 감가는 물리적 감가, 기능적 감가, 경제적 감가 등을 고려해 대상 물건을 적정하게 평가하기 위한 방법의 일환일 뿐이라는 것입니다. 결국 청구는 기각되었습니다.

2011년부터는 환산취득가액을 써도 감가상각비를 차감합니다

이 사건에서 눈여겨봐야 할 대목이 하나 더 있습니다. 청구인은 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용했습니다. 오래전에 취득했거나 계약서를 분실한 경우 흔히 쓰는 방법입니다. 그런데 환산취득가액은 실제로 지불한 금액이 아니라 양도가액을 기준으로 역산해 만든 금액이므로, 여기에서까지 감가상각비를 빼는 것이 맞느냐는 의문이 생길 수 있습니다.

결정문은 이 부분에 대해 소득세법 제97조 제3항의 개정 연혁을 제시했습니다. 종전에는 취득가액으로 실지거래가액을 적용하는 경우에만 감가상각비를 차감하고, 매매사례가액이나 감정가액, 환산가액을 적용하는 경우에는 차감하지 않았습니다. 그러나 2010년 12월 27일 개정으로 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 적용하는 경우에도 차감하는 것으로 바뀌었습니다. 개정 취지는 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확히 하겠다는 것이었고, 2011년 1월 1일 이후 신고분 및 양도분부터 적용됩니다.

따라서 계약서가 없어 환산취득가액을 쓰면 감가상각비 문제는 피해간다는 생각은 현행법상 성립하지 않습니다. 실무에서 아직도 이 부분을 놓치고 신고했다가 나중에 안내를 받는 사례가 반복되는 이유는, 개정 전 실무 감각이 남아 있거나 신고 프로그램에 누적 감가상각액을 입력하지 않기 때문입니다.

항목별 판단 결과 한눈에 보기

이 사건의 쟁점과 판단을 정리하면 다음과 같습니다. 청구인의 주장은 모두 받아들여지지 않았고, 심판청구는 기각되었습니다.

실무 포인트, 이 사건이 갈린 지점과 지금 해야 할 일

이 사건에서 결론을 가른 것은 종합소득세 신고서에 감가상각비가 실제로 계상되어 있었다는 사실 하나였습니다. 심판원은 감정평가서의 내용을 들여다보기 전에 신고서부터 확인했고, 비용 처리를 이미 받은 사실이 확인되자 그 다음 논리는 자동으로 따라왔습니다. 세법의 이중공제 배제 구조에서는 과거에 무엇을 신고했는가가 현재의 세금을 결정합니다.

첫째, 임대업에 쓰던 건물을 팔거나 수용당하기 전에는 반드시 과거 종합소득세 신고서를 꺼내봐야 합니다. 감가상각비명세서와 조정계산서에 그 건물이 자산으로 잡혀 있고 매년 상각액이 계상되어 있다면, 양도소득세 계산 시 그 누적액만큼 취득가액이 줄어든다는 전제로 세액을 미리 추산해야 합니다. 신고 후에 안내를 받고 뒤늦게 추가 납부하면 심리적 타격이 큽니다.

둘째, 감가상각을 하는 것이 항상 유리하지는 않습니다. 임대소득이 크지 않아 낮은 종합소득세율 구간에 있는데, 나중에 양도할 때는 세율이 더 높거나 중과 요인이 있다면, 매년 아끼는 세금보다 나중에 늘어나는 양도세가 클 수 있습니다. 반대로 임대소득이 커서 높은 누진세율을 적용받고 있고 장기보유특별공제를 충분히 받을 수 있는 상황이라면 계상하는 편이 나을 수 있습니다. 건물 취득 시점에 이 시뮬레이션을 한 번 해두는 것이 실무에서 가장 실질적인 절세 접근입니다.

셋째, 수용은 시기를 내가 정할 수 없는 양도입니다. 보상 협의 통보를 받은 시점부터 양도일까지 시간이 촉박한 경우가 많습니다. 이 사건에서도 폐업신고 후 약 보름 만에 양도가 이루어졌습니다. 폐업을 했다고 해서 보유 기간에 계상한 감가상각비가 사라지는 것은 아니므로, 폐업 시점 조정으로 이 문제를 피할 수는 없습니다.

넷째, 수용에 따른 양도에는 별도의 감면 제도와 보상금 수령 방식에 따른 차이가 존재합니다. 감가상각 차감 때문에 늘어난 세부담을 감면 요건 검토로 일부 만회할 수 있는 사안도 있습니다. 취득가액 계산만 붙잡고 다투기보다는, 감면 요건과 공제 항목 전반을 함께 점검하는 편이 실익이 큽니다.

다섯째, 세무서로부터 수정신고 안내를 받았을 때의 대응입니다. 안내는 과세처분이 아니므로 무조건 따를 의무는 없지만, 이 사건처럼 법 문언이 명확한 쟁점이라면 다투는 실익이 크지 않습니다. 반대로 사실관계에 다툼 여지가 있는 쟁점이라면 안내에 응하기 전에 검토가 필요합니다. 참고로 청구인처럼 수정신고를 먼저 하고 나중에 경정청구를 제기하는 경로도 열려 있으므로, 일단 가산세 부담을 줄이고 다투는 전략도 선택지가 됩니다.

여섯째, 장부 없이 추계로 신고해온 경우입니다. 추계신고 기간에 대해 감가상각비를 필요경비에 산입한 것으로 볼 것인지는 사안에 따라 판단이 달라질 수 있습니다. 신고 유형과 연도별 자료를 모두 모아 어느 기간의 상각액이 차감 대상인지 정리해두어야 불필요한 다툼을 줄일 수 있습니다.

자주 묻는 질문

Q. 수용은 제가 원해서 판 것이 아닌데도 양도소득세를 내야 하나요?

수용도 세법상 양도에 해당하므로 원칙적으로 양도소득세 과세 대상입니다. 다만 공익사업 시행에 따른 양도에는 별도의 감면 제도가 마련되어 있고, 보상금을 받는 방식이나 사업인정고시일 이전 취득 여부 등에 따라 적용 여부가 달라집니다. 감가상각 차감 문제와는 별개로 감면 요건을 먼저 검토하는 것이 좋습니다.

Q. 감정평가에서 건물이 낡았다고 보상금을 깎았는데, 취득가액도 깎는 게 정말 맞나요?

이 결정에서 심판원은 두 가지가 층위가 다르다고 보았습니다. 감정평가의 감가는 지금 이 건물이 얼마짜리인지를 정하는 작업이고, 세법의 감가상각 차감은 과거 사업소득에서 이미 비용으로 빼먹은 금액을 양도소득에서 다시 인정해주지 않겠다는 조정입니다. 보상금이 낮게 나왔다는 사정만으로 취득가액 계산이 달라지지는 않는다는 것이 이 사건의 결론입니다.

Q. 계약서를 잃어버려 환산취득가액으로 신고하는데도 감가상각비를 빼나요?

현행 규정상 그렇습니다. 2010년 12월 개정으로 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 적용하는 경우에도 감가상각비를 차감하도록 바뀌었고 2011년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다. 이 사건의 청구인도 환산취득가액을 적용했지만 차감 대상이라는 판단을 받았습니다.

Q. 임대사업을 폐업하고 나서 팔면 감가상각비 차감을 피할 수 있나요?

피하기 어렵습니다. 법 규정은 양도자산 보유기간에 사업소득 계산 시 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액을 기준으로 하므로, 양도 시점에 사업자가 아니더라도 보유 기간에 계상한 상각액은 차감 대상이 됩니다. 이 사건에서도 폐업 후 곧바로 양도가 이루어졌지만 결론에 영향을 주지 않았습니다.

Q. 세무서 안내에 따라 수정신고까지 마쳤는데, 다시 다툴 수 있나요?

수정신고 후에도 법정 요건과 기한을 갖추면 경정청구를 제기할 수 있고, 거부되면 불복 절차로 이어갈 수 있습니다. 이 사건의 청구인도 그 경로를 밟았습니다. 다만 절차가 열려 있다는 것과 주장이 받아들여진다는 것은 별개이므로, 다투기 전에 쟁점이 사실관계 문제인지 법 해석 문제인지 구분해 실익을 따져보는 것이 좋습니다.

자가진단 체크리스트

임대용 건물을 보유 중이거나 수용 협의 통보를 받은 상태라면 아래 항목을 점검해보시기 바랍니다. 하나라도 확인이 안 되는 항목이 있다면 신고 전에 자료를 갖춰두는 것이 안전합니다.

• 해당 건물을 사업장으로 하여 사업자등록을 하고 임대소득을 신고한 이력이 있는가
• 과거 종합소득세 신고서의 감가상각비명세서에 그 건물이 자산으로 등재되어 있는가
• 연도별로 계상한 감가상각비를 합산한 누계액을 정확히 파악하고 있는가
• 추계로 신고한 연도가 섞여 있어 상각액 계산에 다툼 소지가 있는가
• 취득 당시 계약서와 취득세 납부 자료가 남아 있어 실지거래가액을 입증할 수 있는가
• 환산취득가액을 쓸 경우 감가상각누계액 차감까지 반영해 세액을 추산해보았는가
• 자본적 지출액, 중개보수, 양도비 등 필요경비 증빙을 빠짐없이 모아두었는가
• 공익사업 수용에 따른 감면 요건에 해당하는지 검토했는가
• 세무서로부터 수정신고 안내를 받은 경우, 안내 근거 조문과 산출 내역을 확인했는가
• 경정청구가 가능한 기한이 남아 있는지 확인했는가

정리

이 사건은 화려한 법리 다툼이 아니라 계산 구조에 대한 오해에서 비롯되었습니다. 감정평가에서 감가를 반영했다는 사실과 세법이 취득가액에서 감가상각누계액을 차감한다는 규정은 서로 다른 이야기이고, 심판원은 그 점을 분명히 했습니다. 사업소득에서 이미 비용으로 처리한 금액을 양도소득에서 다시 원가로 인정하면 같은 지출을 두 번 공제받는 셈이 되기 때문입니다.

실무에서 더 중요한 교훈은 지금 하는 신고가 나중의 세금을 결정한다는 점입니다. 매년 임대소득을 줄이기 위해 계상한 감가상각비는 건물을 처분하는 순간 고스란히 양도차익으로 되돌아옵니다. 어느 쪽이 유리한지는 소득 규모, 보유 기간, 예상 처분 시점, 적용 세율에 따라 달라지므로 개별 판단이 필요합니다.

수용 통보를 받았거나 임대건물 매각을 앞두고 있다면, 신고서를 작성하기 전에 과거 종합소득세 신고 자료부터 정리하시기 바랍니다. 취득가액 계산과 감면 요건 검토를 함께 진행하면 예상하지 못한 추가 납부를 줄이고, 다툴 만한 쟁점과 그렇지 않은 쟁점을 미리 가려낼 수 있습니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026중0568 (2026.4.16. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제96조(양도가액), 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산), 국세기본법 제65조 및 제80조의2

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)