집만 수용되고 땅만 남았는데, 5년 지나 팔면 1세대1주택 비과세가 안 됩니다 (조심 2026인2403)

집은 수용으로 사라지고, 땅만 덩그러니 남았을 때

도시개발사업이나 재개발, 도로 확장 같은 공익사업이 진행되면 오래된 단독주택이 먼저 헐립니다. 그런데 사업 방식에 따라 건물만 보상하고 토지는 환지 방식으로 남겨두는 경우가 있습니다. 이때 집주인 입장에서는 수십 년 살던 집은 없어졌는데 땅은 여전히 내 이름으로 남아 있는 상태가 됩니다. 사업이 끝날 때까지 그 땅에 새로 집을 지을 수도 없고, 팔 생각도 잘 들지 않아 그냥 두게 됩니다.

문제는 몇 년 뒤 그 땅을 팔 때 발생합니다. 많은 분들이 "원래 1세대1주택 비과세를 받을 수 있었던 우리 집 마당인데, 집이 강제로 헐린 것이지 내가 판 게 아니지 않느냐"고 생각합니다. 하지만 세법은 주택이 없어진 땅을 언제까지 주택의 부수토지로 봐줄 것인가에 대해 기간을 정해두고 있습니다. 이번에 소개하는 조세심판원 결정은 그 기간이 지나버린 사례입니다.

결론부터 말하면 심판청구는 기각되었습니다. 다만 이 사건이 의미 있는 이유는, 청구인이 매우 정교한 법리 구성을 시도했음에도 왜 받아들여지지 않았는지, 그리고 같은 상황에 놓인 분들이 지금 무엇을 확인해야 하는지가 선명하게 드러나기 때문입니다.

사건 경과, 주택 수용에서 토지 양도까지 약 9년

청구인은 인천 연수구 소재 토지 331㎡를 시효취득했고, 1985년 이전에 그 땅 위에 단독주택 114.27㎡를 신축해 보유했습니다. 오랜 기간 그곳에서 거주했고, 1세대1주택 비과세 요건 자체는 충분히 갖춘 상태였습니다.

이후 해당 지역에 도시개발사업이 진행됩니다. 사업조합은 2010년 11월 1일 이 토지에 대해 공동주택용지(공동1블록) 집단환지예정지를 지정했고, 2011년 10월 17일에는 주택보상금을 공탁하고 종전주택을 수용했습니다. 즉 건물은 2011년에 수용으로 사라졌고, 토지는 환지 대상으로 청구인 명의에 남았습니다.

그로부터 약 9년이 지난 2020년 9월 17일, 청구인은 이 나대지 상태의 토지를 한 법인에게 양도했습니다. 그리고 2020년 11월 25일 2020년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 이때는 비과세를 주장하지 않고 과세로 신고한 것입니다.

그런데 2025년 9월 23일, 청구인은 "이 토지는 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 종전주택의 부수토지이므로 양도도 비과세 대상이며, 이미 낸 세금을 돌려달라"는 취지로 경정청구를 제기합니다. 처분청은 2025년 11월 25일 이를 거부했고, 청구인은 2025년 12월 1일 이의신청을 거쳐 2026년 5월 1일 심판청구를 제기했습니다. 심판원은 2026년 8월 7일 기각 결정을 내렸습니다.

청구인의 주장, "내 땅은 잔존토지가 아니다"

청구인의 주장은 단순한 감정 호소가 아니라 법령 문언을 정면으로 파고든 구성이었습니다. 핵심은 자신의 토지가 애초에 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단이 말하는 '잔존토지'에 해당하지 않는다는 것이었습니다.

시행규칙 제72조 제2항 후단은 "주택 및 그 부수토지의 일부가 협의매수, 수용되는 경우의 해당 주택과, 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택"에 대해 예외를 두고 있습니다. 청구인은 하급심 판결을 근거로, 여기서 말하는 '주택 및 그 부수토지의 일부'란 주택과 부수토지가 동시에 일부씩 수용되는 경우를 뜻한다고 해석했습니다. 그런데 이 사건에서는 토지는 전혀 수용되지 않고 주택 건물만 통째로 수용되었으니, 규정 자체가 적용되지 않는다는 것입니다.

이어서 청구인은 "적용될 규정이 없다면 기간 제한도 없다"는 논리를 폈습니다. 비과세 여부를 판단할 때 기한 제한을 두려면 법령에 명시적 규정이 있어야 하는데, 자신의 경우에는 5년 규정을 적용할 근거 자체가 없으므로 기간에 관계없이 1세대1주택 부수토지로 보아야 한다는 주장입니다.

또한 청구인은 땅을 그대로 둘 수밖에 없었던 사정을 상세히 설명했습니다. 도시개발법상 도시개발구역에서는 건축행위에 허가가 필요하고, 국토계획법상 개발행위허가 기준(도시계획사업 시행에 지장이 없을 것, 도시군관리계획에 어긋나지 않을 것)을 충족해야 하는데, 공동주택용지로 환지예정지가 지정된 땅에 단독주택을 새로 짓겠다는 신청은 반려될 수밖에 없었다는 것입니다. 게다가 도시개발법 제36조 제1항에 따라 환지예정지 지정 효력이 생긴 2010년 11월 1일부터는 종전 토지를 사용하거나 수익할 수 없게 되어, 건축허가의 요건인 대지사용권조차 확보할 수 없었다고 했습니다.

마지막으로 청구인은 국세청과 심판원이 흔히 인용하는 대법원 2013.11.14. 선고 2013두12782 판결에 대해서도, 그 사건은 토지 일부에 구분지상권이 설정되는 형태의 수용이 주택 수용과 함께 이루어져 진짜 '잔존토지'가 발생한 사안이므로 자신의 경우와는 다르다고 구분했습니다.

과세관청의 반박, 문언을 벗어난 해석은 안 된다

처분청의 논리는 세 갈래였습니다. 첫째, 소득세법령은 비과세 대상을 "수용일부터 5년 이내에 그 잔존주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우"라고 명시하고 있다는 것입니다. 이 규정의 취지는 주택이 수용으로 철거되어 부득이 나대지로 남게 된 토지를 일정 기간 안에 팔면 종전주택의 부수토지로 봐주겠다는 것이고, 환지가 수반된 경우에 기간을 달리 적용한다는 별도의 명문 규정은 없다고 했습니다.

둘째, 조문 체계상 부수토지만 따로 떼어내 5년 제한이 적용되지 않는다고 해석하면 문언에 반하는 해석이 된다고 지적했습니다. 청구인의 논리는 결국 "규정이 적용되지 않으므로 기간 제한 없이 비과세"라는 결론에 이르는데, 이는 비과세 범위를 규정보다 넓히는 결과가 됩니다.

셋째, 처분청은 대법원 2006.5.25. 선고 2005다19163 판결을 인용하며 조세법률주의에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건뿐 아니라 비과세, 감면요건에도 적용되므로, 납세자에게 유리하다는 이유로 합리적 근거 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세공평주의에 반해 허용되지 않는다고 했습니다.

그리고 실무적으로 가장 결정적인 한 방이 있었습니다. 처분청은 도시개발사업조합에 직접 조회해 2025년 11월 7일자 회신 공문을 받아 제출했는데, 그 내용은 쟁점토지는 환지보상 대상으로서 개발사업 진행 중에도 매도가 가능했다는 것이었습니다. 실제로 같은 사업구역 내에서 조합이 아닌 제3자에게 양도된 거래 사례도 확인된다고 밝혔습니다. 청구인이 "팔 수 없었다"고 주장한 전제 자체가 사실과 다르다는 반박이었습니다.

심판원의 판단, 5년은 불변기간이다

심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다. 판단의 핵심 문장은 이렇습니다. 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 후단은 종전주택이 도시계획사업 시행으로 철거되어 부득이 나대지로 남은 잔여 부수토지를 일정한 기간 내에 양도하는 경우에 한해 이를 종전주택의 부수토지로 보아 1세대1주택 비과세 특례를 적용하도록 규정한 것이라는 점입니다.

심판원은 이어서, 주택이 철거, 멸실되고 부수토지가 나대지로 있는 상태에서 무한히 장기간이 경과한 후 양도한 경우까지 주택의 부수토지를 양도한 것으로 보기는 어렵다고 했습니다. 주택의 부수토지라는 개념이 인식될 수 있는 일정 기간, 즉 시행규칙이 정한 5년의 기간 안에 양도된 경우에만 부수토지의 양도로 보는 것이 합리적이라는 것입니다.

결정적으로 심판원은 관련 법령에 특별한 예외를 인정하지 않는 이상 5년의 기간은 불변기간이라고 못박았습니다. 환지예정지 지정으로 사용, 수익이 제한되었다거나 건축허가를 받을 수 없었다는 사정은 이 5년을 늘려주는 사유가 되지 못한다는 뜻입니다. 이 판단은 조심 2010구3387(2010.12.31.) 결정과 같은 취지라고 밝혔습니다.

결국 종전주택이 2011년에 수용된 뒤 9년 가까이 지난 2020년에 양도된 이 토지는 1세대1주택 비과세 특례 대상이 아니고, 경정청구를 거부한 처분에 잘못이 없다고 결론지었습니다.

이 사건에서 결론을 가른 지점

같은 상황이라도 결론이 달라질 수 있는 지점이 어디였는지 짚어보겠습니다. 첫 번째는 기간입니다. 만약 주택 수용일인 2011년 10월로부터 5년 이내에 토지를 양도했다면, 규정 문언 그대로 잔여 부수토지의 양도로 인정받을 여지가 컸습니다. 청구인의 정교한 법리 구성은 결국 5년이 지났기 때문에 필요했던 논리였고, 5년 안에 팔았다면 애초에 다툴 일이 없었습니다.

두 번째는 팔 수 없었다는 주장의 입증입니다. 청구인은 건축허가를 받을 수 없었다는 점을 근거로 나대지 보유가 불가피했다고 했지만, 처분청은 조합 공문으로 "사업 진행 중에도 매도가 가능했다"는 사실과 실제 제3자 거래 사례를 제시했습니다. 집을 못 짓는 것과 땅을 못 파는 것은 완전히 다른 문제였고, 세법이 요구하는 것은 5년 내 양도이지 5년 내 건축이 아니었습니다. 이 차이가 청구인의 사정론을 무력화시켰습니다.

세 번째는 확장해석의 한계입니다. "규정이 적용되지 않으니 기간 제한도 없다"는 논리는 형식적으로는 매력적이지만, 그 결론은 비과세 범위를 법령보다 넓히는 것입니다. 심판원과 과세관청 모두 비과세, 감면 규정도 엄격해석의 대상이라는 원칙을 앞세웠습니다. 실무에서 납세자 측 논리를 세울 때 늘 부딪히는 벽입니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 지금 확인해야 할 다섯 가지

포인트 ①. 기산일은 '수용일'이지 '사업 종료일'이 아닙니다.
이 사건에서 5년은 2011년 10월 주택보상금 공탁과 수용 시점부터 흘러갔습니다. 도시개발사업은 환지처분과 청산까지 10년 넘게 걸리는 경우가 흔한데, 사업이 끝나야 비로소 땅을 정리하겠다고 생각하는 순간 5년은 이미 지나갑니다. 보상금을 받거나 공탁 통지를 받은 날짜를 서류로 확인해 두고, 그 날부터 달력에 표시해 두는 것이 가장 현실적인 대비입니다.

포인트 ②. '못 짓는 땅'과 '못 파는 땅'은 다릅니다.
환지예정지가 지정되면 종전 토지는 사용, 수익할 수 없게 되지만, 소유권 자체가 사라지는 것은 아니어서 매매는 가능한 경우가 많습니다. 이 사건에서 조합이 "사업 진행 중에도 매도가 가능하다"고 회신한 것이 결정적이었습니다. 만약 정말로 처분이 불가능했다면 조합 규약, 거래 제한 공문, 반려 처분서 같은 객관적 증빙을 미리 확보해 두어야 그나마 다툴 여지가 생깁니다. 말로만 "팔 수 없었다"고 하면 조합 회신 한 장으로 무너집니다.

포인트 ③. 신고 시점의 판단이 나중을 좌우합니다.
청구인은 양도한 해에 과세로 신고, 납부한 뒤 약 5년 뒤에 경정청구를 했습니다. 경정청구 자체는 기한 내였지만, 이미 흘러간 시간을 되돌릴 수는 없었습니다. 수용을 겪은 토지를 팔 때는 양도 계약 전에 비과세 가능성을 검토하는 것이 순서입니다. 계약서에 도장을 찍고 난 뒤에는 선택지가 거의 남지 않습니다.

포인트 ④. 주택 보상과 토지 양도는 별개의 세무 이벤트입니다.
건물이 수용될 때의 보상금과, 몇 년 뒤 토지를 파는 것은 세법상 다른 거래입니다. 건물 수용 때 비과세를 적용받았다고 해서 토지도 자동으로 따라오지 않습니다. 두 건을 하나로 묶어 생각하는 순간 오판이 시작됩니다. 특히 환지 방식 사업에서는 토지가 나중에 환지된 새 토지로 바뀌기도 하므로, 취득시기와 면적 산정도 함께 점검해야 합니다.

포인트 ⑤. 5년을 지킬 수 없다면 다른 감면 규정을 찾아야 합니다.
1세대1주택 비과세가 막혔다고 해서 세금 계산이 끝난 것은 아닙니다. 장기보유특별공제 적용 여부, 취득가액 산정(특히 시효취득이나 오래된 취득의 경우 환산취득가액 검토), 공익사업 관련 감면 규정의 적용 가능성 등을 순서대로 따져봐야 실제 부담이 정해집니다. 비과세 하나에만 매달리다 다른 공제와 감면을 놓치는 경우가 실무에서 훨씬 흔합니다.

비슷한 상황에 놓인 분들이 흔히 하는 오해

첫 번째 오해는 "내가 원해서 집을 없앤 게 아니니 세법이 봐줄 것"이라는 생각입니다. 세법은 이미 그 사정을 고려해 5년이라는 유예를 두었습니다. 즉 배려는 이미 규정 안에 들어가 있고, 그 밖의 추가 배려는 명문 규정이 없으면 인정되지 않습니다. 심판원이 "관련 법령에 특별한 예외를 인정하지 않는 한"이라고 표현한 이유입니다.

두 번째 오해는 "땅값이 오를 때까지 기다렸다가 팔면 된다"는 생각입니다. 나대지로 오래 두면 시세 차익은 커질 수 있지만, 그 사이 비과세 자격은 사라집니다. 차익이 커진 만큼 세 부담도 커지므로 실제 손에 쥐는 금액이 오히려 줄어드는 경우도 생깁니다. 매도 시기를 정할 때는 시세뿐 아니라 세법상 남은 기간도 같은 무게로 놓고 계산해야 합니다.

세 번째 오해는 "하급심 판결을 찾아서 대응하면 된다"는 접근입니다. 청구인은 지방법원 판결을 여러 건 인용했지만, 심판원은 규정의 취지와 문언, 그리고 선례 결정을 근거로 판단했습니다. 개별 판결의 문구를 조합해 만든 논리는 사실관계가 조금만 달라도 힘을 잃습니다. 실무에서는 사실관계를 유리하게 만드는 것이 논리를 다듬는 것보다 앞섭니다.

자주 묻는 질문

Q. 주택이 수용되고 토지만 남았습니다. 5년은 언제부터 세나요?

이 결정에서 심판원은 종전주택의 수용일을 기준으로 5년을 계산했습니다. 보상금 공탁일이나 수용 개시일 등 사업별로 서류상 날짜가 여러 개일 수 있으므로, 보상 관련 서류와 등기부, 조합 공문을 모아 기준일을 특정해 두는 것이 좋습니다. 개별 사안에 따라 판단이 달라질 수 있으니 사전 검토가 필요합니다.

Q. 환지예정지로 지정되어 땅을 쓸 수 없었는데도 5년이 그대로 흘러가나요?

이 사건에서는 그렇게 판단되었습니다. 사용, 수익이 제한되더라도 소유권 이전 자체는 가능했고 실제 제3자 거래 사례도 있었기 때문입니다. 다만 사업 유형과 조합 규약에 따라 처분 자체가 제한되는 경우도 있을 수 있으므로, 그런 경우라면 제한 사실을 문서로 남겨두는 것이 중요합니다.

Q. 5년이 지나 팔았습니다. 이제 세금을 줄일 방법은 전혀 없나요?

1세대1주택 비과세는 어렵더라도, 취득가액 산정 방법, 장기보유특별공제, 공익사업 관련 감면 규정의 적용 가능성 등은 별도로 검토할 여지가 있습니다. 특히 아주 오래전에 취득한 토지는 취득가액 입증 방법에 따라 결과가 크게 달라질 수 있습니다.

Q. 이미 양도세를 신고, 납부했는데 나중에 비과세를 주장할 수 있나요?

경정청구 제도를 통해 다툴 수는 있습니다. 이 사건에서도 청구인은 신고 후 경정청구를 했고 절차 자체는 진행되었습니다. 다만 경정청구가 받아들여지려면 실체적 요건이 충족되어야 하며, 기간 요건처럼 되돌릴 수 없는 사유라면 절차를 밟아도 결과가 바뀌기 어렵습니다.

Q. 수용 후 5년 안에 새 주택을 지으면 부수토지로 인정받을 수 있나요?

실제로 그 땅 위에 다시 주택을 신축해 보유, 거주 요건을 갖추는 것은 별개의 판단 영역입니다. 다만 개발사업 구역에서는 건축행위 자체가 허가 기준상 어려운 경우가 많으므로, 현실적으로는 5년 내 양도 여부를 먼저 검토하는 편이 낫습니다. 구체적인 계획은 사업 진행 상황과 함께 개별적으로 상담받으시기 바랍니다.

자가진단 체크리스트

• 주택이 공익사업으로 수용되고 토지만 내 명의로 남아 있는 상태인가
• 주택 수용일(보상금 수령일 또는 공탁일)이 정확히 언제인지 서류로 확인했는가
• 그 날로부터 5년이 얼마나 남았는지 계산해 보았는가
• 사업 진행 중 해당 토지를 제3자에게 매도할 수 있는지 조합이나 시행자에게 확인했는가
• 처분이 제한된다면 그 사실을 증명할 공문이나 규약을 확보했는가
• 토지 취득 경위와 취득가액을 입증할 자료(등기, 판결문, 계약서)가 남아 있는가
• 양도 계약 전에 비과세와 감면 가능성을 세무 전문가와 검토했는가
• 이미 신고를 마쳤다면 경정청구가 가능한 기간이 남아 있는지 확인했는가

정리

이 결정의 메시지는 명확합니다. 주택이 수용으로 사라진 뒤 남은 부수토지는 일정 기간 동안만 주택의 부수토지로 취급된다는 것입니다. 심판원은 그 기간을 시행규칙이 정한 5년으로 보고, 예외를 인정하는 명문 규정이 없는 이상 이를 불변기간으로 판단했습니다.

청구인은 규정 문언을 파고드는 정교한 논리를 폈지만, 결국 사실관계 하나에 막혔습니다. 사업 진행 중에도 토지를 팔 수 있었다는 조합의 확인입니다. 세금 다툼에서 논리보다 사실이 앞선다는 것을 보여주는 대표적인 장면입니다.

지금 수용을 겪었거나 곧 겪을 예정이라면, 보상 서류를 정리하고 수용일을 특정하는 것부터 시작하시기 바랍니다. 5년이라는 시간은 생각보다 빨리 지나갑니다. 남은 기간이 얼마인지 알고 있는 것만으로도 선택의 폭이 크게 달라집니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026인2403 (2026.08.07. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행령 제154조 제1항, 소득세법 시행규칙 제72조 제2항, 도시개발법 제9조 및 제36조, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제57조 및 제58조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)