직접 지은 건물 팔 때 환산취득가액 썼다가, 대출용 감정가로 뒤집혔습니다 (조심 2026전0658)

직접 지은 건물을 팔았는데, 세무서가 취득가액을 바꿔버렸습니다

땅을 오래 보유하다가 그 위에 창고나 축사, 공장 같은 건물을 직접 지어 올린 뒤 몇 해가 지나 부동산을 통째로 파는 경우가 있습니다. 이때 양도소득세를 계산하려면 건물의 취득가액이 필요한데, 문제는 그 건물을 사서 취득한 것이 아니라 지어서 취득했다는 데 있습니다. 매매는 계약서 한 장으로 금액이 정리되지만, 신축은 도급계약서와 세금계산서, 대금 이체내역, 자재비 영수증이 여기저기 흩어져 있습니다. 일부는 현금으로 오갔고, 시공업자가 폐업해 자료를 다시 받을 수 없는 경우도 흔합니다.

그래서 많은 분들이 이렇게 생각합니다. "공사비 증빙이 없으니 환산취득가액으로 신고하면 되지 않느냐." 환산취득가액은 양도가액에 취득 당시 기준시가와 양도 당시 기준시가의 비율을 곱해 취득가액을 역산하는 방법입니다. 실제 들어간 공사비보다 크게 계산되는 일이 적지 않아, 취득가액이 커지면 양도차익이 줄고 세금도 줄어듭니다. 납세자 입장에서는 매력적인 선택지로 보입니다.

그러나 환산취득가액은 맨 마지막 순번입니다. 앞 순위에 쓸 수 있는 자료가 단 하나라도 존재하면 환산은 설 자리가 없습니다. 이번에 살펴볼 조세심판원 결정(조심 2026전0658, 2026.4.22. 의결)은 바로 그 지점에서 갈린 사건입니다. 건물을 지은 직후 대출을 받으려고 받아 둔 감정평가서가, 몇 년 뒤 양도소득세 취득가액이 되어 되돌아왔습니다.

사건은 이렇게 흘러갔습니다

청구인은 1996년 4월 충청남도 논산시에 있는 토지 4,159.1㎡를 증여로 취득했습니다. 그 뒤 2018년 4월에는 같은 자리에 합병된 토지 2,777㎡를 매매로 사들여, 합계 6,936.1㎡의 토지를 보유하게 되었습니다. 20년 넘게 보유한 땅에 나중에 인접 토지를 붙인, 농촌에서 흔히 볼 수 있는 형태입니다.

2022년 7월 6일, 청구인은 이 토지 위에 각 연면적 1,802.9㎡짜리 축사용 건물 2개 동을 신축해 취득했습니다. 그리고 불과 며칠 뒤인 2022년 7월 11일을 가격산정기준일로 하여 2022년 7월 12일자 감정평가서가 작성됩니다. 감정을 의뢰한 곳은 청구인 본인이 아니라 축산농협이었습니다. 청구인의 대출을 실행하기 위해 담보 가치를 확인해야 했기 때문입니다. 실제로 2022년 7월 14일 이 부동산에 근저당이 설정됩니다. 건물 취득일로부터 감정평가 기준일까지 닷새, 근저당 설정까지 여드레밖에 걸리지 않았습니다.

그로부터 약 1년 2개월 뒤인 2023년 9월 7일, 청구인은 토지와 건물을 함께 양도했습니다. 그리고 2023년 12월 27일 양도소득세 예정신고를 하면서 건물의 취득가액을 환산취득가액으로 적용해 신고했습니다. 신축 공사비에 대한 실지거래가액은 제시하지 않았습니다.

여기서 끝났으면 사건이 되지 않았을 것입니다. 2025년 국세청장의 종합감사에서 이 신고 건이 지적됩니다. 처분청은 신고 내용의 적정 여부를 검토하다가, 2022년 7월에 작성된 농협 담보용 감정평가서를 발견했습니다. 취득일 전후 3개월 이내에 작성된 감정가액이 버젓이 존재하는데 환산취득가액으로 신고했다는 것입니다. 처분청은 2025년 9월 15일 이 감정가액을 건물의 취득가액으로 보아 2023년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다.

청구인은 2025년 10월 23일 이의신청을 거쳐 같은 해 12월 9일 심판청구를 제기했습니다. 그리고 2026년 4월 22일, 조세심판원은 심판청구를 기각했습니다.

청구인은 "그 감정가는 시가가 아니다"라고 다투었습니다

청구인의 주장은 한 가지로 모입니다. 문제의 감정가액이 객관적이고 합리적인 시장가치를 반영하지 못한, 시가보다 현저히 낮은 금액이라는 것입니다. 이를 뒷받침하기 위해 청구인은 이 부동산에 관한 감정평가서가 모두 세 개 존재한다는 점을 들었습니다. 신축 직후 농협이 의뢰한 감정가액, 양도 무렵인 2023년 8월 31일을 기준일로 양수인 측 대출을 위해 작성된 비교감정가액, 그리고 청구인이 2025년 9월에 직접 의뢰해 2022년 7월 31일을 기준일로 소급 평가한 소급감정가액입니다.

청구인은 토지 공시지가가 2022년보다 2023년에 오히려 하락했는데도, 2022년 기준 감정가액이 2023년 기준 비교감정가액보다 87.6%나 낮게 평가되었다고 지적했습니다. 시간이 지나며 공시지가가 떨어졌다면 감정가도 함께 낮아지는 것이 상식인데 반대로 나왔으니, 애초 감정가액 자체가 비정상적으로 낮게 산정된 것 아니냐는 논리입니다. 청구인이 뒤늦게 받은 소급감정가액과 비교해도 마찬가지였습니다. 두 감정 모두 원가법을 썼지만, 건물 재조달원가 단가부터 차이가 났습니다.

두 번째 주장은 평가 항목 누락입니다. 청구인은 농협 감정평가서의 감정평가요항표 부대설비란에 "대형환기팬, 급수기 등이 설치되어 있음"이라고만 적혀 있을 뿐, 건물감정평가액 산출근거의 부대설비 내역에는 기타설비가 "-"로 표시되어 있다고 했습니다. 즉 설비가 있다는 사실만 적어 놓고 금액으로는 반영하지 않았다는 것입니다. 반면 자신이 의뢰한 소급감정평가서에는 윈치커텐, 환풍기, 목책기, 급수시설, 사료빈 등이 요항표에도 적혀 있고 "대상건물의 현황" 기타설비 항목에도 표기되어 있어 그 가치가 평가액에 반영되었음이 확인된다고 주장했습니다.

세 번째로는 인근 축사와의 비교를 들었습니다. 문제의 축사에서 17㎞ 떨어진 곳에 있는 다른 축사는 일반철골 구조에 칼라강판 지붕을 썼는데, 이는 청구인 건물의 강파이프 구조, 조립식 강판지붕보다 통상 낮게 평가되는 구조인데도 감정가액이 더 높게 나왔다는 것입니다. 결론적으로 청구인은 농협 감정가액을 시가로 볼 수 없다면 당초 신고한 환산취득가액을 취득가액으로 인정해야 한다고 주장했습니다.

과세관청은 "낮게 평가할 이유가 없는 감정"이라고 반박했습니다

처분청의 반박은 감정평가의 성격에서 출발합니다. 문제의 감정가액은 금융기관이 담보대출을 실행하기 위해 스스로 의뢰한 감정입니다. 대출을 받는 사람은 담보 가치가 높게 나올수록 유리하고, 은행도 정확한 담보 가치를 알아야 하므로, 어느 쪽도 이 감정가액을 일부러 낮게 만들 이유나 필요성이 없습니다. 게다가 평가를 수행한 감정평가법인 지사가 시가불인정 감정기관으로 지정된 사실도 없었습니다.

항목 누락 주장에 대해서도 처분청은 조목조목 반박했습니다. 감정평가요항표에 대형 환기팬과 급수기가 설치되어 있다고 적혀 있다는 것은, 평가사가 그 설비의 존재를 인지한 상태에서 평가했다는 뜻이라는 것입니다. 산출근거란에 기타설비 내역을 따로 적지 않았다고 해서 그 가치가 전혀 반영되지 않았다고 단정할 수는 없습니다. 더구나 청구인이 비교 대상으로 든 비교감정가액 감정평가서에도 환풍기, 급수시설 같은 기타설비의 평가액이 별도로 적시되어 있지 않아, 그쪽 감정에서는 해당 설비가 얼마로 반영되었는지 역시 확인되지 않았습니다. 즉 청구인이 근거로 든 비교 대상 자체가 같은 형식이었던 것입니다.

인근 축사 비교에 대해서는, 그 감정평가서의 산출근거와 감정 시기가 서로 다르므로 구조물 단가만 떼어내어 두 감정가액을 단순 비교할 수 없다고 했습니다. 결국 처분청의 결론은 명확합니다. 취득 당시 근저당 설정을 위해 작성된 감정가액을 시가로 인정하지 못할 합리적 이유가 없는 이상, 단순히 나중에 받은 소급감정보다 낮다는 사정만으로 이를 부인하고 환산취득가액을 적용할 수는 없다는 것입니다.

심판원의 판단, 그리고 그 밑에 깔린 법리

양도소득세에서 취득가액은 원칙적으로 실지거래가액입니다. 소득세법 제97조 제1항 제1호는 취득에 든 실지거래가액을 필요경비로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 적용한다고 규정합니다. 여기서 눈여겨볼 표현이 "순차적으로 적용한 금액"입니다. 셋 중 유리한 것을 고르라는 뜻이 아니라, 앞의 것이 없을 때에만 뒤의 것으로 내려간다는 뜻입니다.

구체적인 순서는 소득세법 시행령 제176조의2 제3항에 있습니다. 첫째, 취득일 전후 각 3개월 이내에 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있으면 그 가액. 둘째, 취득일 전후 각 3개월 이내에 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 신빙성 있는 감정가액이 있으면 그 평균액. 다만 기준시가가 10억원 이하인 자산은 하나의 감정평가법인등이 평가한 감정가액만 있어도 이를 적용합니다. 셋째가 환산취득가액이고, 넷째가 기준시가입니다. 감정평가기준일 역시 취득일 전후 3개월 이내여야 합니다.

이 사건 사실관계를 이 순서에 대입해 보면 결론은 거의 정해집니다. 처분청이 확인한 결과 건물 신축일 전후 3개월간 인근에서 거래된 축사 매매사례는 있었지만 이 건물과 동일성, 유사성이 있는 매매사례는 확인되지 않았습니다. 1순위가 비어 있으니 2순위인 감정가액으로 넘어가는데, 여기에 딱 들어맞는 감정평가서가 존재했습니다. 취득일 2022년 7월 6일로부터 닷새 뒤인 7월 11일을 가격산정기준일로 하여 7월 12일 작성된 농협 담보용 감정평가서입니다. 2순위가 채워지는 순간 3순위인 환산취득가액은 검토 대상에서 빠집니다.

심판원은 그 위에 네 가지 사정을 더 짚었습니다. 첫째, 이 감정가액은 취득일로부터 3개월 이내를 기준일로 한 적법한 감정가액으로서 취득가액으로 적용할 수 있다는 점. 둘째, 청구인이 누락되었다고 주장한 윈치커튼, 환풍기, 급수시설 등은 감정평가요항표의 건물구조 항목이나 부대설비란에 기재되어 있어 평가에서 빠졌다고 단정하기 어렵다는 점. 셋째, 취득 후 약 1년 2개월 만에 양도했으면서도 신축 공사에 실제로 얼마가 들었는지 실지거래가액을 제시하지 않았다는 점. 넷째, 나중에 받은 감정가액보다 낮다는 이유만으로 취득 당시 감정가액을 부인할 수는 없다는 점입니다.

참고로 청구인이 근거로 삼은 소급감정가액은 2025년 9월 18일에 작성된 것입니다. 양도가 끝나고 과세 문제가 불거진 뒤에 만들어진 자료라는 뜻입니다. 같은 원가법을 쓰면서도 재조달원가 단가를 달리 적용한 결과 금액 차이가 났는데, 심판원은 이 소급감정을 근거로 당초 감정을 뒤집지 않았습니다.

항목별로 정리한 판단 결과

표를 세로로 훑어보면 청구인의 주장이 하나도 받아들여지지 않았음을 알 수 있습니다. 그러나 주장 자체가 터무니없었던 것은 아닙니다. 감정가액이 실제로 낮았을 가능성도 있습니다. 문제는 그 낮음을 취득 당시 자료로 증명하지 못했다는 데 있습니다.

결론을 가른 진짜 지점은 어디였을까

이 사건의 승패는 감정평가 기법 논쟁이 아니라 세 가지 시점 문제에서 갈렸습니다.

첫째는 자료가 만들어진 시점입니다. 농협 감정평가서는 2022년 7월, 즉 아무런 세금 문제가 없던 시점에 제3자인 금융기관이 자신의 필요로 만든 자료입니다. 청구인의 소급감정평가서는 2025년 9월, 즉 과세 처분이 임박한 시점에 청구인이 자신의 필요로 만든 자료입니다. 세무 분쟁에서 두 자료의 무게는 같지 않습니다. 이해관계 없는 시점에 만들어진 문서가 훨씬 강합니다.

둘째는 실지거래가액을 제시하지 않은 시점입니다. 심판원이 특별히 언급한 대목이 이것입니다. 건물을 지은 지 1년 2개월 만에 팔았다면 공사 관련 자료가 남아 있을 가능성이 높습니다. 도급계약서, 기성금 지급 내역, 세금계산서, 계좌 이체 기록 중 무엇이든 제출했다면 실지거래가액으로 인정받아 추계 자체가 필요 없었을 것입니다. 그런데 청구인은 그것을 내놓지 않고 곧장 환산취득가액을 택했습니다. 심판원은 이 점을 청구 주장의 설득력을 떨어뜨리는 사정으로 보았습니다.

셋째는 대출 시점의 감정을 잊었다는 점입니다. 대출받을 때 은행이 알아서 진행한 감정평가라 납세자 기억에는 남아 있지 않은 경우가 많습니다. 그러나 그 감정평가서는 금융기관에 보관되어 있고, 과세관청은 조사 과정에서 이를 확보할 수 있습니다. 이 사건에서도 국세청 종합감사 지적을 계기로 그 서류가 드러났습니다.

실무 포인트, 지금 무엇을 확인해야 하는가

포인트 ①. 환산취득가액은 선택지가 아니라 마지막 순번입니다.
실무에서 가장 많은 오해입니다. 실지거래가액을 확인할 수 있는데도 환산이 유리하다는 이유로 환산을 택하면 경정 대상이 됩니다. 확인할 수 없는 경우라 하더라도 매매사례가액, 감정가액이 먼저이고 환산은 그다음입니다. 신고 전에 취득일 전후 3개월 이내에 어떤 감정평가가 있었는지부터 확인해야 합니다.

포인트 ②. 대출받을 때 받은 감정평가서를 반드시 챙겨 두십시오.
건물을 짓고 담보대출을 받으면 거의 예외 없이 감정평가가 이루어집니다. 그 서류는 은행이 가지고 있지만 차주도 사본을 받을 수 있습니다. 취득일과 감정 기준일 사이가 3개월 이내라면 그 금액이 훗날 취득가액이 됩니다. 세금 계산의 출발점이 되는 숫자를 본인이 모르고 있으면 안 됩니다.

포인트 ③. 기준시가 10억원 이하 자산은 감정평가서 한 장이면 충분합니다.
감정가액을 취득가액으로 쓰려면 원칙적으로 둘 이상의 감정평가법인 평가액 평균이 필요하지만, 기준시가가 10억원 이하인 자산은 하나만 있어도 됩니다. 농지 위 축사나 창고, 소규모 공장, 지방 상가 대부분이 여기에 해당합니다. "감정이 하나뿐이니 안 쓰이겠지"라는 생각은 위험합니다.

포인트 ④. 신축 공사비 증빙은 준공 시점에 한 파일로 모아 두십시오.
도급계약서, 변경계약서, 기성 청구서, 세금계산서, 계좌 이체 내역, 설계·감리비 영수증, 인허가 비용 납부 확인서, 전기·상하수도 인입 비용 자료까지 모아 두어야 합니다. 자가 시공이라 계약서가 없다면 자재 구입 세금계산서와 인건비 지급 내역이라도 남겨야 합니다. 이 자료가 있으면 추계 논쟁 자체가 발생하지 않습니다.

포인트 ⑤. 소급감정은 늦게 할수록 힘이 약해집니다.
이 사건 청구인은 과세가 임박한 뒤에야 소급감정을 받았습니다. 같은 원가법을 쓰고도 재조달원가 단가가 달라 금액 차이가 났지만, 심판원은 그것을 당초 감정을 뒤집을 근거로 보지 않았습니다. 감정가액을 다투려면 산정 방식 자체의 오류나 평가 대상 물건의 특정 오류처럼 객관적으로 확인 가능한 흠결을 짚어야 합니다. 단순히 다른 감정과 금액이 다르다는 주장은 거의 통하지 않습니다.

포인트 ⑥. 감정평가요항표에 적힌 한 줄이 결론을 바꿉니다.
청구인은 설비 가치가 반영되지 않았다고 주장했지만, 요항표에 설비의 존재가 기재되어 있다는 이유로 배척되었습니다. 감정평가서를 받으면 요항표와 산출근거를 대조해 실제 물건 현황이 정확히 반영되었는지 그 자리에서 확인하고, 빠진 것이 있으면 감정평가법인에 보정을 요청하는 것이 맞습니다. 몇 년 뒤에 문제 삼기는 매우 어렵습니다.

포인트 ⑦. 신축 건물을 단기간에 파는 경우 사전 검토가 필요합니다.
건물을 지은 뒤 오래지 않아 양도하는 경우에는 취득가액 산정 방식에 따라 세액 차이가 크게 벌어지고, 환산취득가액을 적용할 때 별도의 불이익이 따를 수 있는 규정도 있습니다. 양도 계약을 체결하기 전에 취득가액을 어떤 방식으로 잡을 수 있는지, 그 근거 자료가 무엇인지 먼저 정리한 다음 신고 방향을 정하는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

Q. 은행 대출용 감정평가서도 세법상 감정가액으로 인정되나요?

이 결정에서 심판원은 근저당 설정을 위해 금융기관이 의뢰한 감정가액을 취득가액으로 적용할 수 있다고 보았습니다. 감정 목적이 대출이었다는 사정만으로 신빙성이 부정되지는 않으며, 오히려 대출 담보 평가는 낮게 만들 유인이 없다는 점이 인정 근거로 작용했습니다. 다만 감정평가기준일이 취득일 전후 3개월 이내인지, 시가불인정 감정기관은 아닌지 등은 개별적으로 확인해야 합니다.

Q. 환산취득가액이 실제 공사비보다 크면 그쪽으로 신고해도 되나요?

안 됩니다. 환산취득가액은 실지거래가액을 인정하거나 확인할 수 없을 때, 그리고 매매사례가액과 감정가액이 모두 없을 때 적용하는 방법입니다. 유리한 쪽을 고르는 선택권이 납세자에게 주어진 것이 아닙니다. 선순위 자료가 확인되면 경정 대상이 됩니다.

Q. 공사비 증빙이 정말 하나도 없으면 어떻게 하나요?

먼저 남아 있는 간접 자료를 최대한 모으는 것이 순서입니다. 계좌 이체 내역, 대출 실행 후 자금 사용 흐름, 시공업자와 주고받은 문자나 견적서, 인허가 서류에 첨부된 공사비 산출 내역 등이 실지거래가액을 뒷받침할 수 있습니다. 그래도 확인이 불가능하다면 추계로 가되, 취득일 전후 3개월 이내 감정가액이 존재하는지부터 점검해야 합니다.

Q. 지금이라도 소급감정을 받아 취득가액을 높일 수 있나요?

이 사건에서는 통하지 않았습니다. 취득 당시에 이미 유효한 감정가액이 존재했기 때문입니다. 소급감정이 의미를 갖는 경우는 선순위로 적용할 자료가 전혀 없거나, 기존 감정에 객관적으로 확인되는 오류가 있는 경우로 제한적입니다. 금액 차이만으로는 인정받기 어렵습니다.

Q. 몇 년 전에 신고를 마쳤는데 지금 와서 경정될 수도 있나요?

이 사건이 바로 그 경우입니다. 2023년에 예정신고한 건이 2025년 국세청 종합감사 지적으로 검토되어 경정·고지되었습니다. 신고가 끝났다고 해서 확정된 것이 아니며, 부과제척기간 내에는 언제든 검토 대상이 될 수 있습니다. 신고 당시 근거 자료를 계속 보관해 두어야 하는 이유입니다.

자가진단 체크리스트

• 건물을 신축한 뒤 담보대출을 받은 적이 있는가, 있다면 감정평가서 사본을 갖고 있는가
• 그 감정평가의 가격산정기준일이 건물 취득일 전후 3개월 안에 들어가는가
• 신축 공사에 관한 도급계약서, 세금계산서, 대금 이체 내역을 지금 꺼내 볼 수 있는가
• 자가 시공이었다면 자재비와 인건비 지급 자료가 남아 있는가
• 양도소득세 신고에서 취득가액을 환산으로 잡을 계획인데, 그 앞 순위 자료를 실제로 확인해 보았는가
• 감정평가서를 받았을 때 요항표와 산출근거의 설비 내역을 대조해 보았는가
• 건물 취득 후 양도까지의 보유기간이 짧아 공사 자료가 남아 있을 만한 상황은 아닌가
• 취득가액 산정 방식에 따라 세액이 얼마나 달라지는지 두 가지 안으로 계산해 보았는가

이 중 뒤쪽 항목에 "아니오"가 여러 개라면, 양도 계약 전에 취득가액 근거를 정리하는 작업이 먼저입니다. 신고를 마친 뒤에 자료를 찾기 시작하면 이 사건처럼 방어할 수단이 줄어듭니다.

정리하며

이 사건을 한 문장으로 줄이면 이렇습니다. 대출받을 때 만들어진 감정평가서 한 장이, 몇 년 뒤 양도소득세 취득가액을 결정했다. 청구인은 그 감정가액이 낮다고 다투었고 감정평가 실무상 일리 있는 지적도 있었지만, 취득 당시 실제로 얼마를 들여 지었는지를 보여 주지 못한 상태에서는 그 주장을 지탱할 수 없었습니다.

부동산 양도세에서 가장 큰 변수는 세율이나 공제가 아니라 취득가액인 경우가 많습니다. 특히 직접 지은 건물은 그렇습니다. 계약서 한 장으로 정리되는 매수와 달리, 신축은 본인이 자료를 남기지 않으면 아무도 대신 남겨 주지 않습니다. 건물을 올릴 때는 공사 서류를 세금 자료라고 생각하고 한곳에 모아 두시고, 대출 과정에서 감정평가가 이루어졌다면 그 사본을 반드시 확보해 두시기 바랍니다.

이미 양도를 앞두고 있다면, 신고서를 작성하기 전에 적용 가능한 취득가액 산정 방식을 모두 나열하고 각 방식별 세액과 근거 자료를 비교해 보는 것이 좋습니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세, 증여세, 양도소득세 사건을 다루고 있으며, 신축 건물 양도나 추계 취득가액 쟁점처럼 자료 정리가 결론을 좌우하는 사안은 나승리 대표세무사가 직접 상담합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026전0658 (2026.4.22. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제97조, 제114조 · 소득세법 시행령 제163조, 제176조의2 · 감정평가에 관한 규칙 제2조, 제5조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)