재개발 예정 주택을 새로 사고 전입을 못 했다면, 일시적 2주택 비과세가 통째로 날아갑니다 (조심 2026서0370)

새 집을 샀는데 세입자가 있어서 못 들어갔습니다, 그러면 비과세는 어떻게 되나요

집을 갈아타는 과정은 대부분 순서가 꼬입니다. 새 집을 먼저 계약하고 살던 집을 내놓거나, 반대로 살던 집이 팔리기 전에 마음에 드는 매물이 나와 먼저 잡아두기도 합니다. 이렇게 잠깐 두 채가 되는 기간을 세법은 일시적 1세대 2주택이라고 부르며, 일정한 요건을 갖추면 먼저 가지고 있던 집(종전주택)을 팔 때 1세대 1주택 비과세를 그대로 적용해 줍니다. 문제는 이 요건이 시기별로, 지역별로 계속 바뀌어 왔다는 점입니다.

특히 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있는 상태에서 신규주택을 취득한 경우에는, 단순히 기한 안에 종전주택을 파는 것만으로는 부족했습니다. 신규주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 그 집으로 이사하고 주민등록법에 따른 전입신고까지 마쳐야 했고, 같은 기간 안에 종전주택도 양도해야 했습니다. 이번에 살펴볼 조심 2026서0370 사건은 바로 이 전입요건 하나 때문에 이미 신고까지 끝낸 비과세가 몇 년 뒤 통째로 뒤집힌 사례입니다.

더 눈여겨볼 대목은 청구인이 산 새 집이 재개발 구역 안의 다가구주택이었다는 점입니다. 재개발이 진행되면 어느 시점부터는 그 집에 살 수도, 들어갈 수도 없게 됩니다. 청구인은 바로 그 이유로 전입이 물리적으로 불가능했다고 주장했지만, 심판원의 시선은 다른 곳을 향했습니다.

사건 경과, 날짜를 따라가면 구조가 보입니다

청구인은 2004년 3월 서울에 있는 주택 한 채를 취득해 오래 보유하며 거주했습니다. 이 집이 이 사건의 종전주택이고, 나중에 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택으로 양도됩니다. 2021년 1월 말 청구인은 서울의 한 주택재개발사업 구역 안에 있는 다가구주택(지하 1층, 지상 2층, 층별 1가구씩 모두 3가구)의 매매계약을 체결했고, 같은 해 2월 초에는 종전주택의 매도계약도 체결했습니다.

2021년 5월 10일 청구인은 이 다가구주택의 잔금을 치르고 소유권을 넘겨받았습니다. 그런데 취득한 바로 그날, 청구인은 세 개 층 모두에 대해 임대차 관계를 정리합니다. 지상 1층은 집을 판 전 소유자와 2년짜리 전세계약을 새로 썼고, 지하 1층은 기존 임차인과 2년짜리 월세계약을 새로 체결했으며, 지상 2층은 기존 임대차계약을 그대로 승계했습니다. 모든 계약에는 재개발사업으로 이주할 때 조건 없이 이주한다는 특약이 붙었습니다.

같은 해 여름 청구인은 종전주택을 양도했고(결정문 처분개요에는 2021년 7월 20일 양도, 사실관계 부분에는 6월 30일 양도로 기재되어 있습니다), 새로 산 다가구주택이 아니라 서울의 다른 곳으로 전입했습니다. 그리고 2021년 8월 종전주택 양도에 대해 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용해 고가주택 초과분에 대한 양도소득세만 신고하고 납부했습니다.

신규주택이 속한 구역의 재개발사업은 2015년 조합설립인가, 2019년 사업시행계획인가를 거쳐 2022년 5월 6일 관리처분계획인가 고시가 났습니다. 청구인의 전입기한인 2022년 5월 10일보다 나흘 앞선 날짜였습니다. 실제 이주는 2022년 8월 18일 이후 시작되었고, 그 주택은 2025년 4월 26일 멸실 등기가 되었습니다.

처분청은 청구인이 신규주택 취득일부터 1년 안에 이사와 전입신고를 하지 않았다고 보아 비과세 특례 적용을 배제하고, 2025년 4월 7일 2021년 귀속 양도소득세를 경정하여 고지했습니다. 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 12월 심판청구를 제기했으나, 2026년 4월 28일 기각 결정이 내려졌습니다.

청구인은 이렇게 주장했습니다

청구인 주장의 핵심은 조건 성취가 법적으로 불가능해졌다는 것이었습니다. 도시 및 주거환경정비법 제81조에 따르면 관리처분계획인가 고시가 있으면 이전고시가 있는 날까지 종전 건축물을 사용하거나 수익할 수 없습니다. 즉 2022년 5월 6일부터 그 집은 법적으로 사용할 수 없는 상태가 되었고, 세법상으로도 관리처분계획인가일을 기준으로 주택이 조합원입주권으로 성격이 바뀌므로, 전입기한인 5월 10일까지 이사와 전입신고를 한다는 것은 애초에 달성할 수 없는 조건이 되었다는 논리였습니다.

청구인은 또한 애초에 세대 전원이 이사해 살 목적으로 그 집을 샀다고 밝혔습니다. 다만 종전주택이 아직 팔리지 않은 상태에서 신규주택을 먼저 취득하게 되어, 일단 기존 임차인들과 임대차 관계를 유지해 두었다가 종전주택을 판 뒤 협의해서 들어갈 계획이었다는 것입니다. 실제로 종전주택 양도 후 임차인들과 계약 조기종료를 협의했지만, 보증금 수준으로는 임차인들이 다른 집을 구하기 어려워 미뤄지던 중 관리처분계획인가가 나버렸다고 설명했습니다.

전 소유자와 임대차계약을 새로 쓴 이유에 대해서도 해명했습니다. 전 소유자가 이사할 집을 구하지 못한 채 급하게 팔게 되어, 집이 구해지는 대로 나가되 주택임대차보호법상 최소 기간인 2년으로 계약서를 쓰는 것을 매도 조건으로 요구했다는 것입니다. 실제로 전 소유자는 1년이 지나기 전에 이사했으므로, 전입을 못 한 진짜 원인은 임대차계약이 아니라 관리처분계획인가라고 항변했습니다.

마지막으로 2020년 2월 11일 신설된 전입요건의 입법취지가 투기 목적 주택 보유를 억제하려는 데 있는 만큼, 본인처럼 요건을 갖추려 했는데 불가피한 사정으로 못 한 경우에는 예외를 인정하는 것이 합목적적 해석이라고 주장했습니다.

과세관청의 반박, 원인은 재개발이 아니라 계약서였다

처분청의 반박은 전입하지 못한 원인이 무엇이었는가에 집중되었습니다. 청구인은 신규주택 취득 이후 언제든 전입이 가능했는데도 전입하지 않았고, 오히려 취득 당일 그 집에 살고 있던 전 소유자와 2년짜리 임대차계약을 새로 썼다는 것입니다. 즉 전입을 막은 것은 재개발 일정이 아니라 청구인 스스로 만들어 둔 임대차 관계라는 지적입니다.

소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 단서는 임차인이 있는 집을 산 경우를 위한 완충장치를 두고 있습니다. 신규주택 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 사실이 임대차계약서 등으로 확인되고 그 임대차기간 종료일이 취득일부터 1년 후인 경우에는, 전입기한을 전 소유자와 임차인 사이의 임대차계약 종료일까지로 늦춰 줍니다. 다만 취득일부터 최대 2년이 한도이고, 결정적으로 신규주택 취득일 이후 갱신한 임대차계약은 인정하지 않는다고 못 박고 있습니다. 처분청은 청구인이 취득 당일 새로 체결한 계약들은 이 예외의 보호를 받을 수 없다고 보았습니다.

재개발 때문에 전입이 불가능했다는 주장에 대해서도 처분청은 사실관계로 응수했습니다. 실제 이주는 2022년 8월 18일 이후에 시작되었고 건물 멸실은 2025년 4월에야 이루어졌으므로, 관리처분계획인가 고시가 있었다고 해서 곧바로 거주나 전입이 불가능해진 것은 아니었다는 것입니다. 또한 인근 재개발 정비사업 조합 정관에도 조합의 동의를 받으면 관리처분계획 인가고시 후에도 종전 건축물을 사용할 수 있다고 정하고 있다는 점을 들었습니다.

나아가 처분청은 신규주택 매매계약서 특약사항에 청구인이 원하는 평형으로 분양신청을 요청한 내용이 있다는 점을 지적했습니다. 재개발사업이 관리처분계획인가 단계만 남았다는 사실을 알고 산 것이며, 거주 목적 취득으로 보기 어렵다는 것입니다. 조세법규, 특히 감면요건 규정은 엄격하게 해석해야 한다는 대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결도 함께 인용했습니다.

심판원의 판단과 법리

심판원은 처분청의 손을 들어 기각 결정을 했습니다. 판단의 출발점은 조문 그 자체입니다. 시행령은 전입기한의 원칙(취득일부터 1년)과 임차인이 있는 경우의 예외(임대차계약 종료일까지, 최대 2년), 그리고 그 예외의 한계(취득일 이후 갱신한 계약은 불인정)를 모두 명시하고 있습니다. 심판원은 청구인이 취득일부터 2년 이내에도 이사와 전입신고를 하지 않았다는 사실을 먼저 확인했습니다. 가장 관대하게 계산한 기한을 적용해도 요건이 충족되지 않았다는 뜻입니다.

이어서 심판원은 취득 당일의 계약 구조를 정면으로 봤습니다. 지상 1층은 전 소유자와 전세로, 지하 1층은 월세로 각각 새 계약을 체결했고 지상 2층은 기존 계약을 승계했으므로, 취득 당시 청구인이 이사해 들어갈 거주 공간 자체가 없었다는 것입니다. 여기서 심판원은 결정적인 한 문장을 남깁니다. 그런 상태라면 청구인에게 신규주택으로 이사하고 전입신고를 할 의사가 있었다고 보기 어렵다는 것입니다. 계획이나 의도는 서류로 남지 않지만, 계약서는 남습니다.

부득이한 사유 주장도 받아들여지지 않았습니다. 소득세법 시행규칙 제71조 제3항과 제72조 제7항이 정하는 부득이한 사유는 취학, 근무상 형편, 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병 등으로 다른 시나 군으로 주거를 이전하는 경우로 한정되어 있습니다. 재개발사업 진행이나 조합원입주권으로의 전환은 여기에 들어 있지 않습니다. 심판원은 주택이 조합원입주권으로 전환되는 사정은 소득세법령상 일시적 2주택 비과세 특례의 예외 사유로 규정된 바 없다고 정리했습니다.

마지막으로 심판원은 매매계약서 특약의 분양신청 요청 내용을 근거로, 청구인이 관리처분계획인가 절차만 남아 있음을 인지한 상태에서 그 집을 취득한 것으로 보인다고 판단했습니다. 예상 가능했던 사정을 뒤늦게 불가항력이라고 부르기는 어렵다는 취지로 읽힙니다.

항목별 판단 결과

표를 보면 알 수 있듯 청구인의 주장은 하나하나가 나름의 논리를 갖고 있었지만, 요건을 충족했다는 사실 증거가 아니라 충족하지 못한 사정 설명이었습니다. 비과세와 감면 규정을 다투는 자리에서 사정 설명만으로 결론을 뒤집기는 대단히 어렵습니다.

이 사건의 결론을 가른 세 장면

첫 번째 장면은 취득일 당일에 작성된 임대차계약서입니다. 시행령은 취득일 현재 이미 임차인이 거주 중이고 그 임대차기간 종료일이 취득일부터 1년 후일 때 전입기한을 늘려 줍니다. 여기서 말하는 임대차계약은 전 소유자와 임차인 사이의 계약입니다. 매수인이 취득일에 새로 쓰거나 갱신한 계약은 조문이 명시적으로 배제하고 있습니다. 청구인은 세 개 층 중 두 개 층에 대해 새 계약을 썼고, 이 서류들이 그대로 과세 근거가 되었습니다.

두 번째 장면은 전 소유자를 임차인으로 앉힌 구조입니다. 실무에서 흔한 방식이고 그 자체가 위법한 것도 아닙니다. 그러나 조정대상지역 전입요건이 적용되던 시기에는 이 구조가 곧 전입 불가를 의미했습니다. 심판원이 전입 의사 자체를 의심한 결정적 이유가 여기에 있습니다.

세 번째 장면은 매매계약서 특약사항입니다. 원하는 평형으로 분양신청을 요청한다는 문구 한 줄이, 청구인이 재개발 진행 단계를 알고 있었고 실거주보다 입주권 확보에 관심이 있었다고 볼 근거로 쓰였습니다. 계약서 특약은 나중에 세무 판단의 자료가 됩니다. 사는 사람의 목적이 그대로 드러나기 때문입니다.

실무 포인트, 지금 확인해야 할 것들

포인트 ①. 내 양도 시점에 어떤 규정이 적용되는지부터 확인하십시오. 일시적 2주택 규정은 중복보유 허용기간, 조정대상지역 여부, 전입요건 유무가 시기별로 바뀌어 왔습니다. 이 사건에는 2022년 5월 31일 개정 전 시행령이 적용되었고, 조정대상지역 사이의 갈아타기에는 전입요건과 단축된 양도기한이 함께 걸려 있었습니다. 인터넷에서 본 최신 설명이 내 사건에 그대로 맞는다는 보장이 없습니다. 기준은 신규주택 취득일과 종전주택 양도일입니다.

포인트 ②. 임차인이 있는 집을 살 때는 계약서를 새로 쓰기 전에 세무 검토를 하십시오. 전입기한 연장은 전 소유자가 맺어 둔 기존 임대차계약을 승계하는 경우를 전제로 설계되어 있습니다. 매수인이 편의상 계약서를 새로 정비하는 순간 연장 혜택의 근거가 사라질 수 있습니다. 승계할 것인지 새로 쓸 것인지는 단순한 서류 문제가 아니라 세금 문제입니다.

포인트 ③. 다가구주택은 전 층이 임대 중이면 들어갈 곳이 없습니다. 이 사건에서 심판원이 든 표현 그대로, 거주 공간 자체가 없으면 전입 의사를 인정받기 어렵습니다. 실거주 요건이나 전입요건이 걸린 상태에서 다가구주택을 신규주택으로 취득한다면, 최소한 한 개 호실은 명도 시점을 맞춰 비워 두는 설계가 필요합니다.

포인트 ④. 재개발·재건축 구역 주택을 신규주택으로 사는 것은 별도의 위험입니다. 관리처분계획인가가 나면 사용·수익이 제한되고, 이주와 철거가 이어집니다. 그런데 세법은 이 사정을 전입요건의 예외로 규정해 두지 않았습니다. 예외로 인정되는 부득이한 사유는 취학, 근무상 형편, 1년 이상 치료나 요양이 필요한 질병 등으로 좁게 열거되어 있을 뿐입니다. 사업 일정은 예측 가능한 위험으로 취급된다고 보는 편이 안전합니다.

포인트 ⑤. 요건 충족은 서류로 남겨야 합니다. 전입신고 기록, 주민등록표 등본, 실제 거주를 뒷받침하는 공과금과 이사 관련 자료가 결국 증거입니다. 이 사건에서 청구인은 종전주택 양도 직후 다른 곳으로 전입한 기록이 남아 있었고, 이 기록은 그대로 요건 미충족의 증명이 되었습니다.

포인트 ⑥. 신고했다고 끝난 것이 아닙니다. 청구인은 2021년 8월에 신고했지만 경정고지는 2025년 4월에 이루어졌습니다. 비과세와 감면 요건은 신고 이후 몇 년이 지나 사후검증이나 조사로 확인되는 경우가 많고, 그때는 본세에 가산세까지 얹혀 부담이 커집니다. 비과세 특례를 적용해 신고할 때는 요건 충족 여부를 신고 시점에 확정해 두어야 합니다.

포인트 ⑦. 요건을 못 맞출 것 같다면 다른 경로를 먼저 검토하십시오. 양도 순서를 바꾸거나, 양도 시점을 조정하거나, 보유·거주기간 요건을 다시 계산해 보는 등 선택지가 남아 있는 시점이라면 대안이 있습니다. 이미 팔고 신고까지 마친 뒤에는 사실관계를 바꿀 수 없습니다. 움직일 수 있는 시기에 상담하는 것이 유일한 절세인 경우가 많습니다.

자주 묻는 질문

Q. 지금도 조정대상지역이면 새 집에 1년 안에 전입해야 하나요?

전입요건은 특정 시기에 조정대상지역 사이의 갈아타기에 적용되던 규정이고, 이후 관련 규정이 개정되어 왔습니다. 조정대상지역 지정 여부 자체도 계속 변동됩니다. 따라서 지금 내 사안에 전입요건이 걸리는지는 신규주택 취득일 당시의 지역 지정 상태와 그때 적용되는 시행령을 함께 확인해야 알 수 있습니다. 단순히 최근 기사만 보고 판단하면 위험합니다.

Q. 세입자가 안 나가서 못 들어간 것도 인정이 안 되나요?

조문은 임차인이 있는 경우를 이미 고려하고 있습니다. 다만 그 보호는 취득일 현재 이미 존재하던 임대차를 전제로 하고, 종료일까지 그리고 취득일부터 최대 2년까지만 기한을 늘려 줍니다. 취득 이후 새로 쓰거나 갱신한 계약은 인정되지 않습니다. 이 사건 청구인은 그 최대 한도인 2년 안에도 전입하지 않아 어느 쪽으로도 요건을 채우지 못했습니다.

Q. 재개발로 집이 없어졌는데도 전입을 요구하는 것은 부당하지 않나요?

심정적으로는 이해되는 주장이지만, 심판원은 조합원입주권 전환이 법령상 예외 사유로 규정되어 있지 않다는 점을 들었습니다. 또한 이 사건에서는 관리처분계획인가 고시 이후에도 실제 이주 개시까지 시간이 있었고 건물 멸실은 한참 뒤였다는 사실이 확인되었습니다. 인가 고시가 곧 물리적 전입 불능은 아니라고 본 것이 실무적으로 중요한 지점입니다.

Q. 전 소유자에게 전세를 주는 거래는 하면 안 되는 건가요?

그 자체가 금지되는 것은 아니며 매도인의 이사 일정 때문에 흔히 쓰이는 방식입니다. 다만 실거주나 전입이 세제 혜택의 요건으로 걸려 있는 상황이라면 이야기가 달라집니다. 계약 기간, 명도 시점, 세제 요건의 기한이 서로 충돌하지 않는지 매매계약 단계에서 맞춰 보아야 합니다. 계약서에 남은 문구는 나중에 되돌릴 수 없습니다.

Q. 비과세가 배제되면 세금 차이가 얼마나 나나요?

구체적 금액은 사안마다 다르고 이 결정문의 금액은 비공개 처리되어 있어 말씀드릴 수 없습니다. 다만 구조상으로는 12억원 초과분에만 과세되던 것이 양도차익 전체로 과세 범위가 넓어지고, 장기보유특별공제의 적용 방식도 달라지며, 여기에 가산세가 더해집니다. 오래 보유한 고가주택일수록 차이가 크게 벌어집니다.

자가진단 체크리스트

• 종전주택과 신규주택의 소재지가 취득 당시 조정대상지역이었는지 확인했습니까.
• 신규주택 취득일과 종전주택 양도일 사이의 기간이 그 시점 규정의 허용 범위 안에 있습니까.
• 신규주택에 임차인이 있다면, 그 계약이 전 소유자가 맺어 둔 계약을 승계한 것입니까, 아니면 내가 새로 쓴 것입니까.
• 임대차 종료일이 신규주택 취득일부터 2년 안에 오도록 되어 있습니까.
• 다가구주택이라면 내가 실제로 들어가 살 수 있는 호실이 비어 있는 구조입니까.
• 신규주택이 재개발·재건축 구역 안에 있다면 사업 단계와 예상 이주 시기를 확인했습니까.
• 세대 전원의 전입신고가 기한 안에 이루어졌고 주민등록표로 확인됩니까.
• 전입하지 못한 사정이 있다면 취학, 근무상 형편, 장기 요양 등 규정된 사유에 해당합니까.
• 매매계약서 특약에 실거주 목적과 배치되는 문구가 들어 있지는 않습니까.
• 이미 비과세로 신고했다면, 요건 충족 증빙을 지금 다시 꺼내 확인할 수 있습니까.

정리

이 사건은 세법이 요구하는 요건이 하나 있을 때, 그것을 지키지 못한 이유가 아무리 그럴듯해도 지키지 못했다는 사실 자체를 덮지 못한다는 것을 보여 줍니다. 청구인은 재개발이라는 외부 사정을 들었지만, 심판원은 취득 당일 세 개 층에 임대차를 채워 넣어 스스로 들어갈 공간을 없앤 선택을 먼저 봤습니다. 결론을 가른 것은 사정이 아니라 서류였습니다.

집을 갈아탈 때 세금은 계약서에 도장을 찍는 순간 대부분 정해집니다. 신규주택 취득일, 임대차계약의 형식과 기간, 전입 가능한 공간의 유무, 종전주택 양도 시점이 서로 맞물려 하나의 결론을 만듭니다. 특히 재개발이나 재건축이 예정된 주택을 신규주택으로 고르는 경우에는 부동산 투자 판단과 세제 요건 충족이 정반대 방향을 가리킬 수 있다는 점을 기억해 두시기 바랍니다.

이미 신고를 마쳤더라도 요건 충족 여부가 애매하다면 지금 점검해 보는 편이 낫습니다. 사후검증이나 조사로 통보를 받은 뒤에 다투는 것보다, 사실관계와 증빙을 미리 정리해 두는 쪽이 선택지가 훨씬 많습니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세, 증여세, 양도소득세 사안을 다루고 있으며 나승리 대표세무사가 직접 상담합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서0370 (2026.4.28. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조, 제95조, 소득세법 시행령 제154조, 제155조(2022.5.31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것), 소득세법 시행규칙 제71조, 제72조, 주민등록법 제16조, 도시 및 주거환경정비법 제81조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)