공시가격으로 신고한 다세대주택, 국세청 감정평가로 상속세가 늘었습니다 (조심 2026서0822)

공시가격으로 신고했는데 몇 달 뒤 감정평가 통지를 받았다면

부모나 배우자가 남긴 주택을 상속받은 분들이 가장 먼저 확인하는 숫자는 공시가격입니다. 아파트가 아닌 다세대주택, 단독주택, 상가주택은 같은 조건의 실거래 사례를 찾기 어렵기 때문에, 많은 상속인이 개별주택가격이나 공동주택가격(고시주택가격)으로 상속재산을 평가해 신고합니다. 세법상 시가를 산정하기 어려우면 보충적 평가방법을 쓰도록 되어 있으니, 그 자체로 잘못된 신고는 아닙니다.

문제는 그 다음입니다. 신고를 마치고 몇 달이 지난 뒤 지방국세청에서 상속세 조사가 시작되고, 과세관청이 직접 감정평가법인에 감정을 의뢰했다는 통지를 받는 경우가 있습니다. 공시가격과 감정가액의 차이만큼 과세표준이 올라가고, 결과적으로 처음 낸 세금의 몇 배에 해당하는 고지서를 받게 됩니다. 이번에 살펴볼 결정례는 바로 그 상황에서 상속인이 다툰 사건입니다. 상속인은 "국세청이 스스로 정한 규정과 보도자료에서 주택은 감정평가 대상이 아니라고 했으면서 왜 내 주택을 감정했느냐"고 물었고, 심판원은 그 물음에 대해 분명한 답을 내놓았습니다.

사건 경과, 신고에서 결정 고지까지

피상속인은 2024년 4월 3일 사망했고, 청구인은 그 배우자입니다. 상속재산 중에는 서울 소재 다세대주택 15세대(건물 554.75㎡, 토지 396㎡)가 포함되어 있었습니다. 이 주택은 피상속인이 2001년에 신축한 것으로, 상속 당시 이미 20년을 훌쩍 넘긴 건물이었습니다.

청구인은 2024년 10월 14일, 이 다세대주택 15개 호실을 상증세법 제61조 제1항의 보충적 평가방법(고시주택가격)으로 평가하고, 그 합계액을 시가로 보아 상속세를 신고하고 납부했습니다. 신고 시점만 놓고 보면 당시 국세청 훈령인 상속세 및 증여세 사무처리규정은 감정평가 사업의 대상을 비주거용 부동산과 나대지로 한정하고 있었습니다.

그런데 2025년 4월 21일부터 7월 19일까지 서울지방국세청의 상속세 조사가 진행되었습니다. 조사청은 신고가액이 과소평가되었다고 보고 공신력 있는 감정기관 2곳에 감정평가를 의뢰했고, 청구인 역시 별도로 감정기관 2곳에 감정을 의뢰해 자기 감정가액을 제시했습니다. 이렇게 만들어진 네 건의 감정평가서는 2025년 5월 7일, 8일, 10일에 각각 작성되었고, 가격산정기준일은 모두 상속개시일인 2024년 4월 3일이었습니다.

2025년 6월 24일 평가심의위원회는 조사청과 청구인이 각각 제시한 감정가액 전부에 대해 평가기준일부터 감정평가서 작성일까지 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 시가로 인정했습니다. 이에 따라 네 건의 감정가액 평균액이 이 다세대주택의 시가가 되었고, 처분청은 2025년 10월 21일 상속세를 결정 고지했습니다. 청구인은 2025년 12월 23일 심판청구를 제기했으나, 2026년 4월 28일 기각 결정이 내려졌습니다.

청구인의 주장, 주택은 감정평가 대상이 아니었다

청구인의 주위적 주장은 시간의 순서에 관한 것이었습니다. 정부는 2019년 시행령을 개정해 신고기한이 지난 뒤에도 법정결정기한 내에 감정평가를 할 수 있도록 했고, 국세청은 2020년 사무처리규정을 개정하면서 감정평가 대상을 비주거용 부동산과 나대지로 한정했으며, 보도자료를 통해 이를 전 국민에게 알렸습니다. 청구인은 이러한 공표를 신뢰해 주택인 쟁점부동산을 고시주택가격으로 신고했다는 것입니다.

국세청이 감정평가 대상을 모든 부동산으로 확대하겠다고 발표한 것은 2024년 12월 3일 보도자료와 행정예고를 통해서였고, 실제 훈령 개정은 2025년 1월 1일자로 이루어졌습니다. 청구인의 상속세 신고기한은 2024년 10월 말이었으므로, 신고 당시에는 주택이 감정평가 사업 대상이 아니었다는 것이 주장의 핵심이었습니다. 청구인은 훈령이 행정규칙에 불과하다는 이유로 그 대상 범위를 무시한다면, 국세청이 스스로 대상을 정하고 이를 전 국민에게 알린 취지가 사라진다고 지적했습니다.

법리적으로는 재량준칙인 행정규칙에 대해 행정기관이 자기구속을 받는다는 대법원 2009.12.24. 선고 2009두7967 판결과, 신의성실 원칙 및 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세금지 원칙에 관한 대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결을 인용했습니다. 개정 훈령을 2025년 1월 1일 이후 결정하는 분부터 적용한 것은 사실상 소급과세라는 주장이었습니다.

예비적으로는 가격변동의 특별한 사정을 다투었습니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기준일부터 가격산정기준일 또는 감정평가서 작성일까지의 기간 중 가격변동의 특별한 사정이 없어야 감정가액을 시가로 인정하도록 하는데, 상속개시일부터 감정평가서 작성일까지 약 13개월이 흘렀고 그 사이 고시된 주택가격과 공시지가가 상승했으므로 조사청 감정가액은 시가로 볼 수 없다는 것입니다. 특히 노후 건물이라 토지 가격이 시세를 좌우하는데 공시지가 상승률이 7.9%에 달했다는 점을 들었습니다. 나아가 국세기본법 제81조의3 납세자 성실성 추정 원칙상 청구인이 제시한 감정가액의 평균이 시가로 인정되어야 한다고 주장하며, 시행령 단서 규정의 효력을 부정한 하급심 판결(미확정)들을 근거로 제시했습니다.

과세관청의 반박, 근거는 훈령이 아니라 법령이다

처분청의 논리는 단순하고 견고했습니다. 감정평가의 근거는 사무처리규정이 아니라 상증세법 제60조와 같은 법 시행령 제49조라는 것입니다. 법령은 감정평가 대상 부동산의 종류를 제한하고 있지 않으며, 주거용과 비주거용을 달리 볼 근거도 없습니다. 과세관청이 현실적으로 모든 상속재산을 감정할 수 없기 때문에 내부적으로 선정 기준을 세운 것일 뿐, 그 기준이 법령상의 권한을 좁히는 것은 아니라는 취지입니다.

또한 사무처리규정은 법령의 위임 없이 행정기관이 내부적으로 정한 행정규칙이므로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없고, 그에 위반했다고 해서 곧바로 처분이 위법해지지 않는다고 반박했습니다. 보도자료 역시 공적인 견해 표명으로 볼 수 없으며, 주거용 부동산에 대해 감정평가를 하지 않았다는 관행이 성립한 사실도 없다고 보았습니다.

예비적 주장에 대해서는 결정적인 반박을 내놓았습니다. 이 사건 감정평가서의 가격산정기준일이 상속개시일과 동일하므로, 평가기준일부터 가격산정기준일까지의 기간 중에 가격변동이 발생할 여지 자체가 없다는 것입니다. 청구인이 인용한 하급심 사례는 증여일보다 3개월 넘게 지난 날을 가격산정기준일로 삼아 그 사이 기준시가가 오른 사안이므로 사실관계가 다르다고 선을 그었습니다.

심판원의 판단과 그 법리

심판원은 청구인의 주장을 모두 받아들이지 않았습니다. 먼저 상증세법 제60조 제1항의 시가는 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적인 교환가격을 의미하고, 과세관청이 감정기관에 의뢰해 산정한 감정가액이 상속재산의 객관적 교환가격을 공정하게 반영한다면 시가로 인정할 수 있다고 전제했습니다. 그리고 세법령을 해석 적용할 때 주거용과 비주거용 부동산을 달리 볼 근거가 없다고 판단했습니다.

절차 요건도 문제가 없었습니다. 조사청과 청구인이 제시한 감정평가서의 가격산정기준일은 모두 상속개시일이었고, 감정평가서는 전부 법정결정기한 내에 작성되었으며, 평가심의위원회의 심의를 거쳤으므로 시행령 제49조 제1항 단서에 따른 적법한 시가라는 것입니다. 참고로 상속세의 법정결정기한은 신고기한부터 9개월입니다.

사무처리규정에 대해서는 행정규칙으로서 행정조직 내부에서만 효력을 가질 뿐 국민이나 법원을 구속하지 않으므로, 처분이 그에 위반했다는 사정만으로 곧바로 위법해지지 않는다고 보았습니다. 주택을 법령에 따라 감정평가해 시가를 산정한 것이 재량권 남용에도 해당하지 않는다고 판단했습니다.

신뢰보호와 관련해서는, 납세자에게 받아들여진 세법 해석이나 국세행정의 관행이란 불특정 다수의 일반 납세자에게 이의 없이 정당한 것으로 받아들여진 정도에 이른 것을 말하므로, 단순히 해석기준에 관한 공적 견해 표명이 있었다는 사실만으로 관행이 있었다고 볼 수 없다고 하면서 서울고등법원 2025.1.16. 선고 2024누41719 판결을 인용했습니다. 시행령 단서 규정이 위헌 위법이라는 주장에 대해서는, 그 심사 권한은 헌법재판소와 대법원에 있는데 아직 위헌 위법으로 판단된 사실이 확인되지 않는다고 정리했습니다.

예비적 주장에 대해서도, 단서가 가격변동의 특별한 사정을 요구하는 취지는 감정가액의 시가로서의 타당성을 확보하려는 데 있고, 감정기관이 특정 시점을 가격산정기준일로 정해 감정했다면 그 감정가액은 해당 기준일을 토대로 산정된 금액으로 보아야 한다고 했습니다. 평가기준일부터 감정평가서 작성 시점까지의 가격변동이 감정가액의 타당성에 영향을 주었다고 볼 사정을 찾기 어렵고, 청구인도 그러한 사정을 입증할 증빙을 제시하지 못했다는 점이 결정적이었습니다.

항목별 판단 결과

표를 보면 청구인은 절차, 신뢰, 평가 세 방향에서 모두 다투었지만 한 가지도 받아들여지지 않았습니다. 다만 주목할 부분이 있습니다. 최종 시가는 조사청 감정 2건만이 아니라 청구인이 제출한 감정 2건까지 포함한 네 건의 평균으로 산정되었다는 점입니다. 청구인이 감정을 제출하지 않았다면 조사청 감정만으로 시가가 정해졌을 가능성이 큽니다.

이 사건에서 결론을 가른 지점

첫 번째는 가격산정기준일입니다. 청구인은 감정평가서 작성일까지 13개월이 흘렀고 그 사이 공시가격과 공시지가가 올랐다는 점을 강조했지만, 이 사건 감정은 가격산정기준일 자체를 상속개시일로 잡아 평가한 것이었습니다. 감정평가는 특정 시점의 가치를 소급해 산정하는 작업이므로, 작성일이 늦다는 사실만으로 그 가액이 나중 시점의 시세를 반영한 것이라고 볼 수 없다는 논리입니다. 여기서 청구인 주장의 대부분이 무너졌습니다.

두 번째는 입증책임입니다. 청구인은 조사청이 가격변동의 특별한 사정이 없음을 입증해야 한다고 주장했지만, 심판원은 이미 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정된 이상 그 타당성에 영향을 준 사정이 있다면 이를 주장하는 쪽이 구체적 증빙을 제시해야 한다는 태도를 취했습니다. 공시가격 상승률이라는 일반적 지표만으로는 부족했습니다. 만약 해당 지역에 재개발 지정, 용도지역 변경, 대규모 개발 발표처럼 그 부동산 자체의 가치를 흔든 개별 사건이 있었다면 다툴 여지가 달라졌을 수 있습니다.

세 번째는 행정규칙의 성격입니다. 국세청 훈령과 보도자료는 납세자에게는 사실상 규범처럼 받아들여지지만, 법적으로는 내부 기준일 뿐입니다. 훈령의 대상 범위를 근거로 과세를 다투는 전략은 이 결정례에서 보듯 성공 가능성이 낮습니다. 다만 시행령 제49조 제1항 단서 자체의 효력을 다투는 하급심 소송이 진행 중이라는 점은 남아 있습니다. 결정문에도 미확정 하급심 판결이 언급되어 있으므로, 향후 상급심 판단은 지켜볼 필요가 있습니다.

실무 포인트, 상속 신고 전에 해야 할 일

포인트 ①. 공시가격과 시세의 격차부터 계산하라. 국세청 훈령은 감정평가 대상 선정 기준으로 추정시가와 보충적 평가액의 차이가 일정 금액 이상이거나 그 차이 비율이 10% 이상인 경우를 들고 있으며, 2025년 개정으로 그 기준 금액이 낮아지고 대상도 주택을 포함한 모든 부동산으로 확대되었습니다. 즉 다세대주택, 단독주택, 상가주택처럼 공시가격이 시세의 절반 수준에 머무는 부동산은 이제 감정평가 대상이 될 수 있다고 보고 준비해야 합니다.

포인트 ②. 신고기한이 끝나도 안심할 수 없다. 상속세 법정결정기한은 신고기한부터 9개월입니다. 이 기간 안에 이루어진 감정은 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정될 수 있습니다. 상속세 신고를 마쳤다고 세액이 확정되는 것이 아니라, 결정기한이 지나야 비로소 정리된다고 이해하는 편이 안전합니다. 자금 계획을 세울 때도 이 기간을 감안해야 합니다.

포인트 ③. 납세자가 먼저 감정을 받는 선택지를 검토하라. 이 사건에서 최종 시가는 네 건의 평균으로 산정되었습니다. 상속인이 감정을 제출하지 않았다면 조사청 감정만 남았을 것입니다. 시행령상 평가기간 내에 둘 이상의 공신력 있는 감정기관 감정가액이 있으면 그 평균액이 시가가 되므로, 격차가 큰 부동산이라면 신고 단계에서 감정을 받아 세액을 미리 확정하는 방안을 비교해 볼 만합니다. 다만 감정가액이 기준금액에 미달하는 등의 경우 세무서장이 다른 감정기관에 다시 의뢰할 수 있으므로, 무조건 유리하다고 볼 수는 없습니다.

포인트 ④. 감정 비용과 세액을 함께 계산하라. 감정평가에는 비용이 들고, 평가액이 올라가면 상속세뿐 아니라 이후 그 부동산을 팔 때의 양도차익 계산에도 영향을 줍니다. 상속받은 부동산은 상속 당시 평가액이 취득가액이 되므로, 평가액이 높아지는 것이 반드시 손해만은 아닙니다. 배우자 상속공제나 동거주택 상속공제 등 적용 가능한 공제까지 함께 넣고 상속세와 미래 양도세를 합산해 비교해야 실제 유불리가 보입니다.

포인트 ⑤. 다툴 것이라면 개별 사정을 증빙으로 만들라. 가격변동의 특별한 사정을 주장하려면 공시가격 상승률 같은 일반 지표가 아니라, 그 부동산에 직접 영향을 준 개별 사건과 시점을 자료로 정리해야 합니다. 또 감정평가서의 가격산정기준일이 평가기준일과 다르게 잡혀 있는지, 원형대로 감정되었는지, 특정 조건을 전제로 한 평가는 아닌지 등 시행령이 명시한 제외 사유에 해당하는 부분이 있는지 먼저 확인하는 것이 실효적입니다.

포인트 ⑥. 조사 통지 시점의 대응이 중요하다. 조사청이 감정을 의뢰하겠다고 알려오는 단계에서 이미 세액의 방향이 정해집니다. 감정 결과가 나온 뒤 뒤집는 것보다, 그 전에 대응 방향을 정하고 필요한 자료를 준비하는 편이 훨씬 낫습니다. 노후도, 임대차 현황, 접도 조건, 실제 사용 제한 등 가치를 낮추는 개별 요인을 평가 과정에서 반영시키는 것이 현실적인 대응입니다.

자주 묻는 질문

Q. 아파트가 아닌 다세대주택도 국세청이 감정평가를 하나요?

과거 훈령은 감정평가 사업 대상을 비주거용 부동산과 나대지로 한정했지만, 2025년 1월 1일 시행 훈령에서 주택을 포함한 부동산 전반으로 확대되었습니다. 이 결정례에서 심판원은 애초에 법령이 부동산 종류를 제한하지 않으므로 주거용과 비주거용을 달리 볼 근거가 없다고 보았습니다. 공시가격과 시세 차이가 큰 주택이라면 대상이 될 수 있습니다.

Q. 국세청 보도자료를 믿고 신고했는데 보호받지 못하나요?

이 사건에서는 보호받지 못했습니다. 심판원은 국세행정의 관행으로 인정되려면 불특정 다수의 일반 납세자에게 이의 없이 정당한 것으로 받아들여진 정도에 이르러야 하고, 해석기준에 관한 공적 견해 표명이 있었다는 사실만으로는 부족하다고 보았습니다. 다만 개별 사안에서 구체적인 회신이나 확약이 있었다면 사정이 달라질 수 있으므로 자료 보관이 중요합니다.

Q. 상속개시일과 감정평가서 작성일 사이에 시간이 많이 흘렀는데 문제없나요?

핵심은 가격산정기준일입니다. 감정평가서가 상속개시일을 가격산정기준일로 삼아 그 시점의 가치를 산정했다면, 작성일이 늦다는 사실만으로 시가로서의 타당성이 부정되지는 않는다는 것이 이 결정의 판단입니다. 반대로 가격산정기준일이 평가기준일과 크게 벌어져 있다면 다툴 여지가 생깁니다.

Q. 상속인이 스스로 감정을 받으면 유리한가요?

사안에 따라 다릅니다. 이 사건에서는 상속인 감정 2건이 포함되어 네 건의 평균으로 시가가 정해졌으므로, 조사청 감정만 있었을 때보다 평균이 낮아졌을 가능성이 있습니다. 다만 감정 결과가 예상보다 높게 나오면 오히려 불리해질 수 있고 비용도 발생하므로, 사전에 추정 시세와 세액을 함께 검토한 뒤 결정해야 합니다.

Q. 감정평가로 세금이 늘면 가산세도 함께 붙나요?

세액 자체가 늘어나는 것과 가산세 부과 여부는 별개로 따져야 합니다. 신고가액과 결정가액의 차이가 평가방법의 차이에서 비롯된 것인지, 신고 누락이나 허위 자료가 있었는지에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 고지서를 받았다면 본세와 가산세 항목을 나누어 확인하고, 납부기한과 불복 기한을 함께 점검하시기 바랍니다.

자가진단 체크리스트

• 상속재산에 다세대, 단독, 상가주택 등 실거래 사례가 드문 부동산이 있는가
• 그 부동산의 공시가격이 인근 실제 거래 시세보다 현저히 낮은가
• 공시가격과 추정 시세의 차이 금액과 비율을 계산해 본 적이 있는가
• 상속세 신고기한부터 9개월의 법정결정기한이 아직 남아 있는가
• 신고 전 감정평가를 받는 경우와 받지 않는 경우의 세액을 비교해 보았는가
• 감정평가서의 가격산정기준일이 상속개시일과 일치하는지 확인했는가
• 해당 부동산의 노후도, 임대차 관계, 이용 제한 등 감액 요인을 자료로 정리해 두었는가
• 상속세뿐 아니라 향후 매각 시 양도세까지 합산해 유불리를 따져 보았는가
• 조사 통지나 감정평가 의뢰 통보를 받고 대응 기한을 확인했는가

세 개 이상 확인되지 않았다면, 신고 전이든 조사 중이든 지금 점검할 필요가 있습니다. 특히 신고를 이미 마쳤더라도 결정기한이 남아 있다면 대응 여지가 있습니다.

정리

이 결정례가 남긴 메시지는 명확합니다. 국세청 훈령과 보도자료의 대상 범위는 과세를 막아 주는 방패가 되지 못한다는 것입니다. 과세의 근거는 상증세법 제60조의 시가주의 원칙과 시행령 제49조이고, 훈령은 그 법령을 집행하기 위한 내부 기준일 뿐이라는 것이 심판원의 일관된 시각입니다. 따라서 "내 주택은 감정평가 대상이 아니다"라는 전제로 신고 전략을 세우는 것은 위험합니다.

또 하나는 시점의 문제입니다. 상속세는 신고로 끝나지 않고 법정결정기한 내 결정으로 확정됩니다. 그 사이 과세관청이 감정을 의뢰하면 공시가격 기준으로 세운 계획은 흔들립니다. 공시가격과 시세의 격차가 큰 부동산을 상속받았다면, 신고 전에 격차를 계산하고 감정 여부를 포함한 평가 전략을 정하는 것이 결과적으로 분쟁과 비용을 줄이는 길입니다.

다만 시행령 제49조 제1항 단서 규정의 효력을 둘러싼 하급심 다툼이 계속되고 있으므로, 같은 상황에 놓인 분이라면 자기 사안의 사실관계와 증빙 상태를 기준으로 다툴 실익이 있는지 개별적으로 판단해야 합니다. 감정평가서의 기준일과 평가 조건, 개별 감액 요인의 반영 여부를 먼저 살펴보시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서0822 (2026.4.28. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상증세법」 제60조, 「같은 법 시행령」 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)