일시적 2주택인데 새 집에 전입을 안 했다고 양도세가 나왔습니다, 잔금일이 밀린 게 이유였습니다 (조심 2025서4129)

집을 갈아타는 과정은 대부분 며칠, 길어야 몇 달의 시차를 두고 이루어집니다. 살던 집을 팔아 그 돈으로 새집 잔금을 치르는 것이 보통이니, 파는 날과 사는 날이 정확히 맞아떨어지는 경우는 오히려 드뭅니다. 문제는 이 며칠의 시차가 세법에서는 1세대 2주택이라는 상태로 기록된다는 점입니다. 그래서 세법은 일시적으로 2주택이 된 경우를 구제하는 특례를 따로 두고 있는데, 이 특례가 항상 같은 모습이었던 것은 아닙니다.

특히 2019년 12월 17일 대책 이후부터 2022년 5월 9일 이전에 종전주택을 양도한 경우라면, 조정대상지역 안에서 조정대상지역으로 갈아탄 사람에게는 신규주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 그 집으로 이사하고 전입신고를 마칠 것이라는 무거운 요건이 붙어 있었습니다. 오늘 소개하는 사건은 바로 이 요건 하나 때문에, 15년을 살던 집을 팔고 나서 몇 년 뒤에 양도소득세 고지서를 받게 된 사례입니다.

15년 살던 집을 팔았는데, 왜 양도세가 나왔을까

청구인은 2006년에 서울 금천구의 아파트를 취득해 가족과 함께 15년 가까이 실제로 거주했습니다. 보유기간도 거주기간도 넉넉했으니, 양도할 당시 그 집 한 채만 갖고 있었다면 1세대 1주택 비과세를 받는 데 아무 문제가 없었을 사안입니다. 실제로 청구인은 스스로 비과세 대상이라고 판단해 양도소득세 신고 자체를 하지 않았습니다.

그런데 양도 시점에 청구인 세대는 한 채가 아니었습니다. 종전주택의 잔금을 받기 전에 배우자 명의로 서울 서초구의 신규주택 잔금을 먼저 치렀기 때문입니다. 두 집이 겹친 기간은 두 달이 채 되지 않았습니다. 청구인 입장에서는 이 정도 겹침은 누구에게나 생기는 일 아닌가 싶었을 것입니다. 그러나 과세관청은 두 주택이 모두 조정대상지역에 있었다는 점, 그리고 신규주택에 세대 전원이 이사·전입한 사실이 없다는 점을 근거로 비과세 특례를 배제하고 2021년 귀속 양도소득세를 결정·고지했습니다. 무신고가산세와 납부지연가산세까지 함께였습니다.

사건 경과, 두 달이 안 되는 겹침이 만든 결과

사실관계를 시간 순서로 정리하면 이렇습니다. 2006년 5월 청구인이 종전주택을 취득해 보유·거주했습니다. 2020년 자녀가 다른 지역의 사범대 부속고등학교에 편입학하면서 통학 문제가 생겼고, 가족은 학교 인근으로 주거를 옮기기로 했습니다. 2021년 2월 종전주택 매매계약을 체결했습니다.

이후 청구인 가족은 학교 인근 아파트 매수를 포기하고 서울 성동구의 주택을 임차하기로 했고, 남은 자금으로 2021년 4월 23일 배우자 명의의 신규주택 매매계약을 체결한 뒤 4월 25일 잔금을 청산했습니다. 세대 전원은 4월 27일 성동구 임차주택으로 전입했습니다. 그리고 6월 21일에 종전주택의 잔금을 받아 소유권을 넘겼습니다.

여기서 중요한 사실이 하나 더 있습니다. 신규주택의 매도인은 배우자가 지분 전부를 보유한 법인이었고, 그 법인은 2020년 8월에 이 주택을 취득하면서 임차인을 승계한 상태였습니다. 배우자는 임차인이 살고 있는 상태 그대로 그 집을 사들였고, 이후 같은 임차인과 임대차계약을 갱신했습니다. 즉 신규주택은 처음부터 청구인 세대가 들어가 살 수 있는 상태가 아니었고, 실제로 세대 전원이 그 집에 전입한 이력은 끝까지 없었습니다.

과세관청은 2025년 7월에 양도소득세를 고지했고, 청구인은 2025년 9월 심판청구를 제기했습니다. 조세심판원은 2026년 4월 기각 결정을 내렸습니다.

청구인은 이렇게 주장했습니다

청구인의 주장은 크게 세 갈래였습니다. 첫째, 당초 종전주택의 잔금일은 4월 15일경으로 약정되어 있었는데 매수인이 자기 소유 주택을 팔지 못해 중도금과 잔금 지급을 미뤄 달라고 요청했고, 거래가 깨지면 새 매수인을 찾기 어려운 현실 때문에 부득이하게 이를 받아들였다는 것입니다. 원래 계획대로였다면 종전주택 잔금을 먼저 받고 무주택 상태에서 신규주택을 취득했을 것이므로, 애초에 일시적 2주택 문제가 생기지 않았을 사안이라는 취지였습니다.

둘째, 15년을 실제로 거주한 집을 자녀 통학 문제로 판 것이고 두 집이 겹친 기간도 두 달이 채 되지 않는데, 이를 두고 신규주택 전입요건까지 요구하는 것은 지나치다는 것입니다. 투기 목적이 전혀 없었다는 점을 강조했습니다. 나아가 전입요건 조항 자체가 국민 불편과 민원을 이유로 2022년 5월 개정 때 삭제되었으니, 개정 취지를 반영해 과세를 지양해야 한다고도 주장했습니다.

셋째, 가산세 부분입니다. 예기치 못하게 2주택자가 된 것이고 전입 의무가 있다는 사실 자체를 알기 어려웠으며, 신규주택의 임대차가 끝나기도 전에 법령이 개정되어 전입요건이 없어진 사실이 널리 알려진 상황에서 세무 전문가가 아닌 일반인에게 그 요건 준수를 기대하기는 어렵다는 것이었습니다. 당초 매매계약서를 제출하지 못한 이유에 대해서는, 변경 계약서를 쓸 때 중개인에게 원래 계약서를 돌려주었기 때문이라고 설명하면서 중개인과 주고받은 문자메시지를 증거로 냈습니다.

과세관청은 이렇게 반박했습니다

과세관청의 논리는 단순하면서도 빈틈이 적었습니다. 우선 부동산의 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이고, 신규주택 취득일은 잔금청산일인 4월 25일, 종전주택 양도일은 잔금청산일인 6월 21일입니다. 따라서 종전주택 양도 당시 청구인 세대는 명백히 2주택 상태였습니다.

다음으로, 거래 당사자의 사정으로 두 주택이 불가피하게 겹치는 상황을 전제로 만들어진 제도가 바로 일시적 2주택 비과세 특례입니다. 즉 사정이 있었다는 사실 자체는 특례 요건을 면제해 주는 사유가 아니라, 오히려 특례 요건을 갖추라는 요구의 전제라는 것입니다. 매수인 사정으로 잔금일이 바뀌었다는 주장이 사실이라 하더라도 그것만으로 비과세를 적용할 수는 없다는 입장이었습니다.

증거 문제도 지적했습니다. 청구인이 제출한 종전주택 매매계약서에는 잔금일이 6월 21일로 기재되어 있었고, 중개인과의 문자메시지를 포함한 어떤 자료로도 변경 전 계약의 실제 잔금일이 신규주택 취득일 이전이었다는 점을 특정할 수 없다는 것이었습니다. 나아가 신규주택의 매도인이 배우자가 지분 전부를 소유한 특수관계법인이라는 점을 들어, 종전주택 잔금일을 늦출 수 있었다면 신규주택 매수 시기 역시 늦출 수 있었을 것이라고 반박했습니다. 실제로 그 법인은 법인 소유 주택에 대한 세제 강화에 대응해 종합부동산세 과세기준일 전에 주택을 배우자에게 넘긴 것으로 보인다고 봤습니다. 게다가 신규주택은 임차인이 계속 거주하는 상태였으므로 애초에 실거주 목적이 아니었다는 점도 지적했습니다.

심판원의 판단, 조세 법규는 법문대로 해석한다

심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다. 판단의 출발점은 조세법률주의입니다. 심판원은 대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등을 인용하면서, 과세요건이든 비과세요건이든 조세감면요건이든 조세 법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석이나 유추해석을 하는 것은 허용되지 않는다고 밝혔습니다.

그 기준으로 보면 결론은 정해져 있습니다. 개정 전 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목은 조정대상지역 종전주택을 보유한 상태에서 조정대상지역 신규주택을 취득한 경우, 신규주택 취득일부터 1년 이내에 그 주택으로 세대 전원이 이사하고 주민등록법에 따른 전입신고를 마칠 것을 요구합니다. 청구인 세대는 신규주택에 이사한 사실이 없고 취득 이틀 뒤 다른 임차주택으로 전입했으므로, 요건을 충족하지 못한 것이 명백합니다.

잔금일 변경 주장에 대해서는 두 가지를 짚었습니다. 하나는 증거의 문제로, 제출된 매매계약서상 잔금일자가 실제 양도일과 같고 문자메시지 내용으로도 당초 잔금일이 신규주택 취득일 이전이었다는 점이 확인되지 않는다는 것입니다. 다른 하나는 법리의 문제로, 매수인 사정으로 잔금 수령이 지연되었다는 사실은 세법이 정한 양도시기를 달리 판단할 사유가 될 수 없다는 것입니다. 이 부분은 조심 2019중3038 등 선례와 같은 취지라고 밝혔습니다.

법령 개정 주장도 받아들여지지 않았습니다. 전입요건을 삭제한 2022년 5월 31일 개정 규정은 부칙에서 2022년 5월 10일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용한다고 정하고, 그 이전 양도분은 종전 규정에 따르도록 명시하고 있기 때문입니다. 이 사건 양도는 2021년이므로 개정 전 규정의 적용을 받습니다.

가산세는 왜 깎아주지 않았나

두 번째 쟁점은 무신고가산세와 납부지연가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지였습니다. 국세기본법 제48조는 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않도록 하고 있지만, 이 정당한 사유의 문턱은 생각보다 높습니다.

심판원은 가산세를 부과할 때 납세자의 고의·과실은 고려되지 않으며, 법령의 부지나 착오는 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다는 확립된 법리를 다시 확인했습니다(조심 2020중1131 등 같은 취지). 세법을 몰랐다는 사정은 그 자체로 면책 사유가 되지 않는다는 뜻입니다.

여기에 이 사건 특유의 사정이 더해졌습니다. 심판원은 법인 소유 주택에 대한 종합부동산세 부담이 강화되면서 배우자가 특수관계법인으로부터 과세기준일 이전에 신규주택을 취득한 것으로 보이고, 그 결과 청구인이 2주택자가 된 것이라는 점을 지적했습니다. 즉 2주택 상태를 만든 원인 중에는 청구인 측이 스스로 선택한 일정이 포함되어 있었다는 것입니다. 매수인 탓만으로 돌리기 어려운 구조였고, 이 점이 가산세 감면 판단에 불리하게 작용했습니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 이 사건은 어느 한 쟁점도 인용되지 않았습니다. 다만 결론보다 중요한 것은 어디에서 갈렸는가입니다. 아래에서 실무 관점으로 정리합니다.

실무 포인트, 이 사건이 남긴 다섯 가지

포인트 ①. 세법의 시계는 계약일이 아니라 잔금청산일로 돌아갑니다.
많은 분들이 계약서에 도장을 찍은 날을 기준으로 나는 먼저 팔고 나중에 샀다고 생각합니다. 그러나 소득세법상 취득·양도 시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날입니다. 계약 순서가 아무리 선매도 후매수였어도 잔금이 뒤집히면 세법상으로는 2주택자가 됩니다. 갈아타기를 계획할 때는 계약일이 아니라 양쪽 잔금일을 달력에 나란히 놓고 검토해야 합니다.

포인트 ②. 상대방 사정으로 잔금이 밀리는 일은 반드시 문서로 남겨야 합니다.
이 사건에서 청구인이 결정적으로 불리했던 지점은 당초 계약서를 갖고 있지 않았다는 것입니다. 변경 계약서를 쓰면서 원래 계약서를 중개인에게 돌려주었다고 설명했지만, 남아 있는 계약서에는 최종 잔금일만 적혀 있었습니다. 문자메시지로도 변경 전 잔금일이 언제였는지 특정되지 않았습니다. 실무에서는 잔금일을 조정할 때 당초 계약서 원본을 보관하고, 변경 합의서에 변경 전 잔금일과 변경 사유, 요청 주체를 명확히 기재해 두는 것이 안전합니다. 다만 이 사건이 보여주듯, 증빙이 완벽했더라도 그 사실만으로 양도시기가 달라지지는 않는다는 점도 함께 기억해야 합니다.

포인트 ③. 내가 통제할 수 있는 날짜부터 조정하십시오.
매수인의 잔금일은 내가 통제하기 어렵지만, 내가 사는 집의 잔금일은 상대적으로 조정 여지가 있습니다. 심판원과 과세관청이 공통적으로 지적한 부분도 이것입니다. 종전주택 잔금일을 미룰 수밖에 없었다면, 그에 맞춰 신규주택 취득일을 늦추는 협의를 시도했어야 한다는 것입니다. 특히 매도인이 가족이나 가족이 지배하는 법인처럼 협의가 가능한 상대였다면 이 지적은 더 뼈아프게 돌아옵니다.

포인트 ④. 세입자가 살고 있는 집은 전입요건을 구조적으로 충족할 수 없습니다.
임차인을 승계해 취득한 주택은 임대차 기간이 끝나기 전까지 내가 들어가 살 수 없습니다. 전입요건이 적용되던 시기에 조정대상지역 주택을 이런 방식으로 취득했다면, 종전주택 비과세는 사실상 포기하는 구조가 됩니다. 갈아타기용 신규주택을 고를 때는 가격과 입지뿐 아니라 언제부터 내가 들어가 살 수 있는 집인지가 세금에 직결됩니다.

포인트 ⑤. 비과세라고 스스로 판단해 신고를 생략하면 가산세가 붙습니다.
이 사건에서 청구인은 양도소득세를 신고하지 않았고, 그 결과 본세에 더해 무신고가산세와 납부지연가산세까지 부담하게 되었습니다. 게다가 고지는 양도 후 상당한 기간이 지난 뒤에 이루어졌으므로 납부지연가산세가 쌓이는 기간도 길어졌습니다. 요건 충족 여부가 조금이라도 애매하다면, 양도 전에 검토를 받고, 판단이 갈리는 사안은 신고를 하고 다투는 편이 위험이 작습니다.

전입요건이 있던 기간을 정확히 기억해야 합니다

일시적 2주택 특례는 부동산 대책이 나올 때마다 요건이 바뀌어 온 대표적인 조항입니다. 이 사건에 적용된 규정은 조정대상지역 종전주택을 보유한 상태에서 조정대상지역 신규주택을 취득한 경우에 신규주택 취득일부터 1년 내 세대 전원 이사·전입신고와 1년 내 종전주택 양도를 함께 요구하던 버전입니다. 이 요건은 2022년 5월 31일 개정으로 삭제되었고, 지금은 신규주택 취득일부터 정해진 기간 내에 종전주택을 양도하면 되는 구조로 정리되었습니다.

중요한 것은 부칙입니다. 개정 규정은 2022년 5월 10일 이후 종전주택을 양도한 경우부터 적용되고, 그 이전 양도분은 종전 규정을 그대로 따릅니다. 세법에서 지금은 그런 규정이 없다는 말은 아무 힘이 없습니다. 언제나 양도 당시 시행되던 규정이 기준입니다. 과거의 양도에 대해 지금 세무조사나 고지를 받았다면, 오늘의 법령이 아니라 그때의 법령과 부칙을 먼저 확인해야 합니다.

또 하나, 청구인이 강조한 자녀 취학 사정은 세법상 아예 고려되지 않는 것은 아닙니다. 소득세법 시행령은 1년 이상 거주한 주택을 취학이나 근무상 형편 등 부득이한 사유로 양도하는 경우 보유·거주기간 제한을 받지 않도록 하고, 시행령 제155조 제1항 제2호 가목의 전입요건에도 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못한 경우를 포함하는 예외가 있습니다. 다만 시행규칙이 정한 부득이한 사유는 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우를 전제로 하고, 초등학교와 중학교 취학은 제외되는 등 범위가 좁습니다. 같은 특별시 안에서의 이사, 그리고 세대 전원이 아예 신규주택에 들어가지 않은 경우에는 적용되기 어렵습니다.

자주 묻는 질문

Q. 매수인이 잔금을 미뤄서 두 집이 겹쳤는데도 구제가 안 되나요?

이 사건에서 심판원은 매수인 사정에 따른 잔금 수령 지연이 세법상 양도시기를 달리 판단할 사유가 되지 않는다고 봤습니다. 일시적 2주택 특례 자체가 불가피한 중첩을 전제로 만들어진 제도이므로, 사정이 있었다는 이유만으로 특례 요건까지 면제되지는 않는다는 취지입니다. 다만 개별 사안에서 증빙의 내용과 사실관계에 따라 판단이 달라질 여지는 있으므로, 상황이 발생한 시점에 바로 검토를 받는 것이 좋습니다.

Q. 두 집이 겹친 기간이 두 달도 안 되는데 그것도 문제가 되나요?

겹친 기간의 길이가 짧다는 사정만으로 요건 미충족이 치유되지는 않습니다. 판단 기준은 양도일 현재 몇 채를 보유했는가와 특례가 요구하는 요건을 갖췄는가입니다. 하루가 겹쳐도 2주택이고, 그때부터는 특례 요건을 따져야 합니다.

Q. 지금은 전입요건이 없어졌으니 과거 양도분도 다시 다툴 수 있지 않나요?

개정 규정의 부칙이 적용 시점을 명확히 정하고 있습니다. 2022년 5월 10일 전에 종전주택을 양도한 경우에는 종전 규정을 적용하도록 되어 있어, 개정 취지를 이유로 소급 적용을 주장하기는 어렵습니다. 심판원도 같은 이유로 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다.

Q. 세법을 몰라서 신고를 못 했다면 가산세를 깎아 주지 않나요?

법령을 알지 못했거나 착오가 있었다는 사정은 일반적으로 가산세 감면의 정당한 사유로 인정되지 않습니다. 세법 해석에 관한 질의·회신에 따라 신고했는데 이후 다른 처분이 이루어진 경우처럼, 국세기본법과 시행령이 정한 제한적인 사유에 해당해야 감면 여지가 생깁니다.

Q. 신규주택에 세입자가 있어 못 들어가는 것도 부득이한 사유로 볼 수 없나요?

이 사건에서는 인정되지 않았습니다. 임차인 승계 자체가 취득 당시 이미 알고 있던 사정이었고, 이후 임대차계약을 갱신하기까지 했습니다. 시행규칙이 정한 부득이한 사유는 취학, 근무상 형편, 질병 요양, 학교폭력으로 인한 전학 등으로 한정되어 있고 그마저도 다른 시·군으로의 주거 이전을 전제로 합니다.

자가진단 체크리스트

• 종전주택과 신규주택의 잔금청산일을 각각 정확히 확인했습니까? 계약일이 아니라 잔금일 기준입니다.
• 종전주택을 양도한 시점이 2022년 5월 10일 이전입니까? 그렇다면 전입요건이 살아 있던 규정이 적용될 수 있습니다.
• 종전주택과 신규주택이 양도·취득 당시 모두 조정대상지역에 있었습니까?
• 신규주택 취득 이후 세대 전원이 그 집으로 이사하고 전입신고를 마쳤습니까? 주민등록등본으로 확인하십시오.
• 신규주택에 임차인이 거주 중이었습니까? 그렇다면 전입이 불가능했던 구조인지 점검이 필요합니다.
• 잔금일을 변경했다면 당초 계약서와 변경 합의서를 모두 보관하고 있습니까?
• 신규주택 매도인이 가족 또는 가족이 지배하는 법인입니까? 취득 시기 조정 가능성이 문제될 수 있습니다.
• 비과세라고 판단해 양도소득세 신고를 생략하지는 않았습니까?
• 고지서를 받았다면 고지일로부터 90일 안에 불복 절차를 검토하고 있습니까?

정리

이 사건은 사실 매우 평범한 갈아타기였습니다. 15년을 실제로 살던 집을 자녀 통학 문제로 팔았고, 새로 살 집은 비싸서 전세를 얻었으며, 남은 돈으로 다른 집을 하나 샀습니다. 그런데 그 순서가 두 달이 안 되는 차이로 뒤집히면서, 원래라면 문제되지 않았을 비과세가 통째로 사라졌습니다. 세법에서 순서와 날짜가 얼마나 무거운지 보여주는 사례입니다.

결정문을 읽으며 특히 눈여겨볼 대목은 두 가지입니다. 하나는 당초 계약서를 보관하지 않아 변경 전 잔금일을 증명하지 못했다는 점이고, 다른 하나는 신규주택이 애초에 들어가 살 수 없는 상태였다는 점입니다. 앞의 것은 서류 관리의 문제이고, 뒤의 것은 의사결정 구조의 문제입니다. 두 가지 모두 양도 이후에는 되돌릴 수 없습니다.

집을 갈아타는 계획이 있거나, 과거 양도에 대해 예상치 못한 고지서를 받으셨다면 잔금일과 주민등록 이력, 계약서 원본부터 챙겨 두시기 바랍니다. 요건 판단이 갈리는 지점은 대부분 양도 전에는 조정할 수 있고 양도 후에는 조정할 수 없는 항목들입니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속·증여·양도 사안을 다루고 있으며, 나승리 대표세무사가 직접 상담합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2025서4129 (2026.4.29. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조, 소득세법 시행령 제154조·제155조, 소득세법 시행규칙 제71조·제72조, 국세기본법 제48조 및 같은 법 시행령 제28조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)