땅을 서로 바꿨을 뿐인데 양도세가 늘었습니다, 교환계약서에 가액을 안 적으면 생기는 일 (조심 2026부1584)

부동산을 팔지 않고 서로 바꾸기만 했는데 양도소득세 고지서가 날아오는 경우가 있습니다. 그것도 신고할 때 계산했던 세금보다 훨씬 큰 금액으로 다시 계산되어 나옵니다. 실제로 현금이 오간 것도 아니고, 땅을 팔아 목돈을 손에 쥔 것도 아닌데 세금만 늘어나는 상황이라 납득하기 어려운 것이 당연합니다.

조세심판원은 2026년 8월 5일 이런 유형의 사건에 대해 결정을 내렸습니다(조심 2026부1584). 공동으로 소유하던 토지를 서로의 지분끼리 교환한 납세자가, 양도가액은 기준시가로 계산하면서 취득가액만은 실제로 지출한 금액으로 신고했다가 과세관청으로부터 취득가액도 기준시가로 바꿔야 한다는 경정 처분을 받은 사안입니다. 이 글에서는 결정 내용과 함께, 부동산 교환을 앞두고 있거나 이미 교환을 마친 분들이 실무에서 무엇을 준비해야 하는지를 정리했습니다.

1. 부동산 교환이 매매보다 까다로운 이유

세법은 부동산을 파는 것과 바꾸는 것을 똑같이 양도로 봅니다. 소유권이 유상으로 다른 사람에게 넘어갔다는 점에서 차이가 없기 때문입니다. 그래서 교환을 해도 양도소득세 신고 의무가 그대로 생깁니다. 여기까지는 많은 분들이 알고 계십니다.

문제는 그다음입니다. 매매는 계약서에 매매대금이 숫자로 찍혀 있습니다. 통장에도 입금 기록이 남습니다. 그래서 실지거래가액이 무엇인지 다툴 여지가 거의 없습니다. 반면 교환은 다릅니다. 서로 물건을 주고받았을 뿐 가격이라는 숫자가 계약서에 등장하지 않는 경우가 흔합니다. 특히 오랫동안 함께 땅을 소유해 온 사이라면 감정평가를 받거나 차액을 현금으로 정산하는 절차 없이 그냥 지분을 맞바꾸는 일이 많습니다.

세법 입장에서 보면 이 상태는 가격을 확인할 수 없는 거래입니다. 확인할 수 없으면 추계로 넘어가고, 추계로 넘어가는 순간 납세자가 준비해 둔 실제 지출 증빙이 힘을 잃을 수 있습니다. 이 사건은 바로 그 지점에서 결론이 갈렸습니다.

2. 사건은 이렇게 흘러갔습니다

시간 순서로 보면 이해가 빠릅니다.

2014년. 청구인은 다른 한 사람과 함께 토지 7필지를 각각 2분의 1 지분씩 공동으로 취득했습니다. 편의상 1필지를 토지1, 나머지 6필지를 토지2라고 부르겠습니다. 이때 청구인은 실제로 매매대금을 지급했고, 부동산매매계약서와 법무사 영수증, 취득세 납부확인서가 남았습니다.

2020년 3월 11일. 두 사람은 공유 상태를 정리하기로 합니다. 청구인이 가진 토지2의 2분의 1 지분을 상대에게 넘기고, 상대가 가진 토지1의 2분의 1 지분을 청구인이 받는 교환계약을 체결했습니다. 다음 날 소유권이전등기까지 마쳤습니다. 공유물 정리 목적의 지분 교환으로, 흔히 볼 수 있는 형태입니다.

2020년 5월 26일. 청구인은 양도소득세를 신고했습니다. 계산 방식이 이 사건의 핵심입니다. 청구인은 양도가액은 기준시가로 잡았습니다. 정확히는 교환으로 받은 토지1 지분의 교환 당시 기준시가를 양도가액으로 삼았습니다. 그러면서 취득가액은 2014년에 실제로 지출한 금액을 그대로 넣었습니다. 이렇게 계산한 양도차익에 대해 세금을 납부했습니다.

2026년 1월 5일. 과세관청은 이 신고를 받아들이지 않았습니다. 이 거래는 시가감정도 정산도 없는 단순교환이므로 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보았습니다. 그래서 양도가액을 청구인이 넘긴 토지2 지분의 기준시가로 다시 잡고, 소득세법 제100조 제1항을 근거로 취득가액도 취득 당시 기준시가로 바꿔 양도차익을 재계산했습니다. 2020년 귀속 양도소득세가 경정 고지되었습니다.

2026년 2월 20일. 청구인은 불복해 심판청구를 제기했습니다. 그리고 2026년 8월 5일, 조세심판원은 청구를 기각했습니다.

3. 청구인은 이렇게 주장했습니다

청구인의 논리는 상식적으로 설득력이 있습니다. 세 갈래로 정리됩니다.

첫째, 실제 취득가액은 명백히 확인된다. 소득세법은 양도가액과 취득가액 모두 실지거래가액에 따르는 것을 원칙으로 합니다. 청구인은 2014년 토지2를 취득하면서 실제로 대금을 지급했고, 이는 매매계약서와 법무사 영수증, 취득세 납부확인서 같은 객관적 증빙으로 입증된다고 했습니다. 확인되는 숫자가 눈앞에 있는데 이를 배제할 이유가 없다는 것입니다.

둘째, 법원의 판단이 있다. 청구인은 서울고등법원 2016.3.24. 선고 2015누40028 판결과 대법원 2016.7.22. 선고 2016두36949 판결을 근거로 들었습니다. 교환 자산의 시가를 확인할 수 없어 양도가액을 기준시가로 산정하는 경우라도, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있다면 이를 취득가액으로 보아 양도차익을 계산해야 한다는 취지입니다.

셋째, 가공의 양도차익이 생긴다. 이 부분이 청구인이 가장 강조한 대목입니다. 2014년에 지출한 실제 금액보다 그 당시 기준시가가 현저히 낮았기 때문에, 취득가액을 기준시가로 바꾸면 실제로는 발생하지도 않은 차익이 장부상으로만 생겨납니다. 소득이 있는 곳에 과세한다는 대원칙과 실질과세 원칙에 어긋난다는 주장이었습니다.

4. 과세관청의 반박은 이랬습니다

과세관청의 반박은 조문 해석에 집중되어 있습니다.

실지양도가액 자체를 확인할 수 없다. 청구인이 제출한 교환계약서에는 매매가액이나 평가가액이 일절 기재되어 있지 않았습니다. 객관적인 감정 절차도 없었고, 당사자끼리 임의로 지분을 맞바꾼 것에 불과하다는 것입니다. 이런 거래는 실지거래가액을 확인할 수 없는 단순교환에 해당한다고 보았습니다.

동일기준 적용은 강행규정이다. 소득세법 제100조 제1항은 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다고 규정합니다. 과세관청은 이 조문에 예외를 두는 문구가 없다는 점을 지적했습니다. 양도가액이 기준시가로 결정된 이상 취득가액도 자동으로 기준시가를 따라야 한다는 것입니다.

청구인이 든 근거는 이 사안에 맞지 않는다. 과세관청은 청구인이 제시한 예규가 실지거래가액을 확인할 수 없을 때 추계로 결정한다는 원칙을 설명한 것일 뿐, 양도가액은 기준시가로 하면서 취득가액만 실지거래가액으로 쓸 수 있다는 의미가 아니라고 반박했습니다.

5. 조세심판원의 판단과 그 법리

조세심판원은 과세관청의 손을 들어 심판청구를 기각했습니다. 판단 구조는 두 단계로 나뉩니다.

1단계, 양도가액을 기준시가로 볼 수 있는가. 심판원은 세 가지를 확인했습니다. 교환계약서에 교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않았다는 점, 객관적인 시가감정을 거치지 않았다는 점, 그리고 금전 정산 절차도 없었다는 점입니다. 이 세 가지가 모두 없으므로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보았습니다.

여기서 그치지 않고 추계 순서도 짚었습니다. 소득세법 제114조 제7항과 같은 법 시행령 제176조의2 제3항은 추계할 때 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가 순서로 적용하도록 정하고 있습니다. 심판원은 이 사건에서 양도가액으로 쓸 수 있는 매매사례가액이나 감정가액을 알 수 있는 자료가 없다는 점을 확인했습니다. 순서대로 내려가 보니 남은 것이 기준시가뿐이었다는 것입니다.

2단계, 그렇다면 취득가액은 어떻게 되는가. 양도가액이 기준시가로 확정된 이상 소득세법 제100조 제1항의 동일기준 원칙이 그대로 작동합니다. 심판원은 취득가액도 기준시가를 적용해 양도소득세를 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단했습니다.

청구인이 제시한 법원 판결에 대해서는 결정문에 별도의 상세한 설시가 나타나지 않습니다. 다만 결론적으로는 양도가액 단계에서 이미 실지거래가액을 확인할 수 없다고 정리되었기 때문에, 취득가액만 따로 실지거래가액을 쓰자는 주장이 받아들여지지 않은 구조로 읽힙니다. 이 지점이 실무적으로 매우 중요합니다. 다툼의 승부처가 취득가액이 아니라 양도가액에 있었다는 뜻이기 때문입니다.

6. 항목별 판단 결과 정리

쟁점별로 어떤 결론이 났는지 한눈에 정리하면 다음과 같습니다.

표를 보면 다툼의 무게중심이 어디였는지 드러납니다. 청구인은 취득가액 쪽에서 싸웠지만, 심판원은 양도가액 쪽에서 이미 결론을 냈습니다. 취득가액은 그 결론에 자동으로 따라온 결과였습니다.

7. 실무 포인트, 결론을 가른 것은 무엇이었나

이 사건에서 가장 아쉬운 대목은 청구인이 증빙을 제대로 보관하고 있었다는 점입니다. 2014년 매매계약서도, 법무사 영수증도, 취득세 납부확인서도 있었습니다. 그런데도 그 증빙이 계산에 반영되지 못했습니다. 서류를 잘 챙기는 것만으로는 충분하지 않았다는 뜻입니다. 실무에서 짚어야 할 지점을 정리하면 다음과 같습니다.

포인트 ①. 교환계약서에 반드시 가액을 적으십시오. 심판원이 첫 번째로 지적한 것이 교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않다는 점이었습니다. 여러 필지를 한꺼번에 교환한다면 필지별로 금액을 나누어 적는 것이 안전합니다. 총액만 적어두면 개별 자산의 양도가액을 확인할 수 없다는 지적이 다시 나올 수 있습니다.

포인트 ②. 감정평가는 비용이 아니라 방어입니다. 심판원은 객관적인 시가감정을 거치지 않았다는 점을 명시적으로 언급했습니다. 감정평가 수수료는 부담스럽지만, 그 비용을 아끼려다 취득가액 전체가 기준시가로 끌려 내려가면 손실이 훨씬 커질 수 있습니다. 특히 취득 시점의 실제 ��출액이 당시 기준시가보다 뚜렷하게 높은 경우라면 감정평가를 진지하게 검토할 이유가 있습니다.

포인트 ③. 차액 정산 절차를 남기십시오. 두 자산의 가치가 정확히 같은 경우는 드뭅니다. 차액을 계산하고 그 금액을 실제로 주고받은 뒤 계좌 이체 기록을 남기면, 당사자가 자산의 가치를 얼마로 평가했는지가 객관적으로 드러납니다. 심판원이 정산절차의 부재를 근거로 든 이유가 여기에 있습니다.

포인트 ④. 양도가액과 취득가액을 따로 계산할 수 있다고 전제하지 마십시오. 이 사건 청구인은 양도가액은 기준시가로, 취득가액은 실지거래가액으로 신고했습니다. 소득세법 제100조 제1항의 동일기준 원칙 때문에 이 조합은 유지되기 어려웠습니다. 신고 단계에서 둘 중 하나가 추계로 가면 나머지도 함께 간다는 점을 전제로 세액을 시뮬레이션해 보아야 합니다.

포인트 ⑤. 다툰다면 취득가액이 아니라 양도가액을 다투십시오. 이 결정의 구조를 뒤집어 보면 방향이 보입니다. 양도가액을 실지거래가액이나 매매사례가액, 감정가액으로 인정받을 수 있다면 취득가액도 자연스럽게 실지거래가액으로 따라옵니다. 추계 순서가 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액, 기준시가로 정해져 있으므로, 기준시가로 내려가기 전 단계에서 쓸 수 있는 자료가 있는지를 먼저 확인하는 것이 실익이 큽니다.

포인트 ⑥. 교환 이후에는 되돌리기 어렵습니다. 이 사건은 2020년 교환, 2020년 신고, 2026년 경정이라는 순서로 진행되었습니다. 신고 후 상당한 시간이 지난 뒤에 경정이 이루어졌습니다. 교환 시점에 만들어 두지 않은 자료를 나중에 소급해서 만들기는 어렵습니다. 준비는 계약서에 도장을 찍기 전에 끝나 있어야 합니다.

8. 자주 묻는 질문

Q. 돈이 오가지 않았는데도 양도소득세를 내야 하나요?

세법은 유상으로 소유권이 이전되면 양도로 봅니다. 교환은 현금 대신 다른 자산을 대가로 받는 것이므로 양도에 해당합니다. 현금이 손에 들어오지 않았다는 사정만으로 신고 의무가 사라지지는 않습니다. 다만 개별 사안의 구체적인 사실관계에 따라 판단이 달라질 수 있으므로 확인이 필요합니다.

Q. 교환계약서에 금액을 적으면 오히려 세금이 늘어나지 않나요?

금액을 적으면 그 금액이 양도가액이 되므로 세액이 커질 수 있다는 걱정이 있습니다. 다만 이 사건처럼 가액을 적지 않으면 양도가액과 취득가액이 함께 기준시가로 이동하면서 결과적으로 세부담이 더 커지는 경우도 있습니다. 어느 쪽이 유리한지는 취득 당시 실제 지출액과 기준시가의 차이에 따라 달라지므로, 계약 전에 두 가지 방식을 모두 계산해 보는 것이 좋습니다.

Q. 취득할 때 낸 돈을 증빙으로 다 갖고 있으면 인정받을 수 있나요?

이 사건에서 청구인은 매매계약서와 법무사 영수증, 취득세 납부확인서를 보유하고 있었습니다. 그럼에도 양도가액이 기준시가로 결정되면서 동일기준 원칙에 따라 취득가액도 기준시가가 적용되었습니다. 취득 증빙 보관은 기본이지만, 그것만으로 실지거래가액 적용이 되는 것은 아닙니다.

Q. 공유물을 나누기 위한 교환도 마찬가지인가요?

이 사건도 공동 소유하던 토지의 지분을 서로 교환해 공유 관계를 정리한 사안이었습니다. 목적이 공유물 정리라는 사정이 별도로 고려되지는 않았습니다. 다만 공유물 분할의 법적 형식과 요건에 따라 취급이 달라질 수 있는 영역이므로, 교환으로 진행할지 다른 방식으로 진행할지를 사전에 검토할 필요가 있습니다.

Q. 이미 신고를 마쳤는데 지금이라도 할 수 있는 일이 있나요?

경정 고지를 받았다면 불복 절차의 기한이 정해져 있으므로 우선 기한부터 확인해야 합니다. 그리고 이 결정의 구조를 참고하면, 취득가액을 인정받으려 다투기보다 양도가액 단계에서 기준시가 이전에 적용할 자료가 있는지를 찾는 방향이 검토 대상이 됩니다. 매매사례가액이나 감정가액에 해당할 만한 자료가 남아 있는지가 관건입니다.

9. 교환을 앞두고 있다면 확인할 항목

아래 항목 중 아니오가 많다면 계약 전에 점검이 필요합니다.

• 교환계약서에 각 자산의 가액을 숫자로 기재했는가
• 여러 필지를 교환한다면 필지별로 금액을 구분해 적었는가
• 교환 대상 자산에 대해 감정평가를 받았거나 받을 계획이 있는가
• 두 자산의 가치 차액을 계산하고 실제로 정산했는가
• 정산 금액의 이체 기록이 계좌에 남아 있는가
• 취득 당시의 매매계약서와 부대비용 영수증을 보관하고 있는가
• 취득 당시 실제 지출액과 그 시점의 기준시가를 비교해 보았는가
• 양도가액과 취득가액을 모두 기준시가로 계산했을 때의 세액을 확인해 보았는가
• 교환 시점 전후 3개월 이내에 유사 자산의 매매사례가 있는지 알아보았는가

10. 정리

조심 2026부1584 결정이 남긴 메시지는 분명합니다. 부동산 교환에서 세금의 크기를 결정하는 것은 취득 당시 증빙을 얼마나 잘 보관했느냐가 아니라, 교환 시점에 가액을 확정하는 절차를 밟았느냐였습니다. 계약서의 가액 기재, 시가감정, 차액 정산이라는 세 가지가 모두 없으면 실지거래가액을 확인할 수 없는 거래로 정리되고, 그 순간 소득세법 제100조 제1항의 동일기준 원칙이 작동해 취득가액까지 기준시가로 끌려갑니다.

교환을 계획하고 있다면 계약서에 서명하기 전이 준비할 수 있는 마지막 시점입니다. 이미 교환을 마쳤다면 남아 있는 자료 중에 매매사례가액이나 감정가액으로 인정받을 만한 것이 있는지 확인하는 것이 우선입니다. 어느 경우든 취득 당시 실제 지출액과 기준시가의 차이가 클수록 검토의 실익이 커집니다.

위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세와 증여세, 양도소득세 문제를 다루고 있습니다. 부동산 교환이나 공유물 정리를 앞두고 계시다면 계약 전에 세액을 비교해 보시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026부1584 (2026.08.05. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제96조, 제100조 제1항, 제114조 제7항, 소득세법 시행령 제176조의2

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)