기준시가로 상속세 신고했는데 세무서가 감정평가로 다시 과세했습니다, 농지도 예외가 아닙니다 (조심 2026인1440)

부모님이 남긴 땅을 상속받고 상속세를 신고할 때 대부분의 상속인은 개별공시지가나 국세청 건물 기준시가로 재산가액을 계산합니다. 매매 사례가 없는 시골 땅이나 농지라면 더욱 그렇습니다. 세무서에서 감정평가를 받으라는 안내를 받은 적도 없고, 주변에서도 그렇게 신고했다고 하니 자연스러운 선택처럼 보입니다.

문제는 그다음에 벌어집니다. 신고를 마치고 몇 달이 지난 뒤 상속세 조사 통지가 오고, 조사가 끝날 무렵 세무서가 직접 감정평가법인에 의뢰한 감정평가 결과를 시가로 삼아 상속세를 다시 계산한 경정 고지서가 도착합니다. 신고할 때 쓴 기준시가와 감정가액의 차이만큼 과세표준이 늘어나고, 여기에 가산세까지 붙습니다. 상속인 입장에서는 내가 신고한 방법이 법이 정한 방법이었는데 왜 나중에 뒤집히는가라는 의문이 들 수밖에 없습니다.

이번에 살펴볼 조세심판원 결정은 바로 그 상황을 다룹니다. 특히 이 사건의 상속재산은 상가나 빌딩이 아니라 실제로 농사를 짓고 있던 농지였습니다. 국세청이 2020년에 감정평가사업을 시작할 때 발표한 보도자료에는 비주거용 부동산과 나대지가 대상이라고 되어 있었는데, 농지에까지 감정평가를 확대한 것이 정당한지가 정면으로 다투어졌습니다. 결과는 기각이었고, 그 이유를 따라가 보면 실무에서 무엇을 미리 해야 하는지가 선명하게 드러납니다.

사건 경과, 상속개시부터 경정 고지까지

시간 순서로 정리하면 다음과 같습니다. 청구인의 부친은 2024년 6월 17일에 사망했고, 청구인은 피상속인이 소유하던 토지 2,995제곱미터와 다른 필지의 토지 269제곱미터 및 그 지상 건물 135제곱미터를 상속받았습니다. 청구인은 2024년 12월 24일에 상속세를 신고하면서 이 부동산을 「상속세 및 증여세법」 제60조 제3항과 제61조에 따른 보충적 평가방법, 즉 개별공시지가와 건물 기준시가로 평가해 과세표준에 포함했습니다. 신고기한 안에 정상적으로 신고하고 납부까지 마친 사안입니다.

처분청은 2025년 4월 21일부터 7월 29일까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시했습니다. 조사 기간 중인 2025년 7월 18일과 7월 21일자로 쟁점 부동산에 대한 감정평가서가 작성되었고, 가격산정기준일은 상속개시일인 2024년 6월 17일로 맞추었습니다. 처분청은 이 감정가액의 평균액을 시가로 볼 수 있는지 인천지방국세청 평가심의위원회에 심의를 신청했고, 위원회는 2025년 8월 27일 상속개시일부터 감정가액평가서 작성일까지 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 시가로 인정할 수 있다고 회신했습니다.

이 사건 상속세의 법정결정기한은 2025년 9월 30일이었습니다. 신고기한인 2024년 12월 31일부터 9개월이 되는 날입니다. 처분청은 그 기한 안에 감정평가와 평가심의위원회 심의를 모두 끝낸 뒤 2025년 11월 26일에 상속세를 경정하고 고지했습니다. 청구인은 이에 불복해 2026년 2월 9일 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2026년 6월 29일 기각 결정을 내렸습니다.

청구인 주장, 1년 넘게 지난 감정은 상속개시일 시가가 아니다

청구인의 주장은 크게 두 갈래였습니다. 첫째는 감정가액 자체가 시가가 될 수 없다는 실체적 주장이고, 둘째는 과세 절차가 조세법률주의와 소급과세금지 원칙에 어긋난다는 절차적 주장입니다.

실체 쪽에서 청구인이 붙잡은 조항은 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서입니다. 평가기간이 지난 뒤부터 법정결정기한까지 사이에 감정 등이 있는 경우에도, 평가기준일부터 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일까지의 기간 중에 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없는 경우에 한하여 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있다는 규정입니다. 청구인은 여기서 말하는 가격변동의 특별한 사정이 형질변경이나 분할, 합병, 용도변경처럼 이례적인 사유에만 한정되지 않고, 상속재산 가격에 유의미한 변동을 일으킨 제반 사정을 모두 포함한다고 해석해야 한다고 주장했습니다. 조항 자체가 시간의 경과를 고려요소로 명시하고 있으니 일반적인 가격변동도 특별한 사정에 포함된다는 논리입니다. 나아가 특별한 사정이 없었다는 점은 과세관청이 증명해야 하고, 평가심의위원회 심의를 거쳤다는 사실만으로 그 증명이 되었다고 볼 수는 없다고 했습니다.

구체적인 근거로는 세 가지를 들었습니다. 가격산정기준일과 감정평가서 작성일 사이에 약 1년 1개월이 지나면서 공시지가가 상승했다는 점, 그 사이인 2024년 8월 5일에 쟁점 부동산에서 163미터 떨어진 곳에 예정되어 있던 공공임대 주택건설사업 계획이 전면 취소되었다는 점, 그리고 인근이 신도시 개발 지역으로 그린벨트 해제가 빈번해 지가 산정 환경 변화가 심한 곳이라는 점입니다. 여기에 더해 쟁점 부동산은 피상속인 때부터 계속 농사를 짓고 있는 농지로서 「농지법」상 전용 제한과 거래 상대방 제한이 있어 불특정 다수인 사이에 자유로운 거래가 이루어지기 어렵고, 따라서 상증세법이 말하는 시가가 존재하기 어렵다고 했습니다. 청구인은 농지대장과 농작물 매출 내역서까지 제출했습니다.

절차 쪽 주장은 국세청 사무처리규정의 개정 시점을 겨냥했습니다. 2025년 1월 1일 개정 전 규정은 감정평가사업 대상을 비주거용 부동산과 나대지로 한정했고, 2025년 1월 1일 개정본에서도 지상에 건축물이 없는 토지 중 일정 요건을 갖춘 농지 등은 제외한다는 단서가 있었습니다. 그 단서가 삭제된 것은 조사가 이미 진행 중이던 2025년 6월 11일입니다. 청구인은 조사 착수일인 2025년 4월 21일까지도 농지는 대상이 아니었는데 개정된 규정을 소급 적용해 감정평가를 진행한 것이므로 조세법률주의, 소급과세금지, 신의성실 원칙에 위반된다고 주장했습니다. 2020년 국세청 보도자료를 신뢰해 기준시가로 신고했다는 신뢰보호 주장도 함께 냈습니다.

과세관청 반박, 기한 안에 했고 심의도 받았다

처분청의 답변은 절차의 적법성에 집중되어 있습니다. 첫째, 이 감정평가는 평가기간이 지난 뒤부터 법정결정기한, 즉 상속세 과세표준 신고기한부터 9개월이 되는 날까지의 기간 안에 실시되었습니다. 둘째, 가격산정기준일을 상속개시일로 맞추었으므로 상속개시일 현재의 가액을 평가한 것입니다. 셋째, 감정평가 결과를 그대로 쓴 것이 아니라 인천지방국세청 평가심의위원회에 심의를 신청해 시가로 볼 수 있다는 회신을 받았습니다. 시행령 제49조 제1항 단서가 요구하는 요건을 모두 충족했다는 것입니다.

대상 재산의 종류에 관해서는 이렇게 반박했습니다. 상속세와 증여세는 정부결정세목이어서 납세자의 신고만으로 세액이 확정되지 않고 과세관청의 시가 결정 과정이 반드시 따릅니다. 신고 이후에도 감정평가를 할 수 있는 근거 규정은 2019년부터 시행되고 있었고, 국세청은 2024년까지는 우선순위를 두어 비주거용 부동산을 중심으로 감정평가사업을 실시했으며 2025년 이후에는 주택을 포함한 모든 부동산으로 대상을 확대했습니다. 즉 근거 규정은 원래부터 있었고 집행 범위를 넓힌 것에 불과하다는 논리입니다.

심판원 판단, 1.04퍼센트라는 숫자가 결론을 갈랐다

심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 핵심은 청구인이 주장한 가격변동의 특별한 사정이 사실로 증명되지 않았다는 점입니다. 심리 결과 쟁점 부동산의 공시지가는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일 사이에 약 1.04퍼센트 상승한 것으로 확인되었습니다. 심판원은 이 정도 상승률로는 유의미한 가격변동이 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 시간이 1년 1개월 흘렀다는 사실 자체가 아니라, 그 기간에 실제로 가격이 얼마나 움직였는지가 판단 기준이 된 것입니다.

인근 공공임대 주택건설사업 계획이 취소된 사실은 청구인이 제출한 자료로 확인되었습니다. 그린벨트 해제가 빈번한 지역이라는 사정도 부정되지 않았습니다. 그러나 심판원은 그런 사정들이 쟁점 부동산의 가격에 직접적인 영향을 미쳤다고 단정하기 어렵다고 보았습니다. 여기가 실무상 가장 중요한 지점입니다. 주변에서 어떤 일이 일어났다는 사실을 보여주는 것과, 그 일 때문에 내 땅값이 얼마나 어떻게 변했는지를 보여주는 것은 완전히 다른 차원의 입증입니다. 청구인은 앞의 것은 했지만 뒤의 것은 하지 못했습니다.

농지의 특수성 주장과 신뢰보호 주장도 받아들여지지 않았습니다. 심판원은 2020년 1월 31일 국세청 보도자료가 비주거용 부동산과 지상에 건축물이 없는 토지를 감정평가 대상으로 한다고 밝힌 것에 불과하고, 상증세법에는 감정평가 대상 부동산의 종류를 제한하는 규정이 없다고 했습니다. 따라서 농지는 감정평가 대상에서 제외한다는 과세관청의 공적인 의사표시가 있었다고 보기 어렵다는 것입니다. 이 부분에는 선례로 조심 2022서2720(2022.8.22.)이 인용되었습니다. 이 결정문에는 대법원 판례가 직접 인용되어 있지 않고, 조세심판원 선례 두 건이 근거로 제시되었습니다.

사무처리규정은 훈령이다, 개정 시점을 다투기 어려운 이유

절차 위반 주장에 대한 심판원의 판단은 한 문장으로 요약됩니다. 사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리 준칙에 불과하고 대외적 구속력이 있는 법규명령으로 볼 수 없다는 것입니다. 그래서 상속개시 후에 개정된 사무처리규정에 따라 감정을 실시하고 그 가액으로 상속세를 부과했다고 해서 소급과세금지 원칙 위반으로 보기 어렵다고 했습니다. 이 부분에는 조심 2026서696(2026.5.13.)이 선례로 인용되었습니다.

납세자 입장에서는 납득하기 어려운 논리로 느껴질 수 있습니다. 그러나 구조를 보면 이해가 됩니다. 과세의 근거는 사무처리규정이 아니라 상증세법 제60조 제2항과 같은 법 시행령 제49조 제1항 단서입니다. 사무처리규정은 그 법령을 국세청이 어떤 순서와 범위로 집행할지 정한 내부 기준일 뿐입니다. 법령 자체는 2019년부터 이미 법정결정기한 내 감정가액을 시가로 인정할 수 있도록 되어 있었으므로, 내부 기준이 바뀌어 집행 대상이 넓어진 것은 법률의 소급적용이 아니라는 판단입니다. 뒤집어 말하면 국세청 보도자료나 사무처리규정에 내 재산 유형이 빠져 있다는 이유로 안심하는 것은 세법상 보호받는 신뢰가 아니라는 뜻입니다.

항목별 판단 결과

이 사건에서 다투어진 쟁점과 각각에 대한 심판원의 판단을 정리하면 다음과 같습니다.

실무 포인트, 이 사건에서 정말 배워야 할 것

첫째, 상속세 신고서를 냈다고 해서 평가가 끝난 것이 아닙니다. 상속세와 증여세는 정부결정세목이므로 신고만으로 확정되지 않습니다. 이 사건에서 결정적으로 작동한 시간표는 법정결정기한, 즉 상속세 신고기한부터 9개월입니다. 증여세는 신고기한부터 6개월입니다. 그 기간 안에 과세관청이 감정평가를 의뢰하고 평가심의위원회 심의를 받으면 감정가액이 시가가 됩니다. 상속인은 신고를 마친 뒤에도 이 기간이 지나기 전까지는 평가 리스크가 살아 있다는 전제로 자금과 일정을 관리해야 합니다.

둘째, 가격변동의 특별한 사정을 다투려면 숫자로 싸워야 합니다. 이 사건의 청구인은 법리 구성을 상당히 정교하게 했습니다. 그런데도 진 이유는 실제 데이터가 자기 주장을 뒷받침하지 못했기 때문입니다. 공시지가가 1.04퍼센트 올랐다는 사실은 오히려 그 기간에 가격이 거의 움직이지 않았다는 증거로 쓰였습니다. 만약 상속개시일 이후 그 지역 지가가 뚜렷하게 올랐다면 결론이 달라질 여지가 있었을 것입니다. 다투려면 상속개시일 시점과 감정평가서 작성일 시점의 인근 실거래 사례, 동일 용도지역 지가변동률, 별도로 받은 상속개시일 기준 소급 감정 등 구체적 자료를 갖추어야 합니다.

셋째, 주변 개발계획의 변동은 그 자체로 무기가 되지 않습니다. 임대주택사업이 취소된 사실은 인정되었지만 내 땅의 가격에 어떤 방향으로 얼마나 영향을 주었는지가 연결되지 않았습니다. 개발계획 취소가 오히려 가격을 떨어뜨렸다면 감정가액이 상속개시일보다 낮게 나왔어야 하는데, 감정가액이 기준시가보다 높게 나온 상황과의 정합성도 설명해야 합니다. 논리의 방향성까지 맞추어야 설득력이 생깁니다.

넷째, 재산의 종류로 안심하지 마십시오. 국세청의 감정평가사업 대상은 꼬마빌딩과 나대지에서 시작해 주택, 지상에 건축물이 없는 토지, 부동산에 관한 권리까지 계속 넓어졌습니다. 이 사건 사무처리규정 개정 이력이 그 흐름을 그대로 보여줍니다. 그리고 심판원은 그 사무처리규정 자체가 훈령이어서 납세자를 구속하지도, 보호하지도 않는다고 정리했습니다. 결국 내 재산이 어떤 유형이든 기준시가와 시가의 차이가 크면 감정평가 대상이 될 수 있다고 보는 것이 안전합니다.

다섯째, 신고 단계에서 직접 감정평가를 검토하는 것이 실무의 핵심입니다. 상증세법은 납세자도 둘 이상의 공신력 있는 감정기관 감정가액의 평균액을 시가로 쓸 수 있게 하고 있습니다. 일정 금액 이하의 부동산은 하나의 감정기관으로도 가능합니다. 납세자가 미리 적정한 감정가액으로 신고하면 이후 과세관청이 다시 감정해 뒤집을 여지가 줄어들고, 무엇보다 가산세 위험을 피할 수 있습니다. 다만 감정가액을 쓰면 상속세 부담이 늘어나는 경우도 있으므로 아래 사항을 함께 계산해 보아야 합니다.

• 배우자상속공제와 일괄공제 등을 적용한 뒤 실제 납부세액이 얼마나 늘어나는지
• 감정가액이 향후 양도 시 취득가액이 되어 양도소득세를 얼마나 줄여 주는지
• 공제 범위 안에서 상속세 부담 없이 취득가액만 높일 수 있는 구간인지
• 감정수수료와 절감되는 세금의 비교
• 상속 후 단기간에 매각할 계획인지, 장기 보유할 계획인지

여섯째, 세무조사 통지를 받은 시점의 대응이 중요합니다. 조사 과정에서 과세관청이 감정평가를 의뢰하면 상속인에게도 그 사실이 드러나게 됩니다. 그때 아무 대응을 하지 않고 결과를 기다리면 이 사건처럼 평가심의위원회 심의까지 마친 가액을 뒤에서 흔들어야 하는 구도가 됩니다. 반대로 그 단계에서 상속개시일을 기준일로 한 자체 감정, 인근 실거래 자료, 농지 등 이용 제한에 관한 자료를 정리해 의견서로 제출하면 평가심의위원회 심의 단계에서부터 반영될 여지가 생깁니다. 사후에 다투는 것보다 심의 전에 자료를 넣는 것이 훨씬 효율적입니다.

자주 묻는 질문

Q. 기준시가로 신고하는 것은 위법한 방법인가요?

아닙니다. 시가를 산정하기 어려운 경우 상증세법 제61조 이하의 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 시가로 봅니다. 문제는 이 방법이 시가를 확인할 수 없을 때 쓰는 후순위 방법이라는 데 있습니다. 과세관청이 법정결정기한 안에 감정을 통해 시가를 확인하면 보충적 평가액은 자리를 내주게 됩니다. 신고 자체가 잘못이라는 뜻은 아니지만, 신고로 상황이 종결되지 않는다는 점은 반드시 알고 있어야 합니다.

Q. 세무서가 상속세 신고 후에 감정평가를 하는 것에 기한이 있나요?

있습니다. 상속세는 과세표준 신고기한부터 9개월, 증여세는 신고기한부터 6개월인 법정결정기한이 기준입니다. 이 기간 안에 이루어진 감정 등은 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정될 수 있습니다. 이 사건도 결정기한 이내에 감정과 심의가 완료되었고, 그 점이 적법성 판단의 출발점이 되었습니다.

Q. 감정평가서 작성일이 상속개시일보다 1년 넘게 늦어도 괜찮은가요?

기간이 길다는 사실만으로 감정가액이 배제되지는 않았습니다. 시행령은 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일을 기준으로 판단하되 그 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없어야 한다고 정하고 있습니다. 이 사건에서는 가격산정기준일을 상속개시일로 맞추었고 공시지가 변동이 미미했기 때문에 기간 경과가 결함으로 인정되지 않았습니다. 반대로 그 기간에 지가가 뚜렷하게 움직인 사안이라면 다툴 여지가 있습니다.

Q. 실제 농사를 짓는 농지는 감정평가 대상에서 빠지지 않나요?

이 사건에서는 빠지지 않았습니다. 심판원은 상증세법에 감정평가 대상 부동산의 종류를 제한하는 규정이 없다고 보았고, 국세청 보도자료도 대상 재산을 안내한 것에 불과해 농지를 제외한다는 공적 의사표시로 볼 수 없다고 판단했습니다. 농지대장이나 경작 사실 자료는 이용 현황을 보여주는 자료로서 의미가 있지만, 그것만으로 시가 평가를 배제하는 근거가 되기는 어렵습니다.

Q. 이미 경정 고지를 받았다면 무엇을 확인해야 하나요?

먼저 감정평가서의 가격산정기준일이 상속개시일로 되어 있는지, 감정 실시와 평가심의위원회 심의가 법정결정기한 안에 이루어졌는지 확인합니다. 다음으로 감정기관 수가 법령 요건을 충족하는지, 상속개시일과 감정평가서 작성일 사이에 실제로 유의미한 가격변동이 있었는지를 공시지가 변동률과 인근 실거래 자료로 검증합니다. 감정평가서 내용 자체에 개별 요인 반영 오류가 있는지도 살펴볼 대상입니다. 불복 기한이 정해져 있으므로 검토는 고지서를 받은 직후 시작하는 것이 좋습니다.

자가진단 체크리스트

• 상속개시일부터 신고기한까지 6개월, 신고기한부터 9개월인 법정결정기한을 달력에 적어 두었는가
• 상속재산 중 기준시가와 실제 시세의 차이가 큰 부동산이 있는지 확인했는가
• 토지, 농지, 단독주택, 상가 등 매매 사례가 드문 재산이 포함되어 있는가
• 신고 단계에서 감정평가를 받는 경우와 받지 않는 경우의 세액을 비교해 보았는가
• 감정가액이 향후 양도소득세 취득가액에 미치는 효과까지 계산해 보았는가
• 공제 범위 안에서 상속세 부담 없이 취득가액을 높일 수 있는 구간인지 확인했는가
• 상속세 조사 통지를 받은 뒤 감정평가 진행 여부를 확인하고 의견서를 준비했는가
• 인근 실거래 사례, 지가변동률, 이용 제한 자료를 시간 순으로 정리해 두었는가
• 국세청 보도자료나 사무처리규정에 내 재산 유형이 없다는 이유로 안심하고 있지는 않은가

정리

이 결정은 상속 부동산 평가 실무의 현재 위치를 잘 보여줍니다. 감정평가사업의 대상은 계속 넓어졌고, 심판원은 그 확대 근거인 사무처리규정이 훈령이므로 개정 시점을 문제 삼기 어렵다고 정리했습니다. 국세청 보도자료를 신뢰했다는 주장도 공적 의사표시로 인정되지 않았습니다. 결국 재산 유형이나 발표 자료를 근거로 내 재산은 감정평가 대상이 아니다라고 판단하는 것은 위험합니다.

동시에 이 사건은 다툴 수 있는 여지가 어디에 있는지도 알려 줍니다. 시행령 제49조 제1항 단서의 가격변동의 특별한 사정은 여전히 살아 있는 요건입니다. 다만 그것은 법리 주장만으로 채워지지 않고, 상속개시일과 감정평가서 작성일 사이의 가격 움직임을 구체적인 수치와 자료로 보여주어야 인정될 수 있습니다. 이 사건에서 1.04퍼센트라는 숫자가 결론을 갈랐다는 사실이 그 점을 말해 줍니다.

가장 현실적인 대응은 사후 불복이 아니라 신고 단계의 설계입니다. 상속재산 목록을 받아 든 시점에 기준시가와 시세의 격차, 공제 여력, 향후 매각 계획을 한 번에 놓고 감정평가 여부를 결정하면 선택지가 훨씬 넓어집니다. 이미 조사가 시작되었다면 평가심의위원회 심의 전에 자료를 제출하는 것이 사후에 뒤집는 것보다 유리합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026인1440 (2026.6.29. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제60조, 같은 법 시행령 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)