기준시가로 증여세 신고했는데 감정가액으로 다시 계산됐습니다 (조심 2026중2122)

기준시가로 신고했는데, 몇 달 뒤 감정가액으로 다시 계산됐습니다

상속이나 증여로 부동산을 넘길 때 많은 분들이 가장 먼저 확인하는 것이 개별공시지가와 국세청 건물 기준시가입니다. 신고서에 적을 숫자가 명확하고, 세무대리인에게 물어봐도 "시가로 볼 만한 매매사례가 없으면 기준시가로 평가한다"는 답을 듣기 때문입니다. 실제로 「상속세 및 증여세법」 제60조 제3항은 시가를 산정하기 어려운 경우 제61조부터 제65조까지의 방법, 즉 보충적 평가방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 정하고 있습니다. 신고와 납부까지 마치고 나면 이제 끝났다고 생각하는 것이 보통입니다.

그런데 실무에서는 신고를 마친 뒤 몇 달이 지나 세무조사 통지가 오고, 그 통지문에 "해당 부동산에 대하여 감정평가를 실시할 예정"이라는 안내가 붙는 경우가 있습니다. 그리고 그 감정 결과에 따라 재산가액이 올라가고, 이미 낸 세금 외에 추가 고지서가 날아옵니다. 납세자 입장에서는 "신고할 때는 없던 감정가액을 나중에 만들어 놓고 그걸로 세금을 매기는 것이 말이 되느냐"는 생각이 들 수밖에 없습니다. 이번에 소개할 조세심판원 조심 2026중2122 결정은 바로 그 문제를 정면으로 다룬 사건입니다. 결론부터 말하면 심판원은 과세관청의 손을 들어 주었고, 그 근거로 최근 나온 대법원 판단을 인용했습니다.

사건은 이렇게 흘러갔습니다

청구인은 2025년 3월 4일 부친으로부터 비상장법인의 발행주식 8만 주를 증여받았습니다. 이 주식에는 시장에서 형성된 거래가격이 없었으므로, 청구인은 상증세법 제60조 제3항에 따른 보충적 평가방법으로 주식 가치를 계산했습니다. 이때 순자산가액을 구하면서 회사가 보유한 두 건의 상가 부동산, 즉 경기 안산 소재 상가와 경기 화성 소재 상가를 개별공시지가와 국세청 고시 건물 기준시가 등 보충적 평가액으로 반영했습니다. 그렇게 계산한 1주당 가액과 합계액을 기준으로 2025년 3월 4일 증여분 증여세를 신고하고 납부했습니다.

증여재산의 평가기간은 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지입니다. 이 사건에서는 2025년 6월 4일에 평가기간이 끝났습니다. 증여세 과세표준 신고기한은 2025년 6월 30일이었고, 상증세법 시행령 제78조 제1항에 따른 증여세 법정결정기한은 신고기한부터 6개월인 2025년 12월 31일이었습니다. 즉 평가기간은 지났지만 세무서가 세액을 결정해야 하는 기한은 아직 남아 있는 구간이 존재했던 것입니다.

그 사이 조사청은 청구인에 대한 증여세 세무조사를 실시한다는 사전통지를 하면서, 회사가 보유한 두 상가에 대해 감정평가를 실시하겠다고 안내했습니다. 이에 청구인은 2025년 10월 14일 두 곳의 감정평가법인에 스스로 의뢰해 받은 감정평가서를 재산매매 등 가액의 시가인정 심의신청서와 함께 조사청에 제출했습니다. 조사청은 이 두 감정가액의 평균액을 평가심의위원회에 시가인정 심의로 올렸고, 위원회는 2025년 11월 20일 증여일인 2025년 3월 4일부터 감정평가서 작성일인 2025년 10월 14일까지 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정된다고 보아 해당 감정가액을 평가기준일 현재의 시가로 볼 수 있다고 결정했습니다.

그 결과 회사 순자산가액 계산 시 부동산 평가차액이 다시 계산되었고, 주식 1주당 가액과 합계액이 신고 당시보다 올라갔습니다. 처분청은 2026년 1월 16일 청구인에게 증여세를 결정·고지했고, 청구인은 이에 불복해 2026년 3월 27일 심판청구를 제기했습니다.

청구인의 주장, 시행령이 법률을 무력화한다

청구인의 주장은 개별 감정가액이 잘못됐다는 것이 아니었습니다. 감정평가의 내용이나 방법에 오류가 있다는 주장은 하지 않았습니다. 대신 근거 규정 자체가 무효라는 정면 승부를 걸었습니다. 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서 중 "평가기간이 경과한 후부터 제78조 제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우" 부분이 헌법과 법률에 위반된다는 것입니다.

구체적인 논거는 두 가지였습니다. 첫째, 이미 신고와 납부를 마친 납세자에게 신고기한부터 6개월 안에 실시되는 감정평가 결과로 세액을 다시 정할 수 있게 하는 것은 법적안정성과 예측가능성을 심각하게 해친다는 것입니다. 신고 시점에는 존재하지도 않던 가액으로 나중에 과세하는 셈이니 납세자가 미리 대비할 방법이 없다는 취지입니다. 둘째, 평가기간이 지난 뒤 법정결정기한 내에 만들어진 감정가액을 시가로 인정해 버리면, 시가를 산정하기 어려운 경우에 보충적 평가방법을 쓰도록 한 상증세법 제60조 제3항이 사실상 적용될 여지가 사라진다는 것입니다. 하위법령인 대통령령이 상위 법률을 무력화한다는 주장입니다. 청구인은 이 규정을 조세법률주의와 법률우위의 원칙에 위배되어 무효라고 본 하급심 판결(서울행정법원 2025년 12월 15일 선고)도 근거로 제시했습니다.

과세관청의 반박, 2019년에 이미 예고된 규정입니다

처분청의 논리는 시가주의 원칙에서 출발합니다. 상증세법 제60조 제1항은 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액을 평가기준일 현재의 시가로 한다고 명시하고 있고, 제2항은 그 시가에 수용가격·공매가격·감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다고 규정하면서 구체적인 범위를 시행령에 위임했습니다. 따라서 시행령 제49조 제1항이 시가로 인정되는 기간과 절차를 구체화한 것은 위임의 한계를 벗어난 것이 아니라는 것입니다.

처분청은 또한 판례를 들었습니다. 대법원은 상속개시일이나 증여일 이후에 이루어진 이른바 소급감정이라도 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라면 시가에 해당한다고 보아 왔고, 납세자가 아니라 과세관청이 의뢰해 얻은 감정가액도 시가로 인정해 왔다는 점을 지적했습니다.

예측가능성 침해 주장에 대해서도 반박이 이어졌습니다. 증여세는 납세자의 신고로 세액이 확정되는 세목이 아니라 과세관청의 결정으로 납세의무가 확정되는 정부결정세목이라는 점, 문제된 시행령 규정은 2019년 2월 12일 개정으로 신설되어 이 사건 증여일보다 훨씬 전부터 시행되고 있었다는 점, 인근 부동산 시세를 감안하면 보충적 평가액이 감정가액에 미치지 못하리라는 사정은 납세자도 충분히 예상할 수 있었다는 점을 들었습니다. 그리고 감정가액으로 평가함에 따라 늘어난 세액은 실질과세 원칙에 따라 본래 부담해야 할 세금을 내는 것에 불과하다고 정리했습니다.

심판원의 판단과 대법원 2025두35499

심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 뼈대는 네 가지입니다.

첫째, 규정의 유효성 문제입니다. 심판원은 대법원이 2026년 4월 2일 선고 2025두35499 판결에서, 문제된 시행령 단서 규정은 객관적 교환가치에 부합하도록 상속 또는 증여재산의 가액을 산정하기 위해 평가기간에 해당하지 않는 기간 중의 매매 등 가액이라도 시가로 볼 수 있는 요건을 별도로 구체화·명확화한 것이므로, 모법인 상증세법 제60조 제1항과 제2항의 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라고 볼 수 없다고 판시한 점을 그대로 인용했습니다. 청구인이 근거로 든 하급심 판결은 상급심 판단으로 정리된 셈입니다.

둘째, 가격산정기준일에 관한 설명입니다. 심판원은 과세관청이 법정결정기한 내에 과세를 목적으로 감정을 의뢰하는 경우 그 가격산정기준일을 감정 시점이 아니라 상속개시일 또는 증여일로 정할 수 있고, 그렇게 하는 것이 평가기준일 현재의 시가로 재산가액을 산정하도록 한 상증세법 제60조 제1항 본문에 오히려 부합한다고 보았습니다. 나중에 감정했다고 해서 나중 시점의 가격으로 과세하는 것이 아니라, 증여일 시점의 가치를 사후에 확인하는 작업이라는 관점입니다.

셋째, 조세법률주의 위반 여부입니다. 법률과 그 위임을 받은 시행령을 통해 평가기간을 제한하는 등 상속·증여재산의 평가방법이 명확하게 정의되어 있으므로, 이 사건 처분의 근거가 된 시행령 제49조 제1항이 위임범위를 벗어나 조세법률주의에 위배되었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 국세청이 발간한 2019년 개정세법 해설에서도 이 규정의 취지가 평가기간이 지난 경우에도 시가로 인정될 수 있는 절차를 마련해 시가에 근접한 평가를 도모하기 위한 것이라고 밝히고 있고, 적용시기도 2019년 2월 12일 이후 상속·증여받은 분부터로 명확했다는 점이 함께 언급되었습니다.

넷째, 재량권 일탈·남용 여부입니다. 조사청은 법정결정기한 내에 두 개 감정기관의 감정가액 평균액을 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정받은 뒤 이를 적용했을 뿐이고, 두 감정기관의 감정평가방법에 위법사유가 보이지 않으며 청구인 스스로도 감정평가 내용에 오류가 있다고 주장하지 않았다는 점이 지적되었습니다. 이 마지막 문장은 실무적으로 매우 중요한 대목입니다.

항목별 판단 결과

이 사건에서 결론을 가른 지점

같은 논리로 다투는 사건이 계속 나오고 있지만, 이 사건에서 청구인이 불리해진 지점은 비교적 뚜렷합니다.

지점 ①. 감정 시점이 법정결정기한 안이었습니다. 감정평가서 작성일은 2025년 10월 14일로, 평가기간 종료일인 2025년 6월 4일 이후이면서 법정결정기한인 2025년 12월 31일 이전이었습니다. 시행령 단서가 정확히 겨냥하는 구간에 들어 있었던 것입니다. 만약 감정이 법정결정기한을 넘겨 이루어졌다면 논의의 출발점 자체가 달라졌을 것입니다.

지점 ②. 평가심의위원회의 심의를 거쳤습니다. 이 규정은 감정가액을 무조건 시가로 인정하는 것이 아니라, 평가기준일부터 가격산정기준일과 감정평가서 작성일까지의 기간 동안 시간의 경과와 주위환경 변화 등을 고려해 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정될 것을 요구합니다. 이 사건에서는 증여일부터 약 7개월이 지난 시점의 감정이었는데도 위원회가 특별한 가격변동 사정이 없다고 판단했고, 청구인은 그 판단 자체를 사실관계로 다투지 않았습니다.

지점 ③. 감정을 청구인이 직접 의뢰했습니다. 조사청이 감정평가를 실시하겠다고 안내하자 청구인이 먼저 두 곳의 감정평가법인에 의뢰해 감정서를 받아 시가인정 심의신청서와 함께 제출했습니다. 실무에서 흔히 쓰이는 대응이지만, 그 결과 감정가액의 신뢰성을 다투기가 매우 어려워졌습니다. 심판원도 청구인이 감정 내용에 오류가 있다고 주장하지 않았다는 점을 명시적으로 판단 근거에 넣었습니다.

실무 포인트, 지금 무엇을 준비해야 하는가

첫째, 신고를 마쳤다고 평가가 끝난 것이 아닙니다. 증여세는 정부결정세목이므로 세무서장이 법정결정기한 내에 과세표준과 세액을 결정합니다. 증여의 경우 법정결정기한은 신고기한부터 6개월입니다. 즉 신고서를 내고 세금을 납부한 뒤에도 최소 6개월은 평가가 확정되지 않은 상태라고 보는 것이 안전합니다. 상속세는 기한이 다르게 정해져 있으므로 개별 확인이 필요합니다. 이 기간 동안에는 자금 여유를 남겨 두는 것이 좋습니다.

둘째, 기준시가와 시세의 격차가 큰 자산일수록 사후 감정 위험이 큽니다. 아파트처럼 유사매매사례가 풍부한 자산은 애초에 시가가 잡히지만, 상가·근린생활시설·단독건물·나대지처럼 거래사례가 드문 자산은 기준시가로 신고되기 쉽고 그만큼 시세와의 격차가 큽니다. 이번 사건도 회사가 보유한 상가 두 건이 문제가 되었습니다. 비상장주식처럼 순자산가액을 통해 부동산 가치가 간접적으로 반영되는 자산도 예외가 아닙니다. 회사 자산으로 부동산을 들고 있으면 그 부동산에 대한 감정이 곧 주식 가치의 상향으로 이어집니다.

셋째, 신고 전에 감정을 받을지 여부를 미리 계산해야 합니다. 사전에 두 곳 이상의 감정기관에서 감정을 받아 그 가액으로 신고하면 세부담은 늘어나지만, 취득가액이 올라가 나중에 양도할 때 양도차익이 줄어드는 효과가 생길 수 있습니다. 반대로 기준시가로 신고했다가 사후 감정으로 뒤집히면 세부담 증가와 함께 납부 시점만 늦어지는 결과가 될 수 있습니다. 어느 쪽이 유리한지는 보유 예정기간, 처분 계획, 다른 증여재산과의 합산, 세율 구간에 따라 완전히 달라지므로 반드시 시뮬레이션을 거쳐야 합니다.

넷째, 과세관청이 감정을 예고했을 때의 대응 방향을 신중히 정해야 합니다. 이 사건처럼 납세자가 먼저 감정을 받아 제출하는 방식은 감정평가법인 선택권을 확보한다는 장점이 있지만, 제출한 순간 그 가액이 과세 근거가 되고 이후 감정 내용을 다투기가 사실상 어려워집니다. 반대로 대응하지 않으면 과세관청이 의뢰한 감정가액이 적용됩니다. 어느 쪽을 택하든 감정평가 목적, 가격산정기준일, 원형 그대로의 평가 여부 등 시행령이 정한 요건 충족 여부를 사전에 점검해 두는 것이 좋습니다.

다섯째, 다툴 지점을 규정의 위헌 여부에만 두지 마십시오. 이번 결정으로 시행령 단서 규정의 유효성 문제는 대법원 판단으로 정리된 흐름입니다. 앞으로 실질적으로 다툴 여지가 남는 부분은 규정 자체가 아니라 요건 충족 여부입니다. 감정 시점이 법정결정기한 안에 있는지, 평가기준일과 가격산정기준일 사이에 가격변동의 특별한 사정이 정말 없었는지, 감정평가가 평가기준일 현재의 원형대로 이루어졌는지, 조건부 평가나 납세 목적에 맞지 않는 감정은 아닌지 같은 구체적 사실관계가 관건입니다. 예를 들어 그 기간 중에 임대차 구조가 크게 바뀌었거나, 용도지역 변경·개발계획 발표 등으로 가격에 실질적 변동이 있었다면 그 사정을 자료로 제시해야 합니다.

여섯째, 증여 시기 자체를 설계 대상으로 보십시오. 평가기간과 법정결정기한은 증여일을 기준으로 자동으로 계산됩니다. 여러 건을 나눠 증여할 계획이라면 각 건마다 평가가 확정되는 시점과 사후 감정 위험을 함께 놓고 순서를 짜는 것이 좋습니다. 특히 부동산을 보유한 법인의 주식을 넘길 계획이라면, 그 회사가 가진 부동산의 기준시가와 예상 감정가 격차를 미리 파악해 두는 작업이 선행되어야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 증여일로부터 3개월이 지난 뒤에 받은 감정도 시가가 되나요?

이 사건에서 심판원은 그렇게 볼 수 있다고 판단했습니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기간이 지난 후부터 법정결정기한까지의 기간 중 감정 등이 있는 경우에도, 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 납세자나 과세관청이 신청하면 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있도록 하고 있습니다. 다만 무조건 인정되는 것이 아니라 심의 절차와 요건 충족이 전제입니다.

Q. 이 규정이 무효라고 본 하급심 판결도 있다고 들었습니다.

청구인도 서울행정법원의 판결을 근거로 들었습니다. 그러나 심판원은 대법원 2026년 4월 2일 선고 2025두35499 판결이 이 규정을 모법의 위임범위를 벗어난 무효 규정으로 볼 수 없다고 판시한 점을 들어 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다. 현재로서는 규정의 효력 자체를 다투는 접근만으로 결과를 바꾸기는 쉽지 않다고 보는 것이 현실적입니다.

Q. 신고를 성실하게 했는데 나중에 세금이 늘면 가산세도 붙나요?

이 결정문에는 가산세 항목의 세부 내용이 공개되어 있지 않아 단정할 수 없습니다. 다만 상속·증여재산의 평가가액 차이에 대해서는 신고 관련 가산세 적용에 별도의 취급이 있는 반면, 납부가 늦어진 부분에 대한 부담은 별개로 발생할 수 있습니다. 구체적인 적용 여부는 개별 고지 내역을 직접 확인해 판단해야 합니다.

Q. 과세관청이 감정하겠다고 하면 제가 먼저 감정을 받는 것이 나은가요?

사안에 따라 다릅니다. 감정기관을 직접 고를 수 있다는 이점은 있지만, 본인이 제출한 감정가액은 이후 그 내용을 다투기가 어렵습니다. 이 사건에서도 청구인이 감정 내용에 오류가 있다고 주장하지 않은 점이 판단에 반영되었습니다. 제출 전에 예상 세액과 향후 양도 시 취득가액 효과까지 함께 검토해 결정하는 것이 좋습니다.

Q. 아파트가 아니라 상가나 토지를 물려받았습니다. 위험이 큰가요?

유사매매사례를 찾기 어려운 자산일수록 기준시가로 신고되는 경우가 많고, 그만큼 실제 시세와의 격차가 커서 사후 감정으로 재산가액이 크게 조정될 여지가 있습니다. 반대로 시세와 기준시가 격차가 크지 않다면 조정 폭도 작습니다. 신고 전에 개략적인 시세 확인부터 해 보시는 것을 권합니다.

자가진단 체크리스트

• 상속·증여받은 재산에 상가, 근린생활시설, 단독건물, 나대지 등 거래사례가 드문 부동산이 포함되어 있다.
• 신고할 때 개별공시지가나 국세청 건물 기준시가 등 보충적 평가방법을 사용했다.
• 해당 부동산의 기준시가와 인근 실제 거래 시세 사이에 상당한 차이가 있다고 짐작된다.
• 증여세 신고기한부터 6개월이 아직 지나지 않았다.
• 세무조사 사전통지문이나 안내문에 감정평가 실시 예정이라는 문구가 들어 있다.
• 물려받은 자산이 부동산을 보유한 법인의 주식이어서 순자산가액에 부동산 가치가 반영된다.
• 평가기준일 이후 임대차 구조 변경, 용도 변경, 개발계획 발표 등 가격에 영향을 줄 사정이 있었다.
• 추가 고지가 나올 경우를 대비한 납부 자금 계획이 준비되어 있지 않다.

세 개 이상 해당한다면 평가 확정 전에 미리 점검해 두시는 것이 좋습니다. 고지서를 받은 뒤에 대응하는 것보다, 법정결정기한이 지나기 전에 자료를 정리해 두는 편이 선택지가 훨씬 많습니다.

정리

이번 결정은 "신고를 마쳤으니 끝났다"는 통념이 더 이상 통하지 않는다는 점을 분명히 보여 줍니다. 2019년 2월 12일 시행령 개정으로 평가기간이 지난 뒤 법정결정기한까지 이루어진 감정 등의 가액도 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있게 되었고, 그 규정의 효력을 다투는 시도는 대법원 판단으로 정리되는 흐름입니다. 심판원은 이 사건에서 감정 시점이 요건 구간 안에 있었고, 심의 절차를 거쳤으며, 감정 자체에 하자가 없었다는 점을 들어 처분에 잘못이 없다고 보았습니다.

납세자가 통제할 수 있는 부분은 규정 그 자체가 아니라 사전 설계와 요건 검토입니다. 증여나 상속을 실행하기 전에 대상 자산의 기준시가와 시세 격차를 확인하고, 감정을 받아 신고할지 여부를 세부담과 향후 양도까지 놓고 비교하며, 신고 후에도 법정결정기한까지는 평가가 확정되지 않았다는 전제로 자금과 자료를 준비해 두는 것이 현실적인 대응입니다. 이미 감정 통지를 받은 상황이라면 제출 여부와 방식, 다툴 수 있는 사실관계가 무엇인지 먼저 정리한 뒤 움직이시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026중2122 (2026.7.14. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제60조, 「같은 법 시행령」 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)