사찰로 등기된 집을 팔았는데, 주택 면적 8㎡ 차이로 1세대1주택 비과세가 뒤집혔습니다 (조심 2026서0031)

공부상 용도와 실제로 산 방식이 다를 때 생기는 일

건축물대장에는 근린생활시설, 사무실, 창고, 종교시설로 적혀 있는데 실제로는 그 안에서 수십 년을 살아온 집이 의외로 많습니다. 상가주택, 점포 겸용 건물, 공장 안 사택, 사찰이나 교회 부속 공간처럼 하나의 건물에 주거와 비주거가 섞여 있는 경우가 대표적입니다. 이런 건물을 팔 때 가장 먼저 부딪히는 질문이 "이 건물은 주택인가, 주택이 아닌가"입니다. 답이 갈리는 순간 1세대1주택 비과세를 받을 수 있는지, 장기보유특별공제를 어떤 비율로 적용하는지, 중과세 여부까지 전부 달라집니다.

소득세법은 주택을 허가 여부나 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물이라고 정의하고 있습니다(소득세법 제88조 제7호). 즉 등기부와 건축물대장이 무엇이라고 적혀 있든, 실제로 어떻게 썼는지가 기준입니다. 그런데 문제는 "실제로 어떻게 썼는지"를 누가 어떻게 증명하느냐입니다. 건물을 팔고 나면 매수인이 철거하거나 리모델링하는 일이 흔하고, 그러면 현장 확인 자체가 불가능해집니다. 남는 것은 도면, 사진, 주민등록, 공과금 자료뿐입니다.

오늘 정리하는 조심 2026서0031은 바로 그 상황을 다룹니다. 건물은 이미 철거되어 오피스텔이 올라간 뒤였고, 양도인은 사망했고, 남은 것은 몇 장의 도면과 내부 사진이었습니다. 그 자료를 두고 과세관청과 심판원이 같은 공간을 다르게 분류했고, 그 결과 건물 전체가 주택인지 절반만 주택인지가 뒤바뀌었습니다.

사건 경과, 시간 순서로 보기

양도인은 1977년부터 이 건물을 사업장으로 하여 사찰 사업자등록(법인으로 보는 단체)을 하고 사찰을 운영해 온 주지스님이었습니다. 주민등록표상 양도인은 1970년부터 2020년 6월까지, 그 며느리인 청구인과 청구인의 자녀는 1994년부터 2020년 6월까지 이 건물 소재지에 주소를 두고 있었습니다. 즉 한 건물에서 시아버지와 며느리, 손녀가 수십 년을 함께 살아온 구조였습니다.

2013년 10월, 건축물대장상 변동사항으로 기존에 사무실 및 주택으로 되어 있던 면적 전체가 종교시설로 용도변경되었습니다. 이 용도변경이 뒤에 결정적인 불리한 사실로 작동합니다. 청구인은 구청 안내에 따라 재산세 감면 등 행정 편의를 위한 절차였을 뿐이라고 주장했지만, 구청 확인 결과 1985년부터 2020년 사이에 종교시설로 재산세를 감면받은 사실은 없었습니다.

2020년 10월 28일, 양도인은 토지 440㎡와 건물 420.31㎡를 3명에게 양도했습니다. 매매계약서의 제목은 "종교시설 및 단독주택 매매계약서"였고 지목은 종교용지와 대지로 각각 기재되어 있었습니다. 그런데 양도인은 2020년 11월 9일, 이 거래를 기타건물의 양도로 보아 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 1세대1주택 비과세를 전혀 적용하지 않은 신고였습니다.

2021년 11월 18일 양도인이 사망했고, 상속인이자 며느리인 청구인이 2025년 3월 28일 처분청에 경정청구를 제기합니다. 쟁점부동산의 실질은 1세대1주택(고가주택)이므로 소득세법 시행령 제160조 제1항의 고가주택 양도차익 계산 규정을 적용해 세액을 다시 계산하고 환급해 달라는 내용이었습니다. 처분청은 사용 현황을 검토한 뒤 주택 부분에 대해서만 1세대1주택 비과세를 적용하여 2025년 5월 20일 일부만 경정, 일부는 거부했습니다. 청구인은 2025년 6월 16일 이의신청을 거쳐 2025년 11월 10일 심판청구를 제기했고, 2026년 7월 20일 심판원은 청구를 받아들였습니다.

이 사건의 승패를 가른 규칙, 연면적 비교

하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우, 소득세법 시행령 제154조 제3항은 원칙적으로 그 전부를 주택으로 본다고 규정합니다. 다만 단서에서 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 아니한다고 정하고 있습니다. 결과적으로 겸용건물은 다음 두 갈래로 나뉩니다.

• 주택 연면적 > 주택 외 연면적 : 건물 전부를 주택으로 보아 비과세 판정
• 주택 연면적 ≤ 주택 외 연면적 : 주택 부분만 주택, 나머지는 과세 대상

여기서 무서운 점은 이 규칙에 완충 구간이 없다는 것입니다. 주택 면적이 1㎡라도 더 크면 건물 전체가 주택 판정의 무대에 오르고, 1㎡라도 작거나 같으면 절반 이상이 곧바로 과세 대상이 됩니다. 이 사건에서 처분청이 계산한 비율은 종교시설 54.38%, 주택 45.62%였습니다. 심판원의 계산에서는 주택 전용면적 158.52㎡, 종교시설 전용면적 150.51㎡였습니다. 두 결론의 차이는 단 하나의 공간, 32.24㎡의 1층 집무실이었습니다.

청구인의 주장, 실질은 가족이 살던 집이다

청구인의 주장은 세 층으로 구성되어 있었습니다. 첫째, 소속 종단의 교리상 승려의 혼인과 가족생활이 허용되므로 이 건물은 단순한 종교시설이 아니라 가족의 생계가 이루어지는 주택의 기능을 겸하고 있다는 것입니다. 주택 안에 법당을 둔 것은 전통 가옥에 조상을 모시는 사당을 두는 것과 마찬가지로 주택의 본질적 기능을 상실시키는 요인이 아니라고 했습니다. 또한 양도인과 세대원은 평생 이 건물 외에 다른 주택을 소유한 사실이 없었습니다.

둘째, 설령 주택과 종교시설이 혼합된 겸용주택으로 본다 해도 1층은 구조와 기능상 주택에 필수적으로 부속된 공간이라고 주장했습니다. 1층 집무실과 거실에는 TV, 냉장고, 식탁, 소파 등 가정용 가재도구가 비치되어 상시 주거에 사용되었고, 주방은 가족 식사를 준비하는 유일한 공간이었으며, 2층에는 취사 시설이 전혀 없어 1층 주방과 거실을 이용하지 않으면 정상적인 주거생활이 불가능한 구조라는 것이 핵심 논거였습니다. 양도 당시에는 양도인의 고령으로 신도가 거의 없어 종교 활동이 미미했다는 사정도 함께 제시했습니다.

셋째, 집무실에 대해서는 양도인의 전용 침실이었다고 구체적으로 다퉜습니다. 붓글씨 액자, 목제 탁자, 옷걸이, 책장, TV, 이부자리가 놓인 사진을 제출하면서, 고령의 양도인이 공간을 분리해 1층에서 전적으로 생활했고 며느리와 손녀가 거주하는 2층에는 출입하지 않는 생활 관습이 있었다고 설명했습니다. 추상적으로 "살았다"고 말한 것이 아니라, 어느 방을 누가 어떻게 썼는지를 사람 단위로 특정한 것이 이 주장의 강점입니다.

처분청의 반박, 공용공간은 안분해야 한다

처분청의 논리는 짜임새가 있었습니다. 먼저 공부상 용도가 종교시설이고, 외관상 대형 불상과 연등이 배치되어 있었으며 사업자등록도 사찰로 되어 있어 대외적으로 종교시설로서의 정체성이 명확하다고 보았습니다. 재산세 감면 목적으로 용도변경했다는 청구인의 설명은 실제 감면 이력이 없다는 구청 확인으로 반박했습니다.

다음으로 1층의 거실, 취사장, 집무실을 주거 전용이 아니라 종교 활동과 주거가 혼용된 공용공간으로 분류했습니다. 근거는 구조였습니다. 1층 내부에는 화장실이나 욕실이 없어 2층 화장실을 쓰려면 1층 현관으로 나와 다시 2층 출입문을 거쳐야 하고, 1층 거실과 주방이 벽으로 분리되어 있어 통상적인 주택 구조로 보기 어렵다는 것입니다. 집무실에 관해서는 거실, 외부 화장실, 법당으로 통하는 3개의 출입문이 설치되어 있고 법당으로 통하는 내부 유일의 출입문이 이 공간에 연결되어 있어 법당의 일부로 기능할 여지가 있으며, 2018년 신문 기사 사진에서 외부 인사 방문 시 기념촬영 장소로 제공된 사실도 지적했습니다.

마지막으로 입증책임을 들었습니다. 비과세 요건의 입증책임은 납세자에게 있는데, 사진이나 진술만으로는 공용공간이 오로지 주거 목적으로만 사용되었음을 객관적으로 증명하지 못했으므로, 공용공간 면적을 주택과 주택 외 면적의 비율로 안분하여 주택 면적을 산출한 처분은 정당하다는 것입니다. 그 결과 처분청이 계산한 주택 면적은 126.28㎡, 종교시설 면적은 150.51㎡가 되어 단서 규정에 걸렸습니다.

심판원의 판단, 같은 사람의 침실을 다르게 볼 수 없다

심판원은 처분청의 안분 방식 자체를 부정하지 않았습니다. 대신 공용면적으로 분류된 공간 중 1층 집무실 하나의 성격을 다시 따졌습니다. 판단 근거는 세 가지였습니다.

첫째, 구청에 제출된 설계도면상 1층 집무실은 종교시설인 1층 법당 및 2층 법당과 구조적으로 분리되어 있어 보인다는 점입니다. 처분청은 법당으로 통하는 출입문이 있다는 사실에 무게를 두었지만, 심판원은 도면 전체의 구획을 보고 분리된 공간으로 읽었습니다. 둘째, 주민등록표상 양도인과 며느리, 손녀가 수십 년간 이 건물에 주소를 두었고, 제출된 내부 사진에 비추어 청구인과 자녀는 2층 승방을, 양도인은 1층 집무실을 각각 주거용으로 사용했다는 주장에 신빙성이 있다고 보았습니다. 셋째, 결정적인 논리로 양도인이 주로 거주한 공간이라는 측면에서 보면 1층 집무실을 이미 주거용 전용공간으로 분류된 2층 승방과 달리 취급하기는 어렵다고 판단했습니다.

처분청은 이미 2층 승방을 주거 전용공간으로 인정하고 있었습니다. 그렇다면 같은 건물에서 세대주가 실제로 잠자고 생활한 방을, 며느리와 손녀가 쓴 방과 다르게 볼 이유가 무엇이냐는 것이 심판원의 물음입니다. 이 일관성 논거가 이 사건의 핵심입니다. 집무실 32.24㎡가 주택으로 넘어오면서 주택 전용면적은 158.52㎡가 되어 종교시설 전용면적 150.51㎡를 넘어섰고, 시행령 제154조 제3항 단서가 적용되지 않아 건물 전부를 주택으로 보게 되었습니다. 그 결과 고가주택 양도차익 계산 규정(소득세법 시행령 제160조 제1항)을 적용해 과세표준과 세액을 다시 계산하도록 결정되었습니다. 참고로 이 결정문에는 인용된 대법원 판례 번호가 별도로 기재되어 있지 않고, 관련 법령으로 국세기본법 제14조 실질과세 원칙과 소득세법 제88조, 제89조, 제95조 및 시행령 제154조, 제156조, 제160조가 제시되어 있습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 진짜 배울 것

포인트 ①. 싸움은 총면적이 아니라 개별 공간 단위로 벌어진다. 많은 분들이 겸용건물 상담에서 "주택이 절반 넘습니다"라고 총평부터 말합니다. 그러나 실제 결정은 방 하나, 복도 하나, 주방 하나를 어느 칸에 넣을지로 결정됩니다. 이 사건도 32.24㎡ 한 칸이 넘어오면서 결론이 뒤집혔습니다. 따라서 준비 자료도 총면적표가 아니라 공간별 목록표여야 합니다. 층, 실 이름, 면적, 주 용도, 사용자, 증빙 종류를 한 줄씩 적어 표로 만들어 두면 다툼의 구조가 눈에 보입니다.

포인트 ②. 공용공간 안분은 과세관청이 즐겨 쓰는 방식이고, 반박은 "전용"을 입증하는 것이다. 처분청은 용도가 애매한 공간을 공용으로 묶어 주택과 비주택 면적 비율로 안분했습니다. 이렇게 되면 주택 면적이 절대 과반을 넘기 어려워지는 구조가 만들어집니다. 이 방식을 깨는 길은 두 가지입니다. 특정 공간이 비주거 공간과 구조적으로 분리되어 있음을 도면으로 보이는 것, 그리고 특정인이 그 공간을 전용으로 사용했음을 사람 단위로 특정하는 것입니다. 이 사건 청구인은 "1층은 시아버지, 2층은 며느리와 손녀"라는 사용자 구분을 제시했고 그것이 신빙성 판단의 핵심 재료가 되었습니다.

포인트 ③. 과세관청이 이미 인정한 항목을 지렛대로 써라. 심판원의 결정적 논거는 "2층 승방을 주거로 인정했다면 1층 집무실을 달리 볼 수 없다"였습니다. 상대가 인정한 기준을 그대로 다른 항목에 적용해 기준의 일관성을 요구하는 방식은 실무에서 매우 강력합니다. 새로운 증거가 부족한 사건일수록 이 논리 구조가 승부처가 됩니다.

포인트 ④. 건물이 없어지면 사진과 도면만 남는다. 이 사건에서는 양도 후 건물이 멸실되고 오피스텔이 신축되어 현장 확인이 불가능했습니다. 그래서 구청에 제출된 설계도면, 청구인이 제출한 내부 사진, 주민등록표, 신문 기사 사진까지 모두 증거로 다투어졌습니다. 겸용건물을 팔 계획이 있다면 양도 전에 층별 내부 사진을 방마다 촬영하고, 가재도구와 취사시설이 보이도록 남기고, 도면과 함께 날짜가 확인되는 형태로 보관하십시오. 팔고 나서 만드는 자료는 신빙성이 떨어집니다.

포인트 ⑤. 불리한 사실은 미리 설명 논리를 준비하라. 이 사건에서 청구인에게 불리한 사실은 세 개였습니다. 2013년에 사무실과 주택 면적 전체를 종교시설로 용도변경한 이력, 재산세 감면 이력이 없어 용도변경 이유 설명이 약해진 점, 그리고 본인이 처음에 기타건물 양도로 신고한 사실입니다. 처음 신고를 어떻게 했는지는 뒤에 반드시 따라옵니다. 신고 단계에서 판단이 어렵다면 최소한 판단 근거를 기록으로 남겨두는 편이 낫습니다.

포인트 ⑥. 신고를 잘못했다고 끝난 것이 아니다. 이 사건 양도는 2020년, 경정청구는 2025년에 제기되었고 심판청구까지 이어져 인용되었습니다. 과다 신고한 세액은 법정신고기한 다음 날부터 5년 이내에 경정청구로 다툴 수 있고, 양도인이 사망한 경우 상속인이 청구 주체가 될 수 있습니다. 다만 5년은 생각보다 빨리 지나가므로, 예전 양도가 마음에 걸린다면 기한부터 확인하는 것이 순서입니다.

주의할 점, 전부 주택이 곧 전액 비과세는 아니다

이 결정으로 청구인이 얻은 것은 "세금이 없어졌다"가 아닙니다. 건물 전부를 주택으로 보게 되어 고가주택에 대한 양도차익 등의 계산 규정을 적용받게 된 것입니다. 1세대1주택이라도 양도 당시 실지거래가액이 법령상 기준금액을 넘는 고가주택이면 비과세가 전면 배제되지 않고, 기준금액을 넘는 부분에 대응하는 양도차익만 과세됩니다. 즉 과세 대상 양도차익과 장기보유특별공제를 안분 계산하는 방식으로 바뀌는 것입니다.

따라서 겸용건물 상담에서는 두 단계를 나누어 봐야 합니다. 1단계는 주택 여부와 주택 면적 판정, 2단계는 고가주택 안분 계산과 보유·거주기간에 따른 공제율 적용입니다. 1단계에서 이겨도 2단계 계산에 따라 실제 환급액은 크게 달라집니다. 또한 부수토지 역시 건물이 정착된 면적에 지역별 배율을 곱한 범위 안에서만 주택부수토지로 인정되므로, 토지 면적이 넓은 단독형 건물은 이 부분도 함께 검토해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 건축물대장 용도가 근린생활시설인데 실제로는 살았습니다. 주택으로 인정될까요?

소득세법은 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용한 건물을 주택으로 봅니다. 다만 용도가 분명하지 않으면 공부상 용도에 따르도록 하고 있어, 결국 실제 주거 사용을 보여줄 자료의 두께가 결론을 좌우합니다. 주민등록, 내부 사진, 취사·위생시설 유무, 전기·수도 사용 형태, 우편물 수령 이력 등을 층별로 정리해 두는 것이 좋습니다.

Q. 겸용건물은 주택 면적이 크면 건물 전체가 비과세인가요?

주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면 시행령 규정에 따라 그 전부를 주택으로 보아 1세대1주택 요건을 판정합니다. 다만 그 다음에 보유·거주 요건, 고가주택 여부, 부수토지 한도 등을 차례로 따져야 하므로 전체가 곧바로 전액 비과세가 되는 것은 아닙니다.

Q. 계단, 현관, 주방처럼 함께 쓰는 공간은 어떻게 나누나요?

실무에서는 용도가 명확히 구분되지 않는 공간을 공용면적으로 보고 주택과 주택 외 면적 비율로 안분하는 방식이 자주 사용됩니다. 이 사건에서도 처분청이 그 방식을 썼고 심판원도 방식 자체를 부정하지는 않았습니다. 다만 특정 공간이 비주거 부분과 구조적으로 분리되어 있고 실제로 특정인이 주거로 전용했다면 공용이 아니라 주택으로 재분류될 수 있습니다.

Q. 건물이 이미 철거되었는데 실제 용도를 증명할 수 있나요?

이 사건이 바로 그런 경우였습니다. 건물이 멸실되어 현장 확인이 불가능했지만, 인허가 과정에서 관청에 제출된 설계도면과 양도 전 내부 사진, 수십 년간의 주민등록 이력이 판단 자료가 되었습니다. 다만 자료가 부족하면 불리하게 판단될 위험이 커지므로 양도 전 기록 확보가 훨씬 안전합니다.

Q. 이미 세금을 다 냈는데 지금이라도 되돌릴 수 있나요?

과다하게 신고·납부한 세액은 법정신고기한 다음 날부터 5년 이내에 경정청구를 할 수 있고, 거부되면 이의신청이나 심판청구로 다툴 수 있습니다. 양도인이 사망한 경우 상속인이 절차를 진행할 수 있습니다. 다만 기한 계산과 증빙 준비에 시간이 필요하므로 늦지 않게 검토해야 합니다.

자가진단 체크리스트

• 내 건물의 건축물대장·등기부상 용도와 실제 사용 용도가 다른가
• 층별, 실별로 면적과 주 용도, 사용자를 표로 정리할 수 있는가
• 주거로 쓴 공간에 취사시설, 위생시설, 침구, 가전이 있었음을 보여줄 사진이 있는가
• 주거 공간이 영업·종교·사무 공간과 구조적으로 분리되어 있음을 도면으로 설명할 수 있는가
• 용도가 애매한 공간을 공용으로 잡았을 때와 주택으로 잡았을 때 면적 비교 결과가 어떻게 달라지는가
• 과거에 용도변경, 사업자등록, 감면 신청 등 불리하게 해석될 이력이 있는가
• 양도가액이 고가주택 기준을 넘는지, 부수토지가 배율 범위 안인지 확인했는가
• 과거 신고분에 대해 경정청구 5년 기한이 남아 있는지 계산해 보았는가

정리

이 사건은 화려한 법리 다툼이 아니라 방 한 칸의 성격을 두고 벌인 사실관계 싸움이었습니다. 처분청은 공부상 용도와 대외적 정체성, 화장실 위치와 출입문 구조를 근거로 공용공간이라 보았고, 청구인은 도면과 사진, 수십 년의 주민등록, 가족의 생활 관습으로 주거 전용이라 주장했습니다. 심판원은 결국 "세대주가 실제로 거주한 방을 다른 가족의 방과 다르게 볼 수 없다"는 일관성 논리로 청구인의 손을 들어주었습니다.

겸용건물의 양도세는 계산 이전에 판정입니다. 그리고 판정은 서류가 남아 있는 만큼만 인정됩니다. 상가주택, 사무실 겸용 주택, 종교시설이나 창고가 붙은 건물을 보유하고 있다면 매도 계약을 하기 전에 층별 사용 현황을 정리하고 사진과 도면을 확보해 두시기 바랍니다. 이미 신고를 마친 과거 양도라면 경정청구 기한이 남아 있는지부터 확인하는 것이 첫걸음입니다. 개별 사안은 구조와 증빙에 따라 결론이 크게 달라질 수 있으므로, 판단 전에 전문가와 함께 공간 단위 검토를 해보시는 것이 안전합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서0031 (2026.7.20. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 시행령 제160조, 같은 시행령 제154조 제3항 및 제156조, 소득세법 제88조·제89조·제95조, 국세기본법 제14조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)