조정대상지역 새 집 사고 1년 안에 전입 못 했더니, 일시적 2주택 비과세가 통째로 날아갔습니다 (조심 2025서4280)

새 집을 먼저 샀는데, 전입을 못 한 상태에서 옛 집을 팔았다면

집을 갈아타는 과정은 거의 항상 겹칩니다. 먼저 살 집을 계약해 두고, 그다음에 살던 집을 파는 순서가 일반적이기 때문입니다. 이렇게 일시적으로 2주택이 되는 상황을 세법은 예외로 인정해 주고 있습니다. 이른바 일시적 2주택 특례입니다. 종전 주택을 정해진 기간 안에 팔면, 양도 시점에 2주택이었더라도 1세대1주택으로 보아 비과세(고가주택이면 기준금액 초과분만 과세)를 적용합니다.

문제는 이 특례의 요건이 시기에 따라 크게 달라졌다는 점입니다. 특히 2019년 12월 17일부터 2022년 5월 무렵까지 조정대상지역 안에서 갈아타기를 한 분들에게는 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 이사하고 전입신고를 마쳐야 한다는 요건이 추가로 걸려 있었습니다. 이 요건은 나중에 삭제되었지만, 삭제 전에 취득한 주택에는 여전히 적용됩니다. 이번에 살펴볼 사건이 정확히 그 구간에 걸린 사례입니다.

더 중요한 것은, 이 요건을 지키지 못한 사실이 양도소득세 신고 당시에 바로 드러나지 않는다는 점입니다. 신고는 무사히 접수되고 몇 년이 지난 뒤, 과세관청의 신고내역 검증 과정에서 뒤늦게 걸립니다. 이 사건의 청구인도 2021년에 신고를 마쳤고, 2025년에 경정 고지를 받았습니다. 그사이 가산세까지 쌓입니다.

사건은 이렇게 흘러갔습니다

청구인은 2017년 9월 서울 강서구의 주택을 취득해 보유하고 있었습니다. 그러다 2020년 10월 12일 서울 서초구의 아파트를 매수했습니다. 이 아파트는 매수 당시 이미 재건축사업이 진행 중인 단지였고, 청구인은 재건축조합원 자격을 승계하는 조건으로 계약했습니다.

계약에는 한 가지 조건이 붙어 있었습니다. 매매계약서 특약사항에 매도인이 전세보증금을 걸고 그 집에 계속 거주하는 조건으로 계약한다는 내용이 들어 있었고, 실제로 같은 날인 2020년 10월 12일 매도인과 임대차계약을 체결했습니다. 계약 기간은 2020년 10월 12일부터 2022년 10월 11일까지, 즉 2년이었습니다. 전세계약서 특약에는 재건축 이주 시 이주기간 내에 조건 없이 명도한다는 문구가 들어갔습니다.

그 뒤 청구인은 2021년 2월 26일 종전 주택을 양도했습니다. 그리고 2021년 4월 8일, 1세대1주택자의 고가주택 양도차익 계산특례를 적용해 2021년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 즉, 일시적 2주택 특례가 적용된다는 전제로 신고한 것입니다.

한편 신규 주택이 있는 단지는 예상보다 빠르게 움직였습니다. 2021년 7월 관리처분계획인가가 났고, 8월에는 이주계획이 수립되었으며, 이주기간은 2021년 9월 1일부터 2022년 2월 28일까지로 정해졌습니다. 청구인은 2021년 7월 25일 임차인에게 이주를 요청하는 내용증명을 보냈고, 임차인은 2021년 12월 24일 전출했습니다.

결과적으로 청구인은 신규 주택 취득일인 2020년 10월 12일부터 1년이 지나도록, 그리고 심판 심리일 현재까지도 신규 주택으로 이사하거나 전입신고를 한 사실이 없었습니다. 종전 주택을 팔고 난 뒤인 2021년 3월 8일부터는 모친이 사는 서울 용산구 주소에 주민등록을 두고 있었습니다.

처분청은 신고내역 검증 결과 전입요건 미충족을 확인하고, 2025년 5월 7일 2021년 귀속 양도소득세를 경정 고지했습니다. 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 10월 심판청구를 제기했습니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인의 주장은 크게 네 갈래였습니다.

첫째, 임차인 수용은 어쩔 수 없는 선택이었다는 것입니다. 해당 지역은 수요가 공급을 크게 앞서던 곳으로 다른 매도 물건이 없었고, 매도인이 자녀 학업을 이유로 계속 거주하겠다는 조건을 내걸었기 때문에 이를 받아들일 수밖에 없었다고 했습니다. 다만 전입요건을 채우려면 1년 안에 들어가야 한다는 점을 알고 있었으므로, 매도인과 2021년 여름 학기가 끝나면 즉시 계약을 종료하기로 구두 합의했고, 전세계약서에 2년으로 적은 것은 확정일자를 받기 위한 형식이었다고 주장했습니다.

둘째, 재건축 진행 속도가 이례적이었다는 것입니다. 관리처분계획인가 후 이주계획 확정까지 통상 2년 이상 걸리는 것이 보통인데, 이 단지는 약 45일 만에 이주계획이 확정되었다고 했습니다. 이주계획이 확정되자 조합의 명도소송과 점유이전금지가처분이 이어지고 관할 지자체에서 전입신고 자체가 불가능해져, 물리적으로 전입할 수 없었다는 주장입니다. 이주가 끝난 세대의 문에는 출입 불가 표시가 되고 철거용 설비가 설치되어 거주환경도 아니었다고 덧붙였습니다.

셋째, 모친의 질병입니다. 모친이 질병으로 집중 요양과 치료가 필요했다는 점을 들었습니다. 진단서상 알츠하이머 발병일은 2020년 12월 15일, 직장암 발병일은 2021년 7월 13일로 확인되었습니다.

넷째, 입법 취지와 형평입니다. 전입요건은 2020년 2월 신설되었다가 2022년 5월 폐지된 규정이고, 국세기본법의 취지나 주택임대차보호법과 충돌하는 면이 있어 결국 없어진 것이므로, 납세자의 전체 상황을 고려해 합목적적으로 해석해야 한다고 했습니다. 자신은 지금까지 일시적 2주택 또는 1주택만 보유했고 여러 주택을 동시에 사서 차익을 노린 적이 없어 투기 목적도 없었다는 점을 강조했습니다.

과세관청의 반박, 계약서와 확인서가 주장과 달랐다

처분청의 반박은 청구인이 제출한 서류 자체를 근거로 삼았습니다.

먼저 여름 학기 후 퇴거 구두 합의에 대해서입니다. 청구인이 과세전적부심사 단계에서 제출한 매도인 확인서에는 '매도인은 자녀의 학군 및 학업을 위하여 이주 및 철거가 있을 때까지 전세로 살 것을 계약조건으로만 매매하였다'는 취지로 기재되어 있었습니다. 즉 확인서의 문구는 '여름 학기까지'가 아니라 '이주 및 철거 때까지'였습니다. 전세계약서 특약사항도 '재건축으로 인한 이주 시 이주기간 내에 조건 없이 명도한다'는 내용이었고, 여름 학기 종료 시 퇴거한다는 조건은 어디에도 없었습니다. 실제로 매도인은 여름이 지난 2021년 12월 24일에 전출했습니다.

다음으로 부득이한 사유에 대해서입니다. 처분청은 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 가목과 소득세법 시행규칙 제72조 제7항이 규정하는 부득이한 사유에 재건축으로 인한 전입 불가는 포함되지 않는다고 보았습니다. 오히려 신규 주택을 매수하면서 스스로 매도인에게 2년짜리 임차권을 부여했다는 점에서, 애초에 전입할 의사가 있었다고 보기 어렵다고 지적했습니다.

모친의 질병에 대해서도 두 가지를 짚었습니다. 하나는 소득세법 시행규칙 제71조 제3항이 요구하는 것은 질병의 치료 또는 요양을 위해 다른 시 또는 군으로 주거를 이전하는 경우인데, 모친은 신규 주택과 같은 서울 안(용산구)에 거주하고 있어 이 요건을 충족하지 못한다는 것입니다. 다른 하나는 직장암 진단일이 2021년 7월 13일로, 신규 주택 취득일인 2020년 10월 12일로부터 상당한 시간이 지난 시점이라는 것입니다.

마지막으로 처분청은 조세법률주의를 근거로, 과세요건이든 비과세요건이든 조세감면요건이든 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해야 하고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해석할 수 없으며, 특히 명백한 특혜규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다는 대법원 판례(대법원 2008.10.23. 선고 2008두7830 판결)를 인용했습니다.

심판원은 왜 기각했는가

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 축은 세 가지였습니다.

첫째, 사실 자체가 확인되지 않았다는 점입니다. 종전 주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역의 신규 주택을 취득한 경우, 특례를 적용받으려면 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 이사하고 전입신고를 마쳐야 하는데, 청구인은 2020년 10월 12일 취득 후 심리일 현재까지 세대 전원이 그 주택에 이사하거나 전입신고를 한 사실이 확인되지 않았습니다. 1년을 조금 넘긴 것이 아니라, 끝까지 전입한 적이 없다는 점이 결정적이었습니다.

둘째, 부득이한 사유의 범위입니다. 시행령과 시행규칙이 정한 부득이한 사유는 취학, 근무상의 형편, 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병, 학교폭력으로 인한 전학의 네 가지이고, 그것도 다른 시나 군으로 주거를 이전하는 경우로 한정됩니다. 재건축사업이 진행 중이어서 전입하지 못했다는 사정은 이 목록에 들어 있지 않습니다. 모친의 요양 역시 같은 서울시 안이므로 '다른 시 또는 군으로의 이전'에 해당하지 않았습니다.

셋째, 일부와 전원의 구별입니다. 규정상 부득이한 사유로 전입요건을 유예받는 것은 '세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우'입니다. 세대 전원이 아예 이사하지 않은 경우는 애초에 이 예외조항의 적용 대상이 아닙니다. 청구인은 세대원 일부가 못 간 것이 아니라 전원이 가지 않았으므로, 부득이한 사유를 논할 무대에조차 오르지 못한 것입니다.

심판원은 아울러 이 전입요건이 만들어진 배경도 확인했습니다. 2019년 12월 16일 관계부처 합동 '주택시장 안정화 방안'과 2020년 1월 세법 후속 시행령 개정 보도자료에 따르면, 조정대상지역 일시적 2주택자에 대해 '취득일부터 1년 내 전입 + 1년 내 종전 주택 양도'를 요구한 개정이유는 실수요 중심 주택 구입 유도와 투기 수요 억제였습니다. 이 요건이 2022년 5월 31일 삭제될 때의 이유는 '비과세 요건을 완화하여 납세자 편의를 도모함'이었지만, 그렇다고 삭제 전 취득분에 소급 적용되는 것은 아닙니다.

이 사건에서 결론을 가른 세 가지 지점

같은 상황이라도 결론이 달라질 수 있는 갈림길이 어디였는지 정리하면 다음과 같습니다.

갈림길 ①. 임대차기간을 계약서에 어떻게 적었는가
시행령 제155조 제1항 제2호는 단서를 두고 있습니다. 신규 주택 취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있는 것이 임대차계약서 등 명백한 증명서류로 확인되고 그 임대차 종료일이 취득일부터 1년 후인 경우에는, 전입 기한을 임대차계약 종료일까지로 연장해 주되 취득일부터 최대 2년을 한도로 합니다. 즉 이 사건에서 계약 종료일인 2022년 10월 11일까지가 아니라, 취득일부터 2년인 2022년 10월 11일 무렵까지는 전입 기한이 늘어날 여지가 있었습니다. 그런데 청구인은 임차인이 2021년 12월에 나간 뒤에도 전입하지 않았습니다. 유예 기간을 받았더라도 그 안에 전입하지 않으면 아무 의미가 없습니다.

갈림길 ②. 구두 합의를 서면으로 남겼는가
청구인은 여름 학기 후 퇴거하기로 구두 합의했고 2년 계약서는 형식이었다고 주장했지만, 계약서와 매도인 확인서 모두 그 반대 방향을 가리켰습니다. 세법상 특례 요건은 대체로 '증명서류에 의해 확인되는 경우'를 전제로 합니다. 말로 한 약속은 요건 판단의 자료가 되지 못합니다.

갈림길 ③. 전입 시도를 기록으로 남겼는가
청구인은 전입신고가 물리적으로 불가능했다고 주장했습니다. 그러나 결정문에서 확인되는 것은 임차인에게 이주를 요청한 내용증명 정도입니다. 전입신고를 실제로 접수하려 했으나 반려되었다는 기록, 관할 관청의 거부 통지, 대체 거주를 시도한 흔적 같은 것이 남아 있었다면 판단의 재료가 하나 더 늘었을 것입니다. 결국 심리일 현재까지 전입 기록이 전혀 없다는 사실이 그대로 결론이 되었습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 갈아타기 전에 확인해야 할 것들

포인트 ①. 신규 주택 취득 시점의 규정을 먼저 확인하라
일시적 2주택 특례는 손에 꼽기 어려울 만큼 자주 개정된 규정입니다. 종전 주택 양도기한이 3년, 2년, 1년으로 바뀌었고 전입요건이 생겼다가 없어졌습니다. 판단 기준은 신규 주택을 취득한 날(또는 계약금 지급일)이 어느 구간에 있는지입니다. 2019년 12월 17일 이후부터 2022년 5월 개정 전까지 조정대상지역에서 조정대상지역 주택을 취득한 경우라면 전입요건이 걸려 있을 수 있으니, 오래된 거래라도 반드시 다시 점검할 필요가 있습니다.

포인트 ②. 임차인이 있는 집을 살 때는 임대차 종료일이 곧 전입 기한이 된다
시행령은 취득일 현재 기존 임차인이 있고 그 임대차 종료일이 취득일부터 1년 후인 경우, 전입 기한을 임대차 종료일까지(취득일부터 최대 2년) 늘려 줍니다. 다만 조건이 있습니다. 임대차 사실이 계약서 등 명백한 증명서류로 확인되어야 하고, 취득일 이후에 갱신한 계약은 인정되지 않습니다. 매수 후 임차인과 새로 계약서를 쓰면서 기간을 늘리는 방식은 통하지 않는다는 뜻입니다.

포인트 ③. 매도인을 임차인으로 남기는 조건은 세무상 위험을 함께 산다는 뜻
이 사건의 출발점은 '매도인이 계속 살게 해 준다'는 매매 특약이었습니다. 매물이 귀할 때 흔히 있는 조건이지만, 조정대상지역 갈아타기라면 이 조건 하나로 비과세 특례가 전부 무너질 수 있습니다. 계약 전에 내가 언제까지 이 집에 전입해야 하는가를 계산하고, 그 기한 안에 명도가 확실히 가능한 구조인지 계약서에 날짜로 못 박아야 합니다.

포인트 ④. 구두 합의는 없는 것과 같다
청구인은 사실관계 면에서 억울할 수 있습니다. 그러나 심판 단계에서 판단 자료가 되는 것은 계약서, 확인서, 전입 기록, 내용증명 같은 서면입니다. 이 사건에서는 청구인이 제출한 매도인 확인서조차 청구인 주장과 어긋나는 방향으로 읽혔습니다. 확인서를 받을 때는 그 문구가 내 주장과 정확히 맞는지 먼저 검토해야 합니다. 유리하게 쓰려고 받은 서류가 불리한 증거가 되는 일이 실제로 벌어집니다.

포인트 ⑤. 재건축 진행 중인 아파트로 갈아탈 때는 전입 가능 기간을 따로 계산하라
관리처분계획인가와 이주가 진행되면 그 집에 사는 것도, 전입신고를 하는 것도 사실상 어려워집니다. 그런데 세법의 부득이한 사유 목록에 재건축은 없습니다. 재건축 단지를 대체 주택으로 살 계획이라면, 종전 주택 양도 순서와 시기를 이주 시점 이전으로 설계하거나, 전입요건이 걸리지 않는 다른 경로가 있는지 미리 확인하는 편이 안전합니다.

포인트 ⑥. 부득이한 사유는 '세대 일부'에만 열려 있는 문이다
취학, 근무상 형편, 1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병 등의 사유는 세대 구성원 중 일부가 이사하지 못한 경우를 구제하는 장치입니다. 세대주를 포함해 전원이 다른 곳에 머물면 이 조항으로는 구제받을 수 없습니다. 게다가 그 사유는 '다른 시 또는 군으로 주거를 이전하는 경우'여야 하므로, 같은 특별시 안에서의 사정은 인정 범위에 들어가기 어렵습니다.

포인트 ⑦. 신고가 통과된 것은 인정된 것이 아니다
이 사건의 신고는 2021년, 고지는 2025년입니다. 양도소득세 신고는 접수 즉시 요건 심사가 끝나지 않습니다. 이후 전산 검증과 사후 확인 과정에서 요건 미충족이 드러나면 본세에 가산세가 붙어 돌아옵니다. 비과세나 특례를 적용해 신고했다면, 그 요건을 뒷받침하는 서류를 최소 5년 이상 보관해 두시는 편이 좋습니다.

자주 묻는 질문

Q. 전입요건이 2022년에 폐지되었는데, 그 전에 산 집도 이제는 괜찮은 건가요?

아닙니다. 이 사건에서 심판원은 개정 규정이 소급 적용된다고 보지 않았습니다. 적용 여부는 신규 주택을 취득한 시점에 시행 중이던 규정을 기준으로 판단합니다. 폐지 이유가 '납세자 편의를 위한 요건 완화'라고 해도, 그것이 과거 취득분에 소급 효력을 준다는 근거는 되지 못했습니다.

Q. 새로 산 집에 세입자가 있어서 못 들어가는 경우는 어떻게 되나요?

취득일 현재 기존 임차인이 거주하고 있음이 임대차계약서 등 명백한 서류로 확인되고, 그 임대차 종료일이 취득일부터 1년 후라면 전입 기한이 임대차 종료일까지 연장됩니다. 단 취득일부터 최대 2년이 한도이고, 취득 후 갱신한 계약은 인정되지 않습니다. 그리고 연장된 기한 안에는 실제로 전입해야 합니다. 이 사건처럼 끝까지 전입하지 않으면 연장의 의미가 없습니다.

Q. 재건축 이주 때문에 전입신고 자체가 안 되는데도 요건을 못 채운 게 제 잘못인가요?

세법의 부득이한 사유는 시행규칙에 열거되어 있고, 재건축 진행으로 인한 전입 불가는 그 목록에 없습니다. 심판원은 이 점을 명시적으로 확인했습니다. 실무적으로는 재건축 일정이 있는 주택을 대체 주택으로 선택하는 단계에서 전입 가능 기간이 얼마나 남는지를 먼저 계산해 두는 것이 대응 방법입니다.

Q. 가족의 병간호 때문에 다른 집에 살았다면 인정받을 수 있나요?

1년 이상의 치료나 요양이 필요한 질병은 열거된 사유에 들어갑니다. 다만 두 가지 제약이 있습니다. 첫째, 그 사유로 다른 시나 군으로 주거를 이전해야 합니다. 둘째, 이 예외는 세대 구성원 중 일부가 이사하지 못한 경우에 적용됩니다. 이 사건은 모친 거주지가 같은 서울시 안이었고 세대 전원이 이사하지 않아 두 요건 모두 충족되지 않았습니다.

Q. 계약서 말고 구두 합의나 문자 기록으로는 안 되나요?

시행령 문구 자체가 '증명서류에 의해 확인되는 경우'를 전제로 하고 있습니다. 이 사건에서 청구인은 구두 합의를 주장했지만, 계약서 특약과 상대방 확인서가 그와 다른 내용이어서 받아들여지지 않았습니다. 정황 자료가 아예 무의미하다고 단정할 수는 없지만, 계약서 본문이나 특약에 날짜와 조건을 명시하는 것이 비교할 수 없이 안전합니다.

자가진단 체크리스트

• 새로 산 집과 팔려는 집이 취득 당시 모두 조정대상지역에 있었는지 확인했습니까?
• 신규 주택 취득일(또는 계약금 지급일)이 2019년 12월 17일 이후부터 전입요건 삭제 전 사이인지 확인했습니까?
• 신규 주택 취득일부터 1년 이내에 세대 전원이 이사하고 전입신고를 마쳤습니까? 일부만 옮긴 것은 아닙니까?
• 신규 주택에 기존 임차인이 있었다면, 그 임대차계약서가 취득일 이전에 작성된 원계약인지, 취득 후 갱신한 계약은 아닌지 확인했습니까?
• 임대차 종료일까지 전입 기한이 연장된 경우, 실제로 그 기한 안에 전입신고를 마쳤습니까?
• 전입하지 못한 사유가 취학, 근무상 형편, 1년 이상 요양이 필요한 질병 등 열거된 사유에 해당하며, 다른 시나 군으로의 주거 이전을 수반했습니까?
• 주민등록초본, 전입신고 접수 자료, 임대차계약서, 명도 관련 내용증명 등 요건을 뒷받침할 서류를 보관하고 있습니까?
• 이미 비과세 또는 특례를 적용해 신고했다면, 요건 충족 여부를 다시 검토해 본 적이 있습니까?

정리

이 사건은 사정이 딱하지 않다고 보기 어려운 사안입니다. 매물이 없어 매도인의 거주 조건을 받아들였고, 재건축이 예상보다 빠르게 진행되어 들어가 살 수 없게 되었고, 모친이 병을 얻었습니다. 그런데도 결과는 기각이었습니다. 이유는 하나로 모입니다. 특례 요건은 법문에 적힌 대로 충족했는지만 본다는 것입니다.

특히 이 사건에서 가장 무겁게 작용한 사실은 '1년을 조금 넘겼다'가 아니라 '심리일 현재까지 전입한 적이 없다'는 점입니다. 임차인이 나간 뒤에도, 유예 가능성이 열려 있던 기간에도 전입 기록이 없었습니다. 요건을 지키려 노력했다는 사정은 서면으로 남은 만큼만 인정됩니다.

갈아타기는 대부분 인생에서 가장 큰 금액이 오가는 거래입니다. 조정대상지역 여부, 취득 시점의 규정, 임차인 유무, 전입 가능 시기를 계약서에 서명하기 전에 한 번 계산해 보시길 권합니다. 이미 신고를 마쳤더라도 요건이 불안하다면, 고지서를 받기 전에 상황을 정리해 두는 것이 선택의 폭을 넓힙니다.

출처 · 조세심판원 조심 2025서4280 (2026.07.14. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제89조, 제95조 · 소득세법 시행령 제154조, 제155조, 제160조 · 소득세법 시행규칙 제71조, 제72조 · 주택임대차보호법 제4조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)