세무사가 기장한 재무제표인데 토지 취득가액으로 인정을 못 받았습니다, 건물은 되고 토지는 안 된 이유 (조심 2026부0124)

사업용 건물과 토지를 오래 보유하다 팔았을 때 가장 먼저 막히는 것

개인사업자가 자기 이름으로 공장, 창고, 정비소, 상가 같은 사업용 부동산을 사서 20년 가까이 쓰다가 파는 경우는 흔합니다. 문제는 팔고 나서 양도소득세를 계산할 때 벌어집니다. 양도가액은 방금 체결한 매매계약서가 있으니 다툼의 여지가 없는데, 취득가액은 십수 년 전 자료라 계약서도 영수증도 통장도 남아 있지 않은 경우가 대부분입니다. 그러면 취득가액을 얼마로 볼 것인가가 그대로 세금 차이로 이어집니다.

이때 많은 분들이 떠올리는 것이 재무제표상 장부가액입니다. 복식부기의무자로서 매년 세무대리인에게 기장을 맡겨 왔고, 대차대조표에 토지와 건물이 특정 금액으로 계상되어 있으니 그 금액이 곧 취득가액 아니냐는 논리입니다. 언뜻 설득력이 있어 보이고, 실제로 장부가액을 취득가액으로 인정받은 심판례도 존재합니다. 그런데 이번에 소개하는 사건에서는 같은 부동산인데 건물의 장부가액은 인정되고 토지의 장부가액은 부인되었습니다. 무엇이 이 둘을 갈랐는지가 이 글의 핵심입니다.

사건 경과, 2007년 취득에서 2026년 기각까지

청구인은 2007년 3월 경상남도 소재 토지를 취득했습니다. 같은 해 8월에는 그 토지 위에 건물을 신축했고, 이후 그 자리에서 자동차정비업체 등을 운영해 왔습니다. 취득한 지 18년 가까이 지난 2025년 2월, 청구인은 이 토지와 건물을 함께 양도했습니다. 그리고 2025년 4월 말 2025년 귀속 양도소득세 예정신고를 마쳤습니다.

예정신고를 한 뒤 청구인은 생각을 바꿉니다. 자신이 소득세법상 복식부기의무자이고, 사업용 자산으로 장부에 계상해 온 부동산이므로 재무제표상 장부가액을 취득가액으로 보아야 한다는 취지로 2025년 8월 경정청구를 제기했습니다. 신고할 때 잡았던 취득가액보다 장부가액이 더 컸기 때문에, 장부가액이 인정되면 양도차익이 줄고 세금을 환급받을 수 있는 구조였습니다.

처분청의 결론은 반쪽짜리였습니다. 건물에 대한 경정청구는 이유 있다고 보아 장부가액을 취득가액으로 인정하고 세액 일부를 환급했지만, 토지에 대한 경정청구는 이유 없다고 보아 2025년 10월 거부통지를 했습니다. 청구인은 이에 불복해 2025년 11월 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2026년 4월 6일 심판청구를 기각했습니다.

청구인은 이렇게 주장했습니다

청구인의 주장은 크게 네 갈래였습니다. 첫째, 장부가액과 증빙으로 확인되는 금액에 차이가 있는 것은 사실이지만, 복식부기의무자로서 외부 세무대리인에게 기장을 의뢰해 증빙에 근거해 작성한 재무제표라는 점을 전제로 보면, 일부 증빙이 없다는 사정만으로 장부 전체를 불합리하다고 단정하는 것은 부당하다는 것입니다. 청구인은 장부가액이 있는데도 환산취득가액을 적용하려면 장부가액이 명백히 불합리한 경우여야 하고, 장부가액 전액이 증빙으로 확인되어야만 하는 것은 아니라고 했습니다.

둘째, 증빙이 확인되는 금액만 필요경비로 인정한다면 납세자는 필요경비로 인정될 금액을 미리 예측할 수 없게 되고, 추징과 가산세 위험을 피하려면 장부가액, 증빙으로 확인되는 금액, 환산취득가액 중 세금이 가장 많이 나오는 금액으로 신고해야 하는 부담을 지게 된다는 것입니다. 셋째, 2007년이라는 오래전 취득 건에 대해 증빙 전부를 보유하도록 기대하는 것은 무리이고, 토지 취득 과정에서 지상 정착물 철거비용, 건물 착공 전 토지 정리비용, 중개수수료 같은 부대비용이 발생하는 것이 일반적이므로 이를 감안하면 장부가액은 충분히 취득가액으로 볼 수 있다는 것입니다.

넷째이자 가장 강한 논리는 형평 주장이었습니다. 처분청이 건물의 경우 사업장의 고정자산 매입금액을 추정해 가면서까지 장부가액을 취득가액으로 인정해 주었다면, 이는 곧 처분청 스스로 그 재무제표의 신뢰성을 인정한 것이므로 같은 장부에 계상된 토지의 장부가액도 인정되어야 한다는 논리입니다.

과세관청의 반박, 계정과목은 서로 독립적이다

처분청의 반박은 상당히 구체적이었습니다. 먼저 법리적으로는 소득세법 제97조와 같은 법 시행령 제163조가 양도자산의 필요경비를 열거주의로 규정하고 있으므로, 어떤 지출이 필요경비가 되려면 증빙에 의해 그 내용이 법령이 정한 항목에 부합함이 확인되어야 한다고 했습니다. 그리고 실지거래가액이 무엇인지는 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 사실이므로 과세관청보다 납세자에게 입증의 필요성이 더 크다는 대법원 2017. 1. 18. 선고 2016두57212 판결을 인용했습니다.

사실관계에 대해서도 조목조목 짚었습니다. 청구인이 말하는 정착물 철거비용, 토지 정리비용 등은 그 성격상 취득 이후의 자본적 지출액에 해당할 가능성이 높은데, 양도소득세 계산에서 자본적 지출액은 소득세법 제160조의2 제2항이 정한 증명서류(세금계산서, 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증)를 수취ㆍ보관했거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류로 확인되는 경우에 한해 인정되는데 청구인은 그런 자료를 내지 못했다는 것입니다.

또한 청구인이 계정별원장 등 재무제표의 기초자료를 통해 토지 장부가액이 어떻게 산정되었는지 소명한 적이 없어, 그 금액이 소득세법이 열거한 필요경비 항목 중 어디에 해당하는지 판단할 수 없다고 했습니다. 결정적으로 2007년 말 토지 계정금액과 2008년 말 토지 계정금액이 서로 다른데 그 차이가 왜 생겼는지도 확인되지 않는다는 점을 들어, 이 재무제표는 비교가능성과 검증가능성 면에서 신뢰할 만한 수준에 이르지 못했다고 보았습니다. 토지는 감가상각 대상이 아니므로 특별한 사정이 없으면 장부가액이 해마다 달라질 이유가 없다는 점을 지적한 것입니다.

건물을 인정해 준 이유도 설명했습니다. 처분청은 사업장의 2007년분 매입세금계산서 공급가액 합계에서 전년도와 중복되는 거래처 금액을 제외해 그 해의 고정자산 매입금액을 추린 뒤, 이미 반영된 특정 법인의 세금계산서 공급가액과 감가상각자산 취득명세서상 기계장치 금액을 차감하는 방식으로 건물 관련 매입금액을 산출했습니다. 그 결과가 건물 장부가액과 정확히 일치하지는 않았지만 근사한 수준이어서 청구인 주장을 최대한 받아들여 인정한 것입니다. 그러면서 계정과목별로 금액을 산정하는 재무제표의 특성상 특정 계정의 적정성은 서로 독립적이므로 계정별로 신뢰 여부를 따져야 하고, 장부가액 그 자체가 실지거래가액을 확정하거나 과세관청이 반드시 실지거래가액으로 추정해야 하는 기속력을 갖지는 않는다며 대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결을 들었습니다. 마지막으로 청구인이 부가가치세 신고 당시 토지 관련 지출을 매입세액 불공제 대상으로 신고한 사실이 없다는 점을 지적했습니다.

심판원의 판단, 장부는 증빙으로 뒷받침될 때 힘을 얻는다

조세심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단의 출발점은 소득세법 제88조 제5호의 정의입니다. 실지거래가액이란 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 그 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전 등을 말합니다. 즉 실지거래가액은 장부에 어떻게 적혀 있느냐가 아니라 실제로 얼마를 주고받았느냐의 문제라는 것입니다.

심판원은 이어 납세자가 장부를 기장한 경우에도 증빙서류 등에 의해 그 기재가 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우에 한하여 장부가액을 실지거래가액으로 인정하는 것이 원칙이라고 정리하면서 조심 2008서872(2008. 10. 7.) 등 선례를 들었습니다. 장부가액이 곧 실지거래가액이 되는 것이 아니라, 장부가액이 실지와 부합한다는 점이 확인될 때 비로소 실지거래가액의 지위를 얻는다는 순서입니다.

그 원칙을 이 사건에 적용한 결과가 기각입니다. 심판원이 든 근거는 세 가지입니다. 첫째, 청구인이 토지 매입 관련 계약서나 대금지급증빙 등 장부가액이 실지와 부합함을 증명하는 서류를 전혀 제시하지 못했다는 점입니다. 둘째, 부가가치세 신고 시 토지 관련 매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 사실도 확인되지 않는다는 점입니다. 셋째, 처분청이 사업장의 고정자산 매입금액 등을 고려해 건물 장부가액을 취득가액으로 인정했다 하더라도 그 사실만으로 토지 장부가액의 신뢰성이 당연히 인정되는 것은 아니라는 점입니다.

청구인이 유리한 선례로 든 조심 2024중2338 결정도 이 결론을 뒤집지 못했습니다. 장부가액이 인정된 사례들은 장부가액을 뒷받침할 만한 정황과 자료가 어느 정도 갖추어져 있었기 때문이지, 장부가액이라는 형식 자체에 힘이 있었기 때문이 아니라는 취지로 읽힙니다.

항목별 판단 결과

건물과 토지의 운명을 가른 결정적 차이

이 사건을 한 줄로 정리하면 흔적이 남은 자산은 살고, 흔적이 없는 자산은 죽었다는 것입니다. 건물은 신축 자산입니다. 건물을 지으면 공사업체로부터 세금계산서를 받고, 그 매입세액을 공제받기 위해 부가가치세 신고 때 건물등 감가상각자산 취득명세서를 제출합니다. 즉 건물 취득에는 세무 신고 시스템 안에 남는 흔적이 여러 겹으로 쌓입니다. 처분청이 계약서 없이도 건물 장부가액을 인정할 수 있었던 이유가 여기 있습니다.

반면 토지는 다릅니다. 토지의 공급은 부가가치세 면세이고, 토지 관련 매입세액은 원칙적으로 불공제 대상입니다. 그래서 토지 취득에는 세금계산서 흐름이 남지 않습니다. 다만 토지 조성 등과 관련된 지출을 했다면 부가가치세 신고 시 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 내역이 남는데, 이 사건에서는 그런 신고 내역조차 확인되지 않았습니다. 결국 토지 쪽은 계약서도 없고, 통장도 없고, 부가세 신고 흔적도 없는 상태였습니다. 남은 것은 장부의 숫자 하나뿐이었고, 그 숫자마저 연도별로 달랐습니다.

실무 포인트, 지금 무엇을 해야 하는가

포인트 ①. 장부가액은 주장의 출발점이지 결론이 아니다.
세무대리인이 작성한 재무제표라는 사실만으로 취득가액이 확정되지 않습니다. 심판원과 법원은 일관되게 장부의 기재가 실지와 부합하는지를 별도로 따집니다. 장부가액을 근거로 경정청구를 준비한다면, 청구서를 쓰기 전에 그 숫자를 만들어 낸 원천 자료가 무엇인지부터 역추적해야 합니다.

포인트 ②. 계정별원장과 취득 당시 전표를 먼저 확보하라.
이 사건에서 처분청이 반복적으로 지적한 것은 토지 장부가액의 산정 근거가 소명되지 않았다는 점입니다. 계정별원장, 고정자산대장, 감가상각비 명세서, 취득 연도의 분개 내역을 확보하면 장부가액이 어떤 항목의 합계인지 설명할 수 있습니다. 폐업하거나 사무소를 옮긴 기장 세무사라도 문의해 보면 전자 기장 데이터가 남아 있는 경우가 있습니다.

포인트 ③. 계약서가 없으면 계약서를 대신할 자료를 모아라.
매매계약서 원본이 없어도 취득 사실과 금액을 보여 주는 자료는 여러 곳에 흩어져 있습니다. 등기부와 등기 신청 서류(등기소 보존 기간 확인 필요), 취득세ㆍ등록면허세 신고서와 납부 영수증, 시군구청의 부동산 거래 관련 자료, 취득 당시 대출을 받았다면 금융기관의 여신 서류와 근저당 설정 내역, 법무사와 중개사무소가 보관 중일 수 있는 사본 등입니다. 이들 자료를 겹쳐 놓으면 실제 거래가액에 근접한 그림이 만들어집니다.

포인트 ④. 자본적 지출은 증빙 요건이 따로 있다.
취득 후 지출한 철거비, 토지 정리비, 진입로 포장비 같은 항목은 자본적 지출로 분류될 여지가 큽니다. 자본적 지출은 소득세법 제160조의2 제2항의 적격증빙을 수취ㆍ보관했거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류로 확인되어야 인정됩니다. 통상 그 정도는 들었을 것이라는 추정은 통하지 않습니다. 반대로 말하면 계좌이체 내역만 살려 내도 인정 가능성이 생깁니다. 은행 거래내역은 보관 기간이 지나면 발급이 어려우므로 부동산을 팔기로 마음먹은 시점에 바로 조회해 두는 것이 좋습니다.

포인트 ⑤. 부가가치세 신고서가 양도세 증빙이 된다.
사업용 부동산이라면 취득 당시 부가가치세 신고 자료가 강력한 간접 증거가 됩니다. 건물등 감가상각자산 취득명세서, 매입처별 세금계산서 합계표, 공제받지 못할 매입세액 명세서를 홈택스에서 조회해 보십시오. 이 사건에서 건물과 토지의 운명을 가른 것이 바로 이 자료의 유무였습니다. 앞으로 사업용 토지에 조성비 등을 지출한다면 토지 관련 매입세액을 불공제 항목으로 정확히 신고해 두는 것이 훗날의 증빙이 됩니다.

포인트 ⑥. 토지 장부가액이 해마다 바뀌면 즉시 원인을 기록하라.
토지는 감가상각을 하지 않으므로 자본적 지출이나 오류 수정 같은 사유가 없으면 장부가액이 변하지 않습니다. 이 사건에서는 연도별 금액 차이의 이유를 설명하지 못한 것이 재무제표 전체의 신뢰도를 떨어뜨렸습니다. 장부를 수정할 일이 생기면 수정 사유와 근거 서류를 반드시 함께 남겨 두어야 합니다.

포인트 ⑦. 신고 전에 시뮬레이션하고, 경정청구는 최후 수단으로 남겨라.
이 사건 청구인은 예정신고를 먼저 하고 나중에 경정청구로 취득가액을 바꾸려 했습니다. 경정청구 자체는 법정 기한 내에 가능한 정당한 권리이지만, 자료 없이 제기하면 이번처럼 심판 단계에서 기각됩니다. 양도 전에 취득가액 자료를 정리해 실지거래가액과 환산취득가액 등 적용 가능한 방법을 비교한 뒤 신고 방향을 정하는 편이 훨씬 안전합니다. 환산취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한해 순차적으로 적용되는 것이고 별도의 요건과 제한이 따르므로, 임의로 선택할 수 있는 대안이 아니라는 점도 기억해야 합니다.

포인트 ⑧. 자산별로 따로 준비하라.
토지와 건물을 한 덩어리로 보고 준비하면 이 사건처럼 절반만 인정받습니다. 심판원과 과세관청은 계정과목별로 독립해서 판단합니다. 토지는 토지대로, 건물은 건물대로 취득가액 입증 파일을 따로 만들어 두는 것이 실무적으로 효율적입니다.

자주 묻는 질문

Q. 세무사가 기장한 재무제표인데 왜 그대로 인정되지 않나요?

기장의 성실성과 개별 계정 금액의 실지 부합 여부는 별개로 평가됩니다. 심판원은 장부를 기장한 경우에도 증빙서류 등에 의해 기재가 실지와 부합함이 확인될 때 장부가액을 실지거래가액으로 인정하는 것이 원칙이라고 보았고, 재무제표 자체가 과세관청을 기속하지는 않는다는 대법원 판례(1988. 2. 9. 선고 87누536)도 인용되었습니다. 기장 자료는 유력한 자료이지만 단독으로 결론을 내지는 못합니다.

Q. 건물은 인정받았는데 토지는 왜 안 되나요? 같은 장부 아닌가요?

같은 장부라도 계정과목별로 적정성은 독립적으로 판단한다는 것이 처분청과 심판원의 입장입니다. 건물은 부가가치세 신고 시 제출된 감가상각자산 취득명세서와 세금계산서 합계표로 금액을 어느 정도 검증할 수 있었지만, 토지는 그런 자료가 전혀 없었습니다. 한쪽이 인정되었다고 다른 쪽이 자동으로 따라가지는 않습니다.

Q. 2007년 취득이라 계약서가 없습니다. 정말 방법이 없나요?

계약서 원본이 없다고 곧바로 끝나는 것은 아닙니다. 취득세 신고 서류, 등기 관련 서류, 취득 당시 대출 서류, 금융거래 내역, 중개사무소나 법무사 보관 자료 등 여러 자료를 모아 취득가액의 윤곽을 보여 주는 방식으로 접근합니다. 다만 이 사건처럼 어떤 자료도 제시하지 못하면 장부의 숫자만으로는 받아들여지기 어렵습니다. 자료 확보 가능성은 사안마다 다르므로 조기에 점검하는 것이 좋습니다.

Q. 취득할 때 든 철거비나 중개수수료도 취득가액에 넣을 수 있나요?

법령이 정한 요건을 갖추면 취득 부대비용이나 자본적 지출로 반영될 수 있습니다. 문제는 요건입니다. 자본적 지출액은 세금계산서, 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증 같은 증명서류를 수취ㆍ보관했거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류로 확인되어야 합니다. 이 사건 청구인은 그런 비용이 당연히 발생했을 것이라고 설명했을 뿐 증빙을 내지 못해 인정받지 못했습니다.

Q. 이미 신고를 마쳤는데 지금이라도 취득가액을 바로잡을 수 있나요?

법정 기한 내라면 경정청구를 제기할 수 있습니다. 다만 경정청구는 제기했다는 사실이 아니라 제출한 자료의 내용으로 승부가 납니다. 이 사건도 경정청구 단계에서 건물은 인정받고 토지는 거부되었으며 심판 단계에서도 결론이 바뀌지 않았습니다. 청구 전에 어떤 자료를 어떻게 구성할지부터 검토하는 것이 순서입니다.

자가진단 체크리스트

• 사업용 부동산을 취득할 때의 매매계약서 원본 또는 사본을 지금 바로 찾을 수 있는가
• 취득 대금을 지급한 계좌이체 내역이나 무통장 입금증을 확보할 수 있는가
• 취득세ㆍ등록면허세 신고서와 납부 영수증이 남아 있는가
• 취득 연도의 계정별원장, 고정자산대장을 기장 세무사로부터 받을 수 있는가
• 재무제표상 토지 장부가액이 연도별로 달라진 구간이 있는지 확인했는가
• 취득 당시 부가가치세 신고서에 감가상각자산 취득명세서가 제출되어 있는가
• 토지 관련 지출을 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 내역이 있는가
• 철거비, 토지정리비, 중개수수료 등에 대해 적격증빙 또는 금융거래 증명이 있는가
• 토지와 건물의 취득가액 자료를 자산별로 분리해 정리해 두었는가
• 양도 전에 실지거래가액 방식과 다른 방식의 세액 차이를 비교해 본 적이 있는가

정리

이번 결정은 새로운 법리를 만든 사건이 아닙니다. 오히려 오래된 원칙을 다시 확인한 사건입니다. 실지거래가액은 실제로 주고받은 금액이고, 장부는 그 사실을 증명하는 여러 자료 중 하나일 뿐이라는 것입니다. 복식부기의무자로 성실하게 기장해 왔다는 사정은 존중받을 만하지만, 그 사정만으로 십수 년 전 토지 취득가액이 확정되지는 않았습니다.

반대로 건물이 인정된 과정은 희망적인 신호이기도 합니다. 처분청은 계약서가 없는 상황에서도 매입세금계산서 합계표와 감가상각자산 취득명세서를 조합해 취득 금액의 윤곽을 잡아냈습니다. 즉 남아 있는 흔적을 모아 재구성할 수 있다면 계약서가 없어도 길이 있다는 뜻입니다. 문제는 그 흔적을 언제 찾기 시작하느냐입니다. 양도 계약을 앞두고 있거나 오래 보유한 사업용 부동산이 있다면, 신고 기한에 쫓기기 전에 취득 관련 자료부터 한 번 훑어보시기 바랍니다. 자료를 모으는 데 걸리는 시간이 곧 인정 가능성의 차이가 됩니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026부0124 (2026.4.6. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제88조, 제97조, 제100조, 제160조의2, 같은 법 시행령 제89조, 제163조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)