땅은 아버지, 건물은 아들 명의로 두고 수용됐는데 양도세가 나왔습니다 (조심 2025중4473)

땅은 부모, 건물은 자녀. 흔하지만 위험한 구조입니다

부모가 오래 보유한 땅 위에 건물을 지어 자녀에게 넘기는 구조는 실무에서 자주 봅니다. 증여세나 취득세 부담을 줄이려는 목적일 수도 있고, 임대수익을 자녀에게 돌리려는 목적일 수도 있습니다. 이유가 무엇이든 결과적으로 건물의 소유자와 그 부수토지의 소유자가 달라지는 상태가 만들어집니다. 평상시에는 아무 문제가 없어 보입니다. 문제가 터지는 시점은 거의 언제나 그 부동산을 처분하거나 수용당하는 때입니다.

양도소득세에서 1세대 1주택 비과세는 주택과 이에 딸린 토지를 함께 대상으로 합니다. 그런데 소유자가 다르면 이야기가 복잡해집니다. 소유자가 남남이면 토지만 가진 사람은 그냥 나대지를 판 것과 같은 취급을 받습니다. 같은 세대원이면 부수토지도 비과세 대상에 들어올 여지가 생기는데, 이때 보유기간과 거주기간을 누구 기준으로 따지느냐가 곧바로 쟁점이 됩니다. 오늘 볼 결정은 바로 그 지점에서 납세자가 졌습니다.

게다가 이 사건에는 변수가 하나 더 있었습니다. 세대가 임대사업용 주택을 한 채 더 보유하고 있었다는 점입니다. 임대주택이 있으면 1세대 1주택 판정 자체가 원칙이 아니라 특례의 영역으로 넘어갑니다. 특례는 요건이 촘촘하고 해석은 엄격합니다. 이 사건은 그 엄격함이 어떻게 작동하는지를 아주 선명하게 보여줍니다.

사건 경과, 시간 순서로 보면 결론이 보입니다

청구인은 1991년 5월 경기도의 한 대지를 취득했습니다. 그 뒤 2008년 3월 그 땅 위에 지상 3층 건물을 신축했습니다. 공부상 용도는 1층 제2종 근린생활시설, 2층과 3층 제1종 근린생활시설이었습니다. 즉 서류상으로는 주택이 아니라 상가 건물이었습니다.

2014년 11월, 청구인은 이 건물만 아들에게 양도했습니다. 땅은 넘기지 않고 그대로 본인 명의로 남겼습니다. 이 시점부터 건물은 아들, 부수토지는 청구인이라는 분리 소유 상태가 시작됩니다. 당시 두 사람은 별도 세대였습니다.

2016년 8월에는 아들이 청구인으로부터 다른 지역의 다가구주택을 증여받아 임대를 시작했습니다. 이 다가구주택이 양도 시점에 소득세법 시행령상 장기임대주택에 해당한다는 점은 청구인과 과세관청 사이에 다툼이 없었습니다.

그리고 2020년 11월 12일, 청구인이 그 건물로 전입해 아들과 같은 세대를 구성합니다. 불과 일주일 뒤인 2020년 11월 19일에 토지와 건물이 모두 수용됩니다. 청구인은 수용 보상금을 받은 뒤 두 차례 수정신고를 거쳐, 건물을 주택으로 보고 토지 양도분에 대해 고가주택의 1세대 1주택 비과세를 적용해 2020년 귀속 양도소득세와 농어촌특별세를 신고·납부했습니다.

과세관청은 2025년 7월, 건물 3층은 공부와 달리 실제 주택으로 사용된 점을 인정했지만 1층과 2층은 공부대로 근린생활시설로 사용된 것으로 보아 비과세를 일부 배제하는 경정·고지를 했습니다. 청구인은 2층 일부도 주택이라며 다퉜지만 조세심판원은 2025년 11월 이를 받아들이지 않고 기각했습니다(조심 2025중3443).

그런데 과세관청은 그와 별개로 국세청장의 과세기준자문을 거쳐, 청구인이 그 건물에 2년 이상 거주하지 않았으므로 거주주택 비과세 특례 자체가 전부 배제되어야 한다고 보아 2025년 8월 추가 경정·고지를 했습니다. 이번 결정은 이 두 번째 처분에 대한 다툼입니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인의 논리는 상식적으로는 설득력이 있습니다. 요지는 이렇습니다. 건물을 소유한 아들이 그 건물에 2년 이상 거주했고, 장기임대주택 요건도 갖췄으므로 세대 단위로 보면 거주주택 비과세 요건은 이미 충족되었다는 것입니다. 그렇다면 같은 부동산의 부수토지를 소유한 청구인에게도 그 효과가 그대로 미쳐야 한다는 주장입니다.

구체적으로는 세 갈래였습니다. 첫째, 건물의 실제 사용 현황상 3층 전부와 2층 일부가 주택이었으므로 건물 전체를 주택으로 보아야 한다는 것. 둘째, 아들이 이미 거주요건을 충족한 뒤에 청구인이 합가했으므로 청구인 본인의 보유기간이나 거주기간과 무관하게 비과세를 적용해야 한다는 것. 셋째, 별도 세대로 각자 소유하던 상태에서 동일세대를 구성한 뒤 수용된 것이므로 수용에 따른 양도에 비과세를 적용해야 한다는 것입니다.

심판관회의에서는 한 가지를 더 보탰습니다. 이 부동산은 협의매수나 수용으로 넘어간 것이므로 소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 거주기간 요건 자체를 적용받지 않는다는 주장이었습니다. 수용은 납세자가 스스로 선택한 처분이 아니라는 점에서, 보유기간과 거주기간 제한을 풀어주는 규정이 실제로 존재합니다. 이 주장이 사건의 마지막 승부처였습니다.

과세관청의 반박, 두 축이었습니다

과세관청의 첫 번째 논거는 소유 구조에 관한 것입니다. 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 주택과 그 부수토지를 동일세대가 아닌 사람들이 각각 소유하고 있으면, 부수토지 소유자는 주택을 소유하지 않은 것으로 본다는 원칙입니다. 즉 부수토지가 비과세의 우산 안으로 들어오려면 최소한 동일세대라는 전제가 있어야 하고, 그 전제가 있다고 해서 요건 심사가 면제되는 것은 아니라는 것입니다.

두 번째 논거가 핵심입니다. 1세대 1주택 비과세의 거주기간은 보유기간 중에 거주한 기간만 산입하며, 이 사건처럼 세대원이 건물과 토지를 나눠 가진 경우에는 동일세대로서 주택과 부수토지를 함께 보유한 기간 중 거주한 기간이 2년 이상이어야 한다는 것입니다. 그런데 청구인과 아들이 주민등록상 동일세대가 된 것은 양도일 일주일 전입니다. 어떤 계산법을 쓰더라도 2년은 나오지 않습니다.

과세관청은 이 판단을 자체적으로 내리지 않고 국세청장에게 과세기준자문을 신청해 회신을 받은 뒤 처분했습니다. 실무적으로 의미가 있는 대목입니다. 해석이 갈릴 수 있는 사안에서 과세관청이 자문 절차를 거치면, 이후 불복 단계에서 처분의 근거가 한층 단단해지는 경향이 있습니다.

심판원의 판단, 명시적 근거가 없으면 확장하지 않는다

조세심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않았습니다. 출발점은 조세법규 해석의 대원칙입니다. 심판원은 대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결을 인용하면서, 과세요건이든 비과세요건이든 감면요건이든 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 명백한 특혜규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 밝혔습니다.

그 잣대를 이 사건에 대면 결론은 단순해집니다. 소득세법 시행령 제155조 제20항은 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 소유한 1세대가 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 거주주택을 양도하는 경우를 규정하고 있을 뿐입니다. 같은 세대의 서로 다른 구성원이 주택을 건물과 부수토지로 나눠 소유하다가 양도했을 때, 건물을 소유·양도한 세대원이 거주요건을 충족했다는 사정만으로 토지만 소유·양도한 세대원에게 그의 거주기간과 관계없이 곧바로 비과세를 적용한다는 명시적 근거는 어디에도 없다는 것입니다.

입법 취지도 같은 방향을 가리켰습니다. 심판원은 이 규정이 2011년 10월 시행령 개정으로 신설되었고, 기획재정부의 개정세법 자료상 취지가 전월세 시장 안정을 위한 임대주택 공급 활성화와 주택임대사업에 따른 거주용 자가주택의 양도세 부담 완화에 있다고 확인했습니다. 즉 임대사업을 하느라 부득이하게 따로 보유해 살던 집을 팔 때 부담을 덜어주자는 취지라는 것입니다.

그렇다면 이 사건에서 취지는 이미 달성될 수 있었습니다. 아들이 장기임대주택과 2년 이상 거주한 건물을 보유하다가 건물을 양도한 부분에 대해서는 특례를 적용받을 수 있습니다. 반면 청구인은 양도 일주일 전에 전입했을 뿐, 주택임대사업을 하는 세대의 구성원으로서 그 건물에 2년 이상 거주한 사람이 아닙니다. 청구인의 토지 양도까지 특례로 끌어들이는 해석은 취지에서 벗어난다고 본 것입니다.

수용이었는데 왜 거주요건이 면제되지 않았나

많은 분들이 가장 궁금해할 대목입니다. 소득세법 시행령 제154조 제1항은 주택 및 그 부수토지의 전부 또는 일부가 공익사업법에 따라 협의매수·수용되는 경우에는 보유기간과 거주기간의 제한을 받지 않는다고 정하고 있습니다. 사업인정 고시일 전에 취득한 주택과 부수토지라는 조건이 붙습니다. 청구인은 이 규정을 들고 나왔습니다.

심판원의 답은 이 규정이 놓인 자리를 보라는 것이었습니다. 제154조 제1항 본문은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우를 전제로 요건을 정하고, 그 단서에서 수용 등의 사유가 있으면 기간 제한을 풀어줍니다. 그런데 이 사건 세대는 양도 당시 이 부동산만 보유한 것이 아니라 임대주택도 함께 보유하고 있었습니다. 즉 애초에 1주택 세대가 아니었습니다.

그렇다면 순서는 이렇게 됩니다. 임대주택을 보유한 세대가 다른 한 채를 팔면서 1세대 1주택 규정을 쓰려면, 먼저 제155조 제20항의 요건을 충족해 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보는 관문을 통과해야 합니다. 그 관문을 통과해야 비로소 제154조 제1항이 적용되고, 그 안에서 수용에 따른 기간 제한 배제도 이야기할 수 있습니다. 청구인은 제155조 제20항의 거주요건을 충족하지 못했으므로 관문 앞에서 멈춰섰고, 수용이라는 사정만으로 곧바로 거주요건을 면제받을 수는 없다는 결론이 나왔습니다.

이 논리 구조는 임대주택을 가진 분들이 반드시 기억해야 할 부분입니다. 수용, 해외이주, 근무상 형편 같은 기간 제한 배제 사유는 1주택 세대에게 주어지는 완화 장치이지, 다주택 상태를 1주택으로 바꿔주는 장치가 아닙니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 것들

포인트 ①. 세대원끼리 건물과 토지를 나눠 갖는 순간 위험이 시작됩니다. 부수토지 소유자는 그 자체로는 주택 소유자가 아닙니다. 동일세대라는 사정 덕분에 비과세 논의의 무대에 오를 수는 있지만, 무대에 올랐다고 요건이 면제되지는 않습니다. 특히 거주요건은 세대의 다른 구성원이 채웠다고 해서 자동으로 옮겨 붙지 않습니다. 이 구조를 이미 만들어 두었다면 처분 전에 반드시 점검해야 합니다.

포인트 ②. 양도 직전 전입은 형식만 만들고 실질은 못 만듭니다. 이 사건에서 청구인은 양도 일주일 전 전입했습니다. 주민등록상 동일세대는 되었지만 거주기간 계산에서는 사실상 의미가 없었습니다. 거주기간은 주민등록표상 전입일부터 전출일까지로 계산합니다. 급하게 세대를 합치는 방식으로는 2년이라는 숫자를 만들 수 없습니다. 계획이 필요한 일은 최소 2년 전에 시작해야 합니다.

포인트 ③. 임대주택 한 채가 판을 완전히 바꿉니다. 임대사업자 등록을 해 둔 주택이 있으면 세대는 더 이상 1주택 세대가 아닙니다. 그 상태에서 다른 집을 팔 때는 거주주택 특례라는 별도의 문을 통과해야 하고, 그 문에는 보유기간 중 거주기간 2년이라는 자물쇠가 걸려 있습니다. 수용이든 무엇이든 이 자물쇠를 대신 열어주지 않습니다.

포인트 ④. 처분 순서를 설계하면 결과가 달라질 수 있었습니다. 심판원 스스로 지적했듯, 건물을 소유한 아들이 건물을 먼저 양도했다면 그 부분에 대해서는 특례를 적용받을 여지가 있었습니다. 문제는 수용이 토지와 건물을 동시에 가져갔다는 점입니다. 수용은 시점을 납세자가 정하기 어렵습니다. 그렇기 때문에 수용 가능성이 거론되는 지역이라면 보상 협의 이전에 명의 구조를 정리해 두어야 합니다. 사업인정 고시일이라는 시점도 별도로 작동하므로 미루면 선택지가 사라집니다.

포인트 ⑤. 공부상 용도와 실제 용도의 차이는 늘 다툼거리입니다. 이 사건 건물은 서류상 전부 근린생활시설이었고, 심판원은 3층만 주택으로 인정했습니다. 주택 부분과 그 외 부분이 섞인 건물은 주택 연면적이 그 외 부분보다 커야 전부를 주택으로 볼 수 있고, 작거나 같으면 주택 부분만 주택으로 봅니다. 부수토지도 그 비율대로 안분됩니다. 실제로 주거용으로 썼다는 주장은 사진, 임대차계약, 공과금 내역, 내부 시설 현황 같은 객관적 자료로 뒷받침되어야 합니다. 말로만 하면 받아들여지지 않습니다.

포인트 ⑥. 한 번 경정으로 끝나지 않을 수 있습니다. 이 사건에서 과세관청은 먼저 건물 용도를 문제 삼아 비과세를 일부 배제했고, 그 다툼이 진행되는 사이 과세기준자문을 거쳐 거주요건 미충족을 이유로 비과세를 전부 배제하는 두 번째 처분을 했습니다. 하나의 쟁점에 대응하는 동안 다른 쟁점이 새로 제기될 수 있다는 뜻입니다. 처음부터 사안 전체를 놓고 방어 논리를 세워야 하는 이유입니다.

포인트 ⑦. 신고 단계의 자체 판단은 위험합니다. 청구인은 수정신고를 두 차례 거치며 스스로 고가주택 1세대 1주택 비과세를 적용해 신고했습니다. 이후 경정으로 세액이 늘었고, 가산세 부담도 함께 커집니다. 구조가 복잡한 부동산일수록 신고 전에 적용 가능한 규정과 요건 충족 여부를 문서로 정리해 두는 것이 결국 비용을 줄입니다.

이 결정이 남긴 해석의 방향

이 사건은 참조결정으로 조심 2025중3443을 두고 있습니다. 같은 부동산, 같은 납세자를 둘러싼 두 개의 처분이 각각 심판 대상이 되었고 모두 기각되었습니다. 하나는 사실 인정의 문제, 즉 그 층이 주택으로 쓰였는지였고, 다른 하나는 법 해석의 문제, 즉 특례 규정을 어디까지 넓힐 수 있는지였습니다.

해석 문제에서 심판원이 세운 기준은 명확합니다. 비과세와 감면은 법문이 정한 범위 안에서만 작동한다는 것입니다. 세법이 상식과 다르게 느껴지는 순간이 바로 이 지점입니다. 납세자 입장에서는 같은 세대가 같은 부동산을 한꺼번에 수용당했는데 왜 한 사람만 과세되는지 납득이 어렵습니다. 그러나 규정은 소유자별로, 요건별로 적용됩니다. 감정이나 형평의 감각이 규정을 대신하지 못합니다.

거꾸로 말하면, 이런 구조는 사전에 손을 대면 충분히 다른 결과를 만들 수 있는 영역이기도 합니다. 명의를 어떻게 두느냐, 언제 전입하느냐, 어느 자산을 먼저 처분하느냐가 그대로 세액으로 이어집니다. 문제가 터진 뒤에 논리를 만드는 것보다 터지기 전에 구조를 바꾸는 것이 언제나 쉽습니다.

자주 묻는 질문

Q. 부모가 땅, 자녀가 건물을 갖고 있으면 무조건 비과세가 안 되나요?

무조건은 아닙니다. 동일세대라면 부수토지도 1세대 1주택 비과세 대상에 포함될 여지가 있습니다. 다만 이 사건처럼 보유·거주요건을 각자 기준으로 따져야 하는 상황이 되면 요건 충족이 어려워질 수 있습니다. 반대로 별도 세대라면 부수토지 소유자는 주택을 소유하지 않은 것으로 보아 비과세 대상에서 벗어나게 됩니다. 구조와 세대 관계, 기간을 함께 봐야 합니다.

Q. 수용되면 2년 거주 안 해도 비과세된다고 들었는데요?

그 규정은 존재합니다. 다만 양도일 현재 1세대가 국내에 1주택을 보유한 경우를 전제로 보유기간과 거주기간 제한을 풀어주는 것입니다. 임대주택 등 다른 주택을 함께 보유하고 있다면 먼저 특례로 1주택으로 보아지는 관문을 통과해야 합니다. 이 사건에서 청구인이 진 이유가 정확히 여기에 있습니다.

Q. 세대를 합친 뒤에 팔면 세대원의 거주기간을 이어받을 수 있나요?

일반적으로는 그렇지 않습니다. 거주기간과 보유기간을 통산해 주는 경우는 시행령이 따로 정하고 있습니다. 재건축된 주택, 비거주자가 거주자로 전환된 경우, 상속 당시 동일세대였던 상속인의 경우 등입니다. 단순 합가로 다른 세대원의 거주기간을 승계하는 규정은 마련되어 있지 않습니다.

Q. 공부상 근린생활시설인데 실제로 살고 있으면 주택으로 인정받나요?

소득세법은 허가 여부나 공부상 용도와 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 주택으로 봅니다. 다만 용도가 분명하지 않으면 공부상 용도를 따릅니다. 결국 주거용으로 쓴 사실을 얼마나 객관적으로 입증하느냐의 문제입니다. 이 사건에서는 3층은 인정되고 2층은 인정되지 않았습니다. 층별로 결론이 갈릴 수 있다는 점을 기억해야 합니다.

Q. 거주주택 비과세 특례는 몇 번까지 쓸 수 있나요?

장기임대주택을 보유한 경우의 거주주택 특례는 생애 한 차례, 거주주택을 최초로 양도하는 경우로 한정되어 있습니다. 그래서 어느 집을 언제 파느냐가 중요합니다. 한 번뿐인 기회를 요건이 불완전한 상태에서 써 버리면 되돌릴 수 없습니다. 처분 순서를 미리 설계해야 하는 이유입니다.

자가진단 체크리스트

• 주택 건물과 그 부수토지의 소유자 명의가 서로 다른가
• 다르다면 두 사람이 현재 같은 세대인가, 세대를 합친 시점은 언제인가
• 부수토지를 소유한 사람이 그 주택에 실제로 거주한 기간이 2년 이상인가
• 세대 구성원 중 임대사업자 등록을 하고 임대 중인 주택을 보유한 사람이 있는가
• 임대주택이 있다면 임대료 증가율 5퍼센트 제한 등 요건을 계속 지켜 왔는가
• 거주주택 비과세 특례를 과거에 이미 사용한 적이 있는가
• 건물의 공부상 용도와 실제 사용 용도가 일치하는가, 층별로 다르지 않은가
• 주거용 사용을 증명할 임대차계약서, 공과금 내역, 내부 사진 등이 남아 있는가
• 해당 지역에 개발사업이나 수용 계획이 거론되고 있는가, 사업인정 고시 전 취득인가
• 양도가액이 고가주택 기준을 넘어 과세 대상 양도차익이 발생하는 구간인가

이 중 두 개 이상에서 답이 불분명하다면, 신고서를 작성하기 전에 구조부터 점검하는 편이 안전합니다. 특히 명의가 갈려 있고 임대주택이 함께 있는 경우는 자체 판단으로 처리하기에 위험이 큽니다.

정리

이 결정의 메시지는 한 문장으로 요약됩니다. 비과세는 세대 전체의 사정으로 뭉뚱그려 판단되지 않고, 그 자산을 양도한 사람이 규정된 요건을 스스로 충족했는지로 판단된다는 것입니다. 같은 세대의 다른 구성원이 요건을 갖췄다는 사정, 수용이라는 비자발적 처분이었다는 사정만으로 요건이 대체되지는 않았습니다.

부모와 자녀가 건물과 토지를 나눠 갖는 구조는 지금도 널리 쓰입니다. 취득 단계에서는 유리해 보이지만 처분 단계에서 비용을 치르는 경우가 적지 않습니다. 특히 임대주택이 한 채라도 끼어 있으면 판단은 몇 배로 복잡해집니다. 매도 계약이나 보상 협의가 시작되기 전, 늦어도 그 이전 단계에서 명의 구조, 세대 구성, 거주 기간, 처분 순서를 함께 놓고 검토하시기 바랍니다.

이미 경정 고지를 받았다면 불복 기한이 따로 정해져 있으므로 시간을 흘려보내지 않는 것이 중요합니다. 사실관계와 증빙에 따라 다투어 볼 여지가 있는 사안도 분명히 있습니다. 다만 이 사건처럼 규정의 문언 자체가 명확한 영역에서는 사전 설계가 사후 다툼보다 훨씬 효과적입니다.

출처 · 조세심판원 조심 2025중4473 (2026.4.8. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제88조, 제89조 제1항 제3호, 제95조 / 소득세법 시행령 제154조 제1항, 제155조 제20항, 제156조, 제160조, 제167조의3 제1항 제2호

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)