공시가격으로 상속세 신고했더니 국세청이 감정평가를 받아 세금을 다시 매겼습니다 (조심 2026중2234)

공시가격으로 신고했는데, 1년 반 뒤에 세금이 다시 나왔습니다

상속이 개시되면 상속인들은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 안에 상속세를 신고해야 합니다. 이때 가장 큰 고민이 부동산을 얼마로 볼 것인가입니다. 아파트처럼 같은 단지에서 매매가 활발한 물건은 유사매매사례가액이 바로 잡히기 때문에 고민할 여지가 별로 없습니다. 그런데 다세대주택, 단독주택, 상가건물, 이른바 꼬마빌딩처럼 거래가 드문 부동산은 평가기간 안에 매매사례도, 감정가액도 없는 경우가 흔합니다. 이럴 때 실무에서는 상증세법 제60조 제3항과 제61조가 정한 보충적 평가방법, 즉 공동주택가격이나 개별주택가격, 기준시가로 신고하게 됩니다.

문제는 그 다음입니다. 신고를 마치고 납부까지 끝냈는데, 한참 뒤에 세무서에서 상속세 조사 통지가 오고, 조사 과정에서 과세관청이 직접 감정평가법인 두 곳에 감정을 의뢰합니다. 그리고 그 감정가액의 평균액을 상속개시일 현재의 시가로 보아 세금을 다시 계산해 고지합니다. 공시가격과 감정가액의 차이가 큰 지역일수록 추가 세액은 커집니다. 상속인 입장에서는 "법이 정한 대로 신고했는데 왜 뒤집히느냐"는 억울함이 생길 수밖에 없습니다. 이번 결정례는 바로 그 상황을 정면으로 다툰 사건입니다.

사건 경과, 사망부터 고지까지 무슨 일이 있었나

피상속인은 2024년 7월 27일에 사망했습니다. 상속재산 중에는 서울 송파구에 있는 다세대주택 9개호가 포함되어 있었습니다. 상속인 다섯 명은 이 주택들에 대해 평가기간(상속개시일 전후 6개월) 안에 매매사례가액이나 감정가액이 확인되지 않는다고 보아, 상증세법 제60조 제3항과 제61조의 보충적 평가방법에 따른 가액을 시가로 하여 상속세를 신고하고 납부했습니다.

이후 처분청은 2025년 10월 13일부터 12월 21일까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시했습니다. 조사 과정에서 처분청은 감정평가법인 두 곳에 감정을 의뢰했고, 감정평가서는 2025년 10월 15일자로 작성되었습니다. 두 감정기관은 모두 상속개시일인 2024년 7월 27일을 기준시점(가격산정기준일)으로 지정받아, 유사한 입지의 비교사례를 선정하고 거래사례비교법으로 감정가액을 산정했습니다. 비교사례의 거래시점은 2023년 11월 6일이었고, 여기에 한국부동산원이 발표하는 연립다세대 매매가격지수를 이용한 시점수정치를 반영했습니다.

처분청은 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서(이하 쟁점규정)에 따라 중부지방국세청 평가심의위원회에 시가 인정을 신청했고, 위원회는 2025년 11월 20일 "가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되므로 두 감정가액의 평균액을 평가기준일 현재의 시가로 볼 수 있다"고 심의했습니다. 처분청은 2026년 1월 23일 상속인들에게 상속세를 각각 결정, 고지했고, 상속인들은 2026년 4월 13일 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다.

상속인들의 주장, "시행령 자체가 무효다"

상속인들의 첫 번째 주장은 쟁점규정이 조세법률주의와 법률우위의 원칙에 위반되어 무효라는 것이었습니다. 논리는 이렇습니다. 조세채무는 법률 규정에 의해 성립하므로, 과세표준을 산정하는 기준은 과세관청과 납세자 모두에게 법률에 근거한 동일하고 고정된 기준으로 적용되어야 하는데, 쟁점규정은 하위법령인 시행령으로 과세관청에게만 유리한 별도의 통로를 열어 주었다는 것입니다.

구체적으로 상속인들은 2014년 개정된 상증세법 시행령 제49조 제2항 제2호를 근거로 들었습니다. 종전에는 감정평가서 작성일만 평가기간 안에 있으면 되었는데, 개정으로 가격산정기준일과 감정평가서 작성일이 모두 평가기간 안에 있어야 하는 것으로 요건이 강화되어 납세자의 소급감정이 제한되었다는 점입니다. 그런데 2019년 개정된 쟁점규정은 과세관청에 대해서는 평가기간이 지난 뒤 법정결정기한까지 감정을 실시하고 그 가액을 시가로 인정받을 수 있게 했으니, 결국 시가 인정 범위의 기준이 양쪽에 다르게 적용되는 결과가 된다는 주장입니다.

두 번째로 예측가능성 침해를 들었습니다. 납세자는 신고기한 6개월 안에 시가를 찾아 신고해야 하는 반면, 과세관청은 신고기한 이후 법정결정기한까지 어떤 재산을 골라 언제 감정할지 재량으로 정할 수 있고 그 선정 기준도 공개되어 있지 않으므로, 이미 신고와 납부를 마친 납세자의 법적 안정성이 심각하게 훼손된다는 것입니다. 또한 과세관청이 감정만 하면 언제나 시가가 인정된다면 "시가를 산정하기 어려운 경우"를 전제로 한 상증세법 제60조 제3항의 보충적 평가방법이 형해화된다고도 주장했습니다. 상속인들은 이와 관련해 서울행정법원 2025.12.15. 선고 2021구합85600 판결을 인용했습니다.

세 번째는 예비적 주장이었습니다. 설령 쟁점규정이 유효하더라도, 쟁점규정은 "가격변동의 특별한 사정이 없는 경우"에만 시가로 인정할 수 있게 되어 있고 그 사정이 없었다는 점은 과세관청이 증명해야 한다(대법원 1988.6.28. 선고 88누582 판결, 대법원 1998.7.10. 선고 97누10765 판결)면서, 이 사건에서는 그 요건이 충족되지 않았다고 했습니다. 근거로는 해당 주택의 공동주택 공시가격이 2024년과 2025년 사이 1.8퍼센트 상승한 점, 서울 동남권 매매가격지수가 2024년 7월부터 2025년 10월까지 98.4에서 104.1로 올랐고 특히 송파구는 94.2에서 110.9로 16.7포인트나 상승해 같은 기간 전국 상승폭 0.8과 비교할 수 없이 크다는 점을 제시했습니다.

과세관청의 반박, "감정은 상속개시일 시점으로 되돌려 계산했다"

처분청은 먼저 법령 체계로 답했습니다. 상증세법 제60조 제2항은 시가에 "수용가격, 공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"을 포함한다고 규정하면서 그 구체적 범위를 시행령에 위임하고 있고, 쟁점규정은 그 위임에 따라 평가기간 경과 후부터 법정결정기한까지의 매매 등 가액도 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가에 포함할 수 있게 한 절차 규정에 불과하다는 것입니다. 게다가 쟁점규정의 문언은 신청 주체를 납세자, 지방국세청장 또는 관할세무서장으로 나란히 적고 있어 감정 의뢰 주체를 납세자로 제한하고 있지 않다고 지적했습니다.

보충적 평가방법이 형해화된다는 주장에 대해서는, 과세관청이 모든 상속, 증여재산을 감정할 수는 없고 부동산 가격이 하락하는 국면에서는 감정가액이 보충적 평가액보다 낮게 나올 수도 있으므로 여전히 보충적 평가방법이 적용될 영역이 남아 있다고 반박했습니다.

가장 핵심적인 반박은 감정의 구조에 관한 것이었습니다. 처분청은 감정을 의뢰하면서 상속개시일을 기준시점으로 미리 지정했고, 감정기관들은 2023년 11월의 거래사례를 기초로 매매가격지수에 따른 시점수정치를 반영해 상속개시일 현재의 가액을 산출했으므로, 상속개시일 이후에 일어난 시세 상승이 감정가액에 개입할 여지가 없다는 것입니다. 감정평가서 작성일은 문자 그대로 서류를 작성한 날짜일 뿐이고, 평가기준일과 작성일 사이의 사정변경이 감정가액에 반영되는 구조가 아니라는 설명입니다. 또한 등기사항, 건축물대장, 이용현황을 확인한 결과 해당 기간에 형질변경, 용도변경, 이용상황 변경 등 객관적 교환가치에 직접 영향을 줄 개별적 사정은 확인되지 않았다고 했습니다.

심판원의 판단, 청구 기각

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 뼈대는 크게 두 갈래입니다.

첫째, 쟁점규정의 효력에 관하여 심판원은 상증세법 시행령 제49조 제1항이 상증세법 제60조 제2항의 위임을 받아 시가의 범위를 명확히 규정한 것이고, 이에 근거해 감정평가와 평가심의위원회 심의를 거쳐 이루어진 과세처분이 조세법률주의를 위반했다고 보기 어렵다고 했습니다. 해당 조항에 대해 대법원이나 헌법재판소가 위헌 또는 무효로 판단한 사실이 없다는 점도 근거로 들었습니다. 재결요지에서는 대법원 2026.4.2. 선고 2025두35499 판결이 같은 뜻이라고 명시했습니다. 즉 상속인들이 인용한 하급심 판결과 달리, 대법원은 쟁점규정이 시가 인정 범위를 구체화한 규정일 뿐 모법의 위임범위를 벗어난 무효 규정이 아니라는 입장을 밝힌 것입니다.

또한 심판원은 쟁점규정이 신청 주체로 납세자와 지방국세청장, 관할세무서장을 함께 규정하고 있는 점, 상증세법 제76조 제1항이 신고한 과세표준과 세액에 탈루나 오류가 있으면 조사해 결정하도록 정하고 있어 부과제척기간 안에 오류를 바로잡은 과세가 신의성실 원칙에 어긋난다고 보기 어렵다는 점(조심 2011서1357, 2011.10.19. 참조)을 들었습니다.

둘째, "가격변동의 특별한 사정"에 관하여 심판원은 처분청이 감정을 의뢰하면서 평가기준일을 기준시점으로 미리 지정했고 감정기관들이 비교사례 거래시점에 시점수정치를 반영해 평가기준일 현재의 객관적 교환가치를 적정하게 산정한 것으로 보이는 점, 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정된 점, 상속개시일부터 감정평가서 작성일까지 도시계획변경, 용도변경, 주변지역의 형태 및 이용상황 변화 등 가격변동을 일으킬 만한 특별한 사정이 확인되지 않는 점을 들어 처분에 잘못이 없다고 판단했습니다(조심 2025부2572, 2025.11.4. 외 다수 참조).

결론을 가른 지점, 지수 상승과 개별 사정의 차이

이 사건에서 상속인들이 내놓은 반박 카드는 사실상 하나였습니다. 공시가격이 올랐고 송파구 매매가격지수가 크게 올랐으니 가격변동의 특별한 사정이 있다는 것입니다. 숫자만 보면 설득력이 있어 보입니다. 같은 기간 전국 지수가 0.8포인트 오를 때 송파구는 16.7포인트 올랐다는 것은 결코 작은 변동이 아닙니다.

그런데 심판원과 처분청이 본 지점은 달랐습니다. 감정의 기준시점이 이미 상속개시일로 고정되어 있었고, 시점수정을 통해 그 시점의 가액으로 환산되었다면, 그 이후의 시세 상승은 감정가액 안에 들어올 수 없다는 구조적 논리입니다. 즉 지수가 올랐다는 사실은 "감정가액이 상속개시일의 가치를 과대평가했다"는 증명이 되지 못합니다. 오히려 감정평가가 상속개시일 이후의 상승분을 걷어내고 계산했다는 점을 확인해 주는 자료로 읽힐 수도 있습니다.

여기에 처분청은 등기사항, 건축물대장, 이용현황까지 확인해 개별적 변화가 없었다는 점을 제시했습니다. 결국 일반적 가격지표 대 물건 자체의 개별적 사정이라는 구도에서, 후자를 제시하지 못한 쪽이 졌습니다. 이 사건에서 가격변동의 특별한 사정을 다투려 했다면 해당 다세대주택 9개호에 관한 도시계획 변경, 용도지역 변경, 재건축이나 재개발 구역 지정 여부, 인접 대규모 개발사업의 착공, 물건의 물리적 상태 변화처럼 그 물건에만 해당하는 사건을 자료로 제시했어야 방향이 맞았습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 신고를 끝냈다고 끝난 것이 아닙니다

포인트 ①. 상속세 신고기한과 법정결정기한은 다릅니다. 상속세 신고기한은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월입니다. 그러나 과세관청의 법정결정기한은 상증세법 시행령 제78조 제1항에 따라 신고기한부터 9개월입니다. 이 사건에서 감정평가서 작성일이 신고기한 만료 후 약 9개월 무렵이었던 것도 이 기한을 의식한 일정으로 보입니다. 다시 말해 상속인은 신고와 납부를 마친 뒤에도 상당 기간 평가가 뒤집힐 수 있는 구간에 놓여 있습니다. 증여세는 신고기한부터 6개월입니다. 이 기간을 달력에 표시해 두고 자금 계획을 세우는 것이 현실적입니다.

포인트 ②. 위험 구간에 있는 물건인지 먼저 판단해야 합니다. 같은 상속재산이라도 위험도가 다릅니다. 단지 내 거래가 활발한 아파트는 유사매매사례가액이 잡히므로 사후 감정의 실익이 적습니다. 반면 다세대주택, 단독주택, 상가, 토지, 이른바 꼬마빌딩처럼 거래가 드물어 공시가격이나 기준시가로 신고할 수밖에 없는 물건, 그리고 공시가격과 실제 시세의 격차가 큰 지역의 물건은 사후 감정의 대상이 될 가능성이 상대적으로 높습니다. 신고 전 단계에서 이 구분을 먼저 하는 것이 출발점입니다.

포인트 ③. 납세자도 감정을 신청할 수 있는 통로가 열려 있습니다. 심판원이 명시적으로 지적한 것처럼, 쟁점규정은 신청 주체를 과세관청으로 한정하지 않고 납세자도 포함하고 있습니다. 또한 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호는 둘 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액을 시가로 인정하고 있습니다. 다만 납세자가 제시하는 감정가액은 가격산정기준일과 감정평가서 작성일이 모두 평가기간 안에 있어야 한다는 요건이 있으므로, 상속개시 후 시간이 지나 버리면 이 통로 자체를 쓸 수 없게 됩니다. 감정을 활용할지 여부는 세부담과 향후 양도 시 취득가액까지 함께 놓고 판단할 문제이므로, 상속개시 직후 이른 시점에 검토를 시작하는 것이 선택지를 넓히는 방법입니다.

포인트 ④. 감정가액을 다투려면 감정 자체를 다퉈야 합니다. 이 사건에서 상속인들은 시행령의 효력과 시장 지수를 다퉜을 뿐, 두 감정평가서의 내용 자체를 다투지는 못했습니다. 실무에서 감정가액을 실질적으로 다투려면 비교사례 선정이 적정했는지, 개별요인 비교치가 합리적인지, 시점수정치 적용에 오류가 없는지, 물건의 원형대로 감정한 것인지 같은 감정평가서 내부의 문제를 짚어야 합니다. 시행령 제49조 제1항 제2호 단서는 납부목적에 적합하지 않은 조건부 감정이나 평가기준일 현재 원형대로 감정하지 않은 경우를 시가에서 제외하고 있으므로, 이 요건에 걸리는지도 확인 대상입니다.

포인트 ⑤. "가격변동의 특별한 사정"의 뜻을 오해하지 마십시오. 이 문구는 시장 전체가 올랐다는 의미가 아니라 해당 물건의 객관적 교환가치를 직접 바꿀 만한 개별적 사건을 의미하는 방향으로 운용되고 있습니다. 도시계획 변경, 용도 변경, 형질 변경, 이용상황 변경, 주변지역 형태 변화 등이 심판원이 언급한 예시입니다. 이 부분을 다투려면 지수 그래프가 아니라 물건별 공적 장부와 인허가 자료를 모아야 합니다.

포인트 ⑥. 세금은 상속세 하나로 끝나지 않습니다. 감정가액으로 상속재산이 높게 평가되면 당장의 상속세는 늘지만, 그 가액이 향후 그 부동산을 양도할 때의 취득가액이 됩니다. 상속 후 비교적 이른 시기에 처분할 계획이 있다면 상속세와 양도소득세를 합쳐서 본 총부담이 달라질 수 있습니다. 반대로 장기간 보유할 계획이라면 판단이 달라집니다. 어느 쪽이 유리한지는 상속공제 규모, 상속인 구성, 처분 시기, 다른 상속재산의 종류에 따라 사안마다 다르므로 일률적으로 말할 수 없습니다.

포인트 ⑦. 조사 통지를 받은 뒤의 대응 순서가 있습니다. 상속세 조사 과정에서 과세관청이 감정을 의뢰했다는 사실을 알게 되면, 감정평가서의 기준시점, 비교사례, 시점수정 근거를 확인하고 평가심의위원회 심의 단계에서 의견을 제출할 수 있는지부터 검토하는 것이 순서입니다. 고지서를 받은 뒤 불복하는 것보다 결정 전 단계에서 자료를 제출하는 편이 대체로 부담이 적습니다.

자주 묻는 질문

Q. 공시가격으로 신고한 것 자체가 잘못인가요?

아닙니다. 평가기간 안에 매매사례가액이나 감정가액 등 시가로 볼 자료가 없다면 상증세법 제60조 제3항과 제61조에 따른 보충적 평가방법으로 신고하는 것이 법에 맞는 방식입니다. 이 사건에서도 심판원은 상속인들의 신고 자체를 잘못이라고 하지 않았습니다. 다만 과세관청이 법정결정기한 안에 감정을 통해 시가를 확인하면 그 가액이 우선 적용될 수 있다는 것이 결론입니다.

Q. 신고기한이 지났는데도 세금이 바뀔 수 있는 기간은 언제까지인가요?

쟁점규정이 정한 통로는 평가기간이 지난 후부터 법정결정기한까지입니다. 상속세의 법정결정기한은 신고기한부터 9개월, 증여세는 신고기한부터 6개월입니다. 다만 이와 별개로 국세부과제척기간 안에서는 탈루나 오류가 확인되면 조사와 경정이 이루어질 수 있습니다.

Q. 상속인이 먼저 감정을 받아 신고하면 사후 감정을 막을 수 있나요?

납세자가 평가기간 안에 요건을 갖춘 감정가액으로 신고하면 그 가액이 시가로 인정될 수 있습니다. 다만 그 감정가액이 시행령이 정한 기준금액에 미달하는 경우 등에는 세무서장이 다른 감정기관에 재감정을 의뢰할 수 있는 절차도 함께 규정되어 있습니다. 절대적인 차단 장치는 아니므로, 감정을 받을지 여부와 시기는 물건 성격과 세부담 전체를 놓고 판단해야 합니다.

Q. 감정평가서 작성일이 상속개시일로부터 1년이 넘었는데 그래도 시가인가요?

이 사건에서 심판원은 감정평가서 작성일은 서류를 작성한 날짜일 뿐이고, 감정 자체가 상속개시일을 기준시점으로 지정받아 시점수정을 거쳐 산정되었다면 상속개시일 현재의 객관적 교환가치를 반영한 것으로 볼 수 있다고 판단했습니다. 작성일까지의 기간이 길다는 사정만으로는 다투기 어렵다는 뜻입니다.

Q. 집값이 크게 오른 지역이면 유리한 사정 아닌가요?

이 사건에서는 반대로 작용했습니다. 감정이 상속개시일 기준으로 시점수정을 거쳐 산정되었기 때문에, 그 이후의 상승은 감정가액에 반영되지 않았다는 논리로 정리되었습니다. 시장 지수만으로 가격변동의 특별한 사정을 인정하면 사후 감정을 시가로 볼 수 있게 한 규정의 취지에 맞지 않는다는 점도 지적되었습니다.

자가진단 체크리스트

• 상속재산 중에 다세대주택, 단독주택, 상가, 토지 등 거래사례가 드문 부동산이 있습니까.
• 해당 부동산의 공시가격 또는 기준시가와 인근 실거래 수준 사이에 큰 격차가 있습니까.
• 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월(신고기한)과, 거기서 다시 9개월(법정결정기한)이 각각 언제인지 확인해 두었습니까.
• 보충적 평가방법으로 신고할 경우와 감정을 받아 신고할 경우의 세액 차이를 비교해 보았습니까.
• 상속 후 그 부동산을 처분할 계획이 있다면, 양도소득세 취득가액까지 포함해 총부담을 계산해 보았습니까.
• 상속세 조사 통지를 받았다면 과세관청의 감정 의뢰 여부와 감정평가서의 기준시점, 비교사례를 확인했습니까.
• 가격변동을 다툴 생각이라면 지수 자료가 아니라 해당 물건의 도시계획, 용도, 이용상황 변경 자료를 확보했습니까.
• 공동상속인 사이에 추가 고지세액을 어떻게 분담할지 미리 협의해 두었습니까.

정리

이 사건의 결론은 명확합니다. 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서는 상증세법 제60조 제2항의 위임을 받아 시가의 범위를 구체화한 규정이고, 이에 따라 과세관청이 평가기간 경과 후 법정결정기한까지 감정을 의뢰해 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정한 처분은 조세법률주의나 법률우위 원칙에 위반되지 않는다는 것입니다. 대법원도 같은 취지로 판단한 것으로 재결요지에 적시되어 있습니다.

그리고 실무적으로 더 중요한 메시지는 따로 있습니다. 보충적 평가방법으로 신고했다고 해서 그 가액이 확정되는 것이 아니라는 점, 그리고 이 흐름을 뒤집으려면 시행령의 효력을 다투는 추상적 주장이 아니라 감정평가서의 내용과 그 물건 고유의 개별적 사정을 자료로 제시해야 한다는 점입니다. 이 사건 상속인들이 제시한 것은 공시가격 변동률과 지역 매매가격지수뿐이었고, 그것으로는 감정가액이 상속개시일의 가치를 잘못 반영했다는 결론에 이르지 못했습니다.

상속이 개시되었고 재산 중에 시세 파악이 어려운 부동산이 섞여 있다면, 신고서를 쓰기 전에 어떤 평가방법으로 갈 것인지, 사후 감정 가능성은 어느 정도인지, 향후 처분 계획은 무엇인지를 한 번에 놓고 설계하는 것이 좋습니다. 신고를 마친 뒤에 방향을 바꾸려 하면 선택지가 크게 줄어듭니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026중2234 (2026.8.10. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제60조, 「같은 법 시행령」 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)