상가 팔면서 임차인에게 준 명도비, 건물분만 경비로 넣었다가 전부 부인됐습니다 (조심 2026서1135)

상가를 넘기면서 임차인을 내보내는 비용, 어디까지 경비가 될까

상가 건물을 파는 계약을 하다 보면 거의 예외 없이 등장하는 조항이 있습니다. "명도는 매도인 책임하에 잔금일까지 완료한다"는 특약입니다. 매수인 입장에서는 임차인이 그대로 남아 있는 건물을 받는 것이 부담스럽고, 매도인 입장에서는 그 조건을 받아들여야 계약이 성사되니 결국 매도인이 임차인과 협의해 이사비, 영업 보상금, 합의금 같은 명목의 돈을 지급하게 됩니다. 임대차 기간이 남아 있는 상태에서 나가 달라고 요청하는 것이라 금액도 결코 작지 않습니다.

이렇게 지출한 돈을 양도소득세 신고에서 필요경비로 빼는 것 자체는 법에 근거가 있습니다. 다만 실무에서 다툼이 생기는 지점은 따로 있습니다. 첫째, 지급한 돈 전부가 명도비인가입니다. 임차인에게 건네준 금액 중에는 원래 돌려줘야 할 보증금이 섞여 있는 경우가 많은데, 보증금 반환은 명도비가 아닙니다. 둘째, 그 명도비가 건물만의 비용인가입니다. 임대차계약은 건물에 대해 체결하니 명도비도 건물 비용 아니냐는 생각이 자연스럽지만, 세법은 그렇게 보지 않습니다. 셋째, 토지 취득가액을 환산취득가액으로 신고한 경우 그 토지에 배분된 명도비가 실제로 공제되는지입니다.

이번에 소개하는 조세심판원 결정은 이 세 가지 쟁점이 한 사건에서 모두 나온 사례입니다. 오래 보유한 땅 위에 상가를 지어 임대하다가 토지와 건물을 한꺼번에 판 분이라면, 그리고 계약서에 명도 특약이 들어가 있다면 결론이 어떻게 갈렸는지 꼼꼼히 볼 필요가 있습니다.

사건 경과, 20년 보유한 땅과 그 위에 새로 지은 상가

청구인은 2001년 6월에 서울 강남 소재 토지를 취득했습니다. 그 후 2011년 7월에 그 땅 위에 있던 기존 건물을 철거하고 새 건물을 신축해 취득했습니다. 즉 토지는 2001년 취득, 건물은 2011년 신축 취득으로 취득 시점과 취득 경위가 서로 다릅니다. 이 차이가 뒤에 나올 취득가액 산정 방식의 차이로 이어집니다.

2020년 10월 27일, 청구인은 이 토지와 건물을 한 법인에게 일괄 양도하는 매매계약을 체결했습니다. 계약서에는 토지분 금액과 건물분 금액을 각각 적고 건물분 부가가치세는 별도로 정했습니다. 그리고 특약사항 제4조에 "청구인의 책임하에 2021년 4월 30일까지 명도를 완료한다"는 조항을 넣었습니다. 잔금일까지 기존 임차인을 모두 내보내야 하는 의무를 매도인이 진 것입니다.

임대차 기간이 남아 있는 임차인들을 예정일까지 퇴거시키려면 협의가 필요했고, 청구인은 그 과정에서 상당한 금액을 지출했습니다. 그리고 2021년 4월 30일에 잔금을 받고 소유권을 넘겼습니다.

양도소득세 신고 단계에서 청구인은 두 가지 처리를 했습니다. 하나는 취득가액입니다. 토지는 환산취득가액으로, 건물은 실지거래가액으로 각각 구분해 계산했습니다. 오래전에 취득한 토지는 실제 취득가액을 입증할 자료가 마땅치 않았을 것이고, 2011년에 직접 신축한 건물은 공사비 등 실제 지출액이 확인되었을 것입니다. 다른 하나는 양도가액 구분입니다. 계약서에 적힌 토지분과 건물분 금액이 기준시가로 안분한 금액과 30퍼센트 이상 차이가 나서, 소득세법 제100조 제2항에 따라 안분계산으로 토지분과 건물분 양도가액을 다시 산정했습니다. 그런 다음 명도비 등을 필요경비로 공제해 2021년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했습니다.

그로부터 몇 년 뒤인 2025년 3월 18일부터 4월 16일까지 과세관청의 양도소득세 조사가 진행되었습니다. 조사 결과 신고한 필요경비 중 일부만 인정되었고, 2025년 6월 9일 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세가 결정 고지되었습니다. 청구인은 2025년 8월 5일 이의신청을 거쳐 2026년 1월 20일 심판청구를 제기했고, 2026년 4월 28일 기각 결정이 나왔습니다.

청구인의 주장, 임대차는 건물에 대한 것이니 명도비도 건물 비용이다

청구인 주장의 뼈대는 명확했습니다. 상가건물 임대차보호법은 상가건물의 임대차에 적용되는 법이지 토지의 임대차에 적용되는 법이 아니라는 것입니다. 같은 법 제2조는 적용 범위를 상가건물의 임대차로 정하고 있고, 제3조의 대항력도 임차인이 제3자에게 건물의 임대차 관계를 주장할 수 있는 효력을 뜻합니다. 그러니 대항력을 가진 임차인의 영업권과 점유권을 되찾아오기 위해 지급한 돈은 성격상 건물의 점유 해제 대가이고, 임차인에 대한 보상 성격의 비용이라는 논리였습니다.

또한 청구인은 계약서 특약 제4조에서 명도를 매도인 책임으로 정한 이유를 설명했습니다. 건물 인도가 되지 않으면 계약 해제 위험이 생기니 그 위험을 막기 위한 조항이었고, 따라서 그 이행 과정에서 나온 비용은 건물분 부가가치세와 마찬가지로 건물의 양도에 직접 결부된 비용으로 봐야 한다는 것이었습니다. 건물에만 붙는 부가가치세를 예로 든 점이 인상적입니다.

법령 근거로는 2018년 2월 13일 개정된 소득세법 시행령 제163조를 들었습니다. 이 개정으로 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위하여 양도자가 지출하는 명도비용이 필요경비로 명문화되었으니, 자신이 지출한 비용은 명백히 필요경비이고 이를 토지와 건물로 안분해 일부만 인정한 처분은 위법하다는 취지였습니다.

과세관청의 반박, 인도의무의 대상은 건물이 아니라 부동산 전체다

과세관청의 반박은 두 갈래였습니다. 먼저 금액의 문제입니다. 청구인이 명도비라고 주장한 금액 전부가 명도 목적으로 쓰인 것은 아니라는 지적입니다. 그중 일부는 전세보증금 반환으로 지급된 것이어서 명도비로 인정할 수 없다고 보았습니다. 조사 결과 실제 명도 목적으로 지출된 것으로 확인되는 금액은 신고액보다 적었습니다.

다음은 귀속의 문제입니다. 양도비는 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용인데, 이 사건 명도비는 토지와 건물을 하나로 묶어 파는 계약의 조건에 따라 지출된 것입니다. 매매계약의 목적물은 건물만이 아니라 토지와 건물 전체이고, 특약이 정한 인도의무도 그 전체에 대한 것입니다. 그러니 건물의 양도에만 귀속되는 양도비로 볼 수 없다는 것이 과세관청의 입장이었습니다.

결론적으로 과세관청은 실제 명도 목적으로 확인된 금액을 공통 양도비용으로 보고, 소득세법 제100조 제2항 후단이 정한 대로 토지와 건물의 양도가액에 비례해 안분한 뒤, 환산취득가액으로 신고한 토지분에 해당하는 명도비는 부인하고 건물분에 해당하는 금액만 필요경비로 인정했습니다.

심판원 판단, 세 가지 이유로 기각

심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않고 심판청구를 기각했습니다. 판단 근거는 세 가지로 정리됩니다.

첫째, 명도비로 확인되는 금액이 신고액과 달랐습니다. 심판원은 소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라목이 매매계약에 따른 인도의무 이행을 위해 지출하는 명도비용을 필요경비로 규정하고 있다는 점을 먼저 확인한 뒤, 조사 결과 실제 명도 목적으로 지출된 것으로 확인되는 비용은 청구인이 주장한 금액이 아니라 그보다 적은 금액이라고 보았습니다. 같은 시행령 제163조 제5항은 필요경비로 인정받으려면 적격증빙을 수취 보관하거나 실제 지출 사실이 금융거래 증명서류로 확인되어야 한다고 정하고 있습니다. 명목이 무엇이든 실제 성격이 보증금 반환이라면 명도비가 될 수 없다는 것입니다.

둘째, 명도비의 귀속은 임대차계약이 아니라 매매계약을 기준으로 판단했습니다. 이 부분이 이 사건의 핵심입니다. 심판원은 해당 비용이 매매계약상 인도의무를 규정한 특약사항 제4조에 따라 잔금지급일 이전에 임차인을 퇴거시키면서 지급한 비용이라는 점에 주목했습니다. 즉 이 돈이 나간 원인은 상가건물 임대차보호법상의 임대차 관계 자체가 아니라, 토지와 건물을 함께 넘기기로 한 매매계약의 이행이라는 것입니다. 매매계약의 목적물이 부동산 전체인 이상 그 인도의무를 이행하려고 지출한 명도비용도 건물에 한정된 필요경비라고 인정하기 어렵다고 판단했습니다.

청구인이 강조한 상가건물 임대차보호법 논리는 임차인과 임대인 사이의 사법상 법률관계를 설명하는 데는 맞지만, 세법상 필요경비의 귀속을 가르는 기준은 아니었던 셈입니다. 세법은 그 지출이 어느 자산을 양도하기 위해 직접 지출되었는지를 보는데, 이 사건에서 지출의 직접 원인은 부동산 전체를 넘기는 계약이었습니다.

셋째, 토지분 명도비는 환산취득가액 구조 때문에 어차피 공제되기 어려웠습니다. 심판원은 청구인이 토지를 환산취득가액으로 신고했다는 점을 지적하면서, 설령 그 금액을 실제로 지출했다 하더라도 토지 관련 자본적 지출액과 양도비의 합계가 환산취득가액과 개산공제액의 합계보다 크지 않은 이상 이를 필요경비로 공제할 수 없다고 보았습니다. 결국 안분한 토지분 명도비를 인정하든 안 하든 세액 계산에 반영되지 않는 구조였던 것입니다.

환산취득가액을 쓰면 왜 다른 경비가 사라지는가

이 부분은 실무에서 가장 많이 오해되는 지점이라 따로 짚습니다. 소득세법 제97조 제2항은 취득가액을 실지거래가액으로 하는 경우와 그 밖의 경우를 나누어 필요경비 계산 방법을 달리 정하고 있습니다.

취득가액을 실지거래가액으로 하는 경우에는 실지거래가액에 자본적 지출액과 양도비를 더합니다. 즉 취득가액과 별개로 리모델링비, 중개보수, 명도비 등을 추가로 뺄 수 있습니다.

반면 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우에는 환산취득가액에 자산별로 정해진 개산공제액을 더한 금액을 필요경비로 봅니다. 토지의 개산공제액은 시행령 제163조 제6항 제1호에 따라 취득 당시 개별공시지가의 3퍼센트입니다. 그리고 단서에서 선택권을 줍니다. 환산취득가액과 개산공제액의 합계액이, 실제 자본적 지출액과 양도비의 합계액보다 적으면 후자를 필요경비로 할 수 있다는 것입니다.

여기서 중요한 것은 이 둘이 더해지는 관계가 아니라 둘 중 하나를 고르는 관계라는 점입니다. 오래 보유한 토지는 환산취득가액이 크게 산정되는 경우가 많아 대부분 앞의 조합을 선택하게 되는데, 그러면 실제로 지출한 자본적 지출액과 양도비는 세액 계산에 들어가지 못합니다. 이 사건에서 토지분 명도비가 부인된 실질적인 이유가 바로 이것입니다. 반대로 건물은 실지거래가액으로 신고했기 때문에 건물분 명도비는 별도로 더해질 수 있었습니다.

토지와 건물 양도가액 안분, 30퍼센트 규정도 함께 작동했다

이 사건에는 또 하나의 조문이 작동했습니다. 소득세법 제100조 제2항과 제3항입니다. 토지와 건물을 함께 양도한 경우 원칙은 각각 구분해 기장하는 것이지만, 구분이 불분명하면 기준시가 등을 고려해 안분계산합니다. 그리고 제3항은 구분 기장한 가액이 기준시가 등으로 안분한 가액과 30퍼센트 이상 차이가 나면 구분이 불분명한 것으로 본다고 정하고 있습니다.

이 사건에서도 계약서상 토지분과 건물분 금액이 안분가액과 30퍼센트 이상 차이가 나서 청구인 스스로 신고 단계에서 안분계산으로 양도가액을 재산정했습니다. 그리고 같은 조 제2항 후단은 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다고 명시합니다. 명도비를 공통 양도비용으로 본 이상, 안분은 법 문언 그대로의 처리였던 셈입니다.

실무적으로 보면 계약서에 토지 금액과 건물 금액을 임의로 배분해 적더라도 그 배분이 30퍼센트 기준을 넘어서면 세법상으로는 무시되고 다시 안분된다는 뜻입니다. 건물분 비중을 높여 명도비를 더 많이 배분받으려는 시도 역시 이 규정 앞에서는 효과를 기대하기 어렵습니다.

항목별 판단 결과 한눈에 보기

실무 포인트, 결론을 가른 지점과 지금 해야 할 일

포인트 하나. 임차인에게 준 돈을 성격별로 쪼개서 기록하십시오. 이 사건에서 첫 번째로 깎인 부분은 법리 다툼도 아니고 보증금 반환분이었습니다. 임차인과 합의할 때 보증금 반환, 잔여 임대기간에 대한 보상, 이사비, 원상회복 면제 대가 등이 한 덩어리로 오가면 나중에 전액을 명도비라고 주장하기 어렵습니다. 합의서에 항목과 금액을 나누어 적고, 항목별로 계좌이체 내역을 남기는 것이 가장 확실합니다. 시행령 제163조 제5항은 증빙 수취 보관 또는 금융거래 증명서류에 의한 확인을 요구하므로, 현금 지급은 특히 위험합니다.

포인트 둘. 계약서 문구만으로 비용 귀속을 바꿀 수는 없습니다. 청구인은 특약이 건물 인도를 위한 것이었다고 설명했지만, 심판원은 매매 목적물이 토지와 건물 전체라는 점을 근거로 공통비용으로 보았습니다. 다만 이는 뒤집어 말하면 매매계약과 별개로 발생한 비용이라면 결론이 달랐을 수 있다는 뜻이기도 합니다. 매도 계약과 무관하게 임대차 분쟁을 정리하며 지출한 비용, 건물 자체에만 결부되는 지출은 성격이 다르므로, 시점과 원인을 구분해 자료를 남겨 두는 것이 중요합니다.

포인트 셋. 토지 환산취득가액을 쓸 계획이라면 매도 전에 세액을 두 가지로 시뮬레이션하십시오. 환산취득가액은 실제 취득가액 자료가 없을 때 유용하지만, 그 대가로 자본적 지출액과 양도비를 별도로 더하지 못합니다. 오래 보유한 토지 위에 상가를 지어 파는 구조라면 토지에 배분될 비용이 사실상 전부 사라질 수 있다는 점을 계약 전에 알고 있어야 협상 전략도 달라집니다. 예를 들어 명도 의무를 누가 부담할지, 그에 상응하는 매매대금 조정을 어떻게 할지에 대한 판단이 바뀝니다.

포인트 넷. 토지와 건물 금액 배분은 30퍼센트 기준을 먼저 계산해 보십시오. 계약서에 원하는 대로 적어도 기준시가 안분액과 30퍼센트 이상 차이가 나면 세법상 구분이 불분명한 것으로 보아 다시 안분됩니다. 이 사건 청구인도 신고 단계에서 이미 재산정을 했습니다. 계약 협상 단계에서 기준시가 기준 안분액을 미리 산출해 두면 예상 세액과 실제 세액의 차이를 줄일 수 있습니다.

포인트 다섯. 조사와 불복은 시간이 오래 걸립니다. 이 사건은 2021년 양도분에 대해 2025년에 조사와 부과처분이 이루어졌고, 이의신청과 심판청구를 거쳐 2026년에 결정이 났습니다. 양도한 지 몇 년이 지나 자료를 찾으려면 이미 임차인과 연락이 끊겼거나 통장 거래내역 확인이 번거로운 경우가 많습니다. 신고 시점에 증빙 파일을 한 폴더로 정리해 보관하는 습관이 결국 세액을 지킵니다. 국세 부과제척기간을 고려하면 최소 5년 이상은 보관해야 합니다.

포인트 여섯. 부가가치세와 명도비를 같은 선상에 두지 마십시오. 청구인은 건물분 부가가치세를 예로 들었지만, 부가가치세는 법령상 과세 대상이 건물로 특정되어 있어 처음부터 귀속이 분명한 항목입니다. 반면 명도비는 귀속이 법으로 정해진 것이 아니라 지출 원인을 따져 판단하는 항목입니다. 성격이 다른 두 항목을 유추해 주장하면 설득력이 떨어집니다.

자주 묻는 질문

Q. 임차인에게 준 이사비도 명도비로 인정되나요?

소득세법 시행령 제163조 제5항 제1호 라목은 매매계약에 따른 인도의무를 이행하기 위해 양도자가 지출하는 명도비용을 필요경비로 규정합니다. 이사비 명목이라도 실제로 인도의무 이행을 위한 지출이고 증빙과 금융거래 내역으로 확인되면 인정 가능성이 있습니다. 다만 명목과 실질이 다르면 부인될 수 있으므로 합의서와 이체내역을 함께 갖추는 것이 안전합니다.

Q. 임차인에게 돌려준 보증금은 왜 경비가 안 되나요?

보증금 반환은 임대차 종료에 따라 원래 이행해야 할 채무의 이행일 뿐, 자산을 양도하기 위해 추가로 부담한 비용이 아닙니다. 이 사건에서도 과세관청은 보증금 반환에 해당하는 부분을 명도비로 인정하지 않았고 심판원도 이를 받아들였습니다.

Q. 임대차계약은 건물에 대한 것인데 왜 토지에도 나눠지나요?

세법이 보는 것은 임대차계약이 아니라 그 돈이 나가게 된 직접 원인입니다. 이 사건에서는 토지와 건물을 함께 넘기는 매매계약의 특약에 따라 인도의무를 이행하느라 지출한 비용이었기 때문에, 매매 목적물 전체에 관한 공통 양도비용으로 보아 소득세법 제100조 제2항에 따라 양도가액 비율로 안분했습니다.

Q. 토지를 환산취득가액으로 신고하면 중개보수도 못 빼나요?

환산취득가액을 적용하는 경우 환산취득가액에 개산공제액을 더한 금액과, 실제 자본적 지출액에 양도비를 더한 금액 중 하나를 선택하는 구조입니다. 두 가지를 합산하는 것이 아닙니다. 따라서 앞의 조합을 선택하면 중개보수를 포함한 양도비는 별도로 공제되지 않습니다. 어느 쪽이 유리한지는 개별 수치로 계산해 봐야 합니다.

Q. 계약서에 명도비는 건물 매매를 위한 것이라고 명시하면 달라지나요?

문구 하나로 세법상 귀속이 결정되지는 않습니다. 이 사건에서도 청구인은 특약의 취지를 설명했지만 매매 목적물이 부동산 전체라는 실질이 우선했습니다. 다만 실제 지출 구조와 원인이 건물에만 결부되도록 거래를 설계했다면 판단이 달라질 여지는 있으므로, 계약 체결 전에 세무 검토를 받는 것이 바람직합니다.

자가진단 체크리스트

• 토지와 건물을 함께 파는 계약서에 명도 완료 특약이 들어가 있습니까?
• 임차인에게 지급한 금액 중 보증금 반환분과 보상금이 항목별로 구분되어 있습니까?
• 지급 내역이 전부 계좌이체로 남아 있고 합의서나 영수증을 보관하고 있습니까?
• 토지 취득가액을 환산취득가액으로 할지 실지거래가액으로 할지 두 경우의 세액을 비교해 보았습니까?
• 계약서상 토지분과 건물분 금액이 기준시가 안분액과 30퍼센트 이상 차이 나지 않는지 확인했습니까?
• 건물은 실지거래가액, 토지는 환산취득가액처럼 방식이 다를 때 각 비용이 어디에 붙는지 정리해 두었습니까?
• 양도 후 5년 이상 증빙을 보관할 준비가 되어 있습니까?

정리

이 사건의 결론은 명도비가 필요경비가 아니라는 것이 아닙니다. 법령은 분명히 명도비용을 필요경비로 인정하고 있습니다. 다만 얼마가 진짜 명도비인지, 그리고 그 명도비가 어느 자산의 비용인지라는 두 관문을 통과해야 합니다. 청구인은 첫 관문에서 보증금 반환분이 걸러졌고, 두 번째 관문에서 매매계약의 목적물이 부동산 전체라는 이유로 공통비용으로 안분되었으며, 마지막으로 토지에 배분된 몫은 환산취득가액 구조 때문에 세액에 반영되지 못했습니다.

상가를 매도하기로 마음먹은 순간부터 세금은 시작됩니다. 임차인과 언제 어떤 명목으로 얼마를 주고받을지, 계약서에 명도 의무를 어떻게 적을지, 토지 취득가액을 어떤 방식으로 산정할지가 모두 세액에 직접 영향을 줍니다. 이미 신고를 마쳤더라도 조사 통지를 받았다면 증빙을 성격별로 재정리해 소명 방향을 잡는 것이 우선입니다. 개별 사안은 계약 구조와 증빙에 따라 결론이 크게 달라지므로, 매도 계약 전이나 조사 초기에 전문가와 함께 검토하시기를 권합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서1135 (2026.04.28. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제97조, 제100조 · 소득세법 시행령 제163조, 제176조의2 · 상가건물 임대차보호법 제2조, 제3조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)