기준시가로 신고한 꼬마빌딩, 국세청이 감정평가 다시 받아 증여세를 다시 매겼습니다 (조심 2026서1051)

기준시가로 신고했는데 몇 달 뒤 세무조사가 나오는 이유

상가나 근린생활시설 같은 비주거용 부동산을 부모로부터 증여받은 분들이 가장 자주 겪는 일이 있습니다. 아파트와 달리 비교할 만한 매매사례가 없어서 세무서에서 고시하는 기준시가로 증여세를 신고했는데, 몇 달 뒤 국세청에서 세무조사 통지가 오고, 조사가 끝날 무렵 "감정평가를 두 군데 받아 보니 신고한 금액보다 훨씬 높다"는 결과 통보를 받는 상황입니다.

많은 분들이 이 대목에서 억울해합니다. "신고할 때 시가라고 볼 만한 자료가 없어서 법에서 정한 방식대로 기준시가로 신고했는데, 왜 이제 와서 국세청이 감정평가를 받아 세금을 다시 매기느냐"는 것입니다. 게다가 그 감정평가서가 증여일로부터 한참 지난 시점에 작성된 것이라면 더욱 그렇습니다. 오늘 볼 조세심판원 결정례가 정확히 이 상황을 다룹니다.

결론부터 말하면 심판원은 과세관청 손을 들어줬습니다. 그런데 이 결정에서 정말 중요한 것은 결론 자체가 아니라, 어떤 주장을 했어야 다퉈볼 여지가 있었는가입니다. 이 글의 후반부에서 그 지점을 짚습니다.

사건 경과, 시간 순서로 정리하면

부부인 두 사람이 있었습니다. 남편(또는 아내) 쪽의 아버지가 서울 소재 토지와 건물을 소유하고 있었고, 2024년 12월 3일 이 부동산의 지분을 부부에게 각각 2분의 1씩 증여했습니다. 대상 부동산은 건물 191㎡, 대지 67㎡ 규모의 비주거용 부동산이었습니다. 이른바 소규모 상가건물, 흔히 말하는 꼬마빌딩 유형입니다.

부부는 증여를 받은 뒤 증여세를 신고해야 했습니다. 그런데 평가기준일(증여일) 전후 기간에 이 부동산의 매매가액도, 감정가액도, 유사한 물건의 매매사례가액도 확인되지 않았습니다. 비주거용 부동산은 위치·면적·용도·임차 구성이 제각각이라 아파트처럼 "같은 단지 같은 평형" 식의 비교 대상을 찾기가 사실상 불가능합니다. 그래서 부부는 상증세법상 보충적 평가방법인 기준시가로 부동산 가액을 산정하고, 각자 지분에 해당하는 금액을 과세가액으로 하여 2025년 2월 24일 증여세를 신고·납부했습니다.

여기까지는 흔한 절차입니다. 문제는 그다음입니다. 서울지방국세청은 2025년 7월 23일부터 10월 10일까지 이 부부에 대한 증여세 세무조사를 실시했습니다. 조사 과정에서 조사청은 증여시점인 2024년 12월 3일을 가격산정 기준일로 하여 2개 감정평가법인에 감정평가를 의뢰했고, 두 감정평가서는 각각 2025년 7월 28일과 7월 30일에 작성되었습니다. 증여일로부터 약 8~9개월이 지난 시점입니다.

조사청은 이 두 감정가액의 평균액을 시가로 보아야 한다고 판단하고, 서울지방국세청 평가심의위원회에 시가인정 심의를 의뢰했습니다. 평가심의위원회는 2025년 9월 25일, 평가기준일부터 감정가액 평가서 작성일까지의 기간 동안 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정된다며, 해당 감정가액 평균액을 평가기준일 현재의 시가로 보는 것이 타당하다고 결정했습니다.

이 결정을 근거로 처분청은 2025년 12월 5일 부부 두 사람에게 각각 증여세를 결정·고지했습니다. 부부는 불복하여 2026년 1월 12일 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다.

청구인들은 무엇을 주장했나

부부의 주장은 크게 세 갈래였습니다. 첫째, 신고 당시에는 시가로 볼 자료가 전혀 없었다는 점입니다. 평가기준일 전후로 거래가액도, 감정가액도, 매매사례가액도 확인할 수 없었기 때문에 상증세법 제60조와 제61조에 따른 보충적 평가방법으로 신고할 수밖에 없었다는 것입니다. 납세자로서 할 수 있는 최선을 했다는 취지입니다.

둘째, 핵심 주장입니다. 조사청이 근거로 삼은 두 건의 감정평가는 증여일로부터 약 9개월이 경과한 시점에 작성된 것이므로, 증여일 당시 부동산의 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가로 볼 수 없다는 것입니다. 부부는 "증여일과 감정평가서 작성일 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없었다고 볼 수 없다"고 주장했습니다.

셋째, 법령 체계에 관한 주장입니다. 상증세법 제60조 제3항은 시가를 산정하기 어려운 경우 보충적 평가방법에 의하도록 규정하고 있는데, 과세관청이 이보다 하위 규범인 시행령 제49조 제1항을 우선 적용하여 과세한 것은 법령 체계에 반한다는 논리였습니다. 법률이 정한 원칙을 시행령이 뒤집을 수 없다는 취지입니다.

과세관청의 반박 논리

처분청의 반박은 상증세법의 평가 체계를 정면으로 짚습니다. 상증세법 제60조 제1항은 증여재산의 가액을 증여일 현재의 시가에 따르도록 하고, 제2항은 시가란 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액이며, 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다고 규정하고 있습니다. 즉 감정가격은 법률 자체가 시가의 한 유형으로 명시하고 있다는 것입니다.

처분청은 또한 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서를 근거로 들었습니다. 이 단서는 평가기간(증여재산의 경우 평가기준일 전 6개월부터 후 3개월)에 해당하지 않는 기간이더라도, 평가기간이 지난 후부터 법정결정기한까지의 기간 중에 매매·감정 등이 있는 경우, 시간의 경과나 주위환경의 변화 등을 고려해 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 납세자나 지방국세청장·관할세무서장이 신청하면 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 가액을 시가에 포함시킬 수 있도록 하고 있습니다.

처분청은 이 규정이 2019년 2월 시행령 개정으로 도입된 것이며, 실제 가치에 근접한 평가를 가능하게 하려는 취지라고 설명했습니다. 또한 증여세는 신고로 세액이 확정되는 세목이 아니라 과세관청의 결정으로 확정되는 정부부과 세목이므로, 여러 평가액이 존재할 때 법령이 정한 우선순위와 절차에 따라 시가에 부합하는 가액을 판단해 재산을 평가할 수 있다고 했습니다.

실무적으로 눈여겨볼 대목도 있습니다. 처분청은 아파트·오피스텔은 면적·위치·용도가 유사한 물건이 많아 매매사례가액을 활용할 수 있고 납세자들도 시가에 근접하게 신고하는 반면, 비주거용 부동산은 개별적 특성이 강해 비교 대상이 거의 없어 대부분 보충적 평가방법으로 신고되는데, 기준시가는 현실화율이 낮아 과세형평 논란이 계속되고 있다는 점을 언급했습니다. 국세청이 비주거용 부동산 증여·상속에 대해 감정평가를 적극적으로 활용하는 배경이 여기 있습니다.

마지막으로 처분청은 해당 감정가액이 ① 가격산정 기준일을 평가기준일과 동일하게 하여 법정결정기한 이전에 평가된 가격이고, ② 감정평가 관계법규와 일반이론에 근거해 합리적·적법하게 평가되었으며, ③ 유사 토지의 공시지가 및 거래사례와 비교하여(공시지가 기준법으로 산정한 가액을 거래사례 비교법에 의한 가액과 함께 검토) 산정된 것이라고 주장했습니다.

심판원의 판단, 어떤 논리로 기각했나

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 뼈대는 세 가지입니다.

첫째, 절차 요건을 모두 충족했다는 점입니다. 심판원은 조사청이 2개 감정평가법인에 평가를 의뢰했고, 두 법인이 증여시점인 2024년 12월 3일을 기준으로 각각 법정결정기한 전인 2025년 7월 28일과 7월 30일에 감정평가서를 작성했으며, 두 감정가액의 평균액이 평가심의위원회의 시가인정 심의를 거쳐 시가로 인정되었다는 점을 확인했습니다. 시행령 제49조 제1항 단서가 요구하는 요건이 형식적으로도 실질적으로도 갖춰졌다는 판단입니다.

둘째, 법령 체계에 관한 청구인 주장을 배척했습니다. 심판원은 상증세법 제60조 제2항이 시가의 의미와 범위를 규정하고 있고, 시행령 제49조 제1항은 시가로 인정되는 기간을 구체화하는 등 평가방법을 명확하게 정의하고 있으므로, 제60조 제3항보다 하위 규범인 시행령을 우선 적용해 과세한 것이라는 주장은 인정하기 어렵다고 했습니다. 즉 감정가액을 시가로 보는 것은 시행령이 법률을 뒤집는 것이 아니라 법률 제60조 제2항의 위임을 받아 구체화한 것이라는 논리입니다. 제3항의 보충적 평가방법은 어디까지나 시가를 산정하기 어려운 경우에만 적용되는 후순위 방법이라는 순서가 확인된 셈입니다.

셋째, 결정적인 부분입니다. 심판원은 청구인들이 가격변동의 특별한 사정이 있다는 증빙자료를 전혀 제출하지 않았고, 감정기관의 평가방법이나 내용에 오류가 있다는 주장도 하지 않았다는 점을 명시적으로 지적했습니다. 단지 "9개월이 지나 작성된 감정평가서이므로 객관적 교환가치를 반영하지 못한다"고 주장했을 뿐이라는 것입니다.

이 세 번째 지점이 이 사건의 승패를 갈랐습니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 가격변동의 특별한 사정이 없을 것을 요건으로 삼는데, 평가심의위원회가 이미 "특별한 사정이 없다"고 심의·결정한 상황에서 이를 뒤집으려면 청구인 측에서 구체적인 반증을 제시했어야 합니다. 기간이 길다는 사실만으로는 부족하다는 것이 심판원의 태도입니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 청구인들은 절차 요건과 감정평가 내용 어느 쪽도 실질적으로 공격하지 못했습니다. 남은 것은 "기간이 길다"는 시간 논리뿐이었는데, 시행령이 이미 그 기간을 법정결정기한까지 열어두고 있으니 논리적으로 이길 수 없는 구도였습니다.

실무 포인트, 이 사건이 알려주는 것

포인트 ①. 기준시가로 신고했다고 끝난 게 아닙니다. 증여세는 정부부과 세목입니다. 납세자가 신고한 금액이 그대로 확정되는 것이 아니라, 과세관청이 결정해야 세액이 확정됩니다. 그리고 그 결정을 하기 위한 법정결정기한(증여세 과세표준 신고기한으로부터 일정 기간)까지는 과세관청이 감정평가를 의뢰해 시가를 새로 잡을 수 있습니다. 신고를 마쳤다고 안심할 것이 아니라, 이 기한이 지날 때까지는 과세 위험이 살아 있다고 봐야 합니다.

포인트 ②. 비주거용 부동산은 특히 표적이 됩니다. 이 사건에서 처분청이 직접 밝혔듯, 아파트·오피스텔은 유사 매매사례가 있어 시가 파악이 쉽지만 상가·근린생활시설·토지는 그렇지 않습니다. 그래서 기준시가로 신고되는 경우가 많고, 기준시가와 실제 거래가격의 격차가 크다 보니 과세형평 문제가 제기되어 왔습니다. 국세청이 감정평가 예산을 배정해 고가 비주거용 부동산의 상속·증여 신고 건에 대해 감정평가를 의뢰하는 흐름은 이런 배경에서 나온 것입니다. 시가와 기준시가의 차이가 클수록, 부동산 가액이 클수록 대상이 될 가능성이 높습니다.

포인트 ③. "기간이 길다"는 주장만으로는 안 됩니다. 이 사건에서 청구인들이 든 유일한 실질 논거는 증여일과 감정평가서 작성일 사이 약 9개월의 간격이었습니다. 그러나 시행령 제49조 제1항 단서는 애초에 평가기간을 벗어난 감정가액을 시가로 인정하기 위한 조항입니다. 기간이 벌어져 있다는 사실 자체는 이 조항의 전제이지 반박 논거가 되지 못합니다. 다투려면 그 기간 동안 가격변동의 특별한 사정이 실제로 있었다는 것을 자료로 보여야 합니다.

포인트 ④. 그렇다면 무엇을 자료로 제시해야 하나. 예를 들어 증여일 이후 해당 지역의 용도지역이나 지구단위계획이 변경된 사정, 인근에 대규모 개발사업이 확정·착공된 사정, 해당 건물의 주요 임차인 변동으로 수익성이 크게 달라진 사정, 증여일과 감정평가일 사이 인근 유사 물건의 실거래가가 뚜렷하게 상승한 통계, 지가변동률·부동산 가격지수의 유의미한 변동 등이 후보가 됩니다. 요컨대 "평가기준일 시점의 가치와 감정평가서 작성 시점의 가치가 다를 수밖에 없는 구체적 사유"를 숫자와 문서로 만들어야 한다는 뜻입니다. 이 사건 청구인들은 이 작업을 하지 않았습니다.

포인트 ⑤. 감정평가서 자체의 오류도 다툼의 대상입니다. 심판원이 "청구인들은 감정기관의 평가방법이나 내용에 오류가 있다는 주장은 하지 아니하였다"고 굳이 적어둔 것은 의미심장합니다. 감정평가서는 비교표준지 선정, 개별요인 비교치, 거래사례 선정, 건물 잔존내용연수 산정 등에서 다툴 여지가 있는 판단이 여럿 들어 있습니다. 두 건의 감정가액 차이가 크다면 그 자체가 문제 제기 지점이 될 수 있습니다. 조사 단계에서 감정평가서 사본을 받아 감정평가 전문가와 함께 검토해 보는 절차를 생략해서는 안 됩니다.

포인트 ⑥. 신고 단계의 선택지, 납세자도 감정평가를 받을 수 있습니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 심의 신청 주체로 납세자도 명시하고 있습니다. 즉 감정평가는 과세관청만의 무기가 아닙니다. 기준시가로 신고했다가 나중에 훨씬 높은 감정가액으로 재결정되어 본세뿐 아니라 가산세 부담까지 떠안는 것과, 처음부터 적정한 감정평가액으로 신고하는 것 중 무엇이 유리한지는 사전에 시뮬레이션해 볼 문제입니다. 특히 증여받은 부동산을 나중에 양도할 계획이 있다면, 증여 당시 평가액이 양도소득세 계산의 취득가액이 된다는 점도 함께 봐야 합니다. 증여세를 아끼려고 낮게 신고하면 나중에 양도차익이 커지는 구조입니다.

포인트 ⑦. 부부가 공동으로 증여받았다고 세 부담이 자동으로 줄지 않습니다. 이 사건에서는 아버지가 아들 부부에게 지분 각 2분의 1씩을 증여했습니다. 수증자를 나누면 증여세 누진구조상 유리한 면이 있지만, 며느리(또는 사위)는 직계비속이 아니라 기타친족에 해당하여 증여재산공제 금액이 다르고, 상속이 개시되면 사전증여 합산 기간과 상속공제 한도 계산에서 취급이 달라집니다. 지분 분할 증여는 세액 계산 전체를 놓고 설계해야 하는 문제입니다.

왜 심판 단계에서 뒤집기가 어려웠나

이 사건은 절차적으로 과세관청이 빈틈을 남기지 않았습니다. 감정평가법인을 2곳에 의뢰했고(시행령이 둘 이상을 요구), 가격산정 기준일을 증여일과 동일하게 맞췄으며, 감정평가서 작성일을 법정결정기한 이전으로 확보했고, 평가심의위원회의 시가인정 심의까지 거쳤습니다. 시행령 제49조 제1항 단서가 요구하는 항목이 하나도 빠지지 않았습니다.

이런 구도에서는 절차 흠결을 공격하는 방식이 통하지 않습니다. 남는 길은 실체적 다툼, 즉 "그 감정가액이 평가기준일 현재의 객관적 교환가치가 아니다"를 입증하는 것뿐입니다. 그런데 입증은 주장만으로 되지 않습니다. 심판원은 청구인들이 증빙자료를 제출한 바 없다는 사실을 명시했고, 그것이 기각의 실질적 이유였습니다.

실무적으로 정리하면 이렇습니다. 세무조사 단계에서 감정평가 이야기가 나오는 순간이 대응의 골든타임입니다. 조사 결과 통보가 나가고 과세예고통지가 이루어진 뒤에는 반박 자료를 만들 시간이 부족합니다. 조사청이 감정평가를 의뢰했다는 사실을 알게 되면 그 시점부터 가격변동 사정에 관한 자료 수집과 감정평가서 검토를 병행해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 기준시가로 신고하면 무조건 세무조사를 받나요?

그렇지는 않습니다. 다만 비주거용 부동산이면서 기준시가와 예상 시가의 격차가 크고 가액이 상당한 경우에는 감정평가 대상으로 선정될 가능성이 상대적으로 높습니다. 이 사건도 서울 소재 비주거용 부동산이었습니다. 반대로 매매사례가액이 뚜렷한 아파트 등은 애초에 감정평가 문제가 잘 생기지 않습니다. 개별 사안마다 다르므로 신고 전에 위험도를 점검하는 것이 좋습니다.

Q. 증여일로부터 몇 개월까지 국세청이 감정평가를 할 수 있나요?

시행령 제49조 제1항 단서는 평가기간이 지난 후부터 법정결정기한까지의 기간 중에 매매·감정 등이 있는 경우를 대상으로 하고 있습니다. 이 사건에서는 증여일로부터 약 9개월 뒤 작성된 감정평가서가 법정결정기한 이내로 인정되었습니다. 신고를 마쳤다고 해서 곧바로 확정되는 것이 아니라는 점을 기억하시기 바랍니다.

Q. 감정평가액이 너무 높다고 생각되면 어떻게 대응하나요?

두 가지 축이 있습니다. 하나는 가격변동의 특별한 사정이 있었음을 자료로 입증하는 것이고, 다른 하나는 감정평가서 자체의 방법이나 내용에 오류가 있음을 지적하는 것입니다. 이 사건 청구인들은 둘 다 하지 않았고 그래서 기각되었습니다. 감정평가 전문가와 세무 전문가가 함께 감정평가서를 뜯어보는 작업이 필요합니다. 다만 이런 대응이 항상 성공한다는 뜻은 아닙니다.

Q. 처음부터 감정평가를 받아 신고하는 게 나을까요?

사안에 따라 다릅니다. 감정평가액으로 신고하면 증여세는 늘지만, 이후 국세청 감정평가로 재결정되면서 발생할 수 있는 가산세 부담을 피할 수 있고, 향후 그 부동산을 양도할 때 취득가액이 높아져 양도소득세가 줄어드는 효과도 있습니다. 반대로 장기 보유할 계획이고 시가와 기준시가 격차가 크지 않다면 판단이 달라질 수 있습니다. 부동산 규모, 보유 계획, 상속 설계 전체를 놓고 비교해야 합니다.

Q. 심판청구에서 졌는데 더 다툴 방법이 있나요?

조세심판원 결정에 불복하면 행정소송으로 나아갈 수 있습니다. 다만 심판 단계에서 제출하지 못한 증빙을 소송에서 뒤늦게 만들어내기는 쉽지 않고, 시간과 비용도 상당합니다. 그래서 세무조사 대응 단계와 심판청구 준비 단계에서 자료를 최대한 갖추는 것이 현실적으로 가장 중요합니다. 진행 여부는 사안의 쟁점과 자료 상황을 보고 판단할 문제입니다.

자가진단 체크리스트

• 증여받은(또는 상속받은) 부동산이 상가·근린생활시설·토지 등 비주거용인가
• 증여세를 기준시가 등 보충적 평가방법으로 신고했는가
• 신고한 금액과 실제 시세 사이에 큰 격차가 있다고 느껴지는가
• 증여세 신고 후 아직 법정결정기한이 지나지 않았는가
• 세무조사 통지를 받았거나, 조사청이 감정평가를 의뢰했다는 사실을 알게 되었는가
• 증여일 이후 해당 부동산 주변에 개발계획·용도지역 변경·대형 사업 확정 등의 사정이 있었는가
• 임차 구성 변동 등으로 건물의 수익성이 크게 달라진 사정이 있는가
• 국세청이 제시한 두 감정평가서를 실제로 받아 비교해 보았는가
• 두 감정가액의 차이가 크거나, 비교표준지·거래사례 선정에 의문이 드는가
• 증여받은 부동산을 가까운 시일 내에 양도할 계획이 있는가
• 배우자나 며느리·사위 등 수증자를 나누어 증여받았는가
• 동일인으로부터 10년 이내에 다른 증여를 받은 적이 있는가

여러 항목에 해당한다면 신고 단계 또는 조사 대응 단계에서 점검이 필요한 상황일 수 있습니다. 특히 아직 법정결정기한이 남아 있다면 선제적으로 검토할 여지가 있습니다.

정리

이 결정은 기준시가 신고가 안전지대가 아니라는 점을 다시 확인해 줍니다. 상증세법은 시가 평가를 원칙으로 하고 보충적 평가방법은 시가를 산정하기 어려운 경우에만 적용되는 후순위 방법입니다. 그리고 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기간이 지난 뒤라도 법정결정기한까지 이루어진 둘 이상의 감정가액 평균액을, 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있게 열어두고 있습니다. 과세관청이 절차를 갖춰 이 경로를 밟으면 기간 경과만을 이유로 뒤집기는 어렵습니다.

다투려면 가격변동의 특별한 사정과 감정평가서의 구체적 오류라는 두 가지 실체적 논거를 자료로 만들어야 합니다. 이 사건 청구인들은 어느 쪽도 제시하지 못했고, 심판원은 그 점을 정확히 지적했습니다. 결국 결론을 가른 것은 법리가 아니라 준비된 증빙의 유무였습니다.

비주거용 부동산의 증여나 상속을 앞두고 있다면, 신고 방식을 정하는 단계에서 증여세·양도소득세·향후 상속까지 함께 놓고 비교해 보시기 바랍니다. 이미 신고를 마쳤고 조사 통지를 받은 상황이라면, 감정평가서를 확보해 검토하고 가격변동 사정에 관한 자료를 정리하는 일을 서두르는 것이 좋습니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서1051 (2026.04.28. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제60조, 「같은 법 시행령」 제49조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)