돌아가신 아버지가 앞으로 받을 예정이던 보상금, 상속재산에 들어갈까요 (조심 2023전10311)

세무조사에서 한 번 넘어간 항목이 몇 년 뒤에 돌아오는 경우

상속세 신고를 마치고 세무조사까지 받아 결정통지를 받으면, 대부분의 상속인은 그것으로 상속세 문제가 끝났다고 생각합니다. 그런데 실무에서는 조사 당시 과세관청이 문제 삼지 않고 넘어갔던 항목이 몇 년 뒤에 수정신고 안내라는 이름으로 다시 돌아오는 일이 적지 않습니다. 특히 상속개시 당시에는 금액이 정해지지 않았고 언제 받을지도 모르던 권리, 예를 들어 미수령 보상금, 회사와의 정산 예정금, 소송 중인 채권 같은 것들이 나중에 실제로 현금으로 들어오는 순간 과세관청의 눈에 들어옵니다.

이 글에서 다루는 사건이 바로 그런 유형입니다. 공공연구기관 소속 연구원이던 피상속인이 발명에 참여했고, 그 기관은 특허권을 승계해 연구소기업에 현물출자한 뒤 주식을 보유하고 있었습니다. 기관이 그 주식을 팔 때마다 내부 지침에 따라 수익금의 일부를 발명자들에게 보상금으로 나눠주는 구조였습니다. 문제는 피상속인이 사망한 시점에 그 주식이 아직 절반이나 남아 있었고, 앞으로 얼마를 받게 될지 아무도 알 수 없었다는 점입니다. 상속인들 입장에서는 받을지 안 받을지도 모르는 돈에 상속세를 내라는 요구가 납득되지 않았을 것입니다.

결론부터 말하면 심판원은 그 권리 자체는 상속재산이 맞다고 보았습니다. 다만 상속인이 나중에 실제로 받은 돈에 다시 소득세를 매긴 처분은 취소했고, 상속세에 붙은 과소신고가산세와 납부지연가산세도 취소했습니다. 세 가지 쟁점 중 두 가지에서 납세자가 이겼습니다. 어디에서 결론이 갈렸는지가 이 사건의 핵심입니다.

사건 경과, 무슨 일이 있었나

피상속인은 공공연구기관 소속 연구원으로서 연구개발과제에 참여해 여러 건의 기술을 발명했습니다. 기관은 그 특허권을 발명자들로부터 승계취득했고, 2004년에 민간기업과 공동출자로 연구소기업을 설립하면서 그 특허권을 현물출자하고 주식을 받았습니다. 이후 증자와 합병을 거치면서 기관이 보유한 주식 수는 변동했습니다.

기관은 2015년 5월경 보유 주식 중 일부를 매각해 양도차익을 얻었습니다. 그리고 2016년 8월에서 9월 사이에 내부 기술출자관리지침에 따라 각 발명자와 노하우 개발자로부터 출자기술 기여도 산정 동의서를 받고 보상심의위원회를 열어, 실제 수익금 중 50%에 해당하는 금액을 발명자들에게 보상금으로 지급하기로 결정했습니다.

피상속인은 2016년 10월 6일 사망했습니다. 그런데 기관은 그로부터 약 한 달 뒤인 2016년 11월 29일에 피상속인 명의로 1차 보상금을 지급하면서 소득세를 원천징수했습니다. 상속인들은 이 1차 보상금에서 원천징수세액을 뺀 금액을 상속재산에 포함해 2017년 4월에 상속세를 신고하고 납부했습니다. 관할 세무서는 상속세 조사를 실시했지만 1차 보상금에 관한 신고 내용은 그대로 인정하고, 다른 적출사항만 반영해 상속세를 결정 고지했습니다. 이 시점에는 아직 팔리지 않은 나머지 주식에서 나올 보상금에 대해서는 아무 말이 없었습니다.

2020년에 기관이 남은 주식의 절반을 추가로 처분했고, 2021년 2월경 피상속인의 기여율에 따라 산정된 2차 보상금을 상속인들에게 지급하면서 기타소득으로 원천징수했습니다. 그러자 2022년 5월경 세무서가 상속인들에게 연락합니다. 상속개시일 현재 기관이 보유하던 주식 전체를 기준으로 계산한 보상금 청구권의 가액을 상속재산에 넣어 수정신고를 하라는 안내였습니다. 상속인들은 2022년 5월 10일 안내대로 수정신고를 했습니다.

그 뒤가 길었습니다. 상속인들은 2022년 9월 내용증명으로 세액 결정을 촉구했고, 세무서는 2022년 10월 기획재정부로부터 평가방법에 관한 회신을 받았습니다. 그럼에도 1년 넘게 결정통지를 하지 않다가, 상속인들이 2023년 6월 국가를 상대로 지급명령을 신청하자 2023년 7월 10일에야 수정신고 내용을 그대로 시인하는 결정통지를 했습니다. 여기에는 과소신고가산세와 납부지연가산세가 포함돼 있었습니다. 한편 상속인들은 2022년 5월 31일 2차 보상금을 기타소득으로 종합소득세 신고까지 한 상태였고, 그해 12월 이를 돌려달라는 경정청구를 냈지만 2023년 8월 각 지방국세청에서 거부당했습니다.

상속인들의 주장, 받을 권리 자체가 없었다

상속인들의 주위적 주장은 보상금에 대한 청구권 자체가 존재하지 않았다는 것이었습니다. 기관의 내부 지침을 보면 기술출자로 보유하게 된 지분을 처분할 권한은 전적으로 기관에 있고, 수익금이 발생하더라도 이를 연구개발 투자, 재출자, 사업화 경비, 인력 보상금 등 여러 용도에 우선 사용하도록 정하고 있을 뿐, 반드시 발명자에게 보상금으로 지급해야 한다고 정하고 있지 않다는 것입니다.

즉 기관이 주식을 팔고, 그 수익금을 보상금으로 쓰기로 결정해야만 비로소 지급 조건이 성취되는 구조인데, 이는 상대방 한쪽의 마음에 달린 조건이므로 상속인이 상속개시일 현재 청구할 수 있는 재산적 가치 있는 권리로 보기 어렵다는 논리였습니다. 실제로 발명진흥법이나 하위 규정 어디에도 특허를 현물출자한 뒤 주식 처분 수익이 생겼을 때 지급하는 보상방식이 규정돼 있지 않고, 발명자가 기관에 주식을 팔라거나 보상금을 달라고 민사소송으로 청구할 수도 없으니 사실상 반사적 이익에 불과하다고 주장했습니다.

평가방법에 대해서도 다퉜습니다. 피상속인은 그 주식에 대해 처분권도, 의결권도, 배당청구권도 갖고 있지 않았는데 상장주식 평가방법을 그대로 준용해 상속개시일 전후 2개월 종가 평균으로 계산하는 것은 부당하다는 것입니다. 상속세 및 증여세법이 조건부 권리에 대해 조건 성취의 확실성과 그 밖의 모든 사정을 고려한 적정가액으로 평가하도록 정하고 있는데, 언제 얼마를 받을지 전혀 불확실한 권리를 당장 현금화 가능한 상장주식과 똑같이 볼 수는 없다는 주장이었습니다.

예비적으로는 두 가지를 더 주장했습니다. 첫째, 만약 그 권리가 상속재산이라면 나중에 주가가 올라 평가액보다 많이 받은 차액은 채권의 회수이익 또는 처분이익인데, 소득세법은 이를 과세대상으로 열거하고 있지 않다는 것입니다. 둘째, 설령 상속재산이 맞더라도 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 것입니다. 과세관청조차 조사 당시에는 상속재산으로 보지 않았고, 기획재정부에 질의까지 하고서도 1년 넘게 결정을 못 했으면서 세무 전문가가 아닌 상속인에게 무거운 가산세를 지우는 것은 가혹하다는 취지였습니다.

과세관청의 반박, 사실상의 권리도 상속재산이다

과세관청은 상속세 및 증여세법 제2조 제3호가 상속재산에 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리를 포함한다고 규정하고 있다는 점을 들었습니다. 피상속인은 발명진흥법 제15조 제1항에 따라 직무발명에 대해 정당한 보상을 받을 권리를 갖고 있었고, 기관의 내부 지침도 보상금을 받을 권리가 있는 자가 사망하면 상속인에게 지급한다고 명시하고 있으므로, 상속인들이 실제로 1차와 2차 보상금을 승계해 받은 이상 그 권리는 당연히 상속재산이라는 것입니다.

평가방법에 대해서는 기획재정부 유권해석(재산세제과, 2022년 10월 11일)을 근거로 들었습니다. 사용자가 특허권을 현물출자해 상장주식으로 보유하고 있는 경우 발명자가 갖는 직무발명보상금 채권은 상속개시일 현재 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목에 따라 평가한 가액 등을 고려해 산정한다는 해석이었습니다. 보상금 채권의 가액이 그 주식의 시세와 연동돼 있으니 상장주식 평가방법을 준용하는 것이 합리적이라는 논리입니다.

소득세 부분에서는 직무발명보상금의 성격은 수령자가 상속인으로 바뀌어도 변하지 않는다고 주장했습니다. 기획재정부 소득세제과 해석(2023년 8월 9일)도 상속개시 후 추가 배분 결정되어 상속인에게 지급하는 직무발명보상금 중 상속세가 과세되지 않은 부분은 소득세법 제21조의 기타소득에 해당한다고 보았다는 점을 들었습니다. 가산세에 대해서는 조사 과정에서 판단을 잘못했더라도 기획재정부 질의와 국세청 자문을 거쳐 세법적용의 판단착오를 바로잡은 것에 불과하므로 정당한 사유가 될 수 없다고 반박했습니다.

심판원 판단 첫 번째, 보상금 채권은 상속재산이 맞다

심판원은 이 부분에서 과세관청의 손을 들었습니다. 판단의 결정적 근거는 상속개시일 이전에 이미 발명자로 인정되고 기여도가 확정돼 있었다는 사실입니다. 피상속인은 특허권자로 등재된 발명자였고, 기관은 2015년 주식 일부 매각 후 내부 지침에 따라 기여도를 산정해 보상금 지급을 결정한 상태였습니다. 그렇다면 앞으로 남은 주식이 추가로 매각될 경우 피상속인 역시 그 수익금을 향유할 권리를 갖게 되므로, 재산적 가치가 있는 권리로 보는 것이 타당하다는 것입니다.

상속인들이 강조한 민사소송으로 청구할 수 없다는 점에 대해서는, 상속재산의 범위가 법률상 권리만이 아니라 사실상의 권리까지 포함하므로 법률상 청구권 여부가 불분명하더라도 사실상의 권리에 해당해 상속재산이 된다고 정리했습니다. 여기가 이 사건의 첫 번째 분기점입니다. 청구권의 법적 강제력이 아니라, 기여도가 확정돼 있어 지급 가능성이 구체화돼 있었는지가 기준이 된 것입니다.

평가방법에 대해서도, 이 채권은 기관이 주식을 매각한 뒤 이미 산정된 기여도에 따라 배분받음으로써 실현되는 구조이므로 그 실질이 상장주식과 유사하다고 보아, 상장주식 평가방법을 준용한 것이 합리적이라고 판단했습니다. 조건부 권리 평가규정을 들어 감액해야 한다는 주장은 받아들여지지 않았습니다.

심판원 판단 두 번째, 상속인이 받은 돈에는 소득세를 매길 수 없다

반면 소득세 쟁점에서는 결론이 뒤집혔습니다. 소득세법 제21조 제1항 제22호의2는 기타소득의 하나로 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금을 규정하고 있습니다. 심판원은 이 조문의 문언에 주목했습니다. 상속인들은 직무발명자가 아니고 그 기관의 종업원등에도 해당하지 않으므로, 이들이 받은 돈을 이 조문의 기타소득으로 보기는 어렵다는 것입니다.

더 나아가 심판원은 상속인이 상속인의 지위에서 받은 금원은 소득세법상 달리 열거된 소득에 해당하지 않는다고 보았습니다. 우리 소득세법은 법에 열거된 소득만 과세하는 열거주의를 취하고 있으므로, 어디에도 해당하지 않으면 과세할 수 없다는 원칙이 그대로 적용된 것입니다. 그 결과 두 지방국세청이 한 경정청구 거부처분은 모두 취소됐습니다. 기획재정부의 소득세제과 유권해석이 있었음에도 심판원이 다른 결론을 낸 점은 실무적으로 의미가 큽니다.

주의할 점은 이 결론이 보상금은 세금이 없다는 뜻이 아니라는 것입니다. 이 사건에서는 그 권리가 이미 상속재산으로 평가되어 상속세가 과세된 상태였습니다. 상속 단계에서 재산으로 잡아 과세한 것을 수령 단계에서 다시 소득으로 잡으면 같은 경제적 이익에 두 번 과세하는 결과가 되는데, 열거주의 원칙이 그 고리를 끊어준 셈입니다.

심판원 판단 세 번째, 가산세는 붙일 수 없다

가산세 쟁점에서 심판원은 대법원 2016.10.27. 선고 2016두44711 판결을 인용했습니다. 이 판결은 정당한 사유를 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 볼 수 있는 사정이 있을 때, 또는 의무 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때로 정의합니다.

심판원은 이 사건의 시간표 자체를 정당한 사유의 증거로 보았습니다. 세무서가 상속세 조사를 하고도 이 보상금을 과세대상으로 보지 않고 결정했다는 점, 상속인들이 2차 보상금을 받은 뒤인 2022년 5월에야 수정신고 안내를 했다는 점, 수정신고를 받고도 기획재정부에 유권해석을 요청하는 절차를 거쳐 2023년 7월에야 결정통지를 했다는 점을 나열한 뒤, 이 사건 직무발명보상금이 상속세 과세대상인지와 과세표준 산정 방법에 대해 세법해석상 견해의 대립이 있었다고 판단했습니다. 과세관청 스스로 확신하지 못한 사안에 대해 납세자에게 정확한 신고를 기대하는 것은 무리라는 것입니다.

과세관청은 상속인들이 스스로 가산세까지 계산해 수정신고를 했으니 귀책이 있다고 주장했지만 받아들여지지 않았습니다. 안내에 따라 수정신고를 했다는 사실이 가산세를 다툴 권리를 포기한 것으로 해석되지는 않는다는 점이 이 결정에서 확인됩니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 배울 다섯 가지

포인트 ①. 상속재산의 범위는 생각보다 훨씬 넓습니다. 많은 분들이 상속재산이라고 하면 부동산, 예금, 주식만 떠올립니다. 그러나 법 조문은 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리라고 정하고 있습니다. 이 사건처럼 소송으로 청구할 수 없는 권리, 상대방이 지급하기로 결정해야 비로소 현실화되는 권리도 상속재산이 될 수 있습니다. 상속세 신고 전에 고인이 다니던 직장, 조합, 단체와의 정산 관계를 반드시 확인해 두어야 하는 이유입니다.

포인트 ②. 지급 가능성이 어느 정도 구체화됐는지가 갈림길입니다. 심판원이 상속재산으로 본 결정적 사유는 상속개시 이전에 이미 발명자로 인정되고 기여도가 산정 확정돼 있었다는 점이었습니다. 만약 기여도조차 정해지지 않아 지급 대상 여부 자체가 미정이었다면 결론이 달랐을 여지가 있습니다. 비슷한 상황이라면 상속개시일 기준으로 권리가 어느 단계까지 구체화돼 있었는지를 문서로 정리해 두는 것이 유리합니다. 기여도 산정 동의서, 심의위원회 의결서, 내부 지침의 개정 이력 같은 자료가 근거가 됩니다.

포인트 ③. 상속세를 낸 재산에서 나온 돈이라고 무조건 소득세가 없는 것은 아니지만, 열거주의를 다툴 여지는 있습니다. 이 사건에서 상속인들은 처음에 안내에 따라 기타소득으로 종합소득세를 신고하고 납부했습니다. 그 뒤 경정청구를 냈고, 거부당하자 심판청구로 이겼습니다. 소득세법은 열거된 소득만 과세합니다. 특정 조문의 문언이 종업원등, 퇴직한 후처럼 대상을 한정하고 있다면, 상속인이 그 요건에 들어맞는지부터 따져야 합니다. 원천징수가 됐다는 사실이 과세대상임을 확정해 주지 않습니다.

포인트 ④. 경정청구 기간은 반드시 달력에 적어두어야 합니다. 이 사건에서 상속인들이 소득세를 돌려받을 수 있었던 것은 신고 후 경정청구 기간 안에 청구를 냈기 때문입니다. 만약 기간을 넘겨 청구조차 못 했다면 심판원의 판단을 받을 기회 자체가 없었을 것입니다. 안내에 따라 일단 신고하되 다툴 생각이 있다면, 신고와 동시에 경정청구 일정을 관리하는 것이 안전합니다.

포인트 ⑤. 본세는 지더라도 가산세는 따로 다툴 수 있습니다. 실무에서 가장 자주 놓치는 부분입니다. 많은 납세자가 본세가 정당하면 가산세도 당연히 따라간다고 생각하지만, 가산세는 의무 위반에 대한 행정상 제재이므로 별도의 정당한 사유 판단을 받습니다. 이 사건에서 정당한 사유를 뒷받침한 사실들은 다음과 같습니다. 세무조사에서 과세관청이 해당 항목을 과세대상으로 보지 않았다는 점, 수정신고 안내까지 수년이 걸렸다는 점, 과세관청이 상급기관에 유권해석을 질의해야 했다는 점, 회신을 받고도 결정이 오래 지연됐다는 점입니다. 비슷한 사안이라면 과세관청 내부의 판단이 흔들린 흔적을 시간 순서로 정리해 제출하는 것이 실질적인 무기가 됩니다.

덧붙이면, 세무조사 종결 이후에도 부과제척기간이 남아 있는 한 새로운 항목에 대한 과세는 가능합니다. 다만 그 과정에서 발생한 지연과 혼선의 책임까지 납세자가 가산세로 부담해야 하는지는 별개의 문제라는 것이 이 결정의 메시지입니다.

자주 묻는 질문

Q. 아직 받지도 않은 돈인데 상속세를 내야 하나요.

받지 않았다는 사실만으로 상속재산에서 빠지지는 않습니다. 상속개시일 현재 그 권리가 재산적 가치를 가진 상태였는지가 기준입니다. 이 사건에서는 발명자와 기여도가 이미 확정돼 있어 향후 수익이 발생하면 배분받을 지위가 있었다는 점이 인정됐습니다. 반대로 대상자 선정 자체가 미정이거나 권리 발생 여부가 전적으로 미래 사정에 달려 있다면 다툴 여지가 있습니다.

Q. 세무서 안내에 따라 수정신고를 하면 나중에 못 다투나요.

다툴 수 있습니다. 이 사건에서도 상속인들은 안내에 따라 수정신고를 했지만 이후 심판청구로 가산세를 취소받았습니다. 다만 수정신고 후 결정통지를 받은 시점, 경정청구 기간 등 절차 기한이 얽혀 있으므로 불복 의사가 있다면 신고 단계에서부터 전문가와 일정을 정리하는 것이 안전합니다.

Q. 상속세를 낸 재산에서 나온 돈을 나중에 받으면 소득세도 내야 하나요.

사안마다 다릅니다. 이 사건에서는 상속인이 소득세법이 정한 과세대상 요건에 해당하지 않아 미열거소득으로 판단됐습니다. 그러나 재산의 종류와 받는 명목에 따라 이자소득, 배당소득, 양도소득 등으로 과세되는 경우도 많습니다. 상속재산 목록에 있었다는 이유만으로 이후 수령액이 전부 비과세되는 것은 아닙니다.

Q. 상속개시 후에 평가액보다 적게 받으면 낸 상속세를 돌려받나요.

이 결정에서 그 부분이 직접 판단되지는 않았습니다. 상속인들은 향후 주가 하락으로 평가액보다 적게 받을 가능성을 지적했지만, 심판원은 상속개시일 현재의 평가가 합리적이었는지만 판단했습니다. 상속재산 평가는 원칙적으로 상속개시일 시점을 기준으로 하므로, 사후 가치 변동이 자동으로 반영되지는 않습니다. 개별 사안에 따라 별도의 구제 수단을 검토해야 합니다.

Q. 가산세 감면을 받으려면 무엇을 준비해야 하나요.

세법 해석이 명확하지 않았다는 점, 과세관청도 같은 사안에서 다른 판단을 했거나 판단을 미뤘다는 점을 보여줄 자료가 필요합니다. 세무조사 결과 통지서, 수정신고 안내문, 질의 회신 공문, 통지 지연 경위 등을 시간 순서로 정리하는 것이 효과적입니다. 단순히 몰랐다거나 세법을 오해했다는 사정만으로는 정당한 사유로 인정되기 어렵습니다.

자가진단 체크리스트

• 고인이 재직했던 기관이나 회사와 사이에 미정산 보상금, 성과급, 정산 예정금이 남아 있지 않은지 확인했다.
• 상속개시일 현재 그 권리의 대상자와 배분 비율이 이미 확정돼 있었는지, 아니면 아직 미정이었는지 서류로 구분할 수 있다.
• 과거 상속세 조사에서 해당 항목이 논의됐는지, 논의되고도 과세되지 않았는지 조사 관련 문서를 보관하고 있다.
• 수정신고 안내를 받았다면 안내 시점, 문서, 담당자와의 소통 기록을 남겨 두었다.
• 상속재산으로 평가된 권리에서 나중에 돈이 들어왔을 때 원천징수가 됐다면, 그 소득 구분이 법에 열거된 것인지 검토했다.
• 소득세를 이미 납부했다면 경정청구 가능 기간이 남아 있는지 확인했다.
• 본세와 가산세를 분리해서 각각 다툴 근거가 있는지 정리해 두었다.

정리

이 사건은 세 가지를 동시에 보여줍니다. 첫째, 상속재산의 범위는 법률상 청구권에 한정되지 않고 사실상의 권리까지 미치므로, 눈에 보이지 않는 권리도 신고 단계에서 점검해야 합니다. 둘째, 상속 단계에서 재산으로 잡힌 권리가 나중에 현금화될 때 다시 소득세를 매길 수 있는지는 소득세법의 열거 조문 문언에 달려 있고, 유권해석이 있더라도 심판 단계에서 결론이 달라질 수 있습니다. 셋째, 본세가 유지되더라도 가산세는 별도로 취소될 수 있으며, 그 판단에는 과세관청이 스스로 얼마나 오래 판단을 미뤘는지가 실제로 영향을 미칩니다.

상속세 신고를 마쳤다고 해서 모든 것이 끝나는 것은 아닙니다. 특히 고인이 전문직이나 연구직에 종사했거나, 회사와 지분 성과 관련 약정이 있었던 경우에는 사후에 지급되는 금원이 상속세와 소득세 양쪽에서 문제될 수 있습니다. 수정신고 안내를 받았거나 원천징수된 금액의 성격이 의심된다면, 서류를 시간 순서로 정리한 뒤 본세와 가산세를 나누어 검토해 보시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2023전10311 (2026.5.19. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「국세기본법」 제48조, 「상속세 및 증여세법」 제2조, 「소득세법」 제21조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)