공동명의 땅을 서로 맞바꿨더니 양도세가 다시 나왔습니다, 취득가액까지 기준시가로 (조심 2026부1584)

땅을 서로 맞바꿨을 뿐인데, 몇 년 뒤 양도소득세가 다시 나왔습니다

부동산을 여러 사람이 공동명의로 사두는 일은 흔합니다. 자금이 부족해서 지인과 절반씩 나눠 사기도 하고, 개발 기대감이 있는 토지를 여러 필지 묶어 함께 매수하기도 합니다. 그런데 시간이 지나면 반드시 정리의 순간이 옵니다. 한 사람은 A 토지를 온전히 갖고, 다른 사람은 B 토지를 온전히 갖는 방식으로 지분을 서로 맞바꾸는 정리가 가장 자연스럽게 떠오르는 방법입니다. 돈이 오가지 않으니 세금도 없을 것 같고, 등기만 서로 넘겨주면 끝날 것 같습니다.

하지만 세법에서 교환은 명백한 유상양도입니다. 내 지분을 넘겨주고 상대방의 지분이라는 대가를 받았으므로, 현금이 한 푼도 오가지 않았더라도 양도소득세 신고 대상이 됩니다. 문제는 여기서 끝나지 않습니다. 교환은 매매와 달리 "얼마에 팔았는지"라는 숫자가 계약서에 남지 않는 경우가 많습니다. 그리고 그 숫자가 없다는 사실 하나 때문에, 몇 년 뒤 세무서로부터 전혀 예상하지 못한 금액의 경정고지서를 받게 됩니다. 이번에 볼 조세심판원 조심 2026부1584 결정이 정확히 그 사례입니다.

이 사건의 결론은 기각입니다. 그런데 이 사건이 중요한 이유는 청구인이 무리한 주장을 했기 때문이 아닙니다. 오히려 청구인의 논리는 상식적이었고, 자신에게 유리한 고등법원과 대법원 판결까지 제시했습니다. 그럼에도 결론이 뒤집히지 않았습니다. 즉 이 사건은 사후에 아무리 잘 다퉈도 되돌릴 수 없는 종류의 실수가 무엇인지 보여주는 사례입니다.

사건 경과, 공동명의 7필지를 지분 교환으로 정리하기까지

청구인은 2014년에 지인 한 명과 함께 지방 소재 토지 총 7필지를 매수했습니다. 결정문에서는 한 필지를 토지1, 나머지 6필지를 토지2라고 부릅니다. 두 사람은 이 7필지 전체에 대해 각각 2분의 1 지분씩을 가지는 공동명의로 취득했습니다. 이때 실제로 지급한 매매대금과 부대비용은 부동산매매계약서, 법무사 영수증, 취득세 납부확인서, 등기사항전부증명서로 모두 확인되는 상태였습니다. 이 점은 심판원도 사실관계에서 인정했습니다.

그리고 2020년 3월 11일, 두 사람은 공유 관계를 정리하기로 합니다. 청구인은 자신이 가진 토지2(6필지)의 2분의 1 지분을 상대방에게 넘기고, 그 대가로 상대방이 가진 토지1의 2분의 1 지분을 받는 교환계약을 체결했습니다. 이렇게 하면 청구인은 토지1을 단독으로, 상대방은 토지2를 단독으로 보유하게 됩니다. 계약 다음 날 소유권이전등기까지 마쳤습니다. 여기까지는 아주 깔끔한 정리입니다.

문제는 그 교환계약서의 내용이었습니다. 결정문이 확인한 계약서에는 청구인이 지분을 넘기고 상대방도 지분을 넘긴다는 약정만 적혀 있었고, 목적물의 시가, 평가액, 교환차액, 금전 정산에 대한 기재가 전혀 없었습니다. 서로 넘긴 지분의 가치를 얼마로 보았는지, 가치 차이가 있었다면 누가 얼마를 더 얹어줬는지에 관한 흔적이 없었던 것입니다.

청구인은 2020년 5월 26일 양도소득세를 신고했습니다. 신고 방식이 이 사건의 출발점입니다. 청구인은 양도가액은 교환으로 받은 토지1 2분의 1 지분의 교환 당시 기준시가로, 취득가액은 넘겨준 토지2 2분의 1 지분의 실지 취득가액으로 잡아 양도차익을 계산하고 세액을 납부했습니다. 양도가액은 추계(기준시가), 취득가액은 실지거래가액이라는 혼합 방식이었습니다.

세무서의 판단은 달랐습니다. 처분청은 이 교환이 시가감정도 정산절차도 없는 단순교환이어서 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보았습니다. 그래서 양도가액을 청구인이 실제로 넘긴 자산인 토지2 2분의 1 지분의 양도 당시 기준시가로 다시 잡았고, 소득세법 제100조 제1항을 근거로 취득가액도 토지2 2분의 1 지분의 취득 당시 기준시가로 바꿨습니다. 과세전적부심사 결정(2025년 12월 26일)을 거쳐 2026년 1월 5일에 2020년 귀속 양도소득세 경정고지가 나왔고, 청구인은 2026년 2월 20일 심판청구를 제기했습니다.

청구인 주장, 증빙으로 확인되는 실지취득가액을 왜 버리라는 것인가

청구인의 주장은 세 갈래였습니다. 첫째, 실지취득가액의 존재가 명백히 확인된다는 점입니다. 소득세법상 양도가액과 취득가액은 실지거래가액 적용이 원칙이고, 청구인은 2014년 취득 당시 실제로 지급한 금액을 매매계약서, 법무사 영수증, 취득세 납부확인서 등 객관적 증빙으로 입증할 수 있었습니다. 실제로 있는 숫자를 두고 왜 가상의 숫자인 기준시가를 쓰라는 것이냐는 항변입니다.

둘째, 판례를 근거로 들었습니다. 청구인은 서울고등법원 2016년 3월 24일 선고 2015누40028 판결과 대법원 2016년 7월 22일 선고 2016두36949 판결을 인용하면서, 교환자산의 시가를 확인할 수 없어 양도가액을 기준시가로 산정하는 경우에도 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있다면 이를 취득가액으로 보아 양도차익을 계산해야 한다는 취지의 판시가 일관되게 있다고 주장했습니다. 즉 양도가액이 추계로 갔다는 사정만으로 취득가액까지 자동으로 추계가 되는 것은 아니라는 논리입니다.

셋째, 결과의 부당성입니다. 처분청 방식대로 양도가액과 취득가액에 모두 기준시가를 일괄 적용하면, 취득가액이 실제 지급한 금액보다 현저히 낮은 기준시가로 내려앉습니다. 그 결과 실제로는 발생하지도 않은 양도차익이 계산상으로 만들어지고, 이는 소득이 있는 곳에 과세한다는 세법의 대원칙과 실질과세 원칙에 어긋난다는 것입니다. 조세법률주의와 실질과세 원칙 위반이라는 표현까지 동원했습니다.

솔직히 일반인의 감각으로는 이 주장이 대단히 설득력 있게 들립니다. 실제로 낸 돈이 증빙으로 남아 있는데 그것을 무시하라는 것은 부당해 보입니다. 그러나 조세심판원은 다른 결론을 냈습니다.

과세관청 반박, 계약서에 숫자가 없으면 추계로 갈 수밖에 없다

처분청의 논리는 두 단계로 구성됩니다. 1단계는 실지양도가액 확인 불가입니다. 청구인이 제출한 교환계약서에는 매매가액이나 평가가액이 일절 기재되어 있지 않고, 객관적인 감정절차 없이 당사자끼리 임의로 지분을 맞바꾼 것이므로 실지거래가액을 확인할 수 없는 단순교환에 해당한다는 것입니다. 교환은 그 자체로 추계 대상이 되는 것이 아니라, 가치를 확정한 흔적이 없는 교환이 추계 대상이 됩니다.

2단계는 동일기준 원칙입니다. 소득세법 제100조 제1항은 양도가액을 실지거래가액에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다고 규정합니다. 처분청은 이 조항이 선택 가능한 권고가 아니라 법문언상 명확한 강행규정이라고 보았습니다. 양도가액이 기준시가로 결정되는 순간, 취득가액에 실지거래가액을 끼워 넣을 여지가 없다는 것입니다.

또한 처분청은 청구인이 근거로 삼은 국세청 예규에 대해서도, 그 예규는 실지거래가액을 확인할 수 없을 때 추계결정한다는 원칙을 설명한 것일 뿐, 양도가액은 기준시가로 신고하면서 취득가액만 실지거래가액으로 산정해도 된다는 의미가 아니라고 반박했습니다. 청구인이 스스로 신고한 방식 자체가 법 조항과 맞지 않는 혼합 방식이었다는 지적입니다.

심판원 판단, 추계의 순서와 동일기준 원칙

심판원은 먼저 관련 법령의 구조를 정리했습니다. 소득세법 제96조 제1항은 양도가액은 양도 당시 양도자와 양수자 간의 실지거래가액에 따른다고 정합니다. 실지거래가액이 원칙이라는 점은 분명합니다. 다만 같은 법 제114조 제7항은 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 증명서류에 의하여 실지거래가액을 인정하거나 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정합니다.

그 추계의 순서는 시행령 제176조의2 제3항에 정해져 있습니다. 첫째 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내의 동일성 또는 유사성 있는 자산의 매매사례가액, 둘째 같은 기간 내 감정평가법인등의 감정가액(기준시가 10억원 이하 자산은 하나의 감정평가법인 감정도 가능), 셋째 환산취득가액, 넷째 기준시가입니다. 즉 기준시가는 마지막 순위입니다. 앞의 어느 하나라도 있으면 기준시가로 내려가지 않습니다.

심판원은 이 사건 토지2의 양도가액에 대해 이렇게 보았습니다. 교환계약서에 교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않고, 객관적인 시가감정이나 정산절차도 거치지 아니하였으므로 실지거래가액을 확인할 수 없으며, 그 밖에 양도가액으로 적용할 수 있는 매매사례가액이나 감정가액을 알 수 있는 자료도 없으므로 결국 기준시가를 따를 수밖에 없다는 것입니다. 여기서 주목할 표현은 "교환 대상 토지별로 구분되는"입니다. 6필지를 한 덩어리로 넘기면서 필지별 가치 배분이 없었다는 점도 확인 불가 판단에 작용한 것으로 읽힙니다.

그리고 양도가액이 기준시가로 확정되면, 소득세법 제100조 제1항에 따라 취득가액도 기준시가를 적용해야 한다고 보아 이 건 처분에 잘못이 없다고 판단했습니다. 청구인이 제시한 서울고등법원 2015누40028 판결과 대법원 2016두36949 판결에 대해서는 결정문에 별도의 판단 이유가 기재되어 있지 않습니다. 실무적으로는, 납세자에게 유리한 판결이 존재한다는 사실만으로 심판 단계에서 그 논리가 그대로 채택되지는 않는다는 점을 보여주는 대목입니다. 개별 판결의 사실관계와 내 사건의 사실관계가 같다는 점을 증빙으로 연결하지 못하면 인용 자체가 힘을 잃습니다.

결론을 갈랐던 지점은 계약서 한 장이었습니다

이 사건에서 청구인이 불리해진 결정적 지점은 세무조사 대응 단계가 아니라 2020년 3월, 교환계약서를 작성하던 그 순간이었습니다. 계약서에 서로 넘기는 지분의 평가액을 적고, 필지별로 가치를 배분하고, 차액이 있으면 정산금으로 처리하고, 감정평가서를 붙여두었다면 실지양도가액이 확인되는 사안이 되었을 가능성이 있습니다. 그러면 양도가액이 실지거래가액이 되고, 동일기준 원칙에 따라 취득가액도 청구인이 그토록 강조한 실지취득가액이 적용됩니다.

반대로 계약서에 숫자가 없으면 세법은 다음 순서로 내려갑니다. 매매사례가액이 있는지, 교환일 전후 3개월 이내 감정가액이 있는지 봅니다. 그런데 이미 몇 년이 지난 뒤 세무조사를 받는 시점에는 그 3개월이라는 시간의 문을 다시 열 수 없습니다. 지금 감정평가를 새로 받아도 기준일 요건을 충족하지 못합니다. 그래서 남는 것은 기준시가 하나뿐이고, 기준시가로 가는 순간 취득가액의 실제 증빙은 전부 무력화됩니다. 이것이 이 사건의 구조입니다.

또 하나 눈여겨볼 점은 청구인이 스스로 양도가액을 기준시가로 신고했다는 사실입니다. 청구인은 취득가액에서는 실지거래가액을 쓰면서 양도가액에서는 기준시가를 썼습니다. 자신에게 유리한 조합을 만든 셈인데, 이는 결과적으로 "양도가액은 확인이 안 된다"는 점을 납세자가 먼저 자인한 신고가 되었습니다. 처분청과 심판원은 그 전제를 받아들이고, 동일기준 원칙만 적용해 취득가액을 끌어내린 것입니다. 유리한 항목만 골라 조합하는 신고는 그 조합이 부정되는 순간 가장 불리한 조합으로 되돌아온다는 점을 기억해야 합니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 청구인이 다툰 항목 중 인용된 것은 하나도 없습니다. 다만 취득 당시 실제 지급액과 부대비용이 증빙으로 확인된다는 사실 자체는 심판원도 사실관계에서 인정했습니다. 증빙이 부실해서 진 사건이 아니라, 증빙이 충실해도 적용될 자리가 없어서 진 사건이라는 점이 이 사건의 아픈 지점입니다.

실무 포인트, 교환으로 부동산을 정리하기 전에 반드시 할 일

포인트 ①. 교환계약서에 가치를 숫자로 남기십시오.
교환계약서에는 최소한 각 목적물의 평가액, 교환 대상별 가치 배분, 차액 유무, 차액이 있을 때의 정산 방법이 들어가야 합니다. 이 사건에서 심판원이 콕 집어 지적한 것이 "교환 대상 토지별로 구분되는 구체적인 양도대금이 기재되어 있지 않다"는 점입니다. 여러 필지를 한꺼번에 넘길 때는 필지별 금액 배분표를 계약서에 붙여두는 것이 안전합니다.

포인트 ②. 감정평가는 교환 시점에 받아야 의미가 있습니다.
시행령은 감정가액을 인정할 때 감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내일 것을 요구합니다. 교환 후 몇 년 지나 세무조사를 받은 뒤에 감정을 받아도 이 요건을 충족할 수 없습니다. 기준시가 10억원 이하 자산은 하나의 감정평가법인 감정으로도 가능하다는 규정이 있으니, 비용 부담이 걱정된다면 이 부분을 미리 확인해 보시는 것이 좋습니다.

포인트 ③. 차액 정산을 현금으로 실행하고 흔적을 남기십시오.
서로 넘기는 자산의 가치가 완전히 같은 경우는 드뭅니다. 차액을 계좌 이체로 정산하고 계약서에 그 근거를 남기면, 당사자가 가치를 실제로 확정했다는 강력한 증거가 됩니다. 처분청이 이 사건을 "단순교환"이라고 부른 이유가 바로 감정과 정산이 없었다는 점입니다.

포인트 ④. 유리한 항목만 골라 조합하는 신고는 위험합니다.
양도가액은 기준시가로, 취득가액은 실지거래가액으로 신고하면 세금이 줄어드는 것처럼 보입니다. 그러나 소득세법 제100조 제1항은 두 가액의 산정 기준을 짝지어 놓았습니다. 이 조합이 부정되면 유리한 쪽이 아니라 양쪽 모두 기준시가로 정리되면서 취득가액이 급격히 낮아질 수 있습니다. 신고 전에 두 시나리오의 세액을 모두 계산해 보고, 실지거래가액으로 인정받을 수 있는 상태인지부터 점검해야 합니다.

포인트 ⑤. 신고를 했어도 몇 년 뒤 경정이 나올 수 있습니다.
이 사건은 2020년 3월 교환, 2020년 5월 신고인데 경정고지는 2026년 1월입니다. 국세는 부과제척기간 안에서 경정이 가능하므로, 신고하고 세금을 냈다는 사실만으로 안심할 수 없습니다. 게다가 시간이 지난 뒤 경정되면 본세뿐 아니라 과소신고에 따른 가산세와 납부지연가산세가 함께 붙어 부담이 커집니다. 교환처럼 다툼 소지가 큰 거래는 신고 시점에 근거자료를 두툼하게 만들어 두는 것이 결국 가장 저렴한 방법입니다.

포인트 ⑥. 기준시가 추계는 항상 납세자에게 불리한 것은 아닙니다.
기준시가는 통상 시세보다 낮게 형성되므로, 양도가액이 기준시가로 내려가면 그만큼 유리할 수도 있습니다. 문제는 취득 시점의 기준시가와 실제 매입가의 격차가 클 때입니다. 특히 취득 당시 프리미엄을 얹어 비싸게 산 토지라면 실지취득가액이 기준시가를 크게 웃돌기 때문에, 동일기준 원칙이 적용되는 순간 없던 차익이 생깁니다. 내 토지가 어느 쪽에 해당하는지는 개별 계산 없이는 알 수 없습니다.

포인트 ⑦. 공유 정리 방법은 교환만이 아닙니다.
공유물 분할, 지분 매매, 순차 매도 등 여러 방식이 있고 각각 세법 취급이 다릅니다. 교환이 등기만 서로 넘기면 되니 편해 보이지만, 가액 확정 부담이 가장 큰 방식입니다. 어떤 방식이 유리한지는 취득 시기, 취득가액 증빙 상태, 보유 기간, 사업용 여부 등을 함께 보아야 판단할 수 있으므로, 등기를 넘기기 전에 상담을 받는 것이 순서입니다.

자주 묻는 질문

Q. 돈이 오가지 않은 교환인데도 양도소득세를 내야 하나요?

네. 세법에서 교환은 대가를 받고 자산을 이전한 유상양도로 봅니다. 현금 대신 상대방의 자산을 받은 것이므로 양도소득세 신고 대상입니다. 이 사건 청구인도 교환 자체가 양도라는 점은 다투지 않았고, 양도가액과 취득가액을 어떻게 산정할지만 다퉜습니다.

Q. 취득 당시 매매계약서와 영수증이 다 있는데도 취득가액을 인정받지 못한다는 게 말이 되나요?

납득하기 어렵지만 이 사건에서는 그렇게 판단되었습니다. 소득세법 제100조 제1항이 양도가액과 취득가액의 산정 기준을 짝지어 두었기 때문에, 양도가액이 기준시가로 결정되면 취득가액도 기준시가로 따라간다는 것이 처분청과 심판원의 해석입니다. 증빙의 문제가 아니라 적용 조항의 문제입니다.

Q. 저에게 유리한 대법원 판결이 있다고 들었습니다. 그것만 제시하면 이길 수 있나요?

이 사건 청구인도 서울고등법원 2015누40028 판결과 대법원 2016두36949 판결을 제시했지만 기각되었고, 결정문에는 그 판례에 대한 별도 판단 이유가 기재되어 있지 않습니다. 판례를 인용할 때는 그 판결의 사실관계와 내 사건의 사실관계가 어떤 점에서 같은지를 증빙으로 연결해야 합니다. 판례 번호만 나열하는 방식으로는 부족할 수 있습니다.

Q. 이미 교환 등기를 마쳤고 몇 년이 지났습니다. 지금이라도 감정평가를 받으면 되나요?

추계 시 인정되는 감정가액은 감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것으로 한정됩니다. 따라서 시간이 많이 지난 뒤 받은 소급성 감정은 요건을 충족하기 어렵습니다. 다만 사안마다 활용 가능한 다른 자료(주변 매매사례 등)가 있을 수 있으므로 자료 전체를 놓고 검토해 볼 필요는 있습니다.

Q. 지금 교환을 준비 중이라면 무엇을 먼저 해야 하나요?

등기를 넘기기 전에 두 가지를 하십시오. 첫째, 교환 대상 자산별 평가액과 차액 정산 방법을 계약서에 명시하는 것입니다. 둘째, 교환 시점을 기준일로 하는 감정평가를 받아 두는 것입니다. 그리고 교환 방식과 지분 매매 방식의 예상 세액을 비교해 보시는 것이 좋습니다. 계약서 문구 하나가 몇 년 뒤 세액을 결정합니다.

자가진단 체크리스트

• 가족, 지인과 공동명의로 보유한 부동산이 있고 조만간 지분을 정리할 계획이 있다.
• 교환계약서에 각 목적물의 평가액이나 교환차액, 정산금에 대한 기재가 없다.
• 여러 필지를 한꺼번에 넘기면서 필지별 가액 배분을 하지 않았다.
• 교환 시점 전후 3개월 내에 받은 감정평가서가 없다.
• 교환 차액을 현금으로 정산하지 않았거나, 정산했어도 계좌 이체 기록이 없다.
• 취득 당시 시세보다 비싸게 매입해서 실지취득가액이 당시 기준시가보다 훨씬 높다.
• 양도가액은 기준시가로, 취득가액은 실지거래가액으로 신고했거나 그렇게 신고할 예정이다.
• 몇 년 전 교환한 부동산에 대해 세무서에서 해명 안내문이나 과세예고 통지를 받았다.

세 개 이상 해당한다면 기준시가 일괄 추계로 과세될 위험 구간에 있다고 보아야 합니다. 특히 여섯 번째 항목에 해당한다면 실제로 벌지 않은 차익에 세금이 붙는 상황이 될 수 있으므로, 등기 이전 전에 반드시 점검이 필요합니다.

정리

이 사건은 교환이라는 거래 방식 자체가 위험하다는 이야기가 아닙니다. 가치를 숫자로 확정하지 않은 교환이 위험하다는 이야기입니다. 계약서에 평가액이 없고, 감정도 없고, 정산도 없으면 세법은 실지거래가액을 확인할 수 없다고 보고 추계로 넘어갑니다. 추계의 마지막 순위인 기준시가에 도달하면, 소득세법 제100조 제1항의 동일기준 원칙에 따라 정성껏 보관해 둔 취득 증빙이 설 자리를 잃습니다.

실무에서 가장 안타까운 유형이 바로 이런 사건입니다. 세무조사가 시작된 뒤에는 손쓸 방법이 거의 없고, 반대로 계약서를 쓰던 그날 문구 몇 줄과 감정평가서 한 부만 있었다면 전혀 다른 결과가 가능했습니다. 부동산 세금은 신고를 잘하는 문제가 아니라 거래 구조를 잘 설계하는 문제라는 점을, 이 결정이 다시 확인해 줍니다.

공동명의 부동산 정리, 지분 교환, 공유물 분할을 앞두고 계시다면 등기를 넘기기 전에 검토를 받아보시기 바랍니다. 이미 교환을 마치고 과세예고나 경정고지를 받은 상황이라도, 활용 가능한 자료와 다툴 여지가 남아 있는지 사실관계를 정밀하게 확인해 볼 가치는 있습니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026부1584 (2026.08.05. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제96조(양도가액), 제100조(양도차익의 산정), 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지), 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정), 국세기본법 제65조·제80조의2

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)