건물 철거하고 땅만 팔았는데, 나중에 건물값도 인정해달라 하면 안 됩니다 (조심 2026소0008)

오래된 집이 있는 땅을 팔 때 자주 벌어지는 일

수십 년 전에 취득한 토지 위에 낡은 주택이나 식당 건물이 서 있는 경우, 매수자가 개발업체나 시행사인 경우가 많습니다. 이때 매수자는 거의 예외 없이 "건물은 철거하고 나대지 상태로 넘겨 주세요"라는 조건을 붙입니다. 매수자 입장에서 오래된 건물은 경제적 가치가 없고, 오히려 철거 비용과 취득세 부담이라는 짐일 뿐이기 때문입니다. 특히 매수자가 법인이고 대상 건물이 주택이라면 취득세 중과 문제까지 얽히기 때문에, 철거 후 나대지로 이전받으려는 유인이 강해집니다.

문제는 매도인 쪽에서 세금을 계산할 때 발생합니다. 매도인은 그 건물을 지으려고 돈을 들였고, 오랜 기간 식당이나 주택으로 사용해 왔습니다. 실제 거래에서 땅값만 계산했다고 생각하지 않고, "건물값도 어느 정도는 매매대금에 얹혀 있었을 것"이라고 느끼는 것이 자연스럽습니다. 그래서 양도소득세를 신고하고 한참 지난 뒤에 전체 매매대금을 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분하고, 건물 부분에는 환산취득가액을 적용해 세금을 줄여 달라는 경정청구를 하게 됩니다.

이번에 소개할 조세심판원 결정(조심 2026소0008, 2026년 6월 10일 의결)은 바로 그 상황입니다. 결론은 기각이었습니다. 다만 이 사건의 진짜 교훈은 "기각되었다"는 결과가 아니라, 결론을 가른 것이 실체적 진실이 아니라 서면과 신고 이력이었다는 점에 있습니다.

사건 경과를 시간 순서로 정리하면

청구인은 두 명이었고, 각자 인접한 토지와 그 지상 건물을 소유하고 있었습니다. 청구인 A는 1997년과 1998년에 걸쳐 경기도 소재 토지(1,580제곱미터)를 취득한 뒤 1998년경 그 지상에 건물 4개 동(연면적 합계 약 442제곱미터)을 신축하거나 매수하여 식당과 주택 등으로 사용했습니다. 청구인 B는 1998년에 인접 토지(1,076제곱미터)와 건물 2개 동(연면적 합계 약 262제곱미터)을 양수해 주택 등으로 사용했습니다. 두 사람 모두 25년 가까이 그 부동산을 보유한 셈입니다.

2023년, 한 법인 매수자와 거래가 시작됩니다. 청구인들의 주장에 따르면 2023년 3월 21일에 이미 부동산 매매에 관한 합의가 있었고, 그날 매수자로부터 돈이 입금되었습니다. 그리고 2023년 4월 26일자로 매수자가 청구인들에게 내용증명 우편물을 보냈습니다. 이후 2023년 6월에는 청구인들이 매수자에게 건물 철거와 멸실에 관한 포괄 위임장을 작성해 주었습니다.

2023년 7월 4일, 청구인들과 매수자는 매매계약서를 작성합니다. 이 계약서가 이 사건의 핵심입니다. 계약 내용은 건물을 철거·멸실하고 나대지 상태에서 토지만 양도하는 조건이었고, 특약사항에는 철거와 멸실에 관한 책임과 비용을 매도인을 대리하여 매수자가 부담한다고 적혀 있었습니다. 같은 날 매수자로부터 다시 돈이 입금되고, 청구인들이 매수자에게 일부 금액을 이체한 내역도 확인됩니다.

2023년 7월 11일, 건물들이 실제로 철거되어 멸실 처리되었습니다. 해체신고서와 해체완료신고서에는 청구인들의 인장이 날인되어 있었습니다. 열흘 뒤인 2023년 7월 21일, 나대지 상태의 토지 소유권이 매수자에게 이전되고 잔금이 지급됩니다. 청구인들은 이때 받은 금액 전액을 토지의 양도가액으로 하여 2023년 귀속 양도소득세를 각각 신고·납부했습니다.

그로부터 약 2년 뒤인 2025년 8월 1일, 청구인들은 입장을 바꿉니다. 부동산을 일괄양도한 것이므로 양도가액을 토지와 건물의 기준시가로 안분해야 하고, 건물 취득가액은 환산취득가액을 적용해야 한다며 세금 환급을 구하는 경정청구를 제기했습니다. 처분청은 2025년 9월 16일 이를 거부하고, 청구인들은 2025년 11월 5일 심판청구를 제기했습니다.

청구인들의 주장, 세 갈래였다

첫째, 매매대금에 건물 대가가 포함되어 있다는 주장입니다. 청구인들은 각자 토지의 지목을 대지로 변경한 뒤 건물을 신축하거나 매수해 식당과 주택으로 실제 사용해 왔고, 건물에 상당한 재산적 가치가 있다고 보았습니다. 그렇다면 매수자가 지급한 대금에는 그 가치에 상응하는 금액이 반영되어 있다고 보아야 한다는 것입니다. 특약사항에 철거 책임과 비용을 매수자가 진다고 되어 있으므로, 실질적으로는 계약일에 건물 대금까지 받은 것이라는 논리도 덧붙였습니다.

둘째, 계약서 자체가 허위라는 주장입니다. 청구인들은 실제 합의일은 2023년 3월 21일이고 그 당시 대상은 토지와 건물 전부였는데, 매수자가 영리법인의 수도권 주택 취득에 적용되는 취득세 중과세율을 회피하기 위해 포괄 위임장을 근거로 독단적으로 건물을 철거하고, 마치 매도인들이 스스로 철거한 것처럼 꾸며 2023년 7월 4일자로 토지만 매매한 계약서를 만들었다고 했습니다. 7월 4일에 계약금이 이체된 것처럼 보이게 자금 흐름도 맞췄다는 것입니다.

셋째, 법령과 집행기준의 적용 주장입니다. 토지와 건물의 양도가액 구분이 불분명하므로 소득세법 제100조, 같은 법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 양도 당시 기준시가로 안분해야 하고, 건물 취득가액은 그 안분액을 역산한 환산취득가액을 적용해야 한다고 했습니다. 또한 소득세법 집행기준 97-163…42가 "건물을 취득해 장기간 사용한 후 매매계약 조건에 따라 건물을 멸실하고 토지만 양도하는 경우로서 건물가액이 양도가액에 포함된 경우에는 토지와 건물의 양도차익을 각각 계산하므로 건물 취득가액을 필요경비로 산입할 수 있다"고 정하고 있다며, 처분청이 이 집행기준을 위반했다고 주장했습니다.

과세관청의 반박, 두 문장으로 요약된다

처분청의 반박은 명료했습니다. 우선 계약서에 매매목적물로 토지(대지)만 명시되어 있다는 점을 들었습니다. 그리고 청구인들이 건물에 대한 구체적인 가치평가 절차를 거쳤다거나, 토지와 건물의 가액을 구분해 매매대금을 산정했다고 볼 만한 자료가 제출되지 않았다고 지적했습니다. 양도 당시 건물은 이미 철거·멸실되어 존재하지 않았으므로, 존재하지 않는 자산에 양도가액을 안분할 수 없다는 것입니다.

두 번째 반박은 거래의 경제적 실질에 관한 것이었습니다. 매수자에게 낡은 건물은 아무런 경제적 가치가 없었고, 청구인들 역시 건물을 철거해 나대지로 만들어 토지를 더 높은 가격에 넘김으로써 경제적 목적을 충분히 달성할 수 있었습니다. 그렇다면 양쪽 모두 건물을 매매목적물로 삼을 필요가 없었다는 것이 자연스러운 해석이라는 논리입니다.

집행기준 주장에 대해서도 정면으로 답했습니다. 소득세법 집행기준 97-163…42는 일괄양도가 이루어져 건물가액이 양도가액에 실제로 포함된 경우에 적용되는 규정이며, 일괄양도되지 않고 멸실된 건물의 취득가액까지 인정하라는 뜻이 아니라는 것입니다. 이 지적은 매우 중요합니다. 집행기준 문구를 읽을 때 앞부분("건물을 멸실하고 토지만 양도하는 경우")만 보고 유리하다고 판단하는 분들이 많지만, 실제 적용의 관문은 뒷부분 조건("건물가액이 양도가액에 포함된 경우")입니다.

심판원 판단, 서면과 신고 이력이 결론을 갈랐다

심판원은 청구주장을 받아들이지 않았습니다. 판단의 근거를 하나씩 보면, 이 사건이 왜 기각되었는지가 선명해집니다.

첫째, 계약서상 매매목적물에 건물이 빠져 있고 토지만 기재되어 있었습니다. 그리고 건물은 계약서상 잔금일보다 이른 시기에 이미 철거·멸실되었습니다. 사실관계를 보면 계약서 작성이 7월 4일, 건물 멸실이 7월 11일, 소유권 이전과 잔금이 7월 21일입니다. 잔금 시점에 건물은 물리적으로 존재하지 않았습니다. 그러므로 그 계약서에 따라 양도된 부동산은 토지로 한정된다고 본 것입니다.

둘째, 철거 비용을 매수자가 부담했다는 사정이 오히려 청구인들에게 불리하게 작용했습니다. 청구인들은 "매수자가 비용을 댔으니 매수자가 건물의 실질 소유자였고, 따라서 건물 대금도 지급된 것"이라고 주장했지만, 심판원은 반대로 읽었습니다. 애초에 철거·멸실을 전제로 그 비용을 매수자가 부담하기로 정한 계약이라면, 건물의 재산적 가치가 매매대가에 반영되었다고 단정하기 어렵다는 것입니다. 가치 있는 자산을 사는 사람이 그 자산을 없애는 비용까지 스스로 부담한다는 구조는, 오히려 그 자산에 가치를 두지 않았다는 방향의 정황이 됩니다.

셋째, 허위 계약서 주장을 뒷받침할 증빙이 오히려 청구인들에게 불리했습니다. 청구인들이 스스로 제출한 2023년 4월 26일자 내용증명 우편물에는 매수자가 청구인들과 토지의 매매계약을 체결했다고 기재되어 있었습니다. 즉 청구인들이 "토지와 건물 전부를 대상으로 한 원래 계약이 있었다"는 증거로 낸 서류가, 오히려 애초부터 대상이 토지였음을 보여주는 자료가 된 것입니다. 게다가 매매목적물이 도중에 변경된 사정도 나타나지 않았고, 청구인들이 2023년 3월에 체결했다고 주장한 당초 매매계약서는 제출되지 않았습니다.

넷째, 청구인들 스스로 토지만 양도한 것으로 신고·납부했다는 이력입니다. 계좌이체 내역도 계약서상 매매가액과 정확히 일치하지 않아(한 명은 적고 한 명은 많았습니다) "별도의 건물 대금이 오갔다"는 증거로 기능하지 못했습니다. 또한 청구인들이 철거를 매수자에게 포괄 위임했다는 위임장을 냈지만, 해체신고서와 해체완료신고서에는 청구인들의 인장이 날인되어 있었습니다. 결국 서면 전체가 "토지만 양도"라는 하나의 방향을 가리켰던 것입니다.

항목별 판단 결과

표를 보면 개별 항목마다 이유가 다른 것처럼 보이지만, 실제로는 하나의 축을 공유합니다. "건물이 양도의 대상이었음"을 보여주는 서면이 없다는 것입니다. 이 축이 무너지면 그 뒤에 붙는 안분 규정과 환산취득가액 논리는 자동으로 적용 대상에서 벗어납니다.

실무 포인트, 계약 단계에서 갈린다

포인트 ①. 세금은 계약서를 보고 매겨집니다. 이 사건에서 청구인들이 25년 넘게 건물을 보유하고 실제로 사용했다는 사실은 아무도 부인하지 않았습니다. 문제는 그 사실이 세금 계산에 반영되려면 양도 대상에 건물이 들어가 있어야 한다는 점입니다. 매수자가 "철거해서 나대지로 주세요"라고 요구했을 때, 매도인이 그 요구를 그대로 받아들이면 세법상 양도 대상은 토지가 됩니다. 건물 취득가액은 필요경비에서 사라지고, 오래 보유해 취득가액이 낮은 토지의 차익 전체에 세금이 붙습니다.

포인트 ②. 나대지 조건 요구를 받았다면 계약 전에 세무 검토를 하십시오. 실무에서 선택지는 대체로 세 가지입니다. 첫째, 건물을 포함해 매매계약을 체결하고 계약서에 토지 가액과 건물 가액을 구분 기재한 뒤, 소유권 이전 후 매수자가 철거하는 방식입니다. 둘째, 건물을 포함해 계약하되 감정평가를 받아 가액 배분의 객관적 근거를 남기는 방식입니다. 셋째, 이 사건처럼 나대지 조건으로 계약하는 방식입니다. 세 방식의 세금 차이는 클 수 있고, 매수자의 취득세 부담도 달라지므로 협상 대상이 됩니다. 다만 구분 기재한 가액이 기준시가 안분액과 30퍼센트 이상 차이 나면 소득세법 제100조 제3항에 따라 가액 구분이 불분명한 때로 보아 다시 안분되므로, 임의로 유리한 숫자를 적어 넣는 방식은 통하지 않습니다.

포인트 ③. 철거 비용을 누가 부담하는지가 해석 신호가 됩니다. 이 사건에서 심판원은 "멸실 전제, 매수자 비용 부담"이라는 특약을 건물에 대가를 매기지 않았다는 방향으로 읽었습니다. 만약 건물 대가를 받은 거래로 정리하고 싶다면, 계약 구조 자체가 그와 일관되어야 합니다. 특약 한 줄이 나중에 어느 쪽으로 읽힐지를 계약 시점에 미리 생각해 두어야 합니다.

포인트 ④. 최초 신고 내용이 나중에 자신을 구속합니다. 청구인들은 처음에 토지만 양도한 것으로 신고·납부했습니다. 심판원은 이 사실을 판단 근거의 하나로 명시했습니다. 경정청구는 잘못된 신고를 바로잡는 제도이지만, 사실관계 자체를 뒤집는 주장을 하려면 최초 신고와 다른 사실을 입증할 자료가 있어야 합니다. 신고 시점에 검토를 마치는 것이 훨씬 유리합니다.

포인트 ⑤. 증빙은 유리한 것만 골라 낼 수 없습니다. 청구인들이 낸 내용증명은 "사전에 계약이 있었다"는 점을 보여주려는 자료였지만, 그 문서에 "토지의 매매계약"이라고 적혀 있어 결정적으로 불리하게 작용했습니다. 심판 단계에서 서류를 낼 때는 그 문서에 담긴 문구 전체가 상대방 논거로 쓰일 수 있음을 전제로 검토해야 합니다.

포인트 ⑥. "당초 계약서가 없다"는 것이 치명적이었습니다. 청구인들은 2023년 3월에 토지와 건물 전부를 대상으로 계약했다고 주장했지만 그 계약서를 제출하지 못했습니다. 구두 합의와 입금만으로 계약 내용을 입증하기는 매우 어렵습니다. 부동산 거래에서 조건이 바뀌면 바뀐 시점마다 문서를 남기는 습관이 세금에서 결정적 차이를 만듭니다.

포인트 ⑦. 상대방의 세금 사정이 내 세금을 만듭니다. 이 사건의 배경에는 법인의 수도권 주택 취득 시 취득세 중과 문제가 있었습니다. 매수자가 세부담을 줄이려고 나대지 조건을 요구하면, 그 부담은 형태를 바꿔 매도인의 양도소득세로 옮겨올 수 있습니다. 매수자가 조건을 강하게 요구할 때는 그 조건 때문에 내 세금이 얼마나 늘어나는지 계산한 뒤 가격 협상에 반영하는 것이 실질적인 대응입니다.

포인트 ⑧. 오래 보유한 부동산일수록 사전 검토의 가치가 큽니다. 1990년대에 취득한 부동산은 취득가액이 현재 시세에 비해 매우 낮습니다. 이런 자산에서는 필요경비 인정 여부가 세액에 미치는 영향이 큽니다. 계약서 문구 하나를 바꾸는 것만으로 결과가 달라질 수 있는 국면이므로, 계약 체결 전 검토가 가장 비용 효율이 높은 시점입니다.

비슷한 상황에서 자주 생기는 오해

첫 번째 오해는 "내가 실제로 건물을 갖고 있었으니 취득가액은 당연히 인정된다"는 생각입니다. 세법에서 필요경비로 공제되는 취득가액은 양도한 자산의 취득가액입니다. 양도의 대상이 토지로 확정되면, 이미 사라진 건물의 취득가액은 토지의 필요경비가 되지 않습니다. 이 구분이 직관과 어긋나기 때문에 분쟁이 반복됩니다.

두 번째 오해는 "집행기준에 그렇게 써 있다"는 생각입니다. 소득세법 집행기준 97-163…42는 건물을 멸실하고 토지만 양도한 경우를 다루지만, 적용 조건으로 "건물가액이 양도가액에 포함된 경우"를 달고 있습니다. 이 조건을 충족한다는 것을 매도인이 자료로 보여야 합니다. 계약서에 건물 가액이 구분되어 있거나, 감정평가서가 있거나, 건물 대금이 별도로 정산된 흐름이 확인되는 식입니다. 조건 없이 결론만 인용하면 이 사건처럼 정리됩니다.

세 번째 오해는 "경정청구를 하면 다시 다퉈볼 수 있다"는 기대입니다. 경정청구는 계산 오류나 법령 적용 착오를 바로잡는 데 강하지만, 사실관계를 새로 구성하는 데는 약합니다. 이미 확정된 등기, 신고, 계약서, 멸실 신고 등 서면이 한 방향을 가리키고 있으면 이를 되돌리기 어렵습니다.

자주 묻는 질문

Q. 건물을 철거하고 토지만 팔면 건물 취득가액은 무조건 못 쓰는 건가요?

무조건은 아닙니다. 소득세법 집행기준은 건물가액이 양도가액에 포함된 경우 토지와 건물의 양도차익을 각각 계산하도록 하고 있으므로, 건물 대가가 실제로 지급되었음을 보여줄 수 있으면 다툴 여지가 있습니다. 다만 이 사건처럼 계약서 목적물이 토지뿐이고 가액 구분이나 평가 자료가 없다면 인정받기 어렵습니다. 요약하면, 가능성은 계약 단계에서 만들어 두어야 합니다.

Q. 계약서에 토지값과 건물값을 제 편의대로 나눠 써도 되나요?

안 됩니다. 소득세법 제100조 제3항은 구분 기장한 가액이 기준시가 등에 따라 안분한 가액과 30퍼센트 이상 차이가 있으면 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 정하고 있습니다. 이 경우 시행령 제166조 제6항과 부가가치세법 시행령 제64조 제1항에 따라 다시 안분됩니다. 합리적 근거가 필요하고, 감정평가액이 있으면 그 비율이 우선 고려됩니다.

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Q. 매수자가 취득세 때문에 꼭 나대지로 달라고 합니다. 어떻게 해야 하나요?

매수자의 요구를 거절하기 어려운 상황이라면, 그 조건 때문에 늘어나는 양도소득세를 계산해 매매가격 협상에 반영하는 것이 현실적인 방법입니다. 조건을 받아들이는 대신 가격을 조정하거나, 소유권 이전 후 매수자가 철거하는 구조로 바꾸는 협상을 시도할 수 있습니다. 어떤 방식이든 계약 체결 전에 세액을 비교해 보아야 판단이 가능합니다.

Q. 이미 신고를 마쳤는데 지금이라도 바꿀 수 있을까요?

법정 경정청구 기간 내라면 청구 자체는 가능합니다. 다만 이 사건에서 보듯 기존 신고와 반대되는 사실관계를 주장하려면 그것을 입증할 문서가 있어야 합니다. 당초 계약서, 건물 가액을 별도로 정산한 자금 흐름, 감정평가서, 건물 가액을 특정한 합의서 같은 자료가 남아 있는지 먼저 확인해 보시는 것이 순서입니다.

Q. 상대방이 계약서를 사실과 다르게 만들었다고 생각되면 어떻게 해야 하나요?

세무 절차에서 허위 작성 주장을 관철하려면 상당한 수준의 입증이 필요합니다. 이 사건에서는 청구인들이 위임장, 내용증명, 계좌이체 내역을 냈지만, 그 자료들이 오히려 토지 거래였음을 보여주거나 금액이 맞지 않아 주장을 뒷받침하지 못했습니다. 서명 전에 계약서를 확인하는 것이 최선이고, 문제가 생겼다면 서명 당시 상황을 보여주는 통신 기록과 초안을 신속히 확보하는 것이 중요합니다.

자가진단 체크리스트

• 매수자가 "건물을 철거하고 나대지 상태로 이전해 달라"고 요구하고 있습니까?
• 매매계약서의 매매목적물란에 건물이 기재되어 있는지 확인했습니까?
• 계약서에 토지 가액과 건물 가액이 구분 기재되어 있습니까?
• 건물 가액을 정한 근거(감정평가, 협의 내역, 별도 정산)가 문서로 남아 있습니까?
• 철거 비용을 누가 부담하는지, 그 특약이 어떻게 읽힐지 검토했습니까?
• 건물 멸실일과 잔금일, 소유권 이전일의 순서를 파악하고 있습니까?
• 거래 조건이 중간에 바뀌었다면 바뀔 때마다 문서를 남겼습니까?
• 오래 보유한 부동산이라 취득가액이 매우 낮은 상황입니까?
• 양도소득세 신고 전에 두 가지 이상 시나리오로 세액을 비교해 보았습니까?
• 이미 신고를 마쳤다면, 주장을 뒷받침할 문서가 실제로 존재하는지 확인했습니까?

위 항목 중 세 개 이상에서 "아니오"라면, 계약 또는 신고 전에 전문가 검토를 받아보시는 것이 안전합니다. 특히 첫 두 항목은 계약서에 서명하기 전에 반드시 확인해야 합니다.

정리

이 사건은 25년 넘게 보유한 토지와 건물을 개발업체에 넘기면서, 매수자 요구에 따라 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만 이전한 사안입니다. 청구인들은 나중에 매매대금에 건물값이 포함되어 있었다며 기준시가 안분과 환산취득가액 적용을 구했지만, 심판원은 계약서 목적물이 토지뿐이고 잔금일 전에 건물이 이미 멸실되었으며, 청구인들이 제출한 내용증명에도 토지 매매계약으로 기재되어 있고 당초 계약서가 제출되지 않았다는 점 등을 들어 기각 결정을 했습니다.

핵심 교훈은 명확합니다. 양도소득세에서 무엇을 팔았는지는 계약서와 등기, 신고 내역이 말해 줍니다. 실제로 오랫동안 건물을 소유하고 사용했다는 사정만으로는 그 건물의 취득가액을 필요경비로 쓸 수 없습니다. 매수자가 나대지 조건을 요구하는 순간이 세금의 갈림길이고, 그 갈림길에서 선택을 하려면 계약서에 서명하기 전에 세액 비교가 끝나 있어야 합니다.

오래 보유한 토지와 낡은 건물을 함께 처분하는 거래, 개발업체나 법인 매수자와의 나대지 조건 거래를 앞두고 계신다면, 계약 조건을 확정하기 전 단계에서 상담을 받아보시기 바랍니다. 신고가 끝난 뒤에 되돌리려 하면, 이 사건처럼 서면이 이미 결론을 정해 버린 상태일 수 있습니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026소0008 (2026.06.10. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제96조(양도가액), 제97조(양도소득의 필요경비 계산), 제100조(양도차익의 산정), 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항, 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제80조의2

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)