직접 지은 집을 팔았는데 공사비를 인정 못 받았다면, 표준건축비가 남긴 반전 (조심 2026인1600)

내 손으로 집을 지어 몇 년 살다가 파는 일은 생각보다 흔합니다. 노후 주택을 헐고 다가구주택을 올리거나, 물려받은 땅에 집을 짓는 경우가 대표적입니다. 문제는 팔 때입니다. 양도소득세는 판 가격에서 산 가격을 빼서 계산하는데, 신축 건물은 '산 가격'이라는 것이 존재하지 않습니다. 대신 내가 그 건물을 짓는 데 실제로 들인 돈이 취득가액이 됩니다. 그리고 그 돈을 증빙으로 얼마나 입증하느냐에 따라 세금이 크게 달라집니다.

이 사건은 바로 그 지점에서 벌어진 다툼입니다. 납세자는 집을 짓는 데 상당한 돈을 썼다고 주장했지만, 과세관청은 세금계산서와 지방자치단체 회신 자료로 확인되는 금액만 인정했습니다. 그 결과 과세관청이 인정한 건물 취득가액은 국토교통부가 고시한 그해 표준건축비로 계산한 신축비의 절반 수준에 그쳤고, 심지어 취득세를 매길 때 쓴 시가표준액보다도 낮았습니다. 조세심판원은 이 불균형을 그냥 넘기지 않았습니다.

사건 경과, 신축부터 세 번의 수정신고까지

청구인은 2020년 2월 대지 250.2제곱미터의 공유지분 2분의 1을 취득했습니다. 그 땅 위에 같은 해 11월 24일 연면적 337.88제곱미터의 3층 다가구주택을 신축해 사용검사를 받았습니다. 이후 이 주택을 보유하다가 2024년 4월 8일 토지와 건물을 함께 양도했습니다. 신축일로부터 3년 반이 채 지나지 않은 시점의 양도였다는 점이 이 사건 전체를 관통하는 중요한 배경입니다.

청구인은 2024년 7월 1일 양도소득세를 최초신고하면서, 토지의 취득가액과 주택의 양도가액은 실제 거래된 금액이 있어 실지거래가액으로 신고했습니다. 반면 건물의 취득가액은 신축공사에 대한 증빙이 부실해 실지거래가액을 확인하기 어렵다고 보고 환산취득가액으로 신고했습니다. 여기까지는 신축 건물을 파는 분들이 흔히 택하는 방식입니다.

그런데 그 뒤 세 차례에 걸쳐 수정신고가 이어집니다. 2024년 8월 20일, 2024년 11월 4일, 2025년 4월 24일입니다. 특히 2차 수정신고에서 청구인은 환산취득가액을 스스로 접고, 시공사로부터 세금계산서를 받은 공사비와 취득세만을 건물의 실지취득가액으로 삼아 신고했습니다. 이유는 두 가지였습니다. 하나는 환산취득가액을 쓸 때 붙는 가산세를 피하기 위해서였고, 다른 하나는 이 주택이 1세대1주택에 해당해 기준금액을 넘는 부분만 과세되므로 증빙이 확실한 금액만 넣어도 세부담이 크지 않을 것이라고 판단했기 때문이었습니다. 이후 3차 수정신고에서는 다시 환산취득가액과 그에 따른 가산세를 반영해 신고했습니다.

과세관청은 2025년 9월 8일 건물의 취득가액을 결정합니다. 청구인이 2차 수정신고 때 스스로 적어낸 실지거래가액에, 과세관청이 자체적으로 추가 확인한 금액을 더한 수준이었습니다. 그리고 2025년 12월 8일 2024년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 2026년 2월 20일 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2026년 6월 17일 결정을 내렸습니다.

청구인의 주장, 주위적 청구와 예비적 청구

청구인은 두 갈래로 주장했습니다. 주위적 청구는 실제로 신축공사비 등에 지출한 금액 전부를 실지취득가액으로 봐야 한다는 것이었습니다. 청구인은 자신이 2차 수정신고 때 적어낸 금액은 시공사로부터 세금계산서를 받은 골조공사, 샌드위치 판넬 및 부자재, 도어 외 공사 대금과 취득세만 담은 것이며, 그것이 실제로 쓴 돈의 전부일 리 없다고 했습니다. 실제로는 모친 명의 예금계좌에서 공사비가 계속 빠져나갔고, 신축 이후에도 설계비와 감리비, 내외장공사, 담장과 데크 공사, 엘리베이터 설치 등에 추가로 돈이 들었으며, 2024년에도 추가 공사비가 나갔다는 것입니다.

청구인이 가장 강하게 내세운 논거는 상식적으로 불가능한 금액이라는 점이었습니다. 과세관청이 인정한 건물 취득가액은 신축 당시인 2020년 기준 표준건축비 제곱미터당 단가로 계산한 신축비의 절반에 불과하고, 건물의 취득세 과세표준이자 시가표준액보다도 낮다는 것입니다. 그 돈으로 3층 다가구주택을 지을 수 있느냐는 반문이었습니다.

예비적 청구는 실제 지출액 전부를 인정할 수 없다면 차라리 환산취득가액을 적용해 달라는 것이었습니다. 계좌에서 상당한 공사비가 빠져나간 것이 확인되는데도 과세관청이 이를 지출 증빙으로 보지 않는다면, 그것이야말로 실지거래가액 확인에 필요한 장부나 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우에 해당한다는 논리였습니다. 청구인은 신축 후 5년 이내 양도 시 붙는 환산가액 5퍼센트 가산세의 취지를 언급하며, 자신은 3차 수정신고에서 그 가산세까지 부담해 조세 회피 의도가 없음을 보였으므로 환산취득가액을 부인할 특별한 사정이 없다고 주장했습니다.

과세관청의 반박, 확인된 것은 전부 넣었다

과세관청의 입장은 단호했습니다. 청구인이 누락되었다고 주장하는 공사비에 대해 지방자치단체로부터 회신받은 자료와 전자세금계산서 등 객관적 증빙으로 확인되는 금액은 전부 합산해 취득가액을 결정했다는 것입니다. 구체적으로 승강기 공사비, 설계비 및 감리비, 측량비 등, 시스템에어컨 관련 공사비, 취득세, 자본적지출금액, 내부공사비를 계약서 등 증빙으로 확인해 모두 반영했다고 밝혔습니다.

예비적 청구에 대해서는 더 날카로운 반박이 나왔습니다. 청구인 스스로 시공사가 발행한 세금계산서를 근거로 2024년 11월 4일 실지취득가액을 반영한 수정신고서를 제출한 사실이 있으니, 실지거래가액 확인에 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 볼 수 없다는 것입니다. 즉 납세자가 자기 손으로 실지거래가액을 적어낸 이상 추계 사유가 성립하지 않는다는 논리입니다.

과세관청은 조세심판원 선례(조심 2002전6889, 2022.1.20. 의결)도 인용했습니다. 주택 취득에 소요된 추가적인 취득가액이 있다면 그 나머지 부분도 다른 증빙자료로 지출 사실을 입증해야 하는 것이지, 취득가액 전체를 환산가액으로 돌릴 것은 아니라는 취지입니다. 실무에서 자주 마주치는 논리이므로 기억해 두실 필요가 있습니다. 일부만 증빙이 없다고 해서 전체를 환산으로 갈아탈 수는 없다는 것이 과세관청의 기본 입장입니다.

조세심판원의 판단, 표준건축비가 흐름을 바꿨다

조세심판원은 청구인의 주위적 주장에 일응 타당한 측면이 있다고 보았습니다. 다만 곧바로 청구인이 주장하는 금액 전부를 취득가액으로 인정한 것은 아니고, 과세관청이 다시 조사해서 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 재조사 결정을 내렸습니다. 근거는 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호입니다.

심판원이 든 이유는 두 가지로 압축됩니다. 첫째, 과세관청이 인정한 건물의 실지취득가액이 국토교통부 고시상 2020년도 표준건축비에 따른 건물신축비보다 상당히 낮은 수준이라는 점입니다. 국토교통부 고시 제2019-802호로 정해진 과밀부담금 부과를 위한 2020년도 표준건축비, 그리고 지방자치단체장이 발급한 취득세 납부확인서상 시가표준액이 결정문에 그대로 인용되었습니다. 공적으로 고시되고 공적으로 산정된 두 가지 수치가, 과세관청이 산정한 금액이 현실과 동떨어져 있다는 점을 보여주는 객관적 지표로 작동한 것입니다.

둘째, 청구인이 심판청구 단계에서 계좌 출금 내역의 각 거래항목별 지급 사유를 기재해 제출했고, 조세심판관회의에 참석해 거래상대방과 공사비 지출 여부를 확인할 수 있는 객관적 증빙자료를 더 제출하겠다고 진술한 점입니다. 심판원은 이를 두고 실제로 추가 지출이 있었을 개연성이 있다고 보았고, 과세관청이 그 계좌 거래내역에 적힌 출금액의 지급처 등을 조사해 신축비로 지출된 금액이 추가로 확인되는지 다시 살펴보라고 했습니다.

예비적 청구인 환산취득가액 주장은 심리가 생략되었습니다. 주위적 청구에 대해 재조사 결정이 내려진 이상 심리의 실익이 없다는 이유였습니다. 결과적으로 환산취득가액을 적용해야 하는지에 대한 판단은 이루어지지 않았고, 승부는 재조사 과정에서 얼마나 입증하느냐로 넘어갔습니다.

결정문에 숨어 있는 또 하나의 장면, 이중창 세금계산서

이 결정문에는 눈여겨볼 대목이 하나 더 있습니다. 청구인이 2025년 10월 10일 과세전적부심사를 청구했고, 그 결정 과정에서 과세관청이 이중창 공사에 대한 전자세금계산서를 확인했음에도 이를 건물의 실지취득가액에 포함하지 않았다는 사실이 사실관계에 그대로 적혀 있습니다.

전자세금계산서는 국세청 시스템에 그대로 남는 가장 확실한 증빙 중 하나입니다. 그런 자료조차 취득가액 산정에서 빠졌다는 것은, 과세관청이 산정한 금액을 납세자가 항목별로 대조해 보지 않으면 놓칠 수 있는 부분이 얼마든지 있다는 뜻입니다. 결정문에도 청구인과 과세관청 사이에 골조공사 및 기타공사 비용과 이중창 비용 외에는 다툼이 없었다고 기재되어 있습니다. 다시 말해 다툰 항목은 좁혀져 있었고, 그 좁혀진 항목에서 실제로 누락이 발견되었던 것입니다.

항목별 판단 결과 정리

실무 포인트, 이 사건에서 결론을 가른 것들

포인트 ①. 수정신고는 되돌리기 어려운 자백이 될 수 있습니다.
이 사건에서 과세관청이 예비적 청구를 막아낸 가장 강력한 무기는 법조문이 아니라 납세자 본인이 낸 수정신고서였습니다. 세금계산서 금액을 실지취득가액으로 적어 낸 순간, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우라는 추계 요건에서 스스로 멀어진 것입니다. 환산가액 가산세를 피하려는 짧은 계산이 예비적 방어선을 무너뜨렸습니다. 신고 방식을 바꿀 때는 그 선택이 이후 불복 단계에서 어떤 의미로 읽힐지까지 미리 계산해야 합니다.

포인트 ②. 공적 고시 수치는 납세자가 쓸 수 있는 반증 자료입니다.
이 사건의 흐름을 바꾼 것은 새로 찾아낸 영수증이 아니라 국토교통부 고시 표준건축비와 취득세 시가표준액이었습니다. 과세관청이 산정한 취득가액이 그 수치의 절반 수준이라는 사실 자체가 산정의 불합리를 드러냈습니다. 신축 건물 취득가액이 다투어질 때는 표준건축비, 시가표준액, 유사 규모 신축 사례의 공사 단가 같은 객관적 지표를 먼저 확보해 비교표를 만들어 두는 것이 유리합니다.

포인트 ③. 계좌 내역은 그대로 내면 증빙이 아니고, 가공해야 증빙이 됩니다.
청구인은 과세전적부심사 단계에서도 계좌 출금 내역을 냈지만 받아들여지지 않았습니다. 심판 단계에서 달라진 것은 각 거래항목별로 지급 사유를 기재해 정리한 형태로 제출했다는 점입니다. 금융거래 내역은 돈이 나갔다는 사실만 보여줄 뿐, 그 돈이 이 건물의 공사비로 갔다는 사실은 보여주지 못합니다. 지급처 상호, 공사 내용, 견적서나 계약서, 공사 진행 사진, 문자와 카카오톡 대화까지 연결해야 비로소 증빙이 됩니다.

포인트 ④. 타인 명의 계좌로 공사비를 낸 경우에는 두 겹의 입증이 필요합니다.
이 사건의 공사비는 청구인 본인이 아니라 모친 명의 계좌에서 나갔습니다. 실무에서는 이런 구조가 흔하지만, 그만큼 확인해야 할 것이 늘어납니다. 그 자금이 실질적으로 누구의 돈이었는지, 청구인이 나중에 갚았는지, 아니면 증여로 볼 여지가 있는지가 함께 검토될 수 있습니다. 건축주 본인 계좌에서 시공사 계좌로 이체하는 것이 가장 단순하고 안전한 방법입니다.

포인트 ⑤. 신축 후 5년 이내 양도라면 환산가액 가산세를 미리 계산해 보셔야 합니다.
소득세법 제114조의2는 건물을 신축하거나 일정 규모 이상 증축한 뒤 5년 이내에 양도하면서 감정가액이나 환산취득가액을 취득가액으로 쓰는 경우, 그 가액의 5퍼센트를 결정세액에 더하도록 정하고 있습니다. 이 사건 청구인이 신고 방식을 오간 이유도 여기에 있었습니다. 다만 이 가산세는 산출세액이 없어도 적용된다는 점을 놓치기 쉽습니다. 가산세를 피하려다 실지가액 입증 부담을 떠안는 상황이 이 사건의 본질입니다.

포인트 ⑥. 과세관청 산정 내역은 반드시 항목별로 대조하십시오.
이 사건에서는 전자세금계산서까지 확인된 이중창 공사비가 취득가액에서 빠져 있었습니다. 경정고지서나 과세예고통지서에 붙은 계산 명세를 받아 두고, 본인이 정리한 지출 항목표와 한 줄씩 맞춰 보십시오. 빠진 항목을 찾아내는 것이 새 증빙을 구하는 것보다 빠를 때가 많습니다.

재조사 결정을 받으면 끝난 것일까

재조사 결정은 승소가 아닙니다. 조세심판원이 과세관청에게 다시 들여다보라고 돌려보낸 것일 뿐, 세액이 얼마나 줄어들지는 재조사 과정에서 결정됩니다. 이 사건에서도 심판원은 계좌 출금액 중 신축비로 지출된 금액이 추가로 확인되는지를 조사해 그 결과에 따라 경정하라고 했을 뿐입니다. 추가로 확인되는 금액이 없으면 세액은 그대로일 수 있습니다.

그래서 재조사 결정을 받은 뒤가 오히려 더 중요합니다. 심판관회의에서 제출하겠다고 진술한 자료를 실제로 준비해 기한 안에 내야 하고, 계좌에서 나간 돈 한 건 한 건에 대해 지급처를 특정하고 그 지급처가 이 건물 공사에 관여했다는 사실을 연결해야 합니다. 거래상대방으로부터 받은 확인서, 세금계산서나 계산서, 현금영수증, 견적서, 공정별 사진, 건축 관련 인허가 서류가 모두 재료가 됩니다.

또 하나 챙길 것은 자본적 지출과 수익적 지출의 구분입니다. 건물의 가치를 높이거나 내용연수를 연장하는 지출은 필요경비로 인정되지만, 단순 수선이나 유지에 해당하는 지출은 인정되지 않습니다. 심판원도 재조사 대상으로 지급처, 지급 금액, 관련 공사비로의 지출 여부, 자본적 지출액 해당 여부를 나열했습니다. 항목을 나눠 정리해 두면 재조사 담당자의 판단이 빨라집니다.

비슷한 상황에 놓인 분들에게, 지금 해야 할 일

이미 집을 지어 보유 중이라면 오늘부터 공사비 지출 파일을 하나 만드는 것이 가장 실질적인 대비입니다. 계약서, 세금계산서, 이체확인서, 공정별 사진을 한 폴더에 모으고 지출 일자와 금액, 지급처, 공사 내용을 표로 정리해 두십시오. 몇 년 뒤 양도할 때 이 표가 그대로 필요경비 명세가 됩니다.

이미 신고를 마쳤거나 과세예고통지를 받은 상태라면 순서가 다릅니다. 과세관청이 인정한 항목과 금액을 먼저 받아 보고, 누락된 항목을 찾은 뒤, 남은 항목에 대해 어떤 증빙을 어느 정도까지 만들 수 있는지 냉정하게 판단해야 합니다. 불복을 제기할지, 실지가액으로 갈지, 추계 주장을 유지할지는 그 판단이 끝난 뒤에 정할 문제입니다. 순서를 거꾸로 밟으면 이 사건처럼 스스로 낸 서류가 발목을 잡을 수 있습니다.

자주 묻는 질문

Q. 세금계산서를 못 받은 공사비는 아예 인정받지 못하나요?

반드시 그렇지는 않습니다. 소득세법 시행령 제163조는 자본적 지출액과 양도비에 대해 적격 증명서류를 수취·보관한 경우뿐 아니라 실제 지출 사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우도 필요경비로 인정할 수 있도록 정하고 있습니다. 다만 통장에 출금 기록이 있다는 것만으로는 부족하고, 그 돈이 누구에게 왜 갔는지가 함께 확인되어야 합니다. 이 사건에서 심판원이 지급처 조사를 지시한 이유도 여기에 있습니다.

Q. 환산취득가액으로 신고하면 세무서가 무조건 인정해 주나요?

아닙니다. 환산취득가액은 실지거래가액을 인정하거나 확인할 수 없는 경우에 순차적으로 적용하는 추계 방법입니다. 매매사례가액과 감정가액이 먼저이고 환산은 그다음입니다. 특히 납세자 본인이 실지거래가액을 확인할 수 있는 자료를 갖고 있거나 이미 실지가액으로 신고한 사실이 있으면 추계 사유 자체가 성립하지 않는다는 것이 과세관청과 심판원의 일반적인 태도입니다.

Q. 신축 후 5년 이내에 팔면 무조건 5퍼센트 가산세를 내나요?

환산취득가액이나 감정가액을 취득가액으로 쓰는 경우에 적용됩니다. 실지거래가액으로 신고하면 이 가산세는 붙지 않습니다. 증축의 경우에는 바닥면적 합계가 85제곱미터를 초과하는 증축에 한하며, 증축한 부분에 대해서만 계산합니다. 산출세액이 없어도 적용된다는 점을 유의하셔야 합니다.

Q. 부모님 계좌로 공사비를 낸 것도 제 취득가액으로 인정되나요?

돈의 출처가 실질적으로 본인 자금이고 그 돈이 해당 건물의 공사비로 쓰였다는 점이 입증되면 취득가액에 포함될 여지가 있습니다. 다만 자금의 실질 귀속과 증여 여부라는 별도의 쟁점이 함께 따라올 수 있으므로 사전에 정리해 두는 것이 좋습니다. 이 사건도 모친 명의 계좌가 쟁점의 중심에 있었습니다.

Q. 재조사 결정이 나면 세금이 줄어드는 건가요?

재조사 결정은 과세관청에게 특정 사항을 다시 조사해 그 결과에 따라 경정하라는 결정입니다. 조사 결과 추가로 인정되는 금액이 있으면 세액이 줄지만, 확인되지 않으면 종전 처분이 유지될 수도 있습니다. 결정 이후 재조사 과정에서 자료를 얼마나 갖춰 내느냐가 실제 결과를 좌우합니다.

자가진단 체크리스트

• 내가 지은 건물의 공사비 지출 내역을 일자, 금액, 지급처, 공사 내용으로 정리한 표가 있는가
• 공사대금을 건축주 본인 계좌에서 시공사 계좌로 직접 이체했는가, 아니면 가족 계좌를 거쳤는가
• 세금계산서나 계산서, 현금영수증이 없는 지출에 대해 계약서나 견적서, 문자 기록이 남아 있는가
• 설계비, 감리비, 측량비, 승강기, 시스템에어컨, 내외장, 담장과 데크 등 부대공사 증빙이 빠짐없이 모여 있는가
• 신축일로부터 5년 이내 양도인지, 환산취득가액을 쓸 경우 가산세가 얼마나 되는지 계산해 보았는가
• 과세관청이 산정한 취득가액 명세를 받아 내 지출 항목표와 한 줄씩 대조해 보았는가
• 양도 당시 신축 연도 표준건축비와 건물 시가표준액을 확인해 비교해 보았는가
• 수정신고를 하기 전에 그 신고가 이후 불복 단계에 미칠 영향을 검토했는가

정리

이 사건은 증빙이 완벽하지 않아도 다툴 여지가 있다는 점과 신고 전략을 잘못 세우면 스스로 방어선을 무너뜨린다는 점을 동시에 보여줍니다. 과세관청이 인정한 취득가액이 공적 고시 수치의 절반에 그친다는 명백한 불균형, 그리고 계좌 내역을 항목별로 정리해 지급 사유를 붙여 제출한 성실한 대응이 재조사 결정을 이끌어냈습니다. 반대로 가산세를 피하려고 서둘러 낸 수정신고는 환산취득가액이라는 예비적 방어 수단을 사실상 봉쇄했습니다.

신축 건물의 양도세는 파는 시점이 아니라 짓는 시점부터 결정됩니다. 집을 지을 때 남긴 서류 한 장이 몇 년 뒤 세액을 좌우합니다. 이미 신고나 조사 단계에 들어섰다면, 남은 증빙으로 어디까지 입증할 수 있는지 먼저 판단한 뒤 대응 방향을 정하는 것이 순서입니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 구체적인 판단은 전문가와 함께 점검하시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026인1600 (2026.6.17. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산), 제100조(양도차익의 산정), 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지), 제114조의2(감정가액 또는 환산취득가액 적용에 따른 가산세), 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비), 제176조의2(추계결정 및 경정), 국세기본법 제65조 및 제80조의2

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)