잔금 못 받고 등기부터 넘겼다가 계약 해제했는데, 양도세는 환급되지 않았습니다 (조심 2026서2267)

잔금을 받기 전에 등기부터 넘겨주면 벌어지는 일

부동산 거래에서 가장 위험한 순간은 잔금과 소유권이전등기의 순서가 뒤바뀌는 때입니다. 매수인이 "대출 실행을 위해 등기가 먼저 넘어와야 한다", "토지를 담보로 자금을 조달해 바로 잔금을 치르겠다"고 요구하면, 매도인 입장에서는 거래를 성사시키고 싶은 마음에 등기를 먼저 넘겨주는 일이 실제로 자주 벌어집니다. 특히 여러 필지를 한꺼번에 정리하는 토지 거래, 개발 목적으로 지분을 모으는 거래에서 이런 구조가 흔합니다.

문제는 이때 세금 신고가 먼저 진행된다는 점입니다. 소유권이전등기가 이루어지면 등기 자료가 과세관청으로 통보되고, 매도인은 잔금을 받았든 못 받았든 양도소득세 예정신고 의무를 지게 됩니다. 실제로 이 사건의 청구인도 대금을 받지 못한 상태에서 양도소득세와 지방소득세를 신고하고 납부했습니다. 그 뒤 대금은 끝내 들어오지 않았고, 소송으로 계약을 정리했지만 이미 낸 세금은 돌아오지 않았습니다. 조세심판원 조심 2026서2267 결정은 "계약이 해제됐다"는 사실만으로는 양도세가 사라지지 않는다는 점을 명확히 보여줍니다.

이 글은 결정문을 요약하는 데 그치지 않고, 같은 상황에 놓인 분들이 지금 무엇을 확인하고 어떤 순서로 움직여야 하는지까지 짚어보려 합니다. 결론부터 말하면 이 사건에서 승패를 가른 것은 법리 다툼이 아니라 등기부 등본의 현재 상태였습니다.

사건은 이렇게 흘러갔습니다

청구인은 2019년 12월부터 2020년 4월까지 경기도 양평군 소재 토지를 포함해 모두 9필지에 대한 자신의 지분을 한 사람의 매수인에게 넘겼습니다. 그리고 2019년 귀속분과 2020년 귀속분으로 나누어 양도소득세와 지방소득세(양도소득세분)를 신고하고 납부했습니다. 여기까지는 통상적인 토지 매도 거래로 보입니다.

그런데 실제 사정은 달랐습니다. 청구인은 매매대금을 받지 못한 상태에서 먼저 소유권이전등기를 해주었고, 매수인은 등기를 넘겨받은 뒤에도 대금을 지급하지 않았습니다. 청구인은 매수인을 상대로 소유권말소등기 소송을 제기했습니다. 법원은 9필지 중 5필지(결정문상 쟁점토지①)에 대해서는 매수인이 청구인에게 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하라고 했고, 이미 원상회복이 불가능해진 나머지 4필지(쟁점토지②)에 대해서는 매수인이 청구인에게 양도가액에 상당하는 금액을 배상하라는 화해권고결정을 내렸습니다. 이 결정은 2025년 3월 13일 그대로 확정되었습니다.

원상회복이 불가능해진 이유도 결정문에 나옵니다. 매수인은 청구인의 승낙 없이 넘겨받은 토지를 신탁해 대출을 받고, 제3자에게 무단으로 양도하거나 담보를 설정했습니다. 그 결과 4필지는 제3자가 이미 취득해버려 원물 반환 자체가 법률상, 사실상 불가능한 상태가 되었습니다.

화해권고결정이 확정된 바로 다음 날인 2025년 3월 14일, 청구인은 관할 세무서장에게 이미 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 제기했고, 5월 9일에는 지방소득세와 관련해 관할 군수에게도 경정청구를 했습니다. 그러나 두 처분청 모두 청구에 대한 결과를 통지하지 않았습니다. 청구인은 이에 불복해 2026년 4월 심판청구를 제기했습니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인 주장의 뼈대는 실질과세 원칙이었습니다. 양도소득세는 자산의 양도로 인해 실제로 발생한 소득에 매기는 세금인데, 매매계약이 해제되어 소급적으로 효력을 잃었고 대금은 단 한 푼도 받지 못했으므로 과세할 소득 자체가 존재하지 않는다는 것입니다.

구체적으로는 세 갈래로 정리됩니다. 첫째, 확정된 화해권고결정은 확정판결과 같은 효력을 가지므로 매매계약은 소급해서 실효되었다는 점입니다. 둘째, 소유권이 청구인 명의로 환원되지 못한 것은 청구인의 잘못이 아니라 매수인이 무단으로 신탁, 대출, 제3자 이전, 담보 설정을 저지른 불법행위 때문이라는 점입니다. 형식적인 등기 외관만을 이유로 과세를 유지하는 것은 담세력 없는 사람에게 세금을 물리는 것이라는 취지입니다. 셋째, 법원이 인정한 금액은 계약이 유효함을 전제로 한 매매대금이 아니라 원상회복에 갈음하는 손해배상채권이며, 강제집행과 재산명시 신청 결과 매수인에게는 집행할 재산이 남아 있지 않아 사실상 회수가 불가능한 채권일 뿐이라는 점입니다.

청구인은 대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 판결을 인용했습니다. 매매 등의 계약이 처음부터 무효이거나 나중에 취소되어 효력이 없는 때에는 양도인이 받은 매매대금 등은 원칙적으로 양수인에게 원상회복으로 반환되어야 하므로 이를 양도인의 소득으로 보아 양도소득세를 과세할 수 없다는 취지의 판시입니다. 논리 자체는 탄탄해 보입니다.

과세관청은 왜 환급을 거부했나

처분청들의 논거는 의외로 단순했습니다. 소득세법 기본통칙(88-0…1)은 "매매원인 무효의 소에 의하여 그 매매 사실이 원인무효로 판시되어 환원될 경우에는 양도로 보지 아니한다"고 정하고 있는데, 이 사건은 화해권고결정 이후 심판청구 시점까지도 청구인 명의로 소유권이 되돌아오는 등기가 이루어지지 않았다는 것입니다. 즉 통칙이 요구하는 "환원"이라는 요건이 충족되지 않았다는 지적입니다.

여기에 더해 처분청은 원상회복이 불가능해 지급이 명해진 가액배상금이 소득세법상 양도대금의 성격을 가질 수 있다는 점, 그리고 계약이 무효라는 이유만으로 과세하지 않으면 결과적으로 과세 없는 양도차익이 남게 되어 조세정의에 반한다는 점을 들었습니다. 청구인은 이 논리가 "양도인이 대금을 실제로 수령해 경제적 이익을 보유한 경우"를 전제로 한 것이라고 반박했지만, 심판원은 처분청의 손을 들어주었습니다.

심판원의 판단, 기준은 "권리를 실질적으로 회복했는가"

심판원은 먼저 소득세법 제88조 제1호를 짚었습니다. 이 조항은 "양도"를 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것이라고 정의합니다. 등기가 없어도 사실상 이전되면 양도이고, 반대로 등기만 남아 있어도 실질적으로 권리가 돌아왔다면 양도로 보지 않을 여지가 생기는 구조입니다.

이 정의에 이어 심판원은 핵심 법리를 이렇게 정리했습니다. 설령 매매계약이 해제되어 효력을 잃었음이 법원의 확정판결로 인정된다 하더라도, 매수인에게 경료된 소유권이전등기가 계약해제에 따른 원상회복으로 말소됨으로써 매도인이 해당 자산에 대한 권리를 실질적으로 회복하지 못한 이상 소득세법상 양도에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다는 것입니다. 같은 취지의 선례로 조심 2015중274(2015. 3. 23.) 결정이 인용되었습니다.

이 기준을 사건에 적용한 결과는 다음과 같았습니다. 쟁점토지① 5필지는 등기부상 소유권이 여전히 매수인에게 이전된 상태로 남아 있고 심리일 현재까지 청구인 명의로 원상회복되지 않았으므로, 청구인이 권리를 실질적으로 회복했다고 보기 어렵다고 했습니다. 쟁점토지② 4필지는 매수인이 제3자에게 소유권을 넘겨 원상회복이 아예 불가능해졌고, 법원이 그런 사정을 고려해 양도가액에 상당하는 금액을 배상하라고 결정한 점에 비추어 오히려 유상양도가 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다고 판단했습니다.

결국 9필지 전부에 대해 양도가 인정되었고, 심판청구는 기각되었습니다.

대법원 판례를 인용했는데도 왜 통하지 않았을까

청구인이 인용한 대법원 2010두23644 판결의 취지는 분명합니다. 다만 그 판결의 전제는 "양도인이 받은 매매대금 등이 원상회복으로 반환되어야 하는 상태"라는 데 있습니다. 계약이 무효가 되면 돈은 매수인에게 돌아가고 부동산은 매도인에게 돌아오는, 서로 원위치가 되는 그림입니다. 그 그림이 실제로 완성되어야 과세 근거가 사라진다는 뜻으로 읽힙니다.

그런데 이 사건은 그림이 완성되지 않았습니다. 청구인은 돈을 받은 적이 없으니 돌려줄 것도 없었지만, 반대로 부동산도 돌려받지 못했습니다. 5필지는 등기가 그대로 매수인 명의였고, 4필지는 제3자에게 넘어가 되돌릴 수 없었습니다. 원상회복이 관념적으로 명해졌을 뿐 현실에서는 아무것도 되돌아오지 않은 상태에서, 심판원은 "실질적으로 회복하지 못했다"고 본 것입니다.

여기서 실무적으로 새겨야 할 점이 있습니다. 판례 법리는 인용하는 문장이 아니라 적용되는 사실관계가 맞아야 힘을 발휘합니다. 계약 해제를 인정하는 판결문이 있다는 사실만으로 세무상 결론이 자동으로 따라오지 않습니다. 세법은 판결문이 아니라 등기부와 자금 흐름을 봅니다.

회수불능 주장은 왜 배척되었나

청구인은 매수인이 사실상 파산 상태이고 강제집행할 재산이 남아 있지 않아, 법원이 인정한 배상채권은 회수 가능성이 없는 채권에 불과하다고 주장했습니다. 실제로 재산명시 절차를 밟았고 매수인 명의 부동산이 경매로 넘어간 사정도 제시했습니다.

그러나 심판원은 매수인이 법원 판결에 의해 파산선고를 받은 사실이 확인되지 않는다는 점, 그리고 청구인이 제출한 자료만으로는 양도대금이 회수불능이 되어 장래에 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 되었다는 점이 객관적, 구체적으로 입증되었다고 보기 어렵다는 점을 들어 이 주장도 받아들이지 않았습니다.

회수불능을 이유로 과세를 다투려면 "돈이 안 들어올 것 같다"는 정황이 아니라 더 이상 실현 가능성이 전혀 없다는 점이 객관적으로 확정된 상태를 보여줘야 한다는 뜻입니다. 재산명시 결과나 일부 경매 진행 사실만으로는 부족했습니다. 이 부분은 같은 처지에 놓인 분들이 반드시 기억해야 할 대목입니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 청구인은 법리 구성 자체는 정교하게 했지만, 각 쟁점마다 사실관계라는 벽에 막혔습니다. 등기는 돌아오지 않았고, 배상 결정 금액은 양도가액에 연동되어 있었으며, 회수불능은 서류로 확정되지 않았습니다.

실무 포인트, 이 사건이 알려주는 것

포인트 ①. 등기와 잔금의 순서를 절대 바꾸지 마십시오. 이 사건의 모든 불행은 대금을 받기 전에 소유권이전등기를 넘겨준 데서 시작되었습니다. 등기가 넘어가는 순간 매도인의 지위는 "소유자"에서 "채권자"로 바뀝니다. 채권자는 상대방이 무자력이 되면 아무것도 받지 못합니다. 부득이하게 선등기를 해야 한다면 최소한 잔금 채권을 담보할 근저당권을 설정하거나, 소유권이전등기 자체를 미루고 소유권이전청구권 가등기 등 다른 방식을 검토하는 것이 안전합니다.

포인트 ②. 소송을 시작하기 전에 처분금지가처분부터 검토하십시오. 이 사건에서 4필지는 매수인이 신탁과 담보 설정, 제3자 이전을 해버려 원상회복이 불가능해졌습니다. 본안 소송에서 이겨도 등기가 이미 제3자에게 넘어가 있으면 되돌릴 수 없습니다. 대금 미지급이 확인된 시점에 곧바로 등기부를 확인하고 보전처분을 검토하는 것이 세금 문제까지 좌우합니다.

포인트 ③. 화해권고결정을 수락하기 전에 세무 영향을 먼저 계산하십시오. 민사적으로는 원물 반환 대신 금전 배상을 받는 것이 빠르고 확실해 보일 수 있습니다. 그러나 그 금액이 양도가액에 상당하는 금액으로 정해지면, 세무상으로는 "결국 대금 상당액을 받기로 한 구조"로 평가될 여지가 커집니다. 이 사건에서 쟁점토지②에 대한 판단이 정확히 그랬습니다. 소송 대리인과 세무 대리인이 함께 검토해야 하는 지점입니다.

포인트 ④. 계약 해제를 이유로 한 경정청구는 기한과 실체 요건이 별개입니다. 계약 해제 같은 후발적 사유가 생기면 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 정해진 기간 안에 경정청구를 해야 합니다. 이 사건 청구인은 화해권고결정 확정 다음 날 바로 경정청구를 했으니 시기 면에서는 흠이 없었습니다. 그런데도 기각되었습니다. 기한을 지켰다는 것과 요건을 갖췄다는 것은 다른 문제라는 뜻입니다. 경정청구서를 내기 전에 등기부가 내 이름으로 돌아왔는지부터 확인해야 합니다.

포인트 ⑤. 경정청구에 응답이 없어도 다툴 수 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제3항은 경정청구를 받은 세무서장이 2개월 이내에 결정, 경정하거나 그럴 이유가 없다는 뜻을 통지해야 하고, 2개월 안에 아무 통지를 받지 못한 경우에는 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구를 할 수 있다고 정하고 있습니다. 이 사건도 처분청들이 결과를 통지하지 않은 상태에서 심판청구가 제기되어 본안 판단을 받았습니다. "답이 없으니 기다려야 하나" 하고 방치하면 오히려 시기를 놓칠 수 있습니다.

포인트 ⑥. 지방소득세는 따로 챙겨야 합니다. 양도소득세분 지방소득세는 국세와 함께 신고, 납부하지만 부과 주체는 지방자치단체입니다. 이 사건 청구인도 세무서장과 별도로 관할 군수에게 경정청구를 제기했습니다. 국세만 다투고 지방세를 빠뜨리면 나중에 절차를 다시 밟아야 하므로, 처음부터 양쪽을 같이 진행하는 것이 맞습니다.

포인트 ⑦. 회수불능을 주장하려면 서류로 확정된 사실이 필요합니다. 심판원은 파산선고 사실이 확인되지 않는다는 점을 명시했습니다. 상대방의 무자력을 다투려면 채무자의 파산, 회생 절차 관련 자료, 강제집행 불능 조서, 재산 조회 결과 등 더 이상 실현 가능성이 없다는 점이 객관적으로 드러나는 자료를 갖춰야 합니다. 정황 설명만으로는 부족하다는 것이 이 사건의 교훈입니다.

같은 상황에서 지금 해야 할 순서

첫째, 등기부 등본을 오늘 날짜로 떼어 보십시오. 갑구에 누구 이름이 있는지, 을구에 근저당이나 신탁 등기가 걸려 있는지가 세무 판단의 출발점입니다. 판결문보다 등기부가 먼저입니다.

둘째, 아직 제3자에게 넘어가지 않은 부동산이 있다면 보전 조치를 서두르십시오. 하루 차이로 원상회복 가능 여부가 갈립니다. 원상회복이 실제로 이루어진 필지와 그렇지 못한 필지는 세무상 결론이 달라질 수 있습니다.

셋째, 소송의 목표를 정할 때 "돈으로 받을 것인가, 등기로 되돌릴 것인가"를 세금까지 계산해서 정하십시오. 금전 배상을 받되 이미 낸 양도세는 돌려받지 못하는 상황과, 시간이 걸려도 등기를 되돌리는 상황은 최종 손익이 크게 다를 수 있습니다.

넷째, 경정청구는 사유 발생 시점을 기록해 두고 기한 내에 진행하되, 청구서에 원상회복이 실제로 완료되었다는 증빙을 붙일 수 있는지 먼저 확인하십시오. 붙일 수 없다면 경정청구만으로는 어렵다는 전제에서 전략을 다시 짜야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 법원에서 계약 해제 판결을 받으면 양도세는 자동으로 환급되나요?

자동으로 환급되지는 않습니다. 이 사건에서도 화해권고결정이 확정되었지만 심판청구는 기각되었습니다. 심판원은 계약이 해제되었다는 사실보다 매수인 명의 등기가 말소되어 매도인이 권리를 실질적으로 회복했는지를 기준으로 판단했습니다. 판결 확정 후에는 반드시 말소등기까지 마친 뒤 그 등기부를 근거로 경정청구를 진행하는 것이 순서입니다.

Q. 매매대금을 한 푼도 못 받았는데 왜 양도소득세를 내야 하나요?

소득세법 제88조 제1호는 양도를 "등기 또는 등록과 관계없이 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것"으로 정의합니다. 대금 수령 여부가 유일한 기준은 아니며, 자산이 상대방에게 넘어간 상태가 유지되는지가 함께 고려됩니다. 대금 미회수를 이유로 다투려면 회수 가능성이 전혀 없다는 점을 객관적으로 입증해야 하는데, 이 사건에서는 그 입증이 부족하다고 보았습니다.

Q. 원상회복 대신 돈으로 배상받기로 화해했습니다. 세금은 어떻게 되나요?

이 사건에서는 그 금액이 양도가액에 상당하는 금액으로 정해졌고, 심판원은 이런 사정을 오히려 유상양도가 이루어진 근거 중 하나로 보았습니다. 금전 배상으로 합의하기 전에 그 금액의 성격과 산정 근거가 세무상 어떻게 평가될 수 있는지 미리 검토하는 것이 좋습니다. 다만 개별 사건의 사실관계에 따라 결론은 달라질 수 있습니다.

Q. 경정청구를 냈는데 세무서에서 아무 답이 없습니다. 어떻게 해야 하나요?

국세기본법 제45조의2 제3항에 따라 경정청구를 받은 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 처리 결과를 통지해야 하고, 2개월 안에 통지를 받지 못하면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심사청구, 심판청구를 제기할 수 있습니다. 무응답 상태를 그대로 두지 말고 불복 절차를 검토하십시오.

Q. 매수인이 사실상 파산 상태라는 것을 어떻게 증명해야 하나요?

재산명시 신청 결과나 일부 부동산의 경매 진행 사실만으로는 부족하다는 것이 이 결정의 태도입니다. 심판원은 법원 판결에 의한 파산선고 사실이 확인되지 않는다는 점을 명시했습니다. 파산이나 회생 절차 관련 서류, 강제집행 불능을 보여주는 공적 자료 등 장래에도 소득이 실현될 가능성이 없다는 점이 확정적으로 드러나는 증빙을 준비해야 합니다.

자가진단 체크리스트

• 잔금을 전부 받기 전에 소유권이전등기를 매수인에게 넘겨준 적이 있는가
• 계약 해제나 무효를 인정하는 판결, 조정, 화해권고결정을 받았는가
• 그 결정 이후 실제로 말소등기가 완료되어 등기부상 내 이름으로 돌아왔는가
• 매수인이 신탁, 근저당 설정, 제3자 이전 등으로 원상회복을 어렵게 만들지는 않았는가
• 원물 반환 대신 금전 배상으로 합의했다면 그 금액이 양도가액과 연동되어 있지는 않은가
• 매수인의 무자력을 파산선고 등 공적 자료로 증명할 수 있는가
• 후발적 사유가 발생한 날을 기록해 두었고 경정청구 기한 안에 있는가
• 국세뿐 아니라 지방소득세에 대한 경정청구도 함께 진행했는가
• 경정청구 후 2개월이 지나도록 처분청의 통지가 없는 상태를 방치하고 있지는 않은가
• 민사 소송 전략과 세무 대응 전략을 함께 검토했는가

정리

조심 2026서2267 결정은 안타까운 사건입니다. 청구인은 대금을 받지 못했고, 토지도 되찾지 못했으며, 이미 낸 세금도 돌려받지 못했습니다. 그러나 심판원의 논리는 일관됩니다. 소득세법상 양도는 자산이 유상으로 사실상 이전되었는지를 기준으로 하고, 계약 해제가 있었더라도 등기 말소를 통해 매도인이 권리를 실질적으로 회복하지 못했다면 양도가 없었던 것으로 되돌리기 어렵다는 것입니다.

여기서 얻을 교훈은 분명합니다. 부동산 거래에서 세금은 계약서의 문구가 아니라 실제로 무엇이 이전되었고 무엇이 되돌아왔는지를 따라갑니다. 잔금 전 등기 이전은 피하고, 문제가 생기면 등기부를 최우선으로 지키고, 소송의 결과 형태를 정할 때 세무 영향을 함께 계산해야 합니다. 이 세 가지가 갖춰지지 않으면 아무리 정교한 법리 주장도 힘을 쓰기 어렵습니다.

이미 대금을 받지 못한 상태에서 등기가 넘어갔거나, 계약 해제 판결을 받고도 등기 회복이 막혀 있다면 시간이 흐를수록 선택지가 줄어듭니다. 등기부와 계약서, 판결문, 자금 흐름 자료를 모아 현재 어느 단계에 있는지부터 점검해 보시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026서2267 (2026.07.22. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제88조(정의), 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구), 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제80조의2, 지방세기본법 제96조 제7항, 참조결정 조심 2015중274

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)