해외 체류가 길어진 사이 국내 집을 팔았는데 1세대 1주택 비과세가 부인됐습니다 (조심 2026소1090)

해외 체류가 길어진 사이 국내 집을 팔면 어떤 일이 벌어지나

사업 때문에 해외를 오가다가 코로나19 같은 사정으로 체류가 길어진 분들이 많습니다. 본인은 "나는 한국 사람이고, 한국에 사업체도 있고, 건강보험료도 내고, 주택담보대출도 갚고 있다"고 생각합니다. 그런데 국내에 20년 넘게 보유한 아파트를 정리하면서 1세대 1주택 비과세로 신고하면, 세무서에서 전혀 다른 이야기를 듣게 됩니다. "귀하는 양도 당시 비거주자에 해당하므로 비과세 특례를 적용할 수 없습니다"라는 내용입니다.

양도소득세에서 1세대 1주택 비과세는 거주자인 1세대가 요건을 갖춘 1주택을 양도할 때 적용됩니다. 즉 비거주자로 판정되는 순간 보유기간이 20년이든 30년이든 비과세 문턱 자체를 넘지 못합니다. 여기에 오래전에 취득한 주택이라 매매계약서를 분실했다면 두 번째 타격이 옵니다. 실지취득가액을 입증하지 못하면 기준시가 비율로 계산한 환산취득가액이 적용되는데, 오래 보유한 주택일수록 환산취득가액은 실제 매수금액보다 낮게 나오는 경우가 많아 양도차익이 부풀어 오릅니다.

오늘 볼 조세심판원 결정(조심 2026소1090, 2026년 6월 22일 의결)은 바로 이 두 가지가 한꺼번에 터진 사건입니다. 청구인은 국내에 개인사업체와 두 개 법인의 대표이사 직위를 가지고 있었고, 국민연금과 건강보험 자격도 유지하고 있었습니다. 그럼에도 심판원은 청구주장을 받아들이지 않고 기각했습니다. 무엇이 결론을 갈랐는지 순서대로 살펴보겠습니다.

사건 경과, 24년 보유한 아파트를 비과세로 신고했지만

청구인은 2001년 4월 말 경기도의 한 주택을 취득하고 그 직후 그 주택에 전입신고를 했습니다. 2015년 7월에는 이 주택 지분의 2분의 1을 A에게 증여했습니다. A는 같은 해 9월 초 청구인과 협의이혼한 배우자였습니다. 즉 이혼 과정에서 주택 지분 절반이 상대방에게 넘어가 공동명의가 된 상태였습니다.

그 후 청구인의 생활 무대는 국외로 옮겨집니다. 청구인이 직접 제출한 주민등록부에는 2016년 1월 스페인의 특정 주소에 거주하는 것으로 등록된 기록이 남아 있었습니다. 2018년 3월에는 외국 국적 여성과 사실혼관계를 신고한 사실이 확인됩니다. 그리고 2021년 11월 말부터 심판 당시까지 국외 소재지를 주소로 하여 거주하고 있는 것으로 나타났습니다.

2025년 2월, 청구인과 A는 이 주택을 함께 양도했습니다. 청구인은 자신이 거주자임을 전제로, 자신의 지분 2분의 1(결정문에서 말하는 쟁점주택)에 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용해 2025년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 양도 다음 날에는 경기도의 다른 주소에 전처 A의 동거인으로 전입신고를 했습니다.

처분청은 신고내역을 검토한 뒤 두 가지를 문제 삼았습니다. 첫째, 청구인은 양도 당시 비거주자이므로 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다는 것. 둘째, 쟁점주택의 취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액을 적용해야 한다는 것입니다. 처분청은 2025년 12월 초 2025년 귀속 양도소득세를 경정·고지했고, 청구인은 이듬해 1월 심판청구를 제기했습니다.

청구인 주장, 국내에 사업체가 있고 4대보험도 유지했다

청구인의 주장은 크게 두 축이었습니다. 먼저 거주자 문제입니다. 청구인은 국내에서 개인사업자 B를 2009년 개업 이후 약 16년간 계속 운영하고 있고, 두 개 법인(C, D)의 대표이사로 재직 중이며 그중 한 법인의 지분 14%를 보유한 주주라고 밝혔습니다. 각 사업체에서 부가가치세 과세기간마다 매출이 발생했다는 점도 함께 제시했습니다.

다음으로 국외 체류의 성격입니다. 2015년 이혼한 뒤 사업 목적으로 스페인을 왕래했는데, 코로나19로 다른 나라 출장이 어려워지면서 불가피하게 체류 기간이 길어졌을 뿐이라는 것입니다. 스페인 국적이나 영주권을 취득한 사실이 없고, 스페인에는 보유 자산도 없다고 했습니다. 반면 국내에서는 은행 대출금을 상환하고 있고 지방세를 납부했으며 4대보험에 가입돼 있었습니다. 과세예고통지서 역시 국내 법인 사업장 주소지로 송달됐다는 점까지 들어, 처분청도 국내 생활 근거를 사실상 인정한 것이 아니냐고 주장했습니다.

취득가액에 대해서는 솔직하게 인정했습니다. 매매계약서 등 취득가액 관련 증빙을 찾지 못했다는 것입니다. 다만 처분청이 유사매매사례가액 등을 조사해 취득가액을 경정해야 한다고 주장했습니다. 20여 년 전 실제로 지급한 금액이 있는데 그보다 낮은 환산가액을 쓰는 것은 부당하다는 취지입니다.

과세관청 반박, 최근 5년간 국내 체류가 68일이었다

처분청의 반박은 훨씬 구체적이었습니다. 소득세법상 거주자는 국내에 주소를 두거나 183일 이상 거소를 둔 개인이고, 양국 모두에 항구적 주거가 있다면 한국과 스페인 사이의 조세조약에 따라 중대한 이해관계의 중심지가 있는 국가의 거주자가 된다는 법리를 먼저 세웠습니다.

그 위에 사실을 얹었습니다. 청구인의 최근 5년간 출입국기록상 국내 체류 기간은 68일에 불과했습니다. 2021년 11월 말부터 국외 주소지에 계속 거주하고 있었고, 2018년에는 외국 국적 여성과 사실혼등록을 한 사실도 확인됐습니다. 국내에 생계를 같이하는 배우자나 가족이 국외로 옮겨간 정황이 뚜렷했던 것입니다.

국내 사업 활동에 대해서도 하나씩 깨뜨렸습니다. 개인사업자 B는 최근 5년간 매출처가 청구인의 아버지가 대표이사인 법인과 청구인이 대표이사인 법인 단 두 곳뿐이었고, 사업장 주소도 청구인의 주소지와 같았습니다. 법인 C는 2020년 이후 매입·매출 거래가 아예 발생하지 않았고 사업장 소재지가 쟁점주택으로 되어 있었습니다. 법인 D는 청구인 아버지의 배우자가 지분 100%를 보유한 상태로 2024년에 개업했고, 주택 양도 당시 청구인의 지분율은 14%에 불과했으며, 아버지 명의 법인과 사업장 주소가 동일했습니다. 요컨대 서류상 직위는 있으나 독립적인 사업 실질을 확인하기 어렵다는 것입니다.

마지막으로 대출금 상환, 관리비 지출, 4대보험 가입은 국외에 거주하는 사람도 충분히 할 수 있는 일이므로 이것만으로 국내에 생활 근거가 있다고 보기 어렵다고 정리했습니다. 취득가액에 대해서는 실지거래가액을 객관적으로 확인할 증빙이 제출되지 않았고 매매사례가액과 감정가액도 존재하지 않아 환산가액을 적용한 것이 적법하다는 입장이었습니다.

심판원 판단과 거주자 판정의 법리

심판원은 먼저 거주자 판정의 기준을 제시했습니다. 소득세법상 거주자, 즉 국내에 주소를 둔 사람에 해당하는지는 국내에서 생계를 같이하는 가족의 유무, 국내에 소재하는 자산의 유무, 출국의 목적, 직업, 외국의 국적이나 영주권 취득 여부 등 생활관계의 객관적 사실을 종합하여 판정해야 한다는 것입니다. 이때 대법원 2011.1.27. 선고 2010두22719 판결을 같은 뜻으로 인용했습니다.

이 기준을 사건에 적용한 결과는 이렇습니다. 기준 ①. 청구인이 제출한 주민등록부에 의하면 2016년 1월부터 국외에 거주한 것으로 보이고, 외국 국적 여성과 사실혼관계를 신고한 것으로 나타납니다. 기준 ②. 주택 양도 당시 청구인은 대부분의 기간을 국외에서 거주했습니다. 기준 ③. 청구인이 내세운 개인사업체와 두 법인은 양도 당시 매출이 발생하지 않았거나 아버지가 대표이사인 법인과 얽혀 있어, 청구인이 국내에서 실제 사업을 영위했다고 단정하기 어렵습니다. 기준 ④. 국민연금 가입증명, 건강보험자격득실확인서, 대출금 이체내역은 사업자등록이나 주택 보유에 부수되는 것이어서 국내 거주자라는 주장을 객관적으로 뒷받침하는 증빙으로 보기 어렵습니다.

여기서 눈여겨볼 대목이 두 가지 있습니다. 하나는 청구인이 유리한 자료로 낸 주민등록부가 오히려 불리한 증거가 됐다는 점입니다. 국외 주소 등록 기록은 스스로 생활 근거를 옮겼다는 표지로 읽혔습니다. 다른 하나는 심판원이 사업체의 존재 자체를 부정한 것이 아니라 사업의 실질을 본 점입니다. 매출처 구성, 사업장 주소, 지분율, 거래 중단 시점 같은 정황이 모여 "국내에 계속 183일 이상 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업"으로 인정받지 못했습니다.

두 번째 쟁점, 계약서가 없으면 환산취득가액을 피하기 어렵다

양도소득세에서 취득가액은 원칙적으로 실지거래가액입니다. 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정해 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차적으로 적용합니다. 순서가 정해져 있다는 점이 중요합니다. 매매사례가액은 취득일 전후 각 3개월 이내에 동일하거나 유사한 자산의 매매사례가 있어야 하고, 감정가액도 취득일 전후 각 3개월 이내를 감정기준일로 하는 신빙성 있는 평가여야 합니다.

청구인은 실제 지급한 금액이 있다고 주장했지만, 매매계약서와 대금이체내역 등 이를 뒷받침할 객관적 증빙을 제출하지 못했습니다. 유사매매사례가액이나 감정가액도 확인되지 않았습니다. 결국 순차 적용 규정에 따라 환산취득가액으로 넘어갈 수밖에 없었고, 심판원은 처분청의 계산에 잘못이 없다고 판단했습니다.

실무에서 자주 오해하는 부분이 여기입니다. "세무서가 알아서 옛날 시세를 찾아줘야 한다"고 생각하지만, 취득 시점 전후 3개월이라는 좁은 창 안의 거래 사례가 있어야 하고 그것이 확인되지 않으면 과세관청도 쓸 수 없습니다. 2001년에 취득한 주택이라면 그 무렵 유사 거래 자료가 공적으로 남아 있을 가능성이 낮습니다. 지금 시점의 감정평가를 받아 소급해서 쓰는 것도 원칙적으로 인정되지 않습니다. 취득 시점 기준의 자료가 필요합니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건이 남긴 다섯 가지

첫째, 출입국기록이 가장 강력한 증거입니다. 거주자 판정 분쟁에서 과세관청이 먼저 꺼내는 자료는 출입국기록입니다. 이 사건에서 5년간 국내 체류 68일이라는 숫자는 다른 어떤 설명보다 무게가 컸습니다. 해외 체류가 길어진 상태에서 국내 주택을 정리할 계획이라면, 양도 시점을 정하기 전에 본인의 최근 몇 년간 국내 체류 일수를 먼저 계산해 보아야 합니다. 연간 183일이라는 숫자는 최소한의 참고선일 뿐이고, 실제 판정은 생활관계 전체를 봅니다.

둘째, 서류상 대표이사 직위는 거주자 증거로 약합니다. 심판원과 처분청이 본 것은 직위가 아니라 실질이었습니다. 매출처가 가족 관련 법인 두 곳뿐인 개인사업체, 거래가 끊긴 법인, 사업장 주소가 양도한 주택으로 되어 있는 법인, 아버지 법인과 주소가 같은 신설 법인. 이런 구조는 오히려 "국내에서 실제로 일하고 있다"는 주장을 약화시켰습니다. 국내 사업을 근거로 거주자라고 주장하려면 제3자 거래 내역, 본인의 국내 근로 또는 용역 수행 기록, 국내에서 발생한 보수 지급 내역처럼 본인의 노무가 국내에서 이뤄졌음을 보여주는 자료가 필요합니다.

셋째, 가족관계의 이동이 결정적입니다. 소득세법 시행령은 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고 직업과 자산상태에 비추어 계속 183일 이상 국내 거주가 인정되는 때를 국내 주소가 있는 것으로 봅니다. 반대로 국외에서 새로운 가족관계를 형성했다면 생활의 중심이 옮겨간 표지가 됩니다. 이 사건에서 외국 국적 여성과의 사실혼 신고는 중대한 이해관계의 중심지 판단에서 청구인에게 불리하게 작용했습니다.

넷째, 비거주자에게도 인정되는 것과 인정되지 않는 것을 구분해야 합니다. 비거주자로 판정되면 1세대 1주택 비과세와 거주자에게만 허용되는 일부 특례는 적용받지 못합니다. 다만 취득가액과 필요경비 공제, 보유기간에 따른 일반적인 공제 등 양도차익 계산 자체는 그대로 진행됩니다. 그러므로 비거주자 판정이 사실상 다투기 어려운 상황이라면, 다툼의 무게를 취득가액과 필요경비 입증으로 옮기는 것이 실익이 큽니다. 이 사건은 그 두 번째 방어선마저 증빙이 없어 무너진 경우입니다.

다섯째, 오래 보유한 주택의 취득 증빙은 지금 확보해야 합니다. 계약서를 분실했더라도 포기하기 전에 확인할 곳이 있습니다. 취득 당시 취득세(등록세) 신고서와 검인계약서, 지방자치단체가 보관한 부동산 거래 관련 서류, 취득 시점 전후의 금융기관 계좌 거래내역과 대출 실행 내역, 잔금 지급을 증명할 수 있는 통장 사본, 중개업소나 매도인 측 자료, 등기 관련 서류 일체입니다. 다만 금융기관의 거래내역 보존 기간에는 한계가 있으므로 양도를 계획한 순간 바로 조회를 시작하는 편이 안전합니다. 양도 후 몇 달이 지나 자료를 찾기 시작하면 이 사건처럼 "제출하지 아니한 점"이라는 문장으로 정리되어 버립니다.

덧붙여, 해외 이주 등으로 출국하는 세대에 대해서는 출국일부터 일정 기간 내에 양도하는 경우에 한해 비과세를 인정하는 별도 요건이 시행령에 마련되어 있습니다. 이 사건 청구인은 국외 거주 등록 시점과 양도 시점 사이의 간격이 매우 길어 그런 특례를 논할 여지가 없었습니다. 해외로 나갈 계획이 있고 국내 주택을 처분할 생각이라면, 출국 시점과 양도 시점의 순서와 간격을 미리 설계해 두는 것이 실질적인 절세 전략입니다. 다만 개별 요건 충족 여부는 사실관계에 따라 달라지므로 반드시 사전에 확인이 필요합니다.

자주 묻는 질문

Q. 한국 국적이고 영주권도 없는데 비거주자가 될 수 있나요?

국적과 거주자 판정은 별개입니다. 소득세법상 거주자는 국내에 주소를 두거나 183일 이상 거소를 둔 개인을 말하고, 주소는 생계를 같이 하는 가족과 국내 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실로 판정합니다. 이 사건 청구인도 외국 국적이나 영주권을 취득한 사실이 없다고 주장했지만, 그것만으로는 거주자로 인정되지 않았습니다.

Q. 국내에 집이 한 채 있으면 그것만으로 거주자가 되지 않나요?

국내 자산의 유무는 판정 요소 중 하나일 뿐입니다. 이 사건에서는 국내에 주택이 있고 대출을 상환하며 관리비를 내고 있었지만, 심판원은 그런 지출이 주택 보유에 부수되는 것이라고 보았습니다. 체류 일수, 가족의 소재, 직업 활동의 실질이 함께 갖춰져야 합니다.

Q. 건강보험과 국민연금 자격을 유지하고 있으면 유리하지 않나요?

이 사건에서는 국민연금 가입증명과 건강보험자격득실확인서를 제출했으나, 사업자등록에 부수되는 것으로 보아 거주자 주장을 뒷받침하는 증빙으로 인정되지 않았습니다. 보조 자료로는 의미가 있지만 단독으로는 힘이 약합니다.

Q. 옛날 계약서를 잃어버렸는데 세무서가 취득가액을 찾아줄 수는 없나요?

매매사례가액은 취득일 전후 각 3개월 이내의 동일하거나 유사한 자산 거래가 있어야 하고, 감정가액도 그 기간을 기준일로 하는 평가여야 합니다. 이런 자료가 확인되지 않으면 과세관청도 적용할 수 없고 환산취득가액으로 넘어갑니다. 결국 납세자가 실지거래가액 증빙을 찾아 제출하는 것이 가장 확실합니다.

Q. 이혼하면서 배우자에게 지분 절반을 넘겼는데 세금 계산은 어떻게 되나요?

지분이 나뉘면 각자 본인 지분에 대해 별도로 양도소득세를 계산하고 신고합니다. 이 사건에서도 청구인의 2분의 1 지분만 쟁점이 되었습니다. 공동명의 주택은 각 소유자의 거주자 여부와 세대 구성, 보유 및 거주 요건을 개별적으로 따져야 하므로, 함께 파는 경우에도 각자 결과가 다를 수 있습니다.

자가진단 체크리스트

• 최근 5년간 연도별 국내 체류 일수를 출입국기록으로 직접 확인해 보았는가
• 주민등록부에 국외 주소나 해외 이주 관련 기록이 남아 있지 않은가
• 배우자와 자녀 등 생계를 같이 하는 가족이 국내에 거주하고 있는가
• 국내 사업체의 매출이 가족이나 특수관계인 거래에 집중되어 있지 않은가
• 대표이사 직위 외에 본인이 국내에서 실제로 일한 기록(용역, 근로, 보수 지급)이 있는가
• 양도하려는 주택의 매매계약서, 검인계약서, 취득세 신고서 원본을 보관하고 있는가
• 취득 당시 잔금 지급을 증명할 계좌 거래내역이나 대출 실행 내역을 조회해 두었는가
• 취득 후 지출한 자본적 지출액(확장, 대수선 등)의 세금계산서와 이체내역이 남아 있는가
• 출국 시점과 양도 시점의 순서를 세무 검토 없이 정하고 있지 않은가
• 비과세가 배제될 경우의 예상 세액을 미리 계산해 보았는가

정리

이 결정은 두 가지를 분명히 보여줍니다. 하나는 거주자 여부가 국적이나 서류상 직위가 아니라 생활관계의 객관적 사실로 판정된다는 점입니다. 심판원이 인용한 대법원 2011.1.27. 선고 2010두22719 판결의 취지대로 국내 가족, 국내 자산, 출국 목적, 직업, 국적과 영주권 취득 여부를 종합해 봅니다. 체류 일수가 압도적으로 국외에 치우쳐 있고 국외에서 새 가족관계를 형성했다면, 국내 사업자등록과 4대보험만으로 뒤집기는 어렵습니다.

다른 하나는 취득가액 입증의 무게입니다. 실지거래가액이 원칙이고, 그것을 증명하지 못할 때 비로소 매매사례가액과 감정가액, 환산취득가액이 순서대로 적용됩니다. 20년 넘게 보유한 주택은 계약서 한 장의 존재 여부가 세액을 크게 바꿉니다. 그런데 그 계약서는 양도 후 세무조사가 시작된 뒤에는 대개 찾기 어렵습니다.

해외 체류가 길어진 상태에서 국내 부동산을 정리해야 하는 상황이라면, 매매계약 도장을 찍기 전에 거주자 판정 리스크와 취득가액 증빙을 함께 점검하는 것이 좋습니다. 신고 후에 다투는 것보다 신고 전에 자료를 갖추는 편이 결과와 비용 모두에서 유리합니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 본인 상황에 맞는 판단은 세무 전문가와 함께 확인하시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026소1090 (2026.6.22. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제1조의2, 제88조, 제89조, 제97조 · 소득세법 시행령 제2조, 제163조 · 한국과 스페인 간 이중과세방지협정 제4조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)