감정평가 2건 받아 가족 법인에 팔았는데, 3개월 뒤 제3자 매각가로 세금이 나왔습니다 (조심 2024중5657)

감정평가서 두 장을 받아 팔았는데 왜 세금이 나오는가

특수관계인 사이에 부동산을 옮길 때 가장 많이 쓰는 방법이 감정평가입니다. 세법이 둘 이상의 감정기관 평균액을 시가로 인정하는 규정을 두고 있으니, 공신력 있는 감정평가법인 두 곳에서 평가서를 받아 그 평균액으로 계약서를 쓰면 저가양도 시비를 피할 수 있다고 생각하기 쉽습니다. 실제로 많은 거래가 그렇게 진행되고, 상당 부분은 문제없이 넘어갑니다.

그런데 감정평가액은 절대적인 방어수단이 아닙니다. 세법은 시가를 판단할 때 순서를 정해두고 있고, 그 순서에서 감정가액은 후순위입니다. 앞에 오는 것은 실제로 이루어진 거래가격, 특히 특수관계가 없는 제3자 사이에 형성된 거래가격입니다. 감정평가서를 받아둔 뒤 얼마 지나지 않아 같은 물건이 전혀 다른 값에 실제로 팔렸다면, 과세관청은 감정가액을 제쳐두고 그 실제 거래가격을 시가로 봅니다.

이번에 살펴볼 결정은 그 구조가 아주 선명하게 드러난 사례입니다. 아버지가 지인과 임원 명의로 보유하던 토지를 딸이 지분 전부를 가진 법인에 감정평균액으로 넘겼고, 그 법인은 3개월도 지나지 않아 제3자와 훨씬 높은 금액에 매각계약을 체결했습니다. 과세관청은 뒤에 이루어진 제3자 거래가액을 앞선 거래의 시가로 보아 아버지에게는 양도소득세를, 법인의 지배주주인 딸에게는 증여세를 부과했고, 조세심판원은 청구를 전부 기각했습니다.

사건의 경과, 시간 순서로 정리

2013년 6월, 청구인 A는 임의경매 절차를 통해 여러 필지의 토지를 취득했습니다. 다만 등기는 본인 명의가 아니라 계열사 임원인 C와 사업 파트너인 D의 명의로, 각 1/2 지분씩 나뉘어 이루어졌습니다. 이 토지는 이전 소유 법인이 골프장 조성을 위해 도시계획시설사업 실시계획인가를 받았던 곳이었는데, 경매로 소유자가 바뀌면서 그 인가는 폐지되었습니다.

2019년, 관할 시장은 이 토지의 진입로 설치와 관련한 도시계획시설사업 시행자 지정 및 실시계획인가를 고시했습니다. 이때 사업시행자로 지정된 사람은 명의자 D였습니다. 이 고시의 존재가 나중에 결론을 가르는 중요한 사실이 됩니다.

2020년 8월, 청구인 A의 자녀인 청구인 B가 부동산개발업을 목적으로 하는 법인의 지분 100%를 보유한 지배주주 겸 대표이사로 회사를 설립했습니다. 설립 당시 국세청에 신고된 근로소득자는 없었고, 이후 몇 해 동안도 근로소득자가 한 명에 불과했습니다.

2020년 10월 말과 11월 초, 두 곳의 감정평가법인이 이 토지를 평가했습니다. 2020년 11월 하순 매매계약이 체결되고 11월 30일 소유권이 이전되었는데, 매매대금은 두 감정평가액의 평균액을 기준으로 책정되었습니다(이하 1차 거래). 명의자 C와 D는 이 평균액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고했습니다.

그리고 2021년 2월 5일, 토지를 취득한 법인은 골프장 운영업을 하는 제3자 법인과 매각계약을 체결했습니다(이하 2차 거래). 1차 거래일로부터 3개월이 채 지나지 않은 시점이었고, 매각가격은 1차 거래가액과 큰 차이가 있었습니다.

2024년 4월 16일부터 5월 25일까지 지방국세청은 청구인들에 대해 양도소득세와 증여세 세무조사를 실시했습니다. 조사 결과 청구인 A가 특수관계법인에 토지를 저가양도해 소득이 부당하게 감소했고, 그 법인의 지배주주인 청구인 B가 증여의제이익을 얻었다고 보아 자료를 통보했습니다. 처분청은 2021년 2월 5일자 매매가액을 1차 거래 당시의 시가로 보아 2024년 7월 3일 청구인 A에게 2020년과 2021년 귀속 양도소득세 및 농어촌특별세를, 청구인 B에게 두 차례 증여분에 대한 증여세를 각각 결정, 고지했습니다. 청구인들은 2024년 9월 30일 심판청구를 제기했습니다.

청구인들의 주장, 두 갈래로 나뉜다

첫째 주장은 명의신탁의 범위에 관한 것이었습니다. 청구인 A는 임원 C 명의 지분은 자신이 명의신탁한 것이 맞다고 인정했지만, 사업 파트너 D 명의의 1/2 지분은 D 본인의 토지라고 다투었습니다. 근거로는 D와 사이에 명의신탁에 관한 명시적 계약서가 없다는 점, D가 경락대금 중 자기 지분에 해당하는 금액을 본인 명의 대출로 부담했다는 점, 등기비용과 재산세 등 보유비용도 D가 냈다는 점, 1차 거래 대금의 절반이 D 본인 계좌로 입금되었다는 점을 들었습니다. 또한 D는 계열사의 주요 거래처 대표이사로 독립적인 의사결정을 할 수 있는 지위였고, 굳이 외부인 명의를 빌릴 이유가 없었으며, 전부를 내부 임원에게 신탁하지 않고 절반만 외부인에게 나눠 신탁했다는 것도 상식에 반한다고 주장했습니다.

D 명의 지분이 명의신탁이 아니라면, 그 부분은 청구인 A와 무관한 거래가 되므로 특수관계인 간 거래를 전제로 하는 소득세법상 부당행위계산 부인 규정이나 상증세법상 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 규정이 적용될 여지가 없다는 논리였습니다. 나아가 D 명의 지분의 양도가액 자체가 특수관계 없는 제3자 간 매매사례가액에 해당하므로 그것이 곧 시가라고도 주장했습니다.

둘째 주장은 시가 판단에 관한 것이었습니다. 1차 거래는 두 감정평가법인의 평가액 평균으로 이루어졌으므로 시가 거래이고, 2011년 경매 당시 감정가액보다 크게 낮아진 것은 종전 사업시행자의 실시계획인가가 폐지된 결과이며, 금융기관의 대출 탁상감정 자료도 비슷한 수준이었다는 것입니다. 또한 1차 거래 당시 토지는 진입로가 확보되지 않은 맹지였고, 이후 법인과 청구인 B가 인근 진입로 부지를 직접 매입해 가치를 끌어올렸으므로 1차와 2차는 지번만 같을 뿐 동일한 목적물의 거래로 볼 수 없다고 했습니다. 설령 비교가 가능하다 해도 상증세법 시행령 제49조 제2항에 따라 평가기준일에 더 가까운 날의 가액인 감정가액을 적용해야 한다며 조심2024중3280 결정을 인용했습니다.

과세관청의 반박, 내부문서와 확인서가 핵심

처분청은 명의신탁 쟁점에 대해 기업 내부문서를 근거로 반박했습니다. 지주회사의 주간회의 자료에는 이 토지들이 회장의 명의신탁 재산임을 반복적으로 언급하는 내용이 있었고, 특히 2020년 3월자 회의자료에는 명의신탁계약서를 소급해 작성한 뒤 수탁자의 소유권 이전 협조 여부에 따른 시나리오를 검토한 기록이 있었습니다. 2020년 6월자 구조개선 조직의 회의자료에는 명의수탁자로 D의 실명이 기재되고 신탁자는 회장을 뜻하는 약칭으로 표기되어 있었습니다. 2021년 11월자 자금수지 파일에서는 두 명의자의 자금과 법인, 청구인 B의 자금 잔액을 통합해 그룹 차원에서 관리한 흔적이 확인되었습니다.

결정적으로 청구인 A 본인이 세무조사 과정에서 취득 당시 실질 소유자는 본인이고 수탁자 명의로 등기했다는 취지의 확인서에 자필 서명해 제출했습니다. 청구인 측은 명의자 D가 일관되게 명의신탁을 부인하고 있어 확인서의 신빙성이 떨어진다고 했지만, 처분청은 강압이 없는 상태에서 납세의무자 본인이 스스로 인정한 확인서이고 수탁자 측 확인서가 오히려 이해관계에 따른 것이라고 반박했습니다.

거래의 경제적 합리성도 문제 삼았습니다. 명의자들은 7년가량 보유한 토지를 넘기면서 차입금 이자와 양도소득세를 감안하면 사실상 이익이 없었고, 반대로 매수한 법인은 3개월도 안 되는 기간에 큰 차익을 얻었습니다. 게다가 1차 거래 계약이 체결되기도 전인 2020년 11월 초 회의자료에는 이미 매각 예정가격 수준이 기재되어 있었고, 단기 매각차익에 대한 소명 방안으로 일정 기간 보유하고 가치 상승 활동내역을 갖출 필요가 있다는 내용까지 적혀 있었습니다.

감정가액의 신뢰성에 대해서도 구체적으로 다투었습니다. 2011년 경매 당시 감정가액과 2020년 감정가액을 비교하면 절반 수준으로 떨어졌는데, 두 평가서가 동일한 비교표준지를 썼고 공시지가에 큰 변동도 없었다는 점, 실시계획인가 폐지의 영향이라는 설명은 3개월 뒤 제3자와 훨씬 높은 값에 매매계약이 체결되고 매수인이 실제로 골프장 건설을 추진하고 있다는 사실과 맞지 않는다는 점을 들었습니다. 또한 감정평가 업무를 담당한 직원의 업무노트에는 감정평가액이 일정 수준을 넘으면 명의자들의 양도소득세 문제가 생기므로 그 이하로 평가하라는 지시에 따라 당초 평가보고서의 협회 등록을 중단시키고 새 업체를 선정했다는 기록이 있었습니다.

진입로 주장에 대해서는, 2019년 이미 진입로 설치 관련 시행자 지정 및 실시계획인가가 고시되어 있었고, 매수인이 2023년 작성한 전략환경영향평가 자료에도 진입로가 이미 허가 및 협의 완료된 것으로 표시되어 있으므로 1차 거래 당시부터 진입로 사용이 예정되어 있었다고 반박했습니다. 1차 거래를 위한 감정평가 대상에 진입로 부지가 포함되어 있었고, 진입로 매입 예상가액 수준도 토지 전체 가치를 좌우할 정도는 아니었다고 보았습니다.

심판원 판단 ①, 명의자 지분도 명의신탁으로 인정

심판원은 첫째 쟁점에 대해 청구주장을 받아들이지 않았습니다. 판단의 축은 거래의 경제적 합리성과 내부문서였습니다. 명의자 D는 오래 보유한 토지 지분을 차입금 이자를 감안하면 별다른 차익 없이 넘겼고, 그 직후 3개월 내에 매수 법인이 훨씬 높은 값에 제3자에게 매각한 것에 대해 아무런 이의를 제기하지 않았습니다. 심판원은 이런 거래는 그 지분이 청구인 A의 명의신탁 재산이었기에 가능했던 것으로 보인다고 판단했습니다.

여기에 청구인 A가 세무조사에서 명의신탁 사실을 인정했고, 지주회사 회의자료에 수탁자로서 D의 실명이 기재되어 있으며, 법인의 자금수지 파일에서 두 명의자의 자금을 그룹 차원에서 통합 관리한 것으로 나타나는 등 회사 내부문서만으로도 명의신탁 사실이 드러난다고 보았습니다. 취득자금을 명의자 본인 대출로 부담했고 매각대금도 본인 계좌로 받았다는 사정은, 그 자체로는 실권리자 판단의 중요한 징표이지만 다른 증거들을 뒤집기에는 부족했다는 취지입니다.

심판원 판단 ②, 감정가액보다 제3자 거래가액이 앞선다

둘째 쟁점의 결론은 더 분명했습니다. 심판원은 세 가지를 들었습니다. 첫째, 2020년 감정가액이 2011년 평가금액의 약 51.5% 수준에 불과한데도 그 감정평가서 작성일로부터 3개월가량 지난 시점에 특수관계 없는 법인과 훨씬 높은 금액으로 매도계약이 체결되었으므로, 그 감정가액이 1차 거래 당시의 객관적 교환가치를 적절히 반영한다고 보기 어렵다는 것입니다.

둘째, 2차 거래는 1차 거래로부터 3개월 이내에 계약이 체결되었고, 매수인이 작성한 전략환경영향평가 자료에 진입로가 2019년에 이미 허가 및 협의 완료된 것으로 표시되어 있으므로 1차와 2차는 동일한 목적물을 거래한 비교대상 거래로 볼 수 있다는 것입니다. 맹지에서 사업부지로 성질이 바뀌었다는 주장은 이 자료 앞에서 힘을 잃었습니다.

셋째, 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제에서 시가는 상증세법 시행령을 거쳐 법인세법 시행령 제89조를 따르는데, 같은 조 제1항은 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격을 시가로 하고, 제2항은 그 시가가 불분명할 때 비로소 감정가액을 적용하도록 정하고 있습니다. 심판원은 이 순서를 그대로 적용해, 1차 거래의 시가를 판단할 때 감정가액보다 제3자 간 실제 거래가액인 2차 거래가액을 우선 적용해야 한다고 보았습니다. 결과적으로 청구는 조세심판관 합동회의 심리를 거쳐 전부 기각되었습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건이 알려주는 다섯 가지

포인트 ①. 감정평가는 시가의 1순위가 아니라 예비수단입니다. 많은 분들이 감정평가서를 받으면 그 금액이 세법상 시가라고 생각합니다. 그러나 법인세법 시행령 제89조는 제1항에서 특수관계 없는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 하고, 제2항에서 그 시가가 불분명할 때 감정가액을 쓰도록 순서를 정해두었습니다. 소득세법상 양도소득 부당행위계산 부인에서 준용되는 상증세법 체계도 실제 매매사례가액을 앞세우는 구조가 같습니다. 즉 실제로 거래된 값이 있으면 감정평가서는 뒤로 밀립니다. 감정평가를 받는 것은 여전히 중요하지만, 그것만으로 안심할 수는 없습니다.

포인트 ②. 거래 전후 3개월의 매매내역이 결론을 만듭니다. 이 사건에서 1차 거래와 2차 거래의 간격은 3개월이 채 되지 않았습니다. 이 짧은 간격이 두 거래를 같은 물건, 같은 시점의 거래로 묶어버렸습니다. 실무적으로는 특수관계인 간 부동산 이전을 계획할 때 앞뒤 시점에 그 물건이나 인접 물건이 실제로 거래될 예정인지를 먼저 확인해야 합니다. 이전 직후 재매각 계획이 있다면 감정평가액으로 중간 거래를 끼워 넣는 구조는 위험이 매우 큽니다.

포인트 ③. 내부문서와 메모, 업무수첩이 최고의 증거가 됩니다. 이 사건에서 과세관청과 심판원이 판단의 근거로 쓴 것은 계약서가 아니라 회의자료, 자금수지 파일, 직원 업무노트, 임원 업무수첩이었습니다. 감정평가액을 일정 수준 이하로 맞추라는 지시 내용, 단기 매각차익에 대한 소명 방안까지 기록으로 남아 있었습니다. 세무조사에서 가장 강한 증거는 납세자 쪽에서 나온 문서입니다. 개인 거래에서도 가족 단체대화방, 메모 앱, 이메일이 그대로 증빙이 됩니다. 사실과 다른 논리를 나중에 만들 수 없다는 점을 전제로 거래를 설계해야 합니다.

포인트 ④. 조사 단계에서 서명한 확인서는 사실상 되돌리기 어렵습니다. 청구인 A는 명의신탁 사실을 인정하는 확인서에 자필 서명했고, 심판 단계에서 명의자의 반대 확인서를 제출했지만 뒤집히지 않았습니다. 심판원은 강압 없는 상태에서 납세의무자 본인이 스스로 인정한 문서에 무게를 두었습니다. 조사관이 요구하는 확인서는 문장 하나하나가 과세근거가 됩니다. 서명 전에 반드시 전문가와 문구를 검토하고, 사실과 다른 표현이나 법적 평가를 담은 문장은 정정을 요구해야 합니다.

포인트 ⑤. 부동산 명의신탁은 시간이 지나도 사라지지 않습니다. 이 사건의 명의신탁은 2013년에 시작되었지만 2020년 거래와 2024년 조사를 통해 그대로 드러났습니다. 명의를 빌려 둔 부동산은 처분하는 순간 실권리자가 누구인지가 다시 문제되고, 그 시점의 양도소득세, 증여 문제, 명의신탁 관련 제재가 한꺼번에 따라옵니다. 특히 매도 시점에는 자금 흐름과 등기명의가 반드시 충돌하므로 문제가 표면화됩니다. 정리를 미룰수록 선택지는 줄어듭니다.

덧붙여, 특수관계인 간 저가양도의 기준선도 기억할 필요가 있습니다. 양도소득 부당행위계산 부인은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우에 적용되고, 특정법인과의 거래를 통한 증여의제에서 현저히 낮은 대가는 차액이 시가의 30% 이상이거나 3억원 이상인 경우를 말합니다. 즉 시가를 어떻게 보느냐에 따라 적용 여부 자체가 갈립니다. 시가 판단이 이 유형 사건의 전부라고 해도 지나치지 않습니다.

자주 묻는 질문

Q. 감정평가법인 두 곳의 평균액으로 팔았는데도 저가양도가 되나요

될 수 있습니다. 감정가액은 시가가 불분명할 때 적용하는 가액입니다. 같은 물건이 가까운 시점에 특수관계 없는 제3자와 실제로 거래되었다면 그 거래가격이 우선 적용될 수 있습니다. 이 사건도 감정평가서 자체를 부정한 것이 아니라, 3개월 뒤 제3자 거래가격이 있으므로 그것을 시가로 본 것입니다.

Q. 취득자금을 명의자가 본인 대출로 냈고 매각대금도 본인 계좌로 받았습니다. 그래도 명의신탁으로 볼까요

자금부담은 실권리자 판단의 핵심 징표 중 하나이므로 유리한 사정입니다. 다만 이 사건처럼 자금이 그룹 차원에서 통합 관리된 흔적, 내부문서의 기재, 본인의 확인서 같은 반대 증거가 다수 있으면 결론이 뒤집힐 수 있습니다. 계좌 하나만으로 방어되지는 않습니다.

Q. 명의신탁 계약서가 없으면 명의신탁이 아닌 것으로 인정되나요

그렇지 않습니다. 명의신탁 약정은 묵시적 합의로도 성립할 수 있고, 당사자 관계, 보관 경위, 거래 내용과 태양 등 여러 사정을 종합해 판단합니다. 계약서가 없다는 사실은 하나의 정황일 뿐이며, 다른 자료로 충분히 인정될 수 있습니다.

Q. 토지를 사서 진입로를 확보해 가치를 올렸다면 앞선 거래가격이 낮은 것은 당연하지 않나요

실제로 그 사이에 물건의 상태나 조건이 바뀌었다면 비교가능성이 없다는 주장이 통할 여지가 있습니다. 다만 이 사건에서는 진입로 사용이 앞선 거래 이전에 이미 인가와 협의로 예정되어 있었다는 자료가 있어 받아들여지지 않았습니다. 가치 상승 주장은 이전에 없던 사정이 이후에 생겼음을 문서로 입증할 수 있을 때만 힘을 가집니다.

Q. 가족이 100% 지분을 가진 법인에 부동산을 싸게 넘기면 세금이 어떻게 붙나요

이 사건처럼 양도인에게는 양도소득세 부당행위계산 부인이 적용되어 시가로 양도가액이 재계산될 수 있고, 동시에 그 법인의 지배주주에게는 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제로 증여세가 부과될 수 있습니다. 하나의 거래에 두 세목이 함께 따라오는 구조이므로 사전 검토 없이 진행하면 부담이 이중으로 커집니다.

자가진단 체크리스트

• 가족, 지인, 본인이 지배하는 법인에 부동산을 넘길 계획이 있는데 가격 근거를 감정평가서 하나에만 두고 있지 않은가
• 거래 예정일 전후 3개월 안에 같은 물건이나 인접 필지의 실제 매매, 경매, 공매 사례가 있는지 확인했는가
• 이전한 부동산을 짧은 기간 안에 제3자에게 재매각할 계획이 이미 있지 않은가
• 등기명의와 실제 자금부담자가 다른 부동산을 보유하고 있고, 이를 정리하지 못한 채 처분을 검토하고 있지 않은가
• 가격 산정 과정이나 절세 방안에 관해 메모, 대화, 회의자료 등 문서로 남긴 기록이 사실과 어긋나지 않는가
• 세무조사에서 확인서 서명을 요구받았을 때 문구를 전문가와 검토할 준비가 되어 있는가
• 시가와 거래가액의 차이가 3억원 또는 시가의 5%, 30% 기준선에 걸리는지 계산해 보았는가
• 물건의 가치가 실제로 올랐다면 그 원인이 거래 이후에 발생했음을 객관적 자료로 설명할 수 있는가

정리

이 결정의 메시지는 간단합니다. 세법상 시가는 감정평가서가 아니라 실제 거래가 먼저입니다. 특수관계인 사이에 부동산을 옮길 때 감정평가를 받는 것은 필요한 절차이지만, 그 전후에 같은 물건이 제3자와 전혀 다른 값으로 거래된다면 감정가액은 후순위로 밀립니다. 그리고 그 짧은 시간차와 큰 가격차 자체가 조사의 출발점이 됩니다.

또 하나는 증거의 문제입니다. 명의신탁 여부, 가치 상승의 원인, 거래의 경위는 모두 당사자가 남긴 문서로 판단되었습니다. 계약서 문구보다 회의자료 한 줄, 업무노트 한 줄이 결정적이었습니다. 거래를 마친 뒤에 논리를 만드는 방식으로는 방어가 되지 않습니다.

부동산 명의를 다른 사람 이름으로 두고 있거나, 가족이나 본인 지배 법인과 부동산 거래를 검토하고 있다면 계약서를 쓰기 전 단계에서 시가 판단과 증빙 구조를 함께 점검하는 것이 안전합니다. 이미 조사 통지를 받은 상황이라면 확인서와 제출자료의 문구부터 검토해야 합니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라지므로, 구체적인 판단은 전문가와 상담해 진행하시기 바랍니다.

출처 · 조세심판원 조심 2024중5657 (2026.6.30. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제45조의5, 제60조, 같은 법 시행령 제34조의5, 제49조, 「소득세법」 제101조, 같은 법 시행령 제167조, 「법인세법」 제52조, 같은 법 시행령 제89조 등

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)