기준시가로 상속세 신고했더니 국세청이 감정평가로 다시 매겼습니다, 내가 받은 감정서는 왜 빠졌나 (조심 2026서1992)

도심 상가건물을 기준시가로 신고하면 거의 반드시 감정평가가 들어옵니다

상속이 개시되면 상속인은 6개월 안에 상속세를 신고해야 합니다. 이때 가장 큰 고민은 부동산 가격을 얼마로 적어야 하느냐입니다. 아파트처럼 같은 단지에서 매매가 활발한 물건은 유사매매사례가액이 바로 잡히지만, 도심 한복판의 오래된 상가건물이나 이른바 꼬마빌딩은 비슷한 물건의 거래사례를 찾기 어렵습니다. 그래서 많은 상속인이 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당한다고 보고 개별공시지가와 건물 기준시가를 합쳐 신고합니다. 절차상 틀린 신고는 아닙니다.

문제는 그 다음입니다. 기준시가는 실제 거래되는 값보다 크게 낮은 경우가 많고, 국세청은 일정 규모 이상의 비주거용 부동산에 대해 과세관청이 직접 감정평가를 의뢰해 시가를 다시 산정하는 절차를 운영하고 있습니다. 신고 후 조사 과정에서 두 곳 이상의 감정평가기관에 상속개시일을 평가기준일로 하는 감정을 의뢰하고, 그 감정가액을 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정하는 방식입니다. 이 사건은 바로 그 국면에서 벌어진 다툼이고, 여기에 3대째 이어온 음식점의 가업상속공제 문제까지 얹혀 있습니다. 결론부터 말하면 심판원은 청구인의 주장을 모두 받아들이지 않았습니다.

사건 경과, 신고부터 심판청구까지

피상속인은 대만 국적이지만 국내에 거주하던 거주자였고, 2024년 2월 사망했습니다. 청구인은 유증으로 서울 중구의 토지 지분과 그 위의 건물을 취득했습니다. 이 부동산에는 사망 전인 2022년에 증여예약을 원인으로 한 소유권이전청구권 가등기가 이미 설정되어 있었고, 사망 후 유증을 원인으로 청구인에게 소유권이 이전됐습니다.

청구인은 이 부동산이 시가를 산정하기 어려운 경우에 해당한다고 보아 개별공시지가 등 기준시가로 평가해 금융재산과 합산한 상속세를 신고하고 납부했습니다. 처분청은 2025년 3월부터 7월까지 상속세 조사를 실시했고, 이 부동산이 시가 산정이 어려운 경우가 아니라고 판단해 감정평가법인 한 곳과 감정평가사무소 한 곳에 상속개시일을 평가기준일로 하는 감정을 의뢰했습니다. 두 곳의 감정평가서는 2025년 4월 중순에 작성됐습니다.

청구인도 대응에 나섰습니다. 자기 비용으로 별도의 감정평가기관 두 곳에 같은 평가기준일로 감정을 의뢰해 2025년 5월 2일자 감정평가서 두 건을 받아, 처분청 감정가액과 함께 평가심의위원회 심의에 올려달라고 요청했습니다. 그런데 처분청은 그중 한 건(결정문상 쟁점감정평가서)에 처분청이 의뢰한 감정평가서에 실려 있던 현장사진과 동일한 사진이 게재되어 있는 것을 발견했습니다. 쟁점감정평가서에는 현지조사일이 2025년 5월 2일로 기재되어 있었는데, 사진은 4월 11일 처분청 측 실지조사 당시 촬영된 것과 같아 보였습니다.

청구인은 2025년 5월 15일 해당 사진을 바꿔 넣은 수정감정평가서를 담당자 이메일로 제출했습니다. 처분청은 수정본 역시 당초 감정평가서와 비교해 훼손되었다고 보아, 쟁점감정평가서의 감정가액을 뺀 나머지 3개 기관의 감정가액만 서울지방국세청 평가심의위원회에 심의 의뢰했습니다. 위원회는 2025년 6월 24일 그 3개 감정가액의 평균액을 시가로 인정할 수 있다고 결정했고, 청구인은 위원회에 출석하지 않았습니다. 처분청은 이 평균액을 상속재산가액으로 하고 손자녀 대학등록금 등 사전증여재산을 가산해 2025년 8월 상속세를 결정·고지했습니다.

이후 청구인은 그 건물에서 3대에 걸쳐 운영해온 중식 음식점에 대해 가업상속공제를 적용해야 한다는 경정청구를 제기했으나 거부됐고, 이의신청을 거쳐 2026년 3월 심판청구를 제기했습니다.

청구인의 주장, 절차가 잘못됐고 시행령도 무효라는 논리

청구인의 주장은 세 갈래였습니다. 첫째, 자신이 제출한 감정가액을 평가심의위원회 심의 대상에서 아예 빼버린 것은 절차적 하자라는 것입니다. 국세청 평가심의위원회 운영규정에 따르면 심의 대상 여부와 신빙성 판단은 관할 지방국세청장이 검토할 사항이고, 서류에 하자가 있다면 보완을 요구할 수 있는데도 세무서장이 임의로 배제했다는 취지입니다. 또 감정평가서 하자는 전문자격사인 감정평가법인의 성실의무 위반에서 비롯된 것인데, 그 불이익을 납세자에게 전가해 심의 기회 자체를 박탈하는 것은 가혹하다고 했습니다.

둘째, 평가기간이 지난 뒤 작성된 감정가액을 시가로 인정하는 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서 규정이 조세법률주의에 위배되어 무효라는 주장입니다. 청구인은 이 부분을 무효로 본 1심 판결(서울행정법원 2021구합85600)을 근거로 들었습니다. 셋째, 조부가 1954년 개업한 음식점을 피상속인이 승계해 10년 이상 운영했고 자신이 1998년 다시 승계했으므로 가업상속공제를 적용해야 한다는 주장이었습니다. 근거로 피상속인의 1965년 조리사 면허증, 언론 인터뷰 보도자료, 인근 상인과 주민 등이 작성한 확인서 27매, 본인이 직접 쓴 자필 확인서와 가업도를 제출했습니다.

과세관청의 반박, 사진 한 장이 신뢰를 무너뜨렸다

처분청 논리는 단순하고 강했습니다. 쟁점감정평가서는 현지조사일을 5월 2일로 적어놓고 처분청 측 감정평가서의 4월 조사 사진을 그대로 실었으니, 실제로 현장조사를 했다면 동일한 사진이 실릴 수 없다는 것입니다. 이는 상속세 납부목적에 적합하지 않은 감정가액에 해당하고 감정평가사의 성실의무에도 어긋난다고 봤습니다. 나아가 청구인이 조사 당시 3개 감정가액만 심의 의뢰하는 데 동의했고, 스스로 심의를 신청할 권리가 있었는데도 신청하지 않았다는 점을 지적했습니다.

시행령 무효 주장에 대해서는, 상증세법 제60조 제1항이 시가주의를 선언하고 제2항이 시가로 인정되는 것의 범위를 대통령령에 위임했으므로 시행령이 그 범위를 구체화한 것은 위임 범위를 벗어나지 않는다고 반박했습니다. 또 청구인이 인용한 1심 판결 이후에도 다수의 상급심 판결이 시행령 규정을 유효하게 보고 있으며, 헌법재판소나 대법원이 이를 무효로 판단한 사실이 없다고 했습니다. 가업상속공제에 대해서는 국세통합전산망 사업자등록 이력에 피상속인 명의가 아예 없고, 배우자 명의로 등록된 사업자가 1998년 6월 말 폐업한 바로 다음 날 청구인 명의로 신규 등록된 점, 매출 입출금이 모두 청구인 계좌로 관리된 점을 들어 요건 미충족이라고 했습니다.

심판원 판단 하나, 심의 신청은 납세자 스스로 할 수 있었다

심판원은 첫 번째 쟁점에서 두 가지를 짚었습니다. 하나는 신뢰성 문제입니다. 쟁점감정평가서의 현장사진은 처분청 측 감정평가서의 4월 실지조사 사진을 5월 2일 촬영한 것으로 기재해 임의로 게재한 것으로 보이고, 사진을 교체한 수정감정평가서 역시 그 사진이 감정평가서 작성일 이전에 촬영된 것이라는 근거가 확인되지 않는다고 봤습니다. 즉 처분청이 두 문서를 신뢰하기 어려운 상황이었다는 판단입니다.

더 결정적인 두 번째 이유는 절차 구조입니다. 상증세법 시행령 제49조 제1항은 시가 인정 심의를 신청할 수 있는 주체로 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자, 지방국세청장, 관할세무서장을 모두 규정하고 있습니다. 즉 납세자에게도 독자적인 신청권이 있습니다. 그런데 청구인은 자신의 감정가액에 대해 직접 심의를 신청하지 않았고, 열린 평가심의위원회에 출석하지도 않았습니다. 심판원은 그렇다면 처분청이 청구인의 심의 신청권을 침해했다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 처분청이 대신 올려주지 않았다는 사정만으로 절차적 하자를 인정할 수 없다는 뜻입니다.

심판원 판단 둘, 평가기간이 지난 감정가액도 시가가 될 수 있다

두 번째 쟁점은 최근 실무에서 가장 뜨거운 논점입니다. 상속재산의 평가기간은 상속개시일 전후 6개월인데, 시행령 단서는 평가기간이 지난 뒤부터 법정결정기한까지 사이에 감정 등이 있는 경우에도 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있도록 하고 있습니다. 국세청의 감정평가 사업이 작동하는 근거 조항입니다. 청구인은 이 부분이 무효라는 1심 판결을 들고 왔습니다.

심판원은 받아들이지 않았습니다. 이 규정에 따라 평가기간 밖의 감정가액이 시가로 적용된다 해도 상증세법 제60조 제3항과 제61조가 형해화되는 것은 아니고, 모법의 위임 범위를 벗어나 평가기간을 납세자에게 불리하게 과도하게 확장한 것으로서 무효라고 할 수 없다고 했습니다. 근거로 서울고등법원 2024누70113 판결과 대법원 2025두35499 판결을 들었고, 같은 취지의 선행 심판례로 조심 2024전4927(2025.2.6.)을 인용했습니다. 하급심 한 건의 무효 판단만으로 처분 당시 유효한 시행령의 효력이 사라지지는 않는다는 것입니다.

심판원은 여기에 사실관계 하나를 더 얹었습니다. 청구인이 기준시가로 신고한 부동산 가액이 청구인 스스로 의뢰해 받은 두 감정가액의 절반에도 미치지 못했다는 점입니다. 납세자 본인이 받은 감정가액과도 그만큼 차이가 났다면, 애초에 기준시가 신고가 객관적 교환가치를 반영한 것으로 보기 어렵다는 판단입니다. 결국 3개 감정가액의 평균액을 상속개시일의 시가로 보는 것이 타당하다고 결론냈습니다.

심판원 판단 셋, 3대째 가업이라도 사업자등록 이력이 말한다

세 번째 쟁점은 가업상속공제입니다. 상증세법 제18조의2와 시행령 제15조 제3항에 따르면, 개인사업자의 경우 피상속인이 가업 영위기간의 50퍼센트 이상 또는 10년 이상, 또는 상속개시일부터 소급해 10년 중 5년 이상 대표자로 재직해야 하고, 상속인은 상속개시일 전에 2년 이상 직접 가업에 종사해야 합니다.

심판원은 감면요건 규정은 법문대로 엄격히 해석해야 한다는 법리(대법원 2002두9537 판결)를 전제로, 해당 사업장 소재지의 사업자등록 이력에 피상속인 명의가 나타나지 않는 점을 결정적으로 봤습니다. 확인되는 것은 피상속인의 배우자 명의 사업자가 1972년부터 1998년 6월 말까지 운영되다 폐업하고, 그 직후 청구인 명의로 같은 상호의 사업자가 신규 등록됐다는 사실뿐이었습니다. 즉 피상속인이 대표자로 재직한 기간 자체가 확인되지 않았습니다.

또 기획재정부 예규(재산세제과-401, 2010.6.16.)가 피상속인 폐업 후 상속인이 같은 장소에서 동일 업종을 신규 개업한 사례를 가업의 전부를 상속받은 경우로 볼 수 없다고 해석한 점도 인용했습니다. 청구인이 제출한 조리사 자격증, 자필 확인서, 언론보도, 인우보증서 27매는 피상속인의 대표자 재직기간을 객관적으로 입증하는 자료로 인정되지 않았습니다. 동네가 다 아는 3대 가업이라도, 세법이 요구하는 것은 등록과 재직의 기록입니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건에서 진짜 배울 것

포인트 ①. 감정가액을 준비하는 것으로 끝이 아니라, 내가 직접 심의를 신청해야 합니다. 이 사건에서 결론을 가른 가장 결정적인 지점입니다. 시행령은 납세자에게도 시가 인정 심의 신청권을 주고 있습니다. 처분청이 내 감정가액을 안 올려준다면, 상대의 호의를 기다릴 것이 아니라 별지 서식을 갖춰 관할 지방국세청에 직접 신청하고 접수 기록을 남겨야 합니다. 심의 기일에 출석해 의견을 진술할 기회도 놓치면 안 됩니다. 신청도 출석도 하지 않았다는 사실이 곧 주장의 신뢰도를 깎아냈습니다.

포인트 ②. 감정평가서는 결과 금액만 보지 말고 형식과 근거를 검수해야 합니다. 현장 촬영 사진, 실지조사일, 평가기준일, 작성일, 감정 목적 기재는 감정서의 신뢰성을 지탱하는 뼈대입니다. 이 사건에서는 사진 한 장 때문에 감정가액 전체가 심의 대상에서 빠졌습니다. 감정을 의뢰할 때는 상속세 신고 목적임을 명시하고, 받은 후에는 사진 촬영일, 조사일자, 인근 사례의 기재 등을 납세자가 직접 확인하는 것이 안전합니다. 나중에 수정본을 제출해도 수정 시점 이후에 만들어진 자료로 의심받으면 치유가 되지 않습니다.

포인트 ③. 비주거용 부동산은 신고 전에 감정평가 여부를 먼저 판단하십시오. 기준시가 신고 후 국세청이 감정평가를 하면 세액이 오르는 것에 그치지 않고 신고 이후의 가산세 문제까지 따라옵니다. 반대로 상속인이 신고 단계에서 두 곳 이상의 감정을 받아 그 평균액으로 신고하면, 평가액이 확정되어 예측 가능성이 커지고 이후 그 부동산을 양도할 때 취득가액이 높아지는 효과도 함께 검토할 수 있습니다. 감정 수수료와 세액 차이, 향후 양도 계획을 함께 계산해 결정할 문제입니다.

포인트 ④. 가업상속공제는 스토리가 아니라 기록으로 증명됩니다. 개인사업자의 가업 승계에서 가장 흔한 실패 유형이 바로 이 사건의 구조입니다. 부모가 폐업하고 자녀가 같은 자리에 새로 사업자등록을 하는 방식입니다. 실제로는 대를 이은 것이지만, 세법상으로는 별개의 사업 개시로 읽힙니다. 게다가 가족 사이에 대표자 명의를 여러 번 바꿔온 경우 피상속인의 대표자 재직기간 자체가 끊깁니다. 가업 승계를 염두에 두고 있다면 부모 생전에 대표자 재직기간, 사업자등록 연속성, 자녀의 종사 이력을 서류로 만들어 두는 작업을 미리 해야 합니다. 사업자등록 변경 방식, 근로소득 신고 이력, 4대보험 가입 기록이 실제로 증거가 됩니다.

포인트 ⑤. 하급심 한 건의 유리한 판결에 전략을 걸지 마십시오. 청구인은 시행령을 무효로 본 1심 판결을 근거로 삼았지만, 심판원은 이후의 상급심 판단을 들어 유효하다고 봤습니다. 판례 흐름이 갈리는 쟁점은 주된 방어선이 아니라 보조 논거로 두고, 사실관계와 증빙으로 승부하는 것이 현실적입니다.

포인트 ⑥. 손자녀에게 준 대학등록금 같은 지출도 사전증여로 가산될 수 있습니다. 이 사건에서도 피상속인이 손자녀에게 준 대학등록금 등이 사전증여로 상속세 과세가액에 가산됐습니다. 부모가 아닌 조부모가 학비나 생활비를 대주는 경우, 부모의 부양능력이 있는데 조부모가 대신 부담한 것이라면 비과세 대상으로 보기 어려울 수 있습니다. 상속 조사에서는 10년치 계좌 흐름이 전수로 검토된다는 점을 기억해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 기준시가로 신고하면 무조건 감정평가가 들어오나요?

모든 건이 그렇지는 않습니다. 다만 아파트처럼 유사매매사례가액이 뚜렷한 물건이 아닌 상가, 사무실, 토지처럼 기준시가와 실제 시세 차이가 큰 비주거용 부동산은 조사 대상으로 선정될 가능성이 상대적으로 높습니다. 이 사건처럼 상속세 조사 과정에서 처분청이 두 곳에 감정을 의뢰하는 형태로 진행됩니다.

Q. 국세청 감정가액이 너무 높으면 어떻게 대응하나요?

납세자도 공신력 있는 감정기관 두 곳 이상에 상속개시일을 평가기준일로 한 감정을 의뢰할 수 있고, 그 가액에 대해 직접 평가심의위원회에 시가 인정 심의를 신청할 수 있습니다. 다만 신청 기한과 첨부서류 요건이 정해져 있어 시기를 놓치면 기회를 잃습니다. 조사 초기에 대응 방향을 잡아야 하는 이유입니다.

Q. 감정평가서에 오류가 있으면 고쳐서 다시 내면 되지 않나요?

이 사건에서 청구인은 사진을 교체한 수정본을 제출했지만, 교체된 사진이 감정평가서 작성일 이전에 촬영된 것이라는 근거가 확인되지 않아 인정받지 못했습니다. 사후 보정은 원본의 신뢰성이 이미 훼손된 뒤에는 효과가 제한적입니다. 처음 받을 때 검수하는 것이 유일한 방법에 가깝습니다.

Q. 평가기간 6개월이 지난 뒤에 만든 감정평가서인데도 시가가 되나요?

시행령은 평가기간이 지난 뒤부터 법정결정기한까지 사이의 감정 등도 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있게 하고 있습니다. 이 규정의 효력을 다투는 소송이 진행되고 있으나, 이 사건 심판원은 상급심 판단을 근거로 유효하다고 봤습니다. 개별 사건에서는 최신 판례 흐름을 함께 확인해야 합니다.

Q. 부모가 하던 가게를 그대로 이어받았는데 가업상속공제가 안 되는 이유가 뭔가요?

공제 요건은 피상속인이 일정 기간 대표자로 재직했을 것, 상속인이 상속개시일 전 2년 이상 직접 종사했을 것 등을 요구합니다. 부모가 폐업하고 자녀가 신규 등록한 형태라면 사업의 승계로 인정받기 어렵다는 해석과 심판례가 축적되어 있습니다. 명의가 배우자나 다른 가족으로 되어 있었다면 피상속인의 재직기간 자체가 확인되지 않는 문제도 생깁니다.

자가진단 체크리스트

• 상속재산에 상가, 사무실, 나대지처럼 시세와 기준시가 차이가 큰 부동산이 있습니까?
• 기준시가로 신고할 계획이라면, 감정평가를 받았을 때의 세액과 향후 양도 시 취득가액 효과를 비교해 보셨습니까?
• 이미 조사가 시작됐다면 처분청 감정가액의 근거 자료를 열람하고 검토했습니까?
• 내가 받은 감정평가서의 실지조사일, 사진 촬영일, 평가기준일, 작성일이 서로 모순 없이 맞습니까?
• 감정 목적이 상속세 신고 목적으로 명시되어 있고, 담보제공 등 다른 조건이 붙은 평가가 아닙니까?
• 평가심의위원회 시가 인정 심의를 내 이름으로 직접 신청했고, 접수 증빙을 보관하고 있습니까?
• 심의 기일에 출석하거나 서면 의견을 제출할 준비가 되어 있습니까?
• 가업 승계를 생각한다면 피상속인의 대표자 재직기간이 사업자등록으로 확인됩니까?
• 폐업 후 신규 등록 방식이 아니라 사업자 승계 방식으로 정리할 수 있는지 검토했습니까?
• 상속인 본인의 가업 종사 사실이 급여 신고, 4대보험 등 객관적 자료로 남아 있습니까?
• 피상속인이 자녀나 손자녀에게 지원한 학비, 생활비, 계좌 이체 내역을 10년 단위로 정리해 두었습니까?

정리

이 사건은 세 가지를 동시에 보여줍니다. 첫째, 비주거용 부동산의 기준시가 신고는 더 이상 안전한 선택이 아니라는 점입니다. 신고 뒤 감정평가로 뒤집히면 세액뿐 아니라 대응 시간까지 잃습니다. 둘째, 납세자에게도 시가 인정 심의를 신청할 권리가 있으며 그 권리를 쓰지 않은 사실이 불복 단계에서 불리하게 작용한다는 점입니다. 셋째, 가업상속공제는 실제로 대를 이었다는 사실보다 사업자등록과 대표자 재직이라는 서류상의 연속성으로 판정된다는 점입니다.

공제와 평가 다툼은 상속이 개시된 뒤에 시작하면 이미 늦은 경우가 많습니다. 특히 사업장을 함께 상속하는 구조라면, 부모 생전에 대표자 명의와 종사 이력을 어떻게 정리해 둘지가 결과를 좌우합니다. 부동산 평가 방식과 공제 요건을 함께 놓고 사전에 설계하는 것이 가장 확실한 대응입니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속세 신고와 조사 대응, 가업승계 사전 설계를 다루고 있습니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서1992 (2026.07.07. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제18조의2, 제60조, 「같은 법 시행령」 제15조, 제49조 등

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)