할인분양으로 싸게 받은 아파트, 양도세 취득가액은 등기부 금액이 아닙니다 (조심 2026소1554)

부동산 경기가 나빴던 시기에 미분양 아파트를 계약금만 내고 저렴하게 받은 분들이 많습니다. 이때 시행사는 계약서상 공급금액은 그대로 두고 중도금 일부를 면제하거나 잔금에서 차감하는 방식으로 실질적인 할인을 해 주는 경우가 흔합니다. 계약서 금액과 실제로 통장에서 나간 금액이 달라지는 순간, 세금 문제는 그 아파트를 파는 날까지 잠복해 있게 됩니다.

문제는 몇 년 뒤 아파트를 팔면서 양도소득세를 신고할 때 터집니다. 대부분의 납세자는 등기부등본에 적힌 거래가액이나 분양계약서 금액을 그대로 취득가액으로 적습니다. 국가가 관리하는 공적 장부에 적힌 금액인데 무슨 문제가 있겠느냐는 생각입니다. 그런데 국세청은 시행사가 보관하고 있던 분양대금 정산 자료를 확보해, 할인분양을 받았음에도 원래 분양가로 취득가액을 신고한 사람들을 골라 통보합니다. 이번에 소개할 조심 2026소1554 사건이 바로 그 유형입니다.

1. 분양받을 때 깎아준 금액이 10년 뒤 양도세로 되돌아오는 구조

양도소득세는 파는 가격에서 사는 가격을 뺀 차익에 매기는 세금입니다. 따라서 취득가액을 실제보다 높게 적으면 차익이 줄어들고 세금도 줄어듭니다. 반대로 말하면, 취득가액을 실제보다 높게 신고한 사실이 나중에 확인되면 그만큼 세금이 추가로 나오고 가산세까지 붙습니다. 할인분양은 취득가액이 부풀려질 위험이 구조적으로 내재된 거래 유형입니다. 계약서에는 할인 전 금액이, 통장에는 할인 후 금액이 남기 때문입니다.

더 까다로운 점은 시간 차입니다. 분양 계약은 10년 전 일이고, 정산서나 이체 내역은 이미 버렸거나 기억에서 사라졌습니다. 반면 시행사나 신탁사, 분양대행사는 정산 자료를 보관하고 있을 수 있고, 국세청이 그 자료를 일괄로 확보하면 개별 납세자는 반박할 자료가 없는 상태에서 통보를 받습니다. 이 사건 청구인도 "11년 전 일인데 무슨 증빙을 내라는 것이냐"고 항변했지만, 그 항변이 곧 과세를 막아 주지는 못했습니다.

2. 사건 경과, 2014년 분양에서 2026년 심판 결정까지

청구인은 인천에 있는 전용면적 102.62제곱미터 아파트를 시행사로부터 분양받아 2014년 7월 31일 소유권 등기를 마쳤습니다. 이때 등기부등본에 기재된 거래가액은 분양계약서상 공급금액과 같은 금액이었습니다. 등기 업무는 법무법인에 일체 위임했고, 그 법무법인 직원이 작성해 준 취득세 영수증과 등기이전 비용 영수증을 받아 보관하고 있었습니다.

그로부터 약 6년 뒤인 2020년 5월 29일 청구인은 이 아파트를 개인에게 매도했고, 2020년 7월 20일 양도소득세를 예정신고하면서 취득가액을 등기부에 적힌 금액으로 기재해 세액을 납부했습니다. 여기까지는 청구인 입장에서 특별히 이상할 것이 없는 절차였습니다.

변화는 2025년 4월에 시작됩니다. 국세청장이 각 세무서에 '할인분양 취득자 중 취득가액 과다신고 혐의자'에 대한 과세자료를 통보했고, 그 점검 대상에 이 아파트가 포함되어 있었습니다. 처분청은 청구인이 실제로 납입한 분양대금은 할인된 금액이라고 보고, 2025년 8월 7일 취득가액을 그 금액으로 바꾸어 2020년 귀속 양도소득세를 경정 고지했습니다. 고지 세액에는 일반과소신고가산세와 납부지연가산세가 포함되었습니다.

청구인은 2025년 9월 25일 이의신청을 거쳐 2026년 2월 13일 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다. 조세심판원은 2026년 7월 8일 청구를 기각했습니다. 취득가액 쟁점과 가산세 쟁점 모두 청구인의 주장이 이유 없다고 본 것입니다.

3. 청구인 주장, 등기부에 적힌 금액은 실지거래가액으로 추정된다

청구인의 논리는 크게 네 갈래였습니다. 첫째, 부동산 등기부에 거래가액을 기재하는 제도는 부동산 거래의 투명성을 확보하기 위한 것이므로 등기부에 기재된 거래가액은 특별한 사정이 없는 한 실지거래가액으로 추정되어야 한다는 것입니다. 이 주장을 뒷받침하기 위해 청구인은 대법원 1993년 5월 11일 선고 92다46059 판결을 들었습니다. 국가가 관리하는 공적 장부에 기재된 금액을 별다른 이유 없이 부인한 처분은 부당하다는 취지입니다.

둘째, 처분청이 근거로 삼은 자료가 11년 전 거래 상대방, 즉 분양회사 측이 제출한 서류라는 점을 공격했습니다. 청구인과 이해관계가 상충하는 쪽이 낸 서류는 객관적인 증거가 될 수 없고, 등기부 금액을 부인하려면 다운계약서나 금융조사 결과 같은 직접 증거를 제시했어야 한다는 것입니다.

셋째, 만약 등기부에 실제보다 낮은 금액이 기재된 것이라면 그것은 등기 대행 업무를 맡은 법무법인 직원이 자신을 속이고 차액을 가로챈 사건일 뿐 자신의 잘못은 아니라고 주장했습니다. 청구인은 해당 직원의 연락처를 여러 차례 요구했으나 법무법인이 개인정보 보호를 이유로 거절했다고 하면서, 그 직원의 명함을 증빙으로 제출했습니다.

넷째, 취득 시점으로부터 11년이 지나 납세자가 취득대금 지급 내역을 확인할 자료를 제시하기 어려운 경우에는 과세관청이 과세 근거를 더 엄격하게 입증해야 한다고 주장했습니다. 그리고 예비적으로, 설령 본세 과세가 적법하더라도 등기부와 대행 법무법인 서류를 신뢰한 것이므로 가산세만은 취소되어야 한다고 다투었습니다.

4. 과세관청 반박, 서로 다른 세 갈래 자료가 모두 같은 금액을 가리켰다

처분청의 대응은 단일 증거에 의존하지 않았다는 점에서 강했습니다. 첫째, 분양회사가 제출한 '아파트 분양대금 정산 및 입주대금 납부서'상 납입금액 합계액이 처분청이 본 실제 분양가액과 정확히 일치했습니다. 시행사가 자기 장부와 정산 절차에 따라 만든 서류이므로 단순한 진술과는 성격이 다릅니다.

둘째, 청구인 본인이 제출한 분양대금 계좌이체 내역입니다. 계약금은 최초 분양자로 보이는 개인 계좌로, 잔금은 분양회사 계좌로 이체되었는데, 두 금액을 합치면 처분청이 본 실제 분양가액과 거의 일치했습니다. 청구인이 스스로 낸 자료가 처분청 주장을 뒷받침하는 방향으로 작동한 것입니다.

셋째, 취득세 신고 내역입니다. 청구인은 취득세를 신고할 때 과세표준을 할인된 금액 기준으로 신고했고, 여기에 취득세 과세표준에서 빠지는 건물분 부가가치세를 더하면 실제 분양가액과 정확히 맞아떨어졌습니다. 처분청은 이 지점을 강하게 지적했습니다. 취득세를 낼 때는 할인된 금액으로 신고해 지방세를 줄이고, 양도세를 낼 때는 원래 분양가로 취득가액을 적어 국세를 줄이는 모순적인 행위였다는 것입니다.

또한 처분청은 자료 보존 기간이 지났다는 이유만으로 실질과세원칙의 적용이 배제되거나 납세자의 입증 부담이 면제되는 것은 아니라고 했습니다. 그리고 부과제척기간 5년 이내에 부과한 처분이라는 점도 함께 밝혔습니다. 취득은 2014년이지만 과세되는 것은 2020년 귀속 양도소득세이므로, 제척기간은 취득 시점이 아니라 양도세 신고기한을 기준으로 계산된다는 점이 여기서 드러납니다.

5. 심판원 판단, 실지거래가액이 확인되면 그 금액이 취득가액이다

심판원은 먼저 법 구조를 확인했습니다. 소득세법 제97조 제1항 제1호는 취득가액을 실지거래가액으로 하되, 그 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차 적용하도록 정하고 있습니다. 즉 실지거래가액이 확인되면 그 금액이 우선한다는 것입니다. 또한 소득세법 제114조 제6항은 실지거래가액으로 신고했더라도 그 신고가액이 사실과 달라 과세관청이 실지거래가액을 확인한 경우에는 확인된 가액으로 경정하도록 명시하고 있습니다.

이 틀에서 보면 등기부 기재 금액은 실지거래가액을 추정하는 하나의 자료일 뿐이고, 실제 지급 사실이 확인되면 그 확인된 금액이 우선합니다. 심판원은 계좌이체 내역에서 분양회사 등의 계좌로 실제 분양가액과 거의 유사한 금액이 이체된 사실이 나타나고, 분양회사가 발행한 입주대금 납부서상 공급금액 합계액이 그 금액과 일치한다는 점을 들어 청구인이 실제 납입한 분양대금은 할인된 금액으로 보인다고 판단했습니다.

여기에 두 가지 사정이 더 붙었습니다. 하나는 국세청이 통보한 과세자료에 따르면 같은 단지 내 다른 아파트 소유자 16명도 당초 분양계약금액보다 할인된 금액으로 취득한 것으로 확인되어 양도소득세가 부과되었고, 이들은 불복하지 않았다는 점입니다. 단지 전체에 걸친 할인분양이 실제로 있었다는 정황이 됩니다. 다른 하나는 청구인이 제출한 등기부등본과 소유권 등기이전 영수증만으로는 실제 지출한 금액을 확인할 수 없다는 점입니다. 청구인이 낸 자료는 서류상 금액을 보여줄 뿐, 돈이 얼마 나갔는지를 보여주지 못했습니다.

결국 취득가액 쟁점은 문서 대 문서의 싸움이 아니라 문서 대 자금흐름의 싸움이었고, 자금흐름이 이겼습니다. 청구인이 인용한 등기부 추정력 관련 판례도 "특별한 사정이 없는 한"이라는 전제를 두고 있는데, 이 사건에서는 실제 이체 내역과 정산서, 취득세 과세표준이 모두 같은 방향을 가리켰기 때문에 그 특별한 사정이 인정된 셈입니다.

6. 가산세는 왜 남았나, 대행을 믿었다는 사정만으로는 부족하다

많은 납세자가 본세는 어쩔 수 없다고 받아들이면서도 가산세만은 억울하다고 느낍니다. 이 사건 청구인도 예비적으로 가산세 취소를 구했습니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호는 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 정하고 있으므로, 법적 근거는 있는 주장입니다.

그러나 심판원은 정당한 사유를 인정하지 않았습니다. 논리는 이렇습니다. 청구인은 분양회사와 계약한 금액보다 적은 금액을 실제로 지급했으므로, 등기 당시 제출된 계약서는 결과적으로 실제 거래대금보다 높은 금액이 기재된 계약서에 해당합니다. 그런데 청구인은 양도소득세를 신고할 때 그 계약서를 근거로 취득가액을 적었으므로 과소신고와 과소납부의 책임은 청구인에게 있다는 것입니다.

법무법인 직원을 신뢰했다는 사정에 대해서도, 설령 그 직원의 서류를 믿고 등기부 기재 금액을 실제 취득금액으로 알았다 하더라도 청구인 본인이 분양회사에 얼마를 지급했는지는 청구인이 확인할 수 있는 사항이라고 보았습니다. 자기 통장에서 나간 돈의 총액을 확인해 취득가액을 적정하게 기재했어야 한다는 것이고, 대행자를 신뢰했다는 사정만으로 신고 납부 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 되지는 않는다는 결론입니다.

다만 눈여겨볼 부분이 있습니다. 부과된 것은 일반과소신고가산세였습니다. 국세기본법 제47조의3은 부정행위로 과소신고한 경우 40퍼센트, 그 밖의 경우 10퍼센트를 적용하도록 정하고 있는데, 이 사건에서는 40퍼센트가 아닌 일반 세율이 적용되었습니다. 적극적인 은닉 행위까지 인정된 사안은 아니었다는 의미로 읽힙니다. 그렇다 해도 납부지연가산세는 2020년 신고 이후 경과 기간에 대해 계속 계산되므로, 5년 가까이 쌓인 이자 성격의 부담이 결코 작지 않습니다.

7. 항목별 판단 결과

표를 보면 다섯 개 주장이 전부 같은 지점에서 무너졌습니다. 서류가 아니라 돈의 흐름이 기준이 되었고, 그 돈의 흐름을 보여주는 자료를 청구인이 스스로 제출했다는 점이 결정적이었습니다.

8. 실무 포인트, 이 사건에서 반드시 챙겨야 할 다섯 가지

포인트 ①. 취득세 신고서와 양도세 취득가액은 반드시 같은 방향이어야 합니다.
이 사건에서 처분청이 가장 뼈아프게 지적한 대목은 모순 행위였습니다. 취득세는 할인된 금액으로 신고하고 양도세 취득가액은 원래 분양가로 적었다는 점입니다. 취득세 과세표준은 지방세 자료이지만 국세청과 지방자치단체 사이에 과세자료가 공유되므로, 두 금액이 다르면 검증 대상이 됩니다. 양도세 신고 전에 반드시 취득 당시 취득세 과세표준을 확인하고, 다르다면 그 차이가 설명 가능한 것인지(예를 들어 건물분 부가가치세, 취득 부대비용) 정리해 두어야 합니다.

포인트 ②. 할인분양은 반드시 정산 자료를 남겨 두어야 합니다.
반대로 억울한 사례도 있습니다. 정상 분양가를 전액 납부했는데도 단지 전체가 할인분양 점검 대상에 걸려 통보되는 경우입니다. 이때 자신을 방어하는 유일한 자료는 분양대금 납입 영수증, 정산서, 중도금 대출 상환 내역, 그리고 계약금부터 잔금까지의 계좌이체 내역입니다. 국세기본법 제85조의3은 장부와 증거서류를 신고기한이 지난 날부터 5년간 보존하도록 정하고 있지만, 양도소득세는 취득 시점 자료가 수십 년 뒤 필요할 수 있으므로 취득 관련 증빙은 그 자산을 처분한 후 최소 5년이 지날 때까지 별도로 보관하는 것이 안전합니다.

포인트 ③. 부과제척기간은 취득한 해가 아니라 양도한 해를 기준으로 계산됩니다.
청구인은 11년 전 일이라는 점을 반복해 강조했지만, 과세 대상은 2020년 귀속 양도소득세입니다. 제척기간은 그 신고기한을 기준으로 흐르기 때문에 취득 시점이 아무리 오래되었어도 과세가 가능합니다. 취득이 오래된 물건일수록 오히려 취득가액 검증 위험이 커진다는 점을 반대로 이해하는 분들이 많은데, 실무는 그렇지 않습니다.

포인트 ④. 환산취득가액은 마지막 수단일 뿐 선택지가 아닙니다.
소득세법 제97조는 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차 적용하도록 정하고 있습니다. 취득가액 증빙이 없으니 환산으로 하면 유리하겠다고 막연히 기대하는 분들이 있지만, 이 사건처럼 과세관청이 분양회사 자료로 실지거래가액을 확인해 버리면 환산 적용 여지는 사라집니다. 분양으로 취득한 아파트는 시행사 측 자료가 남아 있을 가능성이 높다는 점을 전제로 접근해야 합니다.

포인트 ⑤. 등기부 거래가액을 믿고 신고한 것만으로는 가산세가 면제되지 않습니다.
등기부와 부동산거래계약신고필증에 적힌 금액은 계약서를 기초로 만들어진 것이므로, 계약서 금액과 실제 지급액이 다르면 등기부 금액도 실제와 달라집니다. 심판원은 대행자를 믿었다는 사정을 정당한 사유로 보지 않았습니다. 가산세 감면을 다투려면 "믿었다"는 진술이 아니라 실제 지급액을 확인하려 했으나 확인이 불가능했음을 보여주는 객관적 자료가 필요합니다. 예컨대 시행사가 파산해 정산 자료 발급이 불가능했다는 회신, 금융기관 거래 내역 보존기간 경과 확인서 같은 것들입니다.

추가로 하나 더 짚습니다. 이 사건 계좌이체 내역에서 계약금은 분양회사가 아니라 최초 분양자로 보이는 개인 계좌로 이체된 것으로 나타납니다. 분양권을 승계하거나 명의를 변경하는 과정이 끼어 있으면 취득가액 구성이 더 복잡해집니다. 승계 취득이라면 승계 시점에 지급한 프리미엄과 승계 이후 납부한 중도금, 잔금을 모두 합쳐야 취득가액이 되며, 각 단계의 자금 증빙이 각각 필요합니다. 분양권 거래가 섞인 물건을 팔 때는 신고 전에 자금 흐름 전체를 시간순으로 정리해 두는 작업이 필수입니다.

9. 자주 묻는 질문

Q. 등기부등본에 적힌 거래가액은 법적으로 인정되는 금액이 아닌가요?

등기부에 기재된 거래가액은 실지거래가액을 짐작할 수 있는 유력한 자료이지만 절대적인 효력은 없습니다. 그 기재 자체가 매매계약서와 거래신고 내용을 기초로 만들어지기 때문입니다. 실제 자금이 오간 내역이 다르게 확인되면 소득세법 제114조 제6항에 따라 확인된 금액으로 경정됩니다. 이 사건에서 심판원이 등기부 기재만으로는 실제 지출액을 확인할 수 없다고 본 것도 같은 취지입니다.

Q. 저는 정상 분양가를 다 냈는데 할인분양 대상자로 통보되었습니다. 어떻게 대응하나요?

가장 강력한 반증은 자금 증빙입니다. 계약금, 중도금, 잔금이 각각 언제 어느 계좌로 나갔는지, 중도금 대출을 받았다면 그 대출금이 시행사로 지급되고 이후 본인이 상환했는지를 시간순으로 보여주는 자료를 준비해야 합니다. 시행사나 신탁사에 분양대금 완납 증명이나 정산 내역 발급을 요청하는 것도 방법입니다. 통보를 받았다는 사실만으로 과세가 확정되는 것은 아니므로 해명 단계에서 자료를 갖추는 것이 중요합니다.

Q. 취득 관련 서류를 다 버렸으면 취득가액을 아예 인정받지 못하나요?

서류가 없다고 취득가액이 0이 되는 것은 아닙니다. 실지거래가액을 확인할 수 없으면 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차로 적용합니다. 다만 이 순서는 납세자가 고르는 것이 아니고, 과세관청이 실지거래가액을 확인하면 그 금액이 우선합니다. 또한 은행 거래 내역, 대출 서류, 분양회사 자료 등을 통해 사후적으로 복원할 수 있는 경우가 많으므로 포기하기 전에 확인해 볼 여지가 있습니다.

Q. 같은 단지 다른 집주인들은 불복하지 않았다는 점이 제 사건에 영향을 주나요?

다른 사람의 불복 여부가 법적으로 내 사건을 구속하지는 않습니다. 다만 이 사건에서 심판원은 같은 단지 16건이 동일하게 할인 취득으로 확인되어 과세되었다는 사정을 단지 차원의 할인분양이 실제로 존재했다는 정황으로 참고했습니다. 즉 나만 예외라는 주장을 하려면 내 계약과 내 자금흐름이 다른 세대와 다르다는 점을 구체적으로 보여줄 필요가 있습니다.

Q. 등기 대행을 맡긴 법무법인이나 세무대리인의 잘못이면 가산세를 면제받을 수 있나요?

이 사건에서는 인정되지 않았습니다. 심판원은 본인이 지급한 분양대금 액수는 본인이 확인할 수 있는 사항이라고 보았습니다. 대리인의 착오나 과실을 이유로 가산세 감면을 인정받은 사례가 없지는 않지만, 납세자가 스스로 확인할 수 있었던 기초 사실에 관한 것이라면 정당한 사유로 보기 어렵습니다. 대리인에게 위임했더라도 신고서에 기재된 취득가액과 양도가액은 본인이 최종 확인하는 습관이 필요합니다.

10. 자가진단 체크리스트

• 미분양 시기에 분양받았거나 중도금 무이자, 잔금 할인, 옵션 무상 제공 같은 조건이 있었는가
• 분양계약서 금액과 실제로 통장에서 나간 금액 합계가 일치하는지 확인해 보았는가
• 취득 당시 신고한 취득세 과세표준이 분양계약서 금액과 같은가, 다르다면 그 이유를 설명할 수 있는가
• 계약금, 중도금, 잔금 이체 내역과 분양대금 납부서, 정산서를 보관하고 있는가
• 분양권을 승계 취득했다면 프리미엄 지급 증빙과 승계 이후 납부 내역이 모두 남아 있는가
• 양도세 신고서에 적은 취득가액의 근거가 계약서 한 장뿐인 상태는 아닌가
• 이미 신고를 마친 뒤 할인 사실을 알게 되었다면 수정신고 여부를 검토해 보았는가
• 세무서로부터 취득가액 확인 안내를 받은 경우, 해명 자료를 기한 내 준비할 수 있는가

위 항목 중 두 개 이상에서 확신이 서지 않는다면, 양도 계약을 하기 전 또는 신고 기한이 남아 있는 단계에서 취득 관련 자료를 먼저 정리하는 것이 좋습니다. 고지서를 받은 뒤에 자료를 찾는 것과, 신고 전에 자료를 갖추고 신고하는 것은 결과가 크게 다릅니다.

11. 정리

이 사건의 교훈은 단순합니다. 양도소득세의 취득가액은 계약서에 적힌 금액이 아니라 실제로 지급한 금액입니다. 등기부등본, 부동산거래계약신고필증, 등기 대행 영수증은 모두 계약서를 출발점으로 만들어진 서류이기 때문에, 계약서와 실제 지급액이 어긋나면 그 서류들도 함께 어긋납니다. 그리고 국세청은 시행사 측 자료와 취득세 신고 자료를 대조해 그 어긋남을 찾아냅니다.

또 하나, 가산세 방어는 생각보다 어렵습니다. 대행자를 믿었다거나 오래전 일이라 몰랐다는 사정만으로는 정당한 사유가 인정되지 않았습니다. 결국 방어의 핵심은 사후 변명이 아니라 사전 자료입니다. 분양으로 취득한 주택을 매도할 계획이 있다면, 계약서 한 장에 의존하지 말고 취득 당시 자금흐름을 미리 복원해 두시기 바랍니다. 자료가 남아 있는 상태에서의 다툼과 남아 있지 않은 상태에서의 다툼은 결론이 다를 수 있습니다.

할인분양 취득가액 문제, 분양권 승계 물건의 취득가액 계산, 이미 받은 고지서에 대한 불복 가능성 검토가 필요하시면 신고 전 또는 고지 직후 단계에서 상담하시는 것이 실익이 큽니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026소1554 (2026.7.8. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제96조, 제97조, 제114조 · 국세기본법 제2조, 제6조, 제47조, 제47조의3, 제47조의4, 제48조, 제85조의3 · 지방세법 제10조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)