농지 팔 때 계약서 금액을 잘못 적었는데 자경농지 감면까지 날아갔다면 (조심 2026소1783)

농지를 오래 직접 경작해 온 분들에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 사실상 노후 자금을 지키는 마지막 장치입니다. 8년 이상 농지 소재지에 살면서 직접 경작한 농지를 팔면 요건 범위에서 양도소득세의 100%를 감면받을 수 있기 때문에, 감면이 되면 세금이 사실상 없고 감면이 배제되면 갑자기 큰 세액이 튀어나옵니다. 이 극단적인 차이 때문에 실무에서는 감면 요건 자체보다 감면을 막는 별도의 제한 규정에 걸리는 사례가 훨씬 무섭습니다.

그 대표적인 규정이 「소득세법」 제91조 제2항과 「조세특례제한법」 제129조입니다. 토지·건물 등을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우 양도소득세의 비과세와 감면을 제한하도록 하고 있습니다. 문제는 이 조항이 실제로 어디까지 적용되는지입니다. 계약서 금액이 실제와 달랐던 사실이 한 번이라도 있으면 그것만으로 끝인지, 아니면 양도소득세 신고 단계에서 실제 금액으로 바로잡았다면 달리 볼 여지가 있는지가 이번 사건의 쟁점이었습니다.

이런 상황은 생각보다 흔하게 생깁니다

계약서 금액이 실제와 달라지는 경우는 반드시 의도적인 다운계약서 때문만은 아닙니다. 가족이나 동거인 사이에서 여러 필지를 한꺼번에 정리하다가 특정 필지만 따로 떼어 거래하기로 바뀌는 경우, 처음 합의한 총액을 그대로 옮겨 적거나 나중에 조정된 금액을 반영하지 못해 계약서와 실제 입금액이 어긋나는 일이 생깁니다. 공인중개사를 끼지 않고 당사자끼리 작성한 계약서라면 이런 오기가 걸러지지 않을 확률이 더 높습니다.

그런데 부동산 매매계약을 체결하면 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제3조에 따라 계약일부터 30일 안에 실제 거래가액을 지자체에 신고해야 합니다. 이 신고 내용은 등기부의 거래가액으로 남고, 지자체는 신고내용조사 결과를 세무서에 통보할 수 있습니다. 즉 계약서 한 장의 숫자 오기가 곧바로 과태료 문제와 양도소득세 감면 문제로 동시에 번지는 구조입니다. 이번 결정은 그 두 갈래가 어떻게 정리되는지를 보여 줍니다.

사건 경과, 시간 순서로 정리하면

청구인은 2022년 8월 12일 대구 지역의 밭 약 2,370제곱미터를 매수인에게 매도하는 계약서를 작성했습니다. 이 계약서(결정문에서 쟁점계약서①)에 적힌 거래가액은 실제 거래가액과 달랐습니다. 청구인은 2022년 9월 1일 매수인에게 소유권을 이전하고, 같은 날 관할 지자체에 그 계약서를 기준으로 부동산거래계약신고를 마쳤습니다. 그 결과 신고필증과 소유권이전등기 접수 당시 거래가액이 실제와 다른 금액으로 남게 되었습니다.

이후 청구인은 세무대리인의 조언을 듣고 거래가액을 실제 금액으로 정정한 계약서(쟁점계약서②)를 작성했습니다. 그리고 2024년 3월 18일 2022년 귀속 양도소득세를 기한후신고하면서, 정정된 계약서를 첨부하고 양도가액을 실제 거래가액으로 기재한 뒤 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지 감면을 적용해 산출세액 전액을 감면, 납부할 세액을 0원으로 신고했습니다. 이때 8년 자경을 입증하기 위해 주민등록표 초본, 농지원부, 거래자별 상품매출 집계와 상세내역, 토지대장, 2010년부터 2022년까지의 소득금액증명원까지 함께 제출했습니다.

이틀 뒤인 2024년 3월 20일, 청구인은 당초 부동산거래계약신고 때의 거래가액이 실제와 다른 허위였음을 스스로 인정하는 신고서를 지자체에 제출했습니다. 지자체는 조사기관의 조사가 시작되기 전에 자진 신고한 경우에 해당한다고 보아 「부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령」 제21조 제1항 제1호에 따라 과태료를 전액 면제했고, 2024년 5월 10일 거래금액이 정정된 신고필증을 다시 발급했습니다.

문제는 그 다음이었습니다. 지자체는 2024년 5월 8일 세무서에 '부동산 거래신고 자진신고에 따른 조사결과 거래가액 허위신고'라는 내용을 통보했고, 세무서는 이 자료를 근거로 청구인이 거래가액을 실제와 다르게 기재한 계약서를 작성했으므로 자경농지 감면을 적용받을 수 없다고 판단했습니다. 세무서는 2025년 7월 10일 무신고가산세와 납부지연가산세를 포함한 2022년 귀속 양도소득세를 경정·고지했고, 이후 청구인의 요청으로 세무사 수수료를 필요경비로 인정해 일부 금액을 감액했습니다. 청구인은 2025년 9월 16일 이의신청을 거쳐 2026년 3월 4일 심판청구를 제기했습니다.

청구인의 주장, 신고 단계에서는 거짓이 없었다

청구인의 논리는 조항의 문언을 좁게 읽는 데서 출발합니다. 조세특례제한법 제129조와 소득세법 제91조 제2항이 말하는 감면 제한은 양도소득세 신고 시 거래가액이 허위로 기재된 계약서를 첨부해 양도가액을 실제와 다르게 신고한 경우를 뜻한다는 것입니다. 청구인은 기한후신고 당시 정정 계약서를 첨부하고 실제 거래가액을 양도가액으로 적었으므로, 세금 신고와 관련해 거래가액을 실지와 다르게 기재한 사실 자체가 없다고 주장했습니다.

또한 청구인은 제재의 이중성을 지적했습니다. 계약서 작성과 거래신고 의무 위반은 국토교통부 소관이고 그에 대한 제재는 지자체의 과태료입니다. 자진신고로 과태료 감면 제도를 이용해 스스로 바로잡았는데, 세법상 감면까지 배제한다면 아무도 자진신고를 하지 않을 것이라는 취지였습니다. 나아가 세무서가 근거로 든 선행 심판례들은 모두 양도소득세 신고 자체를 허위 금액으로 한 사안이므로 자신의 경우에 그대로 원용할 수 없다고 반박했습니다. 청구인은 이 쟁점에 대해 기획재정부에 세법해석을 신청했으나 국세청으로 이관된 뒤 구체적 사실관계 조사 사항이라는 이유로 회신 대상이 아니라는 통지를 받은 상태였습니다.

과세관청의 반박, 문언대로 배제해야 한다

세무서의 입장은 단순했습니다. 조세특례제한법 제129조와 소득세법 제91조가 거래가액을 실지와 다르게 적은 경우 감면을 제한한다고 명시적으로 규정하고 있으므로, 계약서를 작성한 경위나 고의성과 무관하게 실제와 다른 계약서를 작성한 사실만으로 감면 배제 대상이 된다는 것입니다. 세무서는 유사 사안에서 감면 배제가 타당하다고 본 조심2022중7024(2023년 2월 15일) 결정을 근거로 제시했습니다.

또한 과태료 부과 여부와 세법상 감면 여부는 별개의 판단이며, 자진신고로 과태료를 면제받았다는 사정이 양도소득세 감면 요건을 충족시켜 주는 것은 아니라고 보았습니다. 비과세와 감면은 법이 정한 요건을 성실히 이행한 경우에만 예외적으로 인정되는 특례이므로, 사후에 계약서를 수정했다는 이유로 감면을 허용하면 조세행정의 신뢰성과 형평성에 맞지 않는다는 논리도 덧붙였습니다. 실제로 이 논리는 상당한 설득력이 있고, 그래서 같은 상황에서 과세가 유지되는 사례도 있습니다.

심판원의 판단과 그 법리

조세심판원은 청구 주장에 이유가 있다고 보아 처분을 전부 취소했습니다. 판단의 출발점은 감면 제도의 취지였습니다. 자경농지 감면은 농업인의 생활 안정과 농업의 계속성을 보호하기 위해 장기간 농지 소재지에 거주하면서 직접 경작한 농민의 조세 부담을 덜어 주려는 데 취지가 있다는 점을 헌법재판소 2003.11.27.자 2003헌바2 결정을 인용해 확인했습니다. 그리고 감면 요건을 충족하는 한, 이 사안에서 감면을 적용하는 것이 입법 취지에 부합한다고 보았습니다.

구체적인 논거는 네 가지로 정리됩니다. 첫째, 청구인은 부동산거래계약신고 단계에서만 실제와 다른 계약서를 제출했고 양도소득세 기한후신고 시에는 정정 계약서를 첨부해 실지거래가액을 기재했으므로, 처분청의 부과권 행사 등에 지장을 준 사실이 없다는 점입니다. 둘째, 지자체가 작성한 부동산 거래신고 검토내역에는 청구인이 매수자와 사실혼 관계에서 재산을 나누는 과정에서 다른 부동산과 함께 거래하기로 했다가 해당 토지만 거래하기로 합의하는 과정에서 거래가액의 착오로 허위신고가 이루어졌다는 취지가 기재되어 있었습니다.

셋째, 청구인이 스스로 거래가액이 실제와 다르다고 신고한 사정 등을 볼 때, 매수인이 장래 취득가액을 과다하게 계상하는 것을 방조할 목적이 아니라 단순 착오였다고 보이고, 기재상 단순 착오만을 이유로 감면을 배제하는 것은 실질과세원칙에 반한다고 보았습니다. 넷째, 「부동산 거래신고 등에 관한 법률 시행령」 제21조 제1항 제1호는 조사가 시작되기 전 자진신고한 경우 과태료를 면제해 스스로 바로잡을 기회를 부여하고 있는데, 최초 계약서를 잘못 작성했다는 이유만으로 감면을 배제하면 그 제도의 취지를 몰각시킬 우려가 있다는 것입니다. 더구나 매수인이 나중에 그 토지를 양도할 때 취득가액은 청구인이 수정신고한 진정한 거래가액을 기준으로 하게 되므로, 결과적으로 국세행정에 미치는 지장이나 교란이 있다고 보기 어렵다고 판단했습니다.

결론을 가른 지점은 어디였나

세무서가 근거로 든 선행 결정과 이 사건의 차이는 세금 신고 단계에서 무엇을 제출했는지, 그리고 누가 먼저 잘못을 꺼냈는지입니다. 감면 제한 규정은 2010년 말 개정으로 신설되어 2011년 7월 1일 이후 양도·취득분부터 적용되는데, 개정 이유는 '투명성 제고를 통한 실거래가 과세제도 정착'이었습니다. 즉 이 조항의 목적은 실거래가 과세 질서를 흔드는 행위를 막는 데 있습니다. 이번 사안은 신고 단계에서 실제 금액이 그대로 드러났고, 지자체 신고필증까지 정정되어 실거래가 과세 질서에 남은 흠이 없었습니다.

반대로 계약서 금액과 양도소득세 신고 금액이 일치하지 않은 채 신고가 그대로 굳어 버렸다면, 즉 신고 단계에서도 축소된 금액이 기준이 되었다면 결론은 달라질 가능성이 큽니다. 조사 통보를 받은 뒤에 계약서를 정정하는 것도 마찬가지입니다. 이 사건에서 청구인이 조사 개시 전에 자진신고해 과태료를 전액 면제받았다는 사실은 단순 착오라는 주장에 객관적 무게를 실어 준 결정적 정황이었습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 결정문에 없는 부분까지

포인트 ①. 순서가 결론을 만든다. 이 사건에서 감면이 살아난 이유는 정정 계약서가 양도소득세 신고서에 첨부된 상태로 세금 신고가 이루어졌고, 지자체 자진신고도 조사 개시 전에 이루어졌다는 점입니다. 반대로 세무서에서 소명 안내문이나 조사 통보를 받은 뒤에 계약서를 고치면 '사후 수습'으로 평가될 위험이 커집니다. 계약서 금액이 실제와 다르다는 사실을 알게 된 시점이 곧 행동해야 할 시점입니다.

포인트 ②. 감면 제한은 원래 '전액 배제'가 아니다. 소득세법 제91조 제2항은 감면세액과 계약서상 거래가액과 실지거래가액의 차액 중 적은 금액을 빼도록 규정합니다. 즉 조항이 적용되는 경우라 하더라도 차액이 감면세액보다 작으면 그 차액만 차감되는 구조입니다. 따라서 감면 배제 처분을 받았다면 배제 여부만 다투는 것이 아니라 차감액 계산이 조항대로 되었는지도 반드시 검증해야 합니다. 실무에서 이 계산 검증만으로 세액이 크게 줄어드는 경우가 있습니다.

포인트 ③. '착오'는 말이 아니라 기록으로 증명된다. 이 사건에서 심판원이 착오를 인정한 근거는 청구인의 진술이 아니라 지자체가 작성한 검토내역이라는 제3의 공적 기록이었습니다. 계약이 변경된 경위, 실제 대금이 오간 계좌 내역, 문자나 메신저로 남은 금액 합의 흔적, 정정 계약서 작성 시점 같은 자료가 있어야 착오 주장이 서 있습니다. 특히 공인중개사 없이 당사자끼리 작성한 계약서라면 자금 흐름 증빙의 비중이 더 커집니다.

포인트 ④. 매수인 쪽 리스크를 같이 봐야 한다. 계약서 금액을 낮게 적으면 매수인은 취득세를 덜 내고 나중에 양도할 때 취득가액이 낮아져 오히려 불리해집니다. 반대로 금액을 높게 적었다면 매수인의 취득가액이 부풀려져 장래 양도소득세가 줄어드는 효과가 생기는데, 감면 제한 규정이 겨냥하는 것이 바로 이 지점입니다. 이 사건에서 심판원이 '매수인의 취득가액 과다 계상을 방조할 목적이 아니었다'고 본 대목이 그 뜻입니다. 정정할 때는 매도인과 매수인의 신고 내용이 일치하도록 함께 정리해야 합니다.

포인트 ⑤. 감면 요건 입증은 별개의 싸움이다. 이 사건은 세무서가 8년 자경 요건 충족에 이견이 없었기에 계약서 쟁점만 다투면 됐습니다. 그러나 대부분의 실무 사건은 요건 자체에서 갈립니다. 조세특례제한법 시행령 제66조는 농지 소재 시·군·구 또는 연접 지역, 직선거리 30킬로미터 이내 거주와 상시 종사 또는 농작업의 2분의 1 이상 자기 노동력 투입을 요구하고, 사업소득금액과 총급여 합계가 연 3,700만원 이상인 과세기간은 경작기간에서 제외합니다. 근로소득이 있었던 해가 있다면 경작 연수를 다시 세어 봐야 합니다.

포인트 ⑥. 세액이 0이어도 신고는 해야 한다. 이 사건에서 세무서 고지에는 무신고가산세가 포함돼 있었습니다. 자경농지 감면은 감면신청을 전제로 하고, 감면으로 납부세액이 0원이 되더라도 양도소득세 신고 자체를 하지 않으면 무신고 상태가 됩니다. 기한 내 신고를 했다면 본세 다툼과 별개로 가산세 부담을 줄일 수 있었을 사안입니다. 농지 매도 후 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 내 예정신고 일정을 먼저 확인하시기 바랍니다.

포인트 ⑦. 가족 사이 재산 정리는 세목이 얽힌다. 이 사건의 배경은 사실혼 관계 청산 과정의 재산 정리였습니다. 부부 사이 재산 분할이라 해도 법률혼 이혼과 사실혼 해소는 세법상 취급이 같지 않을 수 있고, 무상 이전으로 평가되면 증여 문제가 함께 검토될 수 있습니다. 가족이나 동거인 사이에 부동산을 옮길 때는 양도인지 증여인지, 대금이 실제로 오갔는지를 먼저 정리한 뒤 계약서를 쓰는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

Q. 계약서 금액이 실제와 달랐다는 사실만으로 무조건 감면이 배제되나요?

법 조항의 문언만 보면 그렇게 읽힐 수 있고, 실제로 과세관청은 그렇게 처분하는 경우가 많습니다. 다만 이번 결정은 양도소득세 신고 단계에서 실지거래가액으로 신고했고, 조사 전 자진신고로 바로잡았으며 단순 착오로 보이는 사정이 확인되는 경우에는 감면 배제가 잘못이라고 판단했습니다. 결과는 사실관계와 증빙에 따라 달라지므로 일반화할 수는 없습니다.

Q. 지자체에 자진신고하면 세무서에도 알려지나요?

이 사건에서는 지자체가 자진신고에 따른 조사 결과를 세무서에 통보했습니다. 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」은 신고내용조사 결과가 다른 법률 위반으로 판단되면 관계 행정기관에 통보할 수 있도록 하고 있습니다. 따라서 자진신고는 과태료 면제라는 이득과 세무서 통보라는 결과를 동시에 가져오므로, 세금 쪽 정리와 같은 흐름으로 설계해야 합니다.

Q. 과태료가 면제되면 세금 문제도 자동으로 정리되나요?

아닙니다. 과태료는 국토교통부와 지자체 소관이고 감면 여부는 세법에 따라 별도로 판단됩니다. 이번 결정도 과태료 면제 자체를 근거로 감면을 인정한 것이 아니라, 자진 시정 기회를 부여한 제도의 취지와 실거래가 과세 질서에 실질적 지장이 없었다는 점을 함께 고려한 것입니다.

Q. 세무서가 조사를 시작한 뒤에 계약서를 정정하면 어떻게 되나요?

같은 결론을 기대하기는 어렵습니다. 이번 사안에서 착오 주장이 받아들여진 핵심 근거는 조사 개시 전 자진신고라는 시점 요소였습니다. 조사가 진행된 뒤의 정정은 시정 노력으로 평가받기보다 과세를 피하기 위한 대응으로 볼 여지가 커집니다. 통지서를 받은 뒤에는 정정보다 사실관계와 증빙 정리부터 전문가와 함께 점검하는 편이 낫습니다.

Q. 이미 감면 배제로 고지서를 받았습니다. 다툴 방법이 있나요?

고지서를 받은 날부터 90일 내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 선택해 불복할 수 있습니다. 이 사건 청구인도 이의신청을 거쳐 심판청구로 처분을 취소받았습니다. 다툴 때는 계약서 금액이 어긋난 경위, 양도소득세 신고서에 첨부한 계약서와 기재 금액, 정정 시점, 대금 흐름을 시간순으로 정리한 자료가 가장 중요합니다.

자가진단 체크리스트

• 농지 매도 계약서에 적은 금액이 실제 입금액과 정확히 일치하는지 계좌 내역과 대조해 보았습니까?
• 지자체에 신고한 거래가액과 등기부에 남은 거래가액이 양도소득세 신고서의 양도가액과 같습니까?
• 금액이 어긋난다면 조사 통보를 받기 전인지, 이미 안내문이나 조사 통보를 받은 상태인지 확인했습니까?
• 계약서 금액이 달라진 경위를 설명할 객관적 자료(변경 합의 흔적, 자금 흐름, 정정 계약서 작성 시점)가 있습니까?
• 8년 이상 자경 요건과 관련해 주민등록 이력, 농지원부, 농산물 판매 내역, 연도별 소득금액증명원을 준비했습니까?
• 경작 기간 중 사업소득금액과 총급여 합계가 연 3,700만원 이상인 해가 있는지 확인했습니까?
• 감면으로 납부세액이 0원이 되는 경우라도 예정신고 또는 확정신고와 감면신청을 기한 내에 마쳤습니까?
• 매수인 쪽 취득세 신고와 취득가액이 정정된 실제 금액과 일치하도록 함께 정리했습니까?

정리

이번 결정은 계약서 숫자 하나가 자경농지 감면 전체를 날려 버릴 수 있다는 사실과, 동시에 그 위험을 되돌릴 수 있는 좁은 길이 있다는 사실을 함께 보여 줍니다. 그 길은 세금 신고 단계에서 실제 거래가액을 정확히 신고하는 것, 그리고 조사가 시작되기 전에 스스로 거래신고를 바로잡는 것입니다. 심판원은 이 두 가지가 갖춰졌고 감면 요건도 충족된 상황에서, 최초 계약서의 기재 착오만을 이유로 감면을 배제한 처분은 실질과세원칙과 감면의 입법 취지에 어긋난다고 판단했습니다.

다만 이 결정이 모든 계약서 오기를 구제해 준다는 뜻은 결코 아닙니다. 같은 조항으로 감면이 배제되고 그 처분이 유지된 사례도 존재하며, 이번 사안에는 지자체 검토내역에 착오 경위가 기록되어 있었고 과태료가 전액 면제되었다는 유리한 정황이 겹쳐 있었습니다. 농지를 이미 팔았거나 팔 예정이라면 계약서와 거래신고, 세금 신고 세 곳의 금액이 하나로 맞아떨어지는지 지금 확인하시고, 어긋난 부분이 있다면 순서를 정해 대응하시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026소1783 (2026.7.9. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「조세특례제한법」 제129조, 「소득세법」 제91조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)