매수인이 양도세 대신 내준다고 해서 팔았는데, 그 돈까지 양도가액에 더해졌습니다 (조심 2025전4297)

"세금은 매수인이 내드릴게요"라는 말로 시작되는 분쟁

재개발이나 신축 개발이 예정된 땅과 건물을 파는 자리에서는 이런 대화가 자주 나옵니다. 매도인은 "이 가격에 팔면 양도소득세가 너무 많이 나와서 손에 남는 게 없다"라고 말하고, 매수인은 "그러면 세금은 저희가 따로 챙겨 드리겠습니다"라고 답합니다. 개발사업은 토지를 한 필지라도 확보하지 못하면 사업 자체가 멈추기 때문에, 매수인은 계약을 성사시키기 위해 매매대금 외의 추가 지급을 약속하는 경우가 적지 않습니다.

문제는 그 약속을 어떤 서류에 어떻게 남기느냐입니다. 매매계약서에는 깔끔한 금액만 적고, 추가로 줄 돈은 현금보관증이나 현금지불확약서, 각서, 차용증 같은 별도 문서로 남기는 경우가 많습니다. 매도인 입장에서는 계약서 금액이 낮아지니 양도세가 줄어들 것이라고 기대하고, 매수인 입장에서는 회계처리가 편해집니다. 이번 결정례는 바로 그 구조가 세무조사에서 어떻게 뒤집히는지를 보여줍니다.

결론부터 말하면 심판원은 청구를 전부 기각했습니다. 그런데 이 사건의 핵심은 단순히 "대납 세금도 양도가액이다"라는 원칙 확인이 아닙니다. 매도인이 조사 과정에서 스스로 작성한 확인서 한 장, 그리고 회수불능을 주장하면서도 이를 뒷받침할 자료를 내지 못한 점이 결론을 갈랐습니다. 지금 비슷한 계약을 앞두고 있거나 이미 별도 문서를 받아 둔 분이라면 반드시 확인해야 할 내용입니다.

사건 경과, 매수인이 두 번 바뀌는 동안 별도 문서가 쌓였다

청구인은 2007년 7월 대전 중구 소재 토지와 그 지상 건물의 소유권을 취득했습니다. 이후 2021년 8월 부동산개발업을 하는 한 법인(변경전양수인)과 매매계약을 체결했습니다. 계약서에는 계약금과 잔금 지급일이 정해져 있었고, 특약사항에 수기로 "건물에 대한 부가가치세는 매수인이 지불한다"는 문구가 들어갔습니다. 같은 날 매수인은 매매대금과 별도로 일정 금액을 청구인으로부터 "현금으로 차용하여 보관하였다가 반환할 것을 확약한다"는 내용의 현금보관증을 작성해 청구인에게 교부했습니다. 실제로 청구인이 돈을 빌려준 적은 없었고, 형식만 차용증인 문서였습니다.

변경전양수인은 약정한 잔금 지급기일을 넘겨서도 잔금을 마련하지 못했습니다. 그래서 2022년 4월 청구인, 변경전양수인, 그리고 같은 사람이 공동대표이사로 있던 또 다른 법인(쟁점양수인) 사이에 3자 합의가 이루어져, 새 법인이 최종 매수인이 되는 매매계약이 다시 작성되었습니다. 이 계약서 특약에는 변경전양수인이 계약에 동의한다는 내용과, 잔금 지급 지연으로 청구인이 다른 계약을 해약하게 되어 발생한 손해를 추가로 지급한다는 수기 문구도 들어갔습니다.

새 매수인 역시 기일을 지키지 못해 2022년 5월 잔금 지급시기를 다시 미루는 계약서가 한 번 더 작성되었습니다. 그리고 2022년 5월 13일 청구인은 계약서상 잔금을 받고 소유권이전등기를 넘겨주었는데, 같은 날 매수인은 아직 지급하지 못한 금액을 2주 뒤까지 지급하고 그때까지 연 15퍼센트의 금액을 추가 정산하겠다는 현금지불확약서를 작성해 청구인에게 주었습니다. 이 확약 금액에는 앞서 현금보관증에 적힌 금액이 그대로 포함되어 있었습니다.

매수인은 약속한 날에도 돈을 주지 못했습니다. 매수인 측 공동대표는 토지 소유자들에게 지연안내문을 보내 "토지를 담보로 2순위 대출을 진행 중이며 조속히 자금을 마련해 미지급 잔금을 지급하겠다"고 알렸고, 그 안내문의 미지급 내역에는 청구인에게 줄 금액이 들어 있었습니다. 청구인은 민사소송을 제기해 2024년 4월 승소 판결을 받았습니다. 판결 주문에는 매수인이 그 금액과 연 15퍼센트의 지연이자를 지급하고 가집행할 수 있다는 내용이 담겼습니다.

청구인은 계약서에 적힌 매매대금만을 양도가액으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 예정신고를 마쳤습니다. 그러나 처분청은 2025년 4월 양도소득세 조사를 실시한 뒤, 현금보관증과 현금지불확약서에 적힌 금액은 청구인이 부담할 양도소득세를 매수인이 대신 부담하기로 한 돈이므로 양도가액에 포함된다고 보아 같은 해 7월 양도가액을 증액하여 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 2025년 10월 심판청구를 제기했습니다.

청구인 주장, 계약서에 특약이 없고 한 푼도 받지 못했다

청구인의 주된 논리는 두 가지 요건론이었습니다. 소득세법 제88조 제5호는 실지거래가액을 "양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액"으로 정의하고 있고, 선행 심판결정례(조심 2010부423)와 국세청 해석사례에 따르면 양수인이 부담한 양도소득세 상당액이 양도가액에 포함되려면 첫째 매매계약에 양수인이 양도인의 양도소득세를 부담한다는 특약이 있어야 하고, 둘째 매매대금을 청산한 날까지 실제 지급이 이루어져야 한다는 것입니다.

이 사건에서는 두 요건 모두 충족되지 않는다고 청구인은 주장했습니다. 매매계약서 어디에도 양도소득세를 매수인이 부담한다는 문구가 없고, 최초 계약서 특약에 적힌 것은 건물분 부가가치세에 관한 내용일 뿐 양도소득세가 포함된다고 볼 수 없다는 것입니다. 또한 잔금청산일을 지나 심판청구 시점까지 해당 금액을 한 푼도 받지 못했고, 강제집행을 시도했으나 매수인 법인의 재산을 발견하지 못했으며 자본잠식 상태임을 감안하면 회수불능으로 소득의 실현가능성이 없다고 봐야 한다고 했습니다.

나아가 청구인은 그 금액의 성격 자체가 매매대금이 아니라고 했습니다. 현금보관증과 현금지불확약서라는 별도 문서를 지급근거로 할 뿐이고, 민사소송 판결문에도 매매계약과 별개의 약정을 원인으로 하는 채무라고 적혀 있으니 "원활한 계약 진행을 위한 지원금 및 손해배상금"이 혼재된 돈으로 봐야 한다는 취지입니다. 부동산 가치상승과 무관한 금액이므로 양도가액이 될 수 없다는 논리도 덧붙였습니다.

권리의무확정주의에 대해서도 반박했습니다. 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부와 범위에 관한 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에는 판결이 확정된 때에 권리가 확정된다는 대법원 1997.4.8. 선고 96누2200 판결을 인용하면서, 실제로 받지도 못하고 회수가능성도 없는 상태에서 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 볼 수 없다고 했습니다. 예비적으로는 판결 내용과 미지급 사실을 믿고 신고했으므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장했습니다.

과세관청 반박, 두 사람의 확인서가 목적을 말하고 있다

처분청의 논리는 문서의 형식이 아니라 거래의 실질에 있었습니다. 실지거래가액은 자산의 양도와 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말하는 것이므로, 계약서에 적힌 금액만이 양도가액이 되는 것은 아니라는 것입니다. 부동산 매매에서 양수인이 양도인의 양도소득세를 부담하기로 약정하고 부담한 양도소득세 상당액은 양도가액에 합산된다는 국세청 해석사례도 근거로 제시되었습니다.

가장 결정적인 자료는 조사 과정에서 받은 확인서였습니다. 청구인은 2025년 4월 처분청에 제출한 확인서에서 "양도소득세와 부가가치세를 매수인이 부담하는 조건으로 현금보관증의 금액을 지급받기로 하였고, 매수인이 바뀐 뒤에도 같은 조건으로 계약하면서 이를 입증하기 위해 현금지불확약서를 작성하였다"는 취지로 진술했습니다. 두 법인의 대표를 겸했던 사람도 같은 달 확인서에서 "양도소득세와 부가가치세가 많이 나와 양도할 수 없다는 매도인의 말에 따라 양도소득세를 보전하는 조건으로 현금보관증을 작성해 주었다"고 진술했습니다.

회수불능 주장에 대해서도 처분청은 조목조목 반박했습니다. 매수인 측이 조사 당시 "자금사정상 아직 지급하지 못하지만 판결대로 지급할 예정"이라고 확인했고, 매수인 법인은 해당 재개발 구역 내 부동산을 다수 소유하고 있으며, 회수가능성이 없다는 주장이 구체적이고 객관적으로 입증되지 않았다는 것입니다. 또한 민사소송 증거로 제출된 지연안내문에 해당 금액이 "미지급 잔금"으로 기재되어 있다는 점도 지적했습니다.

심판원 판단, 확인서의 증거가치는 쉽게 부인되지 않는다

심판원은 먼저 확인서의 증거력에 관한 법리를 제시했습니다. 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 거래 내용에 관한 확인서를 작성받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 내용의 미비 등으로 구체적 사실의 증명자료로 삼기 어렵다는 특별한 사정이 없는 한 그 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다는 것입니다(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 참조).

이 기준을 사건에 적용하면, 매수인이 부동산 매매와 관련하여 청구인에게 해당 금액을 지급할 의무가 있다는 사실은 현금보관증, 현금지불확약서, 민사소송 판결문으로 입증됩니다. 그리고 청구인과 매수인 측 대표가 각각 작성한 확인서로 "매수인이 청구인의 양도소득세를 대납하기 위해 그 금액의 지급을 약정하였다"는 사실이 확인되는데, 이에 반하는 다른 지급목적이 구체적이고 객관적으로 입증되지 않았다고 보았습니다. 즉 지원금이나 손해배상금이라는 주장은 말뿐이고 이를 뒷받침하는 자료가 없다는 판단입니다.

회수가능성에 대해서도 심판원은 청구인 편을 들지 않았습니다. 매수인 측이 판결대로 지급할 예정이라고 진술한 점, 청구인이 자본잠식 등을 이유로 회수가능성이 없다고 주장할 뿐 구체적이고 객관적인 자료를 제출하지 못한 점을 들어 "회수할 가능성이 없다고 단정하기 어렵다"고 정리했습니다. 결과적으로 해당 금액을 양도가액에 포함하여 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단했습니다.

여기서 짚어야 할 점이 있습니다. 청구인이 인용한 대법원 96누2200 판결은 채권의 존부와 범위에 다툼이 있어 소송으로 간 경우 판결 확정 시에 권리가 확정된다는 취지인데, 이 사건에서는 청구인이 이미 승소 판결을 받아 지급받을 권원을 확보한 상태였습니다. 소송 결과가 청구인에게 유리하게 났다는 사실 자체가 "받을 권리가 확정되었다"는 근거로 작용할 수 있는 구조였던 것입니다. 미수령 사실을 강조하는 전략이 오히려 역풍을 맞을 수 있는 지점입니다.

가산세 쟁점, 계약서에 목적을 안 쓴 것이 불리하게 읽혔다

청구인은 예비적으로 가산세만이라도 면제해 달라고 주장했습니다. 국세기본법 제48조 제1항은 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 부과하지 아니한다고 정하고 있습니다. 청구인은 민사판결이 해당 금액을 매매계약과 별개 약정에 따른 채무로 판단했고 실제로 돈을 받지도 못했으니, 그 금액을 양도가액에 넣어 신고할 것을 기대하기 어려웠다고 했습니다.

그러나 심판원은 이 주장도 받아들이지 않았습니다. 조사 당시 청구인과 매수인 측이 모두 "양도소득세를 대납할 목적의 금전이었다"는 취지의 확인서를 제출한 점을 보면, 청구인은 양도 당시부터 그 금액이 양도가액에 포함되는 성질의 돈임을 인식할 수 있었을 것으로 보인다는 것입니다. 결정문은 한 걸음 더 나아가, 청구인이 매매계약서 등 매매 관련 문서에 그 지급 목적을 기재하지 않은 이유는 양도소득세 부담을 회피하고자 한 것으로 봄이 타당해 보인다고 적었습니다.

즉 계약서에 특약을 쓰지 않은 사실은 청구인이 기대했던 것처럼 "대납 약정이 없었다"는 증거가 아니라, "목적을 숨긴 정황"으로 읽혔습니다. 가산세 감면의 정당한 사유는 납세자와 과세관청 사이에 세법 해석상 진정한 의의가 있었던 경우처럼 납세의무 이행을 기대하기 어려운 사정이 있어야 인정되는데, 이 사건에는 그런 사정이 없다고 본 것입니다.

항목별 판단 결과

표를 보면 다섯 개 항목 모두 같은 결론으로 수렴합니다. 개별 논리가 약해서 진 것이 아니라, 사실관계를 뒷받침하는 서류와 진술이 전부 과세관청 쪽에 있었다는 점이 결정적이었습니다.

실무 포인트, 이 사건에서 반드시 가져가야 할 다섯 가지

포인트 ①. 계약서에 금액을 낮춰 쓰고 차액을 별도 문서로 받는 구조는 방패가 아니다.
현금보관증, 각서, 차용증, 확약서 같은 별도 문서는 나중에 돈을 받기 위한 최소한의 근거이기는 하지만, 세무상으로는 "매매대금과 별도로 오간 돈"의 존재를 스스로 증명하는 서류가 됩니다. 이 사건에서는 실제로 빌려준 적도 없는 돈을 차용금으로 적은 현금보관증이 오히려 대가관계 입증의 출발점이 되었습니다. 서류의 제목이 무엇이든, 왜 이 돈이 오가는지를 조사관은 반드시 묻습니다.

포인트 ②. 세무조사 확인서는 조서에 가깝다.
많은 분이 조사 현장에서 "사실대로 말하면 참작해 줄 것"이라는 생각으로 확인서에 서명합니다. 그러나 대법원 2001두2560의 법리에 따르면 강제로 작성되었거나 내용이 불명확하다는 특별한 사정이 없는 한 확인서의 증거가치는 쉽게 부인되지 않습니다. 이 사건에서 청구인은 심판 단계에서 "지원금과 손해배상금이 혼재된 돈"이라고 주장을 바꿨지만, 이미 본인 확인서에 대납 조건이라고 적혀 있어 뒤집을 수 없었습니다. 확인서에 서명하기 전, 그 문장이 어떤 세목의 어떤 과세요건을 충족시키는지 검토받아야 합니다.

포인트 ③. 소득세법 제98조를 오해하면 안 된다.
소득세법 제98조 후단은 양도시기를 판단할 때 대금에서 양수자가 부담하기로 약정한 양도소득세를 제외한다고 규정합니다. 이 문장을 "양수인이 부담한 양도세는 양도가액에서 빼준다"로 읽는 분이 많습니다. 그러나 이 조항은 대금 청산일, 즉 시기 판정을 위한 규정입니다. 양도가액 산정은 제88조 제5호와 제96조에 따라 양도와 대가관계에 있는 금전 전부를 기준으로 하므로, 대납 세금 상당액은 여전히 양도가액에 들어갑니다.

포인트 ④. 회수불능을 주장하려면 주장이 아니라 자료를 내야 한다.
이 사건에서 청구인은 강제집행을 시도했으나 재산을 찾지 못했고 상대 법인이 자본잠식이라고 했습니다. 방향은 맞는 주장이었지만, 재산명시나 재산조회 결과, 집행불능조서, 재무제표, 폐업 사실 같은 객관적 자료가 심판 단계에 제시되지 않았습니다. 반대로 과세관청은 상대 법인이 그 구역 내 부동산을 다수 보유한다는 사실과 "판결대로 지급할 예정"이라는 진술을 확보했습니다. 채권의 회수불능은 서류로 증명되는 사실입니다.

포인트 ⑤. 지연이자와 위약금은 성질이 다르다는 점을 구분해 다투어야 한다.
이 사건에서 청구인이 승소한 민사판결 금액에는 대납 세금 상당액과 잔금 지체에 따른 지연이자가 함께 들어 있었습니다. 결정문이 관련 법률로 소득세법 제21조 제1항 제10호의 위약금과 배상금을 함께 인용한 것도 이런 성질 구분을 의식한 것으로 보입니다. 매매대가로 볼 금액과 계약 위반에 따른 손해배상으로 볼 금액은 과세 방식이 달라질 수 있으므로, 금액을 뭉뚱그려 하나로 다투기보다 항목을 나누어 성질과 증빙을 정리하는 것이 유리합니다.

정리하면, 이 사건의 진짜 교훈은 "대납 약정을 하지 말라"가 아닙니다. 대납 약정은 당사자끼리 자유롭게 할 수 있습니다. 다만 그 금액이 양도가액에 포함된다는 전제에서 세후 실수령액을 미리 계산하고 계약금액을 정해야 뒤늦은 경정고지와 가산세를 피할 수 있다는 것입니다. 계약 단계에서의 세액 시뮬레이션이 사후 불복보다 훨씬 저렴합니다.

자주 묻는 질문

Q. 매수인이 양도세를 내주기로 했는데 계약서에 안 적으면 안전한가요?

안전하지 않습니다. 이 사건에서 심판원은 계약서에 특약이 없다는 사실보다 당사자들의 확인서와 별도 문서, 민사판결의 내용을 중시했습니다. 오히려 계약서에 목적을 적지 않은 사정을 세금 부담을 회피하려 한 정황으로 읽었고, 이는 가산세 감면을 부정하는 근거가 되었습니다. 실질이 드러나는 자료는 계좌, 문서, 진술 등 여러 경로로 남습니다.

Q. 약속받은 돈을 실제로 받지 못했는데도 세금을 내야 하나요?

이 사건에서는 그렇게 결론이 났습니다. 소득세법은 현실적으로 돈이 들어오지 않았더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하면 소득의 실현이 있는 것으로 보는 구조를 취하고 있습니다. 다만 채권의 존부와 범위를 둘러싼 다툼이 소송으로 이어져 권리가 아직 성숙하지 않은 경우에는 다르게 볼 여지가 있으므로, 소송의 진행 상황과 판결 내용에 따라 다투는 방식이 달라져야 합니다.

Q. 상대 법인이 사실상 부도 상태면 감액받을 수 있나요?

가능성을 완전히 배제할 수는 없지만, 이 사건처럼 자료 없이 주장만 하면 받아들여지지 않습니다. 재산조회 결과, 집행불능조서, 상대방의 재무상태를 보여주는 자료, 배당 절차의 결과 등을 시간 순서로 묶어 제출해야 판단 대상이 됩니다. 상대방이 "판결대로 지급하겠다"고 진술한 사실이 있으면 회수불능 주장은 상당히 약해집니다.

Q. 건물분 부가가치세를 매수인이 부담한다는 특약도 양도가액에 포함되나요?

부가가치세와 양도소득세는 성질이 다르므로 같은 문구로 묶어 처리하면 분쟁이 생깁니다. 이 사건에서 최초 계약서 특약은 건물분 부가가치세에 관한 것이었는데, 청구인은 여기에 양도소득세가 포함된다고 볼 수 없다고 주장했고 심판원은 다른 자료로 대납 목적을 인정했습니다. 세목별로 누가 어떤 세금을 부담하는지 계약서에 분리해 명시하고, 그에 따른 세액 영향을 미리 계산하는 것이 안전합니다.

Q. 이미 신고를 마쳤는데 조사 통지를 받았습니다. 지금 무엇부터 해야 하나요?

조사 현장에서 진술하기 전에 계약서, 별도 문서, 계좌 거래내역, 소송 서류를 시간 순서로 한 번에 정리하는 일이 먼저입니다. 확인서에 서명한 뒤에는 내용을 되돌리기가 매우 어렵기 때문에, 각 문서가 어떤 과세요건과 연결되는지 검토한 상태에서 조사에 임하는 것이 좋습니다. 수정신고와 기한 후 신고, 가산세 감면 사유의 존재 여부도 이 단계에서 함께 판단해야 합니다.

자가진단 체크리스트

• 매매계약서 금액 외에 각서, 현금보관증, 확약서, 차용증으로 받기로 한 돈이 있는지 확인했습니까.
• 그 돈의 성격이 무엇인지(세금 보전, 이주 지원, 계약 지연 손해배상 등) 문서에 일관되게 적혀 있습니까.
• 대납 세금을 포함한 총 수령액을 기준으로 양도세를 계산해 보았습니까.
• 세무조사 과정에서 확인서나 진술서에 서명한 사실이 있습니까. 그 문장이 어떤 의미인지 검토받았습니까.
• 못 받은 돈이 있다면 소송, 집행, 상대방 재산 상태에 관한 자료를 시간 순서로 보관하고 있습니까.
• 지연이자와 위약금 성격의 금액을 매매대금과 구분해 정리했습니까.
• 예정신고 후 사정이 바뀐 부분이 있다면 수정신고나 경정청구 기한을 확인했습니까.

위 항목 중 두 개 이상에서 막힌다면, 조사 통지 전이라도 자료를 미리 정리해 두는 편이 낫습니다. 이 사건의 과세는 양도 후 약 3년이 지난 시점의 조사에서 시작되었습니다. 시간이 지난 뒤에는 당시 정황을 설명해 줄 사람과 서류를 모으는 일 자체가 어려워집니다.

정리

이번 결정은 "세금은 매수인이 부담한다"는 약정이 세금 자체를 없애 주지는 않는다는 점을 분명히 했습니다. 양도가액은 계약서에 적힌 숫자가 아니라 양도와 대가관계에 있는 금전 전부를 기준으로 판단되며, 별도 문서로 약정한 금액이라도 그 목적이 세금 대납으로 확인되면 양도가액에 합산됩니다. 실제로 받지 못했다는 사정 역시 그 자체만으로는 과세를 막지 못했습니다.

동시에 이 사건은 불복의 승패가 법리보다 자료에서 갈린다는 점을 보여줍니다. 청구인은 선행 심판결정례와 대법원 판결까지 인용해 논리를 세웠지만, 본인이 작성한 확인서 한 장과 회수불능 자료의 부재를 넘어서지 못했습니다. 반대로 말하면, 계약 단계에서 금액의 성격과 세부담 귀속을 정확히 설계하고 그에 맞는 증빙을 남겨 두었다면 다른 결과를 기대할 여지가 있었다는 뜻입니다.

개발사업 구역의 토지나 상가 건물을 매도하면서 매매대금 외의 지급을 약속받은 상황이라면, 계약서에 서명하기 전에 총 수령액 기준 세액과 실수령액을 먼저 계산해 보시기 바랍니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속, 증여, 양도 사안을 다루며 계약 단계의 세액 시뮬레이션부터 조사 대응까지 함께 검토해 드립니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2025전4297 (2026.4.6. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제21조(기타소득), 제88조 제5호(실지거래가액), 제96조(양도가액), 제98조(양도 또는 취득의 시기), 제100조(양도차익의 산정), 국세기본법 제48조(가산세 감면 등)

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)