공시지가로 신고한 상속 토지, 세무조사에서 국세청 감정평가로 세금이 늘었습니다 (조심 2026서1698)

공시지가로 신고했는데, 조사에서 감정평가가 나왔습니다

토지를 상속받은 분들이 가장 흔하게 겪는 일이 있습니다. 상속세 신고를 하면서 세무서에 제출한 토지 가액은 개별공시지가였는데, 몇 달 뒤 상속세 조사가 시작되고 어느 날 감정평가법인 직원이 현장에 다녀갔다는 이야기를 듣습니다. 그리고 얼마 지나지 않아 신고했던 금액과는 차원이 다른 상속세 고지서가 날아옵니다. 놀라서 세무서에 문의하면 "2개 감정기관의 감정가액 평균을 시가로 보아 결정했다"는 답변이 돌아옵니다.

납세자 입장에서는 억울합니다. 상속세법이 토지는 개별공시지가로 평가하도록 정해 두었으니 그대로 신고했을 뿐인데, 왜 나만 감정평가를 당했는지 이해가 되지 않습니다. 게다가 그 땅이 개발제한구역이거나 군사시설 보호구역처럼 온갖 규제에 묶여 있어 사실상 팔 수도 없는 땅이라면 더욱 그렇습니다. 오늘 살펴볼 조세심판원 결정례가 바로 그 상황입니다. 결론부터 말씀드리면 심판청구는 기각되었고, 그 이유 안에 앞으로 토지를 상속받게 될 분들이 반드시 알아야 할 실무 기준이 담겨 있습니다.

사건은 이렇게 진행됐습니다

피상속인은 2024년 6월 6일 사망했습니다. 상속재산에는 총 5,431제곱미터 규모의 토지가 포함되어 있었습니다. 이 땅은 도시지역 자연녹지지역에 속하면서 개발제한구역, 헬기장 반경 2킬로미터 이내의 제한보호구역, 배출시설설치제한지역, 성장관리권역, 폐기물매립시설 설치제한지역 등 여러 규제가 중첩된 농지였습니다. 토지이용계획확인서만 보아도 개발행위가 자유롭지 않은 땅이라는 점은 분명했습니다.

공동상속인은 2024년 12월 19일 상속세를 신고했습니다. 이때 토지 가액은 상증세법 제60조 제3항과 제61조 제1항이 정한 보충적 평가방법, 즉 개별공시지가를 적용했습니다. 상속개시일 전후 6개월 안에 매매나 감정 사례가 없었으니 통상적인 신고 방식이었습니다.

그런데 처분청은 2025년 8월 11일부터 10월 31일까지 피상속인에 대한 상속세 조사를 실시했습니다. 조사 과정에서 처분청은 상속개시일인 2024년 6월 6일을 가격산정기준일로 하여 2개의 감정평가법인에 감정을 의뢰했고, 감정평가서는 각각 2025년 8월 22일과 8월 25일에 작성되었습니다. 처분청은 이 두 감정가액의 평균액을 서울지방국세청 평가심의위원회에 올렸고, 위원회는 2025년 9월 25일 이 금액을 시가로 인정하는 결정을 내렸습니다.

이에 따라 처분청은 2025년 12월 3일 상속인에게 상속세를 결정하고 고지했습니다. 상속인은 불복하여 2026년 2월 26일 조세심판원에 심판청구를 제기했고, 심판원은 2026년 6월 17일 청구를 기각했습니다.

날짜를 따라가면 보이는 기한 구조

이 사건에서 가장 먼저 짚어야 할 것은 날짜입니다. 상증세법 제67조에 따라 상속세 신고기한은 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월입니다. 2024년 6월 6일 사망이었으니 신고기한은 2024년 12월 말일입니다. 그리고 상증세법 시행령 제78조 제1항은 상속세의 법정결정기한을 신고기한부터 9개월로 정하고 있습니다. 즉 이 사건에서 과세관청이 상속세를 결정할 수 있는 법정결정기한은 2025년 9월 말이 됩니다.

감정평가서 작성일이 2025년 8월 22일과 8월 25일, 평가심의위원회 심의가 2025년 9월 25일이었다는 점을 다시 보십시오. 모두 법정결정기한 안쪽입니다. 우연이 아닙니다. 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기간이 지난 뒤라도 법정결정기한까지의 기간 중에 감정 등이 있는 경우, 평가심의위원회 심의를 거쳐 그 가액을 시가로 인정할 수 있도록 하고 있습니다. 과세관청은 이 조문에 맞추어 일정을 설계한 것입니다.

여기서 일반 납세자가 놓치기 쉬운 사실이 나옵니다. 상속개시일 전후 6개월이 지났다고 해서 감정평가 위험이 끝나는 것이 아닙니다. 사망일이 속한 달의 말일부터 약 15개월 동안은 과세관청이 사후 감정을 통해 시가를 다시 잡을 수 있는 구간입니다. "신고만 하면 끝"이라고 생각하고 그 기간 동안 아무 준비도 하지 않으면, 이 사건처럼 조사 막바지에 감정가액이 등장했을 때 대응할 시간이 남지 않습니다.

상속인의 주장, 시가를 매길 수 없는 땅이라는 논리

상속인의 주장은 크게 두 갈래였습니다. 첫째, 이 토지는 애초에 시가 산정이 어려운 재산이므로 보충적 평가방법을 적용하는 것이 맞다는 것입니다. 상증세법 제60조 제1항의 시가란 불특정 다수인 사이에 자유롭고 정상적인 거래가 이루어질 때 통상 성립하는 객관적 교환가치를 뜻하는데, 개발제한구역과 군사시설 보호구역, 토지거래허가구역 등 중첩 규제를 받는 5,000제곱미터 넘는 대규모 농지는 그런 거래 자체가 성립하기 어렵다는 것입니다.

상속인은 이를 뒷받침하기 위해 국토교통부 실거래가 공개시스템의 자료를 직접 분석해 제출했습니다. 2020년부터 2025년 9월까지 인근 토지 거래 800여 건을 전수분석했더니, 이 토지와 같은 5,000제곱미터 이상 규모의 거래는 단 1건, 일정 규모 이상 고액 거래도 1건에 불과했다는 것입니다. 거래가 이 정도로 희소하면 객관적 교환가치가 형성되었다고 볼 수 없고, 과세관청이 개별공시지가를 배척하려면 그 공시지가가 현저히 부당하다는 점을 스스로 입증해야 한다고 주장했습니다.

둘째, 설령 감정가액을 볼 수 있다 하더라도 이 감정가액 자체가 현실을 반영하지 못한다는 주장이었습니다. 두 감정기관 모두 동일한 비교표준지를 선정했는데, 그 표준지는 고속도로 진출입로에 가깝고 직사각형 형상에 2차선 도로와 약 100미터가 연접해 있는 반면, 상속받은 토지는 진출입로에서 멀고 도로 사이에 배수로가 있어 접근이 어려우며 도로 연접 구간도 20미터 정도에 불과하다는 것입니다. 면적도 표준지의 두 배여서 매각 가능성이 떨어지고, 공시지가 단가 자체가 크게 차이 난다는 점도 제시했습니다. 나아가 동일 지역 동일 규제의 다른 토지들은 통상 개별공시지가로 상속세가 부과되는데 자신에게만 감정평가를 적용하는 것은 조세평등주의와 과잉금지원칙에 어긋난다고도 주장했습니다.

과세관청의 반박, 요건을 갖춘 감정가액은 시가다

처분청의 논리는 단순하면서도 견고했습니다. 첫째, 절차 요건이 모두 충족되었다는 것입니다. 감정의 가격산정기준일은 상속개시일이고, 감정평가서 작성일도 법정결정기한 안에 있으며, 2개의 감정평가법인이 평가했고, 평가심의위원회 심의까지 거쳤습니다. 상증세법 제60조 제2항과 시행령 제49조 제1항이 요구하는 요건을 하나도 빠뜨리지 않았다는 것입니다.

둘째, 상속인이 제출한 실거래가 분석에 대해 처분청은 날카로운 반격을 했습니다. 상속인 스스로 시가를 산정하기 어렵다고 보아 보충적 평가방법으로 신고해 놓고, 이제 와서 실거래가 자료로 감정가액이 과다하다고 다투는 것은 앞뒤가 맞지 않는다는 것입니다. 게다가 그 자료는 상속개시일 전후 6개월이라는 평가기간을 훨씬 넘어선 기간의 것이고, 구체적인 지번도 알 수 없어 비교대상 매매사례가액으로 쓸 수 없다고 지적했습니다.

셋째, 감정평가의 내용에 대해서도 반박했습니다. 이 감정은 감정평가법 제3조와 감정평가에 관한 규칙에 따라 가치형성요인이 유사한 표준지의 공시지가를 기준으로 시점수정, 지역요인과 개별요인 비교, 그 밖의 요인 보정을 거친 공시지가기준법으로 산출되었고, 거래사례비교법에 의한 시산가액과도 비교 검토되었다는 것입니다. 비교표준지는 직선거리 630미터 거리에 있고 같은 2차선 왕복도로에 연접하며, 개발제한구역과 제한보호구역, 배출시설설치제한지역 등 토지이용계획상 동일한 행위제한을 받는 토지이므로 선정에 오류가 없다고 했습니다. 도로 접근성이나 형상 차이는 이미 가로조건, 접근조건, 환경조건 등 개별요인 보정 단계에서 반영되었다는 취지입니다.

심판원의 판단과 그 근거 법리

심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단 근거는 세 가지로 정리됩니다.

첫째, 요건 충족입니다. 감정가액은 2개 감정기관이 평가한 가액의 평균이고 상증세법 시행령 제49조 제1항과 제2항의 요건을 충족하는 것으로 보인다고 했습니다. 시행령 제49조 제2항 제2호는 감정가액이 평가기간 안에 해당하는지를 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일 두 시점으로 판단하도록 정하고 있는데, 이 사건은 단서 조항을 적용한 사후 감정이므로 법정결정기한 내라는 점이 핵심이었습니다.

둘째, 감정결과를 존중해야 한다는 법리입니다. 심판원은 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정결과는 그 감정방법 등이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등 현저한 잘못이 없는 한 존중하여야 한다는 법리를 들면서 대법원 2014.8.20. 선고 2012다69159 판결 등을 인용했습니다. 그리고 이 사건에서는 그런 사정이 확인되지 않는다고 했습니다. 비교표준지 선정이 다소 마음에 들지 않는다거나 형상이 다르다는 정도의 지적으로는 "현저한 잘못"이라는 문턱을 넘지 못한다는 뜻입니다.

셋째, 가격변동의 특별한 사정이 없다는 점입니다. 시행령 제49조 제1항 단서는 평가기준일부터 감정 시점까지 시간의 경과나 주위환경의 변화 등을 고려해 가격변동의 특별한 사정이 없어야 사후 감정가액을 시가로 인정할 수 있게 하고 있습니다. 심판원은 2024년과 2025년 사이 이 토지의 개별공시지가 변동률이 마이너스 1.8퍼센트에서 3.2퍼센트 수준에 그쳤다는 점을 근거로, 특별한 가격변동이 없었다고 판단했습니다. 흥미로운 지점입니다. 상속인이 신고 근거로 삼았던 개별공시지가가, 정작 사후 감정가액을 정당화하는 자료로 사용된 것입니다.

항목별 판단 결과

결론을 가른 지점은 어디였나

이 사건에서 상속인의 주장은 논리 자체로는 이해할 만합니다. 실제로 개발제한구역 안의 대규모 농지는 거래가 드물고 환금성이 떨어집니다. 그런데도 졌습니다. 이유는 세 가지로 정리할 수 있습니다.

첫째, 다투는 대상을 잘못 잡았습니다. 상속인은 "이 땅은 원래 시가가 없는 땅"이라는 프레임으로 접근했지만, 상증세법은 시가로 인정되는 가액이 하나라도 있으면 보충적 평가방법을 쓸 수 없는 구조로 되어 있습니다. 감정가액이 요건을 갖추면 그 자체가 시가입니다. 따라서 다투어야 할 대상은 "시가가 없다"가 아니라 "이 감정가액에 현저한 잘못이 있다"였어야 합니다.

둘째, 감정에는 감정으로 맞서지 않았습니다. 상속인이 제출한 것은 실거래가 통계 분석 자료와 현장 사진이었습니다. 성실한 자료지만, 감정평가라는 전문 영역의 결론을 뒤집을 만한 성격은 아닙니다. 심판원이 인용한 대법원 법리는 감정결과의 신뢰성을 강하게 보호합니다. 이 방어막을 뚫으려면 같은 무게의 자료, 즉 공신력 있는 감정기관이 작성한 반대 감정평가서나 감정평가 실무기준 위반을 구체적으로 지적한 전문가 검토의견이 필요합니다.

셋째, 스스로의 신고가 발목을 잡았습니다. 보충적 평가방법으로 신고한다는 것은 곧 시가 산정이 어렵다는 판단을 스스로 내렸다는 뜻입니다. 처분청은 이 점을 지적하며 실거래가 자료의 증거력을 부인했고, 심판원도 이를 뒤집지 않았습니다. 신고 단계의 선택이 불복 단계의 논거를 제약한 사례입니다.

실무 포인트, 지금 무엇을 해야 하나

포인트 ①. 토지와 비주거용 부동산은 사후 감정 가능성을 전제로 신고 전략을 짜야 합니다.
아파트처럼 유사매매사례가액이 풍부한 재산은 시가 논란이 적습니다. 문제는 나대지, 농지, 임야, 상가건물처럼 거래가 드물어 공시가격과 실제 가치의 차이가 큰 재산입니다. 이런 재산을 보충적 평가액 그대로 신고하면 조사 과정에서 감정평가가 붙을 가능성을 항상 염두에 두어야 합니다. 신고 전에 개략적인 시세와 공시가격의 격차가 어느 정도인지부터 확인하십시오.

포인트 ②. 사망일이 속한 달의 말일부터 약 15개월이 위험 구간입니다.
신고기한 6개월에 법정결정기한 9개월을 더한 기간입니다. 이 기간에는 과세관청이 상속개시일을 가격산정기준일로 삼아 사후 감정을 진행할 수 있습니다. 신고서를 제출했다고 사건이 종결된 것이 아닙니다. 특히 조사 통지를 받았다면 즉시 대상 부동산의 감정 가능성을 점검하고, 필요한 자료를 미리 정리해 두어야 합니다.

포인트 ③. 납세자가 먼저 감정을 받는 선택지를 진지하게 검토하십시오.
상증세법 제60조 제5항과 시행령 제49조는 납세자가 둘 이상의 감정기관에 의뢰해 받은 감정가액도 시가로 인정하고 있습니다. 일정 금액 이하 부동산은 하나의 감정기관으로도 가능합니다. 신고 단계에서 감정가액으로 신고하면 예측 가능성이 생기고, 나중에 과세관청 감정가액으로 한꺼번에 추징당하는 상황을 줄일 수 있습니다. 다만 감정평가 수수료가 들고 신고세액이 늘어날 수 있으므로, 반드시 사전에 비교 계산을 해야 합니다.

포인트 ④. 감정가액이 높아지는 것이 항상 손해는 아닙니다.
상속재산 평가액은 훗날 그 부동산을 양도할 때 취득가액이 됩니다. 공시지가로 낮게 평가해 두면 당장 상속세는 줄지만, 나중에 팔 때 양도차익이 커져 양도소득세가 늘어납니다. 상속공제 범위 안에 있어 상속세 부담이 크지 않은 경우라면, 오히려 감정평가로 평가액을 현실화하는 편이 전체 세부담 측면에서 유리할 수 있습니다. 상속세 실효세율과 예상 양도세율, 보유 예정 기간을 함께 놓고 판단해야 합니다.

포인트 ⑤. 감정가액을 다투려면 준비물이 정해져 있습니다.
대법원 법리가 요구하는 문턱은 "감정방법이 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등 현저한 잘못"입니다. 실무적으로 이를 노려볼 만한 지점은 평가기준일 현재의 원형대로 감정하지 않은 경우, 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 평가한 경우, 두 감정가액 사이의 편차가 비정상적으로 큰 경우, 현황과 명백히 다른 이용상황을 전제한 경우 등입니다. 단순히 비교표준지가 더 좋은 땅이라는 인상론은 통하지 않습니다. 감정평가서 전문을 확보해 산출 근거를 한 줄씩 검증하는 작업이 출발점입니다.

포인트 ⑥. 평가심의위원회 심의는 납세자도 신청할 수 있습니다.
시행령 제49조 제1항 단서는 심의 신청 주체로 납세자와 지방국세청장, 관할세무서장을 함께 규정하고 있습니다. 즉 평가기간을 벗어난 감정이나 매매 사례라도 납세자에게 유리한 경우라면 심의를 통해 시가로 인정받는 길이 열려 있습니다. 과세관청만 쓸 수 있는 무기가 아니라는 점을 기억하십시오.

포인트 ⑦. 공시지가 추이는 양날의 검입니다.
이 사건에서 심판원은 개별공시지가 변동률이 작다는 점을 사후 감정을 인정하는 근거로 삼았습니다. 반대로 말하면, 평가기준일과 감정 시점 사이에 용도지역 변경, 개발계획 발표, 도로 개설 같은 객관적인 가격변동 사유가 있었다면 그 자체가 사후 감정을 배제할 수 있는 논거가 됩니다. 이런 사정이 있다면 반드시 시간 순서대로 자료를 정리해 제출해야 합니다.

자주 묻는 질문

Q. 개별공시지가로 신고하면 무조건 감정평가 대상이 되나요?

그렇지는 않습니다. 다만 실무에서는 신고가액과 추정되는 시가의 차이가 큰 토지나 비주거용 부동산이 사후 감정 대상으로 선정되는 경우가 상대적으로 많습니다. 규모가 크거나 개발 여지가 있는 토지, 상가건물 등은 가능성이 더 높다고 보고 대비하는 편이 안전합니다.

Q. 상속세를 신고한 뒤에도 국세청이 감정평가를 할 수 있나요?

가능합니다. 상증세법 시행령 제49조 제1항 단서에 따라 평가기간이 지난 뒤라도 법정결정기한까지의 기간 중 감정이 있으면 평가심의위원회 심의를 거쳐 시가로 인정할 수 있습니다. 상속세의 법정결정기한은 신고기한부터 9개월이므로, 사망일이 속한 달의 말일부터 약 15개월이 해당 구간입니다.

Q. 개발제한구역이라 팔 수도 없는 땅인데 왜 시가가 인정되나요?

거래가 드물다는 사정은 감정평가 단계에서 개별요인이나 그 밖의 요인 보정으로 반영되는 것이지, 시가 자체를 부정하는 근거가 되지는 않는다는 것이 이 사건 심판원의 판단입니다. 규제 때문에 가치가 낮다고 다투려면, 그 규제가 감정평가서에서 어떻게 반영되었는지를 구체적으로 짚어야 합니다.

Q. 감정가액이 부당하다고 다투려면 무엇을 준비해야 하나요?

우선 과세관청이 근거로 삼은 감정평가서 전문을 확보해야 합니다. 그 다음 비교표준지 선정, 시점수정, 지역요인과 개별요인 비교, 그 밖의 요인 보정의 각 단계에서 감정평가 관련 기준에 어긋난 부분이 있는지 검증합니다. 실질적인 다툼을 위해서는 공신력 있는 감정기관의 반대 감정이나 전문가 검토의견처럼 같은 무게의 자료가 필요합니다.

Q. 두 감정기관의 평가액 차이가 크면 문제 삼을 수 있나요?

상증세법 제60조 제5항은 한 감정기관의 감정가액이 다른 감정기관 감정가액의 100분의 80에 미달하는 등 일정한 사유가 있으면 시가불인정 감정기관으로 지정할 수 있도록 정하고 있습니다. 편차가 비정상적으로 크다면 그 자체가 검토 대상이 될 수 있으므로, 두 감정평가서를 나란히 놓고 비교해 보는 것이 좋습니다.

자가진단 체크리스트

• 상속재산에 나대지, 농지, 임야, 상가건물처럼 거래 사례가 드문 부동산이 포함되어 있습니까?
• 그 부동산의 공시가격과 인근 실제 거래 수준 사이에 큰 차이가 있다고 느끼십니까?
• 사망일이 속한 달의 말일부터 15개월이 아직 지나지 않았습니까?
• 상속세 조사 통지를 받았거나, 감정평가법인의 현장 방문이 있었습니까?
• 신고할 때 보충적 평가방법을 쓸지, 감정평가를 받아 신고할지 비교 계산을 해 보았습니까?
• 해당 부동산을 가까운 시일 내에 처분할 계획이 있어 취득가액 문제까지 고려해야 합니까?
• 과세관청이 근거로 삼은 감정평가서 전문을 받아 보았습니까?
• 평가기준일 이후 용도지역 변경, 개발계획 발표 등 가격변동 사유가 있었습니까?
• 상속인 사이에 협의분할이 끝나지 않아 평가액 변동이 세부담 배분에 영향을 줍니까?

정리

이 결정례가 전하는 메시지는 분명합니다. 상속세에서 토지 평가는 공시지가로 신고하면 끝나는 절차가 아니라, 법정결정기한까지 이어지는 과정이라는 점입니다. 과세관청은 요건을 갖춘 사후 감정으로 시가를 다시 잡을 수 있고, 그 감정결과는 현저한 잘못이 없는 한 존중받습니다. 규제가 많아 팔기 어려운 땅이라는 사정만으로는 이 흐름을 되돌리기 어렵습니다.

따라서 대응의 무게중심은 불복 단계가 아니라 신고 단계에 있어야 합니다. 상속받은 부동산의 성격을 먼저 분류하고, 감정평가를 받아 신고했을 때와 보충적 평가액으로 신고했을 때의 세부담을 상속세와 장래 양도소득세까지 포함해 비교한 다음, 어느 쪽이 전체적으로 합리적인지 판단하는 것이 순서입니다. 이미 조사가 시작되었거나 감정가액을 근거로 한 고지서를 받았다면, 감정평가서 전문을 확보해 산출 근거를 검증하는 일부터 시작하시기 바랍니다. 개별 사안은 토지의 위치와 규제, 감정평가서의 내용에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 구체적인 판단은 전문가와 함께 하시는 것이 좋습니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026서1698 (2026.6.17. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「상속세 및 증여세법」 제60조, 제61조, 제67조 · 같은 법 시행령 제49조, 제78조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)