농지 대토로 양도세 전액 감면받았는데, 3년 뒤 근로소득 때문에 추징됐습니다 (조심 2025인4378)

농지를 팔고 다른 농지를 사면 양도소득세를 전액 감면받을 수 있다는 이야기를 듣고 실제로 감면 신고까지 마친 분들이 많습니다. 조세특례제한법 제70조의 농지대토 감면입니다. 그런데 이 감면은 신고를 마친 시점에 모든 것이 끝나는 제도가 아닙니다. 새로 산 농지를 계속 경작해서 종전농지 경작기간과 합쳐 8년을 채워야 비로소 감면이 확정됩니다. 그 8년이 완성되기 전에 다른 일로 소득이 늘어나면, 이미 받은 감면세액이 그대로 추징됩니다.

이번에 살펴볼 사건은 바로 그 지점에서 다툼이 벌어졌습니다. 청구인은 논을 팔고 두 달 뒤 더 넓은 논을 취득했고, 예정신고 때 양도소득세를 전액 감면받았습니다. 그런데 감면 신고 후 3년이 지난 해에 근로소득 총급여액이 기준선을 넘었고, 과세관청은 사후검증을 통해 이를 확인한 뒤 감면을 배제하고 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 "자경 8년 요건은 이미 채웠다", "소득요건은 월별로 계산해야 한다"고 주장했지만 조세심판원은 청구를 기각했습니다.

왜 이런 일이 반복되는가

농지 관련 양도소득세 감면은 크게 두 가지입니다. 8년 이상 직접 경작한 농지를 파는 경우의 자경농지 감면(조특법 제69조)과, 경작상 필요로 농지를 갈아타는 경우의 농지대토 감면(조특법 제70조)입니다. 자경농지 감면은 양도 시점까지 이미 8년이 완성되어 있는지를 보는 구조인 반면, 농지대토 감면은 양도 시점에는 종전농지 경작기간이 4년 이상이면 일단 감면을 신청할 수 있고, 그 뒤 새 농지를 경작해서 합산 8년을 만들어야 합니다. 즉 미래에 완성될 요건을 믿고 미리 감면을 주는 구조입니다.

그래서 농지대토 감면에는 사후관리 조항이 붙어 있습니다. 조특법 제70조 제4항은 감면을 적용받은 거주자에게 대통령령으로 정하는 사유가 발생해 요건을 충족하지 못하게 되면, 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하라고 정하고 있습니다. 그리고 같은 법 시행령 제67조 제10항 제4호는 그 사유 중 하나로 "새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우"를 들고 있습니다. 여기서 제66조 제14항이 바로 소득기준입니다.

2020년 2월 11일 개정된 조특법 시행령 제66조 제14항은, 경작기간 중 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간이 있으면 그 기간은 경작한 기간에서 제외한다고 규정합니다. 농업·임업소득, 부동산임대소득, 농가부업소득은 합계에서 빠지고, 사업소득금액이 음수이면 0으로 봅니다. 자경농민 지원이라는 제도 취지에 맞게, 농사 밖에서 일정 수준 이상의 소득을 얻는 사람에게는 감면 혜택을 주지 않겠다는 것입니다. 문제는 많은 납세자가 이 조항이 대토감면의 사후관리에도 그대로 준용된다는 사실을 모른 채 신고를 마친다는 점입니다.

사건 경과, 시간 순서로

청구인은 2016년 1월 경기 김포에 있는 논(면적 2,995㎡)을 매매로 취득했습니다. 이 농지가 종전농지입니다. 그리고 2021년 3월 이 종전농지를 매매로 양도했습니다. 취득일부터 양도일까지 종전농지 경작기간은 약 5년 3개월입니다. 대토감면에서 요구하는 "4년 이상 종전 농지소재지에 거주하면서 경작" 요건은 충족한 상태였습니다.

청구인은 2021년 5월 양도소득세 예정신고를 하면서 조특법 제70조에 따라 양도소득세가 전액 감면되는 것으로 신고했습니다. 그리고 2021년 6월, 같은 김포시 내에 새로운 논(면적 3,989㎡)을 취득했습니다. 종전농지 양도일부터 1년 내 취득, 새로 취득한 농지 면적이 양도한 농지 면적의 3분의 2 이상이라는 요건은 형식상 문제가 없었습니다.

그런데 여기서 결정적인 사실관계가 하나 있습니다. 대토농지 매매계약서에는 "기존 소유자가 대토농지를 2021년 12월 31일까지 경작한다"는 내용이 기재되어 있었습니다. 즉 청구인은 2021년 6월에 소유권은 확보했지만, 그 해 연말까지는 매도인이 경작을 이어갔습니다. 이에 따라 청구인의 대토농지 경작 개시일은 2022년 1월 1일로 확정되었습니다.

이후 청구인은 2022년과 2023년에 대토농지를 경작했습니다. 국세청 전산자료에 따르면 청구인은 2006년 이후 사업자등록을 한 내역이 없었으나, 2024년 귀속 근로소득이 소득기준선 이상인 것으로 확인되었습니다. 과세관청은 감면신청에 대한 사후검증 과정에서 이 사실을 포착했고, 2025년 8월 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 2025년 10월 심판청구를 제기했습니다.

여기서 숫자를 정리해 보면 사건의 구조가 선명해집니다. 종전농지 경작기간 5년 3개월에 대토농지 경작기간 2년(2022년, 2023년)을 더하면 7년 3개월입니다. 8년까지 약 9개월이 남았고, 그 9개월은 2024년 안에 채워질 예정이었습니다. 그런데 바로 그 2024년의 총급여가 기준을 넘었습니다. 2024년 과세기간 전체가 경작기간에서 빠지면 합산 경작기간은 7년 3개월에서 더 늘지 않고, 8년 요건은 영구히 미달 상태가 됩니다.

청구인의 주장

청구인의 주장은 크게 두 가지였습니다. 첫째, 대토감면을 받기 위한 자경기간 8년 요건은 이미 충족했으므로, 자경기간 요건을 충족한 해의 연간 총소득 기준을 초과했다는 이유로 감면을 배제하는 것은 부당하다는 것입니다. 8년이라는 실질적인 경작 노력은 다 했는데 마지막 해의 급여 때문에 전부를 빼앗는 것은 지나치다는 취지입니다.

둘째, 소득요건 기준은 월별로 계산되어야 한다는 주장입니다. 연간 총급여가 기준을 넘었다 해도 8년이 완성된 시점까지의 소득만 안분해서 따져야 한다는 논리입니다. 실제로 청구인 입장에서는 2024년 초부터 몇 개월 만에 8년이 채워졌으니, 그 몇 개월 동안의 급여만 보면 기준에 미달할 수 있다고 생각한 것으로 보입니다. 감면요건이 충족되는 순간까지의 상태를 기준으로 판단해 달라는 요청이었습니다.

이 주장은 감정적으로는 이해되는 부분이 있습니다. 종전농지를 5년 넘게 경작하고 대토농지도 2년을 경작했으니 실제 농사를 지은 기간이 짧지 않았고, 8년까지 남은 기간도 1년이 채 되지 않았습니다. 그러나 조세특례 규정은 문언과 입법취지에 따라 엄격하게 해석되는 것이 원칙이고, 소득세법의 기간과세 구조와도 맞아야 합니다.

과세관청의 반박 논리

처분청의 논리는 명확했습니다. 대토농지의 경작을 개시한 후 종전농지 경작기간(2016년부터 2020년까지의 기간)과 대토농지 경작기간(2022년, 2023년)을 합산하여 8년이 지나기 전인 2024년에 청구인의 총 근로소득 합계액이 기준금액 이상이므로, 대토농지를 계속하여 경작한 것으로 볼 수 없다는 것입니다. 따라서 대토감면의 경작기간 요건을 충족하지 못했고, 감면은 배제되어야 한다는 결론입니다.

월별 계산 주장에 대해서는 소득세법 제5조 제1항을 들었습니다. 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다고 명시되어 있으므로, 자경기간과 소득금액의 계산을 연간이 아닌 월간으로 해야 한다는 주장은 법 규정에 반한다는 것입니다. 소득세법은 사망이나 국외이전으로 비거주자가 되는 경우에만 예외적으로 과세기간을 단축하고, 그 밖에는 1년 단위 과세를 원칙으로 합니다.

실무적으로 보면 처분청의 접근이 훨씬 단순합니다. 근로소득 지급명세서와 사업소득 신고자료는 모두 과세기간 단위로 국세청에 집계되어 있습니다. 월별로 얼마를 벌었는지를 감면요건 판단에 끌어들이면, 모든 납세자에 대해 월 단위 소득 검증을 해야 하고 기준 판단도 사람마다 달라집니다. 조문이 "과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작한 기간에서 제외한다"고 쓴 이상, 그 단위는 과세기간입니다.

심판원의 판단과 그 법리

조세심판원은 청구인의 주장을 받아들이지 않고 심판청구를 기각했습니다. 판단의 근거는 세 겹으로 정리됩니다.

첫째, 문언 해석입니다. 조특법 시행령 제66조 제14항은 "총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간이 있는 경우에는 그 기간을 경작한 기간에서 제외"하도록 규정하고 있는데, 여기서 말하는 '그 기간'이란 '총급여액이 기준금액 이상인 과세기간' 전체를 지칭하는 것으로 해석함이 타당하다고 보았습니다. '그 기간'을 "기준을 넘긴 시점 이후의 일부 기간"이나 "월 단위로 안분한 기간"으로 읽을 여지는 없다는 것입니다.

둘째, 입법취지입니다. 이 조문은 자경농민에 대한 지원 취지에 맞도록 소득기준을 신설하여 감면요건을 보완한 것이고, 일정 소득 이상의 소득자는 양도소득세 감면을 배제하려는 목적을 가진 규정으로 보인다고 판단했습니다. 농사 외 소득이 일정 수준을 넘는 사람은 조문이 상정한 지원 대상이 아니라는 뜻입니다.

셋째, 기간과세 원칙입니다. 어느 한 과세기간의 총급여액이 기준금액 이상인 경우에는 그 전체 과세기간을 경작한 기간에서 제외하는 것이, 기간과세를 원칙으로 하는 소득세법령상 타당하다고 보았습니다. 심판원은 같은 취지의 선례로 조심 2018전3639(2018.12.7.) 결정을 인용했습니다. 즉 이 쟁점은 이미 한 번 정리된 논점이고, 이번 결정은 그 기준을 재확인한 것입니다.

결과적으로 처분청이 조특법 제70조와 같은 법 시행령 제67조에 따른 자경기간 8년 이상 요건을 충족하지 않았다고 보아 감면을 배제하고 양도소득세를 부과한 당초 처분에는 잘못이 없다고 판단되었습니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 청구인이 제기한 모든 항목이 받아들여지지 않았습니다. 다만 여기서 놓치지 말아야 할 것은, 심판원이 청구인이 실제로 농사를 짓지 않았다고 본 것은 아니라는 점입니다. 실제 경작 여부와 별개로, 소득기준을 넘긴 과세기간은 법령이 아예 경작기간에서 빼도록 정하고 있기 때문에 결론이 이렇게 된 것입니다. 이것이 이 조항의 무서운 점입니다.

결론을 가른 진짜 지점, 경작 개시일

이 사건에서 가장 중요한 실무적 포인트는 대토농지 경작 개시일이 2022년 1월 1일이 되었다는 사실입니다. 청구인은 2021년 6월에 대토농지를 취득했지만, 매매계약서에 매도인이 그 해 말까지 경작한다는 문구를 넣었습니다. 농촌에서는 파는 사람이 그 해 수확까지 마치고 넘기는 관행이 흔하고, 계약 당시에는 아무 문제 없는 조건처럼 보입니다. 그러나 세법상 대토농지의 경작기간은 매수인이 직접 경작을 개시한 날부터 계산됩니다.

이 차이가 어떤 결과를 낳았는지 계산해 보면 이렇습니다. 종전농지 경작기간이 5년 3개월이므로, 8년을 채우려면 대토농지에서 2년 9개월을 더 경작해야 합니다. 경작 개시일이 2022년 1월 1일이면 8년 완성 시점은 2024년 하반기에 걸립니다. 즉 2024년이 8년 완성의 마지막 해가 되고, 그 해의 소득이 사후관리 판정의 사정권에 들어옵니다. 그런데 만약 종전농지 양도 직후 곧바로 대토농지를 취득해 경작을 개시했다면 8년 완성 시점이 2023년 안으로 들어와, 2024년 소득은 애초에 문제가 되지 않았을 가능성이 있습니다.

정리하면 이렇습니다. 농지대토 감면에서 경작 개시일이 늦어질수록 사후관리 기간이 길어지고, 소득기준에 걸릴 확률이 높아집니다. 계약서에 "전 소유자가 언제까지 경작한다"는 한 줄을 넣는 순간 감면 확정 시점이 1년 가까이 밀릴 수 있습니다. 농지대토를 계획하는 분이라면, 계약서 문구를 쓰기 전에 8년 완성 시점을 먼저 계산해 보아야 합니다.

실무 포인트 여섯 가지

포인트 ①. 감면은 신고로 끝나지 않고 8년으로 끝난다. 농지대토 감면은 예정신고 때 전액 감면을 받더라도, 종전농지와 대토농지 경작기간 합계가 8년이 될 때까지 요건이 살아 있습니다. 감면세액이 클수록 사후관리 기간 동안의 위험도 큽니다. 감면 신고를 한 해부터 8년 완성 예정 연도까지를 달력에 표시해 두고 관리해야 합니다.

포인트 ②. 8년 완성 예정 연도의 소득을 미리 계산한다. 소득기준은 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인지로 판단합니다. 이 합계에는 농업·임업소득, 부동산임대소득, 농가부업소득이 들어가지 않으며, 사업소득금액이 음수이면 0으로 봅니다. 근로소득이 있는 분은 연봉 인상, 성과급, 상여, 여러 직장의 급여 합산으로 예상보다 쉽게 기준을 넘을 수 있으므로, 연말 이전에 총급여 예상액을 확인하는 것이 좋습니다.

포인트 ③. 한 해라도 넘기면 그 해 전체가 사라진다. 이 사건의 핵심 법리입니다. 기준을 초과한 과세기간은 초과한 달부터가 아니라 1월 1일부터 12월 31일까지 전체가 경작기간에서 빠집니다. 8년 완성이 임박한 해에 소득이 늘어나면, 남은 기간을 채울 수단이 사라져 요건 미달이 확정될 수 있습니다.

포인트 ④. 계약서 문구가 경작 개시일을 만든다. 대토농지 계약서에 전 소유자의 경작 기간이 기재되어 있으면, 그 기간은 매수인의 경작기간으로 인정되지 않습니다. 반대로 매수인이 실제로 언제부터 경작했는지를 뒷받침하는 증빙, 예컨대 농지원부나 농업경영체 등록, 종자와 비료 구입 자료, 농약·농기계 임차 자료, 수확물 판매자료 등은 경작 개시일을 앞당겨 입증하는 수단이 됩니다.

포인트 ⑤. 사후검증은 몇 년 뒤에 온다. 이 사건에서 감면 신고는 2021년, 추징 고지는 2025년입니다. 근로소득 지급명세서와 사업소득 신고자료는 국세청 전산에 그대로 쌓이므로, 시간이 지난다고 해서 문제가 사라지지 않습니다. 오히려 시간이 지나 고지되면 본세에 가산세까지 얹혀 부담이 커집니다.

포인트 ⑥. 요건 미달을 알게 되면 자발적 납부 규정을 검토한다. 조특법 제70조 제4항은 요건을 충족하지 못하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하도록 정하고 있습니다. 이미 요건 미달이 명백해진 상황이라면, 조사나 사후검증을 기다리기보다 기한 내 자발적으로 정리하는 방안을 세무 전문가와 함께 검토하는 것이 부담을 줄이는 방향일 수 있습니다.

자경농지 감면과 비교해서 보면

같은 소득기준(조특법 시행령 제66조 제14항)은 자경농지 감면(조특법 제69조)에도 적용됩니다. 다만 구조가 다릅니다. 자경농지 감면은 양도 전 과거의 경작기간을 따지므로, 과거에 소득이 많았던 해가 있으면 그 해를 빼고도 8년이 남는지를 계산하면 됩니다. 이미 지나간 사실이어서 미리 계산이 가능합니다.

반면 농지대토 감면은 양도 이후 미래의 경작기간까지 봐야 하므로, 신고 시점에는 결과를 알 수 없습니다. 앞으로 몇 년간 급여가 오를지, 사업을 시작할지, 직장을 옮길지가 감면의 운명을 결정합니다. 그래서 농지대토 감면은 자경농지 감면보다 사후 추징 위험이 구조적으로 큽니다. 겸업 농민, 직장을 다니면서 농사를 짓는 분이라면 감면 선택 자체를 신중하게 판단해야 합니다.

또한 이 소득기준은 2020년 2월 11일 개정 시행령으로 신설되었고, 부칙에 따라 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용되며 그 이전 과세기간분에는 종전 규정이 적용됩니다. 따라서 오래전부터 경작해 온 분들의 과거 연도에는 소득기준이 적용되지 않는 구간이 있을 수 있습니다. 경작기간 계산은 연도별로 나누어 따져야 하며, 어느 해가 제외 대상인지에 따라 결론이 달라집니다.

자주 묻는 질문

Q. 8년이 되기 전 해에 급여가 기준을 넘었는데, 그 다음 해에 소득이 줄면 다시 채울 수 있습니까?

시행령 제67조 제6항은 대토농지 경작기간을 계산할 때, 종전농지와 대토농지 경작기간을 합산해 8년이 지나기 전에 소득기준 초과 기간이 있으면 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다고 규정합니다. 즉 단순히 그 해만 빠지는 것을 넘어 '계속 경작' 자체가 부정되는 구조입니다. 이후 소득이 줄어도 이미 발생한 추징 사유가 자동으로 치유되지는 않으므로, 개별 사실관계에 따른 검토가 필요합니다.

Q. 총급여 3,700만원은 세전 금액입니까?

소득세법 제20조 제2항에 따른 총급여액을 기준으로 하므로, 근로소득공제를 하기 전의 금액입니다. 여기에 사업소득금액을 더한 합계로 판정하며, 농업·임업소득과 부동산임대소득, 농가부업소득은 제외합니다. 실제 수령액(세후)이 아니라 원천징수영수증상 총급여를 기준으로 본다는 점에 주의해야 합니다.

Q. 급여가 아니라 사업을 하는 경우는 어떻게 보나요?

시행령 제66조 제14항 제1호는 사업소득금액과 총급여액의 합계액 기준을, 제2호는 사업소득 총수입금액이 소득세법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간 기준을 각각 정하고 있습니다. 즉 소득금액이 적어도 총수입금액(매출)이 크면 별도 기준으로 경작기간에서 제외될 수 있습니다. 사업을 병행하는 분은 두 기준을 함께 확인해야 합니다.

Q. 대토농지를 취득한 뒤 전 소유자가 그 해까지 농사를 짓는 것이 왜 문제가 되나요?

감면 요건은 매수인이 새로운 농지소재지에 거주하면서 직접 경작을 개시한 기간을 기준으로 계산합니다. 전 소유자가 경작한 기간은 매수인의 경작기간이 아니므로, 그만큼 8년 완성 시점이 뒤로 밀립니다. 이 사건에서는 계약서 문구가 경작 개시일을 다음 해 1월 1일로 확정시키는 근거가 되었습니다.

Q. 실제로 성실하게 농사를 지었다는 점을 증명하면 구제받을 수 있습니까?

이 사건에서 심판원은 실제 경작 여부를 부정한 것이 아니라, 법령이 정한 소득기준 초과 연도를 경작기간에서 제외한 결과 요건이 미달한다고 판단했습니다. 따라서 경작 사실 입증만으로는 소득기준 문제를 넘기 어렵습니다. 다만 경작 개시일이나 경작 연도의 인정 범위 자체를 다툴 여지가 있는 사안이라면, 증빙 정리가 결론에 영향을 줄 수 있습니다.

자가진단 체크리스트

• 농지대토 감면으로 양도소득세를 감면받은 뒤, 종전농지와 대토농지 경작기간 합계가 8년에 도달했는지 확인했습니까?
• 8년이 완성되는 연도가 몇 년인지 월 단위로 계산해 보았습니까?
• 그 8년 완성 예정 연도까지 각 해의 총급여액과 사업소득금액 합계가 3,700만원 미만인지 점검했습니까?
• 사업을 하고 있다면 소득금액 외에 총수입금액 기준도 함께 확인했습니까?
• 대토농지 매매계약서에 전 소유자의 경작 관련 문구가 들어가 있지 않습니까?
• 대토농지의 실제 경작 개시일을 뒷받침할 농업경영체 등록, 자재 구입, 수확물 판매 등의 자료를 보관하고 있습니까?
• 여러 직장에서 급여를 받거나 이직한 해가 있어 합산 총급여가 예상보다 커지지 않았습니까?
• 이미 요건 미달이 예상된다면, 조특법 제70조 제4항의 기한 내 납부 규정을 검토해 보았습니까?

정리

이 결정이 남기는 메시지는 분명합니다. 농지대토 감면은 양도소득세를 전액 면제받을 수 있는 강력한 제도인 동시에, 8년이라는 긴 사후관리 기간을 안고 가는 제도라는 것입니다. 감면 신고 당시에는 아무 문제가 없어 보였지만, 3년 뒤 급여가 기준을 넘은 것만으로 감면 전체가 무너졌습니다. 그리고 소득기준은 월별로 안분되지 않고 과세기간 단위로 적용되므로, 8년 완성이 임박한 해에 소득이 늘어나면 만회할 방법이 사실상 없습니다.

특히 직장 생활과 농사를 함께 하는 분들이라면, 대토를 결정하기 전에 앞으로 몇 년간의 예상 소득과 8년 완성 시점을 함께 계산해 보아야 합니다. 계약서에 전 소유자의 경작 기간을 넣을지 여부, 대토농지를 언제 취득하고 언제부터 직접 경작을 시작할지 같은 실무적 선택이 감면의 성패를 좌우합니다. 감면을 신청하는 순간이 아니라 계약서를 쓰는 순간이 진짜 갈림길입니다.

이미 감면을 받은 상태에서 소득 증가가 예상되거나, 사후검증 안내를 받았다면 서둘러 경작기간과 소득자료를 정리해 상황을 파악하는 것이 좋습니다. 농지 감면은 요건 하나의 해석 차이로 세액이 전부 달라지는 영역이므로, 사실관계와 증빙을 함께 놓고 검토하시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2025인4378 (2026.5.19. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「조세특례제한법」 제70조, 「같은 법 시행령」 제66조, 제67조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)