20년 전 분양권 사서 지은 상가, 양도세 취득가액을 인정받지 못했습니다 (조심 2026인0094)

오래전에 산 땅을 팔았는데, 산 값을 인정받지 못하는 일

부동산을 팔았을 때 내는 양도소득세는 결국 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 차익에 매겨집니다. 그래서 실무에서 가장 자주 다투는 지점은 팔 때의 가격이 아니라 살 때의 가격입니다. 파는 가격은 최근 계약이고 자금 흐름도 선명하지만, 사는 가격은 10년, 20년 전 일이기 때문입니다. 계약서는 어디 있는지 모르고, 통장은 해지되었고, 중개인은 연락이 닿지 않습니다.

특히 토지 분양권을 전매로 사들인 경우가 위험합니다. 실물 부동산이 아니라 '취득할 수 있는 권리'가 사람 손을 여러 번 거치면서, 등기부에는 시행사에서 최종 매수인으로 곧바로 소유권이 넘어간 것으로만 남습니다. 중간 단계는 등기에 나타나지 않으므로, 내가 실제로 얼마를 주고 누구에게서 샀는지는 계약서와 자금 증빙으로만 증명해야 합니다. 그 증빙이 흔들리면 세무서는 남아 있는 다른 자료로 취득가액을 다시 계산합니다.

이번에 살펴볼 조세심판원 결정은 바로 그 상황입니다. 청구인은 자신이 마지막 단계 매도인에게서 산 매매계약서와 수표 출금 자료를 내밀었지만, 심판원은 시행사가 날인한 권리의무승계계약서와 중간 거래자들의 양도소득세 신고내역 쪽을 신뢰했습니다. 결과는 기각이었습니다.

사건 경과, 22년에 걸친 이야기

시간 순서로 정리하면 이렇습니다. 2002년 3월, 시행사(공사)는 인천 소재 대지에 대한 용지매매계약을 최초 수분양자와 체결했습니다. 이 계약서에는 중요한 조항이 하나 들어 있었습니다. 수분양자가 지정용도로 사용하기 전에 시행사의 동의 없이 타인에게 양도하면 시행사가 계약을 해제할 수 있다는 내용입니다. 즉 이 분양권은 마음대로 넘길 수 없고, 넘기려면 시행사의 동의를 받아 권리의무승계계약을 체결해야 하는 구조였습니다.

2002년 5월, 최초 수분양자는 두 번째 사람과 권리의무승계계약을 체결했고 그 계약서에는 시행사 지사장의 도장이 날인되었습니다. 이 사람은 두 달 뒤 양도소득세를 신고했습니다. 2003년 8월, 두 번째 사람은 청구인과 다시 권리의무승계계약을 체결했고 역시 시행사 지사장의 날인이 있었으며, 곧바로 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 양도한 것으로 양도소득세를 신고했습니다.

2003년 8월 22일 분양 명의자가 청구인으로 변경되었고, 8월 25일 토지 분양대금이 완납되었으며, 8월 27일 청구인은 등록세 등을 납부했습니다. 그리고 8월 29일 시행사에서 청구인에게 곧바로 소유권이전등기가 되었습니다. 청구인은 2005년 10월 그 위에 연면적 1,500㎡가 넘는 제2종근린생활시설을 신축해 임대사업에 사용했습니다.

2019년 7월, 청구인은 이 토지와 건물을 세 사람에게 양도하고 같은 해 9월 양도소득세를 신고했습니다. 그런데 처분청이 신고 자료를 검토하면서 토지 취득가액에 문제를 제기했습니다. 청구인이 신고한 금액이 아니라, 시행사의 최초 분양가액에 중간 거래 단계에서 신고된 양도차익(프리미엄)을 더한 금액을 취득가액으로 보아야 한다는 것이었습니다. 처분청은 2025년 4월 8일 2019년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 11월 심판청구를 제기했고, 2026년 5월 20일 기각 결정이 나왔습니다.

청구인의 주장, 나는 마지막 사람에게서 더 비싸게 샀다

청구인의 주장은 거래 체인이 처분청이 본 것보다 두 단계 더 길다는 것이었습니다. 즉 시행사에서 최초 수분양자, 두 번째 사람으로 넘어간 뒤 공식 서류에는 나타나지 않지만 부동산매매계약을 통해 세 번째, 네 번째 사람을 거쳐 자신에게 왔다는 것입니다. 그리고 마지막 매도인과 2003년 8월 28일 작성한 부동산매매계약서(이하 쟁점매매계약서)가 있고, 자기 계좌에서 매매대금이 수표로 출금된 사실도 확인되므로 신고한 취득가액이 맞다고 했습니다.

보강 논리도 있었습니다. 청구인은 그동안 임대사업자로 종합소득세를 신고하면서 토지 장부가액을 자신이 주장하는 금액으로 계상해 왔고, 이에 대해 세무당국이 문제를 제기한 적이 한 번도 없었으므로 양도세에서도 같은 금액을 인정해야 한다는 것이었습니다.

처분청의 지적에 대한 반박도 상세했습니다. 매도인의 주민등록번호 한 자리가 틀린 것은 단순 착오일 수 있고, 중개인이 있어도 계약서에 적지 않는 경우가 있으며, 계약서 하단 광고업체가 사후에 사업자등록을 했다는 사정은 광고를 먼저 배포했을 수도 있으니 계약서 자체를 부정할 근거가 못 된다고 했습니다. 또한 당시에는 수표 지급이 흔했고 세월이 오래 지나 개인이 수표를 추적할 수 없으니, 추적 권한이 있는 과세당국이 확인해 달라고도 했습니다.

예비적으로는 가산세를 문제 삼았습니다. 자신은 법정기한 내에 신고했는데 처분청이 부과제척기간이 임박한 시점에서야 경정·고지를 해 가산세가 과도하게 불어났으니 최소한 가산세만이라도 감면해 달라는 주장이었습니다.

처분청의 반박, 계약서를 못 믿는 이유가 한둘이 아니다

처분청은 청구인이 제출한 계약서와 금융자료로는 주장하는 취득가액을 객관적으로 입증할 수 없다고 보았습니다. 그 근거를 하나씩 들었습니다.

첫째, 쟁점매매계약서 자체의 형식 문제입니다. 매매계약서가 아니라 임대차계약서 양식으로 작성되어 있었고, 당사자 지위가 양도인·양수인이 아니라 임대인·임차인으로 기재되어 있었습니다. 더 결정적인 것은 매수인(임차인) 자리에 청구인이 아니라 청구인의 배우자 이름이 적혀 있었다는 점입니다. 특약사항도, 중개인도 기재되어 있지 않았고 매도인의 주민등록번호에는 오류가 있었습니다. 실물이 없는 권리를 거래하는 계약이라면 오히려 일반 거래보다 더 신중하게 조건을 적어야 하는데 그 반대였다는 것입니다.

둘째, 계약서 하단에 인쇄된 이삿짐 전문업체 광고입니다. 처분청이 국세청 전산망에서 해당 상호와 전화번호를 조회한 결과 인천 소재 관련 업체 세 곳 모두 2004년 이후 개업한 것으로 확인되었습니다. 2003년 8월에 작성했다는 계약서 용지에 2004년 이후 생긴 업체의 광고가 실려 있다는 것은 계약서가 사후에 만들어졌다는 강한 정황입니다.

셋째, 청구인이 주장하는 체인의 중간 사람들이 양도소득세를 신고한 내역이 전산망에 전혀 없다는 점입니다. 이의신청 단계에서 새로 제출된 세 번째와 네 번째 사람 사이의 부동산매매계약서에는 '매수인은 매도인의 비과세 처리에 적극 협조한다'는 특약이 있었지만, 정작 그 매도인의 양도세 신고 자체가 없었습니다. 또 두 번째 사람이 세 번째 사람에게 권리를 넘겼다는 시행사 동의 서류도 제출되지 않았습니다. 즉 제출된 계약서들끼리 앞 거래의 양수인과 뒤 거래의 양도인이 서로 이어지지 않았습니다.

넷째, 금융증빙의 문제입니다. 출금 금액과 날짜가 계약서와 맞지 않았고, 무엇보다 출금된 돈이 누구에게 귀속되었는지 확인할 수 없었습니다. 반면 처분청이 확인한 자료, 즉 시행사와 최초 수분양자 사이의 용지매매계약서, 시행사 날인이 있는 두 건의 권리의무승계계약서, 그리고 중간 두 사람의 양도소득세 신고내역은 서로 모순 없이 하나의 체인을 이루고 있었습니다.

장부가액 주장에 대해서는 납세자가 작성해 비치한 장부에 자산가액이 적혀 있다 해도 그 기재가 실지취득가액을 확정시키는 효과는 없다는 대법원 1988년 2월 9일 선고 판결과 국세청 해석을 들어 반박했습니다. 증빙서류로 확인되는 경우에 한해 장부가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있다는 것입니다.

심판원의 판단, 시행사 동의와 신고 흔적이 이긴 이유

심판원은 청구주장을 모두 받아들이지 않았습니다. 판단의 뼈대는 이렇습니다.

먼저 청구인이 주장한 긴 체인 중 두 번째 사람이 세 번째 사람에게 권리를 양도했음을 확인할 증빙이 제출되지 않았다는 점을 지적했습니다. 애초에 이 분양권은 시행사의 동의 없이는 넘길 수 없는 구조였고, 실제로 인정된 두 번의 이전에는 모두 시행사 지사장의 날인이 있었습니다. 그런데 청구인이 주장하는 추가 두 단계에는 그 동의 흔적이 없었습니다.

다음으로 쟁점매매계약서에 대해서는 계약당사자 이름과 지위가 청구인·양수인이 아니라 배우자·임차인으로 되어 있는 점, 청구인이 양도세 신고 때 취득중개수수료를 취득가액에 산입했으면서도 계약서에는 중개인이 기재되어 있지 않아 신고 내용과 어긋나는 점, 계약서 하단 광고업체의 사업자등록 이력과 작성 시기가 맞지 않는 점, 주장하는 중간 매도인들의 양도세 신고 사실이 확인되지 않는 점을 들어 신뢰하기 어렵다고 보았습니다.

장부가액 주장에 대해서는 서울고등법원 2015년 6월 23일 선고 판결의 취지를 인용해, 장부에 자산가액이 기재되어 있어도 그 기재가 실지취득가액을 확정하거나 실지취득가액으로 추정되게 하는 효과는 없고, 취득에 관한 증빙서류로 확인되는 경우에 한해 장부가액을 실지거래가액으로 인정한다는 선례(조심 2008서0872 등)를 들었습니다.

반면 인정된 사실 쪽은 촘촘했습니다. 시행사와 최초 수분양자 사이의 용지매매계약서에 무단양도 시 해제 조항이 있었고, 두 차례의 권리의무승계계약서에 '양수인이 최초 용지매매계약상 일체의 권리의무를 그대로 승계한다'는 문구와 시행사 지사장의 날인이 있었으며, 이를 근거로 중간 두 사람이 각자 양도소득세 신고·납부 의무를 이행했고, 시행사의 분양사실확인원과 토지대금 납부확인서에 명의변경일과 대금 완납일이 남아 있었으며, 청구인이 납부한 등록세 영수증의 과세표준도 분양가액과 부합했습니다. 그래서 심판원은 이 토지의 취득권리가 시행사에서 최초 수분양자, 두 번째 사람, 청구인 순으로 이전되었고 청구인은 분양가액으로 이를 취득했다고 볼 수 있다고 판단했습니다.

흥미로운 대목은 처분청의 계산 방식에 대한 평가입니다. 처분청은 분양가액만 인정한 것이 아니라 중간 두 사람이 신고한 양도차익을 누적 프리미엄으로 보아 청구인의 취득가액에 더해 주었습니다. 심판원은 일련의 연쇄 거래 과정을 고려하면 이런 산정 방식이 합리적이고 청구인에게도 양도차익이 줄어드는 유리한 효과가 있었으므로 위법하다고 보기 어렵다고 했습니다.

가산세 감면 주장은 왜 받아들여지지 않았나

청구인의 두 번째 주장은 감정적으로는 이해가 가는 부분입니다. 2019년에 신고했는데 2025년 4월에야 고지가 나왔으니, 그 사이 기간에 대한 납부지연가산세가 상당히 쌓였습니다. 자신은 기한 내에 신고했는데 과세관청이 늦게 움직여서 부담이 커졌다는 것입니다.

그러나 심판원은 단순히 과세처분이 지연되었다는 사정만으로 납세의무자에게 정당한 사유가 있다거나, 납부불성실가산세 부과가 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 서울고등법원 2009년 6월 30일 선고 판결과 조세심판원 2020년 11월 24일 결정의 취지를 인용했습니다.

논리는 이렇습니다. 납부지연가산세는 제재의 성격만 있는 것이 아니라, 법정납부기한까지 내지 않은 금액에 대해 정상적으로 납부한 사람에 비해 이자 상당의 금융혜택을 누린 것을 회수·보전하는 목적도 포함합니다. 세금을 늦게 낸 기간 동안 그 돈을 쓸 수 있었으니, 그 이자 상당액은 부담해야 한다는 것입니다. 또한 국세부과제척기간 안에 이루어진 처분은 그 시점이 만료일에 가깝다는 이유만으로 위법해지지 않습니다. 이 사건에서 제척기간 만료일은 2025년 6월 초였고 처분은 4월에 있었습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건이 남긴 여섯 가지

포인트 ①. 계약서는 '내용'만이 아니라 '형식 전체'가 심사 대상입니다.
이 사건에서 계약서 하나를 무너뜨린 것은 금액이 아니었습니다. 임대차 양식을 쓴 점, 당사자를 임대인·임차인으로 적은 점, 매수인 자리에 배우자 이름이 들어간 점, 주민등록번호 한 자리가 틀린 점, 중개인란이 비어 있는 점, 그리고 계약서 용지 하단 광고업체의 개업일이 작성일보다 늦은 점입니다. 하나하나는 사소해 보이지만 여섯 개가 모이면 신빙성이 사라집니다. 오래된 계약서를 뒤늦게 보완하거나 다시 만드는 방식은 실무에서 거의 통하지 않습니다. 세무서는 계약서 여백의 광고 전화번호까지 전산망으로 조회합니다.

포인트 ②. 상대방의 신고 흔적이 곧 내 취득가액의 담보입니다.
이 사건에서 인정된 두 단계는 모두 매도인이 양도소득세를 신고했습니다. 인정되지 않은 두 단계는 아무도 신고하지 않았습니다. 분양권이나 조합원 입주권을 전매로 취득할 때, 매도인이 양도세를 제대로 신고하는지가 수십 년 뒤 내 취득가액을 지켜줄 증거가 됩니다. '매도인의 비과세 처리에 협조한다' 같은 특약을 넣어 매도인의 신고를 도와주는 순간, 나중에 내 취득가액을 부인당할 씨앗을 심는 셈입니다.

포인트 ③. 자금 증빙은 '나갔다'가 아니라 '상대방에게 갔다'까지 이어져야 합니다.
내 계좌에서 돈이 빠져나간 기록만으로는 부족합니다. 그 돈이 계약서상 매도인에게 귀속되었다는 연결이 필요합니다. 수표는 시간이 지나면 추적이 사실상 불가능해집니다. 지금 부동산을 취득한다면 반드시 매도인 계좌로 계좌이체하고, 이체확인증과 계약서상 금액·일자를 일치시켜 두는 것이 좋습니다. 금액과 날짜가 계약서와 다르면 그 자체로 신빙성이 깎입니다.

포인트 ④. 종합소득세 장부에 오래 넣어두었다는 사실은 방패가 되지 않습니다.
임대사업 장부에 토지가액을 계상해 여러 해 동안 신고했고 세무서가 문제 삼은 적이 없었다는 사정은 이 사건에서 전혀 힘을 쓰지 못했습니다. 장부 기재는 실지취득가액을 확정하는 효력이 없고, 증빙으로 확인될 때에만 장부가액이 인정됩니다. 세무서가 그동안 아무 말도 하지 않았다는 것은 '인정했다'는 뜻이 아니라 '아직 들여다보지 않았다'는 뜻일 수 있습니다.

포인트 ⑤. 임대사업용 건물을 팔 때는 감가상각누계액을 먼저 계산하세요.
이 사건에서 다툼조차 없었던 항목이지만 실무에서는 놓치는 분이 많습니다. 청구인은 건물 취득가액을 환산취득가액으로 신고했는데, 처분청은 그동안 임대사업 소득 계산에서 비용으로 반영한 감가상각누계액만큼 취득가액을 감액했습니다. 이미 비용으로 한 번 공제한 금액을 양도차익 계산에서 또 빼줄 수는 없기 때문입니다. 임대사업을 하던 부동산을 양도할 때는 신고 전에 감가상각 이력을 반드시 확인해야 예상 세액이 크게 어긋나지 않습니다.

포인트 ⑥. 가산세는 '억울함'으로 깎이지 않습니다.
국세기본법은 기한연장 사유, 의무 불이행에 정당한 사유가 있는 경우, 세법해석 질의·회신에 따라 신고했는데 이후 다른 처분이 있는 경우 등을 감면 사유로 정해 두었습니다. 과세관청이 늦게 처분했다는 사정은 여기에 들어가지 않습니다. 반대로 말하면, 신고 후 스스로 오류를 발견했을 때 수정신고를 빨리 하는 것이 가산세를 줄이는 거의 유일한 방법입니다. 시간이 지나면 지날수록 납부지연가산세는 이자처럼 쌓입니다.

지금 무엇을 확인해야 하는가

오래 보유한 부동산을 정리할 계획이라면, 계약을 하기 전에 취득 증빙을 먼저 점검하는 순서가 맞습니다. 매매계약서 원본, 취득세·등록세 영수증, 분양계약서와 대금납부확인서, 중개수수료 영수증, 취득 자금의 계좌 흐름, 리모델링·증축 등 자본적 지출 증빙을 한 파일로 모아두어야 합니다. 특히 시행사나 조합에서 발급받을 수 있는 분양사실확인원과 대금납부확인서는 이 사건에서도 결정적인 자료로 쓰였습니다. 아직 해당 법인이 존재한다면 지금 발급받아 두는 것이 좋습니다.

증빙이 부족하다면 환산취득가액 등 추계 방법을 쓸 수 있는지, 그 경우 세액이 어떻게 달라지는지를 미리 비교해 보아야 합니다. 다만 추계는 실지거래가액을 인정하거나 확인할 수 없는 경우에 한해 허용되고, 건물의 경우 환산취득가액 적용 시 별도의 가산세 문제도 검토해야 합니다. 결론을 미리 정해 놓고 유리한 자료만 제출하는 방식은 이 사건처럼 제출한 자료끼리 서로 모순되는 상황을 만들어 오히려 불리하게 작용합니다.

자주 묻는 질문

Q. 20년 전 매매계약서가 있으면 그 금액대로 취득가액을 인정받을 수 있나요?

계약서가 있다는 사실만으로 자동 인정되지는 않습니다. 이 사건처럼 계약서의 양식, 당사자 표기, 명의, 중개인 기재, 심지어 인쇄된 광고의 업체 개업 시점까지 검토된 뒤 신빙성이 부정될 수 있습니다. 계약서와 자금 흐름, 취득세 과세표준, 상대방의 양도세 신고 내역이 서로 맞아떨어질 때 힘이 생깁니다.

Q. 계약서에 배우자 이름으로 되어 있는데 문제가 되나요?

이 사건에서는 매수인 자리에 청구인이 아니라 배우자 이름이 적혀 있었던 점이 계약서 신빙성을 부정하는 사유 중 하나로 언급되었습니다. 실제로 부부가 함께 계약 현장에 가서 배우자 명의로 서명하는 일이 드물지 않지만, 등기 명의자와 계약서 당사자가 다르면 나중에 설명 부담을 지게 됩니다. 위임 사실이나 대리 경위를 남겨두는 것이 안전합니다.

Q. 임대사업 장부에 계상한 토지가액은 왜 인정되지 않나요?

납세자가 스스로 작성해 비치한 장부의 기재는 자산의 실지취득가액을 확정하는 효력이 없다는 것이 법원과 심판원의 일관된 입장입니다. 취득에 관한 증빙서류로 확인되는 경우에 한해 장부가액을 실지거래가액으로 인정합니다. 결국 원자료인 계약서와 자금 증빙으로 돌아옵니다.

Q. 세무서가 제척기간 직전에 고지해서 가산세가 커졌습니다. 다툴 수 없나요?

이 사건에서 심판원은 과세처분이 지연되었다는 사정만으로 가산세 감면의 정당한 사유가 있다거나 신의성실 원칙에 반한다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 부과제척기간 안에 이루어진 처분은 그 시점이 만료일에 가깝다는 이유만으로 위법해지지 않습니다. 개별 사안에서 다른 감면 사유가 있는지는 별도로 검토해야 합니다.

Q. 분양권을 전매로 살 때 무엇을 챙겨야 하나요?

시행사나 조합의 동의가 표시된 권리의무승계계약서, 명의변경 확인 서류, 대금 납부 내역, 매도인 계좌로의 이체 증빙을 갖추는 것이 기본입니다. 시행사 동의 없이 이면계약으로만 넘겨받으면 뒤에 그 단계의 존재 자체를 인정받기 어려워집니다. 이 사건이 정확히 그 문제였습니다.

자가진단 체크리스트

• 양도할 부동산의 취득 당시 매매계약서 원본을 지금 꺼내 볼 수 있는가
• 계약서의 매수인 이름이 등기 명의자와 일치하는가
• 취득세·등록세 영수증의 과세표준이 계약서 금액과 어긋나지 않는가
• 취득 대금이 매도인에게 이체된 기록으로 남아 있는가(수표·현금만 있지 않은가)
• 분양권이나 입주권으로 취득했다면 시행사·조합 동의가 있는 승계계약서가 있는가
• 중간 매도인이 양도소득세를 신고했는지 확인할 수 있는가
• 임대사업에 쓰던 건물이라면 감가상각누계액을 파악하고 있는가
• 중개수수료, 자본적 지출을 필요경비로 넣을 증빙이 실제로 있는가
• 신고 내용과 제출 증빙이 서로 모순되지 않는지 점검했는가

정리

이 사건의 결론은 한 문장으로 요약됩니다. 내가 가진 계약서 한 장보다, 여러 곳에 흩어져 남은 객관적 흔적들이 서로 맞물릴 때 더 강한 증거가 된다는 것입니다. 시행사의 분양 자료, 동의 날인이 있는 승계계약서, 중간 거래자들의 양도세 신고, 등록세 영수증의 과세표준은 서로를 지탱했습니다. 반면 청구인이 제출한 계약서와 금융자료는 서로도, 청구인의 신고 내용과도 어긋났습니다.

양도소득세는 파는 순간 결정되는 세금이 아니라 사는 순간부터 준비되는 세금입니다. 20년 뒤 세무서가 물어볼 질문을 지금 계약서에 적어 두는 셈입니다. 오래 보유한 부동산, 특히 분양권이나 입주권으로 취득한 부동산을 정리할 계획이 있다면 매매계약 전에 취득 증빙을 정리하고 예상 세액을 계산해 보시기 바랍니다. 증빙이 부족한 상태에서 계약이 먼저 체결되면 선택할 수 있는 방법이 크게 줄어듭니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026인0094 (2026.5.20. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제48조, 국세기본법 시행령 제28조, 소득세법 제88조·제97조·제114조 (참조결정 조심 2008서0872)

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)