상속세 신고 후 국세청 감정평가와 세무조사 통지, 사전통지만으로는 불복이 안 됩니다 (조심 2026서0955)

기준시가로 상속세를 신고했더니 세무조사 통지가 왔습니다

상속받은 재산이 아파트라면 같은 단지의 매매사례가 있어 시가 논란이 크지 않습니다. 문제는 다가구주택, 상가주택, 이른바 꼬마빌딩처럼 거래가 드물어 시가를 알기 어려운 부동산입니다. 이런 부동산은 상속세및증여세법 제61조 제1항에 따른 보충적 평가방법, 즉 개별주택가격이나 기준시가로 신고하는 경우가 많고 실제 시세보다 낮게 평가되는 일이 흔합니다. 상속인 입장에서는 법에 정해진 방법대로 신고했으니 문제가 없다고 생각합니다.

그런데 국세청은 시가와 기준시가의 차이가 큰 부동산에 대해 감정기관에 감정을 의뢰하고, 그 결과를 근거로 조사대상으로 선정하는 업무를 오래전부터 해오고 있습니다. 신고를 마치고 몇 달이 지난 뒤 갑자기 세무조사 사전통지가 도착하는 사례가 여기서 나옵니다. 상속인은 당황합니다. 성실하게 신고했는데 왜 조사를 받아야 하는지, 국세청이 감정평가를 해서 세금을 늘리는 것이 정당한지 납득이 되지 않기 때문입니다.

이 사건의 상속인도 그랬습니다. 조사 통지 자체가 위법하고 부당하다고 보고 권리보호요청을 두 차례 넣었고, 받아들여지지 않자 조세심판원에 심판청구를 제기했습니다. 결과는 각하였습니다. 세금을 더 내라는 결론이 나온 것도 아니고, 청구인의 주장이 틀렸다고 판단한 것도 아닙니다. 아직 다툴 대상이 되는 처분이 없다는 이유였습니다. 이 구조를 모르면 시간과 비용을 엉뚱한 곳에 쓰게 됩니다.

사건 경과, 상속 신고에서 각하까지

결정문에 나타난 사실관계는 다음과 같습니다. 청구인은 2024년 11월 19일 부친이 사망하면서 서울 소재 다가구주택을 상속받았습니다. 그리고 2025년 1월 6일, 상속세및증여세법 제61조 제1항의 보충적 평가방법으로 계산한 가액을 상속재산가액으로 하여 상속세를 신고하고 납부했습니다. 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내라는 신고기한을 지킨, 절차상 문제가 없는 신고였습니다.

이후 국세청장은 5개 감정기관에 이 주택의 감정가액을 의뢰했고, 회신받은 탁상감정 결과를 관할 세무서에 통보했습니다. 결정문에는 감정가액이 비공개 처리되어 있지만, 보충적 평가액과 차이가 있었기 때문에 조사대상 선정으로 이어졌다고 볼 수 있습니다. 처분청은 2025년 9월 15일 피상속인을 상속세 조사대상으로 선정하고 청구인에게 세무조사 사전통지를 했습니다.

청구인은 2025년 10월 17일 이 사전통지가 위법하고 부당하다며 서울지방국세청장에게 권리보호요청을 했습니다. 그러나 2025년 11월 12일 시정불가로 통보되었습니다. 청구인은 포기하지 않고 2025년 11월 21일 국세청장에게 권리보호 재심의를 요청했지만, 2025년 12월 5일 역시 시정불가 통보를 받았습니다. 처분청은 2025년 12월 12일 청구인에게 세무조사 사전통지를 다시 했습니다.

청구인은 2026년 1월 4일 심판청구를 제기했습니다. 조세심판원은 2026년 5월 26일 심판청구를 각하하는 결정을 했습니다. 참고로 결정문에는 신고 이후 처분청이 상속세를 결정하고 고지한 사실이 기재된 부분도 있으나, 심판원은 이 건 청구가 다투는 대상을 세무조사 사전통지와 권리보호요청 처리결과 통지로 보아 불복 대상 처분의 부존재를 이유로 각하했습니다. 무엇을 대상으로 청구하는지가 얼마나 중요한지를 보여주는 지점입니다.

청구인의 주장, 조사 통지 자체가 위법하다

청구인 주장의 핵심은 세무조사 사전통지 자체가 위법하고 부당하다는 것이었습니다. 법에서 정한 보충적 평가방법에 따라 성실하게 신고했는데, 국세청이 사후에 감정을 의뢰해 얻은 가액을 근거로 조사대상으로 선정하고 조사를 예고하는 것은 납세자의 신뢰를 해치고 권리를 침해한다는 취지입니다. 상속세를 이미 신고하고 납부한 상속인이라면 충분히 가질 수 있는 문제의식입니다.

청구인은 그 구제 수단으로 먼저 납세자보호 절차를 이용했습니다. 납세자보호사무처리규정은 처분이 완료되기 전 단계에서 국세공무원의 재량 남용 등으로 권리가 부당하게 침해되고 있거나 침해가 현저히 예상되는 경우 권리보호요청을 할 수 있도록 하고 있습니다. 이미 처분이 이루어진 사항은 고충민원으로 분류됩니다. 청구인의 상황은 조사가 예정된 단계였으므로 권리보호요청이 형식상 맞는 선택이었습니다.

그러나 지방국세청과 국세청 모두 시정불가로 통보하자, 청구인은 이 통보와 사전통지를 함께 다투기 위해 조세심판원의 문을 두드렸습니다. 국세기본법 제55조 제1항은 세법에 따른 처분으로 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못해 권리나 이익을 침해당한 자는 불복할 수 있다고 규정하고 있으므로, 조사 통지로 권리가 침해되었다고 본 것입니다.

과세관청의 입장과 근거

처분청의 논리는 간단했습니다. 세무조사 사전통지는 국세기본법 제81조의7에 근거한 절차적 행위로, 조사를 시작하기 전에 납세자에게 조사 사실과 범위를 미리 알려주고 준비할 기회를 주는 사전 예고일 뿐입니다. 이 통지로 세금이 부과되거나 납세의무가 확정되는 것이 아니고, 통지를 받았다고 해서 곧바로 재산상 불이익이 생기는 것도 아닙니다.

권리보호요청에 대한 처리결과 통보 역시 마찬가지입니다. 납세자보호위원회와 납세자보호담당관 제도는 국세기본법 제81조의18 등에 근거해 행정 내부적으로 납세자의 권리를 살피는 장치이고, 그 요청에 대한 회신은 신청 결과를 알려주는 통지행위에 지나지 않습니다. 시정불가라는 회신 자체가 세금을 늘리거나 권리를 직접 제한하는 것은 아니라는 것입니다.

또한 조사대상 선정의 배경에도 근거가 있었습니다. 국세청장이 복수의 감정기관에 감정을 의뢰하고 회신 결과를 통보한 것은, 보충적 평가액이 실제 시가와 현저히 차이 나는 부동산을 걸러내기 위한 통상적인 업무 처리입니다. 상속재산은 원칙적으로 시가로 평가해야 하고, 시가를 산정하기 어려울 때 비로소 보충적 방법을 쓰는 것이므로, 감정가액이 확인되면 이를 근거로 재검토할 수 있다는 것이 과세관청의 기본 시각입니다.

심판원의 판단, 다툴 처분이 아직 없다

조세심판원은 국세기본법 제55조 제1항을 출발점으로 삼았습니다. 불복은 위법 또는 부당한 처분이 있을 때 비로소 가능합니다. 그렇다면 이 사건에서 청구인이 다투는 세무조사 사전통지와 권리보호요청 처리결과 통지가 여기서 말하는 처분에 해당하는지가 유일한 쟁점이 됩니다.

심판원은 세무조사 사전통지에 대해, 국세기본법 제81조의7에 근거한 것이기는 하나 최종적으로 납세고지서 등을 발부하기 전에 납세의무자에게 소명 기회를 주어 불복 제기로 인한 과세관청의 행정력 낭비를 막고 납세의무자가 부담해야 하는 비용과 고통을 덜어주기 위한 것으로서, 일종의 처분의 사전(예정) 통보 성격을 가진다고 보았습니다. 즉 그 자체가 불복의 대상이 되는 처분이 아니라는 것입니다.

권리보호요청에 대한 처리결과 통지에 대해서도, 청구인이 신청한 권리보호요청의 처리결과를 알리는 단순 통지행위로서 납세의무자의 권리나 이익을 침해하는 세법상 처분으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 결국 이 건 심판청구는 국세기본법 제55조 제1항이 규정하는 불복청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 부적법한 청구라는 결론에 이르렀습니다.

근거 조문은 국세기본법 제80조의2가 준용하는 제65조 제1항 제1호입니다. 심사청구가 적법하지 아니한 경우, 그리고 시행령 제52조의2 제1호가 정한 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우에는 각하 결정을 합니다. 각하는 내용을 심리해 옳고 그름을 가린 결정이 아니라, 문 앞에서 되돌려 보낸 결정입니다. 청구인의 주장이 옳은지 틀렸는지는 판단되지 않았습니다.

항목별 판단 결과

표에서 눈여겨볼 점은 세 번째 줄입니다. 청구인이 진짜로 다투고 싶었던 것은 감정평가에 근거한 과세였는데, 그 판단은 아예 이루어지지 않았습니다. 다툴 시점이 아니었기 때문입니다. 결론적으로 청구인은 조사가 끝나고 세금이 고지된 뒤 다시 처음부터 불복 절차를 밟아야 하는 상황이 되었습니다.

왜 국세청은 다가구주택에 감정평가를 하는가

상속재산은 원칙적으로 상속개시일 현재의 시가로 평가합니다. 매매사례가액, 감정가액, 수용가액 등이 시가로 인정되고, 이런 자료가 없어 시가를 산정하기 어려운 경우에 한해 상속세및증여세법 제61조의 보충적 평가방법을 씁니다. 즉 기준시가 신고는 원칙이 아니라 예외적 방법입니다. 이 순서를 반대로 이해하면 이 사건과 같은 상황이 반복됩니다.

다가구주택, 상가겸용주택, 소규모 빌딩은 개별 물건마다 특성이 달라 유사 매매사례를 찾기 어렵고, 공시가격이 실제 거래가에 크게 못 미치는 경우가 많습니다. 그래서 과세관청은 상속세및증여세법 시행령이 정한 절차에 따라 감정기관에 감정을 의뢰하고 평가심의 절차를 거쳐 감정가액을 시가로 인정하는 방식으로 대응합니다. 이 사건에서 국세청장이 5개 감정기관에 탁상감정을 의뢰한 것도 그 사전 단계로 볼 수 있습니다.

따라서 실무의 승부는 조사 통지를 받은 뒤가 아니라 신고 전에 갈립니다. 감정평가 대상이 될 만한 부동산이라면, 신고 단계에서 납세자가 직접 감정평가를 받아 그 가액으로 신고할지 여부를 검토하는 것이 출발점입니다. 감정가액은 원칙적으로 상속개시일 전후 일정 기간 안에 평가한 것이어야 시가로 인정되고, 감정기관 수에 관한 요건도 있습니다. 이 요건을 놓치면 감정평가를 받아도 활용하지 못합니다.

납세자가 감정평가를 받는 것은 단순히 세금을 더 내는 선택이 아닙니다. 상속받은 부동산을 나중에 팔 계획이 있다면 상속 당시 평가액이 양도소득세의 취득가액이 됩니다. 기준시가로 낮게 신고해 상속세를 아꼈다가 양도 시점에 취득가액이 낮아 양도세로 되돌려 내는 구조가 흔합니다. 상속공제 범위 안에 있어 상속세 부담이 크지 않은 경우라면, 감정평가로 취득가액을 높여두는 쪽이 전체 세부담 측면에서 유리할 수 있습니다. 이 비교는 반드시 개별 사안별로 계산해봐야 합니다.

실무 포인트, 이 사건에서 진짜 배울 것

포인트 ①. 불복은 처분이 있어야 시작된다.
세무조사 사전통지, 조사 진행 중의 안내, 자료제출 요구, 권리보호요청 회신 같은 것들은 대체로 그 자체가 불복 대상이 아닙니다. 실제로 다툴 수 있는 시점은 조사 결과에 따라 납세고지서가 발부된 뒤입니다. 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 선택해 제기해야 하고, 이 기간을 놓치면 내용이 옳더라도 다시 각하됩니다.

포인트 ②. 고지 전 단계에도 정식 절차가 있다.
조사가 끝나면 세무조사 결과통지가 오고, 그에 대해 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 조사 결과에 사실관계 오류나 평가 문제가 있다면 이 단계에서 다투는 것이 가장 효율적입니다. 고지 후 불복은 이미 세금이 확정된 상태에서 싸우는 것이므로 심리적, 자금적 부담이 훨씬 큽니다.

포인트 ③. 권리보호요청은 목적에 맞게 써야 한다.
권리보호요청은 조사 기간의 부당한 연장, 조사 범위의 무리한 확대, 중복조사 소지, 조사 과정의 위법한 언동처럼 절차의 잘못을 다루는 장치입니다. 감정평가에 따른 과세가 부당하다는 것처럼 세액 자체를 다투려는 주장은 이 절차에서 받아들여지기 어렵습니다. 처분이 이미 완료된 사항은 고충민원으로, 처분 전 단계는 권리보호요청으로 구분된다는 점도 기억해 두면 좋습니다.

포인트 ④. 청구 대상을 특정하는 일이 절반이다.
이 사건 결정문에는 신고 이후 상속세가 결정, 고지된 것으로 읽히는 기재도 나타나지만, 청구인이 다툰 대상은 사전통지와 권리보호요청 회신이었습니다. 만약 청구서가 고지된 상속세 부과처분의 취소를 명확히 대상으로 삼았다면 본안 심리로 들어갔을 가능성이 있습니다. 불복 서면에서 무엇을 취소해달라는 것인지, 그 처분의 일자와 세목과 세액을 정확히 적는 것은 형식이 아니라 승패의 문제입니다.

포인트 ⑤. 조사 통지를 받았다면 방어의 축을 옮겨라.
조사를 막는 데 힘을 쏟는 대신, 조사에서 무엇이 문제가 될지 미리 정리하는 편이 실익이 큽니다. 상속세 조사에서 반복적으로 확인되는 항목은 재산 평가액, 상속개시 전 예금 인출과 사전증여, 피상속인 명의 채무의 실질, 공제 요건 충족 여부입니다. 계좌 흐름과 지출 증빙, 채무 관련 서류를 조사 전에 확보해두면 대응의 질이 달라집니다.

포인트 ⑥. 평가 다툼은 감정으로 맞선다.
과세관청이 감정가액을 근거로 과세하려 할 때, 납세자가 아무 자료 없이 기준시가가 맞다고만 주장하기는 어렵습니다. 물건의 특수성, 임대 현황, 도로 조건, 노후도 등 가치를 낮추는 요소를 객관적 자료로 제시하거나, 요건을 갖춘 감정을 통해 반박하는 것이 현실적인 방법입니다. 반대 자료 없이 감정가액만 남으면 결론은 정해집니다.

포인트 ⑦. 각하는 끝이 아니다.
각하는 본안을 판단하지 않은 결정이므로, 이후 실제로 세금이 고지되면 그 처분에 대해 새로 불복할 수 있습니다. 다만 각하 결정을 받는 과정에서 소모한 시간과 비용은 돌아오지 않습니다. 절차의 순서를 미리 아는 것만으로도 아낄 수 있는 부분입니다.

자주 묻는 질문

Q. 세무조사 사전통지를 받았는데, 조사를 취소해달라고 심판청구할 수 있나요?

이 결정에서 조세심판원은 세무조사 사전통지가 납세고지서 발부 전 소명 기회를 주기 위한 사전 예정 통보 성격이어서 그 자체는 불복 대상이 되는 처분이 아니라고 보았습니다. 따라서 사전통지만을 대상으로 한 심판청구는 각하될 가능성이 큽니다. 조사 절차에 위법이 있다고 생각한다면 그 사유를 기록해 두고, 이후 결과통지 단계의 과세전적부심사나 고지 후 불복에서 절차 위법 주장으로 활용하는 편이 실효성이 있습니다.

Q. 권리보호요청에서 시정불가 통보를 받았습니다. 그 통보에 불복할 수 있나요?

심판원은 권리보호요청 처리결과 통지를 처리결과를 알리는 단순 통지행위로 보아 세법상 처분이 아니라고 판단했습니다. 회신 자체를 불복 대상으로 삼기는 어렵습니다. 다만 조사 기간 연장이나 범위 확대 같은 사안은 납세자보호위원회 심의 요청 등 별도의 절차가 마련되어 있으므로, 상황에 맞는 절차를 선택하는 것이 중요합니다.

Q. 법에 정해진 기준시가로 신고했는데 왜 조사 대상이 되나요?

상속재산 평가의 원칙은 시가이고, 보충적 평가방법은 시가를 산정하기 어려운 경우에 적용하는 예외입니다. 감정 등을 통해 시가로 볼 수 있는 자료가 확인되면 과세관청은 이를 근거로 재검토합니다. 기준시가 신고가 위법한 것은 아니지만, 시세와 격차가 큰 부동산은 사후 검증 가능성이 있다는 점을 전제로 신고 전략을 세우는 것이 안전합니다.

Q. 조사 전에 미리 준비할 수 있는 것은 무엇인가요?

상속재산 목록과 평가 근거, 피상속인 계좌의 상속개시 전 인출 내역과 사용처, 상속인들의 계좌 흐름, 피상속인 명의 채무의 차입 경위와 이자 지급 내역, 각종 공제 요건 관련 서류를 정리해 두는 것이 기본입니다. 특히 인출 자금의 사용처를 설명하지 못하면 추정상속재산이나 사전증여로 볼 여지가 생기므로, 증빙 확보가 가장 중요합니다.

Q. 조사 결과 세금이 고지되면 언제까지 불복해야 하나요?

일반적으로 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 제기해야 합니다. 이 기간은 매우 엄격하게 적용되므로 고지서를 받는 즉시 날짜를 확인하고 대응 계획을 세워야 합니다. 기간을 넘기면 내용상 다툴 여지가 있어도 각하됩니다.

자가진단 체크리스트

• 상속받은 부동산이 다가구주택, 상가주택, 소규모 빌딩 등 유사 매매사례를 찾기 어려운 물건인가
• 기준시가나 개별주택가격으로 신고했고, 실제 시세와의 차이가 크다고 느끼는가
• 신고 전에 감정평가를 받을지 여부를 상속세와 향후 양도세를 함께 계산해 비교해 보았는가
• 세무조사 사전통지나 조사대상 선정 안내를 받았는데, 조사를 막는 데만 대응을 집중하고 있지 않은가
• 조사 결과통지를 받았을 때 과세전적부심사를 검토할 준비가 되어 있는가
• 불복을 준비한다면 취소를 구하는 처분의 일자, 세목, 세액을 정확히 특정할 수 있는가
• 피상속인의 상속개시 전 예금 인출 내역과 사용처를 설명할 자료를 갖추고 있는가
• 고지서를 받은 날부터 90일이라는 불복 기한을 달력에 표시해 두었는가

정리

이 사건은 세액을 다툰 사건이 아닙니다. 다툴 시점과 대상을 잘못 고른 사건입니다. 상속인은 성실히 신고했다는 확신 아래 조사 통지 자체를 막으려 했고, 권리보호요청과 재심의를 거쳐 심판청구까지 갔지만, 조세심판원은 사전통지와 처리결과 통지 모두 불복 대상이 되는 처분이 아니라고 보아 각하했습니다. 결과적으로 감정평가에 따른 과세가 정당한지에 대한 판단은 남겨진 채로 절차만 소모되었습니다.

실무의 교훈은 두 가지로 정리됩니다. 첫째, 시가 산정이 어려운 부동산을 상속받았다면 신고 단계에서 평가 방법을 결정해야 합니다. 사후에 감정가액이 등장한 뒤에 대응하는 것은 훨씬 불리합니다. 둘째, 조사가 시작되었다면 조사를 저지하는 대신 결과통지와 고지 시점을 겨냥한 방어로 축을 옮겨야 합니다. 과세전적부심사와 90일 불복 기한이 실제 승부처입니다.

상속 부동산의 평가 방법 선택, 조사 대응, 불복 절차의 순서는 모두 개별 사실관계와 증빙에 따라 달라집니다. 통지서를 받은 단계에서 무엇을 준비해야 하는지부터 점검해보시기 바랍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026서0955 (2026.5.26. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제55조, 제65조 제1항 제1호, 제80조의2, 제81조의7, 제81조의18, 국세기본법 시행령 제52조의2, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항, 납세자보호사무처리규정 제2조, 제63조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)