매수인이 대신 낸 아파트 미납 할부금, 양도가액에만 더해 세금이 나왔다면 (조심 2026인0914)

아파트를 사고팔 때 계약서에 적힌 매매대금이 실제로 오간 돈의 전부가 아닌 경우가 의외로 많습니다. 분양대금 중 일부가 할부금으로 남아 있거나, 임대보증금을 승계하거나, 근저당권이 설정된 채무를 매수인이 떠안는 조건으로 값을 깎는 거래가 대표적입니다. 이런 거래에서 계약서 본문에는 잔금만 적히고, 인수 조건은 특약란에 한 줄 들어가거나 아예 구두로만 정리되는 일이 흔합니다.

문제는 몇 년 뒤에 터집니다. 지방자치단체가 취득세를 다시 계산하면서 매수인이 대신 낸 돈도 취득대가에 포함된다고 보아 과세자료를 세무서에 통보하면, 세무서는 그 금액을 매도인의 양도가액에 얹어 양도소득세를 다시 매깁니다. 이때 같은 논리로 매도인이 그 아파트를 살 때의 취득가액에도 그 금액이 들어갔어야 하는데, 취득 단계 계약서에 적혀 있지 않다는 이유로 취득가액은 그대로 두는 경우가 생깁니다. 양도가액만 올라가고 취득가액은 그대로이니 양도차익이 통째로 부풀고, 보유기간이 짧아 70% 단기보유 세율까지 적용되면 세액은 감당하기 어려운 수준이 됩니다.

오늘 정리하는 조세심판원 결정(조심 2026인0914, 2026.8.12. 의결)이 바로 그 상황입니다. 채권을 회수하려고 채무자가 분양받은 아파트를 넘겨받았다가 석 달 만에 되판 납세자가, 미납 할부금 처리 문제로 양도소득세를 추징당했고 심판원에서 처분 전부를 취소받았습니다. 왜 취소되었는지, 그리고 같은 상황에서 무엇을 준비해야 하는지를 실무 관점에서 짚어보겠습니다.

사건 경과, 채권 회수 목적으로 받은 아파트를 석 달 만에 되팔다

사실관계를 시간 순서로 정리하면 다음과 같습니다. 청구인은 초등학교 동창인 B(법인 C의 대표이사)에게 2016년부터 2019년까지 여러 차례 사업자금을 빌려주었습니다. 일부는 돌려받았지만 2020년 시점에도 상당한 금액이 남아 있었고, B는 특정 시점까지 갚겠다는 차용금증서를 작성해 주었으나 이행하지 않았습니다.

청구인이 법적 대응을 예고하자 B는 자신이 2018년에 분양계약을 체결하고 입주까지 마친 아파트를 넘겨주겠다고 구두로 약속했습니다. 그런데 B는 2020년 12월 그 아파트의 소유권을 자신의 처제 D에게 이전해 버렸습니다. 이를 확인한 청구인은 B에게 항의하는 한편, B 소유의 다른 부동산에 근저당권을 설정했습니다. 결국 2021년 7월 21일 아파트 명의가 D에게서 청구인 앞으로 넘어옵니다.

청구인은 2021년 10월 29일 이 아파트를 매수인 A에게 양도했고, 같은 해 11월 22일 양도소득세 예정신고를 했습니다. 이때 신고한 취득가액은 차용금증서상의 채권액 수준이었고, 양도가액은 임대보증금 승계액과 현금 수취액을 합한 금액이었습니다. 여기에는 B가 분양대금 중 납부하지 않고 남겨둔 할부금(이하 쟁점금액)이 반영되어 있지 않았습니다. 이 쟁점금액은 매수인 A가 아파트 취득일인 2021년 10월 29일에 전액 납부했습니다.

2023년 6월, 관할 군수는 A가 납부한 쟁점금액이 아파트 거래대가에 포함되는 것으로 보아 A에게 취득세를 추가로 부과했고 A는 이를 납부했습니다. 동시에 그 자료를 세무서에 통보했습니다. 세무서는 2025년 6월 9일 청구인의 양도가액을 쟁점금액만큼 올려 2021년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 보유기간이 1년 미만이어서 70% 세율이 적용되었습니다. 청구인은 이의신청을 거쳐 2025년 12월 심판청구를 제기했습니다.

청구인 주장, 양도가액에 넣을 돈이면 취득가액에도 넣어야 한다

청구인의 주장은 단순하고 일관됐습니다. 애초에 이 아파트는 시세대로 사고판 물건이 아니라 B에 대한 대여금을 회수하기 위해 대물변제 성격으로 받은 물건이라는 것입니다. 그렇다면 실제 취득대가는 차용금증서에 나타나는 채권액에 더해, 아파트에 붙어 있던 미납 할부금(쟁점금액)까지 합한 금액으로 보아야 한다는 논리입니다. 미납 할부금이 남아 있었기 때문에 그만큼 값을 깎아 받은 셈이고, 시세보다 낮은 조건이었지만 채권을 조금이라도 건지기 위한 현실적 선택이었다고 설명했습니다.

청구인은 쟁점금액이 취득가액에서 제외되는 것으로 오인해 신고 단계에서 반영하지 못했을 뿐, 객관적 자료로 확인되는 이상 지금이라도 반영되어야 한다고 주장했습니다. 근거로는 최초 취득자인 B를 채무자로 하는 근저당권이 등기부 을구에 그대로 남아 있는 점, 이의신청 때 제출한 매매계약서에 근저당권 채권최고액 인수조건이라는 특약사항이 명기되어 있는 점, 그리고 같은 단지 유사 면적의 매매사례가액과 비교할 때 신고한 취득가액만으로는 도저히 정상 거래가로 볼 수 없다는 점을 들었습니다.

특히 청구인은 처분청 논리의 모순을 지적했습니다. 쟁점금액을 취득가액으로 인정하지 않으면 청구인은 시세에 한참 못 미치는 가격에 아파트를 넘겨받은 것이 되어, 오히려 저가양수에 따른 증여 문제가 제기될 수 있는 이상한 상황이 된다는 것입니다. 하나의 금액을 양도 쪽에서는 대가로 보면서 취득 쪽에서는 대가가 아니라고 하는 것은 일관되지 않는다는 취지입니다.

처분청 의견, 계약서에 없고 증빙도 없다

처분청의 입장도 나름의 근거가 있었습니다. 첫째, 청구인이 아파트를 취득한 상대방은 B가 아니라 D였습니다. 등기부상 소유권 이전 경로는 B에서 D로, D에서 청구인으로, 다시 청구인에서 A로 이어집니다. 청구인이 B로부터 직접 취득했다고 볼 객관적 증빙이 없다는 것입니다.

둘째, 청구인과 D 사이의 취득 계약서에는 근저당권 승계나 할부금 인수에 관한 내용이 확인되지 않았습니다. 셋째, 청구인이 제출한 법원 판결(신용보증기금이 청구인을 포함한 여러 명을 상대로 제기한 구상금 등 청구 소송의 1심과 항소심)에도 이 아파트에 관한 내용은 나오지 않았습니다. 넷째, 이의신청 단계에서는 청구인이 당초 신고한 취득가액 자체에 대한 금융증빙도 없다는 점을 들어 주장을 배척했습니다.

양도가액 자체에 대해서는 다툼이 없었습니다. 청구인도 매수인이 쟁점금액을 부담한 이상 그것이 양도대가에 포함된다는 점은 인정했습니다. 결국 이 사건의 쟁점은 오직 하나, 같은 금액을 청구인의 취득가액에도 넣을 수 있는가였습니다.

심판원 판단, 실지거래가액은 계약서 한 장으로만 정해지지 않는다

심판원은 먼저 실지거래가액의 개념을 짚었습니다. 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 자산의 실제거래가액이란 거래 당시 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다는 것입니다(대법원 2012.2.9. 선고 2010두27592 판결 등 참조).

여기서 핵심은 매매계약 기타 증빙자료라는 표현입니다. 실지거래가액은 계약서에 적힌 숫자만을 의미하지 않습니다. 계약서는 가장 유력한 증빙일 뿐이고, 다른 자료로 실제 오간 대가가 객관적으로 확인된다면 그 금액이 실지거래가액이 됩니다. 이 법리는 과세관청이 계약서보다 높은 금액을 실제 거래가로 잡을 때도 쓰이지만, 반대로 납세자가 계약서에 적히지 않은 부담을 취득가액으로 인정받을 때도 똑같이 쓰입니다.

심판원은 이 기준을 적용해 다음 사정들을 종합했습니다. 첫째, 청구인이 B로부터 변제받아야 할 채권이 있었다는 사실이 법원 판결과 차용금증서로 확인되므로, 채권 회수를 목적으로 아파트를 취득했다는 청구인의 설명을 신뢰할 수 있다는 점. 둘째, 취득 당시 같은 단지 유사 면적의 매매사례가액과 비교할 때 신고 취득가액에 쟁점금액을 합한 금액이 유사매매사례가액과 거의 비슷한 수준인 반면, 쟁점금액을 빼면 유사매매사례가액의 58%에 불과해 정상적인 취득가액으로 보기 어렵다는 점.

셋째, 등기부상 최초 취득자인 B를 채무자로 하는 근저당권이 설정되어 있었고, 입주금 납부확인원과 실제 금융거래내역을 보면 B가 분양대금 중 쟁점금액을 할부금으로 미납한 상태였는데 매수인 A가 아파트 취득일 당일 이를 전액 납부했다는 점. 넷째, 관할 군수가 쟁점금액을 취득가액에 포함해 부과한 취득세를 A가 실제로 납부한 사실이 지방세외수입 납부확인서로 확인된다는 점입니다.

이 사정들을 종합하면 쟁점금액이 청구인의 양도가액뿐 아니라 취득가액에도 포함되는 것으로 보는 데 무리가 없다는 것이 심판원의 결론이었습니다. 따라서 쟁점금액을 양도가액에만 가산해 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단하여, 부과처분을 전부 취소했습니다.

결론을 가른 지점, 서류 한 장이 아니라 흐름 전체

이 사건에서 청구인에게 유리한 계약서는 사실상 없었습니다. 취득 단계 계약서에는 할부금 인수 이야기가 없었고, 양도 단계 계약서도 신고 때 제출한 것과 이의신청 때 제출한 것 두 종류가 확인되어 그 자체로는 신빙성 다툼의 소지가 있었습니다. 그럼에도 처분이 취소된 이유는, 계약서 밖에 있는 여러 자료가 하나의 일관된 사실관계를 가리켰기 때문입니다.

차용금증서와 법원 판결은 채권의 존재를 보여주었고, 근저당권 설정 내역은 채권 회수를 위해 실제로 담보를 잡았던 정황을 보여주었습니다. 입주금 납부확인원과 금융거래내역은 미납 할부금이 언제 누구에 의해 얼마나 정리되었는지를 시점 단위로 보여주었습니다. 매수인이 낸 취득세 납부확인서는 다른 과세관청이 이미 같은 금액을 거래대가로 인정했다는 증거가 되었습니다. 그리고 유사매매사례가액은 신고된 취득가액이 상식적으로 성립할 수 없는 수준임을 수치로 보여주었습니다.

반대로 말하면, 이 중 어느 하나만 있었다면 결과가 달랐을 수 있습니다. 채권의 존재만 주장하고 금융증빙이 없었다면, 또는 입주금 납부내역이 확인되지 않았다면, 심판원이 취득가액 가산을 인정하기 어려웠을 것입니다. 증빙은 개수가 아니라 서로 모순 없이 연결되는지가 중요합니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 결정에서 가져가야 할 다섯 가지

포인트 ①. 양도가액이 올라가면 취득가액도 함께 검토해야 합니다.
세무서가 지방자치단체 통보 자료를 근거로 양도가액을 올릴 때, 취득가액은 신고된 그대로 두는 경우가 많습니다. 담당자는 양도 단계 자료만 받았기 때문입니다. 그러나 매수인이 인수한 채무가 양도대가라면, 같은 성격의 부담을 매도인이 취득 당시에도 떠안았는지 반드시 따져봐야 합니다. 고지서를 받으면 먼저 취득가액 항목을 확인하십시오. 대응 여부에 따라 세액 차이가 매우 커집니다.

포인트 ②. 계약서에 없어도 포기하지 마십시오. 다만 대체 증빙이 필요합니다.
실지거래가액은 계약서만으로 정해지지 않습니다. 대법원도 매매계약 기타 증빙자료로 객관적으로 인식되는 가액이라고 표현합니다. 이 사건에서 동원된 자료는 차용금증서, 법원 판결, 등기사항전부증명서 을구, 입주금 납부확인원, 금융거래내역, 취득세 납부확인서였습니다. 돈의 흐름을 시점 단위로 재구성할 수 있는 자료가 계약서를 대신했습니다.

포인트 ③. 시세 대비 비율은 강력한 간접 증거입니다.
심판원이 특히 주목한 것은 쟁점금액을 빼면 취득가액이 유사매매사례가액의 58%에 불과하다는 점이었습니다. 시세의 절반 남짓한 가격으로 아파트를 취득했다는 것은 통상적인 거래로 설명되지 않습니다. 반대로 쟁점금액을 더하면 시세와 거의 맞아떨어집니다. 숫자가 스스로 사실관계를 증명한 사례입니다. 취득가액을 다툴 때는 같은 단지, 같은 시기, 유사 면적의 실거래 자료를 정리해 두는 것이 좋습니다.

포인트 ④. 다른 세목의 처분은 유리한 증거가 될 수 있습니다.
이 사건에서 매수인이 낸 취득세는 지방세이지만, 그 부과 자체가 쟁점금액이 거래대가라는 점을 공적 기관이 인정한 근거로 작용했습니다. 취득세 과세 통보가 양도소득세 추징의 발단이었지만, 동시에 취득가액 인정의 근거로도 쓰인 것입니다. 지방세 부과내역, 납부확인서, 부동산거래신고 소명서 같은 자료를 반드시 확보해 두십시오.

포인트 ⑤. 채권 회수 목적의 부동산 취득은 처음부터 기록을 남기십시오.
빌려준 돈을 못 받아 부동산으로 대신 받는 일은 드물지 않습니다. 그런데 이런 거래는 실제 대가가 계약서 금액과 다르기 쉽고, 명의도 채무자가 아닌 제3자를 거쳐 이전되는 경우가 많아 나중에 설명하기 어렵습니다. 대여 시점의 이체내역, 차용증, 변제 독촉 기록, 담보 설정 내역, 정산 합의서를 시간 순서로 묶어두는 것이 최선의 대비입니다. 이 사건 청구인이 처분을 취소받을 수 있었던 것도 소송 과정에서 채권의 존재가 법원 판결로 확정되어 있었기 때문입니다.

덧붙여, 보유기간이 1년 미만인 주택 양도에는 매우 높은 단기 세율이 적용됩니다. 채권 회수 목적으로 받은 부동산을 곧바로 처분하는 경우 세부담이 급격히 커질 수 있으므로, 처분 시점과 취득가액 산정 근거를 함께 검토한 뒤 움직이는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

Q. 매수인이 대신 낸 돈은 무조건 양도가액에 들어가나요?

매수인이 부담한 금액이 매매대가의 일부로 약정된 것이라면 양도가액에 포함되는 것이 원칙입니다. 인수한 채무, 미납 분양대금, 승계한 보증금 등이 여기에 해당할 수 있습니다. 다만 매수인이 자기 사정으로 지출한 비용이거나 대가와 무관한 지급이라면 달리 볼 여지가 있으므로, 계약 내용과 실제 자금 흐름을 함께 봐야 합니다.

Q. 취득할 때 계약서를 대충 썼는데 지금 고칠 수 있나요?

이미 지나간 계약서를 소급해서 새로 만드는 것은 오히려 신빙성을 떨어뜨릴 수 있습니다. 이 사건에서도 양도 계약서가 두 종류로 확인되어 다툼의 소지가 있었습니다. 계약서를 고치기보다는 당시에 실제로 남아 있는 객관적 자료, 즉 이체내역, 분양사 납부확인원, 등기부 을구, 문자나 통화 기록 등을 모아 사실관계를 재구성하는 편이 낫습니다.

Q. 이의신청에서 졌는데 심판청구로 뒤집힐 수 있나요?

이 사건이 그런 경우입니다. 청구인은 이의신청에서 기각되었지만 심판청구에서 처분 전부를 취소받았습니다. 단계가 올라갈수록 제출한 자료의 구성과 논리가 중요해집니다. 다만 심판청구에는 기한이 있으므로, 결정통지를 받은 뒤 정해진 기간 안에 절차를 밟아야 합니다. 기한을 놓치면 내용을 따져보지도 못하고 각하될 수 있습니다.

Q. 취득가액을 입증하지 못하면 어떻게 되나요?

실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한해 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액을 순차로 적용하도록 되어 있습니다. 다만 이는 실지거래가액이 확인되지 않을 때의 보충적 방법이고, 자산의 종류와 취득 시기에 따라 적용 요건과 불이익이 달라질 수 있습니다. 실제 지급한 금액을 증빙으로 남겨두는 것이 언제나 우선입니다.

Q. 시세보다 훨씬 싸게 산 것으로 처리되면 증여 문제도 생기나요?

특수관계 여부, 시가와 대가의 차이 정도 등에 따라 저가양수 문제가 검토될 수 있습니다. 이 사건에서 청구인도 쟁점금액을 취득가액에서 빼면 시세의 절반 수준에 취득한 것이 되어 별도의 과세 문제가 생길 수 있다고 지적했습니다. 취득가액을 낮게 잡는 것이 항상 유리한 것은 아니며, 취득과 양도, 그리고 증여 측면을 함께 봐야 합니다.

자가진단 체크리스트

• 내가 산 부동산에 매도인이 미납한 분양대금이나 중도금 대출이 남아 있지는 않았는가
• 그 부담을 내가 떠안는 조건으로 매매대금을 깎았다면 계약서 특약란에 명시했는가
• 등기사항전부증명서 을구에 전 소유자를 채무자로 하는 근저당권이 남아 있지는 않은가
• 분양사나 시행사로부터 받은 입주금 납부확인원과 그에 대응하는 이체내역을 보관하고 있는가
• 취득 이후 지방자치단체가 취득세를 추가로 부과한 적이 있고, 그 납부확인서를 갖고 있는가
• 양도소득세 고지서를 받았다면 양도가액만 올라가고 취득가액은 그대로인 것은 아닌가
• 같은 단지, 비슷한 시기의 유사 매매사례가액과 비교했을 때 내 신고 취득가액이 지나치게 낮지는 않은가
• 빌려준 돈 대신 부동산을 받은 경우, 대여 이체내역과 차용증, 정산 근거가 서로 맞아떨어지는가
• 보유기간이 1년 미만이어서 단기 중과세율이 적용되는 상황은 아닌가

정리

이 결정의 메시지는 명확합니다. 하나의 금액을 양도 쪽에서는 대가로 보면서 취득 쪽에서는 대가가 아니라고 하는 것은 일관되지 않는다는 것입니다. 매수인이 대신 낸 미납 할부금이 매도인의 양도가액에 들어간다면, 그 매도인이 애초에 그 부담을 떠안고 물건을 넘겨받았다는 사실이 확인되는 이상 취득가액에도 반영되어야 합니다. 심판원은 계약서에 그 내용이 없다는 이유만으로 이를 배척할 수 없다고 보았습니다.

동시에 이 결정은 증빙 없이 주장만으로는 안 된다는 점도 보여줍니다. 청구인이 이길 수 있었던 것은 차용금증서, 법원 판결, 등기부, 입주금 납부확인원, 금융거래내역, 취득세 납부확인서가 서로 모순 없이 하나의 사실관계를 가리켰기 때문입니다. 자료 하나하나는 결정적이지 않았지만 합쳐지자 설명이 완성되었습니다.

비슷한 상황에 계시다면, 고지서를 받은 뒤 급하게 자료를 찾기보다 거래 당시부터 자금 흐름을 시간 순서로 정리해 두는 습관이 가장 확실한 방어입니다. 이미 고지서를 받으셨다면 불복 기한이 정해져 있으므로 빠르게 검토를 시작하시기 바랍니다. 위너세무회계는 경기 수원 영통에서 상속, 증여, 양도 사안을 다루고 있으며 나승리 대표세무사가 직접 상담합니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026인0914 (2026.8.12. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 「소득세법 시행령」 제163조, 「소득세법」 제96조·제97조·제104조, 「국세기본법」 제14조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)