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판례

대토보상 받고 감면까지 받았는데, 등기원인이 '매매'라서 세금이 추징됐습니다 (조심 2026중0308)

위너세무회계 · 2026년 8월 28일 · 조회 0
양도세 대토보상 감면 추징, 등기원인이 매매로 기재되어 감면이 배제된 조세심판 사례양도세 대토보상 사건 경과, 매매계약서 작성부터 감면세액 추징 고지까지 시간순 정리양도세 대토보상 감면 추징과 유지의 차이, 등기원인 기재 요건 비교양도세 대토보상 심판원 판단 요지, 기각 이유와 경정등기 구제 가능성 정리양도세 대토보상 자가진단 체크리스트, 등기원인 확인과 추징사유 점검 항목

공익사업에 땅을 넘기고 조성토지로 받았는데, 몇 년 뒤 세금 고지서가 옵니다

개발사업 구역에 토지나 건물을 가지고 있다가 사업시행자에게 넘기게 되는 분들이 있습니다. 이때 보상을 현금으로 받는 방법도 있지만, 사업시행자가 조성한 땅으로 받는 이른바 대토보상을 선택하는 경우가 적지 않습니다. 시행사 측에서 먼저 권유하는 일도 많습니다. 조성이 끝난 뒤 상가나 근린생활시설을 지어 임대수익을 얻을 수 있고, 무엇보다 양도소득세의 일정 비율을 감면받거나 과세를 이연받을 수 있다는 점이 큰 유인이 됩니다.

그런데 대토보상 감면은 신고하고 끝나는 제도가 아닙니다. 조세특례제한법은 감면을 받은 뒤 일정한 사유가 발생하면 감면세액과 이자 상당 가산액을 다시 양도소득세로 내도록 정해 두고 있습니다. 이른바 사후관리입니다. 그리고 그 사후관리 항목 중에는 일반 납세자가 전혀 예상하지 못하는 것이 하나 들어 있습니다. 바로 대토로 받은 토지의 소유권이전등기에 등기원인이 '대토보상'으로 적혀 있어야 한다는 요건입니다.

이번에 소개할 조세심판원 결정(조심 2026중0308, 2026.6.2. 의결)은 정확히 이 지점에서 다툼이 벌어진 사건입니다. 청구인은 실제로 현금을 한 푼도 받지 않고 조성토지로만 보상을 받았고, 시행사가 발급한 수용사실확인서에도 대토보상이라고 적혀 있었습니다. 그런데 등기부의 등기원인 한 줄이 '매매'로 되어 있었다는 이유로 감면이 통째로 부인되었습니다. 결과는 기각이었습니다. 다만 결정문 안에는 지금이라도 구제받을 수 있는 길이 함께 적혀 있습니다. 이 글에서 그 부분까지 짚겠습니다.

사건 경과, 시간 순서로 보기

청구인은 2010년 2월, 부친과 함께 인천 서구 소재 토지와 건물을 지분 50 대 50으로 공동 취득했습니다. 이후 그 일대에서 식품단지 조성사업이 추진되었고, 사업시행사가 해당 부동산을 사업부지로 편입하게 됩니다. 청구인과 부친은 처음에는 현금 보상을 원했지만, 시행사 측 담당자가 조성될 단지 안의 상가부지를 대토로 받을 것을 권유했고, 세금 문제를 고려해 이를 받아들였습니다.

2021년 1월 15일, 청구인과 부친은 시행사와 대상 부동산에 관한 매매계약서를 작성합니다. 계약금과 중도금 없이 잔금일에 양도가액 전액을 지급하는 구조였습니다. 그리고 2021년 1월 21일, 청구인은 조성사업 부지 내 특정 토지의 지분 2분의 1을 대토보상으로 받기로 하면서 보유 지분을 양도했습니다. 같은 날짜로 대토 대상 토지에 대한 소유권이전등기가 이루어졌는데, 그 등기원인이 '매매'로 기재되었습니다.

2021년 3월 30일, 청구인은 조세특례제한법 제77조의2 제1항의 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례를 적용해 감면세액을 반영한 2021년 귀속 양도소득세를 신고했습니다. 그해 12월 1일에는 대토로 받을 토지의 면적이 1,995제곱미터에서 1,994.2제곱미터로 0.8제곱미터 줄어들면서, 그 차액을 양도대금에서 차감해 최종 금액을 확정하는 정산 합의도 이루어졌습니다.

문제는 몇 년 뒤에 터졌습니다. 처분청이 대토보상 감면에 대한 사후관리를 하던 중, 등기사항전부증명서상 등기원인이 '대토보상'이 아니라 '매매'로 되어 있는 것을 확인한 것입니다. 처분청은 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호와 같은 법 시행령 제73조 제5항 제1호에 따른 추징사유가 발생했다고 보아, 2025년 11월 1일 2021년 귀속 양도소득세를 경정 고지했습니다. 청구인은 같은 달 28일 심판청구를 제기했습니다.

청구인 주장, "실질은 분명히 대토인데 형식 한 줄 때문에"

청구인의 주장은 크게 두 갈래였습니다. 첫째는 거래의 실질이 대토보상이라는 점입니다. 청구인은 부동산을 시행사에 넘기고 그 대가로 현금이 아니라 시행사가 조성한 단지 내 상가용지를 받았습니다. 시행사가 발급한 2021년 1월 21일자 '토지 등 수용확인서'에는 현금보상은 없고 대토보상이라는 점, 그리고 대토의 소재지와 지목, 면적까지 명확히 기재되어 있었습니다. 청구인은 현재 그 땅 위에 상가를 지어 단지 운영에 필요한 식당, 편의점, 카페 등을 임대하고 있다는 사정도 함께 제시했습니다.

둘째는 등기원인이 '매매'가 된 데에는 불가피한 사정이 있었다는 점입니다. 청구인 설명에 따르면, 시행사가 직접 등기 절차를 진행한 것이 아니라 신탁회사의 자금이 투입되는 구조로 진행되면서 정확한 금액을 특정하기 위한 감정과 매매계약이 필요했다는 것입니다. 또한 대토로 받기로 한 토지는 당시 구획정리가 끝나지 않아 위치와 면적을 정확히 특정할 수 없는 상태였습니다. 실제로 계약 내용은 계속 바뀌었고, 최종적으로는 면적 감소분만큼 대금을 정산하는 합의까지 이루어졌습니다. 요컨대 매매의 형식은 개발과정의 특수성 때문에 빌린 것에 불과하다는 취지입니다.

청구인은 이런 사정을 근거로 국세기본법 제14조 제2항의 실질과세 원칙을 들었습니다. 과세표준 계산에 관한 규정은 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용해야 한다는 조항입니다. 청구인은 실질과 괴리되는 형식이나 외관을 취한 경우 그 형식에도 불구하고 실질에 따라 과세해야 한다는 대법원 2018.2.28. 선고 판결의 취지도 함께 인용했습니다.

과세관청 반박, "감면요건은 문언대로 엄격하게"

처분청의 논리는 단순하고 강했습니다. 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호는 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 '대토보상'으로 기재되지 아니하는 경우, 감면받거나 과세이연받은 세액과 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하도록 규정하고 있습니다. 시행령 제73조 제5항 제1호도 같은 취지로, 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우를 추징사유로 명시합니다.

여기에 처분청은 조세법률주의에 따른 엄격해석 원칙을 덧붙였습니다. 과세요건이든 비과세요건이든 감면요건이든 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정으로 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다는 대법원 1998.3.27. 선고 판결의 법리입니다.

즉 처분청 입장에서는 등기원인 기재라는 요건이 법률과 시행령에 그대로 적혀 있는 이상, 실질이 어떠했는지를 따져 이를 완화할 여지가 없다는 것입니다. 감면은 원칙이 아니라 예외이고, 예외를 넓히는 해석은 오히려 성실히 요건을 갖춘 다른 납세자와의 형평을 해친다는 논리이기도 합니다.

심판원 판단, 기각. 그러나 결정문에 구제의 실마리가 있다

조세심판원은 청구를 기각했습니다. 판단 이유는 세 갈래로 정리됩니다.

첫째, 추징사유가 문언상 명백히 발생했다는 점입니다. 조세특례제한법 제77조의2 제3항 제2호와 시행령 제73조 제5항 제1호는 대토보상 과세특례를 적용받은 후 대토로 취득한 토지의 소유권이전등기 원인이 '대토보상'으로 기재되어 있지 않으면 감면세액을 추징하도록 정하고 있는데, 이 사건 대토 토지의 등기부에는 등기원인이 '매매'로 기재되어 있었습니다. 따라서 추징사유가 발생한 것으로 보인다는 것입니다.

둘째, 해당 규정이 위헌이거나 위법하다고 볼 근거가 없다는 점입니다. 심판원은 등기원인이 '대토보상'이 아닌 경우 감면세액을 추징하도록 한 시행령 조항에 대해 헌법재판소나 대법원이 위헌 또는 위법으로 판단한 결정이나 판결이 없다는 점을 지적했습니다. 심판원은 법령의 위헌 여부를 스스로 선언할 수 있는 기관이 아니므로, 유효한 법령이 존재하는 이상 그에 따라 판단할 수밖에 없다는 취지입니다.

셋째, 그리고 이 사건에서 가장 실무적으로 중요한 부분입니다. 심판원은 부동산등기법 제32조에 따라 해당 토지의 소유권이전등기 원인을 '대토보상'으로 경정할 경우, 조세특례제한법 제77조의2 제3항을 적용하지 않고 과세특례에 따른 세액감면을 받을 수 있다고 명시했습니다. 국세청 법령해석 사례(기준-2015-법령해석재산, 2016.4.5.)를 참조로 들었습니다. 그렇기 때문에 시행령 제73조 제5항 제1호가 납세자의 권리를 침해하는 규정이라고 보기 어렵다는 것이 심판원의 결론입니다.

이 세 번째 이유는 단순한 방론이 아닙니다. 심판원이 규정의 정당성을 인정한 근거가 바로 "등기를 고치면 되니까"라는 점이었습니다. 뒤집어 말하면, 같은 상황에 놓인 납세자에게 실제로 열려 있는 길이 무엇인지를 결정문이 알려준 셈입니다.

왜 실질과세 원칙이 통하지 않았을까

많은 분들이 오해하는 지점이 있습니다. 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙이 있으니 서류가 조금 잘못되어도 실질만 맞으면 인정받을 수 있다고 생각하는 것입니다. 그러나 실질과세 원칙은 만능열쇠가 아닙니다.

실질과세 원칙은 본래 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취해 조세를 회피하는 행위를 규제하기 위한 원칙입니다. 즉 납세자가 형식을 꾸며 세금을 줄이려 할 때 과세관청이 실질을 꿰뚫어 과세할 수 있도록 하는 데 주된 목적이 있습니다. 물론 납세자에게 유리하게 작용하는 경우도 있지만, 법령이 특정한 형식 자체를 감면의 요건으로 명시해 둔 경우에는 사정이 다릅니다.

이 사건의 등기원인 요건이 바로 그런 경우입니다. 입법자는 대토보상 감면의 남용을 막고 사후관리를 가능하게 하기 위해, 등기부라는 공적 장부에 '대토보상'이라는 원인을 남기도록 요구했습니다. 이는 실질을 추정하기 위한 간접 증거를 요구한 것이 아니라, 그 형식 자체를 요건으로 삼은 것입니다. 따라서 실질이 대토였다는 사정만으로 요건 미충족이 치유되지는 않습니다. 감면요건은 엄격하게 해석한다는 대법원 법리가 여기에 그대로 적용됩니다.

정리하면, 실질과세 원칙은 실체 판단의 영역에서 힘을 발휘하고, 형식요건이 명문화된 조세특례 규정 앞에서는 한계가 있습니다. 이 구분을 이해하지 못하면 "우리는 진짜 대토였다"는 주장만 반복하다가 불복 기간을 소진하게 됩니다.

항목별 판단 결과

쟁점청구인 주장심판원 판단
거래의 실질이 대토보상인지수용사실확인서 등에 비추어 실질은 대토실질 여부와 무관하게 등기원인 요건 미충족
등기원인이 '매매'인 점신탁 구조와 미확정 면적 때문에 부득이시행령상 추징사유가 발생한 것으로 봄
실질과세 원칙 위반 여부형식이 아닌 실질에 따라 과세해야 함감면요건은 문언대로 엄격 해석, 주장 배척
시행령 규정의 정당성납세자 권리를 침해하는 규정위헌 또는 위법 판단 사례 없음, 권리침해 아님
구제 가능성별도 주장 없음부동산등기법 제32조에 따른 경정 시 감면 가능
최종 결론처분 취소 요구기각, 처분에 달리 잘못 없음

표에서 보듯 청구인이 제시한 사실관계 자체는 부정되지 않았습니다. 시행사가 발급한 수용사실확인서, 대토 면적 정산 합의 등은 그대로 인정되었습니다. 그럼에도 결론이 갈린 이유는 오직 하나, 등기부에 남은 등기원인 표기였습니다.

실무 포인트, 이 사건에서 반드시 가져가야 할 것

포인트 ①. 계약서의 명칭보다 등기부의 등기원인이 결정적이다.
대토보상 협의를 하면서 시행사가 매매계약서 양식을 내미는 경우가 흔합니다. 신탁 구조가 들어가거나 조성 전이라 면적과 위치가 확정되지 않았을 때 특히 그렇습니다. 계약서 제목이 매매계약서인 것 자체가 곧바로 추징으로 이어지는 것은 아니지만, 그 흐름이 그대로 등기신청까지 이어져 등기원인이 '매매'로 접수되면 그 순간 사후관리 위반이 됩니다. 등기 접수 전에 등기원인을 어떻게 기재할지 시행사, 법무사와 명확히 확인해야 합니다.

포인트 ②. 등기는 이미 끝났어도 '경정등기'라는 길이 있다.
이 결정에서 심판원이 직접 밝힌 부분입니다. 부동산등기법 제32조에 따라 등기원인을 '대토보상'으로 경정하면 조세특례제한법 제77조의2 제3항의 추징 규정을 적용하지 않고 감면을 받을 수 있다는 국세청 해석이 존재합니다. 즉 불복으로 다투기보다 등기를 바로잡는 것이 실효적인 해법일 수 있습니다. 다만 경정등기는 등기관의 심사와 시행사의 협조, 원인 증서 보완이 필요하므로 실제 가능 여부는 개별 사안에 따라 달라집니다.

포인트 ③. 시간이 지날수록 시행사 협조를 받기 어려워진다.
이 사건은 2021년 등기, 2025년 고지입니다. 4년 이상 지난 뒤에야 문제가 드러났습니다. 그 사이 사업시행사의 담당자가 바뀌거나 시행사 자체가 청산되면 경정등기에 필요한 서류를 받기가 대단히 어려워집니다. 대토보상 감면을 신고했다면 신고 직후에 등기부를 열람해 등기원인을 확인하는 것이 가장 값싼 대비입니다. 등기사항전부증명서 한 통이면 확인됩니다.

포인트 ④. 추징세액은 감면세액만이 아니다.
법령은 감면받거나 과세이연받은 세액에 더해 이자 상당 가산액까지 납부하도록 하고 있습니다. 감면 이후 시간이 오래 흐를수록 부담이 커지는 구조입니다. 또한 시행령은 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 스스로 신고 납부하도록 정하고 있습니다. 문제를 인지했다면 과세관청이 찾아내기 전에 자진 신고하는 편이 유리한 경우가 많습니다.

포인트 ⑤. 사업시행자의 국세청 통보 의무도 확인해야 한다.
조세특례제한법 제77조의2 제2항은 사업시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 감면을 적용한다고 정하고 있습니다. 납세자가 아무리 요건을 갖춰도 시행자 측 통보가 누락되면 감면 자체가 성립하지 않을 수 있습니다. 보상 협의 단계에서 시행자에게 통보 여부를 확인하고 그 근거를 남겨 두는 것이 좋습니다.

포인트 ⑥. 실질과세 주장만으로 불복 전략을 짜지 말 것.
이 사건 청구인은 실질과세 원칙과 대법원 판례를 정면으로 들었지만 받아들여지지 않았습니다. 형식요건이 법률과 시행령에 명시된 영역에서는 실질 주장이 힘을 잃습니다. 불복을 검토할 때는 요건 자체를 충족시킬 방법이 남아 있는지를 먼저 확인하고, 그다음에 법리 다툼을 고민하는 순서가 맞습니다.

대토보상 감면, 등기원인 말고도 조심해야 할 추징사유

조세특례제한법 시행령 제73조 제5항은 네 가지 추징사유를 열거하고 있습니다. 등기원인 문제는 그중 하나일 뿐입니다. 감면을 받은 분이라면 나머지 사유도 함께 기억해 두어야 합니다.

  • 첫째, 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우. 이 사건의 쟁점입니다.
  • 둘째, 일정한 예외 사유 외의 이유로 현금보상으로 전환된 경우. 사업 지연이나 개인 사정으로 대토를 포기하고 현금을 받으면 추징 대상이 됩니다.
  • 셋째, 해당 대토를 증여하거나 상속이 이루어지는 경우. 자녀에게 명의를 넘기거나 소유자가 사망해 상속이 개시되면 추징사유가 됩니다. 이 경우 상속인이 신고 납부 의무를 지며, 증여는 3개월, 상속은 6개월의 기한이 적용됩니다.
  • 넷째, 토지로 보상받기로 결정된 권리를 부동산투자회사에 현물출자하는 경우. 별도 특례가 적용되는 경우를 제외하면 역시 정산 대상입니다.

특히 세 번째 사유는 가족 간 자산 이전을 계획하는 분들이 놓치기 쉬운 함정입니다. 대토로 받은 땅 위에 상가를 지어 임대하다가, 어느 시점에 자녀에게 지분 일부를 증여하려는 경우가 많습니다. 그런데 그 증여 자체가 과거 감면세액의 추징을 불러올 수 있습니다. 증여세만 계산해 보고 결정했다가 예상하지 못한 양도소득세가 따라붙는 구조입니다. 이 사건처럼 부친과 공동으로 대토를 받은 경우라면, 훗날 상속이 개시될 때도 같은 문제가 발생할 수 있습니다.

같은 문제를 겪고 있다면 지금 확인할 순서

첫째, 등기사항전부증명서를 발급해 등기원인을 확인합니다. 대토로 받은 토지의 소유권이전등기 원인란에 무엇이라고 적혀 있는지가 출발점입니다. '대토보상'이 아니라면 문제가 있는 상태입니다.

둘째, 경정등기가 가능한지 검토합니다. 시행사와 체결한 협약서, 보상계약서, 토지 등 수용사실확인서, 대토보상 신청서와 승인 관련 서류를 모아 실제 원인이 대토보상이었다는 점을 소명할 자료를 정리해야 합니다. 이 사건 청구인도 수용사실확인서는 확보하고 있었습니다. 문제는 그 서류를 등기 단계에서 쓰지 않았다는 점입니다.

셋째, 이미 고지서를 받았다면 기한을 챙깁니다. 국세 불복은 처분을 안 날부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 제기해야 합니다. 이 사건 청구인도 고지일로부터 한 달 이내에 심판청구를 냈습니다. 다만 앞서 본 것처럼 불복만으로는 결론을 뒤집기 어려울 수 있으므로, 불복과 경정등기 시도를 병행하는 전략을 검토할 필요가 있습니다.

넷째, 아직 대토보상 협의 단계라면 등기원인 기재를 계약 조건으로 못박아 두는 것이 최선입니다. 시행사가 신탁 구조나 정산 편의를 이유로 매매 형식을 제안하더라도, 등기원인만큼은 '대토보상'으로 하겠다는 확약을 문서로 남겨야 합니다. 이 한 줄이 감면 전체를 지킵니다.

자주 묻는 질문

Q. 계약서 제목이 '매매계약서'이면 무조건 감면이 안 되나요?

결정문에서 문제 삼은 것은 계약서 제목이 아니라 등기부에 기재된 소유권이전등기의 등기원인입니다. 법령도 등기원인을 기준으로 추징 여부를 정하고 있습니다. 다만 실무에서는 계약서가 매매계약서로 작성되면 그 서류를 근거로 등기신청이 이루어져 등기원인도 매매가 되는 경우가 많으므로, 계약 단계부터 관리해야 합니다.

Q. 시행사가 발급한 수용사실확인서가 있으면 되지 않나요?

이 사건 청구인도 대토보상 내용이 명시된 수용사실확인서를 제출했지만 결과는 기각이었습니다. 법령이 요구하는 것은 등기부상 등기원인 기재이고, 다른 서류로 이를 대체할 수 있다는 규정이 없기 때문입니다. 확인서는 경정등기를 신청할 때 소명자료로 쓰는 것이 더 실효적일 수 있습니다.

Q. 지금이라도 등기원인을 고치면 세금을 돌려받을 수 있나요?

심판원은 부동산등기법 제32조에 따라 등기원인을 '대토보상'으로 경정하면 추징 규정을 적용하지 않고 감면을 받을 수 있다는 국세청 해석을 언급했습니다. 다만 경정등기가 실제로 받아들여지는지는 등기 실무와 자료 구비 상황, 시행사 협조 여부에 달려 있고, 이미 부과된 세액에 대한 후속 절차도 별도로 따져야 합니다. 가능성이 있다는 것이지 자동으로 해결된다는 뜻은 아닙니다.

Q. 대토로 받은 땅을 자녀에게 증여해도 문제가 없나요?

시행령은 해당 대토를 증여하거나 상속이 이루어지는 경우를 추징사유로 명시하고 있습니다. 증여 시 3개월, 상속 시 6개월 이내에 정산 세액을 신고 납부하도록 되어 있습니다. 따라서 증여세만 검토하고 진행하면 예상치 못한 양도소득세 부담이 생길 수 있습니다. 이전 시점과 방법을 사전에 함께 설계해야 합니다.

Q. 대토보상 감면은 몇 년 동안 관리해야 하나요?

이 사건은 2021년 신고, 2025년 고지로 4년 이상 지난 뒤 사후관리에서 적발되었습니다. 추징사유는 특정 기간이 지나면 저절로 사라지는 방식이 아니라, 사유가 발생하면 그때 신고 납부 의무가 생기는 구조입니다. 감면을 받았다면 대토 토지의 처분, 명의 변경, 상속 계획까지 장기적으로 관리한다고 생각하는 편이 안전합니다.

자가진단 체크리스트

  • 대토보상으로 받은 토지의 등기사항전부증명서를 발급해 등기원인이 '대토보상'으로 되어 있는지 확인했다.
  • 시행사와 작성한 서류가 매매계약서 형식인 경우, 대토보상임을 입증할 협약서와 확인서를 별도로 보관하고 있다.
  • 양도소득세 신고 때 조세특례제한법 제77조의2를 적용해 감면 또는 과세이연을 받았는지 신고서로 확인했다.
  • 사업시행자가 대토보상 명세를 국세청에 통보했는지 확인한 자료가 있다.
  • 대토 토지를 자녀에게 증여하거나 현금보상으로 전환할 계획이 있다면, 추징사유에 해당하는지 미리 검토했다.
  • 대토 토지 소유자의 연령과 건강 상태를 고려해 상속 개시 시 추징 문제를 상속인과 공유하고 있다.
  • 이미 추징 고지서를 받았다면 불복 기한 90일과 경정등기 가능성을 동시에 검토하고 있다.

이 중 앞의 세 항목에서 하나라도 확인이 되지 않았다면, 오늘 등기부를 한 통 떼어 보시기를 권합니다. 확인에는 몇 분이면 충분하지만, 확인하지 않아 발생하는 결과는 감면세액 전액과 이자 상당 가산액입니다.

정리

이 사건은 실질은 맞았지만 형식이 어긋나서 감면을 잃은 사례입니다. 청구인은 현금을 받지 않았고, 조성된 땅을 받아 상가를 지어 운영하고 있었으며, 시행사도 대토보상임을 확인해 주었습니다. 그럼에도 등기부에 남은 '매매'라는 두 글자가 결론을 갈랐습니다. 조세특례제한법이 등기원인 기재를 명시적 추징사유로 두고 있는 이상, 심판원으로서는 달리 판단하기 어려웠습니다.

동시에 이 결정은 해법의 방향도 함께 제시하고 있습니다. 등기원인을 '대토보상'으로 경정하면 감면을 받을 수 있다는 국세청 해석을 심판원이 명시적으로 인용했기 때문입니다. 문제를 발견한 시점이 이를수록 시행사 협조를 얻기 쉽고, 경정 절차도 수월합니다. 반대로 사후관리에서 적발된 뒤에는 선택지가 급격히 줄어듭니다.

공익사업 구역에 부동산을 보유하고 계시거나, 이미 대토보상을 받고 감면 신고를 마치신 분이라면 등기부 확인부터 시작하시기 바랍니다. 대토보상 감면은 신고로 끝나는 제도가 아니라 등기, 명의 관리, 상속과 증여 계획까지 이어지는 장기 관리 항목입니다. 개별 사안은 계약 구조와 증빙, 등기 실무 상황에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다.


출처 · 조세심판원 조심 2026중0308 (2026.6.2. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제14조(실질과세), 조세특례제한법 제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례), 같은 법 시행령 제73조 제5항, 부동산등기법 제32조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)

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