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판례

근린생활시설로 등록된 2층을 주택으로 썼다면, 다가구주택 비과세가 깨집니다 (조심 2025전4430)

위너세무회계 · 2026년 8월 27일 · 조회 0
양도세 다가구주택 1세대1주택 비과세, 근린생활시설 2층을 주택으로 사용해 비과세가 부인된 사례양도세 다가구주택 비과세 부인 사건 경과, 조사 시인 후 감사로 과세된 흐름 정리양도세 다가구주택 층수 요건, 비과세가 부인된 이유와 인정되기 위한 조건 비교양도세 다가구주택 심판 결과, 청구기간은 인정되고 본안 주장은 모두 기각된 내용 정리양도세 겸용주택 다가구 자가진단 체크리스트와 수원 영통 세무사 상담 안내

상가겸용주택을 통째로 팔고 비과세를 받았는데, 몇 년 뒤에 세금이 나오는 이유

1층에 음식점이 있고 위층에는 세입자들이 사는 건물, 흔히 말하는 상가겸용주택이나 다가구주택은 우리 주변에 아주 많습니다. 이런 건물을 통째로 하나의 매매단위로 팔 때, 소유자 입장에서 가장 큰 관심사는 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있느냐입니다. 세법은 「건축법 시행령」상 다가구주택에 해당하는 건물을 구획별로 쪼개 팔지 않고 하나의 매매단위로 양도하는 경우, 그 전체를 하나의 주택으로 보아 준다고 정하고 있습니다. 즉 방이 열 개든 세대가 여덟이든, 다가구주택 요건만 갖추면 '1주택'으로 취급받을 길이 열리는 것입니다.

문제는 그 다가구주택 요건입니다. 요건은 세 가지인데, 그중 실무에서 가장 자주 걸려 넘어지는 것이 '주택으로 쓰는 층수가 지하층을 제외하고 3개층 이하일 것'이라는 조건입니다. 여기서 말하는 '주택으로 쓰는 층수'는 건축물대장에 무엇이라고 적혀 있느냐가 아니라, 양도 당시 사실상 무엇으로 쓰였느냐로 판단합니다. 공부상 근린생활시설인 층을 주거용으로 임대하고 있었다면 그 층도 주택 층수에 들어갑니다. 그렇게 4개층이 되는 순간 그 건물은 다가구주택이 아니게 되고, 구획된 부분마다 각각 하나의 주택으로 보게 되어 1세대 1주택 비과세는 사라집니다.

이번에 소개하는 조세심판원 결정은 바로 이 지점에서 결론이 갈린 사건입니다. 게다가 이 사건에는 납세자를 더 당황하게 만드는 요소가 몇 겹 더 있습니다. 양도 당시 세무서가 이미 한 차례 양도소득세 조사를 했고 신고 내용을 그대로 시인하며 종결했다는 점, 그 뒤 소유자가 사망해 상속인이 세금 고지서를 받게 되었다는 점, 그리고 상급관청의 정기 종합감사에서 판단이 뒤집혔다는 점입니다. 실제 현장에서 흔히 벌어지는 흐름이므로, 겸용주택을 보유하고 있거나 처분을 앞둔 분이라면 남의 일로 넘기기 어렵습니다.

사건 경과, 조사에서 시인받고 종결된 건이 감사에서 되살아나기까지

사실관계를 시간 순서로 정리하면 다음과 같습니다. 피상속인은 2016년 협의분할에 의한 상속을 원인으로 지하 1층부터 지상 5층까지 있는 겸용주택의 소유권을 이전받았습니다. 건축물대장상 지하층과 1층, 2층은 근린생활시설(1층은 일반음식점)이고, 3층부터 5층까지가 주택으로 기재되어 있었습니다. 건축 연면적은 327.04㎡였고, 5층은 2014년에 7.54㎡에서 41.92㎡로 증축된 상태였습니다.

피상속인은 2020년 10월 매매계약을 체결하고 같은 해 11월 이 건물 전체를 제3자에게 하나의 매매단위로 양도했습니다. 그리고 이 건물을 「소득세법 시행령」 제155조 제15항의 1세대 1주택 비과세 대상 다가구주택으로 보아 2020년 귀속 양도소득세를 신고하고 납부했습니다. 보유기간에 따른 장기보유특별공제도 함께 적용했습니다.

2022년 4월 말부터 5월 중순까지 관할 세무서는 피상속인에 대한 양도소득세 조사를 실시했습니다. 이 조사에서 세무서는 거주요건 충족 여부 등을 검토한 뒤 당초 신고 내용을 시인하고 조사를 종결했고, 2022년 5월 추가로 고지할 세액이 없다는 취지의 세무조사 결과통지서까지 발송했습니다. 다만 결정문에 나타난 바에 따르면 이때 세무서는 양도계약서, 등기부등본, 인근 주민 확인서, 재산세 납부확인서, 양도대금 사용처 소명자료 등 서면자료만 검토했고, 대면 질의나 건물에 대한 현장확인은 하지 않았습니다. 2층은 공부상 용도인 근린생활시설로 그대로 인정되었습니다.

그 사이인 2022년 9월 피상속인이 사망했고, 자녀가 상속인이 되었습니다. 이후 2024년 8월 말부터 9월 초까지 지방국세청이 관할 세무서를 대상으로 종합감사를 실시했습니다. 감사 결과, 공부상 주택 층수는 3개층이지만 실제 주택으로 사용한 층수는 2층을 포함한 4개층이어서 다가구주택이 아니라는 과세자료가 통보되었습니다. 이에 따라 세무서는 2025년 1월 상속인에게 2020년 귀속 양도소득세를 가산세를 포함해 경정·고지했습니다.

상속인은 2025년 3월 이의신청을 제기했고, 2025년 5월 재조사 결정이 내려졌습니다. 결정 취지는 감사청이 현장조사 없이 임대차계약과 확정일자 배부내역, 전기사용내역 같은 서면자료만으로 2층이 주거용이었다고 단정하기는 어려우니, 2층의 실제 사용용도를 확인할 수 있는 사실관계를 다시 조사하라는 것이었습니다. 세무서는 2025년 6월 재조사 사전통지를 하고 7월 초순에 임차계약 체결현황 서면조사, 매수자 면담, 현장확인을 실시한 뒤, 2층이 주거용으로 사용되었다고 보아 당초 처분이 정당하다는 처분결과통지를 했습니다. 상속인은 이에 불복해 2025년 10월 심판청구를 제기했습니다.

청구인은 무엇을 주장했나

청구인의 주장은 크게 네 갈래였습니다. 첫째는 청구기간 문제입니다. 처분청이 심판청구가 90일을 넘겼다고 주장하자, 청구인은 청구를 준비하던 시기에 국가 전산망 화재로 행정전산시스템 장애가 발생해 전자적 방법으로 심판청구서를 접수하기가 어려웠고, 조세심판원 담당자에게 문의해 불가항력 사유로 접수가 지연되는 경우 기간 연장이 가능하다는 안내를 받았다고 했습니다. 예견하거나 통제할 수 없는 사정 때문에 생긴 지연을 납세자 책임으로 돌리는 것은 권리구제 기회를 과도하게 제한한다는 취지였습니다.

둘째는 중복세무조사 주장입니다. 세무서가 이미 2022년에 같은 건물의 양도소득세를 조사해 시인 종결했는데, 이후 감사 결과를 이유로 다시 같은 세목, 같은 과세기간에 대해 세금을 부과하는 것은 국세기본법이 금지하는 재조사에 해당한다는 것입니다.

셋째는 재조사 범위 일탈 주장입니다. 이의신청 결정서에 재조사 범위가 '2층의 실제 용도 확인'으로 명시되어 있는데, 세무서가 4층과 5층의 용도까지 조사한 것은 결정에서 정한 범위를 벗어난 위법한 조사라는 것입니다.

넷째는 본안 쟁점인 5층의 실체에 관한 주장입니다. 청구인은 공부상 5층으로 기재된 부분이 실제로는 4층 내부에서 연결되는 다락형 복층 구조에 불과하다고 했습니다. 별도의 출입문이나 주방, 전용 설비가 없고, 전입세대 등록이나 전기·수도 사용내역 등에서도 독립된 주거 사실을 인정할 자료가 없다는 것입니다. 그러면서 다가구주택 특례 규정은 납세자에게 불리하게 엄격히 해석할 것이 아니라 실질적 주거 형태를 기준으로 합리적으로 해석해야 하므로, 주택 부분은 지상 2층부터 4층까지 3개층으로 보아야 한다고 주장했습니다.

과세관청은 어떤 근거를 들었나

처분청은 우선 청구기간에 대해, 재조사 결과통지를 받은 날부터 90일이 되는 날을 넘겨 심판청구가 제기되었으므로 부적법하다고 했습니다.

중복조사 주장에 대해서는, 이 건 부과처분은 감사청의 업무감사 결과에 따른 처분지시에 따라 세법 적용의 판단 착오를 바로잡은 것에 불과하다고 반박했습니다. 재조사 범위 문제에 대해서는, 2층의 인수 당시 현황을 확인하기 위해 매수자가 거주하는 4층에서 확인서를 받았고, 혹시라도 청구인에게 유리한 부분이 있는지 검토하려고 5층 구조를 확인한 것이므로 결정 취지에 맞는 조사였다고 설명했습니다.

본안에 대해서는 현장확인 결과 건축물대장상 근린생활시설로 표기된 2층이 사실상 주택으로 사용되고 있었음이 확인되었고, 그렇다면 양도 당시 사실상 주택으로 사용된 층수가 4개층이 되어 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목의 '주택으로 쓰는 층수 3개층 이하' 요건을 충족하지 못한다고 했습니다. 처분청은 같은 취지의 조세심판원 결정례(조심 2019서0783 등)와 국세청 유권해석도 근거로 들었습니다.

심판원 판단 ①, 전산망 장애로 늦어진 심판청구는 받아줬다

심판원은 먼저 청구기간부터 짚었습니다. 국세기본법은 납세자가 화재나 그 밖의 재해를 입은 경우, 그리고 이에 준하는 사유가 있는 경우로 기간 내에 청구를 할 수 없을 때에는 그 사유가 소멸한 날부터 14일 이내에 청구할 수 있도록 하고 있고, 이 규정은 심판청구에도 준용됩니다.

심판원은 2025년 9월 국가 전산시스템 화재로 홈페이지와 전자접수에 장애가 발생하자, 장애가 해소된 날부터 14일 이내에 심판청구를 하면 법정기간 내 청구로 인정하겠다는 취지의 보도자료를 게시했습니다. 그리고 이 사건 심판청구는 전산시스템 장애기간 중에 청구기간이 도래했고, 청구인은 장애 해소일부터 14일 이내에 청구를 제기했습니다. 심판원은 이 보도자료가 공적인 견해 표명에 해당하고 이를 신뢰한 데 청구인의 귀책사유가 없다고 보아, 통지받은 날부터 94일째 제기된 청구라도 신뢰보호 차원에서 본안심리를 하는 것이 타당하다고 판단했습니다. 이 부분은 청구인의 손을 들어준 유일한 대목입니다.

심판원 판단 ②③, 감사에 따른 과세와 재조사 범위 주장은 받아들이지 않았다

중복세무조사 주장에 대해 심판원은, 단순한 사실관계 확인이나 통상 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그쳐 납세자가 손쉽게 응답할 수 있을 정도이고 영업의 자유를 침해하거나 조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 세무조사로 볼 수는 없다는 법리를 전제로 삼았습니다. 결국 어떤 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'인지는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상·방법·내용, 획득한 자료, 조사의 규모와 기간 등을 종합해 개별적으로 판단할 수밖에 없다는 것입니다.

이 기준을 대입하면, 2022년의 조사는 신고내역을 사후검증하는 과정에서 소명자료 제출을 요청하는 정도의 비대면 서면조사였고 현장확인이나 세무서 방문 요구 같은 대면조사가 없었습니다. 그리고 감사청의 종합감사는 세무서의 업무처리가 적법·타당했는지를 검증하기 위한 것이지 납세자를 상대로 한 조사가 아니며, 그 결과에 따라 세무서가 2층 사용현황에 관한 서면자료를 받았을 뿐 별도의 현장조사나 질문검사권 행사를 하지는 않았다는 점도 고려되었습니다. 심판원은 이런 사정을 종합해 이 사건 종합감사는 중복금지 대상 세무조사에 해당하지 않는다고 보았습니다.

재조사 범위 일탈 주장도 배척되었습니다. 이의신청 단계에서 3층부터 5층까지 3개층이 공부상 용도대로 주택으로 사용되었다는 점에는 다툼이 없었고, 2층의 실제 용도를 확인하라는 결정 취지는 결국 이 건물이 '주택 층수 3개층 이하'의 다가구주택인지를 가리기 위한 것이었습니다. 게다가 세무서가 5층 사용현황을 추가로 확인한 것은, 2층을 주택으로 보더라도 5층을 주택 층수에서 빼면 다시 3개층이 되어 다가구주택이 될 수 있기 때문에 청구인에게 불이익하지 않도록 검토한 것이었습니다. 심판원은 이를 재조사 결정 취지에 따라 충실히 조사한 것으로 보았습니다.

심판원 판단 ④, 결론을 가른 두 개의 숫자

본안 판단의 뼈대는 단순합니다. 「소득세법 시행령」 제155조 제15항은 다가구주택을 구획별로 나누어 팔지 않고 하나의 매매단위로 양도하면 전체를 하나의 주택으로 본다고 정하고 있고, 여기서 말하는 다가구주택은 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목의 요건, 즉 주택으로 쓰는 층수가 3개층 이하이고, 주택으로 쓰이는 바닥면적 합계가 660㎡ 이하이며, 19세대 이하가 거주할 수 있어야 한다는 요건을 갖춘 주택입니다.

심판원이 확인한 첫 번째 숫자는 층수 4개였습니다. 공부상 주택은 3층부터 5층까지 3개층이지만, 재조사 결과 2층이 사실상 주택으로 사용된 사실이 확인되었으므로 실제 주택 사용 층수는 2층부터 5층까지 4개층이 됩니다. 3개층 이하 요건이 깨지는 순간입니다.

두 번째 숫자는 8분의 1이었습니다. 청구인은 5층이 4층 내부의 다락형 복층에 불과하다고 주장했지만, 「건축법 시행령」 제119조 제1항 제9호는 승강기탑, 계단탑, 망루, 장식탑, 옥탑 등 건축물 옥상 부분으로서 그 수평투영면적 합계가 해당 건축물 건축면적의 8분의 1 이하인 것만 층수에서 빼도록 정하고 있습니다. 이 건물의 5층은 2014년 증축을 거쳐 41.92㎡가 되었고, 이는 건축 연면적 327.04㎡ 기준으로 보아 8분의 1을 초과합니다. 건축물대장상으로도 4층과 5층이 명확히 구분되어 있었습니다. 심판원은 따라서 5층을 층수에서 제외할 수 없다고 보았고, 결국 이 건물은 1세대 1주택 비과세 특례 대상 다가구주택 요건을 충족하지 못한다고 판단해 심판청구를 기각했습니다.

면적(㎡)건축물대장상 용도실제 사용
지층41.04근린생활시설근린생활시설
1층61.02일반음식점근린생활시설
2층61.02근린생활시설주택으로 사용 확인
3층61.02주택주택(다툼 없음)
4층61.02주택주택(다툼 없음)
5층41.92주택(2014년 증축)층수 제외 대상 아님

항목별 판단 결과 한눈에 보기

네 가지 쟁점 가운데 청구인이 이긴 것은 절차 입구에 해당하는 청구기간 문제뿐이었고, 실체 판단은 모두 과세관청 손을 들어주었습니다.

쟁점청구인 주장심판원 판단결과
① 심판청구의 적법성전산망 화재로 접수가 지연된 것장애 해소일부터 14일 내 청구, 보도자료 신뢰 보호본안심리 인정
② 중복세무조사 여부이미 조사·시인 종결된 건의 재조사비대면 서면 사후검증, 감사는 업무검증 목적주장 배척
③ 재조사 범위 일탈2층 외 4~5층까지 조사한 것은 위법불이익 방지 목적의 확인, 결정 취지에 부합주장 배척
④ 다가구주택 해당 여부5층은 다락형 복층, 주택은 3개층2층 주거 사용 확인, 5층 면적이 8분의 1 초과주장 배척, 기각

실무 포인트, 이 사건에서 진짜 배워야 할 것

포인트 ①. '공부상 용도'가 아니라 '양도 당시 실제 사용'이 기준입니다. 이 사건에서 건축물대장은 끝까지 주택 3개층이라고 말하고 있었습니다. 그럼에도 결론이 뒤집힌 이유는 근린생활시설로 등록된 2층이 실제로는 주거용으로 사용되었기 때문입니다. 임대차계약서의 용도 표시, 확정일자 부여 내역, 전입세대 열람 결과, 전기·수도 사용 패턴, 매수자나 인근 주민의 진술까지 모두 실제 용도를 뒷받침하는 자료가 됩니다. 근생층을 원룸으로 개조해 세를 놓고 있다면, 서류상 근생이라는 사실만으로 안심할 수 없습니다.

포인트 ②. 옥탑이나 다락을 층수에서 빼려면 '8분의 1' 문턱을 넘지 말아야 합니다. 청구인은 5층이 4층 내부에서 연결되는 다락형 복층이라 독립 주거가 아니라고 주장했지만, 층수 산입 제외 규정은 '독립성'이 아니라 면적 기준으로 되어 있습니다. 옥상 부분의 수평투영면적 합계가 건축면적의 8분의 1 이하일 때만 층수에서 빠집니다. 이 사건의 5층은 과거 증축으로 면적이 크게 늘어난 상태였고, 그 증축이 결국 발목을 잡았습니다. 옥탑 증축은 당장의 임대수익을 늘려 주지만, 몇 년 뒤 양도 시점에 다가구 요건을 무너뜨릴 수 있다는 점을 함께 계산해야 합니다.

포인트 ③. 세무조사에서 '이상 없음' 통지를 받았다고 종결된 것이 아닙니다. 이 사건에서 세무서는 2022년에 조사 결과 추가 고지할 세액이 없다고 통지했습니다. 그러나 2년 뒤 상급관청 감사에서 판단 착오가 지적되자 과세가 이루어졌고, 심판원은 이를 중복조사로 보지 않았습니다. 서면 위주의 사후검증은 재조사가 금지되는 세무조사에 해당하지 않는다고 본 것이 핵심입니다. 결국 부과제척기간이 남아 있는 동안에는 언제든 재검토 대상이 될 수 있다는 전제로 자료를 보관하고 대응해야 합니다.

포인트 ④. 세금은 상속인에게 넘어옵니다. 이 사건의 고지서를 받은 사람은 양도한 본인이 아니라 사망 후 상속인이었습니다. 부모가 생전에 부동산을 처분하고 비과세로 신고했다면, 그 신고가 정확했는지는 상속인의 문제가 됩니다. 상속 재산 목록을 정리할 때 최근 몇 년간의 부동산 처분 내역과 그 신고 내용을 함께 검토해 두는 것이 좋습니다. 가산세까지 붙어 고지되면 부담이 훨씬 커집니다.

포인트 ⑤. 다가구 요건이 깨지면 세금 구조 자체가 달라집니다. 다가구주택으로 인정되지 않으면 구획된 부분마다 하나의 주택으로 보게 되어 1세대 1주택 비과세 적용이 어려워지고, 그에 따라 장기보유특별공제의 적용 방식도 달라질 수 있습니다. 비과세 여부 하나로 세액 차이가 크게 벌어지므로, 매도 계약서에 도장을 찍기 전에 층별 실제 사용현황부터 확인하는 것이 순서입니다.

포인트 ⑥. 겸용주택은 매도 '전'에 정리해야 합니다. 양도가 끝난 뒤에는 되돌릴 수 없습니다. 근생층의 주거용 임차인 문제, 옥탑 증축 부분, 무단 용도변경 부분은 매도 시점 이전에 실태를 파악하고, 필요하다면 용도 정리나 매도 시기 조정, 구조 정비 등을 검토해야 합니다. 어떤 선택이 유리한지는 층별 면적, 보유기간, 다른 주택 보유 여부에 따라 달라지므로 사전 검토가 필요합니다.

포인트 ⑦. 불복 기간은 여전히 무섭습니다. 이 사건에서는 국가 전산망 장애라는 예외적 사정과 심판원의 보도자료라는 공적 견해 표명이 있어 기간 도과가 구제되었습니다. 그러나 이는 어디까지나 예외입니다. 재조사 결정에 따른 처분결과통지를 받으면 그날부터 90일이라는 시계가 다시 돌아간다는 점을 기억하고, 통지서를 받는 즉시 날짜를 표시해 두는 습관이 필요합니다.

자주 묻는 질문

Q. 건축물대장에 주택이 3개층이면 다가구주택 아닌가요?

대장 기재는 출발점일 뿐입니다. 세법상 다가구주택 판정은 양도 당시 사실상 주택으로 사용한 층수를 기준으로 합니다. 이 사건처럼 근린생활시설로 등록된 층을 주거용으로 임대하고 있었다면 그 층도 주택 층수에 포함되어 4개층이 되고, 3개층 이하 요건이 깨집니다. 반대로 대장상 주택이지만 실제로는 사무실로만 쓰인 층이 있다면 그 반대의 다툼이 생길 수도 있습니다. 어느 쪽이든 결국 증빙 싸움입니다.

Q. 옥탑이나 다락은 층수에 안 들어가는 것 아닌가요?

무조건 빠지는 것이 아닙니다. 건축법 시행령은 승강기탑, 계단탑, 망루, 장식탑, 옥탑 등 옥상 부분으로서 수평투영면적 합계가 건축면적의 8분의 1 이하인 것만 층수에서 제외한다고 정하고 있습니다. 이 사건의 5층은 증축으로 면적이 늘어 8분의 1을 초과했고, 대장상 4층과 5층이 명확히 구분되어 있었기 때문에 제외 대상이 아니라고 보았습니다. '실제로는 복층처럼 쓴다'는 사정만으로는 부족했습니다.

Q. 세무서가 조사해서 문제없다고 했는데 다시 과세할 수 있나요?

이 사건에서는 가능하다고 보았습니다. 심판원은 2022년의 조사가 소명자료 제출을 요청하는 정도의 비대면 서면 사후검증이었고, 이후의 종합감사는 세무서 업무처리의 적법성을 검증하기 위한 것이지 납세자를 상대로 한 조사가 아니라는 점을 들어 중복금지 대상 세무조사가 아니라고 판단했습니다. 다만 조사행위의 성격은 목적, 방법, 규모, 획득 자료 등을 종합해 개별적으로 판단하므로 모든 사안에서 같은 결론이 나오는 것은 아닙니다.

Q. 이의신청에서 재조사 결정을 받으면 유리한 것 아닌가요?

재조사 결정은 '다시 사실관계를 확인해 보라'는 결정이지 취소 결정이 아닙니다. 이 사건에서도 재조사 결과 2층의 주거 사용이 오히려 현장확인으로 더 확실히 확인되면서 당초 처분이 유지되었습니다. 재조사 결정이 나오면 그 조사 과정에서 어떤 자료가 확인되느냐가 최종 결론을 좌우하므로, 결정 이후 단계에서의 대응이 오히려 더 중요합니다.

Q. 부모님이 판 부동산의 세금을 자녀가 내야 하나요?

이 사건에서 고지서를 받은 사람은 양도한 본인이 아니라 상속인이었습니다. 피상속인의 조세채무는 상속재산의 범위 내에서 상속인에게 승계되는 것이 원칙입니다. 그래서 부모가 생전에 부동산을 처분하고 비과세로 신고했다면, 그 신고의 근거자료와 조사 이력을 상속 단계에서 함께 점검해 두는 것이 안전합니다. 구체적인 승계 범위와 대응 방법은 상속재산 구성과 신고 상황에 따라 달라지므로 개별 검토가 필요합니다.

자가진단 체크리스트

  • 내 건물에서 공부상 근린생활시설인 층을 주거용으로 임대하고 있지는 않은가
  • 주택으로 실제 사용하는 층이 지하층을 빼고 3개층을 넘지 않는가
  • 옥탑이나 5층 부분의 수평투영면적이 건축면적의 8분의 1 이하인가
  • 과거에 옥탑이나 다락을 증축한 이력이 있는가, 그 면적은 얼마인가
  • 주택으로 쓰는 바닥면적 합계가 660㎡ 이하이고 19세대 이하인가
  • 전입세대 열람 내역, 확정일자 배부 내역, 전기·수도 사용내역이 공부상 용도와 어긋나지 않는가
  • 임대차계약서에 용도가 '주거용'으로 적혀 있는 근생층 계약이 있는가
  • 과거 세무조사에서 '이상 없음' 통지를 받았더라도 당시 검토된 자료가 서면뿐이지는 않았는가
  • 부모님이 최근 몇 년 사이 겸용주택을 처분한 이력이 있는가
  • 고지서나 처분결과통지를 받은 날부터 90일이 얼마나 남았는지 확인했는가

정리

이 결정이 남기는 메시지는 명확합니다. 다가구주택 특례는 '하나의 매매단위로 팔면 하나의 주택으로 본다'는 강력한 혜택이지만, 그 문을 여는 열쇠는 건축법 시행령이 정한 형식적 요건이고, 그 요건 충족 여부는 양도 당시의 실제 사용현황으로 판정됩니다. 서류상 3개층이라는 사실은 방패가 되어 주지 못했고, 근생층 하나가 주거용으로 쓰였다는 확인만으로 비과세가 무너졌습니다. 여기에 과거 증축으로 커진 옥상 부분 면적이 층수 제외의 문턱을 넘어서면서 마지막 반전의 여지도 사라졌습니다.

절차 쟁점에서도 배울 점이 있습니다. 세무서가 한 번 시인 종결했다는 사정이 영구적인 안전판이 되지는 않는다는 것, 상급관청 감사에 따른 시정은 중복조사로 보기 어렵다는 것, 재조사 결정은 유리한 결론의 보증서가 아니라는 것입니다. 반대로 국가 전산망 장애처럼 납세자가 통제할 수 없는 사정으로 청구가 늦어진 경우에는 신뢰보호 법리로 구제될 여지가 있다는 점도 확인되었습니다.

겸용주택이나 다가구주택을 보유하고 계신 분이라면, 매도를 결심하기 전에 층별 실제 사용현황과 옥탑·다락 면적부터 확인해 보시기 바랍니다. 계약 후에는 되돌릴 수 있는 선택지가 급격히 줄어듭니다. 상속 국면에서 부모님의 과거 부동산 처분 신고를 점검하는 것도 마찬가지입니다. 개별 사안은 층별 면적, 임대 형태, 증빙 상태에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 자료를 놓고 전문가와 함께 살펴보시는 것이 안전합니다.


출처 · 조세심판원 조심 2025전4430 (2026.6.8. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제6조, 제61조, 제65조, 제68조, 제80조의2 · 국세기본법 시행령 제2조, 제52조의3 · 소득세법 제89조, 제114조 · 소득세법 시행령 제154조, 제155조, 제156조 · 건축법 제2조, 제84조 · 건축법 시행령 제3조의5, 제119조 및 별표 1

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)

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