경매로 여러 필지 한꺼번에 낙찰받고 일부만 팔았다면, 취득가액 안분 기준이 문제됩니다 (조심 2026부0933)

경매로 토지를 사는 분들이 자주 겪는 상황이 있습니다. 법원 경매는 여러 필지를 하나의 사건으로 묶어 일괄매각하는 경우가 많습니다. 낙찰받을 때는 총액 하나만 정해집니다. 그런데 몇 달 뒤 또는 몇 년 뒤 그중 일부 필지만 따로 팔게 되면, 갑자기 "내가 낸 총액 중 이 필지 몫은 얼마인가"를 정해야 하는 문제가 생깁니다. 총액은 명확한데 필지별 가액은 계약서에 없기 때문입니다.

이때 어떤 기준으로 나누느냐에 따라 양도차익이 크게 달라집니다. 같은 총액을 나누는 문제일 뿐인데, 특정 필지에 배분되는 취득가액이 커지면 그 필지를 팔 때 세금이 줄고, 작아지면 세금이 늘어납니다. 그래서 실무에서는 안분 기준이 양도세 신고의 승부처가 됩니다. 이번에 소개하는 조세심판원 결정(조심 2026부0933, 2026.6.12. 의결)은 바로 이 지점에서 납세자와 세무서가 정면으로 부딪친 사건입니다. 결과는 기각이었지만, 왜 기각됐는지를 읽어 보면 취득한 해에 무엇을 해 두어야 했는지가 선명하게 드러납니다.

사건 경과, 낙찰부터 경정청구 거부까지

시간 순서로 정리하면 다음과 같습니다. 먼저 2019년 8월 초 해당 토지들에 대한 경매개시결정이 있었고, 법원이 감정평가사무소에 의뢰해 2019년 8월 9일을 기준시점으로 한 감정평가서가 2019년 8월 11일 작성되었습니다. 이 감정평가서가 이 사건의 핵심 쟁점인 경매 감정평가액입니다.

그런데 이 물건은 곧바로 팔리지 않았습니다. 무려 5차례 유찰된 뒤 2021년 6월 7일 제6회 매각기일에 이르러 청구인에게 낙찰되었습니다. 2021년 6월 14일 매각허가결정을 받고, 2021년 7월 23일 13필지 총 44,173제곱미터를 하나의 총액으로 일괄 취득했습니다. 감정평가서 작성 시점과 실제 취득 시점 사이에 약 2년의 시차가 생긴 것입니다. 그리고 처분청 의견에 따르면 최종 낙찰가는 감정평가액의 약 23% 수준이었습니다.

이후 청구인은 2022년 2월 24일 경락토지 중 4필지, 합계 32,803제곱미터를 하나의 총액으로 일괄 양도했습니다. 그리고 2022년 4월 26일 양도소득세 예정신고를 하면서 취득 당시 개별공시지가(기준시가)에 비례해 안분한 금액을 취득가액으로 적었습니다. 다만 신고는 했으나 세액은 납부하지 않은 상태였습니다.

여기서 반전이 일어납니다. 청구인은 2025년 8월 11일, 취득가액을 기준시가 대신 2019년 법원 경매 감정평가액에 비례해 안분한 금액으로 바꿔 달라며 경정청구를 제기했습니다. 처분청은 2025년 10월 15일 이를 거부했고, 청구인은 2025년 12월 31일 심판청구를 제기했습니다. 심판원은 2026년 6월 12일 청구를 기각했습니다.

왜 기준시가로 나누면 불리했는가

청구인이 뒤늦게 경정청구를 한 이유는 숫자 차이가 컸기 때문입니다. 청구인이 제시한 비교에 따르면, 경락토지 전체 대비 양도한 4필지의 비중이 감정평가액 기준으로는 53.52%인데 기준시가 기준으로는 9.15%에 불과했습니다. 같은 총액을 나누는데 배분 비율이 다섯 배 이상 벌어진 것입니다. 기준시가로 나누면 팔아버린 필지에 배분되는 취득가액이 매우 작아지고, 그만큼 양도차익이 커집니다.

이런 차이가 생긴 배경은 공부상 지목과 실제 현황의 불일치였습니다. 청구인이 제시한 자료에 따르면 양도한 4필지의 공부상 지목은 목장용지 또는 임야였지만, 감정평가서상 현황은 잡종지와 도로였습니다. 토목공사로 전원주택 부지와 옹벽, 도로 등이 조성되어 있었다는 것입니다. 실제로 경매 매각물건명세서 비고란에도 "공부상 지목은 목장용지이나 현황은 잡종지", "공부상 지목은 임야이나 현황 일부 도로, 잡종지, 임야이며 도로임을 감안하여 평가"라는 기재가 있었습니다.

개별공시지가는 기본적으로 공부상 지목과 이용상황을 토대로 산정됩니다. 형질변경이 이미 이루어졌는데 공시지가에 반영되지 않은 상태라면, 기준시가는 실제 가치보다 낮게 형성됩니다. 청구인 입장에서는 "실질을 반영하는 감정평가액으로 나누는 게 맞다"는 주장이 상식적으로 들릴 수밖에 없는 구조였습니다.

청구인 주장의 논리

청구인의 주장은 네 갈래였습니다. 첫째, 일괄경락으로 각 자산별 취득가액 구분이 불분명하므로 감정평가액 기준 안분이 타당하다는 것입니다. 둘째, 기준시가는 공부상 현황에 따른 것이어서 토지의 실질가치를 반영하지 못하고, 이를 기준으로 안분하면 취득가액이 심하게 왜곡되며 결과적으로 양도차익도 왜곡된다는 것입니다.

셋째, 청구인은 국세청 예규와 소득세법 집행기준을 근거로 들었습니다. 법원 경매를 통해 부동산을 일괄취득해 각 자산별 가액 구분이 불분명한 경우 각 자산별 감정가액을 기준으로 총 경락가액을 안분계산할 수 있다는 해석 사례가 있고(소득46011-21162, 서면인터넷방문상담5팀-691 등), 이 해석이 현재까지 변경되지 않았다는 점을 강조했습니다.

넷째, 판례 논거입니다. 부동산 시가 산정에서 인정기간 외의 감정가액이라도 감정평가 시점과 기준시점 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없다면 시가로 인정하는 것이 판례의 입장이라며 대법원 1993.10.8. 선고 93누10293 판결을 인용했습니다. 또한 취득 직전인 2021년 6월 8일 현장사진을 제출한 매각허가 의견서 등을 통해, 취득일 현재 토지 현황이 감정평가서상 현황과 동일하다는 점도 입증하려 했습니다.

과세관청의 반박, 법 문언과 인정기간

처분청의 논리는 단순하지만 강력했습니다. 「소득세법」 제100조 제2항은 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액으로 산정하는 경우 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우 각각 구분 기장하되, 가액 구분이 불분명할 때에는 대통령령에 따라 안분계산하도록 정하고 있습니다. 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제166조 제6항은 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산하라고 규정합니다.

그리고 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항 제1호는 기준시가가 모두 있는 경우에는 기준시가에 비례해 안분하되, 단서에서 감정평가가액이 있는 경우 그 가액에 비례해 안분하도록 하고 있습니다. 문제는 이 단서의 감정평가가액에 괄호가 붙어 있다는 점입니다. "공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액"으로 기간이 못 박혀 있습니다. 아무 감정평가서나 되는 것이 아닙니다.

처분청은 이 인정범위가 2006년 2월 9일 대통령령 제19330호 개정으로 도입되었다는 점도 지적했습니다. 개정세법 해설상 개정취지는 "감정가액 인정범위를 명확히 규정하여 납세편의 제고"였고, 적용시기는 2006년 2월 9일 이후 공급분부터입니다. 따라서 청구인이 인용한 예규와 심판례는 개정 이전 사안으로 보이며, 현행 규정에서는 감정평가액과 기준시가 차이가 크다는 사정만으로 예외를 인정할 근거가 없다는 것입니다.

또한 처분청은 이 규정의 "토지와 건물 등"이라는 문언이 토지와 건물이 일괄 양도되는 경우만이 아니라 토지와 토지 사이의 가액 구분이 불분명한 경우에도 적용된다고 보아야 한다며 서울고등법원 2010.10.1. 선고 2010누5563 판결을 인용했습니다. 여러 필지를 묶어 산 경우에도 같은 안분 규정이 그대로 적용된다는 뜻입니다. 마지막으로 조세법규는 법문대로 해석해야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다며 대법원 1983.6.28. 선고 82누142 판결, 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결을 들었습니다. 기준시가가 현황을 충분히 반영하지 못하는 측면이 있더라도 그것은 입법으로 보완할 사항이라는 것이 결론이었습니다.

심판원의 판단, 네 가지 이유

심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단 이유는 크게 네 가지로 정리됩니다.

첫째, 입법취지 해석입니다. 2006년 개정으로 감정가액 인정범위를 명확히 한 것은 공급시기와 평가일 사이의 차이가 현저한 경우 이를 배제하고, 공급시기와 근접한 객관적인 평가가액을 기준으로 안분계산하도록 하기 위한 것으로 보인다고 했습니다. 따라서 인정기간을 벗어난 감정가액까지 안분기준으로 인정하는 것은 규정을 확장해석하는 결과가 되어 허용되기 어렵다고 판단했습니다.

둘째, 기간 요건 미충족입니다. 청구인이 제시한 감정평가액은 2019년 8월 11일 작성된 것으로, 이 사건 인정기간(심판원이 2021년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지로 본 기간) 밖의 감정가액에 해당하여 법정 요건을 충족했다고 보기 어렵다고 했습니다.

셋째, 실질 가치 반영 여부입니다. 감정평가서 작성 시기와 실제 취득 시기 사이에 약 2년의 시차가 있고, 청구인이 경락토지를 취득한 가액은 감정평가액이 아니라 여러 차례 유찰된 후의 가액이라는 점을 지적했습니다. 즉 시장이 5차례에 걸쳐 그 감정평가액을 거부한 셈이니, 그 평가액을 취득 당시의 적정한 평가액이라고 보기 어렵다는 것입니다. 이 대목이 청구인의 대법원 93누10293 판결 인용을 무력화했습니다. "가격변동의 특별한 사정이 없다면"이라는 전제 자체가 깨졌기 때문입니다.

넷째, 기준시가 자체의 흠입니다. 당초 안분기준인 기준시가 산정에 중대한 오류가 있다는 객관적인 자료나, 기준시가가 변경된 사실이 확인되지 않는다고 했습니다. 다시 말해 기준시가가 잘못됐다고 주장하려면 기준시가 자체를 다투어 바꿔 놓아야 하는데, 그 흔적이 없다는 것입니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 이 사건이 진짜로 말해 주는 것

포인트 ①. 감정평가는 "받았는지"가 아니라 "언제 받았는지"가 결정적이다.
이 사건의 청구인은 감정평가서를 가지고 있었습니다. 그것도 법원이 의뢰한, 신뢰성이 높은 평가서였습니다. 그런데도 쓸 수 없었습니다. 이유는 단 하나, 시점입니다. 법령은 감정평가가액의 인정범위를 "공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지"로 한정합니다. 취득가액 안분 목적이라면 취득한 해가 기준이 됩니다. 따라서 낙찰받은 그 해에 별도로 필지별 감정평가를 받아 두었다면 이야기가 달라졌을 가능성이 있습니다. 경매 서류철에 감정평가서가 있다는 사실만으로 안심하면 안 됩니다.

포인트 ②. 일괄취득은 취득 시점에 이미 세금이 결정된다.
여러 필지를 한 건으로 낙찰받는 순간, 앞으로 몇 년에 걸쳐 나눠 팔 때의 취득가액 배분 구조가 사실상 확정됩니다. 나중에 팔 때 유리한 기준을 골라 쓰는 것은 위 규정 때문에 거의 불가능합니다. 그래서 경매나 일괄매매로 다수 필지를 취득할 때는 취득 단계에서 두 가지를 검토해야 합니다. 하나는 필지별로 계약이나 매각 절차를 분리할 수 있는지, 다른 하나는 분리가 불가능하다면 인정기간 안에 감정평가를 받아 필지별 가액 근거를 만들어 둘지입니다.

포인트 ③. 예정신고에 적은 안분기준은 되돌리기 어렵다.
이 사건 청구인은 2022년에 기준시가 기준으로 신고했다가 2025년에 감정평가액 기준으로 바꿔 달라고 했습니다. 경정청구 기간 자체는 살아 있었지만, 심판원은 "당초 안분기준인 기준시가에 중대한 오류가 있다는 자료가 없다"는 점을 기각 사유로 들었습니다. 즉 처음 신고 때 정한 기준이 기본값이 되고, 그것을 뒤집으려면 그 기준이 틀렸다는 객관적 입증을 해야 합니다. 신고 전에 계산해 보는 것과 신고 후에 다투는 것은 난이도가 완전히 다릅니다.

포인트 ④. 기준시가가 현황과 다르다면 세무 절차가 아니라 공시지가 절차로 다투어야 한다.
형질변경이 끝났는데 개별공시지가가 여전히 목장용지나 임야를 전제로 산정되어 있다면, 그 자체가 문제입니다. 심판원과 처분청 모두 "기준시가가 현황을 반영하지 못하는 측면이 있더라도 그것은 입법 또는 별도 절차의 문제"라고 정리했습니다. 개별공시지가는 결정 공시 이후 이의신청이나 행정심판 등 별도의 불복 절차가 마련되어 있고 기간 제한이 있습니다. 양도세 신고 단계에서 "공시지가가 실질과 다르다"고 주장하는 것보다, 공시지가가 결정될 때 다투는 것이 훨씬 효과적입니다.

포인트 ⑤. 오래된 예규를 그대로 믿으면 안 된다.
청구인이 인용한 예규는 2000년과 2006년의 것이었습니다. 그런데 이 사건의 핵심 규정은 2006년 2월 9일 개정으로 감정가액 인정범위가 새로 들어왔습니다. 처분청과 심판원은 청구인이 든 해석 사례가 개정 전 사안으로 보인다고 판단했습니다. 인터넷에서 찾은 예규가 지금도 유효한지, 그 사이 근거 법령이 바뀌지 않았는지 확인하지 않으면 논리 전체가 무너집니다.

포인트 ⑥. 남은 필지에도 같은 문제가 이어진다.
이 사건에서 청구인은 13필지 중 4필지만 양도했습니다. 나머지 필지를 앞으로 양도할 때도 동일한 안분 문제가 반복됩니다. 이번에 기준시가 기준으로 확정되었다면, 남은 필지의 취득가액 역시 같은 논리 안에서 다루어질 가능성이 큽니다. 일괄취득 물건은 전체 포트폴리오 관점에서 처분 순서와 신고 논리를 한 번에 설계해 두는 것이 유리합니다.

포인트 ⑦. 신고만 하고 납부하지 않으면 별도의 부담이 쌓인다.
이 사건에서 청구인은 예정신고를 하고 세액을 납부하지 않은 상태로 시간이 흘렀습니다. 신고 내용을 다투는 것과 별개로, 납부하지 않은 기간에 대한 부담은 계속 늘어납니다. 다툴 여지가 있는 사안이라도 납부와 불복은 분리해 판단하는 것이 안전합니다.

자주 묻는 질문

Q. 경매 감정평가서는 법원이 만든 공식 문서인데 왜 인정되지 않나요?

문서의 신뢰성이 문제가 아니라 평가 시점이 문제입니다. 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항 제1호 단서는 감정평가가액을 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간 종료일까지 평가한 것으로 한정합니다. 경매는 개시부터 낙찰까지 몇 년이 걸릴 수 있고, 그 사이 감정평가서는 시점 요건에서 벗어나게 됩니다. 이 사건도 약 2년의 시차가 있었습니다.

Q. 토지와 건물이 아니라 토지와 토지인데도 이 규정이 적용되나요?

이 사건에서 처분청은 서울고등법원 2010.10.1. 선고 2010누5563 판결을 근거로 "토지와 건물 등"이라는 문언이 토지와 토지 사이의 가액 구분이 불분명한 경우에도 적용된다고 보았고, 심판원도 같은 전제에서 판단했습니다. 여러 필지를 묶어 취득한 경우도 안분 규정의 적용 대상으로 다루어졌습니다.

Q. 낙찰가가 감정평가액보다 훨씬 낮으면, 비율만 쓰는 안분에는 문제가 없지 않나요?

이론적으로는 총액이 다르더라도 필지별 비율만 가져오면 된다는 논리가 가능합니다. 그러나 심판원은 반복 유찰 사실 자체를 그 감정평가액이 취득 당시의 적정한 평가로 보기 어렵다는 근거로 삼았습니다. 시장이 여러 차례 그 가격을 거부했다면 평가의 전제였던 가치 판단도 흔들린 것으로 본 셈입니다. 비율만 쓴다는 주장도 인정기간 요건을 넘어서지는 못했습니다.

Q. 그러면 일괄경락을 받을 때 무엇을 준비해야 하나요?

일반적으로는 취득한 해 안에 필지별 감정평가를 받아 두는 방안, 필지별로 매각 절차를 분리할 수 있는지 확인하는 방안, 취득 직후 각 필지의 현황과 이용상태를 사진과 측량자료로 남겨 두는 방안이 검토됩니다. 다만 어떤 방법이 유효한지는 물건의 성격과 처분 계획, 취득 시기에 따라 달라지므로 취득 전에 상담을 받는 것이 좋습니다.

Q. 공시지가가 실제 현황보다 낮게 되어 있으면 어떻게 해야 하나요?

양도세 신고 단계에서 "공시지가가 낮으니 인정하지 말아 달라"고 주장하는 방식은 이 사건처럼 받아들여지지 않을 가능성이 큽니다. 개별공시지가 자체에 대한 이의신청 등 별도의 절차를 활용해 기준시가를 바로잡는 쪽이 정공법입니다. 이 절차에는 기간 제한이 있으므로 공시 시점을 놓치지 않는 것이 중요합니다.

자가진단 체크리스트

• 경매, 공매, 일괄매매로 둘 이상의 필지나 부동산을 하나의 총액으로 취득한 적이 있는지
• 그중 일부만 따로 양도할 계획이 있는지, 이미 양도한 것이 있는지
• 취득한 해 안에 받아 둔 필지별 감정평가서가 있는지, 없다면 대체 근거가 무엇인지
• 공부상 지목과 실제 이용현황이 크게 다른 필지가 섞여 있는지
• 공부상 현황과 다르다면 개별공시지가 자체를 다툴 여지가 남아 있는지
• 이미 제출한 예정신고 또는 확정신고에서 어떤 안분기준을 썼는지 확인했는지
• 남은 필지를 양도할 때의 취득가액 배분 결과를 미리 계산해 보았는지
• 신고한 세액을 납부하지 않은 채 방치하고 있지 않은지
• 근거로 삼은 예규나 집행기준이 현행 법령 기준으로도 유효한지 확인했는지

정리

이 사건의 결론은 기각입니다. 그러나 이 결정을 "납세자가 무리한 주장을 했다"로만 읽으면 배울 것이 없습니다. 청구인의 주장은 상식적으로는 설득력이 있었습니다. 실제 현황이 잡종지와 도로인데 공부상 지목이 목장용지와 임야라서 기준시가로 나누면 배분 비율이 다섯 배 이상 차이 났으니, 억울하다고 느낄 만합니다. 그런데도 결론이 갈린 이유는 법이 정한 기간 요건이라는 형식적 관문을 통과하지 못했기 때문입니다.

세법에서는 이런 일이 반복됩니다. 실질이 옳아도 절차와 시점을 놓치면 주장할 통로가 닫힙니다. 반대로 말하면, 통로가 열려 있는 시점에 미리 준비해 두면 같은 사실관계에서도 결과가 달라질 수 있다는 뜻입니다. 이 사건에서 그 시점은 낙찰받은 2021년 그 해였습니다. 그때 필지별 감정평가를 받아 두었다면 최소한 요건 다툼의 무대에는 올라갈 수 있었습니다.

여러 필지를 한꺼번에 취득했거나, 일괄취득한 부동산 중 일부를 처분할 계획이라면 양도 전에, 가능하면 취득 단계에서 안분 구조를 점검하시기 바랍니다. 신고 후에 바로잡는 것은 훨씬 어렵고, 이 결정이 그 어려움을 그대로 보여 줍니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026부0933 (2026.6.12. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제99조, 제100조, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)