매매계약 해제 판결 받았는데도 양도세가 나왔습니다, 등기를 되찾지 못하면 과세됩니다 (조심 2026구1253)

잔금을 못 받았는데 양도세가 나오는 상황

토지나 건물을 팔면서 계약금만 받고 소유권을 먼저 넘겨준 뒤, 매수인이 중도금과 잔금을 주지 않는 일이 실제로 적지 않게 벌어집니다. 특히 매수인이 개발을 목적으로 하는 법인일 때 "등기를 먼저 넘겨주면 그 토지를 담보로 자금을 조달해 잔금을 치르겠다"는 제안을 받는 경우가 많습니다. 매도인은 계약서와 지급이행각서를 믿고 등기를 이전해 주지만, 정작 자금 조달이 실패하거나 조달한 돈이 다른 곳으로 흘러가면 매도인 손에는 계약금 몇 퍼센트만 남습니다.

이때 매도인은 당연히 계약을 해제하고 소송을 걸어 소유권이전등기 말소 판결을 받아냅니다. 승소 판결문을 손에 쥐면 "계약이 소급해서 없어졌으니 양도세도 없다"고 생각하기 쉽습니다. 그런데 문제는 그 사이에 매수인이 그 부동산에 근저당권을 설정해 두었다는 점입니다. 근저당권자가 경매를 넣으면 매도인이 판결문을 들고 있어도 등기는 낙찰자에게 넘어갑니다. 그리고 등기가 돌아오지 않으면, 세법상으로는 여전히 양도가 있었던 것으로 처리될 위험이 매우 큽니다.

이번에 살펴볼 조세심판원 결정례는 바로 이 구조를 정면으로 다룹니다. 매도인은 사기 피해자라고 주장했고, 형사고소와 민사소송까지 모두 진행했습니다. 그런데도 양도소득세 부과처분은 그대로 유지되었습니다. 왜 그런 결론이 났는지, 그리고 같은 상황에 놓인 사람이 어느 시점에 무엇을 해야 했는지를 차례로 짚어 보겠습니다.

사건 경과, 등기를 먼저 넘긴 뒤 벌어진 일

청구인은 2019년 4월 25일, 대구광역시 달성군 소재 임야 36,893㎡(이하 쟁점토지)를 어느 주식회사(이하 쟁점법인)에 매도하는 계약을 체결했습니다. 계약서와 함께 쟁점법인이 작성한 지급이행각서가 있었고, 그 각서에는 소유권이전등기를 해 주면 중도금 일부를 지급하고 잔금은 2020년 3월 30일까지 지급하겠다는 내용이 담겨 있었습니다. 청구인은 이 각서를 신뢰하고 2019년 5월 9일 쟁점법인 명의로 소유권이전등기를 넘겨주었습니다.

그런데 등기가 이전된 바로 그날, 쟁점토지에는 근저당권이 설정되었습니다. 채무자는 쟁점법인, 채권자는 제3자였습니다. 매수인은 넘겨받은 등기를 즉시 담보로 활용한 것입니다. 이후 중도금과 잔금은 들어오지 않았고, 청구인이 실제로 수령한 금액은 매매대금의 약 1.8% 수준에 불과했습니다. 통상적인 계약금 비율에도 미치지 못하는 금액이었습니다.

청구인은 계약 해제를 통보하고 소유권이전등기 말소를 청구하는 소송을 제기했습니다. 2020년 4월 1일 대구지방법원 서부지원은 쟁점법인이 청구인에게 쟁점토지에 관한 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행하라고 판결했고, 이 판결은 2020년 4월 21일 확정되었습니다. 서류상으로는 청구인이 완전히 승소한 것입니다.

그러나 등기부의 흐름은 달랐습니다. 2020년 1월 2일 이미 쟁점토지에 대한 임의경매 개시결정이 있었고, 청구인은 2021년 3월 15일 근저당권자를 상대로 근저당권 말소 소송을 제기해 3월 18일 강제집행정지 결정까지 받아냈습니다. 그런데 2022년 4월 21일 선고된 판결(2021가단53570)에서 법원은, 근저당권자가 실제로 쟁점법인에 돈을 대여하고 그 담보로 근저당권을 설정한 것으로 보이며 매수인 측과 공모해 토지를 편취했다고 볼 수 없다고 판단해 청구를 기각했습니다. 그 사이 2021년 11월 12일 임의경매 매각을 원인으로 쟁점토지의 소유권은 근저당권자에게 이전되었습니다.

형사 절차도 성과가 없었습니다. 청구인은 2021년 1월 쟁점법인 대표자와 실질 운영자를 매매대금 편취 혐의로 고소했지만, 경찰은 무혐의 결정을 했습니다. 결국 처분청은 2026년 1월 12일 2019년 귀속 양도소득세를 결정·고지했고, 청구인은 같은 달 28일 심판청구를 제기했습니다.

청구인의 주장, 계약이 소급해 무효라면 과세요건도 사라진다

청구인의 논리는 세 갈래였습니다. 첫째, 과세요건 소멸론입니다. 소득세법 제88조 제1호는 양도를 "자산을 유상으로 사실상 이전하는 것"으로 정의하는데, 법원 판결로 계약의 효력이 소급해 상실되었다면 유상성의 근거인 매매대금 청구권 자체가 사라진다는 것입니다. 남은 것은 이전등기라는 외관뿐이고, 실질적인 권리 이전의 원인이 소멸했으므로 이를 양도로 보는 것은 원인 없는 결과에 과세하는 오류라고 주장했습니다.

둘째, 실질과세와 담세력 주장입니다. 매매대금의 약 1.8%만 받은 채 토지 전체의 소유권을 잃었으니 소득은커녕 극심한 재산상 손실만 남았다는 것입니다. 양도소득세는 소득에 대한 세금인데, 재산을 편취당한 피해자에게 세금을 부과하는 것은 조세정의와 담세력 원칙에 정면으로 반한다고 했습니다. 계약서상 형식적 금액을 소득으로 간주하는 것은 국세기본법 제14조 실질과세 원칙 위반이라는 논지였습니다.

셋째, 대법원 판례 인용입니다. 청구인은 부동산 매매계약이 합의해제되거나 중도금·잔금 미지급으로 자동해제된 경우 매매계약의 효력이 소급해 상실되므로 양도소득이 있었음을 전제로 한 양도소득세 부과처분은 위법하다는 대법원 1992. 12. 22. 선고 92누9944 판결을 들었습니다.

또한 처분청이 근거로 제시한 심판례(조심 2012부5213)에 대해서도 반박했습니다. 그 사례는 매도인이 자발적으로 손해배상채권을 지급받기로 합의했거나 채권을 실질적으로 행사할 수 있는 경우에 해당하고, 자신은 실체 없는 법인을 상대로 아무런 경제적 배상도 받을 수 없는 상태라는 것입니다. 등기 말소가 지연된 것도 자신의 태만이 아니라 근저당권 설정과 경매라는 불가항력적 외부 요인 때문이며, 근저당권 말소 소송까지 제기하며 할 수 있는 노력은 모두 다했다고 강조했습니다.

과세관청의 반박, 판결문이 아니라 등기부를 본다

처분청의 입장은 간명했습니다. 소득세법상 양도자산의 매매원인 무효의 소에 의해 매매사실이 원인무효로 확정되어 소유권이 환원될 경우에는 양도로 보지 않지만, 이 사건에서는 말소등기 절차가 실제로 이루어지지 않아 등기부상 소유권이 청구인에게 돌아오지 않았다는 것입니다. 즉 "양도로 보지 않는다"는 취급을 받으려면 판결을 받는 것으로 끝이 아니라 소유권이 실제로 회복되어야 한다는 취지입니다.

처분청은 또 하나의 사실을 지적했습니다. 만약 쟁점토지의 소유권이 청구인에게 있다면 2021년 진행 중이던 경매는 마땅히 중지되었어야 하는데, 경매가 계속 진행되어 제3자에게 소유권이전등기가 경료되었다는 점입니다. 이는 곧 청구인이 쟁점토지에 대한 권리를 실질적으로 회복하지 못했음을 등기부 자체가 보여준다는 논리입니다.

여기에 손해배상채권 논리가 덧붙습니다. 매도인이 양도대금을 전부 받지 못한 채 계약이 해제되었더라도 원상회복을 받지 못한 매도인은 매수인에 대해 잔금 상당의 손해배상채권을 갖게 되고, 그 채권은 자산을 양도한 결과로 취득한 것으로 볼 수 있다는 것입니다. 처분청은 이 논리의 선례로 조심 2012부5213 결정을 제시했습니다.

심판원의 판단, 실질적 권리 회복이 있었는지가 기준이다

심판원은 청구를 기각했습니다. 판단의 축은 소득세법 제88조 제1호의 문언입니다. 양도란 "자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환 등으로 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것"을 말합니다. 여기서 "등기와 관계없이"라는 표현은 등기를 하지 않았더라도 사실상 이전이 있으면 양도로 본다는 취지이므로, 반대로 계약이 무효가 되었다는 이유만으로 등기가 그대로 남아 있는 상태를 양도가 아니라고 볼 근거가 되지는 않습니다.

심판원은 이어 핵심 법리를 제시합니다. 설령 매매계약이 해제되어 효력을 상실했음이 법원의 확정판결로 인정된다 하더라도, 매수인에게 경료된 소유권이전등기가 계약해제에 따른 원상회복으로 말소되어 매도인이 해당 자산에 대한 권리를 실질적으로 회복하지 못한 이상, 소득세법상 양도에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다는 것입니다. 심판원은 같은 취지의 선례로 조심 2017중1102(2017. 7. 4.) 결정을 인용했습니다.

이 법리를 이 사건에 적용한 근거는 두 가지입니다. 첫째, 쟁점토지의 소유권이 청구인에게 환원되지 않고 오히려 제3자에게 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다는 점입니다. 둘째, 양도대금을 전부 받기 전에 계약이 해제되었더라도 원상회복을 받지 못한 청구인은 매수인에 대해 잔금 등 상당의 손해배상채권을 갖게 되고, 그 채권은 쟁점토지를 양도함으로써 취득한 것으로 볼 수 있다는 점입니다.

청구인이 인용한 대법원 92누9944 판결과 결론이 달라진 이유는 결국 사실관계의 차이에 있습니다. 계약해제로 양도가 없었던 것으로 본 사안들은 해제의 효과로 부동산이 매도인에게 실제로 되돌아온 경우입니다. 반면 이 사건은 해제 판결이 확정되었음에도 부동산이 매도인에게 돌아오지 않았고, 근저당권과 경매를 거쳐 제3자에게 확정적으로 이전되었습니다. 세법이 보는 것은 계약서와 판결문의 법적 평가가 아니라 자산이 최종적으로 누구에게 갔는가였습니다.

결론을 가른 지점, 판결문과 등기부의 간극

이 사건을 읽으면서 반드시 짚어야 할 지점은, 청구인이 법적으로 게을렀던 것이 아니라는 사실입니다. 청구인은 계약 해제를 통보했고, 말소 소송에서 승소했고, 근저당권 말소 소송을 제기했고, 강제집행정지 결정까지 받았고, 형사고소도 했습니다. 절차상 할 수 있는 카드를 거의 다 썼습니다. 그런데도 결과가 달라지지 않았습니다.

왜일까요. 시간 순서를 보면 답이 보입니다. 근저당권은 소유권이전등기와 같은 날 설정되었습니다. 즉 청구인이 등기를 넘겨준 순간, 그 부동산은 이미 제3자의 담보물이 되어 있었습니다. 경매 개시결정은 2020년 1월 2일에 있었고, 청구인이 받은 말소 판결은 2020년 4월 1일 선고였습니다. 다시 말해 담보권 설정과 경매 진행이 항상 말소 판결보다 먼저 달렸습니다. 계약 상대방에 대한 판결은 계약 당사자 사이에서만 효력이 있고, 이미 담보권을 취득한 제3자에게는 곧바로 미치지 않습니다.

여기에 하나 더, 근저당권 설정 자체가 청구인의 양해 아래 이루어졌다고 인정된 부분이 있습니다. 근저당권 말소 소송 판결에서 법원은 근저당권자가 실제로 돈을 대여했고 담보로 근저당권을 설정한 것으로 보이며, 근저당권 설정 과정이 청구인의 양해하에 이루어진 것이어서 근저당권자가 배임행위에 가담한 것으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 이 사실인정이 형사 무혐의 결정과 맞물려 "편취당했다"는 주장의 힘을 크게 떨어뜨렸습니다.

항목별 판단 결과

표를 보면 청구인의 주장은 법리적으로 무리한 것이 아니었습니다. 다만 모든 항목에서 사실관계가 주장을 뒷받침하지 못했습니다. 세금 다툼에서 자주 반복되는 패턴입니다. 논리는 맞지만 그 논리를 적용할 사실이 없으면 결과는 기각입니다.

실무 포인트, 이 사건에서 배울 다섯 가지

포인트 ①. 등기를 먼저 넘기는 계약 구조 자체가 위험의 출발점입니다.
매수인이 "등기를 받아야 대출을 받아 잔금을 낼 수 있다"고 요구하는 순간, 매도인은 잔금 회수 수단과 세금 리스크를 동시에 잃습니다. 이 사건에서 근저당권은 소유권이전등기와 같은 날 설정되었습니다. 부득이 선등기가 필요하면 잔금 지급 전 근저당권 설정 금지, 소유권이전청구권 가등기, 잔금 미지급 시 자동해제 조항과 함께 매도인 명의 담보권 확보를 반드시 병행해야 합니다. 계약서 문구 하나가 수년 뒤 세금 유무를 가릅니다.

포인트 ②. 계약 해제로 양도세를 없애려면 판결이 아니라 등기 회복이 필요합니다.
많은 분이 승소 판결문을 세무서에 제출하면 과세가 없어질 것으로 기대합니다. 그러나 심판원이 든 기준은 "권리의 실질적 회복"입니다. 말소등기가 실제로 되었는지, 등기사항전부증명서상 소유자가 다시 본인으로 되어 있는지가 관문입니다. 판결을 받았다면 즉시 말소등기를 집행하고, 그 이전에 제3자 권리가 붙어 있으면 그 권리를 먼저 정리해야 합니다.

포인트 ③. 시간 순서가 승패를 결정합니다.
이 사건에서 경매 개시결정은 말소 판결 선고보다 먼저 있었습니다. 계약 불이행을 인지한 시점에 곧바로 처분금지가처분이나 등기부 열람을 통한 담보권 확인을 했다면 대응 순서가 달라질 수 있었습니다. 상대방이 잔금을 미루는 즉시 등기사항전부증명서를 발급해 근저당·가압류 여부를 확인하는 것이 첫 조치입니다. 몇 주 차이로 결과가 바뀝니다.

포인트 ④. 대금을 못 받았다는 사정만으로 양도가 부정되지 않습니다.
세법은 대금 전액 수령 여부보다 자산의 사실상 이전을 봅니다. 대금을 받지 못하면 그 자리에 손해배상채권 또는 매매대금채권이 남고, 심판원은 이 채권을 양도의 대가로 취득한 것으로 평가했습니다. 다만 실무에서는 채권이 사실상 회수 불능이라는 점을 대손 관련 증빙(무재산 확인, 강제집행 불능조서, 폐업 사실 등)으로 구체적으로 입증하며 다투는 방향을 검토할 수 있습니다. 이 사건에서는 그런 입증이 결론을 뒤집을 만큼 정리되지 않았던 것으로 보입니다.

포인트 ⑤. 형사 무혐의와 민사 패소는 세금 다툼에서 치명적입니다.
청구인은 편취를 주장했지만, 민사 판결에서 근저당권 설정이 본인 양해하에 이루어졌다는 사실인정이 있었고 형사에서는 무혐의가 나왔습니다. 세금 사건에서 다른 절차의 사실인정은 사실상 매우 강한 증거로 작용합니다. 형사고소나 민사소송을 진행할 때는 세무상 논리와 소송상 주장이 서로 모순되지 않게 처음부터 설계해야 합니다. 소송에서 유리하려고 한 진술이 나중에 세금에서 발목을 잡는 일이 흔합니다.

추가로 하나 더 짚습니다. 이 사건에서 양도는 2019년, 과세처분은 2026년입니다. 신고를 하지 않았기 때문에 부과제척기간이 길게 적용되어 오랜 시간이 지난 뒤 고지서가 도착했습니다. 계약이 깨졌다고 판단해 신고를 아예 하지 않으면, 훗날 과세될 때 무신고 가산세와 납부지연가산세가 원세액에 더해집니다. 다툴 여지가 있는 사안이라면 일단 신고하거나 기한후신고를 검토한 뒤 경정청구로 다투는 경로를 먼저 저울질하는 편이 실무적으로 안전한 경우가 많습니다.

같은 상황이라면 어느 시점에 손을 써야 하는가

시간대별로 정리해 보겠습니다. 계약 체결 직후에는 특약이 유일한 방어선입니다. 잔금 지급 전 담보 설정 금지, 위반 시 즉시 해제, 손해배상액 예정, 소유권이전 시점을 잔금과 동시로 고정하는 조항을 넣는 것이 기본입니다. 매수인이 법인이면 실체와 자금 조달 계획을 확인하는 것도 필요합니다.

중도금 지급이 지연되는 국면에서는 문서화가 관건입니다. 내용증명으로 이행 촉구와 해제 예정을 통보하고, 등기부를 주기적으로 확인하며, 담보권이 새로 설정되면 즉시 법률 대응에 들어가야 합니다. 이 단계에서 처분금지가처분을 검토하지 않으면 뒤에 판결을 받아도 실효성이 없어집니다.

해제 판결을 받은 다음에는 말소등기 완료 여부가 세무상 유일한 관심사입니다. 등기가 회복되었다면 그 사실을 증빙으로 정리해 두어야 하고, 회복이 불가능해졌다면 그때부터는 과세를 전제로 취득가액·필요경비·회수 불능 채권 문제를 어떻게 정리할지 방향을 바꿔야 합니다. 판결문 하나만 믿고 아무 조치 없이 시간을 보내는 것이 가장 위험합니다.

자주 묻는 질문

Q. 계약 해제 판결을 받았는데도 양도세를 내야 하나요?

등기가 실제로 매도인에게 회복되었는지가 갈림길입니다. 원상회복으로 말소등기가 이루어져 소유권이 돌아오면 양도로 보지 않는 취급을 받을 여지가 있지만, 이 사건처럼 판결에도 등기가 회복되지 않고 제3자에게 넘어갔다면 양도로 본다는 것이 심판원의 판단입니다. 판결문 자체가 면세 근거가 되지는 않습니다.

Q. 잔금을 거의 못 받았는데 계약서상 금액 전체로 과세되는 것이 맞나요?

이 사건에서 심판원은 받지 못한 잔금 상당액에 대해 매도인이 손해배상채권을 취득했고, 그 채권이 자산 양도로 인해 취득된 것으로 볼 수 있다고 판단했습니다. 대금을 실제로 손에 쥐지 못했다는 사정만으로 과세가 배제되지는 않습니다. 다만 채권의 회수 불능을 얼마나 구체적으로 입증하는지에 따라 다툼의 여지는 남습니다.

Q. 매수인이 등기 넘겨받은 날 근저당을 설정했습니다. 이것만으로 사기가 인정되나요?

이 사건에서는 인정되지 않았습니다. 민사 판결에서 근저당권자가 실제로 자금을 대여했고 근저당권 설정 과정이 매도인의 양해하에 이루어졌다고 판단했으며, 형사에서도 무혐의 결정이 났습니다. 사기 주장은 자금 흐름, 사전 협의 기록, 문서 등으로 구체적으로 입증되어야 합니다.

Q. 신고를 안 했는데 몇 년 뒤에 고지서가 왔습니다. 시효가 지난 것 아닌가요?

양도소득세는 신고 여부와 사안의 성격에 따라 부과제척기간이 달라집니다. 무신고인 경우 기간이 길게 적용되므로 상당한 시간이 지난 뒤 고지될 수 있습니다. 이 사건도 2019년 양도에 대해 2026년에 결정·고지가 이루어졌습니다. 개별 사안의 기산일과 기간은 사실관계 확인이 필요합니다.

Q. 지금 매수인과 소송 중인데 양도세 신고를 해야 할까요?

일률적으로 답하기 어렵습니다. 다만 신고를 하지 않은 상태에서 나중에 과세되면 무신고가산세와 납부지연가산세가 추가되므로 부담이 커집니다. 소송 결과에 따라 결론이 달라질 사안이라면 신고 후 결과에 맞춰 경정청구로 정리하는 경로와, 미신고 후 다투는 경로의 위험을 비교해 보는 것이 좋습니다. 개별 판단은 전문가와 상담하시기 바랍니다.

자가진단 체크리스트

• 잔금을 받기 전에 매수인 명의로 소유권이전등기를 넘겨준 계약이 있는가
• 등기 이전 직후 그 부동산에 근저당권, 가압류, 신탁 등이 설정되었는가
• 계약 해제를 통보했다면 그 사실을 내용증명 등 문서로 남겨 두었는가
• 말소 판결을 받았다면 말소등기가 실제로 완료되어 등기부상 소유자가 본인으로 돌아왔는가
• 등기 회복 전에 경매나 제3자 이전이 진행되고 있는지 등기부를 최근에 확인했는가
• 받지 못한 대금에 대해 채권 회수를 위한 조치와 회수 불능 증빙을 확보했는가
• 민사·형사 절차에서 한 주장이 향후 세무상 주장과 모순되지 않는지 점검했는가
• 양도 연도에 대한 신고를 했는지, 무신고 상태로 방치되어 있지 않은지 확인했는가

세 개 이상 해당하면 과세 위험이 현실적인 단계입니다. 특히 등기가 회복되지 않은 채 제3자에게 넘어간 상태라면, 과세를 전제로 취득가액과 필요경비를 최대한 정리해 세액 자체를 줄이는 방향으로 전략을 바꾸는 것이 실질적입니다.

정리

이 결정은 계약 해제와 양도세의 관계에 대해 매우 실용적인 기준을 보여줍니다. 세법이 보는 것은 계약의 법적 운명이 아니라 자산이 실제로 누구 손에 있는가입니다. 해제 판결이 확정되어도 등기가 돌아오지 않았고 부동산이 제3자에게 확정적으로 넘어갔다면, 매도인에게는 손해배상채권만 남고 그 채권은 양도의 대가로 평가됩니다. 결과적으로 재산을 잃은 사람이 세금까지 부담하게 되는 가혹한 상황이 만들어집니다.

그래서 이 사건의 교훈은 사후 구제가 아니라 사전 설계에 있습니다. 잔금 전 등기 이전을 요구받는 순간이 유일한 분기점이었습니다. 그 시점에 담보권 설정 금지 특약, 가등기, 동시이행 구조 중 하나라도 확보했다면 전혀 다른 결과가 가능했을 것입니다. 이미 문제가 벌어졌다면 등기부의 시간표를 정확히 파악하고, 등기 회복 가능성과 채권 회수 가능성을 냉정하게 평가한 뒤 세무 대응을 설계해야 합니다.

부동산 계약이 깨져 소송 중이거나, 오래전 거래에 대해 갑자기 양도소득세 고지서를 받으셨다면 등기사항전부증명서와 판결문, 계약서를 함께 놓고 검토해 보시기 바랍니다. 사실관계에 따라 다툴 지점과 세액을 줄일 지점이 다르게 나타납니다.

출처 · 조세심판원 조심 2026구1253 (2026.06.17. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 국세기본법 제14조(실질과세), 소득세법 제88조 제1호(양도의 정의), 참조결정 조심 2012부5213, 조심 2017중1102

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)