교회 이름으로 된 땅을 팔았는데 개인처럼 양도세가 나왔습니다 (조심 2026서1820)

교회, 사찰, 종중, 향우회, 동창회, 아파트 입주자대표회의처럼 법인 등기를 하지 않은 단체가 오래 보유하던 부동산을 처분하는 일은 생각보다 자주 일어납니다. 예배당을 옮기거나, 종중 재산을 정리하거나, 재개발 구역에 편입되어 매각하는 경우가 대표적입니다. 이때 단체 관계자들 대부분은 이렇게 생각합니다. "우리는 영리를 목적으로 하는 곳이 아니고, 수십 년간 고유한 목적에만 쓴 땅인데 세금이 나오겠는가."

그런데 실제로는 개인이 부동산을 판 것과 똑같이 양도소득세가 부과되는 사례가 적지 않습니다. 세법은 단체의 실제 성격이나 공익성보다, 그 단체가 세법상 어떤 '지위'를 가지고 있는지를 먼저 봅니다. 그리고 그 지위는 단체가 스스로 신청해서 확보해 두어야 하는 것입니다. 이번에 살펴볼 조세심판원 조심 2026서1820 결정은 그 지점을 아주 명확하게 보여줍니다.

왜 비영리 단체인데 개인처럼 과세되는가

세법상 부동산 양도에 대한 과세는 크게 두 갈래로 갈립니다. 하나는 법인세이고 다른 하나는 소득세(양도소득세)입니다. 법인 등기를 하지 않은 단체는 원칙적으로 법인이 아니므로 법인세 체계로 들어갈 수 없습니다. 다만 「국세기본법」 제13조는 예외를 두고 있습니다. 일정한 요건을 갖춘 법인 아닌 단체는 세법을 적용할 때 법인으로 본다는 규정입니다.

이 규정은 두 종류로 나뉩니다. 제13조 제1항은 주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되었거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 단체로서 등기되지 않은 것, 또는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 등기되지 않은 재단이 수익을 구성원에게 분배하지 않는 경우 별도 신청 없이 당연히 법인으로 본다고 정합니다. 실무에서 흔히 '당연의제법인'이라고 부릅니다. 제13조 제2항은 그 요건을 갖추지 못한 단체라도 조직과 운영에 관한 규정을 두고 대표자나 관리인을 선임할 것, 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것, 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것이라는 세 가지 요건을 갖추어 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받으면 법인으로 본다고 정합니다. 이것이 '승인의제법인'입니다.

이 둘 중 어디에도 해당하지 않으면 「소득세법」 제2조 제3항이 적용됩니다. 국내에 주사무소나 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인 아닌 단체는 1거주자로 보아 소득세법을 적용한다는 조항입니다. 쉽게 말해 단체를 한 명의 개인처럼 취급한다는 뜻입니다. 그리고 소득세법에는 법인세법과 달리 고유목적사업에 직접 사용하던 자산의 처분수입을 과세대상에서 빼주는 규정이 없습니다. 여기서 결정적인 차이가 생깁니다.

사건 경과, 50년 넘게 쓴 땅을 팔고 4년 뒤에 날아온 고지서

청구인은 1950년대에 설립된 교회입니다. 1960년대에 서울 시내에 있는 토지(이하 쟁점토지)를 취득해 예배 등 종교활동에 계속 사용해 왔습니다. 보유 기간만 50년을 훌쩍 넘습니다. 1980년대 초에는 인근의 다른 토지를 매각한 사실도 있었는데, 당시에는 양도소득세가 부과되지도 않았고 세무서로부터 별다른 안내를 받은 일도 없었습니다.

2012년 7월, 이 교회는 세무서에서 고유번호증을 교부받습니다. 그런데 그 고유번호증의 구분은 '법인 아닌 단체'였습니다. 실무에서 흔히 구분부호 89라고 부르는 유형입니다. 교회는 그때 이 구분이 무엇을 의미하는지, '법인으로 보는 단체'(구분부호 82)와 어떻게 다른지 설명을 듣지 못했다고 주장합니다.

2021년 4월, 교회는 쟁점토지를 양도합니다. 그리고 양도소득세를 신고하지 않았습니다. 비영리 종교단체가 고유목적에 사용하던 재산을 처분한 것이니 과세되지 않는다고 판단한 것으로 보입니다. 그 후 2023년 11월에 이르러서야 관할 세무서장에게 신청하여 '법인으로 보는 단체'로 승인을 받습니다. 양도가 있고 나서 2년 반이 지난 뒤였습니다.

처분청은 2025년 7월, 쟁점토지 양도 당시 이 교회가 소득세법상 1거주자로 보는 단체에 해당한다고 보아 2021년 귀속 양도소득세를 결정·고지했습니다. 무신고였기 때문에 가산세가 함께 부과되었고, 가산세가 전체 고지세액의 3분의 1을 넘었습니다. 교회는 이의신청을 거쳐 2026년 3월 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2026년 7월 16일 청구를 기각했습니다.

청구인(교회)의 주장

교회 측 주장은 상당히 정교했습니다. 첫째, 비영리법인에 대한 비과세의 입법 취지를 고려해야 한다는 것입니다. 「법인세법」 제4조 제3항 제5호와 같은 법 시행령 제3조 제2항은 비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산을 처분한 경우 그 수입을 수익사업 소득에서 제외합니다. 쟁점토지는 반세기 넘게 오로지 종교활동에만 쓰였으므로, 경제적 실질은 비영리법인이 고유목적사업용 자산을 처분한 것과 완전히 같다는 논리였습니다.

둘째, 과세관청에도 책임이 있다는 것입니다. 교회는 '법인으로 보는 단체' 제도가 도입되기 훨씬 전에 설립되어 제도 자체를 안내받은 적이 없고, 실무상 종교단체가 고유번호증을 발급받으러 가면 세무서가 별다른 설명 없이 '법인 아닌 단체'로 처리해 주는 것이 일반적이라고 지적했습니다. 특히 발급받은 고유번호증에 '수익사업을 하지 않는 비영리법인'이라는 취지의 문구가 기재되어 있어, 스스로를 비영리법인이라고 오인할 만한 외관을 과세관청이 만들어 주었다는 것입니다.

셋째, 실질과세 원칙과 조세평등주의 위반입니다. 교회는 양도 당시 이미 운영 규정을 두고 대표자를 선임하는 등 승인의제법인의 실질적 요건을 모두 갖추고 있었고, 실제로 나중에 승인도 받았으므로, 단지 사전 승인이라는 형식이 없었다는 이유만으로 과세하는 것은 담세력이 같은 납세자를 합리적 이유 없이 차별하는 것이라고 했습니다.

넷째, 처분청이 근거로 든 대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결은 '당연의제법인'에 관한 것이지 1994년 개정으로 도입된 '승인의제법인'에 관한 것이 아니므로 이 사건에 그대로 가져올 수 없다는 주장도 폈습니다. 마지막으로, 설령 과세가 정당하더라도 「국세기본법」 제48조 제1항의 정당한 사유가 있으므로 가산세만은 취소되어야 한다고 했습니다. 승인의제법인 제도는 세무 전문가도 직관적으로 파악하기 어려운 영역이라는 점까지 덧붙였습니다.

과세관청의 반박

처분청의 논리는 단순하고 강했습니다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이든 비과세요건이든 특별한 사정이 없는 한 법문 그대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추해석할 수 없다는 것입니다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등). 「국세기본법」 제13조는 어떤 단체를 세법상 법인으로 볼 것인지를 정한 규정이고, 이는 과세되는 조세의 종류와 과세대상을 특정하기 위한 것으로 조세법의 특성과 법적 안정성에 기초한 규정이라는 점을 대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결을 들어 강조했습니다.

특히 제13조 제1항은 별도의 신청과 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 하면서, 제2항은 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정하고 있습니다. 조문 구조 자체가 승인이라는 절차를 요건으로 삼고 있다는 것입니다. 따라서 제2항의 실질 요건을 모두 갖추었더라도 승인을 받지 않은 이상 법인으로 보는 단체가 될 수 없다는 것이 처분청의 결론이었고, 같은 취지의 하급심 판결들(수원지방법원 2015.1.23. 선고 2014구단1462 판결, 창원지방법원 2011.11.24. 선고 2011구합1892, 청주지방법원 2024.1.18. 선고 2023구합52180 판결 등)을 근거로 제시했습니다.

조세심판원의 판단, 결론을 가른 한 가지

조세심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단의 핵심은 사실 확인 두 줄로 정리됩니다. 첫째, 청구교회가 「국세기본법」 제13조 제1항처럼 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되었거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사실이 확인되지 않는다는 것입니다. 둘째, 쟁점토지를 양도할 당시까지 같은 조 제2항에 따라 관할 세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실도 확인되지 않는다는 것입니다.

이 두 가지가 모두 없으면 남는 길은 하나뿐입니다. 「소득세법」 제2조 제3항에 따라 1거주자로 보아 소득세법을 적용하는 것입니다. 소득세법에는 법인세법 시행령 제3조 제2항과 같은 고유목적사업용 자산 처분수입 제외 규정이 존재하지 않습니다. 50년을 썼든 100년을 썼든, 1거주자로 취급되는 순간 그 토지 양도는 일반적인 양도소득세 과세대상이 됩니다. 심판원은 조세법의 특성상 일정한 요건을 갖춘 단체에 대해서만 세법 적용상 법인으로 보아야 한다는 대법원 2002.2.8. 선고 2000두1652 판결의 취지를 그대로 인용했습니다.

주목할 점은 2023년에 받은 승인이 아무런 도움이 되지 않았다는 것입니다. 승인은 승인을 받은 시점부터 효력이 있는 것이지, 이미 완결된 과거의 양도 시점으로 소급하지 않습니다. 양도일이라는 한 시점에 그 단체가 어떤 지위였는지가 과세 여부를 결정합니다. 실질을 갖추고 있었다는 사정, 나중에 승인을 받았다는 사정은 이 판단을 뒤집지 못했습니다.

가산세는 왜 한 푼도 깎이지 않았나

많은 분들이 본세는 어쩔 수 없다고 하더라도 가산세만은 사정을 봐주지 않을까 기대합니다. 이 사건에서도 교회는 고유번호증의 기재 내용, 과거 양도 시 무과세, 세무안내 부재를 들어 정당한 사유를 주장했습니다. 그러나 심판원은 받아들이지 않았습니다.

근거는 가산세의 성격입니다. 가산세는 과세권 행사와 조세채권 실현을 쉽게 하기 위해 납세자가 정당한 이유 없이 신고·납세의무를 위반한 경우에 부과하는 행정상 제재이므로 납세자의 고의나 과실은 고려되지 않고, 법령의 부지 또는 오인은 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다는 것입니다(대법원 2006.10.26. 선고 2005두3714 판결). 세법을 몰랐다는 사정은 원칙적으로 감면 사유가 되지 않는다는, 실무에서 가장 자주 확인되는 법리입니다.

또한 심판원은 과거 다른 토지 양도에 대해 과세하지 않았다는 사정만으로 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 비과세 관행이나 신의성실 원칙을 주장하려면 과세관청이 그 사안에 대해 명시적으로 견해를 밝힌 사실이 있어야 하는데, 단순히 과세하지 않고 지나간 것은 견해표명이 아니라는 것입니다. 마지막으로 양도소득세와 같은 신고세목의 신고의무는 1차적으로 납세의무자에게 있으므로 세무안내가 없었다는 사정만으로는 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 되지 않는다고 했습니다.

항목별 판단 결과

실무 포인트, 매각 계약서에 도장을 찍기 전에 해야 할 일

포인트 ①. 고유번호증의 구분부호부터 확인하십시오.
단체가 가지고 있는 고유번호증에는 단체의 유형이 표시됩니다. 실무에서는 82와 89라는 숫자로 구분되는데, 82는 '법인으로 보는 단체', 89는 '법인 아닌 단체'입니다. 문서 제목이 비슷하고 숫자 하나만 다르기 때문에 담당자가 바뀌면 아무도 인식하지 못한 채 수십 년이 흐르기 쉽습니다. 이 사건 교회도 정확히 그 상황이었습니다. 지금 서랍에 있는 고유번호증을 꺼내 확인하는 데는 1분이면 충분합니다.

포인트 ②. 승인은 처분 전에 받아야 의미가 있습니다.
이 사건에서 교회는 양도 후 2년여가 지나 승인을 받았지만 아무 소용이 없었습니다. 세법상 지위는 양도일이라는 한 시점을 기준으로 판단되기 때문입니다. 매각 논의가 시작된 단계, 늦어도 매매계약 체결 전에 관할 세무서에 신청 절차를 밟아야 합니다. 서류 준비와 심사에 시간이 걸리므로 여유를 두고 움직이는 것이 안전합니다.

포인트 ③. 승인 요건은 서류로 증명할 수 있어야 합니다.
「국세기본법」 제13조 제2항은 조직과 운영에 관한 규정을 두고 대표자나 관리인을 선임할 것, 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것, 수익을 구성원에게 분배하지 않을 것을 요구합니다. 정관 또는 규약, 대표자 선임을 확인할 수 있는 총회 회의록, 단체 명의 통장과 재산 목록이 실제로 필요합니다. 관행적으로 대표자 개인 명의 계좌를 써 왔다면 이 부분부터 정리해야 합니다.

포인트 ④. 당연의제법인에 해당하는지도 별도로 검토하십시오.
주무관청의 허가나 인가를 받아 설립되었거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 단체로서 등기되지 않았고 수익을 구성원에게 분배하지 않는다면, 신청 없이도 법인으로 보는 단체가 될 수 있습니다. 다만 이때도 그 사실을 객관적 서류로 확인시킬 수 있어야 합니다. 이 사건에서는 그 확인이 되지 않았다는 것이 판단의 출발점이었습니다.

포인트 ⑤. 승인 이후에 따라오는 의무도 함께 검토해야 합니다.
법인으로 보는 단체가 되면 법인세법의 적용을 받게 되고, 고유목적사업용 자산 처분에 대한 과세 제외 규정을 활용할 여지가 생기는 대신 장부 작성과 신고 등 법인으로서의 의무가 따라붙습니다. 또한 승인 후 일정 기간 지위 변경이 제한될 수 있으므로, 단체의 규모와 향후 계획을 함께 놓고 판단하는 것이 좋습니다. 무조건 승인이 유리하다고 단정할 수는 없고 개별 사정에 따라 다릅니다.

포인트 ⑥. 무신고 가산세의 무게를 과소평가하지 마십시오.
이 사건에서 고지된 세액 중 가산세가 3분의 1을 넘었습니다. 무신고 상태로 시간이 흐르면 납부지연 가산세가 계속 붙기 때문입니다. 과세 여부가 불확실하다면 신고를 하지 않고 버티는 것보다, 일단 신고·납부를 한 뒤 경정청구나 불복 절차로 다투는 편이 위험을 줄이는 방법이 되는 경우가 많습니다. 어느 쪽이 유리한지는 사안마다 다르므로 사전에 검토가 필요합니다.

포인트 ⑦. 교회만의 문제가 아닙니다.
종중, 사찰, 문중, 동창회, 재개발 관련 단체, 아파트 입주자대표회의 등 법인 등기가 없는 모든 단체에 같은 구조가 적용됩니다. 특히 종중 토지는 보유 기간이 길어 양도차익이 크고, 토지 수용이나 협의매수처럼 예상치 못한 시점에 처분이 이루어지는 경우가 많습니다. 처분 계획이 없더라도 미리 지위를 정리해 두는 것이 실질적인 대비입니다.

자주 묻는 질문

Q. 우리 단체는 수익을 전혀 내지 않는데도 양도소득세가 나올 수 있나요?

네, 나올 수 있습니다. 수익 여부와 세법상 지위는 다른 문제입니다. 법인으로 보는 단체에 해당하지 않으면 「소득세법」 제2조 제3항에 따라 1거주자로 취급되고, 이 경우 부동산 양도차익은 개인과 같은 방식으로 양도소득세 과세대상이 됩니다. 소득세법에는 고유목적사업에 사용한 자산이라는 이유로 빼주는 규정이 없습니다.

Q. 이미 팔았는데 지금이라도 승인을 받으면 소급 적용되나요?

이 결정례에서는 인정되지 않았습니다. 청구교회는 양도 후에 승인을 받았지만 심판원은 양도 당시 승인 사실이 확인되지 않는다는 점을 들어 청구를 기각했습니다. 승인은 앞으로의 거래에 적용되는 것으로 이해하는 것이 안전합니다.

Q. 고유번호증에 비영리라고 적혀 있으면 비영리법인 아닌가요?

고유번호증의 문구와 「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체 지위는 별개입니다. 이 사건에서도 고유번호증 기재로 인해 오인했다는 주장이 있었지만, 심판원은 법령의 부지나 오인은 가산세를 면제할 정당한 사유가 되지 않는다고 보았습니다. 문구가 아니라 구분부호와 실제 승인 여부를 확인해야 합니다.

Q. 예전에 팔았을 때는 세금이 안 나왔는데 왜 지금은 나오나요?

과거에 과세가 이루어지지 않았다는 사정만으로는 과세관청의 공적인 견해표명이 있었다고 보기 어렵다는 것이 이 결정의 판단입니다. 비과세 관행이나 신의성실 원칙을 주장하려면 과세관청이 그 사안에 대해 명시적으로 견해를 표명한 사실이 필요합니다. 단순히 과세 없이 지나간 것은 이에 해당하지 않는다고 보았습니다.

Q. 세무서가 안내해 주지 않았다는 점은 전혀 참작되지 않나요?

양도소득세는 신고세목이므로 신고의무는 1차적으로 납세의무자에게 있습니다. 심판원은 세무안내가 없었다는 사정만으로 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되기는 어렵다고 판단했습니다. 다만 개별 사안에 따라 과세관청의 명시적 회신이나 확약이 있었던 경우 등은 별도로 검토할 여지가 있으므로, 관련 문서가 있다면 반드시 보관하고 상담 시 제시하시기 바랍니다.

자가진단 체크리스트

• 우리 단체의 고유번호증 구분이 '법인으로 보는 단체'인지 '법인 아닌 단체'인지 확인했습니까?
• 주무관청의 허가·인가를 받아 설립했거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사실을 서류로 증명할 수 있습니까?
• 단체의 조직과 운영에 관한 규정(정관 또는 규약)이 문서로 존재하고, 대표자 선임 절차가 회의록으로 남아 있습니까?
• 부동산과 예금 등 재산이 대표자 개인 명의가 아니라 단체 명의로 관리되고 있습니까?
• 수익을 구성원에게 분배하지 않는다는 점이 규약과 실제 운영 모두에서 확인됩니까?
• 매각, 수용, 재개발 편입 등 부동산 처분 가능성이 있는데 아직 세법상 지위를 정리하지 않았습니까?
• 이미 처분한 부동산이 있는데 양도소득세 신고를 하지 않은 채 지나간 사실이 있습니까?
• 단체 담당자나 대표자가 바뀌면서 과거 세무 서류의 인수인계가 끊긴 적이 있습니까?

위 항목 중 확인이 되지 않는 것이 하나라도 있다면, 부동산을 처분하기 전에 점검해 보시기를 권합니다. 처분이 끝난 뒤에는 선택할 수 있는 카드가 크게 줄어듭니다.

정리

이 사건의 결론을 가른 것은 단체의 공익성도, 재산의 사용 실태도, 보유 기간도 아니었습니다. 양도일 당시 그 단체가 세법상 어떤 지위였는가, 오직 그 한 가지였습니다. 50년 넘게 종교활동에만 사용한 토지라는 사정은 법인세법이 적용되는 단체였다면 결정적인 유리한 사실이 되었을 것입니다. 그러나 소득세법상 1거주자로 취급되는 순간 그 사정은 세액 계산에 아무런 영향을 주지 못했습니다.

세법상 지위는 저절로 주어지지 않습니다. 「국세기본법」 제13조 제1항의 요건을 갖추어 당연히 법인으로 보이거나, 제2항의 요건을 갖추고 관할 세무서장에게 신청해 승인을 받거나 둘 중 하나여야 합니다. 그리고 그 정리는 부동산을 처분하기 전에 끝나 있어야 합니다. 오래된 단체일수록 서류가 정리되어 있지 않고, 담당자가 여러 번 바뀌면서 과거 이력이 끊겨 있는 경우가 많습니다. 처분 계획이 없더라도 지금 한 번 점검해 두는 것이 가장 비용이 적게 드는 대비입니다.

이미 처분이 이루어진 뒤라면 신고 여부와 시기, 가산세 부담, 취득가액 입증 자료 확보 등 다른 각도의 검토가 필요합니다. 단체 명의 부동산 처분을 앞두고 계시거나 이미 고지서를 받으셨다면, 관련 서류를 모두 갖추어 전문가와 함께 상황을 정리해 보시기 바랍니다.

---

출처 · 조세심판원 조심 2026서1820 (2026.7.16. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 소득세법 제2조, 제114조, 제168조 · 국세기본법 제13조, 제48조 · 법인세법 제2조, 제4조 · 법인세법 시행령 제3조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)