도시개발구역 지정 고시 뒤에 팔았는데 양도세 감면이 부인됐습니다 (조심 2026소0910)

"구역 지정 고시가 났으니 감면된다"는 흔한 오해

도시개발사업이나 재개발이 예정된 지역에 부동산을 가지고 있으면, 어느 날 시청이나 구청 공보에 도시개발구역 지정 고시가 뜹니다. 고시문에는 구역의 명칭과 위치, 면적, 시행 방식, 토지이용계획이 들어 있고 뒤에는 지번 단위로 토지 명세가 붙습니다. 내 땅의 지번과 면적, 그중 구역에 편입되는 면적까지 적혀 있으니, 소유자 입장에서는 "내 땅은 이제 공익사업에 들어간 땅"이라고 받아들이는 것이 자연스럽습니다.

그 무렵 사업을 추진하는 법인이 찾아와 매수 의사를 밝히면, 많은 분들이 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(조세특례제한법 제77조)을 떠올립니다. 세무 상담 없이 인터넷 검색만으로 "구역 지정 고시가 났고 사업 시행 법인에게 파는 것이니 감면 대상"이라고 판단해 감면세액을 반영한 신고서를 제출하는 일도 적지 않습니다. 그런데 이 감면 규정은 문언이 매우 좁습니다. 이 사건은 구역 지정 고시일과 시행자 지정일 사이의 짧은 기간에 계약을 체결했다는 이유만으로 감면이 전부 부인되고, 과소신고가산세와 납부지연가산세까지 그대로 확정된 사례입니다.

결과부터 말하면 심판청구는 기각되었습니다. 청구인이 제시한 논리는 상당히 정교했지만, 심판원은 감면 규정을 법문대로 엄격히 해석했습니다. 그래서 이 결정은 "내 땅이 개발구역에 들어갔다"는 사실만으로 감면을 예단하면 안 된다는 점을 보여주는 실무 교재에 가깝습니다.

사건 경과, 한 달이 채 안 되는 시차가 갈랐다

사실관계는 시간 순으로 보면 명확합니다. 청구인은 2003년 8월 대전광역시 소재 토지를 취득해 다가구주택 5호를 보유하고 있었습니다. 오랫동안 보유한 부동산이므로 취득 시점과 관련한 보유기간 요건은 문제가 되지 않았습니다.

2021년 12월, 어떤 법인(결정문에서는 A로 표기)이 해당 지역을 대상으로 도시개발구역 지정 제안서를 지방자치단체에 제출했습니다. 사업의 시작 단계입니다. 이후 2024년 4월 24일 대전광역시장이 해당 일원 약 2만 8천여 제곱미터를 도시개발구역으로 지정하고 고시했습니다. 고시문에는 국토교통부령이 정하는 서식에 따른 토지 명세가 첨부되어 있었고, 청구인 소유 토지의 면적과 구역 편입 면적도 기재되어 있었습니다. 다만 그 토지 명세에는 "이 토지명세는 토지보상법 제22조 제1항에 따라 고시하는 토지 세목과는 다르다"는 유의사항이 명시되어 있었습니다. 이 한 줄이 뒤에 결정적으로 작용합니다.

청구인은 2024년 5월 7일 A와 매매계약을 체결하고 부동산을 양도했습니다. 그리고 대전광역시장이 A를 도시개발법 제11조에 따라 해당 도시개발사업의 시행자로 지정한 날은 2024년 6월 3일이었습니다. 양도가 먼저, 시행자 지정이 나중입니다. 그 간격은 한 달이 채 되지 않습니다.

청구인은 이 양도가 조특법 제77조 제1항 제1호의 감면 대상이라고 보아 감면세액을 적용해 양도소득세를 신고·납부했습니다. 처분청은 신고 내용을 검토한 뒤 양도 당시 양수 법인이 공익사업 시행자가 아니었다는 이유로 감면을 부인하고, 2025년 2월 4일 2024년 귀속 양도소득세를 경정·고지했습니다. 여기에는 과소신고불성실가산세와 납부지연가산세, 농어촌특별세가 포함되었습니다. 청구인은 2025년 12월 29일 심판청구를 제기했고, 2026년 6월 23일 기각 결정이 내려졌습니다.

청구인 주장, "고시로 사업인정이 의제되었으니 시행자다"

청구인의 주장은 단순한 감정 호소가 아니었습니다. 법령의 의제 조항을 연결해 논리를 만들었습니다. 핵심은 세 단계입니다.

첫째, 도시개발법 제22조 제2항은 도시개발사업의 수용·사용에 관해 특별한 규정이 없으면 토지보상법을 준용한다고 정하고, 같은 조 제3항은 도시개발법 제5조 제1항 제14호의 수용 또는 사용의 대상이 되는 토지 세부목록을 고시한 경우 토지보상법 제20조 제1항과 제22조에 따른 사업인정 및 그 고시가 있었던 것으로 본다고 정하고 있습니다. 청구인은 2024년 4월 24일 고시에 지번 단위 토지 명세가 첨부되고 관계 도서가 관청에 비치되어 일반인에게 공시되었으므로, 그 고시일에 토지보상법상 사업인정 고시가 의제되었다고 주장했습니다.

둘째, 도시개발법 시행령 제15조 제1항 제4호는 구역 지정 고시 사항으로 시행자를 적으면서 "시행자가 지정이 되지 아니한 경우에는 제안자를 말한다"고 규정합니다. 청구인은 이 조항을 근거로, 시행자 지정 전이라면 제안자인 A가 시행자로 의제된다고 보았습니다. 결국 2024년 4월 24일 기준으로 A는 토지보상법상 사업시행자의 지위를 얻었고, 토지보상법 제2조 제3호가 사업시행자를 "공익사업을 수행하는 자"로 정의하므로 조특법 제77조 제1항 제1호의 공익사업 시행자에도 해당한다는 것입니다.

셋째, 청구인은 대전고등법원 2019년 4월 4일 선고 2018누10468 판결을 인용했습니다. 그 판결은 공익사업 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 토지를 양도한 경우에도 이후 시행자 지정을 받으면 일정 요건 아래 감면이 가능하다고 보면서, 양도 당시 구체적인 수용 권한이 실제 있었는지는 문제되지 않고 사법상 매매계약 형식을 취했더라도 감면 규정의 양도에 해당할 수 있다고 판시했습니다. 청구인은 이를 자신의 사안에 그대로 적용해야 한다고 주장했습니다.

가산세에 대해서는, 자신이 의무를 게을리한 것이 아니고 이 사안은 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어 해석상 다툼의 여지가 있는 문제이므로 과소신고가산세와 납부지연가산세는 모두 취소되어야 한다고 주장했습니다.

과세관청 반박, 감면 규정은 확장해석할 수 없다

처분청의 반박은 조세법률주의에서 출발했습니다. 과세요건이든 비과세·감면요건이든 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없으면 법문대로 해야 하고, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 해석은 허용되지 않으며, 특히 명백히 특혜 성격을 가진 감면요건은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에 부합한다는 대법원 2003년 1월 24일 선고 2002두9537 판결을 인용했습니다.

다음으로 청구인이 제시한 대전고등법원 판결과 조세심판원 결정례(조심 2011서2472)를 정면으로 구분했습니다. 그 사례들은 공익사업 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 2010년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 양도한 경우에 관한 것으로, 조특법 제77조 제2항이 적용되던 사안이라는 것입니다. 이 사건 양도는 2024년이므로 그 특례의 적용 기간을 이미 한참 벗어났습니다. 근거 조항 자체가 다르다는 지적입니다.

사업인정 의제 주장에 대해서도 반박이 구체적이었습니다. 도시개발법 제3조·제4조, 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제32조, 토지이용규제 기본법 제8조에 따른 도시개발계획 결정만으로는 토지 수용권이 부여되지 않는다는 점, 그리고 문제의 고시에 첨부된 토지 목록에도 토지보상법에 따른 고시 사항이 아님이 명시되어 있다는 점을 들었습니다. 즉 그 토지 명세는 도시개발법상 절차 서류일 뿐 수용을 위한 세목 고시가 아니라는 것입니다.

또한 시행령 제15조 제1항 제4호를 "시행자 지정 전에는 제안자가 시행자"로 읽는 해석에 대해, 그렇게 보면 도시개발법이 별도로 마련한 사업시행자 지정 절차 자체가 무의미해진다고 지적했습니다. 그 조항은 고시문의 기재 사항을 정한 규정이지 지위를 창설하는 규정이 아니라는 취지입니다. 가산세에 대해서는 잘못된 법령 해석에 따라 과소 신고·납부한 것이므로 정당한 사유가 없다고 보았습니다.

심판원 판단, 기준일은 시행자 지정일이다

심판원은 처분청의 손을 들었습니다. 판단의 뼈대는 네 가지입니다.

첫째, 조세법규 해석의 원칙입니다. 감면 규정은 법문대로 해석해야 하고 확장·유추해석은 허용되지 않습니다. 조특법 제77조 제1항 제1호는 "토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득"이라고 규정합니다. 양도의 상대방이 그 시점에 시행자여야 한다는 뜻으로 읽힙니다.

둘째, 법 체계입니다. 심판원은 제1항 제1호와 별도로 제2항이 "공익사업 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 양도하는 경우"를 규정하고 있다는 점을 지적했습니다. 지정 전 사업자에게 양도한 경우가 애초에 제1항 제1호에 포함된다면, 제2항을 따로 둘 이유가 없습니다. 즉 지정 전 양도는 제1항이 아니라 제2항의 영역이며, 제2항은 2015년 12월 31일 이전 양도에만 적용됩니다. 이 사건 양도는 2024년이므로 제2항의 문을 두드릴 수도 없었습니다.

셋째, 도시개발사업의 절차 구조입니다. 도시개발사업은 개발구역의 지정(지정 제안·요청, 주민 공람·공청회, 구역 지정 및 고시), 사업시행자 지정, 실시계획 인가, 공사(시공 및 완료)의 단계로 진행되며, 시행자는 해당 구역에서 사업을 실제로 수행하는 주체로서 지정권자에 의해 지정된 자를 의미한다고 정리했습니다. 구역 지정 고시 단계에서 제안자가 고시문에 기재된다는 사실이 시행자 지위를 부여하는 것은 아니라는 판단입니다.

넷째, 사실관계입니다. 청구인은 2024년 5월 7일 양도했고 A는 그 이후인 2024년 6월 3일 시행자로 지정되었습니다. 따라서 이 양도를 제1항 제1호의 감면 대상으로 볼 수 없다고 결론지었습니다. 심판원은 같은 취지의 선례로 조심 2020중658(2020년 6월 22일)을 인용했습니다.

조특법 제77조 제2항, 왜 이제는 쓸 수 없나

이 사건에서 가장 아쉬운 부분이 여기입니다. 청구인의 주장은 사실 제2항의 논리였습니다. 시행자로 지정되기 전의 사업자에게 팔았지만 그 사업자가 곧 시행자로 지정되었으니 감면해 달라는 것이니까요. 실제로 제2항은 지정 전 사업자에게 2년 이상 보유한 토지를 양도하고 법정신고기한까지 신고했으며, 그 사업자가 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우 감면을 받을 수 있도록 정하고 있었습니다.

문제는 적용 기한입니다. 제2항은 "2015년 12월 31일 이전에 양도하고"라는 요건을 두고 있습니다. 이 시기 이후의 양도에는 적용될 수 없습니다. 청구인이 근거로 든 대전고등법원 판결과 조심 2011서2472 결정례가 모두 그 시절 사건이라는 처분청의 지적이 정확했던 것입니다. 오래된 판결과 결정례를 검색해 자기 사안에 그대로 대입할 때 가장 자주 발생하는 오류가 바로 이 적용 기한과 조항 번호의 혼동입니다.

정리하면 현행 구조에서 지정 전 사업자에게 양도한 경우는 구제 장치가 사실상 없습니다. 그래서 개발 예정지 부동산을 매도할 때 시행자 지정이 되었는지, 언제 될 예정인지가 감면 여부를 사실상 결정합니다. 매수인이 사업을 추진하는 주체라는 점, 구역 지정 고시가 이미 났다는 점은 그 자체로 감면 요건을 충족시키지 못합니다.

가산세 정당한 사유, 법령의 부지나 오해는 인정되지 않는다

청구인은 예비적으로 가산세만이라도 취소해 달라고 요청했습니다. 국세기본법 제48조 제1항은 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않는다고 정합니다. 실무에서 가장 자주 등장하는 예비적 주장입니다.

그러나 심판원은 정당한 사유를 "그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있는 경우"로 좁게 보고, 법령의 부지 또는 오해는 여기에 해당하지 않는다는 확립된 기준을 적용했습니다. 게다가 이 사안에서는 법령 해석상 견해의 대립이 있었다고 볼 사정도 확인되지 않았습니다. 심판원이 인용한 선례가 이미 존재했고 조항 구조도 명확했기 때문입니다.

결과적으로 청구인은 본세뿐 아니라 과소신고불성실가산세와 납부지연가산세를 함께 부담하게 되었습니다. 감면을 적용해 신고했다가 부인되면 세액 차이만 내는 것이 아니라 가산세가 더해진다는 점, 그리고 경정·고지가 신고 후 상당한 기간이 지나 이루어지는 경우 납부지연가산세가 계속 쌓인다는 점을 반드시 계산에 넣어야 합니다.

항목별 판단 결과

표에서 보듯 청구인은 모든 쟁점에서 받아들여지지 않았습니다. 주장 자체가 허술했던 것이 아니라, 감면 규정의 문언과 절차 단계라는 벽을 넘지 못한 사안입니다.

실무 포인트, 결론을 가른 것은 서류 한 장의 날짜였다

이 사건에서 결론을 가른 것은 논리의 정교함이 아니라 두 고시의 날짜 차이였습니다. 개발 예정지 매도를 앞둔 분이 지금 확인해야 할 것을 정리합니다.

기준 ①. 확인할 고시는 두 개다.
도시개발사업에서는 구역 지정 고시와 시행자 지정 고시가 별개로 나옵니다. 감면 판단에 필요한 것은 후자입니다. 매수인이 "고시 났습니다"라고 말할 때 그것이 어느 고시인지 반드시 문서로 확인하십시오. 지자체 공보와 고시 번호, 고시일자를 사본으로 받아두는 것이 좋습니다.

기준 ②. 고시문의 유의사항까지 읽어야 한다.
이 사건에서 청구인의 논리를 무너뜨린 결정타는 고시에 첨부된 토지 명세에 적힌 유의사항이었습니다. "이 명세는 토지보상법 제22조 제1항에 따른 토지 세목과 다르다"는 한 줄이 사업인정 의제 주장을 봉쇄했습니다. 첨부 서류의 각주와 유의사항은 감면 판단에서 본문만큼 중요합니다.

기준 ③. 계약일과 잔금일을 급하게 정하지 말 것.
양도소득세에서 양도 시기는 원칙적으로 대금청산일이며, 대금청산일이 분명하지 않으면 등기접수일 등 다른 기준으로 판정합니다. 시행자 지정이 임박한 상황이라면 계약 체결과 대금 지급 일정을 어떻게 잡을지가 세액에 큰 영향을 줄 수 있습니다. 다만 이는 개별 사안의 계약 구조와 증빙에 따라 달라지므로, 일정 조정만으로 감면이 보장된다고 단정할 수 없습니다. 계약서에 서명하기 전에 검토받는 것이 유일한 방법입니다.

기준 ④. 감면 요건은 상대방 요건과 기간 요건이 함께 걸린다.
조특법 제77조 제1항은 상대방이 그 공익사업의 시행자여야 한다는 요건 외에도, 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지여야 한다는 보유 요건과 양도 기한 요건을 함께 두고 있습니다. 한 요건만 보고 감면을 확신하면 위험합니다.

기준 ⑤. 오래된 판결·결정례는 조항 번호와 적용 기한을 함께 확인하라.
검색으로 찾은 유리한 판결이 폐지되거나 기한이 만료된 조항에 근거한 것일 수 있습니다. 이 사건 청구인이 인용한 사례들은 모두 제2항 시절의 것이었고, 처분청은 이를 정확히 짚었습니다. 판결문을 읽을 때는 양도 시점과 근거 조항을 먼저 확인하는 습관이 필요합니다.

기준 ⑥. 감면 신고는 되돌리기 어렵다.
감면을 적용해 신고했다가 부인되면 본세에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 더해집니다. 반대로 일단 감면 없이 신고·납부한 뒤 요건이 충족되었음을 확인하고 경정청구로 돌려받는 길도 있습니다. 어느 쪽이 유리한지는 요건 충족 가능성과 예상 세액에 따라 다르므로, 신고 전에 두 시나리오의 금액 차이를 계산해 두는 것이 합리적입니다.

기준 ⑦. 불확실하면 사전에 문의 기록을 남겨라.
정당한 사유는 좁게 인정되지만, 사전에 전문가 검토를 받고 판단 근거를 문서로 남겨두는 것은 이후 대응 과정에서 사실관계를 정리하는 데 도움이 됩니다. 다만 상담 기록이 있다는 사실만으로 가산세가 면제되지는 않습니다.

자주 묻는 질문

Q. 도시개발구역 지정 고시에 제 땅이 편입 대상으로 적혀 있으면 공익사업용 토지 감면을 받을 수 있나요?

편입 사실만으로는 부족합니다. 조특법 제77조 제1항 제1호는 그 공익사업의 시행자에게 양도할 것을 요구합니다. 이 사건처럼 구역 지정 고시는 되었지만 매수인이 아직 시행자로 지정되지 않은 상태에서 양도하면 감면이 부인될 수 있습니다.

Q. 매수인이 나중에 시행자로 지정되면 소급해서 감면받을 수 있나요?

과거에는 조특법 제77조 제2항이 그런 구제를 두었지만, 그 특례는 2015년 12월 31일 이전 양도에만 적용됩니다. 이후의 양도에는 적용되지 않는다는 것이 이 결정의 취지입니다. 개별 사안은 사실관계에 따라 다를 수 있으니 확인이 필요합니다.

Q. 수용이 아니라 일반 매매계약으로 팔았는데 감면이 되나요?

협의매수 형식이라는 이유만으로 자동 배제되는 것은 아닙니다. 그러나 이 사건에서는 형식 문제가 아니라 양도 시점에 상대방이 시행자가 아니었다는 점이 결정적이었습니다. 계약 형식보다 상대방의 법적 지위와 시점이 먼저 검토 대상입니다.

Q. 세무서에서 감면을 부인했는데 가산세만이라도 빼줄 수 없나요?

국세기본법 제48조의 정당한 사유는 "의무 이행을 기대하기 무리라고 할 만한 사정"으로 좁게 해석되고, 법령의 부지나 오해는 여기에 포함되지 않는다는 것이 확립된 기준입니다. 이 사건에서도 가산세 취소 주장은 받아들여지지 않았습니다.

Q. 개발 예정지 부동산을 팔려고 합니다. 지금 무엇부터 확인해야 하나요?

첫째 시행자 지정 고시가 났는지, 둘째 나지 않았다면 언제 예정인지, 셋째 내 취득일 기준 보유 요건이 충족되는지, 넷째 계약일과 대금 지급 일정을 조정할 여지가 있는지입니다. 이 네 가지를 계약서 작성 전에 확인해야 합니다.

자가진단 체크리스트

• 매수인이 시행자로 지정된 고시를 문서로 확인했는가. 구역 지정 고시와 혼동하고 있지 않은가.
• 고시 첨부 토지 명세의 유의사항 문구를 읽어보았는가. 토지보상법상 세목 고시와 다르다는 표시가 있는가.
• 내 취득일이 사업인정고시일(또는 양도일)로부터 소급 2년 이전인가.
• 계약 체결일과 대금청산일을 조정할 여지가 있는가. 이미 잔금까지 받았는가.
• 참고한 판결이나 결정례가 조특법 제77조 몇 항에 관한 것인지, 적용 기한이 남아 있는지 확인했는가.
• 감면을 적용해 신고할 경우와 적용하지 않고 신고한 뒤 경정청구할 경우의 세액 차이를 비교해 보았는가.
• 감면이 부인될 때 부담할 과소신고가산세와 납부지연가산세 규모를 가늠해 보았는가.

정리

이 사건은 억울하다고 느낄 만한 사안입니다. 구역 지정 고시가 이미 났고, 내 땅이 편입 명세에 들어 있었고, 사업을 추진하는 법인이 매수인이었고, 그 법인은 한 달도 지나지 않아 시행자로 지정되었습니다. 그런데 감면은 전부 부인되고 가산세까지 붙었습니다.

심판원의 논리는 냉정합니다. 감면 규정은 특혜 규정이므로 문언대로 엄격히 해석하고, 법이 지정 전 사업자에게 양도한 경우를 따로 규정했다가 그 적용 기한을 종료시킨 이상 해석으로 그 문을 다시 열 수는 없다는 것입니다. 도시개발사업의 절차상 시행자는 지정권자가 지정한 자를 의미한다는 점도 분명히 했습니다.

실무적으로 남는 교훈은 하나입니다. 개발 예정지 부동산의 매도는 세금이 계약서보다 먼저 결정되는 거래라는 점입니다. 계약 시점, 대금 지급 시점, 상대방의 법적 지위가 조금만 어긋나도 감면 전액이 사라집니다. 고시문 사본과 취득 서류를 챙겨 계약 전에 검토받는 것이, 사후에 심판청구로 다투는 것보다 훨씬 확실한 방법입니다.

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출처 · 조세심판원 조심 2026소0910 (2026.6.23. 의결) · 국가법령정보센터 공공데이터 기반
관련 법령 · 조세특례제한법 제77조, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조·제4조·제19조·제20조·제22조, 도시개발법 제5조·제11조·제21조·제22조, 도시개발법 시행령 제15조, 국세기본법 제48조

본 글은 공개된 조세심판원 결정례를 일반적인 정보 제공 목적으로 정리한 것입니다. 결정문의 금액은 원문에서 비공개 처리되어 있어 구체적인 액수는 기재하지 않았습니다. 개별 사안은 사실관계와 증빙에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 구체적인 판단은 반드시 세무 전문가와 상담하시기 바랍니다. 본 글은 상담 결과나 절세 효과를 보장하지 않습니다. (세무 광고)