거주주택 비과세 특례 — 어린이집·장기임대주택 있어도 내 집은 1주택으로 봅니다 (요건 조문 정리)
임대사업자로 등록한 주택이 있거나, 집 한 채를 어린이집으로 내어 운영 중인 분들이 공통으로 부딪히는 질문이 있습니다. "이 집들 때문에 다주택자가 돼서, 정작 내가 사는 집을 팔 때 비과세를 못 받는 것 아닌가요?" 이 질문에 대한 답이 소득세법 시행령 제155조 제20항입니다. 요건을 갖춘 장기임대주택 또는 장기어린이집과 그 밖의 1주택을 가진 1세대가 2년 이상 거주한 그 집(거주주택)을 양도하면, 국내에 1개의 주택을 소유한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정(시행령 제154조 제1항)을 적용합니다. 다만 이 거주주택 비과세 특례는 요건이 조문에 촘촘히 박혀 있어, 한 항목만 어긋나도 전체가 무너집니다. 이번 글은 요건을 조문 그대로, 명확하게 정리하는 데 집중합니다.
이 특례는 어떤 구조인가요 — 법적 근거부터
근거 조문은 두 곳입니다. 첫째, 소득세법 시행령 제155조 제20항(2025.2.28. 개정). 장기임대주택 또는 장기어린이집과 그 밖의 1주택을 국내에 소유한 1세대가 요건을 충족하고 그 1주택(거주주택)을 양도하면 1주택 소유로 보아 제154조 제1항(1세대 1주택 비과세)을 적용한다는 내용입니다.
둘째, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제8호의2(2022.2.15. 개정). '장기어린이집'이 무엇인지를 정의하는 조문입니다. 「영유아보육법」 제13조 제1항의 인가를 받아 운영하는 어린이집(가목) 또는 같은 법 제24조 제2항에 따라 국가·지방자치단체로부터 위탁받아 운영하는 어린이집(나목)으로서, 세대 구성원이 인가·위탁을 받고 소득세법 제168조에 따른 고유번호를 부여받은 후 5년 이상(의무사용기간) 어린이집으로 사용하고, 사용하지 않게 된 날부터 6개월이 경과하지 않은 주택입니다. 가목에서 나목으로, 나목에서 가목으로 전환된 경우에는 각각의 사용기간을 합산합니다.
정리하면 구조는 이렇습니다. ① 거주주택 요건 + ② 장기임대주택 요건 또는 ① 거주주택 요건 + ③ 장기어린이집 요건 — 이 조합이 갖춰지면 임대주택·어린이집은 주택 수 계산에서 옆으로 빠지고, 거주주택은 1주택으로서 비과세를 검토받습니다.
| 구분 | 근거 조문 | 내용 |
|---|---|---|
| 특례 본체 | 소득세법 시행령 §155⑳ | 거주주택 양도 시 1주택 간주 → §154① 적용 |
| 장기어린이집 정의 | 시행령 §167조의3①8호의2 | 인가·위탁 어린이집 / 고유번호 / 5년 의무사용 / 미사용 6개월 이내 |
| 장기임대주택 정의 | 시행령 §167조의3①2호 (§155⑳이 인용) | 2020.7.10 이전 임대사업자등록 신청분으로 한정 |
| 비과세 본체 | 시행령 §154① | 1세대 1주택 비과세(12억 초과분 과세) |
※ 2025.2.28. 개정 시행령 기준. 이하 요건은 모두 이 조문들의 문언을 기준으로 정리했습니다.
한 문장으로 요건을 갖춘 임대주택·어린이집은 주택 수에서 옆으로 빼 주고, 2년 거주한 내 집은 1주택으로 본다 — 이것이 거주주택 비과세 특례입니다.
요건 ① 거주주택 — 보유기간 중 거주 2년
거주주택 쪽 요건은 시행령 제155조 제20항 제1호에 있습니다. 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것. 여기서 '보유기간 중'이라는 문언이 중요합니다 — 취득 시점의 조정대상지역 여부와 무관하게, 그리고 거주가 연속되지 않았어도 보유기간 중 통산 2년을 채우면 됩니다.
다만 예외가 하나 있습니다. 과거에 임대주택·어린이집으로 쓰다가 거주주택으로 전환된 집처럼 직전거주주택보유주택에 해당하는 경우에는, 사업자등록·임대사업자 등록을 한 날, 인가를 받은 날 또는 위탁 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간만 계산합니다(제1호 괄호).
그리고 이 특례로 비과세되는 범위에도 층이 있습니다. 거주주택이 직전거주주택보유주택(과거 임대등록·어린이집 사용 이력이 있고, 그 보유기간 중 양도한 다른 거주주택 — 직전거주주택 — 이 있는 집)이라면, 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 1주택으로 보아 비과세를 적용합니다(제20항 후단). 전 기간이 아니라 잘라서 계산한다는 뜻입니다.
★평생 한 번뿐입니다 2019.2.12. 시행령 개정으로 거주주택 비과세 특례는 생애 1회만 적용됩니다(2019.2.12. 이후 취득분부터 적용, 개정 당시 보유·계약분은 경과규정 확인). 이미 한 번 받았다면 다음 거주주택은 원칙적으로 이 특례를 다시 쓸 수 없으므로, 어느 집에 쓸지 순서 설계가 중요합니다.
요건 ② 장기임대주택 — 양도일 현재, 세 가지가 살아 있어야
장기임대주택 쪽 요건은 제155조 제20항 제2호입니다. 양도일 현재 ① 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, ② 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, ③ 임대보증금·임대료의 증가율이 5%를 초과하지 않을 것. 증액 청구는 계약 체결 또는 약정 증액 후 1년 이내에는 하지 못하고, 보증금과 월임대료를 상호 전환할 때는 민특법 제44조 제4항의 전환 규정을 준용합니다.
여기에 대상 자체의 제한이 있습니다. 제20항 괄호에 따라 이 특례의 장기임대주택은 2020년 7월 10일 이전에 민특법 제5조에 따른 임대사업자등록을 신청(임대할 주택을 추가하는 변경신고 포함)한 주택으로 한정됩니다. 2020.7.11. 이후 신규 등록분은 이 특례의 문이 처음부터 닫혀 있다는 뜻입니다.
실무에서 가장 많이 묻는 것이 등록 말소 문제입니다. 민특법 개정으로 아파트 장기일반 등 일부 유형이 폐지되면서 의무임대기간이 끝나면 등록이 자동말소되는데, 그러면 '양도일 현재 임대 중' 요건을 못 채우는 것 아닌가 — 국세청 해석은 자동말소된 경우 말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도하면 특례 적용이 가능하고, 의무임대기간의 2분의 1 이상 임대 후 자진말소한 경우도 같다는 입장입니다(사전-2020-법령해석재산-0928, 2021.8.9. / 서면-2020-법령해석재산-5916, 2021.10.28.).
| 장기임대주택 요건(§155⑳ 2호) | 내용 |
|---|---|
| 양도일 현재 등록 | 세무서 사업자등록 + 민특법 임대사업자등록 모두 |
| 양도일 현재 임대 | 실제 임대하고 있을 것 |
| 임대료 상한 | 증가율 5% 이하 · 1년 내 증액 금지 · 전월세 전환 시 민특법 §44④ 준용 |
| 대상 한정 | 2020.7.10. 이전 임대사업자등록 신청분만 |
| 등록 말소 시 | 자동말소·(1/2 이상 임대 후) 자진말소 → 말소 후 5년 내 양도 시 적용 가능(예규) |
※ 사전-2020-법령해석재산-0928(2021.8.9.), 서면-2020-법령해석재산-5916(2021.10.28.) 참조. 개별 사안은 확인 필요.
요건 ③ 장기어린이집 — 5년 사용과 '양도일 현재 운영 중'
장기어린이집 쪽 요건은 두 겹입니다. 먼저 주택 자체가 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당해야 합니다. 세대 구성원이 「영유아보육법」상 인가(제13조 제1항)를 받거나 국가·지자체의 위탁(제24조 제2항)을 받아, 소득세법 제168조의 고유번호를 부여받은 후 5년 이상 어린이집으로 사용할 것(의무사용기간). 인가 어린이집과 위탁 어린이집 사이에 전환이 있었다면 사용기간을 합산합니다. 어린이집을 그만둔 경우라면 사용하지 않게 된 날부터 6개월이 지나지 않아야 합니다.
다음으로 거주주택을 양도하는 시점의 요건 — 제155조 제20항 제3호입니다. 양도일 현재 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것. 문언이 '운영하고 있을 것'이므로, 양도일에 어린이집이 실제 운영되는 상태여야 합니다. 이와 관련해 양도일 현재 휴업 중인 어린이집에 특례를 적용할 수 있는지가 국세청 사전답변 사안으로 다뤄진 바 있습니다(사전-2023-법규재산-0319). 휴업·폐업 상태가 끼어 있다면 적용이 다투어질 수 있는 지점이므로, 양도 시점을 정하기 전에 반드시 개별 확인이 필요합니다.
주의할 점 — 5년 의무사용기간은 거주주택을 판 뒤에 채워도 되지만, 못 채우면 추징됩니다. 즉 어린이집 운영 3년 차에 거주주택을 양도하며 특례를 받았다면, 이후 어린이집 사용을 5년까지 이어가야 하고, 중간에 요건을 충족하지 못하게 되면 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 해당 양도소득세를 신고·납부해야 합니다(같은 조의 사후관리 규정). 장기임대주택의 의무임대기간도 같은 구조입니다.
| 장기어린이집 요건 | 근거 | 내용 |
|---|---|---|
| 어린이집 유형 | §167조의3①8의2 가·나목 | 인가(영유아보육법 §13①) 또는 국가·지자체 위탁(§24②) |
| 의무사용기간 | §167조의3①8의2 | 고유번호 부여 후 5년 이상 사용(가↔나 전환 시 합산) |
| 미사용 기한 | §167조의3①8의2 | 어린이집 미사용 시 6개월 경과 전일 것 |
| 양도일 현재 | §155⑳ 3호 | 고유번호 보유 + 운영 중일 것(휴업 상태는 다툼 소지 — 사전-2023-법규재산-0319 참조) |
| 사후관리 | §155 사후관리 규정 | 의무기간 미충족 시 사유 발생 달 말일부터 2개월 내 신고·납부 |
※ 가정어린이집(주택에서 인가받아 운영)이 전형적인 사례입니다. 개별 적용은 인가·위탁 서류와 사용 이력으로 판단합니다.
숫자로 보는 예시 — 특례가 있고 없고의 차이
각색한 예시로 효과를 보겠습니다. 수원에 사는 A씨 세대는 ① 2015년 취득해 2020.6월 임대등록한 장기임대주택 1채(현재 임대 중, 임대료 5% 이내 유지), ② 12년째 거주 중인 아파트 1채를 보유하고 있습니다. 거주주택을 9억 원에 양도한다면 — 특례가 없으면 2주택자의 양도가 되어 비과세가 막히지만, 거주주택 비과세 특례 요건이 갖춰지면 1주택으로 보아 양도가액 12억 이하 전액 비과세를 검토할 수 있습니다. 세금 차이가 수천만 원에서 억 단위까지 벌어지는 구조입니다.
가정어린이집 사례도 같습니다. B씨 세대가 아파트 한 채에서 인가받은 가정어린이집을 6년째 운영 중이고(고유번호 보유), 따로 2년 이상 거주한 주택을 판다면 — 어린이집 주택은 주택 수에서 옆으로 빠지고 거주주택은 1주택 비과세 검토 대상이 됩니다. 반대로 어린이집 인가 없이 그냥 보육 공간으로 쓰고 있었다면 이 특례와는 무관한, 평범한 2주택이 됩니다. 인가·위탁과 고유번호라는 형식 요건이 결과를 가르는 것입니다.
다만 두 사례 모두 전제가 있습니다 — 평생 1회를 아직 쓰지 않았을 것, 그리고 임대주택은 2020.7.10. 이전 등록분일 것. 이 두 관문에서 걸리는 상담이 실제로 가장 많습니다.
각색 예시입니다 위 사례는 이해를 돕기 위한 각색 예시로, 실제 비과세 여부는 취득 시기·조정대상지역·세대 주택 수·등록 이력 등 개별 사실관계에 따라 달라집니다.
놓치기 쉬운 함정 다섯 가지
첫째, 임대료 5%는 '양도일까지 계속'입니다. 중간에 한 번이라도 5%를 초과해 올린 이력이 있으면 요건이 무너질 수 있습니다. 갱신 때마다 증액률과 1년 내 증액 금지, 전월세 전환 계산을 기록으로 남겨 두어야 합니다.
둘째, 세무서 사업자등록과 민특법 임대사업자등록은 별개입니다. 둘 다 있어야 하고, 양도일 현재 살아 있어야 합니다(말소는 자동·자진말소 예외 경로로만). 셋째, 어린이집은 세대 구성원이 인가·위탁의 주체여야 합니다. 남에게 임대해 주고 임차인이 어린이집을 운영하는 구조는 이 특례의 장기어린이집이 아닙니다.
넷째, 특례를 받고 판 뒤에도 의무기간(임대·5년 사용) 사후관리가 따라옵니다. 중도 폐업·매각 계획이 있다면 특례를 쓰기 전에 시나리오를 맞춰 봐야 합니다. 다섯째, 이 조문들은 최근 몇 년 사이 개정이 잦았던 영역입니다(2022.2.15, 2025.2.28 개정 등). 양도 시점의 시행령 문언과 경과규정으로 다시 확인하는 것이 마지막 안전장치입니다.
특례 적용 전 마지막 점검 ① 평생 1회 소진 여부 ② 2020.7.10. 이전 등록인지 ③ 양도일 현재 등록·임대(운영) 상태 ④ 임대료 5% 이력 ⑤ 의무기간 사후관리 감당 가능 여부. 다섯 개 모두 '예'일 때 실행하십시오.
거주주택 특례 상담은 이렇게 진행합니다
이 특례는 서류의 특례입니다. 저희가 상담에서 가장 먼저 하는 일은 이력 복원입니다. 임대사업자 등록(신청)일이 2020.7.10. 이전인지, 세무서 사업자등록과 민특법 등록이 모두 살아 있는지, 갱신 계약마다 임대료 증가율이 5% 이내였는지, 어린이집이라면 인가·위탁 서류와 고유번호, 사용기간 5년 충족 여부를 연표로 만듭니다. 그 위에 평생 1회 소진 여부와 직전거주주택 이력을 얹으면, 특례 적용 가능 여부와 비과세 범위(전체인지 기간분인지)가 정리됩니다.
다음은 시점 설계입니다. 등록이 자동말소됐다면 말소 후 5년의 시계가 돌고 있고, 어린이집을 그만뒀다면 6개월의 시계가 돌고 있습니다. 어느 집을 먼저 팔지, 언제 팔지에 따라 결과가 달라지므로 양도 순서를 시뮬레이션합니다. 세대 주택 수 판정(분양권·오피스텔 포함)과 12억 초과분 과세 계산까지 함께 봅니다.
부동산 가액 평가가 필요한 사안은 감정평가사 김원규와, 등기 문제는 법무사 정동혁과 한자리에서 봅니다. 연 200건이 넘는 상담과 100건이 넘는 신고를 신고 사고 없이 처리해 온 경험으로, 모든 검토는 대표세무사가 직접 합니다. 놓친 특례가 있다면 경정청구(5년) 소급 검토도 함께 진행합니다.
| 상담에서 확인하는 것 | 내용 |
|---|---|
| 이력 연표 | 등록(신청)일·인가일·고유번호·임대료 증가율 연표 복원 |
| 관문 점검 | 평생 1회 소진 여부 + 2020.7.10. 이전 등록 여부 |
| 시점 설계 | 말소 후 5년·미사용 6개월 시계 반영한 양도 순서 시뮬레이션 |
| 범위 계산 | 직전거주주택 있으면 기간분 비과세 계산 |
| 사후관리 | 의무임대·5년 사용 미충족 시나리오와 신고 일정 안내 |
※ 상담 항목 예시이며 사안에 따라 범위가 달라집니다.
자주 묻는 질문
Q. 장기임대주택이 있으면 무조건 거주주택 비과세가 되나요?
아닙니다. 양도일 현재 세무서 사업자등록과 민특법 임대사업자등록이 모두 유지되고, 실제 임대 중이며, 임대료 증가율 5% 이내(1년 내 증액 금지 포함)여야 합니다. 무엇보다 2020.7.10. 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택으로 한정되므로(시행령 §155⑳ 괄호), 그 이후 등록분은 이 특례 대상이 아닙니다.
Q. 임대주택 등록이 자동말소됐는데 특례를 못 받게 되나요?
국세청 해석은 민특법 개정에 따라 자동말소된 경우 말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도하면 특례 적용이 가능하고, 의무임대기간의 2분의 1 이상 임대하고 자진말소한 경우도 같다고 봅니다(사전-2020-법령해석재산-0928 / 서면-2020-법령해석재산-5916). 말소일부터 5년의 시계를 관리하는 것이 핵심입니다.
Q. 가정어린이집으로 쓰는 집도 정말 주택 수에서 빠지나요?
요건을 갖추면 그렇습니다. 세대 구성원이 영유아보육법상 인가(§13①) 또는 국가·지자체 위탁(§24②)을 받고 고유번호 부여 후 5년 이상 사용해야 하며(시행령 §167조의3①8의2), 거주주택 양도일 현재 고유번호를 보유하고 운영 중이어야 합니다(§155⑳ 3호). 인가 없이 사실상 보육 공간으로만 쓰는 경우는 해당하지 않습니다.
Q. 어린이집을 5년 채우기 전에 거주주택을 팔면 어떻게 되나요?
특례를 먼저 적용받을 수는 있지만 사후관리가 붙습니다. 이후 의무사용기간(5년)을 채우지 못하게 되면 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 비과세받은 양도소득세를 신고·납부해야 합니다. 장기임대주택의 의무임대기간도 같은 구조이므로, 중도 폐업·매각 계획이 있다면 특례 적용 전에 시나리오를 확인해야 합니다.
Q. 휴업 중인 어린이집도 '운영 중'으로 인정되나요?
다툼이 있는 지점입니다. 조문(§155⑳ 3호)은 양도일 현재 '장기어린이집을 운영하고 있을 것'을 요구하고 있고, 양도일 현재 휴업 중인 경우의 적용 여부가 국세청 사전답변 사안으로 다뤄진 바 있습니다(사전-2023-법규재산-0319). 휴업·재개원이 끼어 있는 사안이라면 양도 시점을 정하기 전에 반드시 개별 확인을 받으시길 권합니다.
Q. 이 특례는 여러 번 쓸 수 있나요?
원칙적으로 평생 1회입니다(2019.2.12. 시행령 개정, 이후 취득분부터 적용 — 개정 당시 보유분 등은 경과규정 확인 필요). 또한 과거 임대·어린이집 사용 이력이 있는 집(직전거주주택보유주택)을 파는 경우에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분만 비과세됩니다. 어느 집에 1회를 쓸지 순서 설계가 중요한 이유입니다.
거주주택 비과세 특례 자가진단 7문항
- 파려는 집에 보유기간 중 2년 이상 거주했다
- 거주주택 비과세 특례를 한 번도 쓴 적이 없다(평생 1회)
- 임대주택은 2020.7.10. 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택이다
- 양도일 현재 사업자등록·임대사업자등록(또는 고유번호·운영)이 살아 있다
- 임대료·보증금 증가율을 계속 5% 이내로 유지했다(1년 내 증액 없음)
- 등록 말소·어린이집 중단이 있었다면 5년/6개월 시계 안에 있다
- 의무임대기간·5년 의무사용기간 사후관리를 감당할 수 있다
하나라도 '아니오'가 있다면 특례가 통째로 무너질 수 있는 상태입니다. 특히 2·3번(평생 1회, 2020.7.10. 한정)은 되돌릴 수 없는 관문이므로 양도 계약 전에 반드시 확인하십시오.
정리하면
거주주택 비과세 특례(소득세법 시행령 §155⑳)는 장기임대주택·장기어린이집을 주택 수에서 빼고 2년 거주한 내 집을 1주택으로 봐 주는 제도입니다. 다만 요건은 조문 그대로 지켜야 합니다 — 거주 2년, 양도일 현재 등록·임대(운영), 임대료 5%, 2020.7.10. 이전 등록 한정, 어린이집 5년 의무사용, 그리고 평생 1회. 자동말소 후 5년, 미사용 6개월 같은 시계 관리까지가 이 특례의 전부입니다.
임대주택이나 어린이집을 두고 거주주택 매도를 검토 중이시라면, 계약 전에 등록 이력과 요건 연표부터 만들어 보시길 권합니다. 본문의 조문·예규는 게시 시점 기준이며, 개정과 경과규정에 따라 달라질 수 있으므로 개별 사실관계로 반드시 확인이 필요합니다.
상담 문의 : 010-9265-1008 · 카카오톡 dbg059 · 경기도 수원시 영통구 하동
본 칼럼은 일반적인 세무 정보를 제공하기 위한 세무 광고이며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 인용한 조문(소득세법 시행령 제155조 제20항, 제167조의3 제1항 제8호의2 등)은 2025.2.28. 개정 기준이고, 인용한 해석(사전-2020-법령해석재산-0928, 서면-2020-법령해석재산-5916, 사전-2023-법규재산-0319)은 개별 사안에 대한 판단으로 모든 경우에 동일하게 적용된다고 보장할 수 없습니다. 평생 1회 제한의 경과규정, 말소 유형별 적용, 휴업 중 어린이집 등은 사실관계에 따라 결론이 갈릴 수 있어 결과를 보장하지 않으며, 실제 양도 전 양도 시점의 법령과 개별 사실관계로 반드시 확인하시기 바랍니다. 소개한 사례는 각색한 예시이며, 소개한 실적은 자체 실적 기준입니다.