장기보유공제, 어디까지 얼마나 공제가 가능할까?

위너세무회계 · 2026년 7월 29일 · 조회 5 (수정: 2026년 7월 29일)

양도소득세 · 다섯 갈래 총정리

장기보유특별공제 총정리, 같은 10년 보유가 0%부터 80%까지 갈리는 이유

장기보유특별공제는 부동산을 오래 보유한 대가로 양도차익의 일정 비율을 덜어 주는 제도입니다. 그런데 같은 10년을 보유해도 일반 부동산은 20%, 거주한 1주택은 80%, 미등기·단기·중과 대상은 0% ? 어떤 표가 적용되고 어디서 배제되는지에 따라 세금이 몇 배로 달라집니다. 이 글에서 ① 일반 ② 고가주택 ③ 장기임대주택 ④ 배제 사유 ⑤ 기타 규정, 다섯 갈래로 세세하게 정리합니다. 계산 위치부터 정확히 ? 장기보유특별공제는 세액이 아니라 양도차익에서 차감되고, 그 뒤에 기본공제(연 250만 원)와 세율이 적용됩니다.

① 일반 규정, 표1은 어떻게 적용되나요

토지·건물 등 부동산을 3년 이상 보유하면 기본 표(표1)가 적용됩니다. 연 2%씩, 15년 이상 보유 시 최대 30%입니다. 상가·토지·오피스텔, 그리고 거주 요건을 채우지 못한 주택이 모두 이 표로 갑니다.

자주 나오는 오해 하나 ? 비사업용 토지도 표1의 장기보유특별공제는 그대로 적용됩니다. 세율이 +10%p 무거워지는 것과 공제가 없는 것은 다른 문제입니다.

보유 기간 (표1 · 일반)	공제율
3년 이상 ~ 4년 미만	6%
5년 이상	10%
10년 이상	20%
15년 이상	30% (최대)

② 고가주택, 표2의 80%는 어떤 조건인가요

1세대 1주택 비과세 대상이라도 양도가액이 12억 원을 넘는 고가주택은 초과분이 과세됩니다. 과세 대상 차익은 전체 양도차익에 (양도가액?12억)/양도가액을 곱해 구하고, 여기에 표2의 공제가 적용됩니다. 표2는 두 줄로 쌓입니다 ? 보유 기간 연 4%(최대 40%) + 거주 기간 연 4%(최대 40%), 합계 최대 80%.

단, 표2가 열리려면 거주 기간이 2년 이상이어야 하고 (거주 2년 이상~3년 미만 구간은 8%), 거주가 2년 미만이면 표1(최대 30%)로 떨어집니다. 몇 달 차이로 공제가 반토막 이하가 되는 지점이라, 매도 시점 조정이 가장 확실한 절세가 되기도 합니다.

각색 예시 · 15억 양도, 차익 6억, 10년 보유·거주	금액
과세 대상 차익 = 6억 × (15억?12억)/15억	1.2억 원
장기보유특별공제 80% (보유 40% + 거주 40%)	(0.96억)
양도소득금액	0.24억 원

겸용주택(주택+상가)이 12억을 넘는 고가라면 주택 부분만 주택으로 보아 계산하므로, 층별 실제 사용 현황 정리가 계산의 출발점이 됩니다. 실제 세액은 필요경비·기본공제·세율까지 반영되며 사실관계에 따라 달라집니다.

③ 장기임대주택에는 어떤 특례가 있나요

등록 임대주택에는 표1·표2와 별도의 우대 공제가 마련되어 있었습니다. 조세특례제한법상 장기일반민간임대주택을 요건대로 8년 이상 임대하면 50%, 10년 이상이면 70%의 장기보유특별공제율을 적용하는 특례가 대표적이고, 일반 장기임대주택 요건을 채우면 표1 공제율에 연 2%p씩 최대 10%p를 더해 주는 추가공제 특례도 별도로 있습니다.

다만 이 영역은 다음 조건이 전부 맞아야 작동합니다.

· 임대 등록 유형과 등록 시기 (아파트 장기일반임대 등록 폐지 등 제도 개편의 경과 규정)

· 국민주택규모·기준시가 등 물건 요건

· 임대료 증액 5% 제한 준수

· 의무 임대 기간 충족과 자진·자동 말소 이력

임대주택 특례는 단정 금지 구역입니다

임대주택 세제는 개편이 거듭되어 등록 시기·주택 유형에 따라 특례 적용 여부가 완전히 갈립니다. 요건 하나가 어긋나면 특례 전체가 무너지고, 말소·재등록 이력까지 얽힙니다. 임대 등록 이력이 있는 물건의 매도는 어떤 경우에도 등록 서류를 놓고 개별 확인이 먼저입니다.

④ 다주택자 등 공제가 배제되는 경우는 언제인가요

배제 사유	내용
보유 3년 미만	표1·표2 모두 3년 이상 보유가 출발선
단기 세율 구간	1년 미만 50% · 2년 미만 40% 구간은 공제 없음
미등기 양도자산	세율 70% + 공제 배제
분양권	공제 적용 대상 아님
국외 부동산	국외 자산 양도에는 미적용
다주택 중과 적용 시	조정대상지역 중과세율 적용 시 공제 배제

가장 주의할 것이 마지막 줄입니다. 다주택자가 조정대상지역 주택을 양도하며 중과세율을 적용받으면 공제가 배제되는 것이 원래 구조입니다. 다만 2022년 5월부터 보유 2년 이상 주택에 대한 중과 한시 배제(유예)가 연장을 거듭해 와, 유예가 살아 있는 동안에는 기본세율과 공제가 적용됩니다.

유예 종료 시점과 조정대상지역 지정 현황은 수시로 바뀌는 영역이므로, 다주택 상태의 매도는 계약 전 반드시 그 시점 기준으로 확인해야 합니다. 하루 차이로 공제 전부와 세율이 함께 뒤집힐 수 있는 지점입니다.

⑤ 기타 규정, 기산일과 명의는 어떻게 보나요

기타 규정	내용
상속 취득	보유 기간은 상속개시일부터 기산 (피상속인 기간 통산 규정과 혼동 주의)
증여 취득	증여받은 날부터 기산 · 이월과세 적용 시 증여자 취득일 기준
재개발·재건축	원조합원은 종전주택 취득일부터 통산 검토 · 청산금 부분은 별도 계산
부부 공동명의	각자 지분별로 양도차익과 공제를 각각 계산
거주 판정	주민등록과 실제 거주로 판정 · 공과금 등 입증자료 보관
공제 상한	표1은 15년, 표2는 10년에서 상한 도달

자주 받는 질문 세 가지로 마무리합니다. "아버지 보유 기간도 쳐 주나요?" ? 장기보유특별공제의 기간은 상속개시일부터 새로 셉니다.

"거주 2년을 못 채우면요?" ? 표2가 닫히고 표1로 계산되니, 몇 달이면 채울 수 있는 상황이라면 매도 시점 조정이 답일 수 있습니다.

"오래 보유하면 무조건 유리한가요?" ? 공제는 상한에서 멈추므로, 상한 이후에는 보유 연차별 세액표를 놓고 시장 변수와 함께 판단하는 것이 맞습니다.

그래서 매도 전에 무엇을 확인하면 되나요

세 가지입니다 ? 내 물건이 표1인지 표2인지, 배제 사유에 걸리는 것이 없는지, 그리고 기산일이 언제부터인지.

저희는 수원 광교·영통 사무소에서 용인·수원 일대의 양도 사안을 연 200건 이상 상담, 100건 이상 신고해 왔고(자체 실적 기준, 신고 사고 0건), 매도 계약 전에 보유 연차별 세액표를 만들어 드립니다. 등기·계약은 법무사, 가액 평가는 감정평가사와 한 팀으로 진행하고, 신고서는 대표세무사가 직접 봅니다. 장기보유특별공제는 매도 날짜 하나로 수천만 원이 갈리는 제도입니다. 계약서에 도장 찍기 전에, 표부터 보시죠.